Primer Design

Hafta XI
PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları
DNA FRAGMENT ANALİZİ
Prof. Dr. Hilâl Özdağ
DNA FRAGMENT ANALİZİ
 STR/SSR/Microsatellit Analizi
 Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP)
 Restriction Fragment Length Polymorphism
(RFLP)
 Loss of Heterozygosity (LOH)
 MI (Microsatellite Instability)
 SNP Genotipleme
DNA FRAGMENT ANALİZİ
 Boy tayini
 Agaroz jel elektroforezi
 Agaroz
 NuSieve
 Metaphor
 Poliakrilamid jel elektrofezi
 Kapiller elektroforez
 Genetik analizör (Otomatik DNA Dizi Analiz
Sistemi)
 Qiagen Egene
 Agilent Bioanalyzer
DNA FRAGMENT ANALİZİ
 Boy tayini
 Agaroz jel elektroforezi
 Agaroz
 NuSieve
 Metaphor
Johnson N et al, BMC Med Gen., 2004, 5
http://www.med.yale.edu/genetics/ward/tavi/p15.html
DNA FRAGMENT ANALİZİ
 Boy tayini
 Agaroz jel elektroforezi/PAGE
http://www.med.yale.edu/genetics/ward/tavi/p15.html
DNA FRAGMENT ANALİZİ
 Boy tayini
 PAGE
ANALYTICAL BIOCHEMISTRY 253, 130–132 (1997)
http://www.med.yale.edu/genetics/ward/tavi/p15.html
DNA FRAGMENT ANALİZİ
Kapiller Elektroforez
Genetik Analizör
DNA FRAGMENT ANALİZİ
Kapiller Elektroforez
Genetik Analizör
STR/Microsatellite Analysis
RFLP/AFLP/TRFLP
DNA FRAGMENT ANALİZİ
10pleks
DNA FRAGMENT ANALİZİ
Fragment boylarının tespiti
DNA FRAGMENT ANALİZİ
Elektroferogramların karşılaştırılması
DNA FRAGMENT ANALİZİ
LOH
Heterozigot
PCR
DNA FRAGMENT ANALİZİ
LOH
DNA FRAGMENT ANALİZİ
QIAxcel/EGene

0.5 kb’den küçük fragmentler için
3-5 bç’ine dek ayırım sağlar.

Hazır
kapiller
kartuşlarının
içindeki
polimerin
içinde
düşük
konsantrasyonda
çok
EtBr
bulunmaktadır.

Aynı anda 96 örneğe kadar analizi
gerçekleştirmek mümkündür.
%2 agaroz

Sistemde RNA analizi yapmak da
mümkündür.
DNA FRAGMENT ANALİZİ
Agilent/Bioanalyzer
DNA FRAGMENT ANALİZİ
Agilent/Bioanalyzer