Hücre zarı ile çekirdek zarı arasını dolduran “kolloidal”(yarı sıvı, yarı katı) ortama sitoplazma denir. Sitoplazma organeller ve bunların içinde yer aldığı koyu kıvamlı sıvı kısım(sitozol)dan oluşur. Bu sıvı kısmın içerdiği enzimler, RNA, organik bileşiklerin yapı taşları, yıkım tepkimeleri sonucu oluşan atık ürünler, koenzimler, iyonlar ve büyük oranda su oluşturur. Sitoplazma içinde hücrenin yaşaması için gerekli hayatsal faaliyetler yürütülür. Bu faaliyetler organel denilen ve sitoplazmaya dağılmış olarak bulunan yapılarda gerçekleşir. -Ribozomlar tüm hücrelerde bulunan zarsız organellerdir. -Endoplazmik retikulum ve çekirdek zarı üzerinde ya da sitoplazmanın sıvı kısmında tek tek ya da çok sayıda boncuk şeklinde(polizom) dizilmiş halde bulunur. -Ribozom, rRNA ve proteinden yapılmış iki alt birimden oluşan organeldir. -Mitokondri ve kloroplastlarda da organellere özgü ribozomlar bulunur. -Ribozomlar protein sentezinin yapıldığı organellerdir. Ökaryot hücrelerde hücre zarı ile çekirdek zarı arasında uzanan, kanalcık ve borucuk sistemidir. Endoplazmik retikulum hücrelerin etkinliğine göre dağılımı, miktarı, biçimi bakımından farklılık gösterir. ER, üzerinde ribozom taşıyıp taşımaması na göre granüllü ve granülsüz olarak ER olmak üzere iki grupta incelenir. Granüllü ER: Granüllü ER zarı üzerinde ribozomlarda sentezlenen bir çok protein ER içine geçer. Bu proteinler büyük moleküllerdir. Proteinler ER’de çeşitli işlemlerle yapısal değişikliğe uğratılarak işlenmiş olur. Proteinler hücrenin çeşidine göre işlenir. İşlenen proteinler golgi cisimciğine taşınır. Protein üretimi fazla olan hücrelerde Granüllü ER miktarı çoktur. Granülsüz ER: Üzerinde ribozom bulunmayan ER’ye granülsüz ER denir. Granülsüz Er lipit ve karbonhidrat sentezi yapan hücrelerde daha çok bulunur. İnsan karaciğer hücrelerinde ilaçların etkisiz hale getirilmesinde rol oynar. Golgi cisimciği zarla çevrili disk şeklinde üst üste dizilmiş yassı keselerden oluşmuştur. Üzerinde ribozom yoktur. Golgi aygıtı, salgı yapan hücrelerde ve sinir hücrelerinde iyi gelişmiştir. Alyuvar ,sperm ve bakteri gibi hücrelerde bulunmaz. Golgi aygıtı lizozomların zarını oluşturur. Golgi aygıtı, lipoprotein, glikoprotein, mukus ve bitkilerde selüloz gibi maddelerin üretilip, salgılanmasını sağlar. Hücre zarı yapımında zar fabrikası gibi çalışır. Gerektiği zaman yağları depolar. Golgi aygıtının bozulması, salgıların azalmasına neden olur. Lizozomlar karbonhidrat, protein, lipit gibi organik bileşikleri parçalayıcı enzimler içeren zarla çevrili organellerdir. Lizozomlar, eritrositler dışındaki tüm memeli hücrelerinde görülürler. Hücre içinde golgi aygıtına çok yakın bölgede granüller biçiminde belirir ve birim zarla kuşatılır, çünkü enzimleri golgi tarafından üretilir. Herhangi bir nedenden dolayı lizozom zarı yırtılırsa içindeki sindirim enzimleri sitoplazmaya dağılır ve hücre sindirilir. Bu olaya otoliz ve lizozomun dokuyu sindirmesi olayına da histoliz denir. Lizozomlar hücre içinde yaşlanmış, yıpranmış