TİROİT KANSERLİ OLGULARDA RET - Gazi Üniversitesi Açık Arşiv

TİROİT KANSERLİ OLGULARDA RET (REarranged during
Transfection) PROTO-ONKOGEN MUTASYONLARININ
ARAŞTIRILMASI
Naciye Selcen BAYRAMCI
YÜKSEK LİSANS TEZİ
BİYOLOJİ
GAZİ ÜNİVERSİTESİ
FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ
HAZİRAN 2008
ANKARA
Naciye
Selcen
BAYRAMCI
tarafından
hazırlanan
TİROİT
KANSERLİ
OLGULARDA RET (REarranged during Transfection) PROTO-ONKOGEN
MUTASYONLARININ ARAŞTIRILMASI adlı bu tezin Yüksek Lisans tezi olarak
uygun olduğunu onaylarım.
Prof. Dr. Leyla AÇIK
…………………….........
Tez Danışmanı, Biyoloji Anabilim Dalı
Bu çalışma, jürimiz tarafından oy birliği ile Biyoloji Anabilim Dalında Yüksek
Lisans tezi olarak kabul edilmiştir.
Prof. Dr. İlhan YETKİN
………………………….
İç Hastalıkları Anabilim Dalı, Gazi Üniversitesi
Prof. Dr. Leyla AÇIK
………………………….
Biyoloji Anabilim Dalı, Gazi Üniversitesi
Prof. Dr. Sibel SÜMER
………………………….
Biyoloji Anabilim Dalı, Hacettepe Üniversitesi
Tarih: 17/06/2008
Bu tez ile G.Ü. Fen Bilimleri Enstitüsü Yönetim Kurulu Yüksek Lisans derecesini
onamıştır.
Prof. Dr. Nermin ERTAN
Fen Bilimleri Enstitüsü Müdürü
………………………….
TEZ BİLDİRİMİ
Tez içindeki bütün bilgilerin etik davranış ve akademik kurallar çerçevesinde elde
edilerek sunulduğunu, ayrıca tez yazım kurallarına uygun olarak hazırlanan bu
çalışmada bana ait olmayan her türlü ifade ve bilginin kaynağına eksiksiz atıf
yapıldığını bildiririm.
Naciye Selcen BAYRAMCI
iv
TİROİT KANSERLİ OLGULARDA RET (REarranged during Transfection)
PROTO-ONKOGEN MUTASYONLARININ ARAŞTIRILMASI
(Yüksek Lisans Tezi)
Naciye Selcen BAYRAMCI
GAZİ ÜNİVERSİTESİ
FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ
Haziran 2008
ÖZET
RET proto-onkogeninin klonlanmasının ardından RET proto-onkogeninde
meydana gelen mutasyonların medüller tiroit kanseri, papiller tiroit kanseri ve
Hirschsprung hastalığına neden olduğu tespit edilmiştir. Tiroit kanseri ile
ilişkilendirilen 10. kromozomun q kolunun 11.2 bandında yer alan RET protoonkogeninin 10., 11. ve 13. ekzonlarındaki mutasyonların taranması amacıyla
Polimeraz Zincir Reaksiyonu-otomatik DNA dizi analizi yöntemiyle 108 tiroit
hastası ve 85 kontrol grubu olmak üzere 193 birey incelenmiştir. 108 tiroit
hastası içerisinden 15 hastada (%13,88) RET proto-onkogeninin 11. ekzon
bölgesinde ve 31 hastada (%28,70) 13. ekzon bölgesinde mutasyonlar tespit
edilmiştir. Ancak, incelemiş olduğumuz 108 tiroit hastasının hiçbirinde RET
proto-onkogeninin 10. ekzon bölgesinde mutasyon gözlenmemiştir. RET protoonkogeninin 11. ekzon bölgesine ait 630. kodonda TGC (sistein) → CAT
(histidin), 632. kodonda GAG (glutamik asit) → AGC (serin), 633. kodonda
CTG (lösin) → TGG (triptofan), 634. kodonda TGC (sistein) → TGG
(triptofan), 635. kodonda CGC (arjinin) → AGC (serin), 637. kodonda GTG
(valin) → GTT (valin), 659. kodonda TGC (sistein) → TAC (tirozin), 662.
kodonda AAG (lizin) → AGT (serin), 691. kodonda GGT (gly) → GGG (gly),
697. kodonda CTG (leu) → ATG (met), 701. kodonda GAG (glutamik asit) →
AAG (lizin), 702. kodonda AAC (asparajin) → AAA (lizin) ve 703. kodonda
CAG (glutamin) → AAG (lizin) mutasyonlarının literatürde henüz tanımlı
v
olmayan mutasyonlar olduğu tespit edilmiştir. Diğer araştırmacılar tarafından
günümüze kadar yapılmış çeşitli çalışmalarda, medüller tiroit kanseri ile
ilişkilendirilmiş Cys630Ser mutasyonu papiller tiroit kanserli 5 hastada,
folliküler tiroit kanserli 1 hastada ve multipl endokrin neoplazili 1 hastada
belirlenmiş olup multipl endokrin neoplazi tip 2A ile ilişkilendirilmiş Gly691Ser
mutasyonu ise papiller tiroit kanserli 2 hastada belirlenmiştir. RET protoonkogeninin 13. ekzon bölgesine ait 763. kodonda AAC (aspartik asit) → AAT
(aspartik asit), 765. kodonda TCC (serin) → TGC (sistein), 767. kodonda AGC
(serin) → AGG (arjinin), 770. kodonda CGA (arjinin) → CAA (glutamik asit)
ve 795. kodonda AGC (serin) → ACC (treonin) mutasyonlarının literatürde
henüz tanımlı olmayan mutasyonlar olduğu tespit edilmiştir. Tespit edilmiş tüm
mutasyonlar ile hasta ve kontrol grubu arası korelasyon analizleri yapılmış,
istatistiksel olarak bir anlam bulunamamıştır (p=0,67). Bu tez çalışmasında,
tanımlanmış
olan
mutasyonların
tiroit
kanseri
ve
tiroit
hastalıkları
patogenezinde oynadıkları rolün anlaşılabilmesi ve RET proto-onkogeninin
genetik profilinin belirlenmesine yönelik olarak ileride yapılacak gen ifadesi
çalışmalarına bir temel oluşturması amaçlanmıştır. Tiroit kanserli hastalarda
kanserle ilişkilendirilen RET proto-onkogeninde mutasyon analizi yapılmasıyla,
tiroit kanseri tanılı bireyin ailesindeki ve akrabalarındaki genç bireylerde
hastalık belirtisi oluşmadan ve/veya hastalık ilerlemeden erken tanı konulması
ve tedaviye başlanmasıyla hastalığın ilerlemesinin engellenmesi yolunda adım
atılmış olacaktır.
Bilim Kodu
Anahtar Kelimeler
Sayfa Adedi
Tez Yöneticisi
: 203.1.104
: Tiroit kanseri, RET, DNA dizi analizi, mutasyon
: 199
: Prof. Dr. Leyla AÇIK
vi
AN INVESTIGATION OF RET (REarranged during Transfection) PROTOONCOGENE MUTATIONS IN THYROID CARCINOMA
(M.Sc. Thesis)
Naciye Selcen BAYRAMCI
GAZİ UNIVERSITY
INSTITUTE OF SCIENCE AND TECHNOLOGY
June 2008
ABSTRACT
After the cloning of proto-oncogene RET, it has been identified that the
mutation which occurs within the proto-oncogene RET causes medullary
thyroid carcinoma, papillary thyroid carcinoma and Hirschsprung’s disease.
With the aim of exploring the mutation in the 10th, 11th and the13th exons of
proto-oncogene RET which exist in 11.2 band in q arm of 10th chromosome that
is associated with thyroid carcinoma, 193 people including 108 of thyroid
patients and 85 of control groups were examined by Polymerase Chain
Reaction-automatic DNA sequence analysis method. Out of 108 thyroid patients
was found mutation on 11th exon of proto-oncogene RET in 15 patients
(13,88%) and on 13th exon in 31 patients (28,70%). However, none of the
examined patients had mutation on the 10th exon of proto-oncogene RET. The
correlation analysis has been conducted between the whole mutation instances
identified the patient and control group, but no statistical meaning has been
figured out (p=0,67). In the 630th codon of 11th exon of proto-oncogene RET was
found TGC (sistein) → CAT (histidin), in the 632nd codon of GAG (glutamic
acid) → AGC (serine), 633rd codon CTG (leucine) → TGG (tryptophan), 634th
codon TGC (cysteine) → TGG (tryptophan), 635th codon CGC (arginine) →
AGC (serine), 637th codon GTG (valine) → GTT (valine), 659th codon TGC
(sisteine) → TAC (tyrosine), 662nd codon AAG (lysine) → AGT (serine), 691st
codon GGT (gly) → GGG (gly), 697th codon CTG (leu) → ATG (met), 701st
vii
codon GAG (glutamic acid) → AAG (lysine), 702nd codon AAC (asparagine) →
AAA (lysine) and in the 703rd codon CAG (glutamine) → AAG (lysine)
mutations that do not exist defined in literature. In the research done by other
researchers so far, it has been identified that Cys630Ser mutation that is
associated with medullary thyroid carcinoma is diagnosed on 5 patients with
papillary thyroid carcinoma, 1 patient with follicular thyroid carcinoma and 1
patient with multinodular goiter, also Gly691Ser mutation that is associated
with multiple endocrine neoplasia type 2A is diagnosed on 2 patients with
papillary thyroid carcinoma. In the 763th codon of 13th exon of proto-oncogene
RET was found AAC (aspartic acid) → AAT (aspartic acid), in the 765th codon
TCC (serine) → TGC (cysteine), 767th codon AGC (serine) → AGG (arginine),
770th codon CGA (arginine) → CAA (glutamic acid) and in the 795th codon AGC
(serine) → ACC (threonine) mutations that do not exist defined in literature. In
this thesis study, it is aimed to figure out the roles of the mentioned mutations in
pathogens of thyroid carcinoma and thyroid diseases and also to set up a basis
for the gene representation studies that will be conducted to define the genetic
profile of proto-oncogene RET in the following years. By doing mutation
analysis in the proto-oncogene RET that is associated with thyroid carcinoma, a
step forward will be taken to early diagnosis on the young family members and
relatives of the patients before a symptom is observed or/and the disease is
worsened; and to avoid the disease from going- ahead by initiating the
treatment.
Science Code
Key Words
Page Number
Adviser
: 203.1.104
: Thyroid carcinoma, RET, DNA sequence analyse, mutation
: 199
: Prof. Dr. Leyla AÇIK
viii
TEŞEKKÜR
Çalışmalarım boyunca değerli bilgi ve yardımlarını esirgemeyen, tecrübeleriyle yol
gösteren ve çalışma etiğini örnek aldığım danışman hocam Prof. Dr. Leyla AÇIK’a,
Bu tez çalışmasının gerçekleşmesi için gerekli materyallerin sağlanmasında
yardımlarını esirgemeyen Ankara Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesi başhekimi
Dr. Mahmut KOÇ’a ve 5. Genel Cerrahi bölümünden Dr. Mehmet KILIÇ’a, Dr.
Abdurrahman Yurtarslan Ankara Onkoloji Eğitim ve Araştırma Hastanesi başhekimi
Dr. Cebrail ŞİMŞEK ve Nükleer Tıp bölümünden Dr. Gülin Uçmak VURAL’a,
Çalışmalarım süresince deneyim ve tecrübeleriyle bana yardımcı olan Doç. Dr.
Mehmet Ali ERGÜN ve Yrd. Doç. Dr. Doruk ENGİN’e,
Çalışmalarım sırasında dostluk ve desteğini esirgemeyen Lütfiye Yasemin KOÇ’a ve
diğer arkadaşlarıma,
Beni yetiştiren canım hocam merhum Prof. Dr. Ali ARSEVEN’e, bana emek veren
Av. Hilmi BARLAS’a ve manevi abim Suat BAŞARAN’a,
Yanımda olamasa da varlığını her zaman hissettiğim canım babam merhum Av.
Ergin BAYRAMCI, eğitimin hep ön planda yer aldığı bir ortamda beni yetiştiren,
hedeflerimi gerçekleştirmem için beni her yönden destekleyen ve her zaman yanımda
olan sevgili annem Selma BAYRAMCI ve kardeşlerim Güldalı, Seda ve Giray
BAYRAMCI’ya
En içten teşekkürlerimi sunuyorum.
ix
İÇİNDEKİLER
Sayfa
ÖZET…………………………………………………………………………. iv
ABSTRACT…………………………………………………………………..
vi
TEŞEKKÜR…………………………………………………………………..
viii
İÇİNDEKİLER……………………………………………………………….
ix
ÇİZELGELERİN LİSTESİ…………………………………………………..
xii
ŞEKİLLERİN LİSTESİ………………………………………………………
xiv
SİMGELER VE KISALTMALAR…………………………………………..
xxiii
1. GİRİŞ……………………………………………………………………..
1
2. KURAMSAL TEMELLER VE KAYNAK ARAŞTIRMASI………........ 3
2.1. Kanser………………………………………………………………... 3
2.1.1. Proto-onkogenler ve onkogenler……………………………... 8
2.1.2. Tümör baskılayıcı genler……………………………………..
12
2.1.3. Hücre döngüsü ve kanser…………………………………….. 14
2.2. Tiroit…………………………………………………………...........
16
2.2.1. Tiroit embriyolojisi…………………………………………... 16
2.2.2. Tiroit anatomisi………………………………………………. 16
2.2.3. Tiroit histolojisi………………………………………………
17
2.2.4. Tiroit fizyolojisi………………………………………………
18
2.2.5. Tiroit bezinin tümörleri………………………………………. 24
2.3. Reseptör Tirozin Kinazlar…………………………………………...
29
2.3.1. RET (REarranged during Transfection) proto-onkogeni……..
30
2.3.2. RET proteini………………………………………………….. 34
x
Sayfa
2.4. Moleküler Teknikler…………………………………………............ 38
3.
2.4.1. Polimeraz Zincir Reaksiyonu……………………………….
38
2.4.2. Agaroz jel elektroforezi………………………………………
39
2.4.3. DNA dizi analizi……………………………………………..
39
MATERYAL VE METOT……………………………………………...
42
3.1. Materyal……………………………………………………………..
42
3.1.1. İncelenen kan örneklerinin toplanması……………………..... 42
3.1.2. Tampon ve çözeltiler…………………………………………
42
3.2. Metot………………………………………………………………...
46
3.2.1. Periferik kandan DNA izolasyonu…………………………… 46
3.2.2. Polimeraz Zincir Reaksiyonu………………………………...
47
3.2.3. Agaroz jel elektroforezi………………………………………
48
3.2.4. DNA dizi ve BLAST analizi…………………………………. 48
3.2.5. İstatistiksel analiz…………………………………………….
49
4. DENEYSEL BULGULAR………………………………………………
50
4.1. RET Proto-Onkogeninin 10. Ekzon Bölgesine Ait PZR ve DNA
Dizi Analizi Sonuçları…………………….……………..…….......... 50
4.2. RET Proto-Onkogeninin 11. Ekzon Bölgesine Ait PZR ve DNA
Dizi Analizi Sonuçları……………………….……..………….......... 52
4.3. RET Proto-Onkogeninin 13. Ekzon Bölgesine Ait PZR ve DNA
Dizi Analizi Sonuçları………………………………..……………... 87
5.
SONUÇ VE ÖNERİLER…………………………………………….......
154
KAYNAKLAR……………………………………………………………….. 170
EKLER…………………………………………………………….………….
185
xi
Sayfa
EK-1 Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Yerel Etik Kurulu’nun tez projesi
hakkındaki kararı……………………………………………………... 186
EK-2 Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Yerel Etik Kurulu tarafından
onaylanmış bilgilendirilmiş gönüllü olur formu…………………….... 187
EK-3 Çalışmamız kapsamında incelemiş olduğumuz kanserli ve kontrol
grubu olmak üzere toplam 193 bireyin sıralı listesi………………….. 192
ÖZGEÇMİŞ…………………………………………………………………..
199
xii
ÇİZELGELERİN LİSTESİ
Çizelge
Sayfa
Çizelge 3.1. RET proto-onkogeninin 10., 11. ve 13. ekzon bölgelerinin
belirlenmesi için kullanılan primerler ve çoğaltılan gen
bölgelerinin büyüklükleri……………………………………... 45
Çizelge 4.1. RET proto-onkogeninin 11. ekzon bölgesine ait istatistiksel
veriler…………………………………………………………. 53
Çizelge 4.2. En sık mutasyon tespit edilmiş olan RET proto-onkogeninin
11. ekzon bölgesine ait 630. kodon ile papiller ve folliküler
tiroit kanserli hastalar ve kontrol grubu arasındaki ilişkileri
belirlemek amacı ile uygulanmış Yates süreklilik düzeltmesi
verileri…………........................................................................ 54
Çizelge 4.3. RET proto-onkogeninin ekzon 11 bölgesinde tespit edilmiş
mutasyon tipleri……………………………………………….. 55
Çizelge 4.4. Çalışmamız kapsamında incelemiş olduğumuz 86 papiller
tiroit kanseri, 5 folliküler tiroit kanseri, 2 medüller tiroit
kanseri, 2 anaplastik tiroit kanseri, 1 benign tiroit kanseri, 7
multinodüler guatr, 4 diffüz guatr ve 1 hipertiroidi olmak
üzere 108 tiroit hastasından RET proto-onkogeninin 11. ekzon
bölgesinde mutasyon tespit edilmiş 15 tiroit hastasının dahil
olduğu hastalık grupları ile mutasyon tespit edilmiş 11. ekzon
bölgesine ait kodonlar arasındaki ilişkinin gösterimi (kontrol
grubunda mutasyon saptanmamıştır.n=85)…………………… 56
Çizelge 4.5. RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesine ait istatistiksel
veriler…………………………………………………………. 88
Çizelge 4.6. En sık mutasyon tespit edilmiş olan RET proto-onkogeninin
13. ekzon bölgesine ait 769. kodon ile papiller, folliküler ve
anaplastik tiroit kanserli hastalar ve kontrol grubu arasındaki
ilişkileri belirlemek amacı ile uygulanmış Ki-kare testi
verileri………………………………………………………… 89
Çizelge 4.7. RET proto-onkogeninin ekzon 13 bölgesinde tespit edilmiş
mutasyon tipleri……………………………………………….. 90
xiii
Çizelge
Sayfa
Çizelge 4.8. Çalışmamız kapsamında incelemiş olduğumuz 86 papiller
tiroit kanseri, 5 folliküler tiroit kanseri, 2 medüller tiroit
kanseri, 2 anaplastik tiroit kanseri, 1 benign tiroit kanseri, 7
multinodüler guatr, 4 diffüz guatr ve 1 hipertiroidi olmak
üzere 108 tiroit hastasından RET proto-onkogeninin 13. ekzon
bölgesinde mutasyon tespit edilmiş 31 tiroit hastasının dahil
olduğu hastalık grupları ile mutasyon tespit edilmiş 13. ekzon
bölgesine ait kodonlar arasındaki ilişkinin gösterimi (kontrol
grubunda mutasyon saptanmamıştır.n=85)…………………… 91
Çizelge 5.1. Çalışmamız kapsamında RET proto-onkogeninin 10, 11. ve
13. ekzon bölgelerinde tespit etmiş olduğumuz mutasyonlar,
kodon bölgeleri ile kanser tipi ve hastaların cinsiyetleri
arasındaki ilişkinin gösterimi……………………….………… 166
xiv
ŞEKİLLERİN LİSTESİ
Sayfa
Şekil
Şekil 2.1.
Kanser patogenezini şematik olarak gösteren sadeleştirilmiş
akış diyagramı………………………………………………… 4
Şekil 2.2.
Metastaz ve kanser oluşumu…………………………………..
Şekil 2.3.
Kanser oluşum sürecinin aşamaları…………………………… 7
Şekil 2.4.
Hücre döngüsü ve bölümleri…………………………………..
Şekil 2.5.
Tiroidin konumu………………………………………………. 17
Şekil 2.6.
Tiroit hücreleri ………………………………………………... 18
Şekil 2.7.
İyot ve tiroit hastalıkları ilişkisi……………………………….
Şekil 2.8.
Tirozinin iyodinasyonu (a) Monoiyodotirozin (MİT) ve (b)
Diiyodotirozin (DİT) yapısı…………………………………... 21
Şekil 2.9.
Tiroit hormonlarının yapısı……………………………………
22
Şekil 2.10.
Tiroit hormon sentezi………………………………………….
23
Şekil 2.11.
Reseptör tirozin kinazın alt sınıflarının şematik gösterimi……
29
Şekil 2.12.
RET proto-onkogeninin 10. kromozom üzerindeki moleküler
yerleşimi………………………………………………………. 30
Şekil 2.13.
RET proto-onkogeninin yapısı………………………………...
Şekil 2.14.
RET proto-onkogeni bir reseptör tirozin kinaz olup hücre
membranında yer alır ve ligandının bir koreseptöre
bağlanmasıyla aktive olur……..………………………………. 34
Şekil 2.15.
Hücre dışı büyüme faktörlerinin sinyalleri tarafından aktive
edilen GRB2, SOS, RAS, RAF, MEK, MAPK, myc, jun/fos
(AP-1) sinyal yolunun şematik gösterimi……………………... 37
Şekil 4.1.
RET proto-onkogenine ait ekzon 10 bölgesinin çoğaltılması
için kullanılan RET10 primerinin yerleşim bölgeleri ve DNA
dizi analizi yapılan RET proto-onkogeninin ekzon 10
bölgesi……………………...…................................................. 51
6
15
20
31
xv
Şekil
Sayfa
Şekil 4.2.
RET proto-onkogeninin ekzon 10 bölgesinin RET10 primeri
kullanılarak elde edilen 373 baz çifti uzunluğundaki PZR
ürünlerinin agaroz jelde gösterilmesi…………………….…… 51
Şekil 4.3.
RET proto-onkogenine ait ekzon 11 bölgesinin çoğaltılması
için kullanılan RET11 primerinin yerleşim bölgeleri ve dizi
analizi yapılan RET proto-onkogeninin ekzon 11 bölgesi…..... 52
Şekil 4.4.
RET proto-onkogeninin ekzon 11 bölgesinin RET11 primeri
kullanılarak elde edilen 561 baz çifti uzunluğundaki PZR
ürünlerinin agaroz jelde gösterilmesi…………………………. 53
Şekil 4.5.
Papiller tiroit kanserli olgu 8’e ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları…………………………………. 57
Şekil 4.6.
Papiller tiroit kanseri olgu 8’de RET proto-onkogeninin 11.
ekzon bölgesine ait 691. kodonda GGT (glisin) → GGG
(glisin) sessiz mutasyonu ve 697. kodonda CTG (lösin) →
ATG (metiyonin) anlamlı mutasyonu………………………… 58
Şekil 4.7.
Papiller tiroit kanserli olgu 96’ya ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları…………………………………. 59
Şekil 4.8.
Papiller tiroit kanserli olgu 96’da RET proto-onkogeninin 11.
ekzon bölgesine ait 631. kodonda GAC (aspartik asit) →
GAG (glutamik asit), 632. kodonda GAG (glutamik asit) →
AGC (serin), 633. kodonda CTG (lösin) → TGG (triptofan)
ve 691. kodonda GGT (glisin) → AGT (serin) anlamlı
mutasyonları..............................................…............................. 60
Şekil 4.9.
Papiller tiroit kanserli olgu 100’e ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları…………………………………. 61
Şekil 4.10.
Papiller tiroit kanserli olgu 100’de RET proto-onkogeninin 11.
ekzon bölgesine ait 634. kodonda TGC (sistein) → TGG
(triptofan) ve 635. kodonda CGC (arjinin) → AGC (serin)
anlamlı mutasyonları……………………………………...…... 62
Şekil 4.11.
Papiller tiroit kanserli olgu 101’e ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları…………………………………. 63
Şekil 4.12.
Papiller tiroit kanserli olgu 101’de RET proto-onkogeninin 11.
ekzon bölgesine ait 637. kodonda GTG (valin) → GTT (valin)
sessiz mutasyonu…………………..………………………….. 64
xvi
Şekil
Sayfa
Şekil 4.13.
Papiller tiroit kanserli olgu 103’e ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları…………………………………. 65
Şekil 4.14.
Papiller tiroit kanserli olgu 103’de RET proto-onkogeninin 11.
ekzon bölgesine ait 630. kodonda TGC (sistein) → AGC
(serin) ve 702. kodonda AAC (asparajin) → AAA (lizin)
anlamlı mutasyonları…………………………...……………... 66
Şekil 4.15.
Multinodüler guatrlı olgu 109’a ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları…………………………………. 67
Şekil 4.16.
Multinodüler guatrlı olgu 109’da RET proto-onkogeninin 11.
ekzon bölgesine ait 630. kodonda TGC (sistein) → AGC
(serin) anlamlı mutasyonu…………………….………………. 68
Şekil 4.17.
Papiller tiroit kanserli olgu 112’ye ait gen dizisi ile gen
bankası dizisinin eşleştirme sonuçları………………………… 69
Şekil 4.18.
Papiller tiroit kanserli olgu 112’de RET proto-onkogeninin 11.
ekzon bölgesine ait 630. kodonda TGC (sistein) → AGC
(serin) anlamlı mutasyonu…………………….………………. 70
Şekil 4.19.
Papiller tiroit kanserli olgu 128’e ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları…………………………………. 71
Şekil 4.20.
Papiller tiroit kanserli olgu 128’de RET proto-onkogeninin 11.
ekzon bölgesine ait 701. kodonda GAG (glutamik asit) →
AAG (lizin), 702. kodonda AAC (asparajin) → AAA (lizin)
ve 703. kodonda CAG (glutamin) → AAG (lizin) anlamlı
mutasyonları…………………………………………………... 72
Şekil 4.21.
Papiller tiroit kanserli olgu 130’a ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları…………………………………. 73
Şekil 4.22.
Papiller tiroit kanserli olgu 130’da RET proto-onkogeninin 11.
ekzon bölgesine ait 659. kodonda TGC (sistein) → TAC
(tirozin) ve 662. kodonda AAG (lizin) → AGT (serin) anlamlı
mutasyonları…………………………………………………... 74
Şekil 4.23.
Papiller tiroit kanserli olgu 133’e ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları…………………………………. 75
Şekil 4.24.
Papiller tiroit kanserli olgu 133’de RET proto-onkogeninin 11.
ekzon bölgesine ait 691. kodonda GGT (glisin) → AGT
(serin) anlamlı mutasyonu…………….………………………. 76
xvii
Şekil
Sayfa
Şekil 4.25.
Papiller tiroit kanserli olgu 137’ye ait gen dizisi ile gen
bankası dizisinin eşleştirme sonuçları………………………… 77
Şekil 4.26.
Papiller tiroit kanserli olgu 137’de RET proto-onkogeninin 11.
ekzon bölgesine ait 630. kodonda TGC (sistein) → AGC
(serin) anlamlı mutasyonu………………….…………………. 78
Şekil 4.27.
Papiller tiroit kanserli olgu 138’e ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları…………………………………. 79
Şekil 4.28.
Papiller tiroit kanserli olgu 138’de RET proto-onkogeninin 11.
ekzon bölgesine ait 630. kodonda TGC (sistein) → AGC
(serin) anlamlı mutasyonu………………………….…………. 80
Şekil 4.29.
Papiller tiroit kanserli olgu 141’e ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları…………………………………. 81
Şekil 4.30.
Papiller tiroit kanserli olgu 141’de RET proto-onkogeninin 11.
ekzon bölgesine ait 630. kodonda TGC (sistein) → AGC
(serin) anlamlı mutasyonu………………………….…………. 82
Şekil 4.31.
Folliküler tiroit kanserli olgu 143’e ait gen dizisi ile gen
bankası dizisinin eşleştirme sonuçları………………………… 83
Şekil 4.32.
Folliküler tiroit kanserli olgu 143’te RET proto-onkogeninin
11. ekzon bölgesine ait 630. kodonda TGC (sistein) → AGC
(serin) anlamlı mutasyonu………………………….…………. 84
Şekil 4.33.
Folliküler tiroit kanserli olgu 187’ye ait gen dizisi ile gen
bankası dizisinin eşleştirme sonuçları………………………… 85
Şekil 4.34.
Folliküler tiroit kanserli olgu 187’de RET proto-onkogeninin
11. ekzon bölgesine ait 630. kodonda TGC (sistein) → CAT
(histidin) ve 631. kodonda GAC (aspartik asit) → ACC
(treonin) anlamlı mutasyonu…………………………….……. 86
Şekil 4.35.
RET proto-onkogenine ait ekzon 13 bölgesinin çoğaltılması
için kullanılan RET13 primerinin yerleşim bölgeleri ve dizi
analizi yapılan RET proto-onkogeninin ekzon 13 bölgesi……. 87
Şekil 4.36.
RET proto-onkogeninin ekzon 13 bölgesinin RET13 primeri
kullanılarak elde edilen 346 baz çifti uzunluğundaki PZR
ürünlerinin agaroz jelde gösterilmesi…………………………. 88
xviii
Şekil
Sayfa
Şekil 4.37.
Papiller tiroit kanserli olgu 2’ye ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları…………………………………. 92
Şekil 4.38.
Papiller tiroit kanserli olgu 2’de RET proto-onkogeninin 13.
ekzon bölgesine ait 769. kodonda tespit edilmiş CTT (lösin)
→ CTG (lösin) sessiz mutasyonu………………..……………. 93
Şekil 4.39.
Papiller tiroit kanserli olgu 9’a ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları…………………………………. 94
Şekil 4.40.
Papiller tiroit kanserli olgu 9’da RET proto-onkogeninin 13.
ekzon bölgesine ait 769. kodonda tespit edilmiş CTT (lösin)
→ CTG (lösin) sessiz mutasyonu……………………..………. 95
Şekil 4.41.
Papiller tiroit kanserli olgu 34’e ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları…………………………………. 96
Şekil 4.42.
Papiller tiroit kanserli olgu 34’de RET proto-onkogeninin 13.
ekzon bölgesine ait 769. kodonda tespit edilmiş CTT (lösin)
→ CTG (lösin) sessiz mutasyonu…………………..…………. 97
Şekil 4.43.
Papiller tiroit kanserli olgu 91’e ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları…………………………………. 98
Şekil 4.44.
Papiller tiroit kanserli olgu 91’de RET proto-onkogeninin 13.
ekzon bölgesine ait 795. kodonda tespit edilmiş AGC (serin)
→ ACC (treonin) anlamlı mutasyonu……………………….... 99
Şekil 4.45.
Anaplastik tiroit kanserli olgu 97’ye ait gen dizisi ile gen
bankası dizisinin eşleştirme sonuçları………………………… 100
Şekil 4.46.
Anaplastik tiroit kanserli olgu 97’de RET proto-onkogeninin
13. ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT (lösin) → CTG
(lösin) sessiz mutasyonu………………………………...…….. 101
Şekil 4.47.
Papiller tiroit kanserli olgu 99’a ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları…………………………………. 102
Şekil 4.48.
Papiller tiroit kanserli olgu 99’da RET proto-onkogeninin 13.
ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT (lösin) → CTG (lösin)
sessiz mutasyonu………………………………..…………….. 103
Şekil 4.49.
Multinodüler guatrlı olgu 110’a ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları…………………………………. 104
xix
Şekil
Sayfa
Şekil 4.50.
Multinodüler guatrlı olgu 110’da RET proto-onkogeninin 13.
ekzon bölgesine ait 765. kodonda TCC (serin) → CCC
(prolin) ve 767. kodonda AGC (serin) → AGG (arjinin)
anlamlı mutasyonları…………………………………...……... 105
Şekil 4.51.
Anaplastik tiroit kanserli olgu 114’e ait gen dizisi ile gen
bankası dizisinin eşleştirme sonuçları………………………… 106
Şekil 4.52.
Anaplastik tiroit kanserli olgu 114’de RET proto-onkogeninin
13. ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT (lösin) → CTG
(lösin) sessiz mutasyonu………………...…………………….. 107
Şekil 4.53.
Papiller tiroit kanserli olgu 124’e ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları…………………………………. 108
Şekil 4.54.
Papiller tiroit kanserli olgu 124’de RET proto-onkogeninin 13.
ekzon bölgesine ait 769. kodonda tespit edilmiş CTT (lösin)
→ CTG (lösin) sessiz mutasyonu…………………………..…. 109
Şekil 4.55.
Papiller tiroit kanserli olgu 129’a ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları…………………………………. 110
Şekil 4.56.
Papiller tiroit kanserli olgu 129’da RET proto-onkogeninin 13.
ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT (lösin) → CTG (lösin)
sessiz mutasyonu……………………..……………………….. 111
Şekil 4.57.
Papiller tiroit kanserli olgu 132’ye ait gen dizisi ile gen
bankası dizisinin eşleştirme sonuçları………………………… 112
Şekil 4.58.
Papiller tiroit kanserli olgu 132’de RET proto-onkogeninin 13.
ekzon bölgesine ait 769. kodonda tespit edilmiş CTT (lösin)
→ CTG (lösin) sessiz mutasyonu…………..…………………. 113
Şekil 4.59.
Papiller tiroit kanserli olgu 136’ya ait gen dizisi ile gen
bankası dizisinin eşleştirme sonuçları………………………… 114
Şekil 4.60.
Papiller tiroit kanserli olgu 136’da RET proto-onkogeninin 13.
ekzon bölgesine ait 769. kodonda tespit edilmiş CTT (lösin)
→ CTG (lösin) sessiz mutasyonu……………………………... 115
Şekil 4.61.
Papiller tiroit kanserli olgu 137’ye ait gen dizisi ile gen
bankası dizisinin eşleştirme sonuçları………………………… 116
xx
Şekil
Sayfa
Şekil 4.62.
Papiller tiroit kanserli olgu 137’de RET proto-onkogeninin 13.
ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT (lösin) → CTG (lösin)
sessiz mutasyonu……………………………………..……….. 117
Şekil 4.63.
Papiller tiroit kanserli olgu 142’ye ait gen dizisi ile gen
bankası dizisinin eşleştirme sonuçları………………………… 118
Şekil 4.64.
Papiller tiroit kanserli olgu 142’de RET proto-onkogeninin 13.
ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT (lösin) → CTG (lösin)
sessiz mutasyonu………………………..…………………….. 119
Şekil 4.65.
Folliküler tiroit kanserli olgu 143’e ait gen dizisi ile gen
bankası dizisinin eşleştirme sonuçları………………………… 120
Şekil 4.66.
Folliküler tiroit kanserli olgu 143’de RET proto-onkogeninin
13. ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT (lösin) → CTG
(lösin) sessiz mutasyonu……………………...……………….. 121
Şekil 4.67.
Papiller tiroit kanserli olgu 144’e ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları…………………………………. 122
Şekil 4.68.
Papiller tiroit kanserli olgu 144’de RET proto-onkogeninin 13.
ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT (lösin) → CTG (lösin)
sessiz mutasyonu…………………………………………..….. 123
Şekil 4.69.
Papiller tiroit kanserli olgu 146’ya ait gen dizisi ile gen
bankası dizisinin eşleştirme sonuçları………………………… 124
Şekil 4.70.
Papiller tiroit kanserli olgu 146’da RET proto-onkogeninin 13.
ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT (lösin) → CTG (lösin)
sessiz mutasyonu…………………..………………………….. 125
Şekil 4.71.
Papiller tiroit kanserli olgu 150’ye ait gen dizisi ile gen
bankası dizisinin eşleştirme sonuçları………………………… 126
Şekil 4.72.
Papiller tiroit kanserli olgu 150’de RET proto-onkogeninin 13.
ekzon bölgesine ait 769. kodonda tespit edilmiş CTT (lösin)
→ CTG (lösin) sessiz mutasyonu…………………………..…. 127
Şekil 4.73.
Papiller tiroit kanserli olgu 151’e ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları…………………………………. 128
Şekil 4.74.
Papiller tiroit kanserli olgu 151’de RET proto-onkogeninin 13.
ekzon bölgesine ait 769. kodonda tespit edilmiş CTT (lösin)
→ CTG (lösin) sessiz mutasyonu……..………………………. 129
xxi
Şekil
Sayfa
Şekil 4.75.
Papiller tiroit kanserli olgu 152’ye ait gen dizisi ile gen
bankası dizisinin eşleştirme sonuçları………………………… 130
Şekil 4.76.
Papiller tiroit kanserli olgu 152’de RET proto-onkogeninin 13.
ekzon bölgesine ait 763. kodonda AAC (aspartik asit) → AAT
(aspartik asit) sessiz mutasyonu………….…………………… 131
Şekil 4.77.
Papiller tiroit kanserli olgu 157’ye ait gen dizisi ile gen
bankası dizisinin eşleştirme sonuçları………………………… 132
Şekil 4.78.
Papiller tiroit kanserli olgu 157’de RET proto-onkogeninin 13.
ekzon bölgesine ait 763. kodonda CTT (lösin) → CTG (lösin)
sessiz mutasyonu…………………..………………………….. 133
Şekil 4.79.
Papiller tiroit kanserli olgu 162’ye ait gen dizisi ile gen
bankası dizisinin eşleştirme sonuçları………………………… 134
Şekil 4.80.
Papiller tiroit kanserli olgu 162’de RET proto-onkogeninin 13.
ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT (lösin) → CTG (lösin)
sessiz mutasyonu…………………………..………………….. 135
Şekil 4.81.
Folliküler tiroit kanserli olgu 164’e ait gen dizisi ile gen
bankası dizisinin eşleştirme sonuçları………………………… 136
Şekil 4.82.
Folliküler tiroit kanserli olgu 164’de RET proto-onkogeninin
13. ekzon bölgesine ait 767. kodonda AGT (serin) → AGG
(arjinin) anlamlı mutasyonu ve 769. kodonda CTT (lösin) →
CTG (lösin) sessiz mutasyonu………………………...………. 137
Şekil 4.83.
Papiller tiroit kanserli olgu 165’e ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları…………………………………. 138
Şekil 4.84.
Papiller tiroit kanserli olgu 165’de RET proto-onkogeninin 13.
ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT (lösin) → CTG (lösin)
sessiz mutasyonu……………………………..……………….. 139
Şekil 4.85.
Papiller tiroit kanserli olgu 166’ya ait gen dizisi ile gen
bankası dizisinin eşleştirme sonuçları………………………… 140
Şekil 4.86.
Papiller tiroit kanserli olgu 166’da RET proto-onkogeninin 13.
ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT (lösin) → CTG (lösin)
sessiz mutasyonu……………………………..……………….. 141
Şekil 4.87.
Papiller tiroit kanserli olgu 168’e ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları…………………………………. 142
xxii
Şekil
Sayfa
Şekil 4.88.
Papiller tiroit kanserli olgu 168’de RET proto-onkogeninin
13. ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT (lösin) → CTG
(lösin) sessiz mutasyonu……………………...……………….. 143
Şekil 4.89.
Papiller tiroit kanserli olgu 169’a ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları…………………………………. 144
Şekil 4.90.
Papiller tiroit kanserli olgu 169’da RET proto-onkogeninin 13.
ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT (lösin) → CTG (lösin)
sessiz mutasyonu……………..……………………………….. 145
Şekil 4.91.
Papiller tiroit kanserli olgu 171’e ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları…………………………………. 146
Şekil 4.92.
Papiller tiroit kanserli olgu 171’de RET proto-onkogeninin 13.
ekzon bölgesine ait 765. kodonda TCC (serin) → TGC
(sistein) ve 770. kodonda CGA (arjinin) → CAA (glutamin)
anlamlı mutasyonları……………………………...................... 147
Şekil 4.93.
Papiller tiroit kanserli olgu 180’e ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları…………………………………. 148
Şekil 4.94.
Papiller tiroit kanserli olgu 180’de RET proto-onkogeninin
13. ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT (lösin) → CTG
(lösin) sessiz mutasyonu…………...………………………….. 149
Şekil 4.95.
Papiller tiroit kanserli olgu 183’e ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları…………………………………. 150
Şekil 4.96.
Papiller tiroit kanserli olgu 183’de RET proto-onkogeninin
13. ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT (lösin) → CTG
(lösin) sessiz mutasyonu…………………...………………….. 151
Şekil 4.97.
Papiller tiroit kanserli olgu 192’ye ait gen dizisi ile gen
bankası dizisinin eşleştirme sonuçları………………………… 152
Şekil 4.98.
Papiller tiroit kanserli olgu 192’de RET proto-onkogeninin 13.
ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT (lösin) → CTG (lösin)
sessiz mutasyonu……………..……………………………….. 153
xxiii
SİMGELER VE KISALTMALAR
Bu çalışmada kullanılmış bazı simgeler ve kısaltmalar, açıklamaları ile birlikte
aşağıda sunulmuştur.
Simgeler
Açıklama
bç
Baz Çifti
0
Santigrad derece
C
gr
Gram
kDa
Kilodalton
Kb
Kilobaz
L
Litre
M
Molar
mM
Milimolar
mg
Miligram
µg
Mikrogram
ml
Mililitre
µl
Mikrolitre
n
Örneklemdeki birey sayısı
OR
Tahmini Rölatif Risk
P
İstatistiksel anlamlılık
rpm
Dakikadaki devir sayısı
UV
Ultraviyole
%
Yüzde
xxiv
Kısaltmalar
Açıklama
ATC
Anaplastik tiroit kanseri
Ala
Alanin
Asn
Asparajin
Asp
Aspartik asit
Arg
Arjinin
CDK
Siklin Bağımlı Kinaz
COOH
Karboksil
Cys
Sistein
DNA
Deoksiribonükleik Asit
DİT
Diiyodotirozin
dNTP
Deoksiribonükleozit Trifosfat
ddNTP
Dideoksiribonükleozit Trifosfat
ECF
Hücre Dışı (Ekstrasellüler) Sıvı Havuzu
EDTA
Etilen Diamin Tetra Asetik Asit
EGF
Epidermal Büyüme Faktörü
FTC
Folliküler Tiroit Kanseri
FMTC
Ailevi Medüller Tiroit Kanseri
G proteini
Guanin Nükleotid Bağlayıcı Protein
Gln
Glutamin
GDNF
Glial-Hücre Kökenli Nörotropik Faktör
Glu
Glutamik asit
Gly
Glisin
His
Histidin
xxv
Kısaltmalar
Açıklama
H2O2
Hidrojen peroksit
I
İyot
ICCIDD
İyot Eksikliği Hastalıklarını Kontrol İçin Uluslar
Arası Konsey
Leu
Lösin
Lys
Lizin
MEN
Multipl Endokrin Neoplazi
Met
Metiyonin
MİT
Monoiyodotirozin
MTC
Medüller Tiroit Kanseri
MgCl2
Magnezyum Klorür
NH2
Amino grubu
NCBI
Amerikan Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi
OMIM
Online Mendelian Inheritance In Man
Phe
Fenilalanin
Pro
Prolin
PTC
Papiller Tiroit Kanseri
PZR
Polimeraz Zincir Reaksiyonu
RSV
Raus Sarkoma Virüsü
RET
REarranged during Transfection
RNA
Ribonükleik Asit
RTK
Reseptör Tirozin Kinaz
Rb geni
Retinoblastoma geni
xxvi
Kısaltmalar
Açıklama
Ser
Serin
TAE
Tris-Asetat-EDTA
TIMP
Metalloproteinaz’ların doku baskılayıcısı
Thr
Treonin
TSH
Tiroit Uyarıcı Hormon
T4
Tiroksin, tetraiyodotironin
T3
Triiyodotironin
Tg
Tiroglobulin
Tyr
Tirozin
Trp
Triptofan
TC
Tirokalsitonin
TPO
Tiroit Peroksidaz Enzimi
UNICEF
Birleşmiş Milletler Çocuklara Yardım Fonu
Val
Valin
WHO
Dünya Sağlık Örgütü
1
1. GİRİŞ
Kanser, hücrelerin anormal ve kontrolsüz büyümesi ile karakterize edilen bir
hastalıktır [1]. Kanserde ölüm oranlarının yüksek olması konunun önemini
artırmaktadır. Özellikle 20. yüzyılın başından itibaren tüberküloz dahil enfeksiyon
hastalıklarında ölümlerin azalması, birçok batı ülkesinde kalp hastalıkları ve
kanserden ölümleri, ölüm nedeni sıralamasında birinci ve ikinci sıraya çıkarmıştır
[2].
