Bakterilerde horoizontal gen transferi

advertisement
BAKTERİLERDE HORİZONTAL GEN
TRANSFERİ VE İNSERSİYONA UĞRAYAN
DİZİLER
BAKTERİLERDE HORİZONTAL GEN TRANSFERİ
Prokaryotlarda genetik madde değiş tokuşu için
üç tip mekanizma vardır:
1. Transformasyon
2. Transdüksiyon
3. Konjugasyon

TRANSFORMASYON

Transformasyon serbest
DNA’nın alıcı bir hücreye
katılması ve genetik
değişiklik ortaya
çıkarması işlemidir.

Prokaryotların DNA’ları hücrede büyük tek bir
molekül olarak bulunduğu için,hücre hafifçe
lizize uğratıldığında,DNA dışarı çıkar.Tek bir
hücre genellikle bir veya birkaç DNA parçasını
içine alır.Bundan dolayı tek bir transformasyon
olayında bir hücreye ait genlerin sadece küçük
bir oranı bir başka hücreye geçebilir.
MOLEKÜLER BİYOLOJİ TARİHİNDE
TRANSFORMASYONUN YERİ

Bakterilerdeki
transformasyonun ilk
kanıtları ingiliz bilim
adamı Frederick
Griffith tarafından elde
edilmiştir.

Avery ve çalışma
arkadaşları,
transformasyonun fare
yerine test tüplerinde de
yürütülebildiğini
göstermişler ve ısıtılarak
öldürülmüş hücreleri
içeren özütün
transformasyonu
indüklediğini
belirlemişlerdir.
KOMPETANS
DNA alabilen ve transforme olabilen hücrelere
kompetant denir ve bu özellik genetik kontrol
altındadır.
 Doğal olarak transforme olabilen pek çok
bakterideki kompetans,kontrol edilebilen ve
DNA’nın alınmasında ve işlenmesinde özel
proteinlerin rol aldığı bir işlemdir.

Kompetansa özgü bu proteinler,zarla ilişkili bir
DNA bağlanma proteinini,bir hücre duvarı
otolizinini ve çeşitli nükleazları kapsar.
 Yüksek verimli doğal transformasyon yaptığı
bilinen sadece birkaç bakteri vardır.Diğer
yandan,prokaryotların çoğu doğal koşullar
altında ya zayıf kompetanttır ya da hiç değildir.

TRANSFORMASYONDA DNA’NIN ALINIŞI
Transformasyon sırasında kompetant bakteri
DNA molekülüne geri dönüşümlü olarak
bağlanmakta fakat kısa bir süre sonra
bağlanma geri dönüşümsüz hale gelmektedir.
 DNA transformasyonu çalışmalarında,her 100300 DNA parçasından sadece bir tanesi
üzerinde çalışılan genetik işareti taşır.

Bu nedenle en uygun koşullar altında bile bir
popülasyonun bütün hücrelerini istenen bir
markör için transforme etmek imkansızdır.
 Çok sayıda bakterinin kendi doğal ortamlarında
kompetant olabildiklerinin gösterilmesi
gerçeği,transformasyonun sadece
laboratuvarda yapılan bir olgu olmadığını,aynı
zamanda doğada yatay gen transferinde de
önemli bir rol oynadığını göstermektedir.

TRANSFORMASYON YAPAN DNA’NIN
ENTEGRASYONU
Transformasyon yapacak olan DNA hücre
yüzeyine bir DNA-bağlanma proteini ile bağlanır.
 Bundan sonra organizmaya göre ya çift zincirli
DNA olduğu gibi alınır ya da zincirlerden biri
nükleaz ile parçalanır ve geri kalan zincir içeri
alınır.

Hücre içine alınan DNA molekülü kompetansspesifik bir proteine bağlanır.Bu protein,DNA
molekülünü kromozoma ulaşıncaya kadar
nükleaz saldırılarından korur.
 Kromozoma ulaşınca görevi RecA proteini
devralır.
 DNA molekülü alıcı hücre genomuna
rekombinasyon ile entegre olur.