ya da işlevini yitirmiş organelleri sindirir. Mitokondri, hücre için gerekli olan enerjinin üretildiği bir organeldir.Bu organelde tıpkı diğer organeller gibi birim zar ile çevrilidir fakat iç kısımındaki zar dıştaki gibi düz değildir ve kıvrımlar meydana getirir.Bu kıvrımlara ise " krista" adı verilir. Kıvrımların arası “matriks” denen sıvı madde ile doludur. Hücrede bulunan üç binin üzerindeki enzimlerden ayrı olarak, mitokondri içerisine yüzlerce enzim görev almıştır. İç kısmı kıvrımlı olan mitokondrinin, kıvrımlı olmasının nedeni, yüzey alanını genişleterek daha fazla kimyasal reaksiyona yataklık yapmak içindir. Mitokondrinin en fazla ürettiği biyokimyasal molekül ise ATP’dir. Üretilen ATP daha sonra mitokondri zarından sitoplazmaya geçer ve gerekli yerlerde kullanılır. - Plastitler, bitki hücrelerinde ve aglerde bulunan organeldir. Plastitler yapılarında çeşitli renk maddeleri(pigmentler) bulundurur. - Plastitler hücre ile beraber gelişerek görevine uygun şekil ve renk kazanır. Plastit çeşitleri 3 grupta incelenir; -Bitkilerde yeşil rengin oluşmasını sağlayan plastitlerdir. Kloroplastlar, bitkilerin yaprak ve genç gövdelerindeki hücrelerde bulunur. Klorofil sentezlenmeyen bitkilerde albinoluk görülür. - Kloroplast çift katlı zar ile çevrilidir. - Kloroplastın içini dolduran renksiz ara maddeye “stroma” adı verilir. Bu sıvıda DNA, RNA, ribozom ve fotosentez enzimleri bulunur. Kloroplastlar enzimlerini sentezleyebilir ve çekirdek kontrolünde çoğalabilir. % Kloroplastta üçüncü bir zar sistemi bulunur. İçteki bu zar ara madde içine gömülü diskleri (tilakoitleri) oluşturur. % Diskler üst süte dizili yapılar ( granum) şeklinde düzenlenmiştir. % Fotosentezde güneş ışığını soğuran klorofil, disklerin zarlarında bulunur. Kloroplastlar, fotosentezde ışık enerjisinin kimyasal enerjiye dönüştürüldüğü ve serbest oksijenin üretildiği organeldir. Genç hücrelerin plastitlerind en oluşan ve bitkiye faklı renkler kazandıran plastit çeşididir. +Kromoplast çeşitlerinden olan karaton(turuncu), ksantofil(sarı) ve likopen(kırmızı) bitkilerde farklı renkler oluşturur. +Kromoplastlar, yapraklarda, meyvelerde ve bazı bitkilerin köklerinde bulunur. +Örneğin, havuçta karaton, domateste likopen, limonda ksantofil renk maddeleri bulunmaktadır. -Plastitlerin renksiz olan kısmıdır. -Uzun süre ışık alırlarsa, yeşil renkli kloroplastlara dönüşebilirler. -Bitkinin kök, toprak altı gövdesi ve tohum gibi renksiz kısımlarında bulunur; protein, yağ ve nişasta depo eder. Sitoplazmadan ince bir zarla sarılmış, içi özel bir sıvıyla dolu keselerdir. Olgun bitki hücrelerinde genellikle bir merkezi koful bulunur. Kofulun içini dolduran sıvının derişimi yüksektir. Bu durum kofulun içine su girişine, dolayısıyla kofulun şişkinleşmesine neden olur. Bu şişkinlik turgor basıncına ve bitkinin dik durmasına yol açar. Bitkide kofullar çeşitli görevleri yerine getirir; -Şeker ve amino asitlerin geçici depo yeridir. - Yapısındaki antosiyan gibi pigmentler çiçeklere renk verir. -Bu pigmentler