Tiroit kanserleri, en sık görülen habis endokrin tümörlerdir [3, 4]. Tüm kötü huylu
tümörler içerisinde %1 gibi oldukça düşük bir oranda görülebilmelerine rağmen over
kanserlerinden sonra endokrin sistemin en sık görülen kanserleridir [5]. Kanser
nedenli ölümlerde tiroit kanseri 35. sırada yer alır [6] ve kansere bağlı ölümlerin
%0,17-0,26’sını oluşturur [7, 8]. Tüm dünyada her yıl yaklaşık 122 000 yeni vaka
görülmektedir [4]. Ülkemizde yüz binde 2,7 kişi tiroit kanseri hastasıdır ve bu
hastaların yüz binde 0,6’sı erkek, yüz binde 2,1’i kadındır [9]. Son yıllarda
ülkemizde tiroit kanserlerinin görülme sıklığında bir artış olmuştur [10].
Tiroit kanserlerinin nedenleri arasında çeşitli faktörlerin rol oynayabileceği ileri
sürülmüş, ancak bunların çok azı kanıtlanmıştır [11-14]. Tiroit kanserlerinde çevresel
etkenler arasında gıdalardan alınan iyot miktarı önemlidir [14-16]. Tiroit kanseri
gelişimi açısından yüksek risk grubunda bulunanlar, baş-boyun bölgesine radyasyon
uygulanmış hastalar ve aile üyeleridir. Radyasyon özellikle çocuklarda olmak üzere
tiroit kanserlerinin etiyolojisinde önemli rol oynamaktadır. Çernobil felaketi
sonrasında bölgede yaşayan çocuklarda 60 kat artmış sıklıkta tiroit kanseri
görülmüştür. Eksternal radyasyona maruz kalma sonucu gelişen tiroit kanseri
genellikle papiller tiptir [6, 17].
Tiroit kanserleri; iyi diferansiye kanserler, medüller kanser, anaplastik kanser ve
diğerleri olarak ayrılabilir. Papiller tiroit kanseri ve folliküler tiroit kanseri iyi
diferansiye kanser tipleridir [18, 19]. Papiller kanser %70-80 sıklıkta görülmesi
nedeniyle en sık karşılaşılan tiroit kanseridir [20].
2
Tiroit tümörlerinin bir kısmında genetik yatkınlık önemlidir. Medüller tiroit
kanserlerinin %25’i, Multipl endokrin neoplazi tip 2A, tip 2B ve ailevi medüller
tiroit kanseri sendromu ile ilişkilidir. Bu sendromlarda RET (REarrangement during
Transfeciton) proto-onkogeni mevcuttur. Papiller tiroit kanserlerinde %6 oranında
genetik yatkınlık söz konusudur [14, 21, 22].
RET proto-onkogeni, embriyogenez sırasında merkezi ve periferal sinir sistemi ile
boşaltım sistemlerinde ifade edilir [23-25]. Hücre yüzeyinde bulunan, hücre
büyümesi ve farklılaşması için sinyal ileten 480 kDa.’luk reseptör tirozin kinaz
proteini kodlar. Kodladığı protein hücre içi sinyal iletiminde görev alarak hücre
bölünmesi ve farklılaşmasında rol oynamaktadır[26]. RET geni 10. kromozomun q
kolunun 11.2 (10q11.2) bandında konumlanır. 20 ekzona sahiptir ve toplam 55
kilobaz büyüklüğündedir [27-32]. RET proto-onkogeni, hücre dışı ligand-bağlanma
bölgesi, sisteince zengin bölge, bir dinamik transmembran bölge ve hücre içi tirozin
kinaz bölgelerinden oluşur [31].
RET proto-onkogenine ait yeniden düzenlemeler ilk kez papiller tiroit kanserinde
keşfedilmiş olduğundan RET/PTC olarak adlandırılır [33]. Günümüze kadar RETPTC1 [34], RET-PTC2 [25] ve RET-PTC3 olmak üzere üç farklı RET proto-onkogen
yeniden düzenleme formu tanımlanmıştır [35, 36].
Bu tez çalışmasında, tiroit kanserli hastalarda ve kontrol gruplarında RET protoonkogeninin 10., 11. ve 13. ekzon bölgeleri otomatik DNA dizi analizi yöntemiyle
taranmış ve tespit edilmiş mutasyonlarla tiroit kanseri ve tiroit hastalıkları
patogenezinde oynadıkları rolün anlaşılabilmesi ve RET proto-onkogeninin genetik
profilinin belirlenmesine yönelik ileride yapılacak gen ifadesi çalışmalarına bir temel
oluşturması amaçlanmıştır. Tiroit kanserli hastalarda kanserle ilişkilendirilen RET
proto-onkogeninde mutasyon analizinin yapılmasıyla, tiroit kanseri tanılı bireyin
ailesindeki ve akrabalarındaki genç bireylerde hastalık belirtisi oluşmadan ve/veya
hastalık ilerlemeden erken tanı konması ve tedaviye başlanmasıyla hastalığın
ilerlemesinin engellenmesi yolunda adım atılmış olacaktır.
3
2. KURAMSAL TEMELLER VE KAYNAK ARAŞTIRMASI
2.1. Kanser
Kanser, hücrelerin anormal ve kontrolsüz büyümesi ile karakterize edilen bir
hastalıktır. Tarihte ilk tanımlamasını Hippocrates meme kanseri ile yapmıştır [1].
Yunanca, karkinos, teriminden türevlenen kanser terimi, ilk kez Galen tarafından
kullanılmıştır [37].
Kanserde ölüm oranlarının yüksek olması konunun önemini artırmaktadır. Özellikle
20. yüzyılın başından itibaren tüberküloz dahil enfeksiyon hastalıklarında ölümlerin
azalması, birçok batı ülkesinde kalp hastalıkları ve kanserden ölümleri, ölüm nedeni
sıralamasında birinci ve ikinci sıraya çıkarmıştır [2]. İstatistikler kanserin toplumun
1/3’ünden fazlasını etkilediğini ve bütün ölümlerin yaklaşık %20’sinin nedeni
olduğunu göstermiştir [38]. Ülkemizde de 0-1 yaş grubu hariç tutulursa kanser ölüm
nedenleri arasında ikinci sırada yer almakta ve 10 ölümden birisi kanser nedenli
olmaktadır [39].
Kanserler köken aldıkları doku ve organlara göre isimlendirilirler. Kanserin esas
olarak üç tipi vardır: Kemik, kas ya da bağ doku gibi mezenşimal dokulardan köken
alan sarkoma; bağırsak mukozası, bronşlar veya meme kanalları gibi epitel
dokulardan köken alan kanser; kemik iliği, lenfatik sistem ve periferik kan boyunca
yayılım gösteren lösemi ve lenfoma gibi hemapoetik ve lenfoid kanserlerdir [40].
Kanser bulaşıcı bir hastalık olmayıp nedeni kesin olarak bilinmemekle birlikte iki tip
faktöre bağlanmaktadır: Genetik faktörler ve çevresel faktörler [39]. Çevresel
faktörler arasında; kötü beslenme alışkanlığı, sigara ve alkol kullanımı, uzun süre ve
tehlikeli saatlerde güneş altında kalma, bazı kimyasal maddeler (katran, benzin, boya
maddeleri, asbest vb.), bazı virüsler, hava kirliliği ve radyasyona maruz kalma
sayılabilir.
4
Birçok kanser türü multifaktöriyel kalıtımın özelliklerini gösterir. Mutasyonlar
sonucu meydana gelen değişimlerle ilişkili kanser oluşum süreci, karsinogenezis ya
da onkogenezis olarak isimlendirilir (Şekil 2.1) [40]. Hücre kontrolünün bozulup
kanser ortaya çıkıncaya kadar geçen süreç, kanser türlerine göre değişkenlik
göstermekte olup ortalama 15-20 yıldır [39].
Somatik hücre
genomunda oluşan
mutasyonlar
Çevresel
faktörler:
kimyasallar,
radyasyon,
viruslar.
Çoğalmayı uyaran
proto-onkogenlerin
aktive olması
Apopitozu düzenleyen
genler
Kalıtımsal
(konstitüsyonel)
mutasyonlar.
Tümör baskılayıcı
genlerin inaktive
olması
Mutasyona uğrayan gen ürünlerinin sentezlenmesi
ve/veya tümör baskılayıcı gen ürünlerinin yitimi
Klonal seçilim
Klonal genleşme
Genetik akışkanlık (ek mutasyonlar)
Genetik heterojenite
Malign Neoplazm
Şekil 2.1. Kanser patogenezini şematik olarak gösteren sadeleştirilmiş akış diyagramı
(Modifiye edilerek, Robbins, 1996’dan uyarlanmıştır)
Mutasyonların gen ifadesini değiştirmesi tüm kanserlerin ortak özelliğidir. Sağlıklı
bir hücrenin tümör gelişimi sürecindeki ilk aşama, somatik hücre genomundaki
değişikliklerdir [39]. Kanser çeşitlerinin çoğunda mutasyonlar somatik hücrelerde
meydana gelir ve üreme hücreleriyle gelecek nesillere aktarılamazlar. Somatik
mutasyon, genetik olarak değişime uğramış hücrenin klonal olarak büyümesine
neden olur. Kanser vakalarının %1’inde, eşey-kök hücrelerinin çeşitli genlerinde
meydana gelen mutasyonlar sonraki nesillere aktarılır ve bu değişim, yeni neslin
kansere yatkınlığını oluşturur [41].
5
Kanserin aile içerisinde seyredebileceği 200 yılı aşkın bir süredir bilinmektedir.
Kalıtımın net ve ayırıcı özelliği birçok ailevi kanser formları için geçerli değildir.
Hastalar kansere neden olan genin sadece bir mutant allelini kalıtım yoluyla alırlar ve
bu gen onları kansere yakalanmaya meyilli hale getirir. Sonuçta da kişi, büyük bir
olasılıkla başlı başına mutant allele, diğer genlerdeki mutasyonlara ve çevresel
faktörlere bağlı olarak kansere yakalanır. Bu çeşitlilik, hastalığın başlangıç yaşına ve
şiddetine etki edebilir [41].
Bazen kalıtsal mutasyonlar kanser oluşumunda tek başına yetersiz kalmakta, kanser
oluşumunun tamamlanması ve homozigot genlerin oluşması için homolog lokuslarda
ilave somatik mutasyonlar gerekmektedir. Tek nükleotid değişimi gibi küçük ölçekli
veya kromozom kazanımı ya da kaybı, viral genomun hücre genomuna katılımı,
kromozomun yeniden düzenlenmesi gibi büyük ölçekli genomik değişiklikler
kanserle ilişkilidir. İnsan tümörlerinin büyük çoğunluğu kromozomal değişikliklerle
karakterizedir. Hangi durumda olursa olsun, kanser hücre seviyesinde genetik bir
bozukluk olarak kabul edilmektedir [41].
Hücrenin çoğalması, farklılaşması veya ölümünde etkili olan genlerdeki bozukluklar
sonucu tümör oluşur. Tümör hücrelerinin normal hücrelere oranla büyüme hızları
daha yüksek olup habis (malign) özellik gösterme, kontrolsüz büyüme ve komşu
dokuları istila edebilme veya yakın-uzak mesafelere yayılabilme (metastaz)
özellikleri taşımaları ile sağlıklı hücrelerden ayırt edilirler. Metastaz genellikle
kanser hastalarında ölüme neden olur [42].
Metastatik hücreler kılcal damar yatağında kalıcı hale gelene kadar dolaşım içinde
taşınırlar. Normalde bu hücrelerin %99’dan fazlası ölür. Hayatta kalan hücreler ise
kılcal damar yatağına yakın olan komşu dokuları istila eder ve ikincil tümörü
oluşturmak için bölünmeye başlar. Tümör hücreleri, yeni bir bölgeye geçebilmek için
kılcal damarların veya lenf damarının iç duvarını saran epitel hücre tabakasına geçer
ve epitel hücrelerinin çevresindeki hücre dışı matrikslerin içerisine yerleşirler. Hücre
dışı matriks, dokuları birbirinden ayıran protein ve karbonhidrat ağı olup doku
büyümesi ve hücre göçünü engelleme işlevleri görür. İkincil tümörün oluşabilmesi
6
için metastatik hücreler membran kaidesinde yer alan proteinleri parçalayıcı bir
enzim salgılar ve bu sayede hareket edebilecekleri bir boşluk oluştururlar [41].
Metastaz, matriks-kesici enzimleri kodlayan veya düzenleyen genlerle kontrol
edilebilir. Son yapılan çalışmalar, metalloproteinaz'lar olarak adandırılan proteinkesen enzimlerin hücre istilası için gerekli olduğunu göstermiştir. Yüksek metastatik
yeteneğe sahip olan tümör hücreleri, daha düşük metastatik özelliğe sahip tümör
hücrelerinden daha fazla miktarda metalloproteinaz üretirler. Aktive edilmiş
metalloproteinaz'lar, metalloproteinaz'ların doku baskılayıcısı (TIMP; Tissue
Inhibitors of Metalloproteinase) tarafından baskılanırlar. Normal hücreler, TIMP
üretmekte ve böylece metalloproteinaz'ların aktivitesini baskılamaktadırlar. Tümör
hücrelerinde, TIMP moleküllerinin sayısı metalloproteinaz moleküllerinin sayısından
fazla olduğu zaman TIMP, metalloproteinaz'ları baskılar (Şekil 2.2) [41].
Şekil 2.2. Metastaz ve kanser oluşumu [43]
7
Kanser gelişimi başlama, yükselme ve gelişme aşamalarından oluşur (Şekil 2.3) [44].
Başlangıç aşaması için, DNA’da ölümcül olmayan bir mutasyonun bulunması ve bu
mutasyonu takiben hasarın kalıcı hale gelmesi için en az bir kez DNA sentezinin
gerçekleşmiş olması gerekir [45]. Yükselme aşaması ise başlatıcı hücrelerin, hücre
çoğalmasının uyarılması ve/veya programlanmış hücre ölümünün engellenmesi ile
çoğalmalarıdır. Bu aşamada devam eden tümör yükseltme sınırları gerektirir, bu
nedenle geri dönüşümü mümkündür [46].
Kanser gelişiminde son aşama olan
gelişme aşamasında hücreleri preneoplastik aşamadan neoplastik aşamaya götürecek
hücresel ve moleküler değişiklikler görülür. Bu nedenle geri dönüşümsüz aşamadır;
biriken genetik hasarlar hücrenin iyi huylu (benign) halden kötü huylu (malignant)
hale geçişine neden olur. Gelişme aşaması, genetik kararsızlık, kromozom yapı ve
bütünlüğünün bozulması ile karakterize edilir [47].
Şekil 2.3. Kanser oluşum sürecinin aşamaları [48]
8
Hücrede iki tip gen ailesi kansere sebep olabilmektedir; onkogenler ve tümör
baskılayıcı (süpressör) genler. Bu genlerin kanser oluşum sürecindeki etkileri
birbirinin tersidir.
2.1.1. Proto-onkogenler ve onkogenler
Proto-onkogenler, normalde hücre büyümesi, gelişimi ve farklılaşmasını kontrol
eden genlerdir [38]. Mutasyon, kromozomal translokasyon, amplifikasyon ve
transkripsiyonel düzenlemenin bozulması ile proto-onkogenler aktive olarak anormal
protein sentezine ve aşırı protein yapımına neden olurlar. Aktive olan protoonkogenlere, onkogen ya da kanser oluşturan gen, protein ürünlerine de onkoprotein
adı verilir [49]. Onkoproteinler, proto-onkogenlerin normal ürünlerine benzerler,
ancak fonksiyonları sırasında düzenleyici etkinin üzerlerinden kalkmış olması ve
görev yapmaları için uyarana gerek duymamaları ile proto-onkogenlerin normal
ürünlerinden ayrılırlar. Proto-onkogenleri, onkogen haline getiren mutasyon
fonksiyon kazandıran mutasyon olarak isimlendirilir [49, 50]. Kanser gelişiminde
onkogenlerin rolünün olabileceği ilk kez 1969 yılında Huebner ve Tadora tarafından
ileri sürülmüştür [51]. Onkogenler, dominant olarak kendilerini gösterirler ve
genellikle bir allelde gelişen mutasyon sonucu oluşan heterozigot gen kanser
oluşumuna neden olur. Diğer bir ifadeyle, kanser gelişimini uyarmak için bir genin
her iki allelinde de mutasyon olması gereken tümör baskılayıcı genlerin aksine, bir
onkogenin iki kopyasının sadece birinde mutasyon olması yeterlidir [50].
Onkogenler ve Raus Sarkoma Virüsü (RSV)
Kanserle ilgili hücresel genler ilk olarak 1910 yılında Francis Peyton Rous tarafından
retrovirüslar
ile
yapılan
çalışmalarda
bulunmuştur.
Retrovirüsler,
kuşlar,
kemirgenler, kedi ve maymun gibi hayvanları enfekte ettiğinde kısa bir sürede tümör
oluşumuna neden olur. Retrovirüsler grubuna giren, Rous sarkoma virüsü (RSV)’nün
taşıdığı özgül bir genin (SRC geni), enfekte hücreleri habis duruma dönüştürdüğü
saptanmış ve bu tür dönüştürücü özelliğe sahip onkogenler, viral onkogenler (v-onc)
olarak
adlandırılmıştır. RSV’de
yapılan
bu
çalışmalar viral karsinogenez
9
mekanizmalarının anlaşılmasından çok kanser oluşumunda rol oynayan hücresel
genlerin bulunması bakımından önem taşımaktadır [52].
Proto-onkogenlerin onkogene dönüşmesi
Nokta mutasyonları
DNA’nın kendini eşlemesi sırasında bir veya birkaç kodondaki yanlış baz eşleşmesi
sonucu oluşan mutasyonlara nokta mutasyonu ya da gen mutasyonu denir. Bir
kodondaki bir nükleotidi değiştirerek kodonu durdurucu kodon (stop kodon; UAG,
UGA, UAA) haline dönüştüren ve böylece protein sentezini erken sonuçlandıran
nokta mutasyonları anlamsız (non-sense) mutasyon ve kodonun yapısını değiştirerek,
değişik amino asidin sentezlenmesine neden olan nokta mutasyonları ise yanlış
anlamlı (missense) mutasyon olarak adlandırılır. Nokta mutasyonları kodonun
yapısını değiştirir, ancak yeni oluşan kodon da aynı amino asiti sentezler ise bu tip
nokta mutasyonları sessiz mutasyon olarak adlandırılır. Kodonda bir nükleotidin
kaybı veya fazla bir nükleotidin kodona girmesi şeklinde oluşan nokta
mutasyonlarına çerçeve kayması (frameshift) mutasyonu denir.
Yanlış anlamlı, anlamsız veya çerçeve kayması şeklindeki nokta mutasyonu sonucu
oluşan DNA’daki yeni baz dizisinden gerçekleştirilen transkripsiyon ile farklı mRNA
ve buna bağlı olarakta farklı polipeptid zinciri oluşabilir. Sentezlenen protein, bir
proto-onkogenin düzenleyici proteini ise proto-onkogen kontrol edilemeyebilir ve
aşırı aktivasyon gösteren mutasyon haline dönebilir [53].
Kromozomal translokasyonlar
Kromozomun kaybolan ya da kopan bir parçasının başka bir kromozoma yapışması
şeklinde görülen kromozom anomalisidir. Homolog olmayan parça değişimi olarakta
ifade edilir. Translokasyona uğramış genler normalde kendilerini kontrol etmeyen
düzenleyici elemanların yanına yerleşebilirler. Diğer bir ifadeyle, translokasyona
uğramış bir gen gittiği bölgede promotor elemanlarının 3’ ucuna yerleşebilir.
10
Böylece genin transkripsiyon miktarı, transkripsiyon hızı ve bunlara bağlı olarakta
translasyon yaptığı protein miktarı artar [54]. Örneğin, Burkitt lenfoma hücrelerinde
myc onkogeni, tranlokasyona uğradığı bölgede kuvvetli promotor elemanlarının
yanına yerleşir. Böylece genin aktivitesinde aşırı bir artma ortaya çıkar [55].
Gen amplifikasyonları
Bu mekanizma normal hücrelerde ya çok enderdir ya da hiç mevcut değildir, ancak
kanser hücrelerinde sıkça görülür. Genin kopya sayısındaki artmayı ifade eder [56].
Amplifikasyon sonucunda, genin yapısında herhangi bir değişiklik söz konusu
olmazken kopya sayısı artan gen tarafından kodlanan protein yapımında çok fazla
artış olur. Yapımı artmış olan proteinler, daha fazla aktivasyon göstererek hücre
çoğalmasını artırırlar [53]. Çoğalmış olan bölgelerde hücre büyümesiyle ilgili protoonkogenlerin fazladan kopyalarına rastlanır. Örneğin, meme ve over kanserlerinin
%30’unda büyüme faktör reseptör geni olan ERBB2 (HER-2) geninde amplifikasyon
belirlenmiştir [57].
Onkogen ürünleri
Diğer genler gibi onkogenler de belirli proteinleri kodlarlar ve kodladıkları bu
ürünler hücrelerin çeşitli mekanizmalarında görev alır.
Protein kinazlar
Kinaz aktivitesi göstererek hücresel proteinleri fosforile eden moleküllerdir. Normal
bir hücrede bu aktivasyon çoğunlukla serin ve treonin üzerinden yapılırken, protoonkogenlerde çoğunlukla tirozin üzerinden olduğundan tirozin kinazlar olarak
isimlendirilirler.
Bu
proteinlerde,
tirozin
kinaz
aktivitesinin
uyarılması,
transmembran reseptör ya da membran sinyal iletiminden sorumlu aracı
proteinlerden alınan sinyaller yardımıyla olur [58].
11
G proteinleri (Guanin nükleotid bağlayıcı protein)
Gsp geni tarafından ifade edilen G proteinleri, GTP bağlayan ve hidrolize eden
proteinlerdir. Hücre membranında yer alırlar. Sinyal iletiminde ikincil moleküle
cevap taşırlar. G proteini uyarıcı (Gs ve Gq) ve baskılayıcı (Gi) olmak üzere iki ayrı
tiptedirler [59].
Çekirdek proteinleri
DNA’ya bağlanan proteinlerdir. Myc, myb, fos gibi bazı onkogenler, çekirdek
proteini kodlarlar. Hücrede oldukça geniş işlevlere sahiptirler. Gen ifadelenmesinde
doğrudan rol oynayarak hücre çoğalması, farklılaşması ve bölünmesini etkilerler.
Sitoplazmada ise mRNA’nın kararlığını etkileyerek ikincil haberci gibi görev
yaparlar [56].
Büyüme faktörleri
Ağırlıkları 4 000-60 000 dalton arasında değişen, çok az miktarları bile hücresel
aktiviteleri etkileyebilen proteinlerdir. Hücre membranında bulunurlar. Hücre
büyümesi, metabolizması, farklılaşması ve olgunlaşması üzerine önemli etkileri
vardır [59, 60]. Büyüme faktörleri özgül reseptörler aracılığı ile üretildikleri hücrede
(otokrin, intrakrin tarz) veya diğer hücreler üzerinde (parakrin, jukstakrin veya
endokrin tarz) etki gösterirler [61] ve otokrin, parakrin ve jukstakrin yollarla kanser
büyümesinde rol oynarlar [62-64].
Büyüme faktörü reseptörleri
Büyüme faktörlerinin herhangi bir hücreyi etkileyebilmesi, o hücrenin, o faktör için
reseptöre sahip olup olmamasına bağlıdır. Hücre membranında bulunan bu
reseptörler, hücrelerarası alanda epidermal büyüme faktörü (EGF)’ne ve hücre içinde
ise kinaz alana sahiptirler. Protein kinaz aktivitesi gösteren birçok reseptör molekül
12
bulunur [65]. Metastaz ve invazyonun büyüme faktörleri ve reseptörlerinin etkileşimi
sonucunda ortaya çıktığı kabul edilmektedir [62-64].
RET proteini, EGF reseptör grubuna girer ve protein kinaz aktivitesi gösterir.
2.1.2. Tümör baskılayıcı genler (Tümör süpressör genler, Anti-onkogenler)
Tümör baskılayıcı genler, hücre çoğalmasını gerektiği şekilde sınırlayan genlerdir.
Normalde hücre bölünmesini önleyen ve hücrenin apoptozise gitmesini sağlayan
proteinleri kodlarlar. Bu genlerin fonksiyonlarını kaybetmeleri sonucu anormal hücre
çoğalması başlayabilir. Tümör baskılayıcı genlerde oluşan nokta mutasyonu veya
delesyon
sonucu
bu
genlerin
ifade
ettiği
proteinler
normal
düzenleyici
fonksiyonlarını yapamaz hale gelir. Hücre bölünmesi engellenemez ve çoğunlukla
normal hücre farklılaşması olamaz [66-69]. Bu mutasyonlar, fonksiyon kaybettiren
mutasyonlar olarak isimlendirilirler [70, 71].
Tümör baskılayıcı gende oluşan mutasyon genellikle çekinik olarak kendini gösterir.
Bu genlerin her iki allelinde oluşan mutasyon ya da delesyonlar genlerin
fonksiyonlarını kaybetmelerine ve kanser oluşturmalarına sebep olur. Genellikle
baskılayıcı genin tek normal alleli normal fonksiyon görmesi için yeterlidir [41].
Bazı tümör baskılayıcı genler dominant çekinik gibi davranırlar, çünkü üretilen aktif
olmayan proteinler diğer allelin ifade ettiği normal proteinlere birkaç yolla fonksiyon
kaybettirirler [59]. Kalıtsal kanser sendromlu bazı hastalar, bir tümör baskılayıcı gen
bölgesindeki mutasyonla beraber heterozigot olarak doğarlar ve eğer normal olan
diğer gen bölgesi daha sonra mutasyon ile fonksiyon kaybederse kanser gelişebilir
[69, 72].
Önemli tümör baskılayıcı genlerin bazıları; p21 ve Retinoblastoma’dır.
13
Hücre döngüsü ile ilişkin genler
p21, siklin bağımlı kinaz (CDK; cyclin-dependent kinase) inhibitörüdür. CDK’ı
baskılar ve hücre döngüsünü G1 fazında durdurur. Tiroit kanserlerinin %30’unda p21
ifadesi pozitif olarak gösterilmiştir [72]. Shi ve arkadaşlarının yaptığı bir çalışmada
papiller tiroit kanserlerinin %12,5’inde p21 geninde delesyon olduğu saptanmıştır
[73].
Retinoblastoma (Rb) geni
Rb geni, tanımlanan ilk tümör baskılayıcı gendir ve 13q14 bandında yer alır. Rb
geninin normal fonksiyonu retina ana hücrelerinin çoğalmasını engellemek [74] ve
hücre büyümesini durduran nükleer proteinleri kodlamaktır [75]. Hücresel
farklılaşmada çok önemli bir role sahiptir. Hücre döngüsünü G1 fazında durdurur.
Anlamsız mutasyonlar, delesyonlar, azalmış RNA ifadesi veya anormal protein
yapımı ile aktifliğini kaybedebilir [76-79]. Rb genin yalnızca bir kopyası bölünme
kontrolünü gerçekleştirebilmek için yeterli olmaktadır. Her iki kopyasının kaybı ise
bölünme
bloğunun
ortadan
kalkmasına
neden
olarak
tümör
oluşmasını
tetiklemektedir. Tiroit tümörlerinde, Rb mutasyonları az oranda görülür [74].
p53 geni
p53 geni hücre döngüsünü kontrol eden, aktif hücre ölümünü tetikleyen ve hücre
farklılaşmasını düzenleyen bir faktördür [26, 80, 81]. Hücre döngüsü sırasında hücre
G1 fazından S fazına geçerken DNA’da hasar varsa, p53 proteini artar ve artma
sonucu DNA’nın kendini eşlemesi durdurulur. p53, hücre döngüsünü G2 fazında da
sonlandırabilir [82]. p53 geninde bir mutasyon meydana gelirse, genin fonksiyonu
bozulur ve oluşan genetik hasar düzeltilemez. p53 geni özellikle anaplastik tiroit
tümörlerinin patogenezinden sorumludur [26].
14
2.1.3. Hücre döngüsü ve kanser
Hücre döngüsü, çoğalmak üzere uyarılmış ökaryotik hücrede gerçekleşen ve bir dizi
biyokimyasal aktivitelerin ve morfolojik değişikliklerin görüldüğü bir süreçtir [83].
İnterfaz ve mitoz (M) olmak üzere iki kısımdan oluşur (Şekil 2.4).
İnterfaz; G1, G2 ve S fazından oluşur. G0 fazı, normalde hücre döngüsü içerisinde
yer almayan ve döngüyü tamamlayarak döngüden çıkan hücrelerin bulunduğu fazdır.
Bu fazda hiçbir zaman bölünme olmaz. Hücreler çoğunlukla protein sentezi ve
salgılanması ile meşguldür. Hücreler bölünme uyarısını aldıktan sonra G0 fazından
çıkarak döngünün ilk fazı olan G1 fazına girerler. G1 fazında bol miktarda RNA ve
DNA sentezi için gerekli enzimlerin sentezi yapılır. S fazında DNA sentezi
gerçekleşir ve hücrenin DNA içeriği iki katına çıkartılır. G2 fazında ise DNA sentezi
tamamlanır, kromozomlar kendini eşler ve çekirdek zarının parçalanması ile mitoz
bölünmenin başlamasına öncülük eder. Hücrede mutasyonların en çok ortaya çıktığı
dönemler S ve G2 fazlarındadır. S fazı ne kadar uzun olursa mutasyon oluşma
ihtimalide o kadar artar [41].
Mitoz (M) fazı; profaz, metafaz, anafaz ve telofaz olmak üzere 4 farklı fazdan oluşur.
M fazında hücre bölünmesi gerçekleşir ve sitoplazma bölünmesi (sitokinez) ile
döngü tamamlanır. Mitoz ile çoğalan hücrelerin bölünme kapasiteleri sınırlıdır.
Hücrelerdeki bu programlı fizyolojik yaşlanma ve ölüm mekanizmasına apoptoz
denir. Apoptoz mekanizmasının bozulması kanser oluşumunun temelidir [41].
Hücre döngüsünde oluşan bir hasar, yeni faza geçmeden önce, bir önceki fazdan
gelen hata tamir edilmeden döngüye devam edilemez. Bu nedenle döngü G1
fazından S fazına (G1/S kontrol noktası) ve G2 fazından M fazına (G2/M kontrol
noktası) geçiş olmak üzere iki noktada kontrolden geçirilir.
15
Şekil 2.4. Hücre döngüsü ve bölümleri [84]
G1/S kontrol noktasında, DNA sentezi için uygun hücre dışı sinyaller ve tüm
mekanizmanın kontrolü yapılır. DNA replikasyonu başlamadan DNA’nın hatasız
olduğundan emin olunur. Eğer herhangi bir hata varsa hücre döngüsü yavaşlatılır ve
tamir yapılır. Tamir edilemiyorsa hücre apoptoza gönderilir [41]. Bu nedenle
hücrenin geri dönüşümü olmayan bir noktasıdır ve birçok kanser türünde bu noktada
kayıplar vardır [85-87].
G2/M kontrol noktası mitoza girmeden hemen önce oluşacak yeni hücrelere hatasız
DNA kopyalandığından emin olmak için yapılır. Aynı zamanda mitozun sorunsuz
tamamlanabilmesi için gerekli tüm proteinler, iğ ipliklerini oluşturacak tüm
materyaller eksiksiz olarak tamamlandıysa hücrenin mitoza girmesine izin verilir. Bu
geçiş dönemlerinde hatalar varsa düzeltilir. Büyümeyi durduran sinyaller ile
büyümeyi tetikleyen sinyaller arasındaki denge, hücrenin döngüyü tamamlamasına
ya da sonlandırmasına karar verir [42]. Bu kontrol noktalarında oluşabilecek kusurlar
kansere neden olabilir [83, 85-87].
16
2.2. Tiroit
2.2.1. Tiroit embriyolojisi
Tiroit bezinin embriyolojik gelişimi, yaklaşık 24. günde başlar. İlk olarak, ilkel yutak
tabanındaki epitelde kalınlaşma ortaya çıkar, daha sonra orta hatta bir tomurcuk
şeklini alır ve ventrale doğru büyüyerek soluk borusunun önüne doğru uzanır. Daha
sonraki günlerde endoderm hücreler çoğalarak orta hatta ilkin tiroidi oluştururlar ve
bu oluşum kaudale doğru inmeye başlar ve yedinci hafta sonunda tiroit son şeklini
alır [88]. Daha sonra kalsitonin sentezinden sorumlu olacak C hücreleri, ilkin tiroide
katılır ve bezin lateralinde yer alırlar. Gebeliğin onuncu haftasının sonunda tiroitte
folliküller oluşur. Onikinci haftanın sonunda tiroit, iyot tutmaya ve kolloid üretmeye
başlar. Onüçüncü haftadan itibaren hipofiz ve serumda tiroit uyarıcı hormon (TSH)
belirlenebilir. Onsekizinci haftadan itibaren TSH ve tiroksin (T4) paralel olarak
artmaya başlar ve tiroitteki iyot konsantrasyonu yüksek düzeylere ulaşır. Yaklaşık
otuz-otuz beşinci haftalardan itibaren hipotalamus, hipofiz ve tiroit ekseni
fonksiyonel olarak olgun hale gelir ve doğumdan sonra, birkaç hafta içinde, TSH, T3
ve T4 düzeyi, erişkindeki normal düzeye ulaşır [10].
2.2.2. Tiroit anatomisi
Sağlıklı bir erişkinde tiroit dokusu açık kahve renkli, ortalama 15-20 gr
ağırlığındadır. Klasik olarak sağ ve sol olmak üzere iki lateral lob ve bunları
birleştiren isthmustan oluşmaktadır. Ayrıca %50-80 sıklıkla bu yapılara ilave olarak
isthmustan yukarıya doğru uzanan piramidal lob bulunur. Her bir lobun boyu 4-5 cm,
eni 2-3 cm, kalınlığı 2-4 cm olup trakenin lateralinde yer alır (Şekil 2.5) [89]. Diğer
tüm organlarda olduğu gibi tiroit bezi de organın stromasını oluşturan gevşek bir bağ
doku ile sarılmıştır. Buna, tiroidin gerçek kapsülü denir. Gerçek kapsülün dışında
daha az gelişmiş ikinci bir kapsül tabakası bulunmaktadır. Bu da, yalancı kapsül ya
da cerrahi kapsül olarak adlandırılır [89, 90].
17
Şekil 2.5. Tiroidin konumu [91]
2.2.3. Tiroit histolojisi
Embriyolojik
olarak
gelişmesini
tamamlayan
tiroit
değişik
büyüklüklerde
foliküllerden oluşmaktadır. Tiroit bezinin fonksiyonel birimini oluşturan her bir
follikül, içi kolloid ile dolu bir boşluk etrafında tek sıra dizilmiş kübik epitel hücreler
ve bu epiteli çevreleyen bazal membrandan oluşur. Follikül hücresine tirosit adı da
verilir. Erişkin tiroit yaklaşık 3x106 follikül içerir. Follikül hücreleri tiroglobulin (Tg)
sentezlerler. Tg, follikül hücresi yüzeyindeki mikrovilluslar aracılığıyla follikül
boşluğuna verilir (Şekil 2.6) [90].
Bir tiroit follikülünde esas olarak üç tip hücre vardır: Folliküler lümen ve bazal
membranla ilişkide olan normal follikül hücresi, oksifilik (Hürthle) hücreler ve
lümenle ilişkide olmayan ancak bazal membranla ilişkide olan parafolliküler
hücrelerdir. Bu hücrelere A, B ve C hücreleri adı da verilmektedir. A hücresi, normal
follikül hücresi olup tiroit hormonlarının yapım ve salınmasından sorumludur. TSH
hormonunun etkisi altındadır [90]. B hücresi (Askanazy hücresi, onkosit, Hürthle
hücresi, oksifilik hücre) en önemli özelliği çok miktarda serotonin depolaması ve
TSH reseptörü içerip tiroglobulin sentezi yapabilmesidir. Bu hücrelerin tam olarak
fonksiyonu bilinmemektedir [90, 92]. C hücresi (parafolliküler hücre) esas olarak
tirokalsitonin (TC) hormonunun yapım ve salınmasından sorumludur ve TSH’nın
kontrolünde değildir [93].
18
Şekil 2.6. Tiroit hücreleri [94]
2.2.4. Tiroit fizyolojisi
Tiroit bezinin görevi, vücut metabolizmasının düzenlenmesi için gerekli tiroit
hormonlarının ve vücut kalsiyum metabolizmasının düzenleyici hormonlarından
kalsitoninin sentezi ve salınımıdır [10].
Tiroit hormonlarının yapımı
İyot
Siyah, solit, aktif bir element olan iyot, Gay Lussac tarafından 1812 yılında
tanımlanmıştır. Yer kabuğunda oldukça nadir bulunan bir elementtir. Suda erirliği
çok azdır ve organik çözücülerde çözünür. Atom ağırlığı 126,9 olan iyot elementler
tablosunun VII. grubunda yer alır [95].
19
İyot kaynakları
İyot, başlıca toprakta olmak üzere su ve havada bulunan bir eser elementtir. Deniz
canlıları, bazı mineral suları, fosfat kaya tortusu ve organik minerallerde bol
miktarda bulunur [95]. En fazla koyu renkli yosunlarda bulunur. İçme sularında
bulunan iyot miktarı ise çok düşüktür [94].
İyot ve tiroit hastalıkları
İyodun tiroit açısından önemi 1896’da keşfedilmiş ve bu tarihten sonra giderek artan
bilgiler ışığında iyodun tiroit hormonları sentezinde esansiyel element olduğu ortaya
çıkmıştır [95]. İyot eksikliği, en sık görülen endokrinolojik problem, düzeltilmesi en
kolay temel besin eksikliği ve gelişmekte olan ülkelerde mental bozuklukların en sık
sebebidir. İyot eksikliğine bağlı yetersiz hormon üretimini karşılamak üzere, TSH ve
diğer büyüme faktörlerinin etkisi ile tiroit bezi büyür. Tiroit bezi büyümesine guatr
denir. Tiroit bezi tarafından tiroit hormonlarının yetersiz salgılandığı durumlarda
hipotiroidizm ve aşırı salgılandığı durumlarda ise hipertiroidizm oluşur (Şekil 2.7)
[96].
Normalde 100 ml. kanda 4-7,5 µg. iyot bulunurken hipertiroidi durumunda %15-20
µg’a kadar çıkabilmekte ve hipotiroidide ise %2 µg’a kadar düşebilmektedir [97-99].
İyot eksikliği bu hastalıkların oluşmasında gerekli, ancak yeterli neden değildir [96].
Dünya Sağlık Örgütü (WHO), Birleşmiş Milletler Çocuklara Yardım Fonu
(UNICEF) ve İyot Eksikliği Hastalıklarını Kontrol İçin Uluslar Arası Konsey
(ICCIDD)’inin ortak kararına göre, bir bölgede yaşayan 6-12 yaş grubu çocukların
%5’inde guatr mevcut ise endemik guatrdan söz edilir [100]. Endemik guatr, tiroit
hücre sayısındaki artışın belli bir coğrafi bölgede yoğunlaşmasını ifade eder [101].
İyot yetersizliği, folliküler ve anaplastik tiroit kanseri ile [98, 99], iyot fazlalığı ise
Graves ve Hashimoto hastalıkları gibi otoimmün tiroit hastalıkları ve papiller tiroit
kanser ile ilişkili bulunmuştur [102].
20
Şekil 2.7. İyot ve tiroit hastalıkları ilişkisi [94]
WHO tarafından belirlenen günlük alınması gereken iyot miktarı, erişkinler için 150
µg/gün, hamile ve emziren kadınlar için 200 µg/gün, 1-11 yaş grubu çocuklar için
120 µg/gün ve bebekler için 50 µg/gün miktarındadır [100, 103].
Tiroit hastalıkları dünya için olduğu kadar yurdumuz içinde büyük bir sağlık sorunu
olmaya devam etmektedir. Ülkemizde 1994 yılında “İyot yetersizliği hastalıkları ve
tuzun iyotlanması programı” başlatılmış ve 9 Temmuz 1998 tarih ve 23397 sayılı
Resmi Gazete itibariyle sofra tuzlarının iyotlu olarak üretilmesi zorunlu hale
getirilmiştir [104].
21
İyot metabolizması
Tiroglobulin (Tg) ve tiroit hormonlarının oluşumu eksojen iyot alınımına bağlıdır.
Diyetteki iyodür ve iyodin ince bağırsaklara gelince, iyodin indirgenerek iyodüre
döner ve iyodür bağırsaklardan yaklaşık 1 saat kadar kısa bir zamanda emilerek kana
geçer. Dokularda T3-T4’ün yıkılması sonucu açığa çıkan iyodürle beraber hücre dışı
sıvı (ECF) havuzuna girer. Vücuttaki iyodürün ancak %10 kadarı bu havuzda
bulunur, %90’ı ise tiroit dokusu içinde tiroit hormonu veya iyodinize amino asitler
şeklinde depo edilir [97, 98]. İyodür, dolaşımla hücre dışı alandan follikül hücresine
aktif taşıma ile alınır. Follikül hücresine iyodür alımını, TSH ve bez içi iyodür
konsantrasyonu etkiler. İnorganik iyodür, follikül hücresi bazal membranı üzerinden
alındıktan sonra hızlı bir şekilde okside edilerek iyodin halinde Tg’lerdeki tirozil
gruplarına bağlanır. Böylece monoiyodotirozin (MİT) ve diiyodotirozin (DİT)
şekline iyodotirozinler oluşur (Şekil 2.8). İyodin organifikasyonu, tirozinin
iyodinizasyonu ve iyodotirozinlerin çiftleştirilmesi aşamalarının olabilmesi için tiroit
peroksidaz enzimi (TPO) ve hidrojen peroksit’e (H2O2) gereksinim vardır [99].
Şekil 2.8. Tirozinin iyodinasyonu [10]
(a) Monoiyodotirozin (MİT) (b) Diiyodotirozin (DİT) yapısı
İyodotirozinlerin çiftleşmesi sonucu tiroit hormonları oluşur. MİT ve DİT çiftleşmesi
sonucu T3, iki DİT’in çiftleşmesi sonucu T4 oluşur (Şekil 2.9). Bu süreçten sonra
tiroit hormonları Tg’e bağlanır ve follikül içindeki kolloidde depolanır. Bu şekilde
tiroit dokusu içinde hiç hormon üretimi olmasa da birkaç hafta yetecek kadar tiroit
hormonu saklanmış olur [98, 105].
22
Tiroit hormonlarının perifere salınımı, follikül hücreleri içinde lizozomal hidroliz
sonrası gerçekleşir. Tiroit hücresi apikal mebranında psödopodlar oluşur ve Tg içeren
pek çok vezikül endositoz yoluyla follikül hücresi içine alınır. Disülfid bağlarının
redüksiyonu ve Tg’nin lizozomal hidrolizi ile T3 ve T4 hücrenin bazal membranı
yoluyla perifere salınır. Bu sırada perifere salınan hormonların oranı T4 lehine
13:1’dir. Tiroit hormonlarının yanı sıra az miktarda Tg’de perifere salınır.
İyodotirozinler, periferde Tg’den ayrılır, deiyodinizasyona uğrar ve serbest kalan
iyodid yeni tiroit hormonu yapımında kullanılır (Şekil 2.10) [106].