Bu heterodupleks DNA molekülünün replikasyonu
sırasında ,bir atasal ve bir de rekombinant DNA
molekülü oluşur.
TRANSFEKSİYON

Bakterileri transforme etmede kullanılan DNA
molekülü, başka bir bakteriden değil de bir
bakteri virüsünden elde edilir.Bu işlem
transfeksiyon olarak adlandırılır.
TRANSDÜKSİYON

Transdüksiyonda,bir
hücreden diğerine DNA
aktarımı bakteri virüsleri
aracılığıyla gerçekleşir.
Konak genlerinin transferi iki şekilde olur.
 İlki genelleşmiş transdüksiyon olup,bu olayda
konak genomunun herhangi bir bölgesinden
gelen DNA,olgun virüslerin DNA’sının bir kısmını
oluşturacak şekilde virüs genomuna katılır.


İkincisi olan özelleşmiş transdüksiyon ise
sadece bazı ılımlı virüslerde görülür.Özelleşmiş
transdüksiyonda,konak kromozomunun belirli
bir bölgesinden gelen DNA,genellikle bazı virüs
genlerini yerinden ederek,doğrudan virüs
genomuna entegre olur.
GENELLEŞMİŞ TRANSDÜKSİYON
Bir bakteri hücresi bir faj ile enfekte
olduğunda,fajın litik döngüsü ile ilgili olaylar
başlatılabilir.
 Fakat,litik enfeksiyon sırasında viral DNA’ları
bakteriyofaj içine paketlemekle görevli enzimler
bazen kazara konak DNA’sını paketleyebilir.
 Oluşan bu virion transdüksiyon parçacığı olarak
adlandırılır.

Hücrenin lizizi durumunda,bu parçacıklar
normal virionlar ile birlikte
salınırlar.Dolayısıyla,normal virionlar ile
transdüksiyon parçacıkları lizatta bir karışım
halinde bulunur.
 Bu tip bir lizat,bir alıcı hücre populasyonunu
enfekte etmekte kullanılırsa,hücrelerin çoğu
normal virüs ile enfekte olacaklar,ancak
populasyonun küçük bir kısmı transdüksiyon
parçacıklarını alacaktır.
 Böylece, transdüksiyon parçacıkları bir önceki
konak hücreden paketlenen DNA’yı
aktaracaktır.

Virüsler için temel gereklilik,konak DNA’sını
kabul eden ve konak genomu tamamen
parçalanmadan önce DNA paketlenmesini
gerçekleştirebilen bir DNA paketleme
mekanizmasına sahip olmaktır.
 Konağı enfekte eden faj miktarını düşük
olması durumunda,transdüksiyonun
saptanması çok daha kolaydır;çünkü bu
durumda bir konak hücre sadece bir tek faj
ile enfekte edilmektedir.

LAMDA FAJI VE ÖZELLEŞMİŞ TRANSDÜKSİYON
Bir hücre lamda fajı ile lizojenik hale
geldiğinde,faj genomu konak DNA’sına özgül bir
bölgede entegre olur.
 Viral DNA’nın eklenmesinden sonra,viral DNA
replikasyonu artık konak bakteri
kromozomunun kontrolü altındadır.
 İndüksiyon söz konusu olduğunda,viral
DNA,konak DNA’sından entegrasyonunun
tersine bir işlemle ayrılır.

Lizojenik hücrenin indüklenmesi
durumunda,lamda DNA’sı genellikle bir bütün
olarak kesilerek ayrılır.
 Fakat,zaman zaman faj genomunun yanlış
yerden kesilip ayrılması da söz konusudur.
 Bu gibi durumlarda,bitişikte olan bazı bakteriyal
genler faj DNA’sı ile birlikte kesilirken,bazı faj
genleri de geride bırakılabilir.

Bu faj bir sonraki enfeksiyonda olgun fajlar
oluşturamaz.Fakat yardımcı faj olarak
adlandırılan canlı bir virion,hasarlı fajda eksik
olan fonksiyonları tamamlayabilir.
 λdgal ve yardımcı faj hücreyi birlikte enfekte
ettiklerinde,lizatta yüksek sayıdaki normal
lamda virionlarının yanı sıra birkaç tane de
λdgal partikülü bulunur.