koful öz suyunun asit ya da baz oluşuna göre farklı renk gösterir. Koful öz suyu asidik ise kırmızı, bazik ise mavi, nötr ise menekşe rengi verir. -Tanin gibi organik atıklar için geçici depo görevi yapar. -Bazıları sindirim enzimleri içerir ve lizozoma benzer görev yapar. * Hayvan hücrelerinde kofullar, bitki hücrelerindekine göre daha küçüktür. Ancak sayıları daha fazla olabilir. * Kofullar hayvan hücrelerinde endoplazmik retikulm veya Golgi cisimciğinden oluşabilir. * İçlerinde salgı maddeleri bulunur. Endositoz sonucu oluşanlar da besin kofulu olur. Ökaryot hücrelere şeklini veren ve hücre içi organizasyonu sağlayan yapıların tümüne “hücre iskeleti” denir. Hücre iskeleti aynı zamanda hücre içinde organellerin yer değiştirmesinde ve hücre bölünmesi sırasında kromozomların hareketinde rol oynar. ♦Aktin proteinlerinin üst üste dizilip sarmal şekilde birleşmesiyle meydana gelir. ♦ Bu mikrofilamentler hücre hareketine balı olarak devamlı oluşup ayrışabilen yapılardır. ♦ Bazı hücrelerde besin emilimi ve fagositoz gibi olayların gerçekleştirilmesinde görev yapan çıkıntı ve uzantıların yapısında da mikrofilamentler bulunur. ♦ Mikrofilamentler amipte yalancı ayak oluşumunda ve hayvan hücrelerinin boğumlanmasında da görev yapar. -Mikrofilamentlerden daha kalın mikrotübüllerden ise daha ince olan farklı tipte protein içeren yapılardır. -İplik şeklindeki proteinlerin birbirine sarılmasıyla meydana gelir. -Ara filamentler hücrenin şeklinin ve hücredeki organellerin yerinin sabitlenmesinde görev yapar. -Ara filamentler saç ve tırnak gibi yapılarda bol miktarda bulunur. Tübülin proteinlerinden oluşmuştur. Yapıları sert içi boş çubuklar şeklindedir. Hücrenin hareketine bağlı olarak devamlı oluşup ayrışabilen yapılardır. Mikrotübüller hücrenin şeklinin belirlenmesinde, hücrelerin ve hücredeki organellerin yer değiştirmesinde ve hücre bölünmesi sırasında kromozomların ayrılmasında görev yapar. Ayrıca bitkilerde hücre çeperindeki selüloz liflerinin düzenlenmesinde görev yapar. Sentrozomlar tüm hücrelerde bulunmayabilir. Buna rağmen varolan mikrotübüllerin hareketi kromozomların hareketini sağlar. Hayvan hücrelerinde bulunan sentrozom sitoplazma sıvısından ayırt edilebilen bir madde ile çevrelenmiş bir çift sentriyolün bulunduğu bölgedir. Her bir sentriyol 9 adet üçerli mikrotübülden oluşur. Bu mikrotübüller silindirik yapı oluşturacak şekilde dizilir. Sentriyoller hücre bölünmesi öncesinde eşlenerek iki katına çıkar ve bölünme başladığında çekirdeğin iki karşıt bölgesine giderek mikrotübülleri oluşturur. Bu mikrotübüller kromozomların hareketini sağlayan iğ iplikleri olarak görev yapar. SİLLER VE KAMÇILAR: Ökaryot hücrenin hareketini sağlayan yapılardır. Bunlar mikrotübül yapılı olmasıyla sentriyollere benzer. Silller hem çok hücreli hem de tek hücreli ökaryot canlılarda bulunur. Siller kısadır, hareketi ileri geri titreşerek sağlar. Hücre yüzeyinde çok sayıda bulunur. Kamçılar sillerden daha uzun olmaları ve dalga benzeri hareketleriyle farklılık gösterir.