Periferde tiroit hormonlarının %75’i tiroksin bağlayıcı globuline bağlı olarak taşınır.
T4 ayrıca tiroksin bağlayan prealbümine ve az miktarda da doğrudan albümine
bağlanarak taşınır. Serbest tiroksin düzeyi, bağlı tiroksin düzeyinin ancak %1’i
kadardır. Hücre dışı dokulara dağılan hormon, serbest hormon ve asıl metabolik
aktivite gösteren ise T3’tür. T4 periferde T3’e göre inaktif sayılabilir ve aktif forma
geçmesi için deiyodinaz etkisi altında T3’e dönmesi gerekmektedir. T4’ün inaktif
olmasının nedeni, hücre çekirdeğinde yerleşmiş tiroit hormon reseptörüne ilgisinin
düşük olmasıdır [106].
Şekil 2.9. Tiroit hormonlarının yapısı [94]
23
T3 ve T4 genel anlamda bazal metabolizmayı düzenleyen hormonlardır. Hücre içinde
bulunan çekirdek reseptörlerine bağlanarak protein yapımını düzenlerler. Ayrıca
mitokondrilerde oksidasyon olaylarını hızlandırırlar. Membran yapısında yer alan
enzimlerin aktivitelerini kontrol etmek gibi fonksiyonları da vardır. Bu nedenle tiroit
hormonları yaşam için mutlaka gereklidirler [107]. Tiroit hormonu üretimi ve
salınımı hipotalamus-hipofiz-tiroit döngüsü tarafından negatif geri-bildirim şeklinde
düzenlenir. T3 ve T4’ün yapımı, salınması, taşınması ve düzenlenmesinde birincil
derecede sorumlu faktör ön hipofizden salınan TSH’dır. TSH’ın yapımı ve salınması
ise hipotalamustan salgılanan tirotropin salıcı hormon (TRH) ve T3-T4’ün kontrolü
altındadır [10].
Şekil 2.10. Tiroit hormon sentezi [94]
24
2.2.5. Tiroit bezinin tümörleri
Tiroit kanserleri, en sık görülen habis endokrin tümörlerdir [3, 4]. Tüm kötü huylu
tümörler içerisinde %1 gibi oldukça düşük bir oranda görülebilmelerine rağmen over
kanserlerinden sonra endokrin sistemin en sık görülen kanserleridir [5]. Kanser
nedenli ölümlerde tiroit kanseri 35. sırada yer alır [6] ve kansere bağlı ölümlerin
%0,17-0,26’sını oluşturur [7, 8]. Tüm kanserlerin yaklaşık %1’ini, kansere bağlı
ölümlerin ise yaklaşık %0,2’sini oluşturur [3, 4]. ABD’de yıllık tiroit kanser
insidansı 4/100 000, yıllık ölüm oranı ise 4/1 000 000’tür [72]. Tüm dünyada her yıl
yaklaşık 122 000 yeni vaka görülmektedir [4]. Ülkemizde ise yüz binde 2,7 kişi tiroit
kanseri hastasıdır ve bu hastaların yüz binde 0,6’sı erkek, yüz binde 2,1’i kadındır
[9]. Ülkemizde, son yıllarda tiroit kanserlerinin görülme sıklığında bir artış olmuştur.
Bu bağlamda, 1990 yılına kadar yapılan tiroit ameliyatlarında kanser oranı %1
civarında iken 2000-2004 yılları arasında bu oran %15'i geçmiştir [10].
Tiroit tümörlerinin etiyoloji ve patogenezi
Tiroit kanserlerinin nedenleri arasında çeşitli faktörlerin rol oynayabileceği ileri
sürülmüş, ancak bunların çok azı kanıtlanmıştır [11-14]. Tiroit kanserlerinde,
çevresel etkenler arasında gıdalardan alınan iyot miktarı önemlidir. Bundan sonra da
guatrogenler gelir. Guatrogenlerin ilk hatırlananı karalahanada bulunan goitrin’dir.
Fakat bu katkı yapan faktörlerden sadece biridir. Tek faktör sayılmasına imkan
yoktur [14-16]. Guatrogenler, sadece beslenmede lahana türünün bulunması ile
ortaya çıkan bir sorun olmayıp ayrıca su kaynaklarının çevre kirlenmesi etkisiyle
kontamine oluşundan da kaynaklanabilir [11-14]. Türkiye'de guatrda içme sularından
daha çok topraktaki iyot eksikliğinin etkilidir. İyot içeriği düşük sebze, meyve ve
tahılca zengin beslenme ülkemizde yaygın olduğundan, vücuda giren total iyot
miktarı düşük seviyede kalmaktadır. Bu topraklarda yetişen bitkilerle beslenen
hayvanların eti de iyot bakımından fakir olmaktadır. Türkiye topraklarındaki iyot
yetersizliğini jeomorfolojik ve iklimsel özelliklerden de kaynaklanmaktadır.
Türkiye'nin sahillerine paralel uzanan sıradağlar, senenin büyük kısmında yağış
almaktadır. Bu iki özellik topraktaki iyodun denizlere taşınmasına sebep olmaktadır
[14].
25
İyot eksikliği ve endemik guatr sorunu yaşayan kişilerin %75’inden fazlasının
gelişmekte olan ülkelerde yaşadığı hesaplanmıştır. Endemik guatrın çevresel ve
kalıtımla ilgili belirleyicileri vardır [11-14]. İyot alımının yeterli olduğu ülkelerde
tüm tiroit kanserleri arasında en sık rastlanan tip diferansiye kanserler ve en sık
rastlanan tipi ise papiller kanserdir [108-110]. Gıdalardan yeterli iyot alınamazsa,
tiroitte yeterli iyot toplanamaz ve T3, T4 hormon üretimi azalır. Bu durum, TSH
salgısını arttırır. TSH, hormon yapımını arttırabilmek için tiroit hücrelerinin
çoğalmasına neden olur. Bunun sonucunda tiroitte iyi huylu büyümeler ortaya çıkar
[10]. İyot eksikliği olan bölgelerde folliküler adenom ve folliküler kanser yüksek
oranda görülür [108-110].
Tiroit kanseri gelişimi açısından yüksek risk grubunda bulunanlar, baş-boyun
bölgesine radyasyon uygulanmış hastalar ve aile üyeleridir. Baş ve boyun bölgesine
1500-2000 rad ve üzerinde radyasyon uygulanması seneler içerisinde gelişebilecek
tiroit kanseri riskini artırmaktadır. Radyasyon özellikle çocuklarda olmak üzere tiroit
kanserlerinin etiyolojisinde önemli rol oynamaktadır. Çernobil felaketi sonrasında
bölgede yaşayan çocuklarda 60 kat artmış sıklıkta tiroit kanseri görülmüştür.
Eksternal radyasyona maruz kalma sonucu gelişen tiroit kanseri genellikle papiller
tiptir ve birden fazla odaklı (multifokal), artmış bir lenf nodu metastaz sıklığıyla
birliktedir [6, 17]. Çocuklarda tiroit bezi, kemik iliği ile birlikte radyasyon
hassasiyeti en yüksek organ ve dokulardandır. Işınlanma sırasındaki kişilerin yaşı,
risk konusunda en belirleyici faktördür. Çeşitli çalışmalarda, riskin ilerleyen yaş ile
azaldığı belirlenmiştir. Atom bombasında hayatta kalanlar üzerinde yapılan
çalışmalar, tiroit kanseri vakalarının ışınlanma sırasında 10 yaş ve altındakilerde
olduğunu, en yüksek riskin ışınlanmadan 15-29 yıl sonra görüldüğünü ve 40 yıl
sonrasına kadar dahi riskin yükselebileceğini bildirmişlerdir [111]. Radyasyona bağlı
olarak kanser gelişme riski kadınlarda erkeklerden %30-50 daha fazladır [39].
Radyasyon, tümör hücrelerinde DNA hasarı oluşturarak apoptozisi ve/veya nekrozu
tetikler [88] ve tirozin kinaz özelliğindeki onkojenik proteinler olan RET ve TRK
genlerindeki yeniden düzenlemeleri sağlayan çift zincir DNA kırıklarına yol açar
[112].
26
Son yıllarda yapılan çalışmalar tiroit kanserlerinde pek çok onkogenin rol aldığını
göstermiştir. Papiller tiroit kanserlerinde RAS geninde nokta mutasyonları %6-45
sıklıkta bildirilmiştir [88, 113-117]. RAS mutasyonlarının folliküler kanserlerde
görülme oranı %25-50 [88, 115], folliküler adenomlarda ise %0-52 oranlarındadır.
RAS mutasyonları hücrede kontrolsüz ve sürekli büyüme uyarısına yol açar [88, 113,
114, 118-120]. P53 gen mutasyonları tiroit tümörlerinin gelişiminde diğer önemli bir
etkendir. P53 gen mutasyonu, diferansiye olmayan tiroit kanserlerinde %62,5, iyi
diferansiye tiroit kanserlerinde %11,4, medüller tiroit kanserleri ve kötü diferansiye
tiroit kanserlerinde %5 oranında saptanmıştır [121].
Tiroit tümörlerinin bir kısmında genetik yatkınlık önemlidir. Medüller tiroit
kanserlerinin %25’i, Multipl Endokrin Neoplazi (MEN) tip 2A, MEN tip 2B ve
ailevi medüller tiroit kanseri sendromu (FMTC) ile ilişkilidir. Bu sendromlar da RET
(REarrangement
during
Transfeciton)
onkogeni
mevcuttur.
Papiller
tiroit
kanserlerinde %6 oranında genetik yatkınlık söz konusudur. Papiller tiroit kanserli
bir kişinin çocuğunda papiller kanser görülme riski genel popülasyona göre 4 kat
yüksektir [21, 22, 108].
Tiroit tümörlerinin sınıflandırılması
Tiroit tümörleri, selim ve habis tümörler olmak üzere iki grupta toplanır. Selim tiroit
tümörleri, adenom ve teratom’lardır. Histolojik olarak embriyonel, fetal, Hürthle
hücreli, mikro- ve makroadenomlar ve papiller üst adenomlar şeklinde sıralanırlar.
Habis tiroit tümörleri, birincil veya ikincil olabilir. Birincil tümörler, epitel kökenli
ve epitel kökenli olmayan olarak iki grupta incelenir. Tiroidin epitel kökenli olmayan
habis tümörleri sarkoma ve lenfomalar olup nadir görülürler. Selim tiroit tümörleri
habis tümörlerden daha sık olmalarına rağmen tiroit kanseri endokrin sistemin en sık
görülen habasetidir [122].
Tiroit kanserleri; iyi diferansiye kanserler (% 90), medüller kanser (%7), anaplastik
kanser (%3) ve diğerleri olarak ayrılabilir. Papiller kanser (%80), folliküler kanser
27
(%10), papiller mikrokarsinom ve Hürthle hücreli kanser iyi diferansiye kanser
tipleridir [178, 19].
Tiroit folliküler hücrelerinden köken alan, iyot tutma yeteneğini koruyan, TSH ile
uyarılabilen, tiroit hormonu ve Tg sentezleyen kanserler diferansiye kanserlerdir.
Diferansiye kanserler tüm tiroit kanserlerinin %80-90’nını oluşturur [18, 19]. Papiller
kanser %70-80 sıklıkta görülmesi nedeniyle en sık karşılaşılan tiroit kanseridir [20].
Folliküler tiroit kanseri (FTC) (OMIM188470)
FTC, tüm tiroit kanserlerinin 1/4'ni oluşturur ve %10 oranında görülür. Kadınlarda
erkeklerden daha sıktır ve olguların çoğunda 40 yaşından sonra görülür. Daha çok
iyot yetersizliği olan bölgelerde rastlanır. Ailesel olma özelliği enderdir [123].
FTC’li hastalarda ölüm oranı papiller kanserden daha yüksektir ve metastaz yapar.
Papiller kanserin aksine damar invazyonu ve akciğer, kemik gibi uzak metastaz riski
yüksektir [6]. FTC’lerin ölüm oranı 10 yılda %15 ve 20 yılda %30 kadardır [124,
125].
Dünya Sağlık Örgütünün aldığı kararla, fonksiyonları tam olarak açıklanamamış olan
oksifilik hücrelerden köken alan Hürthle hücreli kanserler, folliküler kanserlerin bir
tipi olarak kabul edilmiştir [126].
Medüller tiroit kanseri (MTC) (OMIM#155240)
Parafolliküler hücrelerde denilen tiroidin C hücrelerinden köken alan MTC, tüm
tiroit kanserlerinin %5-10’unu oluşturur ve genellikle 50 yaşından sonra görülür.
Kadınlarda erkeklerden daha sık rastlanır. FTC’den daha habistir. MTC, otozomal
dominant kalıtılır. %70 sporadik olabileceği gibi Multipl Endokrin Neoplaziler
(MEN I-2A-2B) ve ailevi medüller tiroit kanseri (FMTC) içinde ailesel olarakta
görülebilir [6, 123].
28
Anaplastik tiroit kanseri (ATC) (OMIM%666240)
Anaplastik tiroit kanseri, daha çok kadınlarda ve ileri yaşlarda görülür ve tüm tiroit
kanserlerinin %10’unu oluşturur. Son derece habis olan bu tümör hızlı büyür ve uzak
metastazlar yapar. Pek az hasta tanı sonrasında 6 aylık sağ kalım gösterir [6].
Papiller tiroit kanseri (PTC) (OMIM#188550)
Papiller tiroit kanseri, tiroidin en yavaş seyirli olan ve en sık rastlanan kanseridir.
Tüm tiroit kanserlerinin % 75-80’ini oluşturur [3, 49, 127]. WHO sınıflamasında
(1988) PTC, tipik olarak papiller ve folliküler yapılar ile folliküler hücre
farklılaşması gösteren aynı zamanda ayırt edici nükleer değişiklikler (buzlu cam
görünümü, büyük, soluk, düzensiz sınır) içeren kötü huylu epitelyal tümör şeklinde
tanımlanmaktadır [128].
PTC insidansında coğrafi bölge değişikliklerinden kaynaklanan önemli farklılıklar
mevcuttur [3, 129]. PTC’de kadın/erkek oranı 2/1 ile 4/1 arasında değişmektedir [3,
49, 127]. Herhangi bir yaş grubunda izlenebilir, ancak ortalama görülme yaşı 3040’dır. Çocuklardaki tiroit kanserlerinin %90’ından çoğunu papiller tiroit kanseri
oluşturur [3, 129]. On yıllık sağ kalım oranı %85’e yakındır [42].
PTC’nin klasik tipten farklı morfolojik özelliklere sahip, papiller mikrokarsinom,
kapsüllü varyant, folliküler varyant, kapsüllü folliküler varyant, diffüz sklerozan tip
papiller kanser, uzun hücreli varyant olmak üzere bazı alt tipleri mevcuttur [8, 22,
127, 130-135].
29
2.3. Reseptör Tirozin Kinazlar (RTK)
Hücre membranında yer alan tirozin kinaz reseptörleri, hedef proteinlerin tirozin
kalıntılarını fosforlarlar. RTK, ligandın bağlandığı amino (NH2) uç bölge, hücre
zarına yerleşmiş α-heliks bölge ve sitozolde uzanan karboksil (COOH) bölge olmak
üzere üç temel bölümden oluşur (Şekil 2.11). COOH uç bölgesinde, tirozin kinaz
aktivitesine sahip tirozin kinaz alanı yer alır. Her reseptöre özgü ligand
bulunmaktadır. Ligand reseptöre bağlandığında reseptör aktif hale gelir ve böylece
tirozin kinaz bölgede fosforilasyon meydana gelir. Fosforile olan tirozin kinaz
bölgeye uygun substrat bağlanır ve sinyal iletim yolu başlar (Sinyal iletim yolu RET’
in işleyiş mekanizmasında açıklanmıştır). Sinyalin sitoplazmadan çekirdeğe iletimi
sonucu çekirdekte yer alan transkripsiyon faktörleri uyarılır ve hücre büyüyüp
farklılaşır [58].
Katalitik bölge
Ω Imminoglobulin (Ig)-benzeri bölge
Kadherin bölge
Sistein bakımından zengin bölge
(EGF)-benzeri bölge
Şekil 2.11. Reseptör tirozin kinazın alt sınıflarının şematik gösterimi [4]
30
2.3.1. RET (REarranged during Transfection) proto-onkogeni (OMIM*164761)
RET proto-onkogeni, embriyogenez sırasında merkezi ve periferal sinir sistemi ile
boşaltım sistemlerinde ifade edilir [23-25]. Bu gen, hücre yüzeyinde bulunan hücre
büyümesi ve farklılaşması için sinyal ileten 480 kDa.’luk reseptör tirozin kinaz
proteini kodlar. Normal olarak nöral krestden köken alan hücrelerde ifade olur [141].
Tiroit bezinde ise, parafolliküler (C) hücrelerinde ifade olur [26]. RET protoonkogeni sinir sistemine eğilimi olan (nörotropik) faktörler için reseptör işlevi görür
[27-31, 137].
RET proto-onkogeni 1985’te Takashi tarafından klonlanmıştır [27]. 1989 yılında
Ishizaka tarafından floresan in situ hibridizasyon yöntemiyle RET proto-onkogeninin
10. kromozomun q kolunun 11.2 (10q11.2) bandında konumlandığını tespit edilmiş
ve ilk kez MTC için aday gen olduğu ileri sürülmüştür (Şekil 2.12) [30].
Şekil 2.12. RET proto-onkogeninin 10. kromozom üzerindeki moleküler yerleşimi
[138]
31
Diğer RTK’lara göre büyük bir molekül olan RET proto-onkogeninin 5’ ucu, 10.
kromozomun sentromerik bölgesine ve 3’ ucu ise telomerik bölgesine doğru
uzanmaktadır [30]. RET proto-onkogeni, hücre dışı ligand-bağlanma bölgesi,
sisteince zengin bölge, bir dinamik transmembran bölge ve hücre içi tirozin kinaz
bölgelerinden oluşur (Şekil 2.13). RET proto-onkogeni, transkripsiyonel başlangıç
bölümü yakınında yer alan ve 5’-CG-3’ dizisi bakımından yoğun olan bölgenin bir
parçası olarak rastgele tekrarlanan dört adet 5’- CG-3’ dizisini içeren bir promotor
tarafından kontrol edilir [31]. Sistein bölgesinde meydana gelen bir mutasyon,
reseptörün ligand olmaksızın iki monomer arasında disülfid bağı (dimer)
oluşturmasına neden olur. Reseptörün tirozin kinaz alanı otofosforile olur ve
substratın bağlanmasıyla sinyal iletim yolu başlar. Ancak ligand olmadığı için sinyal
sürekli iletilir ve bunun sonucu olarak hücre sürekli büyüyüp farklılaşarak kanser
oluşturur [24].
Şekil 2.13. RET proto-onkogeninin yapısı [139]
32
Bugüne kadar, RET proto-onkogeni ile ilişkili iki ligand tanımlanmıştır; Glial-hücre
kökenli nörotropik faktör (GDNF) ve neurturin (NTN)’dir [140-142]. GDNF ve NTN
reseptörü, en az iki membran-bağımlı adaptör molekül veya RET proteininden birini
içerir [143]. GDNF reseptörü, merkezi, periferal ve enterik sinir sistemi ile böbreğin
gelişiminde temel ve potansiyel bir faktördür. RET proteini, GDNF ligandının
bağlanması için ligand bağlanma komponentine (GDNR-Reseptör-α) sahiptir [35].
RET
proto-onkogeni
sürekli
tekrarlayan
polimorfik
CA
tekrar dizileriyle
karakterizedir. Gen, 20 ekzona sahiptir ve toplam 55 kb. büyüklüğündedir. Birinci
introna kadar olan bölge 24 kb., ikinci ekzondan yirminci ekzona kadar olan bölge
ise 31 kb.’dır. RET geninin son üç ekzonunda görülen alternatif splicing nedeniyle
1072 amino asit, 1114 amino asit ve 1106 amino asit olmak üzere üç farklı izoformu
vardır [27-32].
RET proto-onkogenine ait yeniden düzenlemeler (OMIM*164761), ilk kez Takahashi
ve arkadaşları tarafından 1985 yılında in vitro bulunmuş, ancak genin in vivo yeniden
düzenlemeleri ile ilgili bildiriler 1987 yılında Fusco ve arkadaşları tarafından
yapılmıştır [25, 34, 36, 144]. Bu yeniden düzenlemeler, papiller tiroit kanserinde
keşfedilmiş olduğundan PTC olarak adlandırılır. Günümüze kadar RET-PTC1 [34],
RET-PTC2 [25] ve RET-PTC3 olmak üzere üç farklı RET yeniden düzenleme formu
tanımlanmıştır [35, 36]. RET/PTC yeniden düzenlenmelerinin genel ortalaması %18
olarak bildirilmiştir [145].
RET/PTC yeniden düzenlemeleri, RET proto-onkogeninin tirozin kinaz kodlayan
kısmının önünde yer alan 11. introndaki kırık sonucu meydana gelir. Bu kırık
sonucu, RET proto-onkogeninin tirozin kinaz kodlayan kısmı diğer bazı genler ile
birleşerek yeniden düzenlenmiş formu olan RET/PTC onkogeninin (RET-PTC1,
PTC2, PTC3) oluşumuna yol açar [145]. Diğer bir ifadeyle, RET/PTC şimerik
onkogeni, RET onkogeninin tiroit folliküler hücrelerinde mevcut genlerin 5’ ucuna
bağlanması ile oluşur. Papiller tiroit kanser patogenezinden RET/PTC onkogeni
sorumlu tutulmaktadır [33, 146, 147].
33
RET/PTC1, 10. kromozomda parasentrik inversiyon sonucu RET tirozin kinaz
aktivitesinin H4 geni ile birleşmesi sonucu oluşur [146]. RET/PTC1 aktivasyonu,
tedavi amaçlı radyasyon sonucu oluşan papiller tiroit kanserlerde bulunmaktadır
[146, 147]. RET/PTC2, t(10;17) (q11.2;q23) arasında translokasyon sonucu oluşur.
RET/PTC3 ise RET tirozin kinaz aktivitesinin, ELE1 geni ile birleşmesi sonucu
meydana gelir [26]. Çernobil’den sonra görülen folliküler tiroit kanserlerine,
RET/PTC3 onkogen aktivasyonu tespit edilmiştir [147].
RET proto-onkogenindeki kromozomal yeniden düzenlemeler papiller tiroit kanseri
olarak adlandırılan (RET/PTC) tiroit kanserinin en yaygın sporadik formunun
oluşumuna neden olur. RET/PTC onkogen aktivasyonu, papiller mikrokanserlerde
sık görülürken anaplastik ve kötü diferansiye tiroit kanserlerinde daha az sıklıkta
rastlanır [33]. Çocukluk çağında radyasyona maruz kalan hastalarda görülen papiller
tiroit kanserlerin %53-84’ünde RET/PTC şimerik onkogen formu gösterilmiştir [26].
RET proto-onkogenindeki mutasyonlar dominant olarak kalıtılır. RET protoonkogeninde meydana gelen mutasyonlar medüller tiroit kanseri, papiller tiroit
kanseri ve Hirschsprung hastalığına neden olmaktadır [24, 32, 139]. Bazı gen
mutasyonları insan yaşamı süresince kazanılır ve yalnızca belirgin hücrelerde ortaya
çıkar. Bu değişiklikler, somatik mutasyonlar olarak adlandırılırlar ve kalıtsal
değildirler. RET proto-onkogenindeki somatik mutasyonlar bazı kalıtsal olmayan,
kişide ortaya çıkan (sporadik) kanserlerde görülmüştür. RET onkogeni mutasyonları
radyasyonla ilişkili olmayan tiroit kanserlerinin %3-33’ünde bulunmuştur [21, 108,
137].
Çernobil
nükleer
kazası
sonrasında
Rusya’daki
çocuklarda
ve
çocukluk
dönemlerinde radyoterapi gören hastalarda yapılan çalışmalarda, radyasyonla ilişkili
tiroit kanserlerinin %60-80’inde RET onkogeninde değişiklikler tespit edilmiştir
[148-150]. Sporadik ve radyasyon-ilişkili papiller tiroit kanserlerinin bir kısmı RET
proto-onkogenindeki somatik translokasyonlar ile ilişkilidir [25, 36, 151-153].
34
2.3.2. RET proteini
RET proto-onkogeninin ifade ettiği protein, hücre membranında yer alan 480
kDa.’luk reseptör tirozin kinaz proteinidir. Farelerde yapılan “knock out”
çalışmalarda RET proteininin enterik bağırsak nöronlarının gelişiminde gerekli
olduğu görülmüştür. RET knock out fareler, doğum sonrası 24 saat yaşayabilmiştir.
Normal fare gelişiminde RET proto-onkogeninin, merkezi ve periferal sinir sistemi
ile boşaltım sisteminde ifade olduğu tespit edilmiştir [24].
Normal RET proteini hücre membranında yer almaktadır. Santora’nın geliştirdiği
teoriye göre, kimerik molekülün hücre dışında kalan bölümü, epidermal büyüme
faktörüdür ve reseptör kökenlidir. Hücre içi kinaz alanı RET’ten köken almıştır
(Şekil 2.14) [24]. Buna göre, RET proteininin yapısında hücre dışı alanda evrim
boyunca korunmuş beş adet sistein bölgesi, sitoplazmik bölgede ise tirozin kinaz
alanı bulunmaktadır [154].
Şekil 2.14. RET proto-onkogeni bir reseptör tirozin kinaz olup hücre membranında
yer alır ve ligandının bir koreseptöre bağlanmasıyla aktive olur [154]
35
RET proteini ve sinyal aktarım yolu
RET’in mitojenik yolunun belirlenmesi için bazı teoriler geliştirilmiştir. Bunlardan
en önemlisi Santoro’nun geliştirmiş olduğu kimerik RET-EGF reseptörüdür. Kimerik
molekülün hücrelerarası alanı ligandın bağlanmasına uygun yapıdadır. Ligandın
bağlanmasıyla aktif olan tirozin kinaz bölgesine, uygun substratlar bağlanır. Tespit
edilen substratlar (fosfolipaz C, guanozin trifosfat-aktive eden protein ve mitojenaktive eden protein) göz önüne alındığında, RET’in tirozin kinaz aktivitesi RAS’ın
dahil olduğu sinyal iletim yoludur [24].
İlk aşamada ligand reseptöre bağlanarak reseptörün dimer oluşturmasına sebep olur.
Böylece tirozin kinaz alanın otofosforilasyonu sağlanır. Tirozin kinaz, büyüme
faktörlerini ve diğer birçok proteini fosforile ederek aktive eder. Otofosforilasyon
sayesinde tirozin kinaz aktif hale gelir. Bundan sonra kinaz şelalesi denilen sinyal
iletim yolu başlamıştır [24].
Tirozin kinaz, adaptör protein olan Grb-2’nin SH-2 bölgesini fosforile ederek
nükleotid değiştirme faktörü olan SOS’daki SH-3 bölgesi aracılığı ile Grb-2-SOS
kompleksini oluşturur ve SOS’un RAS’a bağlanmasını sağlar. Bu kompleks daha
sonra RAS proteinine bağlanarak RAS-GDP’yi fosforile eder ve RAS’ın GDP’den
ayrılarak GTP’ye bağlanıp aktif RAS-GTP haline gelmesini sağlar [59, 67, 155, 156].
Herhangi bir nedenle bu aktivasyonun devamı istenmiyorsa GTPaz, GTPaz aktive
edici protein (GAP) ile birleşerek aktive olur ve RAS-GTP, RAS-GDP’ye çevrilip
inaktive edilerek işlem durdurulur (Şekil 2.15a) [156, 157].
Aktif olan RAS-GTP kompleksi, protein kinaz zincirini başlatır ve RAF kinaz aktive
olur (Şekil 2.15b). Aktif RAF, mitojen aktive eden kinaz kinaz kinaz (MAPKKK)
fosforile ederek MAPKK haline getirir. MAPKK fosforile olarak MAPK haline
döner (Şekil 2.15c,d).
36
MAPK, hücreler arası sinyal düzenleyici (ERK) olarakta adlandırılır. Hücrelere gelen
hücre büyümesi, farklılaşması gibi geniş çaptaki uyarılara cevap verilmesinde ve
hücre fenotipinin değişmesinde merkezi rol oynar. MAPK, sitoplazmik bir proteindir
ve aktif olduktan sonra çekirdeğe geçebilir (Şekil 2.15e) [158]. MAPK önce
ribozomal S6 protein kinaz (RSK) aktive eder. RSK, MAPK’ın hedef proteinlerinden
sadece biridir ve aktive olduktan sonra çekirdekteki jun ve fos başta olmak üzere
diğer transkripsiyon faktörleri aktive edilir [59, 67, 158].
Çekirdekte, transkripsiyon faktörlerinden fos özellikle MAPK, jun ise RSK
tarafından fosforile edilir [53]. Bu faktörlerin aktif hale gelmesiyle hücre bölünmesi
başlar ve sinyal iletim yolu ile hücreye gelen sinyal çekirdeğe aktarılır (Şekil 2.15f)
[156]. Böylece, bu sinyal iletim yolunun son basamağı, transkripsiyon faktörlerinin
fosforilasyonuyla dallara ayrılmış olur. Bunlardan birincisi, DNA dizisine bağlanan
AP-1 kompleksi, diğeri ise DNA dizisi üzerinde bulunan myc genidir. jun ve fos
aktive olunca myc geninin yanındaki bölgeye bağlanarak onu aktive ederler. Myc
geninin c-myc, L-myc, N-myc olarak üç şekli vardır [59, 67].
Aktive olan myc geni diğer genlerin transkripsiyonunu başlatabilir. Bunlardan en
önemlisi siklin-D1’dir. myc geni aktive olunca, siklin-D1’in ifadelenmesine ve hücre
döngüsünün G1 fazından S fazına geçmesini sağlayan olayların başlamasına neden
olur [59, 67]. Papiller tiroit kanserlerinin yaklaşık %32’sinde siklin-D1 ifadesinin
arttığı gösterilmiştir [159].
37
(a)
(b)
(c)
(d)
(e)
(f)
Şekil 2.15. Hücre dışı büyüme faktörlerinin sinyalleri tarafından aktive edilen GRB2,
SOS, RAS, RAF, MEK, MAPK, myc, jun/fos (AP-1) sinyal yolunun şematik
gösterimi [160]
38
2.4. Moleküler Teknikler
2.4.1. Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR)
Kary Mullis tarafından geliştirilen PZR, özel bir DNA parçasının primerler
aracılığıyla enzimatik olarak in vitro sentezlenmesidir [41].
PZR döngüsü DNA ipliklerinin yüksek sıcaklık ile birbirinden ayrılması
(denatürasyon),
sentetik
oligonükleotidlerin
hedef
DNA’ya
bağlanması
(hibridizasyon) ve zincirin uzaması (polimerizasyon) olmak üzere üç aşamadan
oluşur [161].
PZR’ın temel bileşenleri ise kalıp DNA, DNA polimeraz enzimi, primerler,
deoksiribonükleozit trifosfat (dNTP) karışımı, tampon ve MgCl2’dür. DNA polimeraz
enzimleri, dört çeşit dNTP kullanarak tamamlayıcı diziyi sentezlerler. Bunun için
kalıp moleküldeki diziye bağlanan kısa DNA parçalarının (primer) olması gerekir.
Sentez 5’ yönünden 3’ yönüne doğru devam eder [161].
Başlangıç denatürasyonu için genomik DNA gibi karmaşık kalıpların denatüre
olmasını sağlamak üzere yüksek sıcaklıklar (92-1000C) kullanılır. Primerlerin
uzaması aşamasında genellikle polimerazların, polimerizasyon aktivitesi için en
uygun sıcaklık derecesi olan 720C kullanılır. PZR ürünü olan tüm moleküllerde
reaksiyonun tamamlandığından emin olmak için son döngünün uzama süresi
çoğunlukla uzun (10-15 dakika) tutulur [161].
Toplam döngü sayısının arttırılması halinde istenmeyen ürünler fazlalaşırken
istenilen ürünlerde herhangi bir artış meydana gelmez. Bu yüzden kırk döngüden
fazla yapılan PZR reaksiyonları başarılı sonuç vermez [161].
39
2.4.2. Agaroz jel elektroforezi
DNA agaroz jel elektroforezi, PZR ürünlerinin analizinde sıklıkla kullanılan ve kolay
uygulanan bir yöntemdir. Yöntem avantajları basit ve hızlı olması ayrıca diğer
yöntemlerden yeterli düzeyde ayrılamayan DNA parçalarının ayrılabilmesini
sağlamaktadır. UV ışığı altında floresan etki gösteren etidyumbromür (EtBr)
boyasının kullanımı ile düşük derişimlerde olsa bile DNA’nın jel üzerinde yerini
belirlemek mümkündür. DNA’nın elektroforetik analizinin temeli, bu molekülün
elektriksel bir alanda, jel üzerinde (-) yüklü DNA molekülünün (+) yüklü alana doğru
göçüne dayanmaktadır. Göç hızı, molekülün büyüklüğüne, yapısına, jelde kullanılan
maddenin yoğunluğuna, iyonik kuvvete ve uygulanan akıma bağlı olarak değişir.
Jel elektroforezinde kullanılan destekleyici madde, mekaniksel etkiyi engellemek ve
molekülleri büyüklüklerine göre ayırmak için kullanılır. Matriks poliakrilamid,
agaroz, agaroz-akrilamid karışımı olabilir. Poliakrilamid jellerin ayırma güçleri fazla
olduğundan boyut bakımından birbirine çok yakın DNA parçalarının ayrımında
kullanılır. Agaroz bir alg türü olan Agar agar’dan izole edilmiş olan doğrusal bir
polisakkarittir. Agaroz sıcak suda çözünür, soğuduğu zaman karşılıklı kurulan H
bağları yapısı nedeniyle yol yapısı oluşur ve bu oluşum geri dönüşümlüdür [41].
2.4.3. DNA dizi analizi
Günümüzde yaygın olarak kullanılan DNA dizi analizi tekniği enzimatik yöntem
olarakta adlandırılan, F. Sanger tarafından geliştirilmiş zincir sonlandırma tekniğidir
[162]. Diğer bir yöntem ise kimyasal yöntem olarak adlandırılan ve çoğunlukla
Maxam ve Gilbert metodu olarak bilinen DNA’nın özgül kimyasal parçalanmasına
dayanan yöntemdir [163]. Kimyasal yöntem dezavantajları nedeniyle tercih
edilmemiştir. Sanger’in bulduğu yöntem ise zaman içerisinde teknolojideki
gelişmelere paralel olarak çok daha hızlı ve verimli bir hale gelmiştir [164].
40
Sanger-Coulson zincir sonlanma yöntemi
Sanger ve arkadaşlarının geliştirdiği enzimatik DNA sentezine dayanan ve
günümüzün en yaygın kullanılan DNA dizi analizi tekniği olan zincir sonlanma
yöntemidir [162]. Bu yöntemde dizisi saptanacak olan DNA ipliği yeni sentezlenecek
iplik için kalıp olarak kullanılır. DNA sentezini sağlamak için Klenov, Taq DNA
polimeraz, ters transkriptaz ya da sekuenaz enzimlerinden birisi kullanılabilir.
Yöntemin temeli DNA polimerazın, dNTP'lerin yanı sıra deoksiribozun 3’
pozisyonunda OH grubu taşımayan dideoksiribonükleozit trifosfat (ddNTP)’ları da
substrat olarak kullanabilmesine dayanır [165].
Sanger’in zincir sonlandırma yöntemi günümüzde, manuel (otomatik olmayan)
DNA dizi analizi yöntemi ve otomatik DNA dizi analizi yöntemi olarak
kullanılmaktadır.
Manuel (otomatik olmayan) DNA dizi analizi yöntemi
Sanger’in zincir sonlandırma metodunun temelinde kalıp, özgül primer, dNTP
karışımı, radyoaktif madde (32-fosfor, 35-sülfür veya 33-fosfor kullanılabilir), DNA
polimeraz enzimi ve dört farklı dideoksinükleotid (A, T, C ve G) gereklidir.
Dideoksinükleotidlerin diğer nükleotidlerden farkı, 3’ uçlarında bir hidroksil
grubunun eksik olmasıdır. Polimeraz enzimi zincire son olarak takılmış olan
nükleotidin 3’ hidroksil grubu ile yeni katılacak olan nükleotidin 5’ fosfat grubu
arasında
fosfodiester
bağı
oluşumunu
katalizler.
Polimeraz
enzimi
bu
dideoksinükleotidi yeni sentezlenen zincire taktığında 3’ hidroksil grubunun
olmamasından dolayı yeni bir nükleotid zincire takılamaz ve zincir bu noktada
sonlanır [164]. Dizi analizi reaksiyonu sonrasında örnekler sekans jeline (üreli
poliakrilamid jel) yüklenerek elektroforez yapılır. Jel önce whatman kağıdı üzerine
alınır ve burada kurutulur, daha sonra radyoaktif ışımaya duyarlı film üzerine
kapatılarak ışık almadan muhafaza edilir (otoradyogram). Film banyo edilerek film
üzerinde reaksiyon okunur [164].
41
Otomatik DNA dizi analizi yöntemi
Otomatik DNA dizi analizi yöntemi, manuel sekanstan temelde iki büyük farka
sahiptir. Birincisi, işaretleme basamağında radyoaktif madde yerine floresan boya
kullanılması, ikincisi ise otoradyogram yerine lazer ve optik okuma sisteminin bir
arada çalıştığı, bilgilerin bilgisayar ortamına direkt taşındığı otomasyonun
sağlanmasıdır [164].
İlk otomatik sekans reaksiyonları, floresan işaretli primerler kullanılarak yapılmıştır.
İlerleyen yıllarda, her bir primeri floresan işaretlemektense floresan işaretli
dideoksinükleotidler kullanılmaya başlanmıştır. Kapiller elektroforez sisteminin
devreye girmesiyle birlikte, sistem daha hızlı ve etkin hale gelmiştir. PZR ile
çoğaltılan gen bölgesine ait ürün saflaştırıldıktan sonra floresan işaretli
dideoksinükleotidlerin kullanıldığı döngüsel dizi analizi reaksiyonuna tabi tutulur
[164].
Saflaştırma sonrasında örnekler sekans cihazına yüklenir ve cihaz otomatik olarak
örnekleri kapillere çeker, yürütür, lazer ışığı altında optik sensör tarafından okur ve
okuduğu ham bilgileri bilgisayar programına aktarır [164].
42
3. MATERYAL VE METOT
3.1. Materyal
3.1.1. İncelenen kan örneklerinin toplanması
Tiroit kanserlerinde RET proto-onkogeninin 10., 11. ve 13. ekzonlarındaki
mutasyonların taranması amacıyla incelenen tüm kanser hastaları ve kontrol grubuna
ait kan örnekleri Ankara Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesi 5. Genel Cerrahi
Kliniği Ünitesi ve Dr. Abdurrahman Yurtarslan Ankara Onkoloji ve Eğitim
Hastanesi Nükleer Tıp Bölümü’ne başvuran ayaktan veya yatarak tedavi olan toplam
193 bireyden alınmıştır.
Çalışmanın amacı ve içeriği gönüllülere açık bir dille anlatılarak Gazi Üniversitesi
Tıp Fakültesi Yerel Etik Kurulu tarafından onaylanmış genetik materyal üzerinde
yapılacak araştırmalar bilgilendirilmiş gönüllü olur formu aracılığıyla izinleri
alınmıştır (EK-1, 2).
DNA eldesinde kullanılmak üzere tüm bireylerden 9 µl periferik kan, etik kurulun
onayladığı protokole uygun olarak alınmış olup bu tez kapsamında yapılan tüm
çalışmalar, Gazi Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Biyoloji Bölümü, Moleküler
Biyoloji Anabilim Dalı Moleküler Biyoloji Laboratuarında gerçekleştirilmiştir.
43
3.1.2. Tampon ve çözeltiler
Kan örneklerinden DNA izolasyonu için kullanılan tampon ve çözeltiler:
Eritrosit parçalama tamponu (Red Blood Cell lysis buffer; RBC): 15O mM NH4Cl,
10 mM NaHCO3 ve O,5 M EDTA (pH: 8,0).
Lökosit parçalama tamponu (STE; Sodyum klorid-Tris-EDTA): 10 mM Tris-HCl
(pH: 7,4), 400 mM NaCl ve 0,1 M EDTA (pH: 8,0).
Fenol: kloroform: izoamilalkol (25:24:1) çözeltisi: 25 ml fenol, 24 ml kloroform ve
1 ml izoamilalkol karıştırılarak hazırlanmıştır. Hazırlanan çözelti bir gece +4 0C’de
bekletildikten sonra kullanılmıştır.
Proteinaz K (20 µg/ml): O,2 mg proteinaz K, 10 ml TE tamponu.
TE çözeltisi: 10 mM Tris (pH: 8,0), 1 mM EDTA (pH: 8,0).
%10’luk Sodyum Dodesil Sülfat (SDS): 10 gr SDS, 100 ml distile su içerisinde
çözülerek hazırlanmıştır.
2M Sodyum Asetat (CH3COONa): 1,64 gr sodyum asetat, 100 ml distile su içerisinde
çözülerek hazırlanmıştır.
%70’lik etil alkol: 70 ml %100’lük etil alkol, 30 ml distile su.
%95’lik etil alkol: 95 ml %100’lük etil alkol, 5 ml distile su.
44
Polimeraz Zincir Reaksiyonu için kullanılan tampon ve çözeltiler
Taq polimeraz tamponu 10x: 100 mM Tris-HCl (pH: 8,3), 500 mM KCl, 1 mg/ml
jelatin.
MgCl2: 25 mM kullanılmıştır.
Nükleotit Karışımı: 10 mM dNTP (dATP, dGTP, dTTP, dCTP).
Taq polimeraz: 5 u/ µl kullanılmıştır.
Primerler: RET proto-onkogenine ait 10., 11. ve 13. ekzon bölgelerinin çoğaltılması
için kullanılan primerler Çizelge 3.1’de verilmiştir.
Agaroz jel elektroforezi için kullanılan çözeltiler
Tris-Asetik Asit-EDTA (TAE) tamponu (x50) (pH: 8,0): 242 g Tris, 57,1 ml glasial
asetik asit, 0,5 M 100 ml EDTA (pH 8,0) distile su içerisinde çözülerek hacim 1000
ml’ye tamamlanmıştır.
Agaroz: %0,8 ve %2’lik (w/v) agaroz TAE tamponunda çözülerek hazırlanmıştır.
Yükleme tamponu: 40 g. sükroz, 0,025 g. bromofenol mavisi, 0,25 g. ksilen siyanol
100 ml distile su içerisinde çözülerek hazırlanmıştır.
Etidyum bromür: 10 mg/ml derişimde hazırlanmış ve koyu renkli şişelerde muhafaza
edilmiştir.
Sterilizasyon
Steril kullanılması gereken tüm tampon ve çözeltiler 121 0C’de 20 dakika otoklavda
sterilizasyona tabii tutulmuştur.
45
Çizelge 3.1. RET proto-onkogeninin 10., 11. ve 13. ekzon bölgelerinin belirlenmesi
için kullanılan primerler ve çoğaltılan gen bölgelerinin büyüklükleri
[166]
Ekzon PZR Çoğaltımı (Amplifikasyon)
PZR Ürün Tm
MgCl2
Büyüklüğü
10
10F:5’GGGCCTATGCTTGCGACACCA3’
373 bç.
610C
10R:5’CCAGAGGGAGGGAGGGAAGTTT3’
11
11F:5’GGTCTAGGAGGGGGCAGTAAATGG3’
mM
561 bç.
630C
11R:5’CAGCGTTGGCAGCCCCTCACAG3’
13
13F:5’AGAAGCCTCAAGCAGCATCGTC3’
13R:5’AGGAGCAGTAGGGAAAGGGAGAAA3’
2,0
1,5
mM
346 bç.