FAJ DÖNÜŞÜMÜ


Normal ılımlı bir faj bir hücreyi lizojenik hale getirerek,faj
DNA’sı profaj durumuna dönüştüğünde,bu hücre aynı tür
fajların yeni enfeksiyonlarına karşı bağışıklık
kazanır.Kazanılan bu bağışıklık fenotipte bir değişiklik
olarak düşünülebilir.
Fakat lizojenik hücrede sıklıkla faj bağışıklığı ile ilgili
olmayan diğer fenotipik değişikliklerde
gözlenebilmektedir.Normal ılımlı bir fajın oluşturduğu
lizojenizasyon sonucu meydana gelen bu tip değişiklikler
faj dönüşümü olarak adlandırılır.
KONJUGASYON
Hücreden hücreye plazmit aktarımının ana
mekanizması konjugasyondur ve bu fonksiyon
bazı plazmitlerin kendisi tarafından kodlanır.
 Konjugasyon işlemi,belirli tipte bir konjugatif
plazmit taşıyan bir verici hücreyi ve bu plazmiti
taşımayan bir alıcı hücreyi içerir.Konjugasyonu
kontrol eden genler plazmitin tra bölgesinde
bulunur.tra bölgesinde bulunan genlerin çoğu
eşlerin çiftleşmesinde ve bir hücre yüzey yapısı
olan eşey piluslarının sentezlenmesinde rol
oynar.Sadece verici hücreler bu eşey piluslarını
üretirler.


Piluslar,alıcı hücredeki bir
reseptör ile özgünlükle
temas kurmakta ve daha
sonra kısalarak iki
hücreyi birbirine
yaklaştırmaktadır.Daha
sonra,verici ve alıcı
hücreler arasındaki
temas kararlı hale
dönüşmekte ve DNA bir
hücreden diğerine
aktarılmaktadır.
KONJUGASYON SIRASINDA DNA AKTARIMININ
MEKANİZMASI



Konjugasyon hücrelerarası temas ile tetiklenir ve bu
anda halkasal plazmit DNA’sının bir zincirinde bir
kırık meydana gelir ve bu zincir alıcı hücreye aktarılır.
İşlemi başlatmak için gerekli olan TraI kesme enzimi
F plazmitinin tra operonu tarafından kodlanır.Bu
protein aynı zamanda helikaz aktivitesine sahip
olduğu için,aktarılan zincirin çözülmesinde de görev
alır.
Bu aktarım sırasında,verici hücreden ayrılan zincirin
yerine dönen çember mekanizması ile yeni DNA
sentezlenirken,alıcı hücrede de komplemanter DNA
zinciri sentezlenir.

Plazmit genleri bir alıcı hücrede ifade edilmeye
başlandığı zaman,alıcı hücre de verici hücreye
dönüşür ve diğer alıcı hücrelere plazmit
aktarımı yapabilir.Bu yöntemle populasyonlar
arasında hızla yayılan konjugatif plazmitler bu
yönüyle bir bulaşıcı ajan gibi davranır.Bu
bulaşıcı nitelik ekolojik olarak oldukça
önemlidir.
Bir kromozomdaki genlerin düzeni daima aynı
olmak zorunda değildir;çünkü bazı genler
hareket etme yeteneğine sahiptir.
 Genomda bir genin bir yerden başka bir yere
hareket etmesine transpozisyon adı verilir ve bu
işlem evrimde ve genetik analizlerde oldukça
önem taşır.

Transpozisyon, transpozon elementleri olarak
adlandırılan özel genetik öğelerin bulunmasına
bağlıdır.
 Transpozisyon ilk olarak mısır bitkisinde
keşfedilmiştir.

TRANSPOZONLAR VE HAREKETLİ ELEMANLAR
Bakterilerde üç çeşit transpozon elementi
bulunur:
1. İnsersiyon Dizileri
2. Transpozonlar
3. Özel Virüsler

Bu elementlerin önemli iki ortak özelliği vardır:
1. Bunların her ikiside transpozisyon için gerekli
olan transpozaz adlı bir enzimi kodlayan
genleri taşır.
2. Bunların her ikisi de DNA’larının uçlarında kısa
ters terminal tekrarlar içerir.