610C
1,5
mM
46
3.2. Metot
3.2.1. Periferik kandan DNA izolasyonu
Çalışma grubunu oluşturan hastalardan 1ml 0,5 M EDTA’lı tüp içerisine 9 ml kan
örneği alınmış ve iyice karıştırılmıştır. Alınan kan örneği 50 ml’lik falkon tüp
içerisine aktarılmış ve 25 ml RBC lizis çözeltisi ile çalkalanarak renk iyice
koyulaşıncaya kadar 20 dakika buz içerisinde bekletilmiştir. Soğutmalı santrifüjde +4
°C’de 4000 rpm’de 20 dakika santrifüj edilmiştir. Süpernatant dökülmüş ve pellet
üzerine tekrar 25 ml RBC lizis çözeltisi eklenmiştir. Bu işlem tüm eritrositler
giderilene kadar tekrarlanmıştır. Dipte kalan lökositler üzerine 1000 µl RBC lizis
çözeltisi eklenmiştir. Bu karışımın 800 µl’si ependorf tüpe alınarak stok olarak
saklanmıştır. Geriye kalan 200 µl’lik karışım ependorf tüpe alınmış, üzerine 20
µg/ml olacak şekilde proteinaz K, son konsantrasyon %0,5 olacak şekilde %10’luk
SDS ve lökosit hacminin 2,5 katı olacak şekilde STE eklenerek bir gece 56 °C’de
sıcak su banyosunda bekletilmiştir. İkinci gün 1:1 oranında fenol: kloroform:
izoamilalkol eklenerek 10 dakika elde iyice çalkalanmıştır. Çalkalama işlemini
takiben 20 dakika buz içerisinde bekletilmiş ve +4 °C 4000 rpm’de 20 dakika
santrifüj edilmiştir. İki faza ayrılan karışımın üst kısmı başka bir ependorf tüpüne
alınmış ve üzerine toplam hacmin 1/10’u kadar 2M sodyum asetat ve toplam hacmin
2 katı kadar %95’lik etanol eklenmiştir. Tüp nazikçe çevrilerek DNA görünür hale
getirildikten sonra -20 0C’de bir gece bekletilmiştir. Üçüncü gün +4 °C 4000 rpm’de
20 dakika santrifüj edilerek DNA çöktürülmüştür. Süpernatant dökülerek tüpe 500 µl
%70’lik etanol eklenmiş ve +4 °C 4000 rpm’de 20 dakika santrifüj edilmiştir.
Santrifüj sonunda süpernatant dökülmüş ve tüp içerisinde alkol kokusu kalmayana
kadar kurutulmaya bırakılmıştır. Kurutulduktan sonra tüp içerisine TE çözeltisi
eklenip 37 °C’de bir gece bekletilerek DNA’nın çözülmesi sağlanmıştır. İzole edilen
DNA +4 °C’de saklanmıştır.
47
3.2.2. Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR)
Periferik kandan izole edilmiş DNA’larda RET proto-onkogeninin 10., 11. ve 13.
ekzon bölgelerine ait genlerin analizleri, genel primerleri (Bkz. Çizelge 3.1)
kullanılarak PZR yöntemi ile belirlenmiştir. PZR işlemi için; 5 µl Taq tamponu
(10x), 4 µl MgCl2, 1 µl dNTP, 0,5 µl primer, 1 µl kalıp DNA ve 0,1 µl Taq enzimi
ilave edilmiş ve reaksiyon hacmi distile su ile 50 µl’ye tamamlanmıştır. Hazırlanan
bu karışım PZR cihazına (Biometra) yerleştirilmiş ve RET proto-onkogenine ait her
bir ekzon bölgesi için aşağıda verilen programlar kullanılmıştır.
RET proto-onkogeninin 10. ve 13. ekzon bölgesine ait genlerin belirlenmesi için
aşağıdaki PZR programı kullanılmıştır [166].
İlk denatürasyon
95 0C
10 dakika
Denatürasyon
95 0C
30 saniye
Primerlerin bağlanması
65 0C
30 saniye
0
Uzama
72 C
1 dakika
Son uzama
720C
10 dakika
1 döngü
40 döngü
1 döngü
RET proto-onkogeninin 11. ekzon bölgesine ait genlerin belirlenmesi için
aşağıdaki PZR programı kullanılmıştır [166].
İlk denatürasyon
95 0C
10 dakika
Denatürasyon
95 0C
30 saniye
Primerlerin bağlanması
63 0C
30 saniye
Uzama
720C
1 dakika
Son uzama
720C
10 dakika
1 döngü
40 döngü
1 döngü
48
3.2.3. Agaroz jel elektroforezi
0,9 gr agaroz, 60 ml TAE tamponuna karıştırılmıştır. Kap, mikrodalga fırın içinde
agaroz partikülleri tamamen homojen hale gelene kadar kaynatılmış ve oda
sıcaklığında biraz bekletildikten sonra son hacmi 0,5 µg/ml olacak şekilde etidyum
bromür ilave edilmiştir. DNA yükleme kuyucukları oluşturmak için elektroforez jel
dökme tabağına tarak yerleştirilmiştir. Erimiş agaroz 55 °C'ye kadar soğutulduktan
sonra tarak yerleştirilmiş jel tabağına dökülmüştür. Polimerizasyon için oda
sıcaklığında yaklaşık 45 dakika beklenmiştir. Jelin polimerizasyonundan sonra jel
tabağı elektroforez tankına yerleştirilmiştir. Elektroforez tankı TAE 1X tamponu ile
jelin üstü kapanacak şekilde doldurulmuştur. Jelde oluşturulan ilk kuyucuğa 3 µl
DNA marker, diğer kuyucuklara ise 10 µl PZR ürünü 3-5 µl yükleme tamponu ile
karıştırılarak yüklenmiştir. Yüklenen örnekler 70 V’ta 25-30 dakika yürütülmüştür.
Yürütme işleminin sonunda RET geninin PZR ürünlerinin görüntülenmesi DNA
görüntüleme cihazında (Biometra BioDoc Analyze, Goettingen, Germany), UV ışık
altında yapılmıştır. Jellerin fotoğrafları dijital olarak bilgisayar ortamında çekilmiştir.
3.2.4. DNA dizi ve BLAST analizi
RET proto-onkogeninin 10., 11. ve 13. ekzon bölgelerine ait genlerin analizi için
PZR’de kullanılmış primerler (Bkz. Çizelge 3.1) ve bu ekzon bölgelerine ait PZR
ürünleri Macrogen Company (www.macrogen.com)’ye gönderilerek DNA dizi
analizi gerçekleştirilmiştir. Firma tarafından, DNA dizi analizi uygulanarak Finch
TV programı ile elde edilmiş kromotogram dosyaları hazırlanmıştır. RET protoonkogeninin 10., 11. ve 13. ekzonlarına ait genlerin nükleotid dizileri, kromotogram
dosyaları açılarak çıkartılmış ve NCBI (The National Center for Biotechnology
Information) BLAST aracılığıyla gen bankasında kayıtlı insan DNA dizileri ile
eşleştirilmeleri ve karşılaştırılmaları yapılmıştır. CLC Workbench programı ile RET
proto-onkogeninin 10., 11. ve 13. ekzonlarında yer alan mutasyonlar belirlenmiştir.
Belirlenmiş mutasyonların gen içerisinde ki yerinin tespit edilmesi amacıyla Artemis
programı kullanılmıştır.
49
3.2.5. İstatiksel analizler
En sık mutasyon tespit edilmiş RET proto-onkogeninin 11. ekzon bölgesine ait 630.
kodon ve 13. ekzon bölgesine ait 769. kodon ile tiroit kanserli hastalar ve kontrol
grubu arasındaki ilişkileri belirlemek amacı ile Yates süreklilik düzeltmesi (Yates’in
ki-kare sınaması) ve Ki-kare testi kullanılmıştır.
İstatistiksel analiz, kanserli kadın ve erkek hastalarda RET proto-onkogeninin 11. ve
13. ekzon bölgelerinde tespit edilmiş mutasyonlar ile kadın ve erkek kanserli hasta ve
kontrol grubu arasındaki ilişkileri belirlemek amacı ile yapılmıştır.
Analizlerde p değerleri ve %95 güven aralığında (Cl) risk katsayısı (OR) değerleri
hesaplanmıştır. İstatistiğin anlamlı olabilmesi için p değerinin 0,05’ten küçük
(p<0,05)
olması
gerekmektedir.
OR
(odds
ratio),
risk
miktarını
göstermektedir. Parantez içi değerler ise güven aralığıdır. Bu değerlerin birbirine
yakın olması deneğin güvenirliliğini göstermektedir.
50
4. DENEYSEL BULGULAR
Bu tez çalışması kapsamında 86 papiller tiroit kanseri, 5 folliküler tiroit kanseri, 2
medüller tiroit kanseri, 2 anaplastik tiroit kanseri, 1 benign tiroit kanseri, 7
multinodüler guatr, 4 diffüz guatr, 1 hipertiroidi olmak üzere 108 tiroit hastası ve 85
kontrol grubu olmak üzere 193 birey (EK-3) çalışılmıştır.
Çalışma kapsamı içerisinde 10. kromozomun q kolunun 11.2 bandında yer alan RET
(REarranged during Transfection) proto-onkogeninin 10., 11. ve 13. ekzon
bölgelerinde yer alan mutasyonlar araştırılmıştır.
Araştırılması yapılan RET proto-onkogenine ait 10., 11. ve 13. ekzon bölgeleri, PZR
ile çoğaltılmıştır. PZR ürünlerinin optimum koşulları bulunana kadar çeşitli PZR
denemeleri yapılmıştır.
4.1. RET Proto-Onkogeninin 10. Ekzon Bölgesine Ait PZR ve DNA Dizi Analizi
Sonuçları
RET proto-onkogenine ait ekzon 10 bölgesinin çoğaltılması için kullanılan RET10
primerinin yerleşim bölgeleri ve DNA dizi analizi yapılan RET proto-onkogeninin
ekzon 10 bölgesine ait gen bankasından alınmış diziler Şekil 4.1’de verilmiştir. RET
proto-onkogeninin 10. ekzon bölgesi, materyal metot da dizisi verilen RET10
primerleri kullanılarak çoğaltılmıştır. Polimeraz zincir reaksiyonu ürünleri marker
varlığında jelde yürütülmüş ve ürün büyüklüğü 373 baz çifti (bç) olarak gözlenmiştir
(Şekil 4.2).
PZR ürünlerinin saflaştırılmasından sonra ticari firma aracılığı ile DNA dizi
analizleri yapılmış, ancak incelemiş olduğumuz 108 tiroit hastasının ve kontrol
grubunu oluşturan 85 bireyin hiçbirinde RET proto-onkogeninin ekzon 10 bölgesinde
mutasyon tespit edilememiştir.
51
GCATCACCCTAGCCATGGGGAGGGAGCAGGCAGGGTCAGGGACAGGGGGAAGGCAGGGACCCACAG
ACTGTCCAGGCCCCTGCTGAGGTCCCAGAAGTCGGCACACACAGATTTCAGAAGCAGAGAATGGTC
AGTAGGGACACTGACAGGGAAAGTGCGGCCCTGAGCCAGACGAGGGACACTGCAATGTGCGGGTCA
GGCCACCAGGCTCCAGTTTTGGAGGCAGAGTCCTTTGTTCAGATGAAATGTTAGGAGGGGGCCTGG
CTTCACCCATGGCTTCAGAAAGGCACTGTGACCAAGCCCTGCCCGGCTAAGCCAAGCTGCTGGGCC
CCTGGCCTCACTGGGCCTATGCTTGCGACACCAGTTGGGGAGGGGGCTCCTTGGGACACTGCCCTG
GAAATATGGGCGCCTGGGGTGGTCAGGCGCCCCAGGAGGCTGAGTGGGCTACGTCTGCCCTCAGGG
GGCAGCATTGTTGGGGGACACGAGCCTGGGGAGCCCCGGGGGATTAAAGCTGGCTATGGCACCTGC
AACTGCTTCCCTGAGGAGGAGAAGTGCTTCTGCGAGCCCGAAGACATCCAGGGTGAGTGGGTGGCG
GCCGGGACCACCACCACCTCCCAGCCCCACAGAGGTCTCAACAGCACATCTGAGGTCCCAACAAGG
GAGGAAATTGCTGGGAGGCGAGTGGGCCCCATGAAACTTCCCTCCCTCCCTCTGGGCCTCTGTTAC
TCCACCCAGGAGAGGGGCCAGGGCCCCTGTAAAGTGTCTTCTGGCCATAAGTTCTATGATGGACAG
GCCAGAAAAGCAGTTCTTCCACCAAACAACTTGTCAGCCTGACAAGTCACTGTCCCTGTGACCATG
CAGCTGGGACCCACCCAGGAACACATTTCAAGGTCAGCAGGTATGGTGGGTTGCACAGCCACACTG
ACTACACTCAGGGGTGCTGTTCTGCCTGAGCATAGGGACACGTTTCTGTCATTGAGTTTTCTGGTA
TTATATAGCCCTACGTCCCTAGCCACTTAGCATTTTCATAAAGAAAATGCCAAAGACATTTGGAAC
AGAGGAAAATTTTGACCTCCCCTGCCAGCCCTCCAGTGCCAGCTGGTGTAATGAGCACAGCCTCTG
CTGTGTGACCTTGGCAGGCTGCTCAGCCTCTCTGAGCCTCTGTCTCCATCTGTAAGAGGGCAATAG
Şekil 4.1. RET proto-onkogenine ait ekzon 10 bölgesinin çoğaltılması için kullanılan
RET10 primerinin yerleşim bölgeleri (kırmızı harfler ile yazılan bölge) ve
DNA dizi analizi yapılan RET proto-onkogeninin ekzon 10 bölgesi (mavi
harfler ile yazılan bölge). 10. ekzon bölgesinin başlangıç kodonu olan
kodon 588 (mavi harfle yazılmış ve altı çizili 3’lü baz dizisi). PZR ürün
büyüklüğü 373 bç
1
2
3
4
5
6
7
8
Şekil 4.2. RET proto-onkogeninin ekzon 10 bölgesinin RET10 primeri kullanılarak
elde edilen 373 baz çifti uzunluğundaki PZR ürünlerinin agaroz jelde
gösterilmesi (Hat 1: Marker (100 bç.), hat 2: Olgu 158, hat 3: Olgu 184,
hat 4: Olgu 185, hat 5: Olgu 186, hat 6: Olgu 187, hat 7: Olgu 188 ve hat
8: Olgu 190)
52
4.2. RET Proto-Onkogeninin 11. Ekzon Bölgesine Ait PZR ve DNA Dizi Analizi
Sonuçları
RET proto-onkogenine ait ekzon 11 bölgesinin çoğaltılması için kullanılan RET11
primerinin yerleşim bölgeleri ve DNA dizi analizi yapılan RET proto-onkogeninin
ekzon 11 bölgesine ait gen bankasından alınmış diziler Şekil 4.3’de verilmiştir. RET
proto-onkogeninin 11. ekzon bölgesi, materyal metotda dizisi verilen RET11
primerleri kullanılarak çoğaltılmıştır. Polimeraz zincir reaksiyonu ürünleri marker
varlığında jelde yürütülmüş ve ürün büyüklüğü 561 bç. olarak gözlenmiştir (Şekil
4.4). PZR ürünlerinin saflaştırılmasından sonra ticari firma aracılığı ile DNA dizi
analizleri yapılmıştır.
CCACCACCACCTCCCAGCCCCACAGAGGTCTCAACAGCACATCTGAGGTCCCAACAAGGGAGGAAATT
GCTGGGAGGCGAGTGGGCCCCATGAAACTTCCCTCCCTCCCTCTGGGCCTCTGTTACTCCACCCAGGA
GAGGGGCCAGGGCCCCTGTAAAGTGTCTTCTGGCCATAAGTTCTATGATGGACAGGCCAGAAAAGCAG
TTCTTCCACCAAACAACTTGTCAGCCTGACAAGTCACTGTCCCTGTGACCATGCAGCTGGGACCCACC
CAGGAACACATTTCAAGGTCAGCAGGTATGGTGGGTTGCACAGCCACACTGACTACACTCAGGGGTGC
TGTTCTGCCTGAGCATAGGGACACGTTTCTGTCATTGAGTTTTCTGGTATTATATAGCCCTACGTCCC
TAGCCACTTAGCATTTTCATAAAGAAAATGCCAAAGACATTTGGAACAGAGGAAAATTTTGACCTCCC
CTGCCAGCCCTCCAGTGCCAGCTGGTGTAATGAGCACAGCCTCTGCTGTGTGACCTTGGCAGGCTGCT
CAGCCTCTCTGAGCCTCTGTCTCCATCTGTAAGAGGGCAATAGTGGTCTAGGAGGGGGCAGTAAATGG
CAGTACCCATGCTCGATGGGGTGTTCTCAGGCCTTCCCACACCTCCATGGCCACTTCCCAGCTGGCGC
GGACACGGCAGGCTGGAGAGCCATGAGGCAGAGCATACGCAGCCTGTACCCAGTGGTGCCGAGCCTCT
GGCGGTGCCAAGCCTCACACCACCCCCACCCACAGATCCACTGTGCGACGAGCTGTGCCGCACGGTGA
TCGCAGCCGCTGTCCTCTTCTCCTTCATCGTCTCGGTGCTGCTGTCTGCCTTCTGCATCCACTGCTAC
CACAAGTTTGCCCACAAGCCACCCATCTCCTCAGCTGAGATGACCTTCCGGAGGCCCGCCCAGGCCTT
CCCGGTCAGCTACTCCTCTTCCGGTGCCCGCCGGCCCTCGCTGGACTCCATGGAGAACCAGGTCTCCG
TGGATGCCTTCAAGATCCTGGTGAGGGTCCCTGCGGGGCAGGGAAGATCCCCTGCCCTCCCCAGCTGC
CTTCCAGGGAGGGAGGCCAGCTGGGGAGACAGAGGCCATCCTGTGAGGGGCTGCCAACGCTGGGCAGA
CGAGGCCTGTGTTCTGCCCCCATTTCCATAGGGCGCTGTGTGGGGACAGTCTGTGGGGTGGGACTGTG
ATGAGGTGCCGTTCCCATCTAGGTGAGAGGCAGTGGTCAGGGTCACAGCATCGGGCAGGGGAGCAGCA
GTGTGGATGGAGGGGCACTGAAGTCAGAAGGGGGTGCCTTTCTGGGGAGCCTGGCCTGCAGGTCTGCA
TGTGCTACTCAGAGCCTCCAGGCTGTGCCGAGTATCCTGGAGCCTCCTTGTCCCGGCCAGGCAGGCCT
Şekil 4.3. RET proto-onkogenine ait ekzon 11 bölgesinin çoğaltılması için kullanılan
RET11 primerinin yerleşim bölgeleri (kırmızı harfler ile yazılan bölge) ve
DNA dizi analizi yapılan RET proto-onkogeninin ekzon 11 bölgesi (mavi
harfler ile yazılan bölge). 11. ekzon bölgesinin başlangıç kodonu olan
kodon 628 (mavi harfle yazılmış ve altı çizili 3’lü baz dizisi). PZR ürün
büyüklüğü: 561 bç
53
1
2
3
4
5
6
7
8
Şekil 4.4. RET proto-onkogeninin ekzon 11 bölgesinin RET11 primeri kullanılarak
elde edilen 561 baz çifti uzunluğundaki PZR ürünlerinin agaroz jelde
gösterilmesi (Hat 1: Marker (100 bç.), hat 2: Olgu 100, hat 3: Olgu 105,
hat 4: Olgu 107, hat 5: Olgu 108, hat 6: Olgu 116, hat 7: Olgu 118 ve hat
8: Olgu 130)
Bu tez çalışması kapsamında incelemiş olduğumuz 93 kadın tiroit hastasından 12
kadın hastada ve 15 erkek tiroit hastasından 3 erkek hastada olmak üzere toplam 108
tiroit hastasından 15 hastada (%13,88) RET proto-onkogeninin ekzon 11 bölgesinde
mutasyon tespit edilmiş, ancak kontrol grubunu oluşturan 85 bireyin hiçbirinde
mutasyon görülmemiş olup istatiksel anlamlılık (p) 0,73 ve OR değeri ise 0,59 (0,133,09) olarak hesaplanmıştır. RET proto-onkogeninin 11. ekzon bölgesinin genetik
analizlerinin yapıldığı çalışmamızda istatistiksel bir anlam bulunamamıştır. Sonuç
olarak, deney olgu sayısı artırılarak yapılmalıdır (Çizelge 4.1).
Çizelge 4.1. RET proto-onkogeninin 11. ekzon bölgesine ait istatistiksel veriler
RET11
Kadın
Erkek
p
OR
Mutasyon
12
3
0,73
0,59 (0,13-3,09)
Normal
81
12
54
Bu tez çalışması kapsamında DNA dizi analizi yapılmış olan RET proto-onkogeninin
11. ekzon bölgesinde 86 papiller tiroit kanserli hastadan 5 hastada (%5,81) ve 5
folliküler tiroit kanserli hastadan 2 hastada (%40,0) olmak üzere 7 hasta ile en fazla
630. kodonda mutasyon tespit edilmiş, ancak kontrol grubunu oluşturan 85 bireyin
hiçbirinde 11. ekzon bölgesinde mutasyon bulunamamıştır. En sık mutasyon tespit
edilmiş olan RET proto-onkogeninin 11. ekzon bölgesine ait 630. kodon ile papiller
ve folliküler tiroit kanserli hastalar ve kontrol grubu arasındaki ilişkileri belirlemek
amacı ile Yates süreklilik düzeltmesi uygulanmış ve istatiksel anlamlılık (p) 0,054 ve
OR değeri ise 0,09 (0,01-1,03) olarak hesaplanmıştır. Sonuç olarak, RET protoonkogeninin 11. ekzon bölgesine ait 630. kodon bakımından tiroit kanserleri arasında
fark yoktur (Çizelge 4.2).
Çizelge 4.2.
En sık mutasyon tespit edilmiş olan RET proto-onkogeninin 11. ekzon
bölgesine ait 630. kodon ile papiller ve folliküler tiroit kanserli
hastalar ve kontrol grubu arasındaki ilişkileri belirlemek amacı ile
uygulanmış Yates süreklilik düzeltmesi verileri
RET Proto-Onkogeninin 11. Ekzon Bölgesine Ait 630. Kodon
Papiller tiroit kanseri Folliküler tiroit kanseri p
Hasta
5
2
0,054
Kontrol 81
3
RET proto-onkogeninin 11. ekzon bölgesinde tespit edilmiş mutasyonlar ile
mutasyon tespit edilmiş kanser hastaları arasındaki ilişki Çizelge 4.3 ve Çizelge
4.4’de verilmiştir. Kontrol grubunu oluşturan 85 bireyde RET proto-onkogeninin 11.
ekzon bölgesinde mutasyon saptanmamıştır.
55
Çizelge 4.3. RET proto-onkogeninin ekzon 11 bölgesinde tespit edilmiş mutasyon
tipleri
Olgu
No
Cinsiyet
Kodon
Ekzon
Mutasyon Tipi
Kanser Tipi
8
Erkek
691
697
11
GGT (gly) → GGG (gly)
CTG (leu) → ATG (met)
Papiller Tiroit Kanseri
631
632
633
691
11
GAC (asp) → GAG (glu)
GAG (glu) → AGC (ser)
CTG (leu) → TGG (trp)
GGT (gly) → AGT (ser)
96
Kadın
Multinodüler Guatr
100
Kadın
634
635
11
TGC (cys) → TGG (trp)
CGC (arg) → AGC (ser)
Papiller Tiroit Kanseri
101
Kadın
637
11
GTG (val) → GTT (val)
Papiller Tiroit Kanseri
103
Kadın
630
702
11
TGC (cys) → AGC (ser)
AAC (asn) → AAA (lys)
Papiller Tiroit Kanseri
109
Kadın
630
11
TGC (cys) → AGC (ser)
Multinodüler Guatr
112
Kadın
630
11
TGC (cys) → AGC (ser)
Papiller Tiroit Kanseri
128
Kadın
701
702
703
11
GAG (glu) → AAG (lys)
AAC (arg) → AAA (lys)
CAG (gln) → AAG (lys)
Papiller Tiroit Kanseri
130
Erkek
659
662
11
TGC (cys) → TAC (tyr)
AAG (lys) → AGT (ser)
Papiller Tiroit Kanseri
133
Erkek
691
11
GGT (gly) → AGT (ser)
Papiller Tiroit Kanseri
137
Kadın
630
11
TGC (cys) → AGC (ser)
Papiller Tiroit Kanseri
138
Kadın
630
11
TGC (cys) → AGC (ser)
Papiller Tiroit Kanseri
141
Kadın
630
11
TGC (cys) → AGC (ser)
Papiller Tiroit Kanseri
143
Kadın
630
11
TGC (cys) → AGC (ser)
Folliküler Tiroit Kanseri
187
Kadın
630
631
11
TGC (cys) → CAT (his)
GAC (asp) → ACC (thr)
Folliküler Tiroit Kanseri
56
Çizelge 4.4. Çalışmamız kapsamında incelemiş olduğumuz 86 papiller tiroit kanseri,
5 folliküler tiroit kanseri, 2 medüller tiroit kanseri, 2 anaplastik tiroit
kanseri, 1 benign tiroit kanseri, 7 multinodüler guatr, 4 diffüz guatr, 1
hipertiroidi olmak üzere 108 tiroit hastasından RET proto-onkogeninin
11. ekzon bölgesinde mutasyon tespit edilmiş 15 tiroit hastasının dahil
olduğu hastalık grupları ile mutasyon tespit edilmiş 11. ekzon bölgesine
ait kodonlar arasındaki ilişkinin gösterimi (kontrol grubunda mutasyon
saptanmamıştır. n=85)
Kodon
Papiller Tiroit Kanseri
Folliküler Tiroit Kanseri
Multinodüler Guatr
630
5 (%5,81)
2 (%40,0)
1
631
-
1
1
632
-
-
1
634
1
-
-
635
1
-
-
637
1
-
-
659
1
-
-
662
1
-
-
691
2
-
1
697
1
-
-
701
1
-
-
702
2
-
-
703
1
-
-
57
1) Olgu 8
Cinsiyet: Erkek
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 11. ekzon bölgesine ait 691. kodonda GGT
(glisin) → GGG (glisin) sessiz mutasyonu ve 697. kodonda CTG (lösin) → ATG
(metiyonin) anlamlı mutasyonu.
Olgu:
91
gaggcagagcatacncagcctgtacccagtggtgccgaccctctggcggtgccaagcctc
151
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013162
gaggcagagcatacgcagcctgtacccagtggtgccgagcctctggcggtgccaagcctc
1013221
Olgu:
152
anaccaccccnanccananatccactgtgcgacnagntgtgccgnacggtgatcgnagcc
211
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013222
acaccacccccacccacagatccactgtgcgacgagctgtgccgcacggtgatcgcagcc
1013281
Olgu:
212
nctgtcctcttctcnttcatcgtcncggtgctgctgtctgccttctgcatccactgctac
271
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013282
gctgtcctcttctccttcatcgtctcggtgctgctgtctgccttctgcatccactgctac
1013341
Olgu:
272
cacaagtttgcccacangccncccntctcntcatntganatgaccttnnggaggcccgnc
331
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013342
cacaagtttgcccacaagccacccatctcctcagctgagatgaccttccggaggcccgcc
1013401
Olgu:
332
caggccttcccggtcagctactcctcttccggggcccgcnnnnaactcgatggactccat
391
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013402
caggccttcccggtcagctactcctcttccggtgcccgccggcc-ctcgctggactccat
1013460
Olgu:
392
ggagaaccaggtctccgtggatgccttcaagatcctggtgagggtccctgcggggcangg
451
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013461
ggagaaccaggtctccgtggatgccttcaagatcctggtgagggtccctgcggggcaggg
1013520
Olgu:
452
aanatcccctgccctccccagctgcctttccagggagggaggccanctggggaaganaga
511
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013521
aagatcccctgccctccccagctgcctt-ccagggagggaggccagctgggga-gacaga
1013578
Olgu:
512
ggccatcctgtgaggggctgccaacgctg
540
||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013579
ggccatcctgtgaggggctgccaacgctg
1013607
Şekil 4.5. Papiller tiroit kanserli olgu 8’e ait gen dizisi ile gen bankası dizisinin
eşleştirme sonuçları. Referans: NCBI: NT_033985.6 Hs10_34140
58
GGT → GGG
CTG → ATG
Şekil 4.6. Papiller tiroit kanseri olgu 8’de RET proto-onkogeninin 11. ekzon
bölgesine ait 691. kodonda GGT (glisin) → GGG (glisin) sessiz
mutasyonu ve 697. kodonda CTG (lösin) → ATG (metiyonin) anlamlı
mutasyonu
59
2) Olgu 96
Cinsiyet: Kadın
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 11. ekzon bölgesine ait 631. kodonda GAC
(aspartik asit) → GAG (glutamik asit), 632. kodonda GAG (glutamik asit) →
AGC (serin), 633. kodonda CTG (lösin) → TGG (triptofan) ve 691. kodonda
GGT (glisin) → AGT (serin) anlamlı mutasyonları.
Olgu:
4
agat-cactgtgcga-gagctggtgccgcacggtgaatcgcagccgctgtcctcttctcc
61
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013239
agatccactgtgcgacgagct-gtgccgcacggtg-atcgcagccgctgtcctcttctcc
1013296
Olgu:
62
ttcatcgtctcggtgctgctgtctgccttctgcatccactgctaccacaagtttgcccac
121
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013297
ttcatcgtctcggtgctgctgtctgccttctgcatccactgctaccacaagtttgcccac
1013356
Olgu:
122
aagccacccatctcctcagctgagatgaccttccggaggcccgcccaggccttcccggtc
181
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013357
aagccacccatctcctcagctgagatgaccttccggaggcccgcccaggccttcccggtc
1013416
Olgu:
182
agctactcctcttccagtgcccgccggccctcgctggactccatggagaaccaggtctcc
241
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013417
agctactcctcttccggtgcccgccggccctcgctggactccatggagaaccaggtctcc
1013476
Olgu:
242
gtggatgccttcaagatcctggtgagggtccctgcggggcagggaagatcccctgccctc
301
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013477
gtggatgccttcaagatcctggtgagggtccctgcggggcagggaagatcccctgccctc
1013536
Olgu:
302
cccagctgccttccagggagggaggccagctggggagacagaggccatcctgtgaggggc
361
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013537
cccagctgccttccagggagggaggccagctggggagacagaggccatcctgtgaggggc
1013596
Olgu:
362
tgccaacgctg
372
|||||||||||
Ref:
1013597
tgccaacgctg
1013607
Şekil 4.7. Papiller tiroit kanserli olgu 96’ya ait gen dizisi ile gen bankası dizisinin
eşleştirme sonuçları. Referans: NCBI: NT_033985.6 Hs10_34140
60
GAC → GAG
GAG → AGC
CTG → TGG
GGT → AGT
Şekil 4.8. Papiller tiroit kanserli olgu 96’da RET proto-onkogeninin 11. ekzon
bölgesine ait 631. kodonda GAC (aspartik asit) → GAG (glutamik asit),
632. kodonda GAG (glutamik asit) → AGC (serin), 633. kodonda CTG
(lösin) → TGG (triptofan) ve 691. kodonda GGT (glisin) → AGT (serin)
anlamlı mutasyonları
61
3) Olgu 100
Cinsiyet: Kadın
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 11. ekzon bölgesine ait 634. kodonda TGC
(sistein) → TGG (triptofan) ve 635. kodonda CGC (arjinin) → AGC (serin)
anlamlı mutasyonları.
Olgu:
11
gcga-gagntgtggagcacggtgatcgcagccgctgtcctcttctccttcatcgtctcgg
69
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013250
gcgacgagctgtgccgcacggtgatcgcagccgctgtcctcttctccttcatcgtctcgg
1013309
Olgu:
70
tgctgctgtctgccttctgcatccactgctaccacaagtttgcccacaagccacccatct
129
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013310
tgctgctgtctgccttctgcatccactgctaccacaagtttgcccacaagccacccatct
1013369
Olgu:
130
cctcagctgagatgaccttccggaggcccgcccaggccttcccggtcagctactcctctt
189
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013370
cctcagctgagatgaccttccggaggcccgcccaggccttcccggtcagctactcctctt
1013429
Olgu:
190
ccggtgcccgccggccctcgctggactccatggagaaccaggtctccgtggatgccttca
249
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013430
ccggtgcccgccggccctcgctggactccatggagaaccaggtctccgtggatgccttca
1013489
Olgu:
250
agatcctggtgagggtccctgcggggcagggaagatcccctgccctccccagctgccttc
309
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013490
agatcctggtgagggtccctgcggggcagggaagatcccctgccctccccagctgccttc
1013549
Olgu:
310
cagggagggaggccagctggggagacagaggccatcctgtgaggggctgccaacgctg
367
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013550
cagggagggaggccagctggggagacagaggccatcctgtgaggggctgccaacgctg
1013607
Şekil 4.9. Papiller tiroit kanserli olgu 100’e ait gen dizisi ile gen bankası dizisinin
eşleştirme sonuçları. Referans: NCBI: NT_033985.6 Hs10_34140
62
TGC → TGG CGC → AGC
Şekil 4.10. Papiller tiroit kanserli olgu 100’de RET proto-onkogeninin 11. ekzon
bölgesine ait 634. kodonda TGC (sistein) → TGG (triptofan) ve 635.
kodonda CGC (arjinin) → AGC (serin) anlamlı mutasyonları
63
4) Olgu 101
Cinsiyet: Kadın
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 11. ekzon bölgesine ait 637. kodonda GTG
(valin) → GTT (valin) sessiz mutasyonu.
Olgu:
40
cacggnttatcgcagccgctgtcctcttctccttcatcggtctcggtgctgctgtctgcc
99
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013266
cacgg-tgatcgcagccgctgtcctcttctccttcatc-gtctcggtgctgctgtctgcc
1013323
Olgu:
100
ttctgcatccactgctaccacaagtttgcccacaagccacccatctcctcagctgagatg
159
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013324
ttctgcatccactgctaccacaagtttgcccacaagccacccatctcctcagctgagatg
1013383
Olgu:
160
accttccggaggcccgcccaggccttcccggtcagctactcctcttccggtgcccgccgg
219
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013384
accttccggaggcccgcccaggccttcccggtcagctactcctcttccggtgcccgccgg
1013443
Olgu:
220
ccctcgctggactccatggagaaccaggtctccgtggatgccttcaagatcctggtgagg
279
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013444
ccctcgctggactccatggagaaccaggtctccgtggatgccttcaagatcctggtgagg
1013503
Olgu:
280
gtccctgcggggcagggaagatcccctgccctccccagctgccttccagggagggaggcc
339
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013504
gtccctgcggggcagggaagatcccctgccctccccagctgccttccagggagggaggcc
1013563
Olgu:
340
agctggggagacagaggccatcctgtgaggggctgccaacgctg
383
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013564
agctggggagacagaggccatcctgtgaggggctgccaacgctg
1013607
Şekil 4.11. Papiller tiroit kanserli olgu 101’e ait gen dizisi ile gen bankası dizisinin
eşleştirme sonuçları. Referans: NCBI: NT_033985.6 Hs10_34140
64
GTG → GTT
Şekil 4.12. Papiller tiroit kanserli olgu 101’de RET proto-onkogeninin 11. ekzon
bölgesine ait 637. kodonda GTG (valin) → GTT (valin) sessiz
mutasyonu
65
5) Olgu 103
Cinsiyet: Kadın
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 11. ekzon bölgesine ait 630. kodonda TGC
(sistein) → AGC (serin) ve 702. kodonda AAC (asparajin) → AAA (lizin)
anlamlı mutasyonları.
Olgu:
12
cactgagcga-gagctgtgccgcacggtgatcgnagcngctgtcctcttctccttcatcg
70
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013244
cactgtgcgacgagctgtgccgcacggtgatcgcagccgctgtcctcttctccttcatcg
1013303
Olgu:
71
tctnggtgctgcgtgtctgccttctgcatccactgcataccacaagtttgcccacaagcc
130
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013304
tctcggtgctgc-tgtctgccttctgcatccactgc-taccacaagtttgcccacaagcc
1013361
Olgu:
131
acccatctcctcagctgagatgaccttccggaggcccgcccaggccttcccggtcagcta
190
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013362
acccatctcctcagctgagatgaccttccggaggcccgcccaggccttcccggtcagcta
1013421
Olgu:
191
ctcctcttccngtgcccgccggccctcgctggactccatggagaaacaggtctccgtgga
250
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013422
ctcctcttccggtgcccgccggccctcgctggactccatggagaaccaggtctccgtgga
1013481
Olgu:
251
tnccttnaagatcctggtgagggtccctgcgggggaggnaanatcccctgccctcncaag
310
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013482
tgccttcaagatcctggtgagggtccctgcggggcagggaagatcccctgccctccccag
1013541
Olgu:
311
ntgccttccagggagggaggccagctgnaaaaacaaaanccatnttgtgaggggctgc
368
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013542
ctgccttccagggagggaggccagctggggagacagaggccatcctgtgaggggctgc
1013599
Şekil 4.13. Papiller tiroit kanserli olgu 103’e ait gen dizisi ile gen bankası dizisinin
eşleştirme sonuçları. Referans: NCBI: NT_033985.6 Hs10 34140
66
TGC → AGC
AAC→ AAA
Şekil 4.14. Papiller tiroit kanserli olgu 103’de RET proto-onkogeninin 11. ekzon
bölgesine ait 630. kodonda TGC (sistein) → AGC (serin) ve 702.
kodonda AAC (asparajin) → AAA (lizin) anlamlı mutasyonları
67
6) Olgu 109
Cinsiyet: Kadın
Klinik tanı: Multinodüler guatr
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 11. ekzon bölgesine ait 630. kodonda TGC
(sistein) → AGC (serin) anlamlı mutasyonu.
Olgu:
8
cactgagcgacgagctgtgccgcacggtgatcgnagcngctggtcctcttctccttcatc
67
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013244
cactgtgcgacgagctgtgccgcacggtgatcgcagccgct-gtcctcttctccttcatc
1013302
Olgu:
68
gtctnggtgctgcgtgtctgccttctgcatccactgctaccacaagtttgcccacaagcc
127
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013303
gtctcggtgctgc-tgtctgccttctgcatccactgctaccacaagtttgcccacaagcc
1013361
Olgu:
128
acccatctcctcagctgagatgaccttccggaggcccgcccaggccttcccggtcagcta
187
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013362
acccatctcctcagctgagatgaccttccggaggcccgcccaggccttcccggtcagcta
1013421
Olgu:
188
ctcctcttccngtgcccgccggccctcgctggactccatggagaancaggtctccgtgga
247
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013422
ctcctcttccggtgcccgccggccctcgctggactccatggagaaccaggtctccgtgga
1013481
Olgu:
248
tgccttnaagatcctggtgagggtccctgnggggnaggnaagatcccctgccctcnnaag
307
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013482
tgccttcaagatcctggtgagggtccctgcggggcagggaagatcccctgccctccccag
1013541
Olgu:
308
ctgccttccagggagggaggccagctggaaagacagaagccatcntgtgaggggctgcca
367
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013542
ctgccttccagggagggaggccagctggggagacagaggccatcctgtgaggggctgcca
1013601
Olgu:
368
a
368
|
Ref:
1013602
a
1013602
Şekil 4.15. Multinodüler guatrlı olgu 109’a ait gen dizisi ile gen bankası dizisinin
eşleştirme sonuçları. Referans: NCBI: NT_033985.6 Hs10_34140
68
TGC → AGC
Şekil 4.16. Multinodüler guatrlı olgu 109’da RET proto-onkogeninin 11. ekzon
bölgesine ait 630. kodonda TGC (sistein) → AGC (serin) anlamlı
mutasyonu
69
7) Olgu 112
Cinsiyet: Kadın
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 11. ekzon bölgesine ait 630. kodonda TGC
(sistein) → AGC (serin) anlamlı mutasyonu.
Olgu:
12
cactgagcga-gagctgtgccgcacggtgcatcgcagccgctgtcctcttctccttcatc
70
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013244
cactgtgcgacgagctgtgccgcacggtg-atcgcagccgctgtcctcttctccttcatc
1013302
Olgu:
71
gtctnggtgctgcgtgtctgccttctgcatccacatgcataccacaaggtttgcccacaa
130
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013303
gtctcggtgctgc-tgtctgccttctgcatccac-tgc-taccacaa-gtttgcccacaa
1013358
Olgu:
131
gccacccatctcctcagctgagatgaccttccggaggcccgcccaggccttcncggtcag
190
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013359
gccacccatctcctcagctgagatgaccttccggaggcccgcccaggccttcccggtcag
1013418
Olgu:
191
ctactcctcttccagtgcccgccggccctcgctggactccatggagaaccaggtctccgt
250
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013419
ctactcctcttccggtgcccgccggccctcgctggactccatggagaaccaggtctccgt
1013478
Olgu:
251
ggatnccttnaagatcctggngagggtccctgnggggnaggnaagatcccctgccctcnc
310
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013479
ggatgccttcaagatcctggtgagggtccctgcggggcagggaagatcccctgccctccc
1013538
Olgu:
311
aagntgccttccagggagngaggccagctggananacanaagccatcntgtgaggggctg
370
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013539
cagctgccttccagggagggaggccagctggggagacagaggccatcctgtgaggggctg
1013598
Olgu:
371
ccaacg
376
||||||
Ref:
1013599
ccaacg
1013604
Şekil 4.17. Papiller tiroit kanserli olgu 112’ye ait gen dizisi ile gen bankası dizisinin
eşleştirme sonuçları. Referans: NCBI: NT_033985.6 Hs10_34140
70
TGC → AGC
Şekil 4.18. Papiller tiroit kanserli olgu 112’de RET proto-onkogeninin 11. ekzon
bölgesine ait 630. kodonda TGC (sistein) → AGC (serin) anlamlı
mutasyonu
71
8) Olgu 128
Cinsiyet: Erkek
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 11. ekzon bölgesine ait 701. kodonda GAG
(glutamik asit) → AAG (lizin), 702. kodonda AAC (asparajin) → AAA (lizin) ve
703. kodonda CAG (glutamin) → AAG (lizin) anlamlı mutasyonları.
Olgu:
46
tcgcagccgctgtcctcttctccttcatcgtctcggtgctgctgtctgccttctgcatcc
105
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013274
tcgcagccgctgtcctcttctccttcatcgtctcggtgctgctgtctgccttctgcatcc
1013333
Olgu:
106
actgctaccacaagtttgcccacaagccacccatctcctcagctgagatgaccattccgg
165
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013334
actgctaccacaagtttgcccacaagccacccatctcctcagctgagatgacc-ttccgg
1013392
Olgu:
166
aggcccgcccaggccttcccggtcagctactcctcttcnngtgcccgccggccctcgctg
225
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013393
aggcccgcccaggccttcccggtcagctactcctcttccggtgcccgccggccctcgctg
1013452
Olgu:
226
gactcnatgaagaaaaaggnctccgtggatgccttcaagancctggngagggaccctgcg
285
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013453
gactccatggagaaccaggtctccgtggatgccttcaagatcctggtgagggtccctgcg
1013512
Olgu:
286
gggnaggnaaaaancccctgccctcnncagctgccttccagggagggaggccagctgggg
345
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013513
gggcagggaagat-cccctgccctccccagctgccttccagggagggaggccagctgggg
1013571
Olgu:
346
agacagagtccatnggtgtgaggnggntgccaacgctg
383
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013572
agacagaggccatcc-tgtgagg-ggctgccaacgctg
1013607
Şekil 4.19. Papiller tiroit kanserli olgu 128’e ait gen dizisi ile gen bankası dizisinin
eşleştirme sonuçları. Referans: NCBI: NT_033985.6 Hs10_34140
72
GAG → AAG
AAC → AAA
CAG → AAG
Şekil 4.20. Papiller tiroit kanserli olgu 128’de RET proto-onkogeninin 11. ekzon
bölgesine ait 701. kodonda GAG (glutamik asit) → AAG (lizin), 702.
kodonda AAC (asparajin) → AAA (lizin) ve 703. kodonda CAG
(glutamin) → AAG (lizin) anlamlı mutasyonları
73
9) Olgu 130
Cinsiyet: Erkek
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 11. ekzon bölgesine ait 659. kodonda TGC
(sistein) → TAC (tirozin) ve 662. kodonda AAG (lizin) → AGT (serin) anlamlı
mutasyonları.
Olgu:
110
tgcatccactgcatacnanaagttttgcccacaagccacccatctcctcagctgagatga
169
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013327
tgcatccactgc-taccacaag-tttgcccacaagccacccatctcctcagctgagatga
1013384
Olgu:
170
ccttccggaggcccgcccaggccttcccggtcagctactcctcttccngtgcccgccggc
229
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013385
ccttccggaggcccgcccaggccttcccggtcagctactcctcttccggtgcccgccggc
1013444
Olgu:
230
cctcgctggactccatggagaaccaggtctccgtggatgccttcaagatcctggtgaggg
289
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013445
cctcgctggactccatggagaaccaggtctccgtggatgccttcaagatcctggtgaggg
1013504
Olgu:
290
tccctgcggggcaggaaagatcccctgccctccccagctgccttccagggagggaggcca
349
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013505
tccctgcggggcagggaagatcccctgccctccccagctgccttccagggagggaggcca
1013564
Olgu:
350
gctggggagacagaggccatcctgtgaggggctgccaacgctg
392
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013565
gctggggagacagaggccatcctgtgaggggctgccaacgctg
1013607
Şekil 4.21. Papiller tiroit kanserli olgu 130’a ait gen dizisi ile gen bankası dizisinin
eşleştirme sonuçları. Referans: NCBI: NT_033985.6 Hs10_34140
74
TGC → TAC
AAG → AGT
Şekil 4.22. Papiller tiroit kanserli olgu 130’da RET proto-onkogeninin 11. ekzon
bölgesine ait 659. kodonda TGC (sistein) → TAC (tirozin) ve 662.
kodonda AAG (lizin) → AGT (serin) anlamlı mutasyonları
75
10) Olgu 133
Cinsiyet: Erkek
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 11. ekzon bölgesine ait 691. kodonda GGT
(glisin) → AGT (serin) anlamlı mutasyonu.
Olgu:
29
cacggtgatcgcagccgctgtcctcttctccttcatcgtctcggtgctgctgtctgcctt
88
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013266
cacggtgatcgcagccgctgtcctcttctccttcatcgtctcggtgctgctgtctgcctt
1013325
Olgu:
89
ctgcatccactgctaccacaagtttgcccacaagccacccatctcctcagctgagatgac
148
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013326
ctgcatccactgctaccacaagtttgcccacaagccacccatctcctcagctgagatgac
1013385
Olgu:
149
cttccggaggcccgcccaggccttcccggtcagctactcctcttccagtgcccgccggcc
208
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013386
cttccggaggcccgcccaggccttcccggtcagctactcctcttccggtgcccgccggcc
1013445
Olgu:
209
ctcgctggactccatggagaaccaggtctccgtggatgccttcaagatcctggtgagggt
268
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013446
ctcgctggactccatggagaaccaggtctccgtggatgccttcaagatcctggtgagggt
1013505
Olgu:
269
ccctgcggggcagggaagatcccctgccctccccagctgccttccagggagggaggccag
328
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013506
ccctgcggggcagggaagatcccctgccctccccagctgccttccagggagggaggccag
1013565
Olgu:
329
ctggggagacagaggccatcctgtgaggggctgcccaacgctg
371
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013566
ctggggagacagaggccatcctgtgaggggctgcc-aacgctg
1013607
Şekil 4.23. Papiller tiroit kanserli olgu 133’e ait gen dizisi ile gen bankası dizisinin
eşleştirme sonuçları. Referans: NCBI: NT_033985.6 Hs10_34140
76
GGT → AGT
Şekil 4.24. Papiller tiroit kanserli olgu 133’de RET proto-onkogeninin 11. ekzon
bölgesine ait 691. kodonda GGT (glisin) → AGT (serin) anlamlı
mutasyonu
77
11) Olgu 137
Cinsiyet: Kadın
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 11. ekzon bölgesine ait 630. kodonda TGC
(sistein) → AGC (serin) anlamlı mutasyonu.
Olgu:
8
cactgagnga-gagctgtgccgcacggtgcatcgnagccgctgtcctcttctccttcatc
66
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013244
cactgtgcgacgagctgtgccgcacggtg-atcgcagccgctgtcctcttctccttcatc
1013302
Olgu:
67
gtctnggtgctgcgtgtctgccttctgcatccactgcataccacaaggtttgcccacaag
126
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013303
gtctcggtgctgc-tgtctgccttctgcatccactgc-taccacaa-gtttgcccacaag
1013359
Olgu:
127
ccacccatctcctcagctgagatgaccttccggaggcccgcccaggccttcccggtcagc
186
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013360
ccacccatctcctcagctgagatgaccttccggaggcccgcccaggccttcccggtcagc
1013419
Olgu:
187
tactcctcttccggtgcccgccggccctcgctggactccatggagaaccaggtctccgtg
246
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013420
tactcctcttccggtgcccgccggccctcgctggactccatggagaaccaggtctccgtg
1013479
Olgu:
250
gatgccttcaagatcctggtgagggtccctgcggggnagggaagatcccctgccctcccn
306
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013480
gatgccttcaagatcctggtgagggtccctgcggggcagggaagatcccctgccctcccc
1013539
Olgu:
307
agctgccttccagggagggaggccagctggggagacanaggccatcntgtgaggggctgc
366
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013540
agctgccttccagggagggaggccagctggggagacagaggccatcctgtgaggggctgc
1013599
Olgu:
367
caacgctg
374
||||||||
Ref:
1013600
caacgctg
1013607
Şekil 4.25. Papiller tiroit kanserli olgu 137’ye ait gen dizisi ile gen bankası dizisinin
eşleştirme sonuçları. Referans: NCBI: NT_033985.6 Hs10_34140
78
TGC → AGC
Şekil 4.26. Papiller tiroit kanserli olgu 137’de RET proto-onkogeninin 11. ekzon
bölgesine ait 630. kodonda TGC (sistein) → AGC (serin) anlamlı
mutasyonu
79
12) Olgu 138
Cinsiyet: Kadın
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 11. ekzon bölgesine ait 630. kodonda TGC
(sistein) → AGC (serin) anlamlı mutasyonu.
Olgu:
12
cactgagcga-gagctgtgccgcacgggtgatcgcagccgctgtcctcttctccttcatc
70
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013244
cactgtgcgacgagctgtgccgcac-ggtgatcgcagccgctgtcctcttctccttcatc
1013302
Olgu:
71
gtctnggtgctgcgtgtctgccttctgcatccactgctaccacaagtttgcccacaagcc
130
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013303
gtctcggtgctgc-tgtctgccttctgcatccactgctaccacaagtttgcccacaagcc
1013361
Olgu:
131
acccatctcctcagctgagatgaccttccggaggcccgcccaggccttcccggtcagcta
190
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013362
acccatctcctcagctgagatgaccttccggaggcccgcccaggccttcccggtcagcta
1013421
Olgu:
191
ctcctcttccagtgcccgccggccctcgctggactccatggagaaccaggtctccgtgga
250
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013422
ctcctcttccggtgcccgccggccctcgctggactccatggagaaccaggtctccgtgga
1013481
Olgu:
251
tgccttcaagatcctggtgagggtccctgcggggcagggaagatcccctgccctcccnag
310
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013482
tgccttcaagatcctggtgagggtccctgcggggcagggaagatcccctgccctccccag
1013541
Olgu:
311
ctgccttccagggagggaggccagctggggagacagaggccatcctgtgaggggctgcca
370
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013542
ctgccttccagggagggaggccagctggggagacagaggccatcctgtgaggggctgcca
1013601
Olgu:
371
acgctg
376
||||||
Ref:
1013602
acgctg
1013607
Şekil 4.27. Papiller tiroit kanserli olgu 138’e ait gen dizisi ile gen bankası dizisinin
eşleştirme sonuçları. Referans: NCBI: NT_033985.6 Hs10_34140
80
TGC → AGC
Şekil 4.28.
Papiller tiroit kanserli olgu 138’de RET proto-onkogeninin 11. ekzon
bölgesine ait 630. kodonda TGC (sistein) → AGC (serin) anlamlı
mutasyonu
81
13) Olgu 141
Cinsiyet: Kadın
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 11. ekzon bölgesine ait 630. kodonda TGC
(sistein) → AGC (serin) anlamlı mutasyonu.
Olgu:
12
cactgagcga-gagctgtgccgcacggtgcatcgcagccgctggtcctcttctccttcat
70
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013244
cactgtgcgacgagctgtgccgcacggtg-atcgcagccgct-gtcctcttctccttcat
1013301
Olgu:
71
cgtctnggtgctgctgtctgccttctgcatccactgctaccacaagtttgcccacaagcc
130
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013302
cgtctcggtgctgctgtctgccttctgcatccactgctaccacaagtttgcccacaagcc
1013361
Olgu:
131
acccatctcctcagctgagatgaccttccggaggcccgcccaggccttcccggtcagcta
190
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013362
acccatctcctcagctgagatgaccttccggaggcccgcccaggccttcccggtcagcta
1013421
Olgu:
191
ctcctcttccggtgcccgccggccctcgctggactccatggagaaccaggtctccgtgga
250
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013422
ctcctcttccggtgcccgccggccctcgctggactccatggagaaccaggtctccgtgga
1013481
Olgu:
251
tgccttcaagatcctggtgagggtccctgcggggnaggnaagatcccctgccctcccnag
310
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013482
tgccttcaagatcctggtgagggtccctgcggggcagggaagatcccctgccctccccag
1013541
Olgu:
311
ctgccttccagggagggaggccagctggngagacaaaggccatccngtgaggggctgcca
370
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013542
ctgccttccagggagggaggccagctggggagacagaggccatcctgtgaggggctgcca
1013601
Olgu:
371
a
371
|
Ref:
1013602
a
1013602
Şekil 4.29. Papiller tiroit kanserli olgu 141’e ait gen dizisi ile gen bankası dizisinin
eşleştirme sonuçları. Referans: NCBI: NT_033985.6 Hs10_34140
82
TGC → AGC
Şekil 4.30. Papiller tiroit kanserli olgu 141’de RET proto-onkogeninin 11. ekzon
bölgesine ait 630. kodonda TGC (sistein) → AGC (serin) anlamlı
mutasyonu
83
14) Olgu 143
Cinsiyet: Kadın
Klinik tanı: Folliküler tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 11. ekzon bölgesine ait 630. kodonda TGC
(sistein) → AGC (serin) anlamlı mutasyonu.
Olgu:
7
cactgagcga-gagctgtgccgnacggtgatcgcagcngctgtcctcttctccttcatcg
65
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013244
cactgtgcgacgagctgtgccgcacggtgatcgcagccgctgtcctcttctccttcatcg
1013303
Olgu:
66
tctnggtgctgcgtgtctgccttctgcatccactgcataccacaagtttgcccacaagcc
125
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013304
tctcggtgctgc-tgtctgccttctgcatccactgc-taccacaagtttgcccacaagcc
1013361
Olgu:
126
acccatctcctcagctgagatgaccttccggaggcccgcccaggccttcccggtcagcta
185
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013362
acccatctcctcagctgagatgaccttccggaggcccgcccaggccttcccggtcagcta
1013421
Olgu:
186
ctcctcttccngtgcccgccggccctcgctggactccatggagaancaggtctccgtgga
245
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013422
ctcctcttccggtgcccgccggccctcgctggactccatggagaaccaggtctccgtgga
1013481
Olgu:
246
tgccttcaagatcctggngagggtccctgcggggnagggaagatcccctgccctccccag
305
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013482
tgccttcaagatcctggtgagggtccctgcggggcagggaagatcccctgccctccccag
1013541
Olgu:
306
ctgccttccagggagggaggccagctggnnagacaaangccatcntgtgaggggctgcca
365
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013542
ctgccttccagggagggaggccagctggggagacagaggccatcctgtgaggggctgcca
1013601
Olgu:
366
acg
368
|||
Ref:
1013602
acg
1013604
Şekil 4.31. Folliküler tiroit kanserli olgu 143’e ait gen dizisi ile gen bankası dizisinin
eşleştirme sonuçları. Referans: NCBI: NT_033985.6 Hs10_34140
84
TGC → AGC
Şekil 4.32. Folliküler tiroit kanserli olgu 143’de RET proto-onkogeninin 11. ekzon
bölgesine ait 630. kodonda TGC (sistein) → AGC (serin) anlamlı
mutasyonu
85
15) Olgu 187
Cinsiyet: Kadın
Klinik tanı: Folliküler tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 11. ekzon bölgesine ait 630. kodonda TGC
(sistein) → CAT (histidin) ve 631. kodonda GAC (aspartik asit) → ACC
(treonin) anlamlı mutasyonu.
Olgu:
98
ttcngcatccactgcatacnagcaagntttgcccacaagaccaccnatctcctcagcatg
157
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013324
ttctgcatccactgc-tacca-caag-tttgcccacaag-ccacccatctcctcagc-tg
1013378
Olgu:
158
agatgacnttccggaggnccgaccaggntttccnggtcagctantcctcttccggtgncc
217
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013379
agatgaccttccggaggcccgcccaggccttcccggtcagctactcctcttccggtgccc
1013438
Olgu:
218
nccggcnctngctggactcnatggagaaccaggtctccgtggatgccttcaagatcctgg
277
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013439
gccggccctcgctggactccatggagaaccaggtctccgtggatgccttcaagatcctgg
1013498
Olgu:
278
tnagggtccctgnggngnaggnaagatccccngccctcccnagntgccttcnagggaggg
337
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013499
tgagggtccctgcggggcagggaagatcccctgccctccccagctgccttccagggaggg
1013558
Olgu:
338
aggncagctggggagacagaggccatcntgtgaggggctgccaacnctg
386
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1013559
aggccagctggggagacagaggccatcctgtgaggggctgccaacgctg
1013607
Şekil 4.33. Folliküler tiroit kanserli olgu 187’ye ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları. Referans: NCBI: NT_033985.6
Hs10_34140
86
TGC → CAT GAC→ ACC
Şekil 4.34. Folliküler tiroit kanserli olgu 187’de RET proto-onkogeninin 11. ekzon
bölgesine ait 630. kodonda TGC (sistein) → CAT (histidin) ve 631.
kodonda GAC (aspartik asit) → ACC (treonin) anlamlı mutasyonu
87
4.3. RET Proto-Onkogeninin 13. Ekzon Bölgesine Ait PZR ve DNA Dizi Analizi
Sonuçları
RET proto-onkogenine ait ekzon 13 bölgesinin çoğaltılması için kullanılan RET13
primerinin yerleşim bölgeleri ve DNA dizi analizi yapılan RET proto-onkogeninin
ekzon 13 bölgesine ait gen bankasından alınmış diziler Şekil 4.43’de verilmiştir. RET
proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesi, materyal metot da dizisi verilen RET13
primerleri kullanılarak çoğaltılmıştır. Polimeraz zincir reaksiyonu ürünleri marker
varlığında jelde yürütülmüş ve ürün büyüklüğü 346 bç. olarak gözlenmiştir (Şekil
4.44). PZR ürünlerinin saflaştırılmasından sonra ticari firma aracılığı ile DNA dizi
analizleri yapılmıştır.
GATGGCTTAGCCATGTGTTCTGACTCTTGGAATACCTTCAGGCCCAGGCACCTGCTGGGCATTCCAGC
ACAGCTCTGGCCACCATCGGGACGCATGTGCTGGGCAGGTGATCCCTGTGGTGCCTCGTCCTGTTTCC
ATCATGCCTCTACAGTTAGACTCTCTGGGGAATCATGCTATTCATTAAGAATAAGCCAGAATGTCAGG
TGTGCAGTGCACTGGTAACACTGCTTTATCTCAGGTGCTAATGTGGGTCTTCTTGGTAACTAACGGAG
TGTGAGCTGCTGACGTGTGTGTGACGGATACATCAGCAGCACAGGAGATGCCTGGGCTCCAGGCTGGC
CATCTCAGACAGGAGCGGGAAATGGGGAGCCTGGTCGCGGTGTGTGGACCTCCTTTATGGCTCTCCAC
CTTCTCCAGGGCCTCTCCCGACAAGTGGGTGTGTGGGTACCCCTCACCTTTCCAGAATGATTAATGCG
GGGAATTTCTGTGGACGACTGTCTTCTAAAGACAATGACTACAGGAACATAATGCCACATACACAGGT
GGCCCAGCCCTGGGACACTCTGGGGAAAGATCCGGCATGTGTGGTTGCTGGCTCCTCAGGGTGCTTCT
TCCTCAGGGTGGATGAGGCCCCTGTCCACTGATCCCAAAGGCTGGGAGAAGCCTCAAGCAGCATCGTC
TTTGCAGGCCTCTCTGTCTGAACTTGGGCAAGGCGATGCAGGTCCATCCTGACCTGGTATGGTCATGG
AAGGGGCTTCCAGGAGCGATCGTTTGCAACCTGCTCTGTGAGAACGCCTCCCCGAGTGAGCTGCGAGA
CCTGCTGTCAGAGTTCAACGTCCTGAAGCAGGTCAACCACCCACATGTCATCAAATTGTATGGGGCCT
GCAGCCAGGATGGTAAGGCCAGCTGCAGGGTGAGGTGGGCAGCCACTGCACCCAGGCTGGGGGCTCCA
TACAGCCCTGTTCTCCCTCTTTCTCCCTTTCCCTACTGCTCCTGCCCTGTTTCCTGTTCTCCCTCTTT
CTGGAAGCCTGGCTCAGGCCCCAGCCTGGAGCTTGTGTCTAGCTGAGTCCACGGGCTGAGTGGTCACT
TTCCATCAGAGGGGCCCCGCGCTAGCGGCACTCCCTGGGCCCACAGGGCTACTCAGAGGTCTCTGGTG
TGACACTGCCATGTGTCCTCACCCAGTTCGGGGCTGGGCCCGTGGGGCAGGGAGCTCTAGGAATGGAC
AGTGCATCCTGGGTACTAGGGTACCCTGGGTACCACAGGGCACCAGGTGTGCTGTGACCTCAGGTGAC
CCCAGCCCCGCCCTGCATGGCAGGAACATTGTCACCATTTCTCAGATAAAGACCCAGGAGACCAGCCT
GGTTTGTTGGTTTTCCAAACCACCATGCTGCTCAGGGGCTTCCCAGCATGCGTGTGTGGGTGTGTGCG
Şekil 4.35. RET proto-onkogenine ait ekzon 13 bölgesinin çoğaltılması için
kullanılan RET13 primerinin yerleşim bölgeleri (kırmızı harfler ile
yazılan bölge) ve DNA dizi analizi yapılan RET proto-onkogeninin
ekzon 13 bölgesi (mavi harfler ile yazılan bölge). 13. ekzon bölgesinin
başlangıç kodonu olan kodon 763 (mavi harfle yazılmış ve altı çizili
3’lü baz dizisi). PZR ürün büyüklüğü: 346 bç
88
1
2
3
4
5
6
7
8
Şekil 4.36. RET proto-onkogeninin ekzon 13 bölgesinin RET13 primeri kullanılarak
elde edilen 346 baz çifti uzunluğundaki PZR ürünlerinin agaroz jelde
gösterilmesi (Hat 1: Marker (100 bç.), hat 2: Olgu 193, hat 3: Olgu 194,
hat 4: Olgu 195, hat 5: Olgu 196, hat 6: Olgu 197, hat 7: Olgu 199 ve hat
8: Olgu 201)
Bu tez çalışması kapsamında incelemiş olduğumuz 93 kadın tiroit hastasından 26
kadın hastada ve 15 erkek tiroit hastasından 5 erkek hastada olmak üzere toplam 108
tiroit hastasından 31 hastada (%28,70) RET proto-onkogeninin ekzon 13 bölgesinde
mutasyon tespit edilmiş, ancak kontrol grubunu oluşturan 85 bireyin hiçbirinde
mutasyon görülmemiş olup istatistiksel anlamlılık (p) 0,90 ve OR değeri ise 0,78
(0,21-2,91) olarak hesaplanmıştır. RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesinin
genetik analizlerinin yapıldığı çalışmamızda istatistiksel bir anlam bulunamamıştır.
Sonuç olarak, deney olgu sayısı artırılarak yapılmalıdır (Çizelge 4.5).
Çizelge 4.5. RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesine ait istatistiksel veriler
RET13
Kadın
Erkek
p
OR
Mutasyon
26
5
0,90
0,78 (0,21-2,91)
Normal
67
10
89
Bu tez çalışması kapsamında, DNA dizi analizi yapılmış olan RET protoonkogeninin 13. ekzon bölgesinde 86 papiller tiroit kanserli hastadan 20 hastada
(%23,25), 5 folliküler tiroit kanserli hastadan 2 hastada (%40,0) ve 2 anaplastik tiroit
kanserli hastadan 2 hastada (%100,0) olmak üzere 24 hasta ile en fazla 769. kodonda
mutasyon tespit edilmiş, ancak kontrol grubunu oluşturan 85 bireyin hiçbirinde
mutasyon bulunamıştır. En sık mutasyon tespit edilmiş olan RET proto-onkogeninin
13. ekzon bölgesine ait 769. kodon ile papiller, folliküler ve anaplastik tiroit kanserli
hastalar ve kontrol grubu arasındaki ilişkileri belirlemek amacı ile Ki-kare testi
uygulanmış ve istatiksel anlamlılık (p) 0,03 olarak hesaplanmıştır. Sonuç olarak,
istatistiksel anlamlılık değerinin 0,03 (p˂0,05) olması nedeniyle RET protoonkogeninin 13. ekzon bölgesine ait 769. kodon bakımından tiroit kanserleri arasında
fark olduğu tespit edilmiştir (Çizelge 4.6).
Çizelge 4.6. En sık mutasyon tespit edilmiş olan RET proto-onkogeninin 13. ekzon
bölgesine ait 769. kodon ile papiller, folliküler ve anaplastik tiroit
kanserli hastalar ve kontrol grubu arasındaki ilişkileri belirlemek amacı
ile uygulanmış Ki-kare testi verileri
RET Proto-Onkogeninin 13. Ekzon Bölgesine Ait 769. Kodon
Papiller
kanseri
tiroit Folliküler
kanseri
tiroit
Anaplastik
tiroit p
kanseri
Hasta
20
2
2
Kontrol
66
3
-
0,03
RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesinde tespit edilmiş mutasyonlar ile
mutasyon tespit edilmiş tiroit hastaları arasındaki ilişki Çizelge 4.7 ve Çizelge 4.8’de
verilmiştir. Kontrol grubunu oluşturan 85 bireyde RET proto-onkogeninin 13. ekzon
bölgesinde mutasyon saptanmamıştır.
90
Çizelge 4.7. RET proto-onkogeninin ekzon 13 bölgesinde tespit edilmiş mutasyon
tipleri
Olgu
No
Cinsiyet
Ekzon
Kodon
Mutasyon Tipi
Kanser Tipi
2
Kadın
13
769
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
9
Kadın
13
769
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
34
Kadın
13
769
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
91
Kadın
13
795
AGC (ser) → ACC (thr)
Papiller Tiroit Kanseri
97
Kadın
13
769
CTT (leu) → CTG (leu)
Anaplastik Tiroit Kanseri
99
Kadın
13
769
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
110
Erkek
13
765
767
TCC (ser) → CCC (pro)
AGC (ser) → AGG (arg)
Multinodüler Guatr
114
Erkek
13
769
CTT (leu) → CTG (leu)
Anaplastik Tiroit Kanseri
124
Erkek
13
769
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
129
Erkek
13
769
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
132
Erkek
13
769
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
136
Erkek
13
769
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
137
Kadın
13
769
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
142
Kadın
13
769
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
143
Kadın
13
769
CTT (leu) → CTG (leu)
Folliküler Tiroit Kanseri
144
Kadın
13
769
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
146
Kadın
13
769
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
150
Kadın
13
769
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
151
Kadın
13
769
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
152
Kadın
13
763
AAC (asp) → AAT (asp)
Papiller Tiroit Kanseri
157
Kadın
13
769
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
162
Kadın
13
769
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
91
Çizelge 4.7 (Devam). RET proto-onkogeninin ekzon 13 bölgesinde tespit edilmiş
mutasyon tipleri
Olgu
No
Cinsiyet
Ekzon
Kodon
Mutasyon Tipi
164
Kadın
13
767
769
AGT (ser) → AGG (arg)
CTT (leu) → CTG (leu)
Folliküler Tiroit Kanseri
165
Kadın
13
769
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
166
Kadın
13
769
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
168
Kadın
13
769
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
169
Kadın
13
769
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
171
Kadın
13
765
770
TCC (ser)→ TGC (cys)
CGA (arg)→ CAA (glu)
Papiller Tiroit Kanseri
180
Kadın
13
769
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
183
Kadın
13
769
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
192
Kadın
13
769
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
Çizelge 4.8. Çalışmamız kapsamında incelemiş olduğumuz 86 papiller tiroit kanseri,
5 folliküler tiroit kanseri, 2 medüller tiroit kanseri, 2 anaplastik tiroit
kanseri, 1 benign tiroit kanseri, 7 multinodüler guatr, 4 diffüz guatr ve 1
hipertiroidi olmak üzere 108 tiroit hastasından RET proto-onkogeninin
13. ekzon bölgesinde mutasyon tespit edilmiş 31 tiroit hastasının dahil
olduğu hastalık grupları ile mutasyon tespit edilmiş 13. ekzon bölgesine
ait kodonlar arasındaki ilişkinin gösterimi (kontrol grubunda mutasyon
saptanmamıştır. n=85)
Kodon
Papiller
Folliküler
Anaplastik
Multinodüler
Tiroit Kanseri
Tiroit Kanseri
Tiroit Kanseri
Guatr
763
1
-
-
-
765
1
-
-
1
767
-
1
-
1
769
20 (%23,25)
2 (%40,0)
2 (%100,0)
-
770
1
-
-
-
795
1
-
-
-
92
1) Olgu 2
Cinsiyet: Kadın
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT
(lösin) → CTG (lösin) sessiz mutasyonu.
Olgu:
22
ggc-aggcgatgcaagtccatcctgacctggtatggtcatggaaggggcttccaggagcg
80
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028034
ggcaaggcgatgcaggtccatcctgacctggtatggtcatggaaggggcttccaggagcg
1028093
Olgu:
81
atcgtttgcaacctgctctgtgctgcatttcagagaacgcctccccgagtgagctgcgag
140
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028094
atcgtttgcaacctgctctgtgctgcatttcagagaacgcctccccgagtgagcttcgag
1028153
Olgu:
141
acctgctgtcagagttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgt
200
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028154
acctgctgtcagagttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgt
1028213
Olgu:
201
atggggcctgcagccaggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcac
260
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028214
atggggcctgcagccaggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcac
1028273
Olgu:
261
ccaggctgggggctccatacagccctgttctccctctttctccctttccctactgctcct
320
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028274
ccaggctgggggctccatacagccctgttctccctctttctccctttccctactgctcct
1028333
Şekil 4.37. Papiller tiroit kanserli olgu 2’ye ait gen dizisi ile gen bankası dizisinin
eşleştirme
sonuçları.
Referans:
NCBI:
NW_924606.1
HsCraAADB02_393
93
CTT → CTG
Şekil 4.38. Papiller tiroit kanserli olgu 2’de RET proto-onkogeninin 13. ekzon
bölgesine ait 769. kodonda tespit edilmiş CTT (lösin) → CTG (lösin)
sessiz mutasyonu
94
2) Olgu 9
Cinsiyet: Kadın
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT
(lösin) → CTG (lösin) sessiz mutasyonu.
Olgu:
28
cgatgcaagtccatcctgacctggtatggtcatggaaggggcttccaggagcgatcgttt
87
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028041
cgatgcaggtccatcctgacctggtatggtcatggaaggggcttccaggagcgatcgttt
1028100
Olgu:
88
gcaacctgctctgtgctgcatttcagagaacgcctccccgagtgagctgcgagacctgct
147
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028101
gcaacctgctctgtgctgcatttcagagaacgcctccccgagtgagcttcgagacctgct
1028160
Olgu:
148
gtcagagttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgtatggggc
207
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028161
gtcagagttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgtatggggc
1028220
Olgu:
208
ctgcagccaggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcacccaggct
267
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028221
ctgcagccaggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcacccaggct
1028280
Olgu:
268
gggggctccatacagccctgttctccctctttctccctttccctactgctcct
320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028281
gggggctccatacagccctgttctccctctttctccctttccctactgctcct
1028333
Şekil 4.39. Papiller tiroit kanserli olgu 9’a ait gen dizisi ile gen bankası dizisinin
eşleştirme
sonuçları.
Referans:
NCBI:
NW_924606.1
HsCraAADB02_393
95
CTT → CTG
Şekil 4.40. Papiller tiroit kanserli olgu 9’da RET proto-onkogeninin 13. ekzon
bölgesine ait 769. kodonda tespit edilmiş CTT (lösin) → CTG (lösin)
sessiz mutasyonu
96
3) Olgu 34
Cinsiyet: Kadın
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT
(lösin) → CTG (lösin) sessiz mutasyonu.
Olgu:
54
tggttanggt-atggcaaggggcttccccgnncgatcgatttgcnacctgctctgtgctg
112
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028062
tgg-tatggtcatgg-aaggggcttccaggagcgatcg-tttgcaacctgctctgtgctg
1028118
Olgu:
113
catttcagagaacgcctccccgagtgagctgcgagacctgctgtnagagttcaacgtcct
172
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028119
catttcagagaacgcctccccgagtgagcttcgagacctgctgtcagagttcaacgtcct
1028178
Olgu:
173
gaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaatngtatggggcctgcagccaggatggtaa
232
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028179
gaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgtatggggcctgcagccaggatggtaa
1028238
Olgu:
233
ggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcacccaggctgggggctccatacagccc
292
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028239
ggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcacccaggctgggggctccatacagccc
1028298
Olgu:
293
tgttctccctctttctccctttccctactgctcc
326
||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028299
tgttctccctctttctccctttccctactgctcc
1028332
Şekil 4.41. Papiller tiroit kanserli olgu 34’e ait gen dizisi ile gen bankası dizisinin
eşleştirme
sonuçları.
Referans:
NCBI:
NW_924606.1
HsCraAADB02_393
97
CTT → CTG
Şekil 4.42. Papiller tiroit kanserli olgu 34’de RET proto-onkogeninin 13. ekzon
bölgesine ait 769. kodonda tespit edilmiş CTT (lösin) → CTG (lösin)
sessiz mutasyonu
98
4) Olgu 91
Cinsiyeti: Kadın
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesine ait 795. kodonda AGC
(serin) → ACC (treonin) anlamlı mutasyonu.
Olgu:
36
ccatcctgacctggtatggtcatggaaggggcttccnngancgatcgtttgcaacctgct
95
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017058
ccatcctgacctggtatggtcatggaaggggcttccaggagcgatcgtttgcaacctgct
1017117
Olgu:
96
ctgtgctgcatttcaaanaacgcctccccgagtgagcttcnagacctgntgtcanagttc
155
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017118
ctgtgctgcatttcagagaacgcctccccgagtgagctgcgagacctgctgtcagagttc
1017177
Olgu:
156
aacgtcctgaancaggtcaaccacccncatgttcatcaaattgnatggggcctgcaccca
215
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017178
aacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgt-catcaaattgtatggggcctgcagcca
1017236
Olgu:
216
ggatggtaaggccngctgcngggtgaggtgggcanccactgcncccngggngggggctcc
275
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017237
ggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcacccaggctgggggctcc
1017296
Olgu:
276
ataaanccctgttntcccnctttctccctttcc
308
||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017297
atacagccctgttctccctctttctccctttcc
1017329
Şekil 4.43. Papiller tiroit kanserli olgu 91’e ait gen dizisi ile gen bankası dizisinin
eşleştirme sonuçları. Referans: NCBI: NT_033985.6 Hs10_34140
99
AGC → ACC
Şekil 4.44. Papiller tiroit kanserli olgu 91’de RET proto-onkogeninin 13. ekzon
bölgesine ait 795. kodonda tespit edilmiş AGC (serin) → ACC (treonin)
anlamlı mutasyonu
100
5) Olgu 97
Cinsiyet: Kadın
Klinik tanı: Anaplastik tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT
(lösin) → CTG (lösin) sessiz mutasyonu.
Olgu:
130
cgcctccccgagtgagctgcgagacctgctgtcngagttcnncgttcctgnagcagggcn
189
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017138
cgcctccccgagtgagctgcgagacctgctgtcagagttcaacgt-cctgaagcaggtca
1017196
Olgu:
190
nccacccncntgtcntctaattgtatggggcctgcagccnngatggtaaggccntctgca
249
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017197
accacccacatgtcatcaaattgtatggggcctgcagccaggatggtaaggccagctgca
1017256
Olgu:
250
gggtgaggngggcagccgctgcncccnggctgggggctccatacngccctggtctccctc
215
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017257
gggtgaggtgggcagccactgcacccaggctgggggctccatacagccctgttctccctc
1017236
Olgu:
216
ggatggtaaggccngctgcngggtgaggtgggcanccactgcncccngggngggggctcc
309
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017237
ggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcacccaggctgggggctcc
1017316
Olgu:
310
tttctccctttccctacngctcct
333
||||||||||||||||||||
Ref:
1017317
tttctccctttccctactgctcct
1017340
Şekil 4.45. Anaplastik tiroit kanserli olgu 97’ye ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları. Referans: NCBI: NT_033985.6
Hs10_34140
101
CTT → CTG
Şekil 4.46. Anaplastik tiroit kanserli olgu 97’de RET proto-onkogeninin 13. ekzon
bölgesine ait 769. kodonda CTT (lösin) → CTG (lösin) sessiz mutasyonu
102
6) Olgu 99
Cinsiyet: Kadın
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT
(lösin) → CTG (lösin) sessiz mutasyonu.
Olgu:
20
aggtgatgcaannccatcctgacctggtatggtcatggaaggggctnccnngagcgatcg
79
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028038
aggcgatgcaggtccatcctgacctggtatggtcatggaaggggcttccaggagcgatcg
1028097
Olgu:
80
tttgcaacctgctctgtgctgcatttcagagaacgcctccccgagtgagctgcgagacct
139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028098
tttgcaacctgctctgtgctgcatttcagagaacgcctccccgagtgagcttcgagacct
1028157
Olgu:
140
gctgtcagagttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgtatgg
199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028158
gctgtcagagttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgtatgg
1028217
Olgu:
200
ggcctgcagccaggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcacccag
259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028218
ggcctgcagccaggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcacccag
1028277
Olgu:
260
gctgggggctccatacagccctgttctccctctttctccctttccctactgctcc
314
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028278
gctgggggctccatacagccctgttctccctctttctccctttccctactgctcc
1028332
Şekil 4.47. Papiller tiroit kanserli olgu 99’a ait gen dizisi ile gen bankası dizisinin
eşleştirme
sonuçları.
Referans:
NCBI:
NW_924606.1
HsCraAADB02_393
103
CTT → CTG
Şekil 4.48. Papiller tiroit kanserli olgu 99’da RET proto-onkogeninin 13. ekzon
bölgesine ait 769. kodonda CTT (lösin) → CTG (lösin) sessiz mutasyonu
104
7) Olgu 110
Cinsiyet: Erkek
Klinik tanı: Multinodüler guatr
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesine ait 765. kodonda TCC
(serin) → CCC (prolin) ve 767. kodonda AGC (serin) → AGG (arjinin) anlamlı
mutasyonları.
Olgu:
130
cctgcccgagtgagcttcaagacctgctgtcngagttcaacgtcctgaagcaggtcaacc
189
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017140
cctccccgagtgagctgcgagacctgctgtcagagttcaacgtcctgaagcaggtcaacc
1017199
Olgu:
190
acccacatgtcatcaaattgtatggggcctgcagccaggatggtaaggccagctgnaggg
249
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017200
acccacatgtcatcaaattgtatggggcctgcagccaggatggtaaggccagctgcaggg
1017259
Olgu:
250
tgaggtgggcagccactgcacccaggctgggggctccatacagccctgttctccctcttt
309
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017260
tgaggtgggcagccactgcacccaggctgggggctccatacagccctgttctccctcttt
1017319
Olgu:
310
ctccctttccctacngctcct
330
||||||||||||||||||
Ref:
1017320
ctccctttccctactgctcct
1017340
Şekil 4.49. Multinodüler guatrlı olgu 110’a ait gen dizisi ile gen bankası dizisinin
eşleştirme sonuçları. Referans: NCBI: NT_033985.6 Hs10_34140
105
TCC → CCC AGT → AGG
Şekil 4.50. Multinodüler guatrlı olgu 110’da RET proto-onkogeninin 13. ekzon
bölgesine ait 765. kodonda TCC (serin) → CCC (prolin) ve 767. kodonda
AGC (serin) → AGG (arjinin) anlamlı mutasyonları
106
8) Olgu 114
Cinsiyet: Erkek
Klinik tanı: Anaplastik tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT
(lösin) → CTG (lösin) sessiz mutasyonu.
Olgu:
94
gtttgcaacctgctctgtgctgcatttcagagaacgcctccccgagtgagctgcgagacc
153
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028097
gtttgcaacctgctctgtgctgcatttcagagaacgcctccccgagtgagcttcgagacc
1028156
Olgu:
154
tgctgtcagagttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgtatg
213
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028158
tgctgtcagagttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgtatg
1028216
Olgu:
214
gggcctgcagccaggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcaccca
273
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028217
gggcctgcagccaggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcaccca
1028276
Olgu:
274
ggctgggggctccatacagccctgttctccctctttctccctttccctantgctcct
330
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028277
ggctgggggctccatacagccctgttctccctctttctccctttccctactgctcct
1028333
Şekil 4.51. Anaplastik tiroit kanserli olgu 114’e ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları. Referans: NCBI: NW_924606.1
HsCraAADB02_393
107
CTT → CTG
Şekil 4.52. Anaplastik tiroit kanserli olgu 114’de RET proto-onkogeninin 13. ekzon
bölgesine ait 769. kodonda CTT (lösin) → CTG (lösin) sessiz mutasyonu
108
9) Olgu 124
Cinsiyet: Kadın
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT
(lösin) → CTG (lösin) sessiz mutasyonu.
Olgu:
105
ttgcaanctgntctgatgctgcatttcagacanngcctncccgagtgagctgcgagacct
164
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028099
ttgcaacctgctctg-tgctgcatttcagagaacgcctccccgagtgagcttcgagacct
1028157
Olgu:
165
gctgtcagagttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgtatgg
224
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028158
gctgtcagagttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgtatgg
1028217
Olgu:
225
ggcctgcagccaggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcacccag
284
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028218
ggcctgcagccaggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcacccag
1028277
Olgu:
285
gctgggggctccatacanccctgttctccctctttctccctttccctactgctcct
340
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028278
gctgggggctccatacagccctgttctccctctttctccctttccctactgctcct
1028333
Şekil 4.53. Papiller tiroit kanserli olgu 124’e ait gen dizisi ile gen bankası dizisinin
eşleştirme
sonuçları.
Referans:
NCBI:
NW_924606.1
HsCraAADB02_393
109
CTT → CTG
Şekil 4.54. Papiller tiroit kanserli olgu 124’de RET proto-onkogeninin 13. ekzon
bölgesine ait 769. kodonda tespit edilmiş CTT (lösin) → CTG (lösin)
sessiz mutasyonu
110
10) Olgu 129
Cinsiyet: Erkek
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT
(lösin) →
Olgu:
88
CTG (lösin) sessiz mutasyonu.
cgtttgcaacctgntctgtgctgcatttcagacanngcctccccgagtgagctgcgagac
147
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028096
cgtttgcaacctgctctgtgctgcatttcagagaacgcctccccgagtgagcttcgagac
1028155
Olgu:
148
ctgctgtcagagttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgtat
207
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028156
ctgctgtcagagttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgtat
1028215
Olgu:
208
ggggcctgcagccaggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcaccc
267
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028216
ggggcctgcagccaggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcaccc
1028275
Olgu:
268
aggctgggggctccatacagccctgttctccctctttctccctttccctantgctcct
325
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028276
ggctgggggctccatacagccctgttctccctctttctccctttccctactgctcct
1028333
Şekil 4.55. Papiller tiroit kanserli olgu 129’a ait gen dizisi ile gen bankası dizisinin
eşleştirme
sonuçları.
Referans:
NCBI:
NW_924606.1
HsCraAADB02_393
111
CTT → CTG
Şekil 4.56. Papiller tiroit kanserli olgu 129’da RET proto-onkogeninin 13. ekzon
bölgesine ait 769. kodonda CTT (lösin) → CTG (lösin) sessiz mutasyonu
112
11) Olgu 132
Cinsiyet: Erkek
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT
(lösin) → CTG (lösin) sessiz mutasyonu.
Olgu:
86
tcgtttgcaacctgctctgtgctgcatttcaganancgcctccccgagtgagctgcgaga
145
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028095
tcgtttgcaacctgctctgtgctgcatttcagagaacgcctccccgagtgagcttcgaga
1028154
Olgu:
146
cctgctgtcagagttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgta
205
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028155
cctgctgtcagagttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgta
1028214
Olgu:
206
tggggcctgcagccaggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcacc
265
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028215
tggggcctgcagccaggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcacc
1028274
Olgu:
266
caggctgggggctccatacagccctgttctccctctttctccctttccctantgctcct
324
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028275
caggctgggggctccatacagccctgttctccctctttctccctttccctactgctcct
1028333
Şekil 4.57. Papiller tiroit kanserli olgu 132’ye ait gen dizisi ile gen bankası dizisinin
eşleştirme
sonuçları.
Referans:
NCBI:
NW_924606.1
HsCraAADB02_393
113
CTT → CTG
Şekil 4.58.
Papiller tiroit kanserli olgu 132’de RET proto-onkogeninin 13. ekzon
bölgesine ait 769. kodonda tespit edilmiş CTT (lösin) → CTG (lösin)
sessiz mutasyonu
114
12) Olgu 136
Cinsiyet: Erkek
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT
(lösin) → CTG (lösin) sessiz mutasyonu.
Olgu:
92
tcgnttgcaacctgctctgtgctgcatttcagananngcctccccgagtgagctgcgaga
151
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028095
tcgtttgcaacctgctctgtgctgcatttcagagaacgcctccccgagtgagcttcgaga
1028154
Olgu:
152
cctgctgtcagagttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgta
211
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028155
cctgctgtcagagttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgta
1028214
Olgu:
212
tggggcctgcagccaggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcacc
271
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028215
tggggcctgcagccaggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcacc
1028274
Olgu:
272
caggctgggggctccatacagccctgttctccctctttctccctttccctactgctcct
330
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028275
caggctgggggctccatacagccctgttctccctctttctccctttccctactgctcct
1028333
Şekil 4.59. Papiller tiroit kanserli olgu 136’ya ait gen dizisi ile gen bankası dizisinin
eşleştirme
sonuçları.
Referans:
NCBI:
NW_924606.1
HsCraAADB02_393
115
CTT → CTG
Şekil 4.60. Papiller tiroit kanserli olgu 136’da RET proto-onkogeninin 13. ekzon
bölgesine ait 769. kodonda tespit edilmiş CTT (lösin) → CTG (lösin))
sessiz mutasyonu
116
13) Olgu 137
Cinsiyet: Kadın
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT
(lösin) → CTG (lösin) sessiz mutasyonu.