Bu tekrarlar uzunluk olarak,basit IS
elementlerinde 20 bç’den az olabileceği
gibi,bazı transpozonlarda 1 kbç’den fazla
olabilmekte ve her farklı IS’nin terminal
tekrarları kendine özgü baz çifti sayısına sahip
olabilmektedir.
İnsersiyon dizileri transpozon elementlerinin en
basit grubudur ve yeni yerlerine hareketlerini
sağlayan genler dışında herhangi bir gen
taşımazlar.
 İnsersiyon dizileri genomun özgül bölgelerine
entegre olabilen,yaklaşık 1000 bç
uzunluğundaki kısa DNA parçalarıdır.


İnsersiyon dizileri
kromozomal
DNA’da,plazmitlerde ve
bazı bakteriyofajlarda
bulunur.

Transpozonlar
insersiyon dizilerinden
daha büyük olup,diğer
genleri de taşırlar.

Bunlara ek olarak,konjugatif transpozonlar
vardır ve bunlar bakteri türleri arasında
konjugasyon yolu ile hareket edebilen
transpozonlardır.
TRANSPOZİSYONUN MEKANİZMASI
İki tip transpozisyon mekanizması
bilinmektedir:
1. Konservatif
2. Replikatif


Konservatif
transpozisyonda,transpozon
elementi kromozomdaki bir
bölgeden koparak çıkar ve
yeni bir bölgeye tekrar girer.Bu
nedenle konservatif
transpozonlar bir tane kopya
sayısına sahiptir.

Buna karşılık,replikatif
transpozisyonda yeni bir
kopya sentezlenmekte
ve bu kopya kromozom
üzerinde başka bir yere
girmektedir.

Konservatif

transpozisyonda,verici
bölge kesilir ve tek
zincirli bölgeler
replikasyon onarımı ile
doldurulur.Bu
işlem,hedef bölgedeki
transpozonun uçlarında
direkt tekrarların
oluşması ile sonuçlanır.
Replikatif
transpozisyonda,replikasyon
onarımı transpozon elementi
hem orijinal yerine ve hem
de hedef bölgeye hala
bağlıyken meydana gelir. Bu
durum birleşik bir yapının
oluşması ile sonuçlanır.

Transpozisyon aslında bir rekombinasyon
işlemidir.Ancak,bu rekombinasyon homolog
diziler arasında meydana gelmez veya hücrenin
genel rekombinasyon sistemi
kullanılmaz.Transpozisyon,genel
rekombinasyonda rol alan RecA proteinlerini
değil transpozazı kullanmaktadır.
İNTEGRONLAR
İntegronlar diğer kaynaklardan gelen genleri
yakalayıp ifade edebilen transpozonlardır.
 İntegronlar rastgele insersiyon yapmazlar ve
insersiyon bölgesi konusunda oldukça
seçicidirler.Bunlar sıklıkla plazmitlere
insersiyon yaparlar.
 İntegronlar yönlendirilmiş rekombinasyon için
gerekli olan integraz proteinini kodlayan bir
gen içerirler.

KAYNAKÇA





BROCK BİOLOGYOF MİCROORGANİSMS
MOLEKÜLER BİOLOGY OF THE GENE
MOLEKÜLER BİYOLOJİ
https://www.google.com.tr/search?q=MISIR&source=ln
ms&tbm=isch&sa=X&ved=0ahUKEwip6fD7oMXJAhWq9
HIKHUZNBDEQ_AUIBygB#imgrc=lEZslJ99YbIHHM%3A
https://www.google.com.tr/search?q=bacillus&espv=2
&biw=1242&bih=590&source=lnms&tbm=isch&sa=X&
ved=0ahUKEwinyYeek8_JAhXGCiwKHXwJDdMQ_AUIBigB
&dpr=1.1#imgdii=jZPI2DmqVb8oXM%3A%3BjZPI2Dmq
Vb8oXM%3A%3BjBztqmXeos2npM%3A&imgrc=jZPI2Dm
qVb8oXM%3A
HAZIRLAYAN :
Ayşe CEBECİ
Download