Olgu:
92
tcgnttgcaacctgctctgtgctgcatttcagananngcctccccgagtgagctgcgaga
151
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028095
tcgtttgcaacctgctctgtgctgcatttcagagaacgcctccccgagtgagcttcgaga
1028154
Olgu:
152
cctgctgtcagagttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgta
211
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028155
cctgctgtcagagttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgta
1028214
Olgu:
212
tggggcctgcagccaggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcacc
271
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028215
tggggcctgcagccaggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcacc
1028274
Olgu:
272
caggctgggggctccatacagccctgttctccctctttctccctttccctactgctcct
330
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028275
caggctgggggctccatacagccctgttctccctctttctccctttccctactgctcct
1028333
Şekil 4.61. Papiller tiroit kanserli olgu 137’ye ait gen dizisi ile gen bankası dizisinin
eşleştirme
sonuçları.
Referans:
NCBI:
NW_924606.1
HsCraAADB02_393
117
CTT → CTG
Şekil 4.62. Papiller tiroit kanserli olgu 137’de RET proto-onkogeninin 13. ekzon
bölgesine ait 769. kodonda CTT (lösin) → CTG (lösin) sessiz mutasyonu
118
14) Olgu 142
Cinsiyet: Kadın
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT
(lösin) → CTG (lösin) sessiz mutasyonu.
Olgu:
37
tccatcctgacctggtatggtcatggaaggggcttccaggagcgatcgtttgcaacctgc
96
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017057
tccatcctgacctggtatggtcatggaaggggcttccaggagcgatcgtttgcaacctgc
1017116
Olgu:
97
tctgtgctgcatttcagagaacgcctccccgagtgagctncgagacctgctgtcagagtt
156
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017117
tctgtgctgcatttcagagaacgcctccccgagtgagctgcgagacctgctgtcagagtt
1017176
Olgu:
157
caacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgtatggggcctgcagcca
216
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017177
caacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgtatggggcctgcagcca
1017236
Olgu:
217
ggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcacccaggctgggggctcc
276
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017237
ggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcacccaggctgggggctcc
1017296
Olgu:
277
atacagccctgttctccctctttctccctttccctactgctcct
320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017297
atacagccctgttctccctctttctccctttccctactgctcct
1017340
Şekil 4.63. Papiller tiroit kanserli olgu 142’ye ait gen dizisi ile gen bankası dizisinin
eşleştirme sonuçları. Referans: NCBI: NT_033985.6 Hs10_34140
119
CTT → CTG
Şekil 4.64. Papiller tiroit kanserli olgu 142’de RET proto-onkogeninin 13. ekzon
bölgesine ait 769. kodonda CTT (lösin) → CTG (lösin) sessiz mutasyonu
120
15) Olgu 143
Cinsiyet: Kadın
Klinik tanı: Folliküler tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT
(lösin) → CTG (lösin) sessiz mutasyonu.
Olgu:
35
tccatcctgcanctgagatatggtcatggaaaggggnattccaggagcgatcgtttgcaa
94
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017057
tccatcctg-acctg-g-tatggtcatgg-aagggg-cttccaggagcgatcgtttgcaa
1017111
Olgu:
95
ccctgctctgatgctgcatttcagagaacgcctccccgagtgagctncgagacctgctgt
154
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017112
-cctgctctg-tgctgcatttcagagaacgcctccccgagtgagctgcgagacctgctgt
1017169
Olgu:
155
cagagttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgtatggggcct
214
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017170
cagagttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgtatggggcct
1017229
Olgu:
215
gcagccaggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcacccaggctgg
274
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017230
gcagccaggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcacccaggctgg
1017289
Olgu:
275
gggctccatacagccctgttctccctctttctccctttcnctacngctcct
325
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017290
Şekil 4.65.
gggctccatacagccctgttctccctctttctccctttccctactgctcct
1017340
Folliküler tiroit kanserli olgu 143’e ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları. Referans: NCBI: NT_033985.6
Hs10_34140
121
CTT → CTG
Şekil 4.66.
Folliküler tiroit kanserli olgu 143’de RET proto-onkogeninin 13. ekzon
bölgesine ait 769. kodonda CTT (lösin) → CTG (lösin) sessiz
mutasyonu
122
16) Olgu 144
Cinsiyet: Kadın
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT
(lösin) → CTG (lösin) sessiz mutasyonu.
Olgu:
27
atgcangtccntcctgacctggctatggtcatggaaggggcttccaggtagcgatcgttt
86
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028043
atgcaggtccatcctgacctgg-tatggtcatggaaggggcttccagg-agcgatcgttt
1028100
Olgu:
87
gcaacctgctctgtgctgcatttcanagaacncctccccgagtgagctgcnagacctgct
146
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028101
gcaacctgctctgtgctgcatttcagagaacgcctccccgagtgagcttcgagacctgct
1028160
Olgu:
147
gtcagagttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgtatggggc
206
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028161
gtcagagttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgtatggggc
1028220
Olgu:
207
ctgcagccaggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcacccaggct
266
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028221
ctgcagccaggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcacccaggct
1028280
Olgu:
267
gggggctccatacanccctgttctccctctttctccctttccctacatgntcct
320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028281
Şekil 4.67.
gggggctccatacagccctgttctccctctttctccctttccctac-tgctcct
1028333
Papiller tiroit kanserli olgu 144’e ait gen dizisi ile gen bankası dizisinin
eşleştirme
sonuçları.
Referans:
NCBI:
NW_924606.1
HsCraAADB02_393
123
CTT → CTG
Şekil 4.68.
Papiller tiroit kanserli olgu 144’de RET proto-onkogeninin 13. ekzon
bölgesine ait 769. kodonda CTT (lösin) → CTG (lösin) sessiz
mutasyonu
124
17) Olgu 146
Cinsiyet: Kadın
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT
(lösin) → CTG (lösin) sessiz mutasyonu.
Olgu:
92
cgtttgcaacctgctctgtgctgcatttcagagancgcctccccgagtgagctgcgagac
151
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028096
cgtttgcaacctgctctgtgctgcatttcagagaacgcctccccgagtgagcttcgagac
1028155
Olgu:
152
ctgctgtcagagttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgtat
211
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028156
ctgctgtcagagttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgtat
1028215
Olgu:
212
ggggcctgcagccaggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcaccc
271
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028216
ggggcctgcagccaggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcaccc
1028275
Olgu:
272
aggctgggggctccatacagccctgttctccctctttctccctttccctactgctcct
329
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028276
Şekil 4.69.
aggctgggggctccatacagccctgttctccctctttctccctttccctactgctcct
1028333
Papiller tiroit kanserli olgu 146’ya ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları. Referans: NCBI: NW_924606.1
HsCraAADB02_393
125
CTT → CTG
Şekil 4.70.
Papiller tiroit kanserli olgu 146’da RET proto-onkogeninin 13. ekzon
bölgesine ait 769. kodonda CTT (lösin) → CTG (lösin) sessiz
mutasyonu
126
18) Olgu 150
Cinsiyet: Kadın
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT
(lösin) → CTG (lösin) sessiz mutasyonu.
Olgu:
89
gtttgcaacctgctctgtgctgcatttcagacanngcctccccgagtgagctgcgagacc
148
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028097
gtttgcaacctgctctgtgctgcatttcagagaacgcctccccgagtgagcttcgagacc
1028156
Olgu:
149
tgctgtcagagttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgtatg
208
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028157
tgctgtcagagttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgtatg
1028216
Olgu:
209
gggcctgcagccaggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcaccca
268
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028217
gggcctgcagccaggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcaccca
1028276
Olgu:
269
ggctgggggctccatacagccctgttctccctctttctccctttcccta
317
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028277
Şekil 4.71.
ggctgggggctccatacagccctgttctccctctttctccctttcccta
1028325
Papiller tiroit kanserli olgu 150’ye ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları. Referans: NCBI: NW_924606.1
HsCraAADB02_393
127
CTT → CTG
Şekil 4.72.
Papiller tiroit kanserli olgu 150’de RET proto-onkogeninin 13. ekzon
bölgesine ait 769. kodonda tespit edilmiş CTT (lösin) → CTG (lösin)
sessiz mutasyonu
128
19) Olgu 151
Cinsiyet: Kadın
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT
(lösin) → CTG (lösin) sessiz mutasyonu.
Olgu:
59
atggtcatggaaggggattcccttagcgatcgtttgcaacctgctctgtgctgcatttca
118
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028066
atggtcatggaaggggcttccaggagcgatcgtttgcaacctgctctgtgctgcatttca
1028125
Olgu:
119
gagaacgcctccccgagtgagctgcgagacctgctgtcagagttcaacgtcctgaagcag
178
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028126
gagaacgcctccccgagtgagcttcgagacctgctgtcagagttcaacgtcctgaagcag
1028185
Olgu:
179
gtcaaccacccacatgtcatcaaattgtatggggcctgcagccaggatggtaaggccagc
238
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028186
gtcaaccacccacatgtcatcaaattgtatggggcctgcagccaggatggtaaggccagc
1028245
Olgu:
239
tgcagggtgaggtgggcagccactgcacccaggctgggggctccatacagccctgttctc
298
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028246
tgcagggtgaggtgggcagccactgcacccaggctgggggctccatacagccctgttctc
1028305
Olgu:
299
cctctttctccctttccctacngctcct
326
|||||||||||||||||||||||
Ref:
1028306
Şekil 4.73.
cctctttctccctttccctactgctcct
1028333
Papiller tiroit kanserli olgu 151’e ait gen dizisi ile gen bankası dizisinin
eşleştirme
sonuçları.
Referans:
NCBI:
NW_924606.1
HsCraAADB02_393
129
CTT → CTG
Şekil 4.74.
Papiller tiroit kanserli olgu 151’de RET proto-onkogeninin 13. ekzon
bölgesine ait 769. kodonda tespit edilmiş CTT (lösin) → CTG (lösin)
sessiz mutasyonu
130
20) Olgu 152
Cinsiyet: Kadın
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesine ait 763. kodonda AAC
(aspartik asit) → AAT (aspartik asit) sessiz mutasyonu.
Olgu:
1022
tgtgctgcatttcacacnntgcctccccgagtgagcttcgagacctgctgtcagagttca
161
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017119
tgtgctgcatttcagagaacgcctccccgagtgagctgcgagacctgctgtcagagttca
1017178
Olgu:
162
acgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgtatggggcctgcagccagg
221
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017179
acgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgtatggggcctgcagccagg
1017238
Olgu:
222
atggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcacccaggctgggggctccat
281
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017239
atggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcacccaggctgggggctccat
1017298
Olgu:
282
acagccctgttctccctctttctccctttcccta
315
|||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017299
Şekil 4.75.
acagccctgttctccctctttctccctttcccta
1017332
Papiller tiroit kanserli olgu 152’ye ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları. Referans: NCBI: NT_033985.6
Hs10_34140
131
AAC → AAT
Şekil 4.76.
Papiller tiroit kanserli olgu 152’de RET proto-onkogeninin 13. ekzon
bölgesine ait 763. kodonda AAC (aspartik asit) → AAT (aspartik asit)
sessiz mutasyonu
132
21) Olgu 157
Cinsiyet: Kadın
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT
(lösin) → CTG (lösin) sessiz mutasyonu.
Olgu:
42
tccatcctgaactgagaatggtcatggaaggggcttccanntagcgatcgtttgcaacct
101
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028050
tccatcctgacctg-gtatggtcatggaaggggcttcca-ggagcgatcgtttgcaacct
1028107
Olgu:
102
gctctgtgctgcatttcagagaacgcctccccgagtgagctgcgagacctgctgtcagag
161
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028108
gctctgtgctgcatttcagagaacgcctccccgagtgagcttcgagacctgctgtcagag
1028167
Olgu:
162
ttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgtatggggcctgcagc
221
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028168
ttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgtatggggcctgcagc
1028227
Olgu:
222
caggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcacccaggctgggggct
281
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028228
caggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcacccaggctgggggct
1028287
Olgu:
282
ccatacagccctgttctccctctttctccctttccctantgctcct
327
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028288
Şekil 4.77.
ccatacagccctgttctccctctttctccctttccctactgctcct
1028333
Papiller tiroit kanserli olgu 157’ye ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları. Referans: NCBI: NW_924606.1
HsCraAADB02_393
133
CTT → CTG
Şekil 4.78.
Papiller tiroit kanserli olgu 157’de RET proto-onkogeninin 13. ekzon
bölgesine ait 763. kodonda CTT (lösin) → CTG (lösin) sessiz
mutasyonu
134
22) Olgu 162
Cinsiyet: Kadın
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT
(lösin) → CTG (lösin) sessiz mutasyonu.
Olgu:
53
atggacatggaaggggattccntnagngatcgtttgcaacctgctctgtgctgcatttca
112
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028066
atggtcatggaaggggcttccaggagcgatcgtttgcaacctgctctgtgctgcatttca
1028125
Olgu:
113
gagaacgcctccccgagtgagctgcgagacctgctgtcagagttcaacgtcctgaagcag
172
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028126
gagaacgcctccccgagtgagcttcgagacctgctgtcagagttcaacgtcctgaagcag
1028185
Olgu:
173
gtcaaccacccacatgtcatcaaattgtatggggcctgcagccaggatggtaaggccagc
232
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028168
gtcaaccacccacatgtcatcaaattgtatggggcctgcagccaggatggtaaggccagc
1028245
Olgu:
233
tgcagggtgaggtgggcagccactgcacccaggctgggggctccatacagccctgttctc
292
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028246
tgcagggtgaggtgggcagccactgcacccaggctgggggctccatacagccctgttctc
1028305
Olgu:
293
cctctttctccctttccctactgctcct
320
|||||||||||||||||||||||
Ref:
1028306
Şekil 4.79.
cctctttctccctttccctactgctcct
1028333
Papiller tiroit kanserli olgu 162’ye ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları. Referans: NCBI: NW_924606.1
HsCraAADB02_393
135
CTT → CTG
Şekil 4.80.
Papiller tiroit kanserli olgu 162’de RET proto-onkogeninin 13. ekzon
bölgesine ait 769. kodonda CTT (lösin) → CTG (lösin) sessiz
mutasyonu
136
23) Olgu 164
Cinsiyet: Kadın
Klinik tanı: Folliküler tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesine ait 767. kodonda AGT
(serin) → AGG (arjinin) anlamlı mutasyonu ve 769. kodonda CTT (lösin) →
CTG (lösin) sessiz mutasyonu.
Olgu:
75
ttccnggagcgatcgtttgcaacctgctctgtgctgcatttcagagaacgcctccccgag
134
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017090
ttccaggagcgatcgtttgcaacctgctctgtgctgcatttcagagaacgcctccccgag
1017149
Olgu:
135
tgagctncgagacctgctgtcagagttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgt
194
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017150
tgagctgcgagacctgctgtcagagttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgt
1017209
Olgu:
195
catcaaattgtatggggcctgcagccaggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggc
254
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017210
catcaaattgtatggggcctgcagccaggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggc
1017269
Olgu:
255
agccactgcacccaggctgggggctccatacagccctgttctccctctttctccctttcc
314
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017270
agccactgcacccaggctgggggctccatacagccctgttctccctctttctccctttcc
1017329
Olgu:
315
ctactgctcct
325
|||||||||
Ref:
1017330
Şekil 4.81.
ctactgctcct
1017340
Folliküler tiroit kanserli olgu 164’e ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları. Referans: NCBI: NT_033985.6
Hs10_34140
137
AGT → AGG
Şekil 4.82.
CTT → CTG
Folliküler tiroit kanserli olgu 164’de RET proto-onkogeninin 13. ekzon
bölgesine ait 767. kodonda AGT (serin) → AGG (arjinin) anlamlı
mutasyonu ve 769. kodonda CTT (lösin) → CTG (lösin) sessiz
mutasyonu
138
24) Olgu 165
Cinsiyet: Kadın
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT
(lösin) → CTG (lösin) sessiz mutasyonu.
Olgu:
95
gcaaccngntctgngctgcatttcanagaacgcctccccgagtgagctgcgagacctgcg
154
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028101
gcaacctgctctgtgctgcatttcagagaacgcctccccgagtgagcttcgagacctgc-
1028159
Olgu:
155
tgtcngagttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgtatgggg
214
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028160
tgtcagagttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgtatgggg
1028219
Olgu:
215
cctgcanccaggatggtanggccatcctgcagggtgaggtgggcagccnctgcncccngg
274
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028220
cctgcagccaggatggtaaggccagc-tgcagggtgaggtgggcagccactgcacccagg
1028278
Olgu:
275
ctgggggctccatacagccctgttctccctctttctccctttccctantgctcct
329
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028279
Şekil 4.83.
ctgggggctccatacagccctgttctccctctttctccctttccctactgctcct
1028333
Papiller tiroit kanserli olgu 165’e ait gen dizisi ile gen bankası dizisinin
eşleştirme
sonuçları.
Referans:
NCBI:
NW_924606.1
HsCraAADB02_393
139
CTT → CTG
Şekil 4.84. Papiller tiroit kanserli olgu 165’de RET proto-onkogeninin 13. ekzon
bölgesine ait 769. kodonda CTT (lösin) → CTG (lösin) sessiz
mutasyonu
140
25) Olgu 166
Cinsiyet: Kadın
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT
(lösin) → CTG (lösin) sessiz mutasyonu.
Olgu:
95
tcgtttgcaacctgctctgtgctgcatttcagagancgcctccccgagtgagctgcgaga
154
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028095
tcgtttgcaacctgctctgtgctgcatttcagagaacgcctccccgagtgagcttcgaga
1028154
Olgu:
155
cctgctgtcagagttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgta
214
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028155
cctgctgtcagagttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgta
1028214
Olgu:
215
tggggcctgcagccaggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccnctgcacc
274
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028215
tggggcctgcagccaggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcacc
1028274
Olgu:
275
caggctgggggctccatacanccctgttctccctctttctccctttccctantgctcct
333
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028275
Şekil 4.85.
caggctgggggctccatacagccctgttctccctctttctccctttccctactgctcct
1028333
Papiller tiroit kanserli olgu 166’a ait gen dizisi ile gen bankası dizisinin
eşleştirme
sonuçları.
Referans:
NCBI:
NW_924606.1
HsCraAADB02_393
141
CTT → CTG
Şekil 4.86.
Papiller tiroit kanserli olgu 166’da RET proto-onkogeninin 13. ekzon
bölgesine ait 769. kodonda CTT (lösin) → CTG (lösin) sessiz
mutasyonu
142
26) Olgu 168
Cinsiyet: Kadın
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT
(lösin) → CTG (lösin) sessiz mutasyonu.
Olgu:
41
ccatcctgaactgagaatggtcatggaaggggntccccnttagngatcggtttgcaacct
100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028051
ccatcctgacctg-gtatggtcatggaaggggct-tccaggagcgatc-gtttgcaacct
1028107
Olgu:
101
gctctgtgctgcatttcaganaacncctccccgagtgagctgcgagacctgctgtcagag
160
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028108
gctctgtgctgcatttcagagaacgcctccccgagtgagcttcgagacctgctgtcagag
1028167
Olgu:
161
ttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgtatggggcctgcagc
220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028168
ttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgtatggggcctgcagc
1028227
Olgu:
221
caggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcacccaggctgggggct
280
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028228
caggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcacccaggctgggggct
1028287
Olgu:
281
ccatacagccctgttctccctctttctccctttccctaatgctcct
326
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1028288
Şekil 4.87.
ccatacagccctgttctccctctttctccctttccctactgctcct
1028333
Papiller tiroit kanserli olgu 168’e ait gen dizisi ile gen bankası dizisinin
eşleştirme
sonuçları.
Referans:
NCBI:
NW_924606.1
HsCraAADB02_393
143
CTT → CTG
Şekil 4.88.
Papiller tiroit kanserli olgu 168’de RET proto-onkogeninin 13. ekzon
bölgesine ait 769. kodonda CTT (lösin) → CTG (lösin) sessiz
mutasyonu
144
27) Olgu 169
Cinsiyet: Kadın
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT
(lösin) → CTG (lösin) sessiz mutasyonu.
Olgu:
52
atggatcatggaaggggattccaggagcgatcgtttgcaacctgctctgtgctgcatttc
111
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1041578
atgg-tcatggaaggggcttccaggagcgatcgtttgcaacctgctctgtgctgcatttc
1041636
Olgu:
112
agagaacgcctccccgagtgagctgcgagacctgctgtcagagttcaacgtcctgaagca
171
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1041637
agagaacgcctccccgagtgagcttcgagacctgctgtcagagttcaacgtcctgaagca
1041696
Olgu:
172
ggtcaaccacccacatgtcatcaaattgtatggggcctgcagccaggatggtaaggccag
231
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1041697
ggtcaaccacccacatgtcatcaaattgtatggggcctgcagccaggatggtaaggccag
1041756
Olgu:
232
ctgcagggtgaggtgggcagccactgcacccaggctgggggctccatacagccctgttct
291
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1041757
ctgcagggtgaggtgggcagccactgcacccaggctgggggctccatacagccctgttct
1041816
Olgu:
292
ccctctttctccctttccctactgctcct
320
||||||||||||||||||||||||
Ref:
1041817
Şekil 4.89.
ccctctttctccctttccctactgctcct
1041845
Papiller tiroit kanserli olgu 169’a ait gen dizisi ile gen bankası dizisinin
eşleştirme
sonuçları.
Referans:
NCBI:
NW_001837940.1
Hs10_WGA649_36
145
CTT → CTG
Şekil 4.90. Papiller tiroit kanserli olgu 169’da RET proto-onkogeninin 13. ekzon
bölgesine ait 769. kodonda CTT (lösin) → CTG (lösin) sessiz
mutasyonu
146
28) Olgu 171
Cinsiyet: Kadın
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesine ait 765. kodonda
TCC (serin) → TGC (sistein) ve 770. kodonda CGA (arjinin) → CAA
(glutamin) anlamlı mutasyonları.
Olgu:
130
cctgcccgagtgagcttcaagacctgctgtcngagttcaacgtcctgaagcaggtcaacc
189
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017140
cctccccgagtgagctgcgagacctgctgtcagagttcaacgtcctgaagcaggtcaacc
1017199
Olgu:
190
acccacatgtcatcaaattgtatggggcctgcagccaggatggtaaggccagctgnaggg
249
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017200
acccacatgtcatcaaattgtatggggcctgcagccaggatggtaaggccagctgcaggg
1017259
Olgu:
250
tgaggtgggcagccactgcacccaggctgggggctccatacagccctgttctccctcttt
309
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017260
tgaggtgggcagccactgcacccaggctgggggctccatacagccctgttctccctcttt
1017319
Olgu:
310
ctccctttccctacngctcct
330
||||||||||||||||||
Ref:
1017320
ctccctttccctactgctcct
1017340
Şekil 4.91. Papiller tiroit kanserli olgu 171’e ait gen dizisi ile gen bankası dizisinin
eşleştirme sonuçları. Referans: NCBI: NT_033985.6 Hs10_34140
147
TCC → TGC
Şekil 4.92.
CGA → CAA
Papiller tiroit kanserli olgu 171’de RET proto-onkogeninin 13. ekzon
bölgesine ait 765. kodonda TCC (serin) → TGC (sistein) ve 770.
kodonda CGA (arjinin) → CAA (glutamin) anlamlı mutasyonları
148
29) Olgu 180
Cinsiyet: Kadın
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT
(lösin) → CTG (lösin) sessiz mutasyonu.
Olgu:
33
aggtccatcctgaactggaatggatcatggaaggggattccaggagcgatcgtttgcaac
92
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1041559
aggtccatcctgacctggtatgg-tcatggaaggggcttccaggagcgatcgtttgcaac
1041617
Olgu:
93
ctgctctgtgctgcatttcagagaacgcctccccgagtgagctgcgagacctgctgtcag
152
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1041618
ctgctctgtgctgcatttcagagaacgcctccccgagtgagcttcgagacctgctgtcag
1041677
Olgu:
153
agttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgtatggggcctgca
212
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1041678
agttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgtatggggcctgca
1041737
Olgu:
213
gccaggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcacccaggctggggg
272
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1041738
gccaggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcacccaggctggggg
1041797
Olgu:
273
ctccatacagccctgttctccctctttctccctttccctaactgctcct
321
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1041798
Şekil 4.93.
ctccatacagccctgttctccctctttctccctttcccta-ctgctcct
1041845
Papiller tiroit kanserli olgu 180’e ait gen dizisi ile gen bankası dizisinin
eşleştirme
sonuçları.
Referans:
NCBI:
NW_001837940.1
Hs10_WGA649_36
149
CTT → CTG
Şekil 4.94.
Papiller tiroit kanserli olgu 180’de RET proto-onkogeninin 13. ekzon
bölgesine ait 769. kodonda CTT (lösin) → CTG (lösin) sessiz
mutasyonu
150
30) Olgu 183
Cinsiyet: Kadın
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT
(lösin) → CTG (lösin) sessiz mutasyonu.
Olgu:
26
gatgcaggtccatcctgaactggtatggtcatggaaggggnttccaggagcgatcgtttg
85
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017049
gatgcaggtccatcctgacctggtatggtcatggaaggggcttccaggagcgatcgtttg
1017108
Olgu:
86
caacctgctctgtgctgcatttcagagaacgcctccccgagtgagctncgagacctgctg
145
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017109
caacctgctctgtgctgcatttcagagaacgcctccccgagtgagctgcgagacctgctg
1017168
Olgu:
146
tcagagttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgtatggggcc
205
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017169
tcagagttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgtatggggcc
1017228
Olgu:
206
tgcagccaggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcacccaggctg
265
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017229
tgcagccaggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcacccaggctg
1017288
Olgu:
266
ggggctccatacagccctgttctccctctttctccctttccctactgctcct
317
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017289
ggggctccatacagccctgttctccctctttctccctttccctactgctcct
1017340
Şekil 4.95. Papiller tiroit kanserli olgu 183’e ait gen dizisi ile gen bankası dizisinin
eşleştirme sonuçları. Referans: NCBI: NT_033985.6 Hs10_34140
151
CTT → CTG
Şekil 4.96.
Papiller tiroit kanserli olgu 183’de RET proto-onkogeninin 13. ekzon
bölgesine ait 769. kodonda CTT (lösin) → CTG (lösin) sessiz
mutasyonu
152
31) Olgu 192
Cinsiyet: Kadın
Klinik tanı: Papiller tiroit kanseri
Mutasyon: RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesine ait 769. kodonda CTT
(lösin) → CTG (lösin) sessiz mutasyonu.
Olgu:
26
gatgnaggntccatcctgaactggnatggtcatggaaggggnttcccnntntcnatcgtt
85
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017049
gatgcagg-tccatcctgacctggtatggtcatggaaggggctt-ccaggagcgatcgtt
1017106
Olgu:
86
tgcaacctgntctgctgctgcatttcagataacgcctccccgaggtgagctncnagacct
145
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017107
tgcaacctgctctg-tgctgcatttcagagaacgcctccccga-gtgagctgcgagacct
1017164
Olgu:
146
gcatgtcagagttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgtatg
205
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017165
gc-tgtcagagttcaacgtcctgaagcaggtcaaccacccacatgtcatcaaattgtatg
1017223
Olgu:
206
gggcctgcagccaggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcaccca
265
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017224
gggcctgcagccaggatggtaaggccagctgcagggtgaggtgggcagccactgcaccca
1017283
Olgu:
266
ggctgggggctccatacagncctgttctcccnctttctccctttccc
312
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref:
1017284
Şekil 4.97.
ggctgggggctccatacagccctgttctccctctttctccctttccc
1017330
Papiller tiroit kanserli olgu 192’ye ait gen dizisi ile gen bankası
dizisinin eşleştirme sonuçları. Referans: NCBI: NT_033985.6
Hs10_34140
153
CTT → CTG
Şekil 4.98.
Papiller tiroit kanserli olgu 192’de RET proto-onkogeninin 13. ekzon
bölgesine ait 769. kodonda CTT (lösin) → CTG (lösin) sessiz
mutasyonu
154
5. SONUÇ VE ÖNERİLER
Tiroit kanserleri, en sık görülen habis endokrin tümörlerdir [77, 78]. Tüm kötü huylu
tümörler içerisinde %1 gibi oldukça düşük bir oranda görülebilmelerine rağmen over
kanserlerinden sonra endokrin sistemin en sık görülen kanserleridir [79].
Tiroit kanserlerinin nedenleri arasında çeşitli faktörlerin rol oynayabileceği ileri
sürülmüş, ancak bunların çok azı kanıtlanmıştır. Tiroit kanserlerinde, çevresel
etkenler arasında gıdalardan alınan iyot miktarı önemlidir. İyot alımının yeterli
olduğu ülkelerde tüm tiroit kanserleri arasında en sık rastlanan tip diferansiye
kanserler ve en sık rastlanan tipi ise papiller kanserdir [84-86]. İyot eksikliği olan
bölgelerde folliküler adenom ve folliküler kanser yüksek oranda görülür [84-86].
Tiroit kanseri gelişimi açısından yüksek risk grubunda bulunanlar, baş-boyun
bölgesine radyasyon uygulanmış hastalar ve aile üyeleridir. Radyasyon özellikle
çocuklarda olmak üzere tiroit kanserlerinin etiyolojisinde önemli rol oynamaktadır.
Eksternal radyasyona maruz kalma sonucu gelişen tiroit kanseri genellikle papiller
tiptir [80, 87]. Çocuklarda tiroit bezi, kemik iliği ile birlikte radyasyon hassasiyeti en
yüksek organ ve dokulardandır [88]. Radyasyon, tümör hücrelerinde DNA hasarı
oluşturur [56] ve tirozin kinaz özelliğindeki onkojenik protein olan RET protoonkogeninde yeniden düzenlemeleri sağlayan çift zincir DNA kırıklarına yol açar
[89].
1989 yılında Ishizaka tarafından floresan in situ hibridizasyon yöntemiyle RET
proto-onkogeninin
10.
kromozomun
q
kolunun
11.2
(10q11.2)
bandında
konumlandığı tespit edilmiş ve ilk kez MTC için aday gen olduğu ileri sürülmüştür
[131].
RET proto-onkogeni 20 ekzona sahiptir ve toplam 55 kb. büyüklüğündedir. Birinci
intron 24 kb., ikinci ekzondan yirminci ekzona kadar olan bölge ise 31 kb.
büyüklüğündedir [125-129, 136]. Embriyogenez sırasında merkezi ve periferal sinir
sistemi ile boşaltım sistemlerinde ifade edilir [123-125]. RET proto-onkogeni hücre
155
yüzeyinde bulunan hücre büyümesi ve farklılaşması için sinyal ileten 480 kDa.’luk
reseptör tirozin kinaz proteini kodlar [136].
RET proto-onkogenindeki mutasyonlar dominant olarak kalıtılır ve medüller tiroit
kanseri, papiller tiroit kanseri ve Hirschsprung hastalığına neden olur. Bu belirtilen
hastalıklarda, RET mutasyonlarının tespiti, kanser gelişmeden önce allel taşıyıcılarını
tespit etmek için kullanılır [124, 134, 140].
RET proto-onkogenine ait yeniden düzenlemeler, papiller tiroit kanserinde
keşfedilmiş olduğundan PTC olarak adlandırılır. Günümüze kadar RET-PTC1 [143],
RET-PTC2 [125] ve RET-PTC3 olmak üzere üç farklı RET yeniden düzenleme formu
tanımlanmıştır [139, 141]. RET/PTC onkogen aktivasyonu, papiller mikrokanserlerde
sık görülürken anaplastik ve kötü diferansiye tiroit kanserlerinde daha az sıklıkta
rastlanır [147]. Çocukluk çağında radyasyona maruz kalan hastalarda görülen
papiller tiroit kanserlerin %53-84’ünde RET/PTC şimerik onkogen formu
gösterilmiştir [46].
Bu tez çalışması kapsamında, papiller tiroit kanserinde RET proto-onkogeninin 10.,
11. ve 13. ekzonlarındaki mutasyonların taranması amacıyla Ankara Numune Eğitim
ve Araştırma Hastanesi Genel Cerrahi Kliniği 5 Ünitesi ve Dr. Abdurrahman
Yurtarslan Ankara Onkoloji ve Eğitim Hastanesi Nükleer Tıp Bölümü’ne başvuran
ayaktan veya yatarak tedavi olan 86 papiller tiroit kanseri, 5 folliküler tiroit kanseri,
2 medüller tiroit kanseri, 2 anaplastik tiroit kanseri, 1 benign tiroit kanseri, 7
multinodüler guatr, 4 diffüz guatr ve 1 hipertiroidi olmak üzere 108 tiroit hastası ve
85 kontrol olmak üzere toplam 193 birey incelenmiştir. Çalışma kapsamı içerisinde
yer alan bireylerin periferik kanlarından elde edilmiş DNA, PZR yöntemi ile
çoğaltılmış ve RET proto-onkogenine ait 10., 11. ve 13. ekzon bölgelerinde yer alan
mutasyonlar otomatik DNA dizi analizi yöntemiyle araştırılmıştır.
156
DNA eldesi için literatürde birçok yöntem bulunmaktadır. Gazi Üniversitesi FenEdebiyat
Fakültesi
Biyoloji
Bölümü
Moleküler
Biyoloji
Anabilim
Dalı
laboratuarında Maniatis [161]’in modifiye edilerek standardize edilmiş fenolkloroform-izoamil alkol kullanılarak yapılan DNA izolasyon metodu kullanılmıştır.
Tiroit kanserli olgularda RET proto-onkogeninin ekzon bölgelerine ait gen
mutasyonlarının tarandığı çalışmalar, literatürler ışığında değerlendirilerek PCR için
Jindřichová ve arkadaşlarının [166] çalışmalarında kullandıkları primerlerin diğer
araştırmacılar tarafından da tercih edildiği gözlenmiştir. RET geninin NCBI’da yer
alan gen dizisinde ekzon 10, 11 ve 13 bulunarak primerlerin doğru bölgeye hibridize
olup olmadığı kontrol edilmiştir. Primerlerin diziyle birebir eşleşmesi ve dizi
analizinde kaliteli sonuçların elde edilebilmesi için, primerlerin ekzonun başladığı
(ileri primer için) ve ekzonun bittiği (geri primer için) nükleotidlere 20-30 nükleotid
uzaklıkta olması ve çoğaltılan bölgenin 200 bç.-400 bç. arasında olması kriterleri göz
önüne alınarak RET genine ait 10., 11. ve 13. ekzon bölgeleri için Jindřichová ve
arkadaşlarının [166] kullandıkları primerlerin kullanılmasının uygun olduğuna karar
verilmiştir.
Mutasyon taraması, restriksiyon enzim kesimleme, tek-iplik nükleotid konformasyon
polimorfizmi (SSCP) ve DNA dizi analizi gibi birçok yöntemle yapılabilmektedir.
Restriksiyon enzim kesimleme yöntemi belirli bir bölgede, tanımlı, özgül bir
mutasyonun tespiti için kullanılabilir bir yöntemdir, ancak DNA dizi analiziyle
tanımlı mutasyonların tespit edilebilmesinin yanı sıra çalışmamıza kapsamında yer
alan kontrol ve kanserli olgulara özgül yeni mutasyonların tespit edilebilir olması da
DNA dizi analizini tercih etmemizde etkili olmuştur.
Günümüz koşullarında, SSCP yöntemi DNA dizi analizine göre daha pahalı bir
yöntemdir. SSCP ile konformasyonel değişimler tespit edilebilmekte, ancak
doğrudan DNA dizisindeki değişimler tespit edilememektedir. Bu nedenle, SSCP
yöntemi kullanılarak yapılan çalışmalarda DNA dizi analizine de ihtiyaç
duyulmaktadır.
157
Çalışmamızda, SSCP ve DNA dizi analizi yöntemlerini birlikte uygulayıp maliyeti
artırmak yerine, ticari firma ile işbirliği içinde sadece DNA dizi analizinin yapılması
daha ekonomik olduğundan tercih edilmiştir. Hem maliyet açısından hem de DNA
dizisindeki değişimleri belirleyebilmek açısından DNA dizi analizi daha avantajlı bir
yöntemdir.
Heshmati ve ark. (1997) çalışmalarında, 33 MEN-2A’lı hasta ve bu hastalarla
akrabalığı bulunan 132 hasta yakını, 13 FMTC’li hasta ve bu hastalarla akrabalığı
bulunan 95 hasta yakını, 15 diğer kalıtsal MTC’li hasta ve bu hastalarla akrabalığı
bulunan 27 hasta yakını ve 53 sporadik (kişide ortaya çıkan) MTC’li hasta olmak
üzere DNA dizi analizi yöntemiyle toplam 348 bireyde RET proto-onkogeninin 10.,
11. ve 13. ekzon bölgelerinde mutasyon analizi yapmışlardır. 33 MEN-2A hastası
içerisinden 32 hastada (%97,0), 13 FMTC hastası içerisinden 10 hastada (%77,0) ve
diğer kalıtsal MTC’ne sahip 15 hasta içerisinden 10 hastada (%67,0) RET protoonkogeninin 10. ve 11. ekzon bölgelerinde mutasyon tespit etmişlerdir. Ancak,
çalışmalarında kontrol ve kanserli hasta grubu olmak üzere incelemiş oldukları 348
bireyin hiçbirinde RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesinde ve sporadik
medüller tiroit kanserine sahip 53 hastanın hiçbirinde RET proto-onkogeninin ekzon
10, 11 ve 13 bölgelerinde mutasyon tespit edememişlerdir [167].
Çalışmamız kapsamında, PZR-DNA dizi analizi yöntemiyle incelemiş olduğumuz
108 tiroit hastası içerisinden 15 hastada (%13,88) RET proto-onkogeninin 11. ekzon
bölgesinde ve 31 hastada (%28,70) RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesinde gen
mutasyonları tespit edilmiştir. Ancak, çalışmamızda 108 tiroit hastası içerisinde yer
alan hiçbir hastada (%0) RET proto-onkogeninin 10. ekzon bölgesinde gen
mutasyonu tespit edilememiştir. (Çizelge 5.1).
RET proto-onkogeninin 11. ekzon bölgesinin genetik analizlerinin yapıldığı
çalışmamızda papiller tiroit kanserli 86 hasta içerisinden 12 hastada (%13,95),
folliküler tiroit kanserli 5 hasta içerisinden 2 hastada (%40,0) ve multinodüler guatrlı
7 hasta içerisinden 1 hastada (%14,28) olmak üzere toplam 108 kanserli hasta
içerisinden 15 hastada (%13,88) gen mutasyonları tespit edilmiştir.
158
RET proto-onkogeninin 13. ekzon bölgesininde genetik analizlerini yapmış
olduğumuz çalışmamızda, papiller tiroit kanserli 86 hasta içerisinden 25 hastada
(%29,06), folliküler tiroit kanserli 5 hasta içerisinden 3 hastada (%60,0), anaplastik
tiroit kanserli 2 hastanın her ikisinde (%100,0) ve multinodüler guatrlı 7 hasta
içerisinden1 hastada (%13,28) olmak üzere toplam 108 tiroit hastası içerisinden 31
hastada (%28,70) gen mutasyonları tespit edilmiştir.
Punãles ve ark. (2003) çalışmalarında, multipl endokrin neoplazili 69 hastada PZR,
SSCP, restriksiyon enzim kesimleme ve DNA dizi analizi yöntemleri ile RET protoonkogenine ait 11. ekzon bölgesinin 634. kodonuna özgü gen mutasyonlarını
araştırdıkları çalışmalarında 49 hastada (%54,5) sistein → tirozin, 13 hastada
(%19,4) sistein → arjinin, 7 hastada (%14,3) sistein → triptofan değişimleri şeklinde
ifade olan mutasyonlar tespit etmişler ve 634. kodona özgü nükleotid veya amino asit
değişimleri sonucu oluşan mutasyonların, multipl endokrin neoplazi tip 2A’lı
hastalarda tümör agresifliğini artırdığını ifade etmişlerdir [168].
Çalışmamız kapsamında incelenmiş 108 tiroit hastası içerisinde yer alan 86 papiller
tiroit kanserli hasta içersinden 1 kadın hastada (%1,16) RET proto-onkogeninin 11.
ekzon bölgesine ait 634. kodonda TGC (sistein) → CGC (triptofan) anlamlı
mutasyonu tespit edilmiştir. 11. ekzon bölgesinde Cys634Trp mutasyonu tespit etmiş
olduğumuz hastanın 635. kodonunda da CGC (arjinin) → AGC (serin) değişimi
şeklinde ifade olan Arg635Ser mutasyonu tespit edilmiştir.
Toledo ve ark. (2006) çalışmalarında, multipl endokrin neoplazi hastalarının yaklaşık
olarak %98 gibi büyük kısmında 11. ekzon bölgesinde 25 amino asitlik küçük bir
bölgeyi içeren 630. ve 634. kodonlarda yanlış anlamlı mutasyonların, çok nadir
olarak ise 635. kodonda CGC (arjinin) → AGC (serin) değişimi şeklinde görülen
insersiyonların bulunduğunu tespit etmişler [169].
159
Hoppner ve ark. (2006) çalışmalarında, medüller tiroit kanserine sahip bir aileyi
inceledikleri çalışmalarında 11. ekzon bölgesinin 634. kodonunda yer alan sistein ile
635. kodonunda yer alan arjinin arasındaki 12 bç.’lik duplikasyon sonucu ilave bir
sistein kalıntısı oluştuğunu bildirmişlerdir [170].
Çalışmamızda papiller tiroit kanserli bir kadın hastada tespit etmiş olduğumuz
Cys634Trp ve Arg635Ser mutasyonlarının Toledo ve arkadaşları [169] ile Hoppner
ve arkadaşlarının [170] bildirmiş oldukları bulgularla uyumlu görülmüştür.
De Groot ve ark. (2006) çalışmalarında, sporadik medüller tiroit kanserli yaklaşık
%40-%50 hastada somatik RET proto-onkogen mutasyonları tespit etmişler ve en sık
görülen mutasyonun 918. kodonda görülen Met918Thr mutasyonu olduğunu
belirlemişlerdir. Ancak, 609., 611., 618., 620., 630., 631., 632., 634., 636., 639.,
641., 748., 766., 768., 876., 883., 884., 901., 908., 919., 922., 930. kodonlarda
somatik mutasyonların ve 592. kodondan 607. kodona kadar ve 630., 632., 633.,
634. ve 635. kodonlarda ise delesyonların bulunabileceğini ifade etmişlerdir [170].
Çalışmamız kapsamında RET proto-onkogeninin 11. ekzon bölgesinin 630., 631.,
632., 633., 634. ve 635. kodonlarında mutasyonlar tespit edilmiştir.
Ahmed ve ark. (2005) çalışmalarında, DNA dizi analizi yöntemiyle inceledikleri
akrabalık ilişkileri bulunmayan 12 bireyde RET proto-onkogeninin 10. ve 11. ekzon
bölgelerinde bugüne kadar hiç tanımlanmamış 9 mutasyon tanımlamışlardır. Ahmed
ve arkadaşları tarafından tanımlanmış mutasyonlardan biri, RET proto-onkogeninin
11. ekzon bölgesine ait 631. kodonda GAC (aspartik asit) → GAA (glutamik asit)
değişimi şeklinde ifade olan Asp631Glu mutasyonu olup ailesinde tiroit kanseri
öyküsü mevcut medüller tiroit kanserli 37 yaşındaki bir kadın hastada tespit
edilmiştir [171].
Çalışmamızda, 96 tiroit kanseri hastası içerisinden 2 hastada RET proto-onkogeninin
11. ekzon bölgesine ait 631. kodonda mutasyon tespit edilmiştir. Literatürde Ahmed
ve ark. (2005) tarafından medüller tiroit kanserli bir hastada bildirilmiş olan
160
Asp631Glu mutasyonu, çalışmamızda Asp631Glu mutasyonu papiller tiroit kanserli
1 hastada tespit edilmiştir. Ahmed ve arkadaşları tarafından GAC (aspartik asit) →
GAA (glutamik asit) değişimi şeklinde bildirilmiş olan Asp631Glu mutasyonunun bu
olguda GAC (aspartik asit) → GAG (glutamik asit) değişimi şeklinde ifade olduğu
belirlenmiştir. Asp631Glu mutasyonu tespit etmiş olduğumuz papiller tiroit kanserli
hastanın 632. kodon bölgesinde GAG (glutamik asit) → AGC (serin) değişimi
şeklinde ifade olmuş Glu632Ser, 633. kodon bölgesinde CTG (lösin) → TGG
(triptofan) değişimi şeklinde ifade olmuş Leu633Trp ve 691. kodon bölgesinde GGT
(glisin) → AGT (serin) değişimi şeklinde ifade olmuş Gly691Ser mutasyonları tespit
edilmiştir.
Santoro ve ark. (2006) çalışmalarında, Glu632Ser mutasyonunun 633. kodondaki
lösin amino asiti ile 635. kodondaki arjinin amino asitinin delesyonu (delL633R635) sonucu oluştuğunu bildirmişlerdir [172]. Bu bilgi, tespit etmiş olduğumuz
Glu632Ser mutasyonunun oluşumunu açıklamakta ancak nükleotid değişimleri
hakkında bilgi vermemektedir.
Tiroit kanserli olgularda RET proto-onkogeninin ekzon bölgelerine ait gen
mutasyonlarının tarandığı çalışmaları literatürler ışığında değerlendirdiğimizde GAG
(glutamik asit) → AGC (serin) değişimi şeklinde ifade olan Glu632Ser, CTG (lösin)
→ TGG (triptofan) değişimi şeklinde ifade olan Leu633Trp mutasyonlarının
literatürde tanımlı olmayan mutasyonlar olduğu tespit edilmiştir. Elde etmiş
olduğumuz bu sonucun RET proto-onkogeni ile ilgili araştırmalara yeni ufuklar
getireceği kanaatindeyiz.
Wohllk ve ark. (1996) çalışmalarında, PZR-restriksiyon enzim kesimleme-DNA dizi
analizi yöntemleri ile RET proto-onkogen mutasyonlarını inceledikleri sporadik
medüller tiroit kanserli 101 hastadan 2 hastada RET proto-onkogeninin 11. ekzon
bölgesine ait 691. kodonda GGT (glisin) → AGT (serin) değişimi şeklinde ifade olan
Gly691Ser mutasyonu tespit etmişlerdir [173].
161
Elisei ve ark. (2004) çalışmalarında, 106 sporadik medüller tiroit kanserli hasta ve
106 kontrol grubu olmak üzere toplam 212 bireyde RT-PCR ve DNA dizi analizi
yöntemiyle RET proto-onkogeninin 11. ekzon bölgesinde polimorfizm araştırması
yapmışlar ve 106 sporadik medüller tiroit kanseri hastasından 46 hastada (%27,83)
691. kodonda GGT (glisin) → AGT (serin) değişimi şeklinde ifade olan Gly691Ser
mutasyonu tespit etmişlerdir [174].
Çalışmamız kapsamında Asp631Glu mutasyonu tespit etmiş olduğumuz papiller
tiroit kanserli bir kadın ve bir erkek hastada RET proto-onkogeninin 11. ekzon
bölgesine ait 691. kodonda GGT (glisin) → AGT (serin) değişimi şeklinde ifade olan
Gly691Ser mutasyonu tespit edilmiştir. Çalışmamız kapsamında incelemiş
olduğumuz 87 papiller tiroit kanserli hasta içerisinden 2 hastada (%2,29) Gly691Ser
mutasyonu tespit edilmiştir.
Robledo ve ark. (2003) çalışmalarında, PZR-restriksiyon enzim kesimleme-DNA
dizi analizi yöntemleri ile akrabalık ilişkileri bulunmayan MEN-2A’lı 35 aile ve aile
üyeleri olmak üzere inceledikleri toplam 200 bireyden 104 bireyin RET protoonkogeninin transmembran bölgesi ile tirozin kinaz bölgesi arasında yer alan
sitoplazmik bölgenin uç kısmında oluşan Gly691Ser mutasyonundan etkilendiklerini
bildirmişler ve Gly691Ser mutasyonu ile MEN-2A arasında ilişki olduğunu ifade
etmişlerdir [175].
Diğer araştırmacılar tarafından günümüze kadar yapılmış çeşitli çalışmalarda,
Gly691Ser mutasyonu ile MEN-2A arasında bir ilişki olduğu, ancak Gly691Ser
mutasyonunun çok nadir olarak MEN-2B hastası birkaç olguda görüldüğü ifade
edilmiştir. Ancak, çalışmamızda RET proto-onkogeninin 11. ekzon bölgesinde tespit
etmiş olduğumuz Gly691Ser mutasyonu 2 papiller tiroit kanserli hastada
belirlenmiştir. Elde etmiş olduğumuz bu sonuç, papiller tiroit kanserli hastalarda
GGT (glisin) → AGT (serin) dönüşümü şeklinde ifade olan Gly691Ser
mutasyonunun
detaylı
araştırılması
suretiyle
daha
önce
ortaya
yaklaşımların tekrar gözden geçirilmesi gerekliliğini ortaya koymuştur.
konulmuş
162
Bu tez çalışması kapsamında incelemiş olduğumuz RET proto-onkogeninin 11.ekzon
bölgesine ait 630. kodonda TGC (sistein)→ AGC (serin) değişimi şeklinde ifade olan
Cys630Ser ve TGC (sistein) → CAT (histidin) değişimi şeklinde ifade olan
Cys630His mutasyonu tespit edilmiştir. Cys630His mutasyonu tespit ettiğimiz aynı
hastanın 631. kodon bölgesinde de GAC (aspartik asit) → ACC (treonin) Asp631Thr
mutasyonu tespit edilmiştir.
Ito ve ark. (1997) çalışmalarında, tiroit dokusu C hücrelerinde C611, C618, C620,
C630 ve C634 mutasyonlarının kodona özgü değişken dönüşüm kapasitesini in vitro
olarak göstererek ilk defa DNA analizlerinin prognostik önemi bildirilmiştir [176].
Mulligan ve ark. (1993) ile Donis- Keller ve ark. (1993) çalışmalarında, MEN-2A’lı
hastalarda RET proto-onkogeninin hücre dışı bölgesinde yer alan kodon 630
mutasyonlarının en sık görülen mutasyonlar olduğunu ifade etmişlerdir [177, 178].
Bu tez çalışması kapsamında incelemiş olduğumuz 108 tiroit hastası içerisinden 8
hastada (%7,40) ve RET proto-onkogeninin 11. ekzon bölgesinde mutasyon tespit
etmiş olduğumuz 16 hastadan ise 8 hastada (%50,0 ) 630. kodonda mutasyon
belirlenmiştir.
Ahmed ve ark. (2005) çalışmalarında, MEN-2A’lı ve FMTC’li hastalarda 630.
kodonda yer alan serin amino asitinin fenialalanin, serin veya tirozin amino asitine
değişebileceğini bildirmişlerdir [171].
Toledo ve ark. (2006) RET proto-onkogeni ile medüller tiroit kanseri arasındaki
ilişkiyi araştırdıkları çalışmalarında, RET geninin 11. ekzon bölgesine ait 630. kodon
bölgesinde görülen mutasyonların TGC (sistein) → TAC (tirozin) (Cys630Tyr),
TGC (sistein) → TCC (serin) (Cys630Ser) ve TGC (sistein) → TTC (fenilanin)
(Cys630Phe) değişimleri şeklinde ifade olduklarını bildirmişlerdir [169].
163
Çalışmamızda 630. kodon bölgesi mutasyonları 7 bireyde TGC (sistein)→ AGC
(serin) (Cys630Ser) ve 1 bireyde ise TGC (sistein) → CAT (histidin) (Cys630His)
anlamlı mutasyonları şeklinde tespit edilmiştir.
Tiroit kanserli olgularda RET proto-onkogeninin ekzon bölgelerine ait gen
mutasyonlarının tarandığı çalışmaları literatürler ışığında değerlendirdiğimizde
Cys630Ser mutasyonunun TGC (sistein) → TCC (serin) değişimi şeklinde ifade
olduğu tespit edilmiştir. Ancak, bizim çalışmamızda Cys630Ser mutasyonu TGC
(sistein)→ AGC (serin) değişimi şeklinde ifade olmuştur. Elde etmiş olduğumuz bu
sonucun RET proto-onkogeni ile ilgili araştırmalara katkı sağlaması açısından önemli
olabileceği kanaatindeyiz.
Literatürlerden elde ettiğimiz bilgiler sonucu RET proto-onkogenine ait 11. ekzon
bölgesinin 630. kodonunda tespit etmiş olduğumuz TGC (sistein) → CAT (histidin)
değişimi şeklinde ifade olan Cys630His anlamlı mutasyonunun ise literatürde henüz
tanımlı olmayan bir mutasyon olduğu tespit edilmiştir. Elde etmiş olduğumuz bu
sonucun kapsamlı olarak araştırılarak RET proto-onkogeni ile ilgili araştırmalara ve
tedaviye yönelik uygulamalara yeni boyutlar getireceğini düşünmekteyiz.
Toledo ve ark. (2006) RET proto-onkogeni ve medüller tiroit kanserleri arasındaki
ilişkiyi araştırdıkları çalışmalarında, ailevi medüller tiroit kanseri ve multipl endokrin
neoplazi hastalarının yaklaşık %0-1’inde hastalık ile RET proto-onkogenine ait 11.
ekzon bölgesinin 630. kodonuna özgü tanımlanmış mutasyonlar arasında bir ilişki
olduğunu bildirmişlerdir [169].
Yine çalışmamızda Cys630Ser mutasyonu tespit ettiğimiz 7 olgudan 1 olgu
multinodüler guatr, 1 olgu folliküler tiroit kanseri ve 5 olgu ise papiller tiroit
kanseridir. Elde ettiğimiz bu sonuçların, daha önce ortaya konulmuş 630. kodon
mutasyonları ile medüller tiroit kanseri arasında bir ilişki olduğu yaklaşımı tekrar
gözden geçirilerek Cys630 mutasyonlarının multinodüler guatr, papiller ve folliküler
tiroit kanserli olgularda kapsamlı olarak araştırılarak tedaviye yönelik uygulamalara
yeni ufuklar getireceği düşünülmektedir.
164
Tiroit kanserli olgularda RET proto-onkogeninin ekzon bölgelerine ait gen
mutasyonlarının tarandığı çalışmaları literatürler ışığında değerlendirdiğimizde,
çalışmamız kapsamında tiroit kanserli olgularda incelediğimiz RET protoonkogeninin 11. ekzon bölgesinde tespit etmiş olduğumuz FTC’li kadın hastada 630.
kodonda TGC (sistein) → CAT (histidin), multinodüler guatrlı bir kadın hastada 632.
kodonda GAG (glutamik asit) → AGC (serin), 633. kodonda CTG (lösin) → TGG
(triptofan), PTC’li kadın hastada 634. kodonda TGC (sistein) → TGG (triptofan),
635. kodonda CGC (arjinin) → AGC (serin), 637. kodonda GTG (valin) → GTT
(valin), PTC’li bir erkek hastada 659. kodonda TGC (sistein) → TAC (tirozin), 662.
kodonda AAG (lizin) → AGT (serin), 691. kodonda GGT (gly) → GGG ( gly), 697.
kodonda CTG (leu) → ATG (met), PTC’li bir kadın hastada 701. kodonda GAG
(glutamik asit) → AAG (lizin), 702. kodonda AAC (asparajin) → AAA (lizin) ve
703. kodonda CAG (glutamin) → AAG (lizin) değişimi şeklinde ifade olan
mutasyonların literatürde henüz tanımlı olmayan mutasyonlar olduğu tespit
edilmiştir.
Romeo ve ark. (1994) çalışmalarında, akrabalık ilişkileri bulunmayan 27
Hirschsprung’s hastalığına sahip birey ve 31 kontrol grubu olmak üzere PZR-SSCP
yöntemiyle 58 olgu incelemişlerdir. İncelemiş oldukları 27 hastanın 23’ünde RET
proto-onkogeninin ekzon 3, 6, 8, 9, 10, 11, 13, 14, 15, 16, 17 ve 18 bölgesinde gen
mutasyonları tespit etmişler, ancak yalnızca bir olguda RET proto-onkogeninin 13.
ekzon bölgesine ait 765. kodonda serin → prolin anlamlı mutasyonu bulmuşlardır
[179].
Çalışmamız kapsamında incelemiş olduğumuz 108 tiroit hastası içerisinden 2
hastada 765. kodonda mutasyon tespit edilmiştir. 765. kodonda mutasyon saptanmış
hastalardan multinodüler guatrlı erkek hastada Romeo ve arkadaşlarının çalışmaları
ile uyumlu olarak TCC (serin) → CCC (prolin) değişimi şeklinde ifade olan
Ser765Pro mutasyonu görülmüştür. Ancak, 13. ekzon bölgesine ait 765. kodonda
mutasyon saptamış olduğumuz papiller tiroit kanserli kadın hastada TCC (serin) →
TGC (sistein) değişimi şeklinde ifade olan Ser765Cys mutasyonu tespit edilmiştir.
165
Tiroit kanserli olgularda RET proto-onkogeninin ekzon bölgelerine ait gen
mutasyonlarının tarandığı çalışmaları literatürler ışığında değerlendirdiğimizde tespit
etmiş olduğumuz Ser765Cys mutasyonunun literatürde henüz tanımlı olmayan bir
mutasyon olduğu tespit edilmiştir. Elde etmiş olduğumuz bu sonuç, RET protoonkogeni ile ilgili araştırmalara katkı sağlaması açısından önemli olabileceğini
düşündürmektedir.
Fitze ve ark. (1999) çalışmalarında DNA dizi analizi yöntemiyle sporadik
Hirschsprung’s hastalığına sahip 62 hasta ve 156 kontrol grubu incelemişler ve RET
proto-onkogeninin ekzon 13 bölgesine ait 769. kodon bölgesinde CTT (lösin) →
CTG (lösin) sessiz mutasyonu tespit etmişlerdir [180].
Çalışmamızda, DNA dizi analizi yöntemi ile incelediğimiz 108 tiroit hastası
içerisinde yer alan 96 papiller tiroit kanserli hastadan 23 hastada (%23,95), 5
folliküler tiroit kanserli hastadan 2 hastada (%40,0) ve 2 anaplastik tiroit kanserli
hastanın ikisinde de (%100) olmak üzere toplam 96 tiroit kanseri hastasından 27
hastada (%28,12) RET proto-onkogenine ait 13. ekzon bölgesinin 769. kodonunda
CTT (lösin) → CTG (lösin) sessiz mutasyonu tespit edilmiştir.
Tiroit kanserli olgularda RET proto-onkogeninin ekzon bölgelerine ait gen
mutasyonlarının tarandığı çalışmaları literatürler ışığında değerlendirdiğimizde,
çalışmamız kapsamında tiroit kanserli olgularda incelediğimiz RET protoonkogeninin 13. ekzon bölgesinde tespit etmiş olduğumuz papiller tiroit kanserli
kadın olguda 763. kodonda AAC (aspartik asit) → AAT (aspartik asit), 765.
kodonda TCC (serin) → TGC (sistein), multinodüler guatrlı erkek hastada 767.
kodonda AGC (serin) → AGG (arjinin), papiller tiroit kanserli kadın hastada 770.
kodonda CGA (arjinin) → CAA (glutamik asit) ve 795. kodonda AGC (serin) →
ACC (treonin) değişimi şeklinde ifade olan mutasyonların literatürde henüz tanımlı
olmayan mutasyonlar olduğu tespit edilmiştir.
166
Bu tez çalışmasında tanımlanmış olan mutasyonlar, tiroit kanseri ve tiroit
rahatsızlıkları patogenezinde oynadıkları rolün anlaşılabilmesi ve RET protoonkogeninin genetik profilinin belirlenmesine yönelik olarak ileride yapılacak gen
ifadesi çalışmalarına bir temel oluşturmaktadır. Yine DNA dizi analizinin
yapılmasıyla tanımlı mutasyonların dışında değişimler saptanarak literatüre katkıda
bulunulmuştur. Elde edilen verilerin klinisyenlerle paylaşılmasıyla, hasta yakınları
bilgilendirilmiş ve tiroit kanseri tanılı kişilerin ailelerinin taranmasıyla küçük yaşta
tanı konulması güç olan kardeşlerin takip ve tedavilerinin yapılması için veri
sağlanmıştır. Böylece bu kişilere, erken teşhis konularak hastalığın ilerlemesinin
engellenebileceği öngörülmektedir. Tespit edilen mutasyonların moleküler etkilerini
saptamaya yönelik daha fazla örnek üzerinde bağlantı (linkaj) analizleri yapılarak
tiroit kanseri ve tiroit rahatsızlıklarının patogenezine olası etkileri ileriki çalışmalar
ile desteklenmelidir.
167
Çizelge 5.1. Çalışmamız kapsamında RET proto-onkogeninin 10, 11. ve 13. ekzon
bölgelerinde tespit etmiş olduğumuz mutasyonlar, kodon bölgeleri ile
kanser tipi ve hastaların cinsiyetleri arasındaki ilişkinin gösterimi
Olgu Cinsiyet Kodon Ekzon
No
Mutasyon Tipi
Kanser Tipi
2
Kadın
769
13
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
8
Erkek
691
697
11
11
GGT (gly) → GGG (gly)
CTG (leu) → ATG (met)
Papiller Tiroit Kanseri
9
Kadın
769
13
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
34
Kadın
769
13
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
91
Kadın
795
13
AGC (ser) → ACC (thr)
Papiller Tiroit Kanseri
631
632
633
691
11
11
11
11
GAC (asp) → GAG (glu)
GAG (glu) → AGC (ser)
CTG (leu) → TGG (trp)
GGT (gly) → AGT (ser)
96
Kadın
Multinodüler Guatr
97
Kadın
769
13
CTT (leu) → CTG (leu)
Anaplastik Tiroit Kanseri
99
Kadın
769
13
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
100
Kadın
634
635
11
11
TGC (cys) → TGG (trp)
CGC (arg) → AGC (ser)
Papiller Tiroit Kanseri
101
Kadın
637
11
GTG (val) → GTT (val)
Papiller Tiroit Kanseri
103
Kadın
630
702
11
11
TGC (cys) → AGC (ser)
AAC (asn) → AAA (lys)
Papiller Tiroit Kanseri
109
Kadın
630
11
TGC (cys) → AGC (ser)
Multinodüler Guatr
110
Kadın
765
767
13
13
TCC (ser) → CCC (pro)
AGC (ser) → AGG (arg)
Multinodüler Guatr
112
Kadın
630
11
TGC (cys) → AGC (ser)
Papiller Tiroit Kanseri
114
Erkek
769
13
CTT (leu) → CTG (leu)
Anaplastik Tiroit Kanseri
124
Kadın
769
13
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
128
Erkek
701
702
703
11
11
11
GAG (glu) → AAG (lys)
AAC (arg) → AAA (lys)
CAG (gln) → AAG (lys)
Papiller Tiroit Kanseri
168
Çizelge 5.1 (Devam). Çalışmamız kapsamında RET proto-onkogeninin 10, 11. ve 13.
ekzon bölgelerinde tespit etmiş olduğumuz mutasyonlar,
kodon bölgeleri ile kanser tipi ve hastaların cinsiyetleri
arasındaki ilişkinin gösterimi
Olgu Cinsiyet Kodon Ekzon
No
Mutasyon Tipi
Kanser Tipi
129
Erkek
769
13
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
130
Erkek
659
662
11
11
TGC (cys) → TAC (tyr)
AAG (lys) → AGT (ser)
Papiller Tiroit Kanseri
132
Erkek
769
13
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
133
Erkek
691
11
GGT (gly) → AGT (ser)
Papiller Tiroit Kanseri
136
Erkek
769
13
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
137
Kadın
630
769
11
13
TGC (cys) → AGC (ser)
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
138
Kadın
630
11
TGC (cys) → AGC (ser)
Papiller Tiroit Kanseri
141
Kadın
630
11
TGC (cys) → AGC (ser)
Papiller Tiroit Kanseri
142
Kadın
769
13
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
143
Kadın
630
769
11
13
TGC (cys) → AGC (ser)
CTT (leu) → CTG (leu)
Folliküler Tiroit Kanseri
144
Kadın
769
13
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
146
Kadın
769
13
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
150
Kadın
769
13
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
151
Kadın
769
13
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
152
Kadın
763
13
AAC (asp) → AAT (asp)
Papiller Tiroit Kanseri
157
Kadın
769
13
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
162
Kadın
769
13
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
164
Kadın
767
769
13
13
AGT (ser) → AGG (arg)
CTT (leu) → CTG (leu)
Folliküler Tiroit Kanseri
166
Kadın
769
13
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
169
Çizelge 5.1 (Devam). Çalışmamız kapsamında RET geninin 10, 11. ve 13. ekzon
bölgelerinde tespit etmiş olduğumuz mutasyonlar, kodon
bölgeleri ile kanser tipi ve hastaların cinsiyetleri arasındaki
ilişkinin gösterimi
Olgu Cinsiyet Kodon Ekzon
No
Mutasyon Tipi
Kanser Tipi
168
Kadın
769
13
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
169
Kadın
769
13
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
171
Kadın
765
770
13
13
TCC (ser)→ TGC (cys)
CGA (arg)→ CAA (glu)
Papiller Tiroit Kanseri
180
Kadın
769
13
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
183
Kadın
769
13
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
187
Kadın
630
631
11
11
TGC (cys) → AGC (ser)
GAC (asp) → ACC (thr)
Folliküler Tiroit Kanseri
192
Kadın
769
13
CTT (leu) → CTG (leu)
Papiller Tiroit Kanseri
170
KAYNAKLAR
1.
Stewart, B.W., Kleihues, P., “World Cancer Report”, International Agency
For Research On Cancer Publications, 11-21 (2003).
2.
Sherman, C.D., Camlan, K.C., Eckhardt, S., “Klinik Onkoloji”, Sağlık
Bakanlığı Türk Kanser Araştırma ve Savaş Kurumu Yayınları, Ankara, 4.
Baskı, 9-145 (1990).
3.
Rosai, J., “Thyroid Gland”, Ackerman’s Surgical Patholgy, Vol. I, 7th ed,
Chapter 9, (ed.) Rosai, J., The C. V. Mosby Company, St. Louis, Toronto,
Washington D.C., 493-567 (1995).
4.
DeLellis, R.A., Lloyd, R.V., Heitz, P.U., Eng C., “Pathology And Genetics Of
Tumours Of Endocrine Organs”, International Agency For Research On
Cancer, Press Release, 50-66 (2004).
5.
Bramley, M.D., Harrison, B.J., “Papillary Microcarcinoma Of The Thyroid
Gland”, British Journal Of Surgery, 83: 1674-1683 (1996).
6.
Sadler, G.P., Clark, O.H., VonHeerden, J.A., Forley, D.A., “Thyroid And
Parathyroid”, Principles of Surgery, 7th ed., (ed.) Schwartz, S.I., Shires, G.T.,
Spencer, F.C., Mc Graw-Hill, New York, 1661-1713 (1999).
7.
Schneider, A., Ron, E., “Carcinoma Of Follicular Epithelium”, The Thyroid,
8th ed., (ed.) Braverman, L.E., Utiger, R.D., Werner & Ingbar’s, Lippincott
Williams & Wilkins, Philadelphia, 875-886 (2000).
8.
LiVolsi, V.A., “Pathology Of Thyroid Diseases”, The Thyroid, 8th ed., (ed.)
Braverman, L.E., Utiger, R.D., Werner & Ingbar’s, Lippencott Williams &
Wilkins, Philadelphia, 488-587 (2000).
9.
Tuncer, A.M., “Türkiye’de Kanser Kontrolü”, Onur Matbaacılık, Ankara, 1113 (2007).
10.
İşgör, A., “Tiroit Fizyolojisi”, Tiroit Hastalıkları Ve Cerrahisi, (ed.) İşgör, A.,
Avrupa Tıp Kitapçılık, İstanbul, 69-122 (2000).
11.
Hetzel, B.S., Dunn, J.T., Stanbury, J.B., “The Prevention And Control Of
Iodine Deficiency Disorders”, Elsevier, Amsterdam, 31-34 (l987).
12.
De Groot, L.J., Larsen, P.R., Hennemann, G., “The Thyroid And Its
Diseases”, 6th ed., Churchill Livingstone, Philadelphia, 342-346 (l996).
13.
Urgancıoğlu, İ., Hatemi, H., “Türkiye’de Endemik Guatr”, Cerrahpaşa Tıp
Fakültesi, Nükleer Tıp Anabilim Dalı, Yayın No: 14, Emek Matbaacılık,
İstanbul, 5-10 (l989).
171
14.
Koloğlu, S., Koloğlu, L.B., “Türkiye’de Endemik Guatr Etiyopatogenezi”,
İstanbul Tıp Kurultayı Tutanakları, İstanbul, 63-70 (l977).
15.
Koloğlu, S., Koloğlu, B., “Türkiye’de Endemik Guatrın Patojenezi”, İstanbul
Tıp Kurultayı, Sermet Matbaası, İstanbul, 35-77 (1997).
16.
Braverman, L.E., “Diseases Of The Thyroid”, Humana Press, New Jersey, 130 (l997).
17.
Editorial, “Radiation Induced Thyroid Cancer”, The Lancet, 2:21 (1985).
18.
Hurng-Seng, W.J., Young, M.T., Clark, O.H., “Tiroit Kanserlerine Genel
Bakış”, Tiroit Hastalıkları Ve Cerrahisi, (ed.) İşgör, A., Avrupa Tıp
Kitapçılık, İstanbul, 367-381 (2000).
19.
Başkan, S., Koçak, S., “Papiller Tiroid Karsinomu”, Tiroid Hastalıkları Ve
Cerrahisi, (ed.) İşgör, A., Avrupa Tıp Kitapçılık, İstanbul, 8: 383-426 (2000).
20.
Goretzki, P., Gorelev, V., Dietmar, S., Roeher, H., “Oncogenes In Thyroid
Tumors”, Textbook Of Endocrine Surgery, W.B. Saunders Company,
Philadelphia, 228-250 (1997).
21.
Bongarzone, I., Fugazzola, L., Vigneri, P., “Age-Related Activation Of The
Thyrosine Kinase Receptor Protooncogenes RET And NTRK1 In Papillary
Thyroid Carcinoma”, Journal Of Clinical Endocrinology & Metabolism, 81:
2006-2009 (1996).
22.
Santoro, M., Carlomogno, F., Hay, I.D., “RET Oncogene Activation In
Human Thyroid Neoplasms Is Restricted To The Papillary Cancer Subtype”,
Journal of Endocrinological Investigation, 89: 1517-1522 (1992).
23.
Santoro, M., Rosato, R., Grieco, M., “The RET Proto-Oncogene Is
Consistently Expressed In Human Pheochromocytomas And Thyroid
Medullary Carcinomas”, Oncogene, 5: 1595-1598 (1990).
24.
Goodfellow, P.J., Wells, S.A., “RET Gene And Its Implications For Cancer”,
Journal of National Cancer Institute, 87 (20): 1515-1522 (1995).
25.
Bongarzone, I., Monzini, N., Borrello, M.G., “Molecular Characterization Of
A Thyroid Tumor-Specific Transforming Sequence Formed By The Fusion
Of RET Tyrosine Kinase And The Regulatory Subunit RI Alpha Of Cyclic
AMP-Dependent Protein Kinase A, Molecular And Cellular Biology, 13:
358-366 (1993).
26.
Moretti, F., Nanni, S., Pontecorvi, A., “Molecular Pathogenesis Of Thyroid
Nodules And Cancer”, Bailliere’s Clinical Endocrinology And Metabolism,
14: 517-539 (2000).
172
27.
Takahashi, M., Ritz, J., Cooper, G.M., “Activation Of A Novel Human
Transforming Gene, RET, By DNA Rearrangement”, Cell, 42: 581-588
(1985).
28.
Takahashi, M., Cooper, G.M., “RET Transforming Gene Encodes A Fusion
Protein Homologous To Tyrosine Kinases”, Molecular And Cellular Biology,
3: 1378-1385 (1987).
29.
Takahashi, M., Buma, Y., Iwamoto, T., “Cloning And Expression Of The
RET Proto-Oncogene Encoding A Receptor Tyrosine Kinase With Two
Potential Transmembrane Domains”, Oncogene, 3: 571-578 (1988).
30.
Nakamura, T., Ishizaka, Y., Nagao, M., “Expression Of The RET ProtoOncogene Product In Human Normal And Neoplastic Tissues Of Neural Crest
Origin”, Journal Of Pathology, 172: 255-260 (1994).
31.
Munnes, M., Patrone, G., Schmitz, B., Romeo, G., Doerfler, W.A., “5’-CG3’-Rich Region In The Promoter of The Transcriptionally Frequently Silenced
RET Protooncogene Lacks Methylated Cytidine Residues”, Oncogene, 17:
2573-2583 (1998).
32.
Passini, B., Ceccherini, I., Romeo, G., “RET Mutations In Human Disease”,
Trends In Genetics, 12 (4): 138-144 (1996).
33.
Santoro, M., Papotti, M., Chiappetta, G., “RET Activation And
Clinicopathologic Features In Poorly Differentiated Thyroid Tumors”,
Journal Of Clinical Endocrinology & Metabolism, 87: 370-379 (2002).
34.
Fusco, A., Grieco, M., Santoro, M., Berlingieri, M.T., Pilotti, S., Pierotti, M.
A., Della Porta, G., Vecchio, G., “A New Oncogene In Human Thyroid
Papillary Carcinomas And Their Lymph Nodal Metastases”, Nature, 328:
170-172 (1987).
35.
Grauer, A., Raue, F., Gagel, R.F., “Changing Concepts In The Management
Of Hereditary And Sporadic Medullary Thyroid Carcinoma”, Endocrinology
& Metabolism Clinics Of North America, 19: 613-635 (1990).
36.
Bongarzone, I., Butti, M.G., Coronelli S., “Frequent Activation Of The RET
Proto-Oncogene By Fusion With A New Activating Gene In Papillary
Thyroid Carcinomas”, Cancer Research, 54: 2979-2985 (1994).
37.
Trueba, G.P., Sanchez, G.M., Giuliani, A., “Oxygen Free Radical And
Antioxidant Defense Mechanism In Cancer”, Frontiers In Bioscience, 9:
2029-2044 (2004).
38.
Thampson, M., McInnes, R., Willard, H., “Genetics in Medicine”, 5. Baskı,
W.B. Saunders Company, Philadelphia, 365-381 (1991).
173
39.
Kutluk, T., Kars, A., “Kanser Konusunda Genel Bilgiler”, Türk Kanser
Araştırma ve Savaş Kurumu Yayınları, Ankara, 7-112 (1994).
40.
Nussbaum, R.L., Mclnnes, R.R., Willard, H.F., “Thompson&Thompson Tıbbi
Genetik”, 6. Baskı, Güneş Kitabevi, Ankara, 311-320 (2005).
41.
Klug, W.S., Cummings, M.R., “Genetik”, (ed). Öner, C., Palme Yayıncılık,
Ankara, 646-647 (2003).
42.
Kumar, V.K., Cotran, R.S., Robbins, S.L., “Temel Patoloji”, 7. Baskı, Nobel
Yayınevi, İstanbul, 171-196 (2003).
43.
İnternet: Altınışık, M., Adnan Menderes Üniversitesi “Ders Notları”,
http://www.mustafaaltinisik.org.uk/34-1-4-18.ppt (2004).
44.
Klaunig, J.E., Kamendulis, L.M., “The Role Of Oxidative Stress In
Carcinogenesis”, Annual Review of Pharmacology and Toxicology, 44: 239267 (2004).
45.
Dreher, D., Junod, A.F., “Role Of Oxygen Free Radicals In Cancer
Development”, European Journal of Cancer, 32A: 30-38 (1996).
46.
Loft, S., Poulsen, H.E., “Cancer Risk and Oxidative DNA Damage In Man”,
Journal Of Molecular Medicine, 74: 297- 312 (1996).
47.
Valko, M., Rhodes, C.J., Moncol, J., Izakovic, M., Mazur, M., “Free Radicals,
Metals, Antioxidants In Oxidative Stress-Induced Cancer”, ChemicoBiological Interactions, 160: 1- 40 (2006).
48.
Hursting, S., Kari, F., “The Anti-Carcinogenic Effects Of Dietary Restriction:
Mechanisms And Future Directions”, Mutation Research-Reviews In
Mutation Research, 443: 235-249 (1999).
49.
Cotran, R.S., Kumar, V.K., Collins, T.C., “Neoplasia”, Robbins Pathologic
Basis of Disease, (ed). Cotran, R.S., Kumar, V.K., Collins, T.C., W.B.
Saunders Company, Philadelphia, 260-327 (1999).
50.
Akaydın, M., Çolak, T., İşgör, A., “Tiroit Onkogenezi”, Tiroit Hastalıkları Ve
Cerrahisi, (ed.) İşgör, A., Avrupa Tıp Kitapçılık, İstanbul, 123-149 (2000).
51.
Tchia, M.M., Holmes, M.D., McLennan, G., “The Molecular Biology Of
Lung Cancer”, The Medical Journal Of Australia, 154: 501-503 (1991).
52.
Stehelin, D., Varmus, H.E., Bishop, J.M., Vogt, P.K., “DNA Related To The
Transforming Gene(s) Of Avian Sarcoma Virus(es) Is Present In Normal
Avian DNA”, Nature, 260: 170-173 (1976).
174
53.
İşgör, A., “Temel Moleküler Biyoloji”, Tiroit Hastalıkları Ve Cerrahisi, (ed.)
İşgör, A., Avrupa Tıp Kitapçılık, İstanbul, 33-59 (2000).
54.
Rabbitts, T.H., “Chromosomal Translocations In Human Cancer”, Nature,
372: 143 (1994).
55.
Kastner, P., Mark, M., Champon, P., “Non Steroid Nuclear Receptors: What
Are Genetic Studies Telling Us About Their Role In Real Life?”, Cell, 83:
859 (1995).
56.
Clark, O.H., Duh, Q.Y., “Thyroid Growth Factors And Oncogenes,
Oncegenes And Tumor Supressor Genes In Human Malignancies”, Kluwer
Academic Publishers, Netherlands, 88-103 (1993).
57.
İşgör, A., “Neoplazmların Moleküler Patogenezi”, Tiroit Hastalıkları Ve
Cerrahisi, (ed.) İşgör, A., Avrupa Tıp Kitapçılık, İstanbul, 61-67 (2000).
58.
Başaran, A., Tıbbi Biyoloji Ders Kitabı, 7. Baskı, Güneş & Nobel Tıp
Kitabevleri, Bursa, 121-125 (2005).
59.
Duh, Q.Y., Grossman, R.F., “Thyroid Growth Factors, Signal Transduction
Pathways And Oncogenes”, The Surgical Clinics Of North America, 75:
421, (1995).
60.
Chen-Levy, Z., Cleary, M.L., “Membran Topology Of The Bcl-2 ProtoOncogenic Protein Demonstrated In-Vitro”, Journal Of Biological
Chemistry, 25: 4929-4933 (1990).
61.
Mckay, I.A., “Types Of Growth Factor Activity: Detection And
Characterization Of New Growth Factor Activities”, (ed.) McKay, I., Leigh,
I., Growth Factors; A Practical Approach, Oxford University Press, New
York, 1 (1993).
62.
Siegfried, J.M., Demichele, M.A.A., Davis, A.G., “Growth Factors And
Receptors In Nonsmall Cell Lung Cancer”, Lung Tumors Fundamental
Biology And Clinical Management, (ed.) Brambilla, C., Brambilla, E., Marcel
Dekker Encyclopedias, New York, 317- 336 (1993).
63.
Rabiasz, G.J., Langdon, S.P., Bartlett, J.M.S., “Growth Control By Epidermal
Growth Factor And Transforming Growth Factor In Human Lung Squamous
Carcinoma Cells”, British Journal Of Cancer, 66: 254-259 (1992).
64.
Takanami, I., Imamura, T., Hashizume, T., “Expression Of PDGF, IGF-II, βFGF And TGF-β1 In Pulmonary Adenocarcinoma”, Pathology Research And
Practice, 192: 1113-1120 (1996).
175
65.
Ulrich, A., Schlessinger, J., “Signal Transduction By Receptor With Thyrosin
Kinase Activity Cell”, Cell, 61 (2): 203-212 (1990).
66.
Druker, B.J., Mamon, H.J., Roberts, T.M., “Oncogenes, Growth Factors And
Signal Transduction”, The New England Journal Of Medicine, 321: 1383
(1989).
67.
Krontiris, T.G., “Molecular Medicine: Oncogenes”, The New England
Journal Of Medicine, 333: 303 (1995).
68.
Latchman, D.S., “Transcription-Factor Mutations And Disease”, The New
England Journal Of Medicine, 334: 28 (1995).
69.
Friend, S.H., Dryja, T.P., Weinberg, R.A., “Oncogenes And TumorSupressing Genes”, The New England Journal Of Medicine, 318: 618
(1988).
70.
Samara G., Hurwitz, M., Sawicki, M., Passora, E., “Molecular Mechanisms
Of Tumor Formation”, The American Journal Of Surgical Pathology, 164:
389 (1992).
71.
Hurwitz, M., Sawicki, M., Samara, G., Passora, E., “Diagnostic And
Prognostic Molecular Markers In Cancer”, The American Journal Of
Surgical Pathology, 164: 299 (1992).
72.
Ito, Y., Kobayashi, T., Takede, T., “Expression Of P21 Protein In Clinical
Thyroid Tissues”, British Journal Of Cancer, 74: 1269-1274 (1996).
73.
Shi, Y., Zou, M., Farid, N.R., “Evidence Of Gene Deletion Of P21
(WAF1/CIP1), A Cyclin-Dependent Protein Kinase Inhibitor In Thyroid
Carcinoma”, British Journal Of Cancer, 74: 1336-1341 (1996).
74.
Knudson, A.G.Jr., “Retinoblastoma, A Prototypic Hereditary Neoplasm”,
Seminars In Oncology, 5: 57-60 (1978).
75.
Matsuo, K., Friedman, E., Gejman, P.V., “The Thyrotropin Receptor Is Not A
Oncogene For Thyroid Tumors”, Journal Of Clinical Endocrinology &
Metabolism, 76: 1446-1451 (1993).
76.
Groeger, A.M., Esposito, V., Mueller, M.R., “Advances In The
Understanding Of Lung Cancer”, Anticancer Research, 17: 2519-2522
(1997).
77.
Fong, K.M., Minna, J.D., “Molecular Biology Of Lung Cancer: Clinical
Implication”, Clinics In Chest Medicine, 23: 83-101 (2002).
176
78.
Levin, W.J., Casey, G., Ramos, J.C., “Tumor Suppressor And Immediate
Early Transcription Factor Genes In Nonsmall Cell Lung Cancer”, Clinics In
Chest Medicine, 106: 372-376 (1994).
79.
Sclafani, R.A., Schaurer, I.E., Langan, T.A., “Alterations In Cell Cycle
Control In Lung Cancer”, Biology Of Lung Cancer, (ed.) Kane, M.A., Bunn,
P.A., Marcel Dekker Encyclopedias, New York, 295-315 (1998).
80.
Oren, M., “Relationship Of P53 To The Control Of Apoptotic Cell Death”,
Seminars In Cancer Biology, 5: 221-227 (1994).
81.
Rotter, V., Aloni-Grinstein, R., Schwartz, D., “ Does Wild Type P53 Play A
Role In Normal Cell Differentiation”, Seminars In Cancer Biology, 5: 229236 (1994).
82.
Aloni-Grinstein, R., Schwartz, D., Rotter, V., “Accumulation Of Wild Type
p53 Protein Upon Gamma Irradiation Induces A G2 Arrest-Dependent
Immunoglobulin Kappa Light Chain Gene Expression”, European Molecular
Biology Organization Journal, 14: 101-110 (1995).
83.
Pollard, D., Earnshaw, C., “Cell Biology”, Elsevier Science, U.S.A., 260-285
(2002).
84.
İnternet: Cumhuriyet Üniversitesi, “Ders Notları”,
http://tip.cumhuriyet.edu.tr/cutf/Donem1/DonemI20052006/2006II/izzetYelk
ovan/index.htm (2006).
85.
Hunt, T., Murray, A., “The Cell Cycle”, Freeman, New York, 449-454
(1993).
86.
Nurse, P., Masui, Y., Hartwell, L., “The Cell Cycle”, Nature Medicine, 4:
1103-1106 (1998).
87.
Tood, R., Hinds, P.W., Munger, K., Rustgi, A.K., Opitz, O.G., Suliman, Y.,
Wong, D.T., “Cell Cycle Dysregulation In Oral Kanser”, Critical Reviews In
Oral Biology & Medicine, 13 (1): 51-61 (2002).
88.
Wachsberger, P., Burd, R., Dicker, A.P., “Tumor Response To Ionizing
Radiation Combined With Antiangiogenesis Or Vascular Targeting Agents:
Exploring Mechanisms Of Interaction”, Clinical Cancer Research, 9: 19571971 (2003).
89.
Skandalakis, J.E., Skandalakis, P.N., Skandalakis, L.J., “Anatomy Of The
Thyroid Gland”, Surgical Anatomy And Technique, Springer-Verlag, New
York, 31-44 (1995).
177
90.
Henry, J.F., “Surgical Anatomy and Embryology Of The Thyroid And
Parathyroid Glands And Recurrent and External Laryngeal Nerves”, Textbook
of Endocrine Surgery, 4th ed., (ed.) Clark, O.H., Duh, Q.Y., W. B. Saunders
Company, Philadelphia, 8-14 (1997).
91.
İnternet: Mayo Clinic And Foundation For Medical Education And Research
“Thyroid Cancer”,
www.mayoclinic.org/thyroid-cancer/ - 30k (2008).
92.
Rhodin, J.A.G., “An Atlas Of Ultrastructure”, W. B. Saunders Company,
Philadelphia, 80 (1995).
93.
Papotti, M., Gugliotta, P., Fote, G., “Immunocytochemical Identification Of
Oxyphilic Mitochondrion-Rich Cells, Applied Immunohistochemistry &
Molecular Morpology, 2: 261 (1994).
94.
İnternet: Başkent Üniversitesi, “Ders Notları”,
www.baskent.edu.tr/~scanan/ -18k (2006).
95.
DeLange, F., “Iodine Nutrition And Congenital Hypothyroidism”, Research
In Congenital Hypothyroidism, 1st ed., (ed.) Fisher, D.A., Gilnoer, D.,
Plenum Press, New York, 173-185 (1989).
96.
Mederros-Neto, G., “Iodine Deficiency Disorders”, Endocrinology, 4th ed.,
(ed.) DeDrooth, L. J., Jameson, L.J.W., W.B. Saunders Company,
Philedelphia, 1529-1537 (2001).
97.
Arthur, C., Guyton, M.D., “Tıbbi Fizyoloji II”, Mert Yayıncılık, İstanbul, 11125 (1987).
98.
Larsen, P.R., Ingbar, S.H., “The Thyroid Gland”, Williams Textbook Of
Endocrinology, 8th ed., (ed.) Wilson, D.J., Foster, D.W., W.B. Saunders
Company, Philadelphia, 357-487 (1992).
99.
McLachan, S.M., Rapoport, B., “The Molecular Biology Of Thyroid
Peroxidase: Cloning, Expression And A Role As An Aautoantigen In
Autoimmune Disease”, Endocrine Reviews, 13: 192 (1992).
100.
Delange, F., Benker, G., Caron, P., “Thyroid Volume And Urinary Iodine In
European Schoolchildren: Standardization Of Values For Assessment Of
Iodine Deficiency”, European Journal Of Endocrinology, 136: 180-187
(1997).
101.
Hatemi, H., “Endemik Guatr (Ötiroid Diffüz Ve Nodüler Guatr)”, İstanbul
Üniversitesi Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Sürekli Tıp Eğitimi Etkinlikleri, Tiroid
Hastalıkları Sempozyumu, İstanbul, 7-11 (1999).
178
102.
Livolsi, V.A., Asa, S.L., “The Demise Of Follicular Carcinoma Of The
Thyroid Gland”, Thyroid, 4: 233 (1994).
103.
Dunn, J.T.. “Editorial: What Is Happening To Our Iodine?”, Journal Of
Clinical Endocrinology & Metabolism, 33: 3398-3400 (1998).
104.
Barutçugil, M.D., “Bakırköy Bölgesi Bir İlköğretim Okulu Öğrencilerinde
İdrar İyot Atılımı Ve Guatr Prevalansı”, Uzmanlık Tezi, Bakırköy Dr. Sadi
Konuk Eğitim Ve Araştırma Hastanesi, İstanbul, 6-44 (1995).
105.
Kaynaroğlu, Z.V., “Tiroid Fizyolojisi Ve Fonksiyon Testleri”, Temel Cerrahi,
2. Baskı, (ed.) Sayek, İ., Güneş Kitabevi, Ankara, 15: 1523-1524 (1996).
106.
Baker, J.R. Fosso, C.K., “Immunological Aspects Of Cancers Arising From
Thyroid Follicular Cells”, Endocrine Reviews, 14: 729 (1993).
107.
Tezelman, S.T., Siperstein, A.E., “Signal Transduction In Thyroid
Neoplasms”, Textbook Of Endocrine Surgery, (ed.) Clark, O.H., Duh, Q.Y.,
W. B. Saunders Company, Philadelphia, 28: 214-227 (1997).
108.
Franceschi, S., Boyle, P., Maisonneuve, P., “The Epidemiology Of The
Thyroid Carcinoma”, Critical Reviews In Oncogenesis, 4: 25-52 (1993).
109.
Dobyns, B.M., Hyrmer, B.A., “The Surgical Management Of Benign And
Malignant Thyroid Neoplasms In Marshall Islanders Exposed To Hydrogen
Bomb Fallout”, World Journal Of Surgical Oncology, 16: 126-140 (1992).
110.
Kazakov, V.S., Demidchik, E.P., Astakhova, L.N., “Thyroid Cancer After
Chernobyl”, Nature, 359: 21 (1992).
111.
UNSCEAR-2000, “Sources And Effects Of Ionizing Radiation”, United
Nations Scientific Committee On The Effects Of Atomic Radiation 2000
Report To The General Assembly, New York, 1-6 (2000).
112.
Rabes, H.M., “Molecular Analysis Of Radiation-Induced Thyroid Carcinomas
In Humans”, International Congress Series, 1236: 207-215 (2002).
113.
Ezzat, S., Zheng, L., Kolenda, J., Safarian, A., Freeman, J.L., Asa, S.L.
“Prevalence Of Activating RAS Mutations In Morphologically Characterized
Thyroid Nodules”, Thyroid, 6: 409-416 (1996).
114.
Bouras, M., Bertholon, J., Dutrieux-Berger, N., Parvaz, P., Paulin, C., Revol,
A., “Variability Of Ha-RAS (Codon 12) Proto-Oncogene Mutations In
Diverse Thyroid Cancers”, European Journal of Endocrinology, 139: 209216 (1998).
179
115.
Salvatore, D., Celetti, A., Fabien, N., Paulin, C., Martelli, M.L., Battaglia, C.,
Califano, D., Monaco, C., Viglietto, G., Santoro, M., Fusco, A., “Low
Frequency Of P53 Mutations In Human Thyroid Tumours; P53 And RAS
Mutation In Two Out Of Fifty-Six Thyroid Tumours, “European Journal of
Endocrinology”, 134: 177-183 (1996).
116.
Said, S., Schlumberger, M., Suarez, H.G., “Oncogenes And Anti-Oncogenes
In Human Epithelial Thyroid Tumors”, Journal of Endocrinological
Investigation, 17: 371-379 (1994).
117.
Challeton, C., Bounacer, A., Du-Villard, J.A., Caillou, B., De-Vathaire, F.,
Monier, R., Schlumberger, M., Suarez, H.G., “Pattern Of RAS And Gsp
Oncogene Mutations In Radiation-Associated Human Thyroid Tumors”,
Oncogene, 11: 601-603 (1995).
118.
Shi, Y., Zou, M., Schmidt, H., Juhasz, F., Stensky, V., Robb, D., Farid, N.R.,
“High Rates Of RAS Codon 61 Mutations In Thyroid Tumors In An IodideDeficient Area”, Cancer Research, 51: 2690-2693 (1991).
119.
Manenti, G., Pilotti, S., Re, F.C., Della-Porta, G., Pierotti, M.A., “Selective
Activation Of RAS Oncogenes In Follicular And Undifferentiated Thyroid
Carcinomas, “European Journal Of Cancer”, 30 (A): 987-993 (1994).
120.
Lemoine, N.R., Mayall, E.S., Wyllie, F.S., Williams, E.D., Goyns, M.,
Stringer, B., Wynford-Thomas, D., “High Frequency Of RAS Oncogene
Activation In All Stages Of Human Thyroid Tumorigenesis”, Oncogene, 4:
159-164 (1989).
121.
Pollina, L., Pacini, F., Fontanini, G., “Bcl-2, P53 And Proliferating Cell
Nuclear Antigen Expression Is Related To The Degree Of Differentiation In
Thyroid Carcinoma”, British Journal Of Cancer, 73: 139-143 (1996).
122.
Görpe, A., Görpe, U., “Pratik Endokrinoloji”, Erteme Matbaası, İstanbul,
100-108 (1987).
123.
Bostancı, N., “Tiroit Ve Paratiroit Hastalıkları”, Bozak Matbaası, İstanbul,
186-195 (1979).
124.
Akslen, L.A., Haldorsen, T., Thoresen, S.O., Glattere, A., “Survival And
Causes Of Death In Thyroid Cancer: A Population Based Study of 2479
Cases From Norway”, Cancer Research, 51: 1234 (1991).
125.
Balan, K.K., Rouff, A.H., Critchley, M., “Outcome Of 249 Patients Attending
A Nuclear Medicine Department With Well-Differentiated Cancer. A 23-Year
Review”, British Journal Of Radiology, 67: 283 (1994).
180
126.
Watson, R.G., Brennan, M.D., Goellner, J.R., “Invasive Hurthle Cell
Carcinoma Of The Thyroid. Natural History And Management”, Mayo Clinic
Proceedings, 59: 851-855 (1984).
127.
Mills, S.E., “Sternberg’s Diagnostic Surgical Pathology, 4th ed., Vol I,
Lippincott Williams and Wilkins, Philadelphia, 564-572 (2004).
128.
Fletcher, C.D., “Diagnostic Histopathology Of Tumors”, 2nd Edition, Chapter
18, Churchill Livingstone, London, 959-1056 (2000).
129.
Ezaki, H., Ebihara, S., Fujimoto, Y., “Alaysis Of Thyroid Carcinoma Based
On Material Registered In Japan During 1977-1986 With Special Reference
To Predominance Of Papillary Type”, Cancer, 70 (4): 808-814 (1992).
130.
LiVolsi, V.A., “Thyroid”, Histology For Pathologist, (ed.) Sternberg, S.S.,
Raven Press, New York, 301-310 (1992).
131.
LiVolsi, V.A., “Surgical Pathology Of The Thyroid”, Chapter 8, W.B.
Saunders Company, Philadelphia, London, Toronto, Montreal, Sydney,
Tokyo (1990).
132.
Schröder, S., Böcker, W., Dralle, H., Kortman, K., Stern, C., “The
Encapsulated Papillary Carcinoma Of The Thyroid”, Cancer, 54: 90-93
(1984).
133.
LiVolsi, V.A., “Unusual Variants Of Papillary Thyroid Carcinoma”,
Advances In Endocrinology and Metabolisms, 6th ed., (ed.) Mazzaferri, E.L.,
Kreisberg, R.A., Bar, R.S., Mosby, St. Louis, 39 (1995).
134.
Burman, K.D., Ringel, M.D., Wartofsky, L., “Unusual Types of Thyroid
Neoplasms”, Endocrinology And Metabolism Clinics Of North America, 25:
49 (1996).
135.
Hawk, W.A., Hazard, J.B., “The Many Appearances Of Papillary Thyroid
Carcinoma Of The Thyroid”, Cleveland Clinic Quart., 43: 207-216 (1976).
136.
Lesueuer, F., Corbex, M., McKay, J.D., “Specific Haplotypes Of The RET
Protooncogene Are Over-Represented In Patients With Sporadic Papillary
Thyroid Carcinoma”, Journal Of Medical Genetics, 39: 260-265 (2002).
137.
Watanabe, T., Ichihara, M., Hashimoto, “Characterization Of Gene
Expresssion Induced By RET With MEN2A Or MEN2B Mutation”,
American Journal of Pathology, 161: 249-256 (2002).
138.
İnternet: Genetics Home Reference “Gene”,
http://ghr.nlm.nih.gov/dynamicImages/chromomap/ret.jpeg (2008).
181
139.
D’alessio, A., Califano, D., Incoronato, M., Santelli, G., Florio, T., Schettini,
G., “The Tyrosine Phosphatase Shp-2 Mediates Intracellular Signaling
Initiated By RET Mutants”, Endocrinology, 144 (10) : 4298-4305 (2003).
140.
Durbec, P., Marcos-Guitierrez, C.V., Kilkeny, C., “Glial Cell Line-Derived
Neurotrophic Factor Signalling Through The RET Receptor Tyrosine Kinase”,
Nature, 381: 789-793 (1996).
141.
Jing, S., Wen, D., Yu, Y., “GDNF-Induced Activation Of The RET Protein
Tyrosine Kinase Is Mediated By GDNFR-α, A Novel Receptor for GDNF”,
Cell, 85: 1113-1124 (1996).
142.
Treanor, J.J.S., Goodman, L., DeSauvage, F., “Characterization Of A
Multicomponent Receptor for GDNF”, Nature, 382: 80-83 (1996).
143.
Jing, S.Q., Yu, Y.B., Fang, M., “GFR-Alpha-2 And GFR-Alpha-3 Are Two
New Receptors For Ligands Of The GDNF Family”, Journal Of Biological
Chemistry, 272: 33111-33117 (1998).
144.
Santoro, M., Dathan, N.A., Berlingieri, M.T., Bongarzone, I., Paulin, C.,
Grieco, M., Pierotti, M.A., Vecchio, G., Fusco, A., “Molecular
Characterization Of RET/PTC3; A Novel Rearranged Version Of The RET
Proto-Oncogene In A Human Thyroid Papillary Carcinoma”, Oncogene, 9
(2): 509-516 (1994).
145.
Jhiang, S.M., Smanik, P.A., Mazzaferri, E.L., “Development Of A SingleStep Duplex RT-PCR Detecting Different Forms Of RET Activation And
Identification Of The Third Form Of In-Vivo RET Activation In Human
Papillary Thyroid Carcinoma”, Cancer Letters, 78: 69 (1994).
146.
Fusco, A., Chiappetta, G., Hui, P., “Asessment Of RET/PTC Oncogene
Activation And Clonality In Thyroid Nodules With Incomplete
Morphological Evidence Of Papillary Carcinoma”, American Journal Of
Pathology, 160: 2157-2167 (2002).
147.
Chiappetta, G., Toti, P., Cetta, F., “The RET/PTC Oncogene Is Frequently
Activated In Oncocytic Thyroid Tumors (Hurthle Cell Adenomas And
Carcinomas), But Not In Oncocytic Hyperplastic Lesions”, Journal Of
Clinical Endocrinology & Metabolism, 87: 364-369 (2002).
148.
Bounacer, A., Wicker, R., Caillou, B., “High Prevalence Of Activating RET
Proto-Oncogene Rearrangements In Thyroid Tumors From Patients Who Had
Received External Radiation”, Oncogene, 15: 1263-1273 (1997).
182
149.
Fugazzola, L., Pilotti, S., Pinchera, A., “Oncogenic Rearrangements Of The
RET Proto-Oncogene In Papillary Thyroid Carcinomas From Children
Exposed To The Chernobyl Nuclear Accident”, Cancer Research, 55: 56175620 (1995).
150.
Klugbauer, S., Lengfelder, E., Demidchik, E.P., Rabes, H.M., “High
Prevalence Of RET Rearrangement In Thyroid Tumors Of Children From
Belarus After The Chernobyl Reactor Accident”, Oncogene, 11: 2459-2467
(1995).
151.
Grieco, M., Santoro, M., Berlingieri, M.T., “PTC Is A Novel Rearranged
Form Of The RET Proto-Oncogene And Is Frequently Expressed In Vivo in
Human Papillary Thyroid Carcinomas”, Cell, 60: 557-563 (1990).
152.
Santoro, M., Dathan, N.A., Berlingieri, M.T., “Molecular Characterisation Of
RET/PTC3, A Novel Rearranged Version Of The RET Proto-Oncogene In A
Human Thyroid Papillary Carcinoma”, Oncogene, 9: 509-516 (1990).
153.
Klugbauer, S., Demidchik, E.P., Lengfelder, E., “Detection Of A Novel Type
Of RET Rearrangement (PTC5) In Thyroid Carcinomas After Chernobyl And
Analysis Of The Involved RET-Fused Gene RFG5”, Cancer Research, 58:
198-203 (1998).
154.
Eng, C., “The RET Proto-Oncogene In The Development Of Human Cancer”,
Journal Of Clinical Oncology, 17: 380-393 (1999).
155.
McCormick, F., “How Receptors Turn Ras On”, Nature, 363: 15 (1993).
156.
İnternet: University of Massachusetts, “Transduction In Endocrinology”,
http://kcampbell.bio.umb.edu/lectureI.htm (2007).
157.
McCormick, F., “Ras-GTPase Activating Protein Signal Transduction And
Signal Terminator”, Cell, 56: 5 (1989).
158.
Iyerly, H.K., Sullenger, B.A., “Molecular Biology In Surgery”, Textbook Of
Surgery, 15th ed., (ed.) Sabiston, C.D.Jr., W.B. Saunders Comp., Philadelphia,
662 (1997).
159.
Zou, M., Shi, Y., Farid, N.R., “Inverse Association Between Cyclin D1
Overexpression And Retinoblastoma Gene Mutation In Thyroid Carcinomas”,
Endocrine, 8: 61-64 (1998).
160.
İnternet: University of California, “CSE-291: Ontologies In Data Integration,
Ontologies and Biological Pathways”,
daks.ucdavis.edu/~ludaesch/CSE-291-Spring-04/ - 8k (2004).
183
161.
Manniatis, J., Fritsch, E.F., Sambrook, J., “Molecular Cloning A Laboratory
Manual”, Cold Spring Harbour Press, New York, 1540-1556, 1856-1888
(1989).
162.
Sanger, F., Nicklen, S., Coulson, A.R., “DNA Sequencing With ChainTerminating Inhibitors”, Proceedings Of The National Academy Of
Sciences, USA, 74: 5463-5467 (1977).
163.
Maxam, A., Gilbert, W., “A New Method Of Sequencing DNA”, Proceedings
Of The National Academy of Sciences, USA, 74: 560-564 (1977).
164.
Karaarslan, Ç., Birben, E., Saçkesen, C., “Sekans Tekniği”, Astım Allerji
İmmünoloji, 4 (3): 159-161 (2006).
165.
Klug, S.W., Cummings, W.R., “Concept Of Genetics”, Prentice Hall, New
Jersey, 745 (2000).
166.
Jindrˇichová, Š., Vcˇelák, J., Vlcˇek1, P., Neradilová1, M., Neˇmec1, J.,
Bendlová., B., “Screening Of Six Risk Exons Of The RET Proto-Oncogene In
Families With Medullary Thyroid Carcinoma In The Czech Republic”,
Journal Of Endocrinology, 183: 257-265 (2004).
167.
Heshmati, M., Gharib, H., Khosla, S., “ Genetic Testing In Medullary Thyroid
Carcinoma Syndroms: Mutation Types And Clinical Significance, Mayo
Clinic Proceedings, USA, 72: 430-436 (1997).
168.
Punãles, M., Graf, H., Gross, J.L., Maia, A.L., “RET Codon 634 Mutations In
Multiple Endocrine Neoplasia Type 2: Variable Clinical Features And
Clinical Outcome”, The Journal Of Clinical Endocrinology & Metabolism,
88 (6): 2644-2649 (2003).
169.
Toledo, S.P.A., Cortina, M.A., Toledo, R.A., Lourenço, D.M., “Impact Of
RET Proto-Oncogene Analysis On The Clinical Management Of Multiple
Endocrine Neoplasia Type 2”, Clinics, 61 (1): 59-70 (2006).
170.
DeGroot, J.W.B., Links, T.P., Plukker, J.T.M., Lips, C.J.M., Hofstra, R.M.W.,
“RET As A Diagnostic And Therapeutic Target In Sporadic And Hereditary
Endocrine Tumors”, Endocrine Reviews, 27 (5): 535-560 (2006).
171.
Ahmed, S.A., Snow-Bailey, K., Highsmith, W.E., Sun, W., Fenwick, R.G.,
Mao, R., “Nine Novel Germline Gene Variants In The RET Proto-Oncogene
Identified In Twelve Unrelated Cases”, Journal of Molecular Diagnostics, 7
(2): 283-288 (2005).
172.
Santoro, M., Carlomagno, F., “Drug Insight: Small-Molecule Inhibitors Of
Protein Kinases In The Treatment Of Thyroid Cancer”, Nature Clinical
Practice Endocrinology & Metabolism, 2: 42-52 (2006).
184
173.
Wohllk, N., Cote, G.J., Bugalho, M.M.J, Ordonez, N., Evans, D.B., Goepfert,
H., Khorana, S., Schultz, P., Richards, C.S., Gagel, R.F., “Relevance Of RET
Proto-Oncogene Mutations In Sporadic Medullary Thyroid Carcinoma”,
Journal Of Clinical Endocrinology & Metabolism, 81: 3740- 3745 (1996).
174.
Elisei, R., Cosci, B., Romei, C., Bottici, V., Sculli, M., Lari, R., Barale, R.,
Pacini, F., Pinchera, A., “RET Exon 11 (G691S) Polymorphism Is
Significantly More Frequent In Sporadic Medullary Thyroid Carcinoma Than
In
The
General
Population”,
The
Journal
Of
Clinical
Endocrinology&Metabolism, 89 (7): 3579-3584 (2004).
175.
Robledo, M., Gil, L., Pollán, M., Cebrián, A., Ruìz, S., “Polymorphisms
G691S/S904S Of RET As Genetic Modifiers Of Men 2A”, Cancer Research,
63: 1814-1817 (2003).
176.
Ito, S., Iwashita, T., Asai, N., “Biological Properties Of RET With Cysteine
Mutations Correlate With Multiple Endocrine Neoplasia Type 2A, Familial
Medullary Thyroid Carcinoma, And Hirschsprung’s Disease Phenotype”,
Cancer Research, 57: 2870-2872 (1997).
177.
Mulligan, L.M., Kwok, J.B J., Healy, C.S., “Germ-Line Mutations Of The
RET Proto-Oncogene In Multiple Endocrine Neoplasia Type 2A, Nature, 363:
458-460 (1993).
178.
Donis-Keller, H., Dou, S., Chi, D., “Mutations In The RET Protooncogene
Are Associated With MEN-2A And FMTC”, Human Molecular Genetic, 2:
851-856 (1993).
179.
Romeo, G., Ronchetto, P., Luo, Y., Pasini, B., Bocciardi, R., Lerone, M.,
“Point Mutations Affecting The Throsine Kinase Domain Of The RET ProtoOncogene In Hirschsprung’s Disease”, Nature, 367 (1994).
180.
Fitze, G., Schreiber, M., Kuhlisch, E., Schackert, H.K., Roesner, D.,
“Association Of RET Protooncogene Codon 45 Polymorphism With
Hirschsprung Disease”, American Journals Of Human Genetics, 65 (5):
1469-1473 (1999).
185
EKLER
186
EK-1 Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Yerel Etik Kurulu’nun tez projesi hakkındaki
kararı
187
EK-2 Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Yerel Etik Kurulu tarafından onaylanmış
bilgilendirilmiş gönüllü olur formu
GAZİ ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ
GENETİK MATERYAL ÜZERİNDE YAPILACAK ARAŞTIRMALAR
BİLGİLENDİRİLMİŞ GÖNÜLLÜ OLUR FORMU
Araştırma Projesinin Adı: Tiroid Kanserli Olgularda RAS ve RET (Rearranged during
Transfection) Proto-Onkogen Mutasyonlarının PCR ve RFLP ile Araştırılması
Sorumlu Araştırıcının Adı: Prof. Dr. Leyla AÇIK
Diğer Araştırıcıların Adı: Araş. Gör. Fatma ÖZTÜRK, Naciye Selcen BAYRAMCI, Bekir
Cihan DALOĞLU
Destekleyici (varsa): Destekleyici Yoktur. Laboratuarda araştırma için gereken makine,
kimyasal, malzeme ve enzimler mevcuttur.
“Türk toplumunda tiroit kanserli olgularda ki RAS ve RET (Rearranged during Transfection)
Proto-Onkogen Mutasyonlarının PCR ve RFLP ile Araştırılması” isimli bir çalışmada yer
almak üzere davet edilmiş bulunmaktasınız. Bu çalışma, araştırma amacı ile yapılmaktadır.
Çalışmaya katılma konusunda karar vermeden önce araştırmanın neden ve nasıl yapıldığını,
sizinle ilgili bilgilerin nasıl kullanılacağını, çalışmanın neler içerdiğini, olası yararlarını,
risklerini ve rahatsızlıklarını bilmeniz önemlidir. Lütfen aşağıdaki bilgileri dikkatlice
okumak için zaman ayırın ve bu bilgileri ailenizle ve/veya doktorunuzla tartışın. Çalışma
hakkında tam olarak bilgi sahibi olduktan sonra ve sorularınız cevaplandıktan sonra eğer
katılmak isterseniz sizden bu formu imzalamanız istenecektir.
1. Genetik çalışmanın amacı ve dayanağı nelerdir; benden başka kaç kişi bu çalışmaya
katılacak?
a. Neden özellikle bu kişi / hasta seçilmiştir?
Bu çalışmaya davet edilmenizin nedeni sizde tiroit kanseri hastalığı tanısı konmasıdır.
Katılımınız ile bu hastalığın nedenlerini ortaya çıkaracak bir araştırma gerçekleştirilecektir.
b. Çalışmanın önemi ve gerekliliği nelerdir?
Genler, DNA olarak isimlendirilen genetik materyalden oluşurlar. DNA hücrenin bir
bölümüdür ve kalıtsal özelliklerin (göz rengi gibi) oluşmasından sorumludur.”Tiroid
Kanseri” hastalığı ile ilişkilendirilen çeşitli genler bulunmuştur. Bu araştırma ile sizin
DNA’nızı çalışmak ve genlerinizde herhangi bir anormallik olup olmadığını ya da bu soruna
neden olabilecek yeni genler olup olmadığını bulmak istiyoruz.
c. Çalışmaya toplam kaç kişinin katılması planlanmaktadır?
Çalışmaya toplam 200 kişinin katılması planlanmaktadır.
188
EK-2 (Devam) Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Yerel Etik Kurulu tarafından
onaylanmış bilgilendirilmiş gönüllü olur formu
2. Bu genetik çalışmaya katılmalı mıyım?
Bu çalışmada yer alıp almamak tamamen size bağlıdır. Eğer katılmaya karar verirseniz bu
yazılı bilgilendirilmiş olur formu imzalanmak için size verilecektir. Şu anda bu formu
imzalasanız bile istediğiniz herhangi bir zamanda bir neden göstermeksizin çalışmayı
bırakmakta özgürsünüz. Böyle bir karar vermeniz durumunda tıbbi bakımınız bu durumdan
etkilenmeyecektir.
3. Genetik araştırma nasıl yapılacak?
a. Hangi örnek (ler) alınacak ve nasıl alınacak?
Araştırmaya katılmayı kabul ederseniz, 10 ml kadar bir miktarda kolunuzdan kan
alınacaktır.
Genellikle bir tek örnekleme yeterlidir ancak bu aşamada başarısız
olunduğunda bir kez daha kan vermeniz istenebilir.
b. Örnekte neler araştırılacak?
Örneklerden DNA izole edilerek tiroit kanserine sebep olan gen mutasyonları
araştırılacaktır. Bu çalışma için kan örnekleri RBC lizis tamponu serilerinden geçirilir.
Santrifüj serilerinden sonra, proteinler ve DNA dışındaki tüm moleküller uzaklaştırılır. Alkol
serilerinden geçirilerek DNA’nın kümeleşmesi sağlanır. Alkol uzaklaştırıldıktan sonra DNA
çözücü, TE tamponunda saklanacaktır. Daha sonra PCR işlemi yapılacak PAGE ve agaroz
jelde ürünleri yürütülerek PCR’ın başarılı olup olmadığına bakılacaktır. Daha sonra PCR
ürünleri Hph-III, Dde-II gibi enzimler ile kesilecek ve kesilip kesilmemesine göre
polimorfizm tespit edilecektir. Polimorfizm tespit edilen hastalardan bir kısmının bu
bölgesine DNA dizi analizi yapılacaktır.
c. Örnekler nerede çalışılacak?
Toplanan kanlar ile Gazi Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Biyoloji Bölümü Moleküler
Biyoloji laboratuarında çalışılacaktır.
d. Genetik örneğin gelecekte nasıl imha edilmesi planlanıyor?
Elde edilen DNA, DNaz enzimi ile parçalanarak, atılacaktır.
4.Tarafımdan alınan örnekler gelecekte de kullanılabilecek mi?
(Bu bölümde katılımcıdan “Tabakalandırılmış olur” olarak isimlendirilen bir onay
alınmalıdır. Aşağıda yazılı olan bölüm aynen korunarak katılımcının aşağıdaki 4 seçenekten
birini işaretlemesi istenmelidir.)
Tarafınızdan alınan örneğin saklanması ve ileride yapılacak diğer çalışmalarda kullanımı
ancak sizin izninize tabidir. Bu örnekler uzun yıllar isminiz (kimlik bilgileriniz) korunmak
ya da yok edilmek kaydı ile saklanabilir. Lütfen aşağıdaki seçeneklerden size uygun olan bir
tanesini işaretleyiniz.
189
EK-2 (Devam) Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Yerel Etik Kurulu tarafından
onaylanmış bilgilendirilmiş gönüllü olur formu
1Tarafımdan alınan kodlanmış* örneğin yalnızca önerilen çalışma için kullanımını
onaylıyorum; ileride yapılması olası diğer çalışmalar için onay vermiyorum.
2Tarafımdan alınan kodlanmış örneğin yalnızca önerilen çalışma için kullanımını
onaylıyorum; ileri çalışmalar için tekrar bilgilendirilmek ve yeni onay vermek istiyorum.
3- Tarafımdan alınan kodlanmış örneğin, araştırma konusuyla bağlantılı diğer çalışmalarda
kullanımını onaylıyorum, ancak farklı çalışmalar için tekrar bilgilendirilmek ve yeni onay
vermek istiyorum.
4- Tarafımdan alınan kodlanmış örneğin önerilen çalışma için kullanımını onaylıyorum ve
gelecekte de her türlü genetik çalışmada anonim (kimliğim ile bağlantısız) olarak
kullanılmasını onaylıyorum.
*Kodlanmış örnek: Sizden alınan örneğe bir kod numarası verilir. Kod numarasını yalnızca
araştırıcı bilir ve sizin kimlik bilgilerinize yalnızca araştırıcı ulaşabilir. Böylece kimlik
bilgileriniz gizli tutulmuş olur.
5.
Çalışmanın riskleri nelerdir?
a. Kan alınması sırasında oluşabilecek riskler: İğne batmasına bağlı olarak az bir acı
duyabilirsiniz ve kolda morarma olabilir. Düşük bir olasılık da olsa iğne batması
sonrasında kanamanın uzaması veya enfeksiyon riski vardır.
b. Yapılacak genetik teste bağlı oluşabilecek riskler: Yapılan testler sizin veya ailenizin
bir ferdinin ileriki bir zamanda bu genetik hastalıktan etkilenebileceğini ortaya
çıkarabilir. Bu bilginin kötüye kullanılması sizi ekonomik ve sosyal yönden
etkileyebileceği gibi, böyle bir hastalığa sahip olduğunuzu öğrenmeniz sizi psikolojik
yönden de olumsuz etkileyebilir.
6. Çalışmanın yararları nelerdir?
Çalışmadaki genler pek çok kanser türüne sebep olmaktadır. Tiroit kanserlerinin %5’inde
görülen bir mutasyondur. Bu mutasyonun analizinin prognozla bir ilişkisi yoktur. Bu çalışma
sayesinde kanserleşmeye sebep olan mutant genin özellikleri araştırılarak, Türkiye’deki,
bizim çalıştığımız hastalardaki polimorfizmin durumunu ortaya çıkaracaktır.
7. Kişisel bilgilerim nasıl kullanılacak?
Çalışma doktorunuz, araştırmada yer alan diğer araştırıcılar ve destekleyici (varsa, firma
adını belirtiniz) kişisel bilgilerinizi, araştırmayı ve istatistiksel analizleri yürütmek için
kullanacaktır ancak kimlik bilgileriniz gizli tutulacaktır. Size ait bulgular üçüncü kişilere,
onayınız dışında hiçbir şekilde açıklanmayacaktır. Çalışmanın sonunda, size ait tüm sonuçlar
hakkında bilgi istemeye hakkınız olduğu gibi böyle bir bilgiyi öğrenmeyi reddetme hakkınız
da vardır. Lütfen aşağıdaki kutucuklardan size uygun olanı işaretleyiniz:
Bu çalışmada elde edilecek kendimle ilgili bilgileri öğrenmek istiyorum.
Bu çalışmada elde edilecek kendimle ilgili bilgileri öğrenmek istemiyorum.
Kendinizle ilgili genetik bilgiyi öğrenmeyi seçmeniz durumunda size (varsa) sağaltım ile
ilgili bilgiler ve genetik danışmanlık hizmeti verilecektir.
190
EK-2 (Devam) Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Yerel Etik Kurulu tarafından
onaylanmış bilgilendirilmiş gönüllü olur formu
Çalışma sonuçları çalışma bitiminde tıbbi literatürde yayınlanabilecektir ancak kimliğiniz
açıklanmayacaktır.
(Çalışma için eğer gerekiyorsa aşağıdaki standart durumlar açıklanmalıdır)
Örnek: Kanınız genetik faktörler açısından test edilecek ve elde edilen bilgi sizin
hakkınızda bize genetik bilgi verecektir. Genetik testler, bu araştırma ile ilgisi
olmayan size ait çok özel başka bilgiler de verebilir. Böyle bir durumda da gizlilik
ilkesine bağlı kalınacak ve bilgiler üçüncü şahıslara sizin onayınız olmaksızın
açıklanmayacaktır).
•
8. Bu çalışmaya katılmamın maliyeti nedir?
a.
Çalışmaya katılmakla parasal yük altına girmeyeceksiniz ve size de herhangi bir
ödeme yapılmayacaktır.
9. Çalışmanın ticari bir yönü var mıdır?
Gönüllülerden elde edilen bilgilerden, tıbbi testler ya da tedaviler geliştirilebilmesi gibi ticari
bir fayda sağlanabilir. Böyle bir durum olursa, gönüllüler herhangi bir şekilde ticari gelir
temin etmeyeceklerdir.
10. Göreceğim olası bir zarar durumunda ne yapılacak?
•
Araştırmadan dolayı katılımcının göreceği olası bir zararda bunun sorumluluğunun
ve giderilmesi için gerekli her türlü tıbbi müdahalenin yapılacağını; bu konudaki
tüm harcamamaların üstlenileceğini belirtiriz.
11. Daha fazla bilgi, yardım ve iletişim için kime başvurabilirim?
Araştırma ile ilgili bir sorununuz olduğunda ya da çalışma ile ilgili ek bilgiye gereksinim
duyduğunuzda aşağıdaki kişi ile lütfen iletişime geçiniz.
ADI
GÖREVİ
TELEFON
: Prof. Dr. Leyla AÇIK
: Öğretim Üyesi
: (312) 202 11 85
GÜFEF Biyoloji Anabilim dalında, Prof. Dr. Leyla AÇIK tarafından genetik bir araştırma
yapılacağı belirtilerek bu araştırma ile ilgili yukarıdaki bilgiler bana aktarıldı ve ilgili metni
okudum. Bu bilgilerden sonra böyle bir araştırmaya “katılımcı” olarak davet edildim.
Araştırmaya katılmam konusunda zorlayıcı bir davranışla karşılaşmış değilim. Eğer
katılmayı reddedersem, bu durumun tıbbi bakımıma ve hekim ile olan ilişkime herhangi bir
zarar getirmeyeceğini de biliyorum. Projenin yürütülmesi sırasında herhangi bir neden
göstermeden araştırmadan çekilebilirim. (Ancak araştırmacıları zor durumda bırakmamak
için araştırmadan çekileceğimi önceden bildirmemim uygun olacağının bilincindeyim).
Ayrıca tıbbi durumuma herhangi bir zarar verilmemesi koşuluyla araştırmacı tarafından
araştırma dışı da tutulabilirim.
191
EK-2 (Devam) Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Yerel Etik Kurulu tarafından
onaylanmış bilgilendirilmiş gönüllü olur formu
İster doğrudan, ister dolaylı olsun araştırma uygulamasından kaynaklanan nedenlerle
meydana gelebilecek herhangi bir sağlık sorunumun ortaya çıkması halinde, her türlü tıbbi
girişimin sağlanacağı konusunda gerekli güvence verildi. (Bu tıbbi girişimlerle ilgili olarak
parasal bir yük altına girmeyeceğim).
Araştırma sırasında bir sağlık sorunu ile karşılaştığımda; herhangi bir saatte,
Dr......................(Doktor ismi), ..................(telefon ve adres) ‘ten arayabileceğimi biliyorum.
(Doktor ismi, telefon ve adres bilgileri mutlaka belirtilmelidir).
Bana yapılan tüm açıklamaları ayrıntılarıyla anlamış bulunmaktayım. Bu koşullarla söz
konusu genetik araştırmaya kendi rızamla, hiç bir baskı ve zorlama olmaksızın, gönüllülük
içerisinde katılmayı kabul ediyorum.
İmzalı bu form kâğıdının bir kopyası bana verilecektir.
Katılımcı
Adı, soyadı:
Adres:
Tel:
İmza:
Tarih:
Görüşme tanığı
Adı, soyadı:
Adres:
Tel:
İmza:
Tarih:
Katılımcı ile görüşen hekim
Adı soyadı, unvanı:
Adres:
Tel:
İmza:
Tarih:
192
EK-3 Çalışmamız kapsamında incelemiş olduğumuz kanserli ve kontrol grubu
olmak üzere toplam 193 bireyin sıralı listesi
OLGU NO
CİNSİYET
KLİNİK TANI
1
Kadın
Medüller Tiroit Kanseri
2
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
3
Kadın
Kontrol
4
Kadın
Kontrol
5
Kadın
Kontrol
6
Kadın
Kontrol
7
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
8
Erkek
Papiller Tiroit Kanseri
9
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
10
Erkek
Kontrol
11
Kadın
Kontrol
12
Kadın
Kontrol
13
Kadın
Kontrol
14
Kadın
Diffüz Guatr
15
Kadın
Diffüz Guatr
16
Kadın
Kontrol
17
Erkek
Kontrol
18
Kadın
Kontrol
19
Kadın
Kontrol
20
Kadın
Kontrol
21
Kadın
Hipertiroidi
22
Kadın
Kontrol
23
Kadın
Kontrol
24
Kadın
Kontrol
25
Erkek
Kontrol
26
Kadın
Kontrol
27
Kadın
Kontrol
28
Kadın
Kontrol
29
Kadın
Kontrol
30
Kadın
Kontrol
193
EK-3 (Devam) Çalışmamız kapsamında incelemiş olduğumuz kanserli ve kontrol
grubu olmak üzere toplam 193 bireyin sıralı listesi
OLGU NO
CİNSİYET
KLİNİK TANI
31
Kadın
Kontrol
32
Kadın
Kontrol
33
Kadın
Kontrol
34
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
35
Erkek
Kontrol
36
Erkek
Kontrol
37
Kadın
Kontrol
38
Kadın
Kontrol
39
Erkek
Kontrol
40
Kadın
Kontrol
41
Erkek
Kontrol
42
Kadın
Kontrol
43
Kadın
Diffüz Guatr
44
Erkek
Kontrol
45
Kadın
Kontrol
46
Erkek
Kontrol
47
Erkek
Kontrol
48
Kadın
Kontrol
49
Kadın
Kontrol
50
Kadın
Kontrol
51
Kadın
Kontrol
52
Kadın
Kontrol
53
Kadın
Kontrol
54
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri/Papiller Mikrokarsinom
55
Kadın
Benign Tiroit Kanseri
56
Kadın
Kontrol
57
Kadın
Kontrol
58
Kadın
Kontrol
59
Erkek
Kontrol
60
Kadın
Kontrol
194
EK-3 (Devam) Çalışmamız kapsamında incelemiş olduğumuz kanserli ve kontrol
grubu olmak üzere toplam 193 bireyin sıralı listesi
OLGU NO
CİNSİYET
KLİNİK TANI
61
Kadın
Kontrol
62
Erkek
Kontrol
63
Erkek
Kontrol
64
Kadın
Kontrol
65
Kadın
Kontrol
66
Erkek
Kontrol
67
Kadın
Kontrol
68
Kadın
Kontrol
69
Erkek
Kontrol
70
Erkek
Kontrol
71
Erkek
Kontrol
72
Kadın
Kontrol
73
Kadın
Kontrol
74
Kadın
Kontrol
75
Erkek
Kontrol
76
Kadın
Kontrol
77
Kadın
Kontrol
78
Kadın
Kontrol
79
Kadın
Kontrol
80
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
81
Kadın
Kontrol
82
Kadın
Kontrol
83
Kadın
Kontrol
84
Erkek
Kontrol
85
Erkek
Kontrol
86
Erkek
Kontrol
87
Kadın
Kontrol
88
Erkek
Kontrol
89
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
90
Erkek
Kontrol
91
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri/Okült Varyant
195
EK-3 (Devam) Çalışmamız kapsamında incelemiş olduğumuz kanserli ve kontrol
grubu olmak üzere toplam 193 bireyin sıralı listesi
OLGU NO
CİNSİYET
KLİNİK TANI
92
Erkek
Kontrol
93
Erkek
Papiller Tiroit Kanseri
94
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
95
Kadın
Medüller Tiroit Kanseri
96
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
97
Kadın
Anaplastik Tiroit Kanseri
98
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
99
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
100
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
101
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
102
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
103
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
104
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
105
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
106
Kadın
Multinodüler Guatr
107
Kadın
Multinodüler Guatr
108
Erkek
Multinodüler Guatr
109
Kadın
Multinodüler Guatr
110
Erkek
Multinodüler Guatr
111
Kadın
Multinodüler Guatr
112
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
113
Kadın
Diffüz Guatr
114
Erkek
Anaplastik Tiroit Kanseri
115
Kadın
Kontrol
116
Kadın
Kontrol
117
Erkek
Kontrol
118
Erkek
Kontrol
119
Kadın
Kontrol
120
Erkek
Kontrol
121
Erkek
Kontrol
122
Kadın
Kontrol
196
EK-3 (Devam) Çalışmamız kapsamında incelemiş olduğumuz kanserli ve kontrol
grubu olmak üzere toplam 193 bireyin sıralı listesi
OLGU NO
123
CİNSİYET
Kadın
KLİNİK TANI
Papiller Tiroit Kanseri /Folliküler Varyant
124
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri /Folliküler Varyant
125
Kadın
Multinodüler Guatr
126
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
127
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
128
Erkek
Papiller Tiroit Kanseri
129
Erkek
Papiller Tiroit Kanseri
130
Erkek
Papiller Tiroit Kanseri
131
Erkek
Papiller Tiroit Kanseri
132
Erkek
Papiller Tiroit Kanseri
133
Erkek
Papiller Tiroit Kanseri
134
Erkek
Papiller Tiroit Kanseri
135
Erkek
Papiller Tiroit Kanseri
136
Erkek
Papiller Tiroit Kanseri
137
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
138
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
139
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri /Folliküler Varyant
140
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri /Folliküler Varyant
141
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
142
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
143
Kadın
Folliküler Tiroit Kanseri
144
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
145
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri/Folliküler Varyantı
146
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
147
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
148
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
149
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
150
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri/Folliküler Varyantı
151
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
152
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
153
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
197
EK-3 (Devam) Çalışmamız kapsamında incelemiş olduğumuz kanserli ve kontrol
grubu olmak üzere toplam 193 bireyin sıralı listesi
OLGU NO
CİNSİYET
KLİNİK TANI
155
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
156
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
157
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
158
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
159
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri/Folliküler Varyant
160
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
161
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
162
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
163
Kadın
Folliküler Tiroit Kanseri
164
Kadın
Folliküler Tiroit Kanseri
165
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
166
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
167
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
168
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
169
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
170
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
171
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
172
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri/Papiller Mikrokarsinom
173
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
174
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
175
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri/Papiller Mikrokarsinom
176
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
177
Erkek
Papiller Tiroit Kanseri
178
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri/Papiller Mikrokarsinom
179
Kadın
Folliküler Tiroit Kanseri
180
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
181
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
182
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri/Papiller Mikrokarsinom
183
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
184
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri/Onkositik Varyant
185
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri/Folliküler Varyant
198
EK-3 (Devam) Çalışmamız kapsamında incelemiş olduğumuz kanserli ve kontrol
grubu olmak üzere toplam 193 bireyin sıralı listesi
OLGU NO
CİNSİYET
KLİNİK TANI
186
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
187
Kadın
Folliküler Tiroit Kanseri
188
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
189
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
190
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri/Onkositik Varyant
191
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri/Folliküler Varyant
192
Erkek
Papiller Tiroit Kanseri
193
Kadın
Papiller Tiroit Kanseri
199
ÖZGEÇMİŞ
Kişisel Bilgiler
Soyadı, Adı
: BAYRAMCI, Naciye Selcen
Uyruğu
: T.C.
Doğum Yeri ve Tarihi : 12.02.1980 Ankara
Medeni Hali
: Bekar
Telefon
: (312) 319 87 40
Faks
: (312) 212 22 79
E-mail
: selcenbayramci@hotmail.com
Eğitim Derece
Eğitim Birimi
Mezuniyet Tarihi
Yüksek Lisans
Gazi Üniversitesi/Biyoloji Bölümü
2008
Yüksek Lisans
Hacettepe Üniversitesi/Biyoloji Öğretmenliği
2005
Lise
Tokat Anadolu Öğretmen Lisesi
1997
Yabancı Dil
Almanca
İngilizce
Bildiriler ve Posterler
1. Naciye Selcen Bayramcı, L. Yasemin Koç, Leyla Açık, Mahmut Koç, Mehmet
Kılıç, Doruk Engin, “Tiroit Kanserli Olgularda RET (REarranged during
Transfection) Proto-Onkogeninin 10. ve 11. Ekzonlarındaki Mutasyonların
Araştırılması”, 19. Ulusal Biyoloji Kongresi, 23-27 Haziran 2008, Trabzon
Hobiler
Seyahat, sinema, kitap, müzik, bilgisayar ve internet