soya tür tayđn real tıme pcr kđtđ

SOYA TÜR TAYĐN REAL TIME PCR KĐTĐ
Kat. No: SNPRT-SY
GĐRĐŞ
DNA ĐZOLASYONU
Soya Tür Tayin Real-Time PCR Kiti, işlenmiş et ürünleri içerisinde soya
Soya DNA’sının izolasyonu, manuel olarak ya da hazır kit yardımı ile yapılabilir.
materyalinin bulunup bulunmadığını tespit eder.
Hangi yöntemle yapılacağı kullanıcının seçimine bırakılmıştır. Soya Tür Tayin
Real-Time PCR Kiti, CTAB bazlı manuel izolasyon yöntemine göre optimize
KĐT PRENSĐBĐ
edilmiştir. Đzolasyon yönteminin ayrıntıları için bize tech@snp.com.tr adresinden
Test prensibi, Taq DNA polimerazın 5’-3’ exonuclease aktivitesine dayanmaktadır.
ulaşabilirsiniz.
Probun 5’ ucunda bir reporter boya ve 3’ ucunda da bir quencer boya
bulunmaktadır. Quencer boya reporter boyanın ışımasını baskılamakta aynı
TEST PROSEDÜRÜ
zamanda da probun primer gibi davranarak uzamasına engel olmaktadır. PCR
•
Bir örnek için, her optik kapaklı strip veya tüpe, 20 µl master miks ve 0,3
esnasında enzim aktivitesi ile birlikte reporter ve quencer arasında bulunan prob
µl Hot Start Taq DNA Polimeraz konulur. Sonra 5 µl (~10-100 ng)
parçalanarak ayrılır, baskılanmanın ortadan kalkmasıyla ışıma meydana gelir. Bu
örnek DNA ‘sı ilave edilir.
işlem sadece hedef bölge üzerinde hibridize olmuş problarda gerçekleşir.
•
Hafifçe pipetlenerek karıştırılır.
Amplifikasyon miktarı arttıkça, reporter boyanın açığa çıkmasıyla birlikte ışıma
•
Aşağıda belirtilen programla çalıştırılır.
doğrusal olarak artmakta ve bu artış cihaz tarafından eş-zamanlı olarak tespit
•
Birden fazla örnek için, Master miks ve Hot Start Taq DNA Polimeraz
edilmektedir.
miktarları, çalışılacak örnek sayısı ile çarpılmalı, oluşan karışımdan 20 µl
tüplere bölünmeli ve ayrı ayrı örnek DNA’ları konulmalıdır.
ÜRÜN ÖZELLĐKLERĐ
Kit, PCR için gerekli tüm bileşenleri içerisinde bulundurur. Soya türüne spesifik
primer ve problar yardımı ile örneğin içeriği tespit edilir.
PCR PROGRAMI
Kit ayrıca internal
kontrol içeriği ile PCR reaksiyonunuzun çalışmasını da kontrol etmektedir.
KĐT ĐÇERĐĞĐ
•
•
•
•
Bileşen
Soya Master Miks
Pozitif Kontrol DNA
Negatif Kontrol DNA (*)
Hot Start Taq DNA Polymerase
20 Test
430 µl
20 µl
20 µl
10 µl
(*) Negatif kontrol DNA’lar ilgili türlerin çapraz reaksiyon gösterebileceği
türlerden seçilmiştir (Örn: Soya için negatif kontrol Mısır DNA’ sı, vb.). Böylece
sistemin çapraz reaksiyon kontrolünü de yapabilirsiniz.
SAKLAMA KOŞULLARI
95 °C
10 Dk.
95 °C
15 Saniye
60 °C
1 Dk.
60 °C’de floresan boya olarak FAM ve HEX/JOE seçilmelidir.
Eğer;
•
ABI Prism® sistemi kullanıyorsanız, lütfen pasif referans olarak “none”
seçeneğini seçiniz.
•
Mx3000p/Mx3005p kullanıyorsanız,
seçiniz.
Bu sistemin çalışabileceği cihazlar;
•
Tüm bileşenler – 20°C de ve karanlıkta saklanmalıdır.
ABI Prism ® 7000/7300/7500/7900
•
Tüm bileşenler, ürün kutusunun üzerinde belirtilen son kullanma tarihine
Mx3000P/Mx3005P
kadar kullanılabilir.
•
Sürekli eritip çözdürmek, ürünün hassasiyetinde azalmalara neden olabilir.
35 Döngü
Smart Cycler II, iCyler iQ™4 / iQ™5
Roche LightCycler® 480 System
lütfen referans boya olarak “rox” u
ANALĐZ
PCR işlemi bittikten sonra, sonuçlarınızı FAM ve HEX/JOE boyasında analiz
edebilirsiniz. Đnternal Kontrol pikleri HEX/JOE boyası ile, türe ait pikleri ise FAM
boyası ile analiz edilmelidir.
OLASI PROBLEMLER
Eğer internal kontrol çalışmıyorsa,
•
DNA eksikliği,
Đnternal kontrol, tüm kuyularda pik vermeli ve CT değeri 24 ≤ X ≤ 28
•
Hot start Taq DNA Polimeraz eksikliği veya yetersizliği,
aralığında olmalıdır. Pik alamadığınız durumlar için “olası problemler” bölümüne
•
Test’te inhibitör varlığı ,
bakabilirsiniz.
söz konusudur.
Eğer pikler geç başlıyorsa,
Öncelikle örneklerinizin piklerini pozitif kontrol DNA pikleri ile karşılaştırın. Eğer
pozitif kontrol DNA da bir sorun yoksa,
•
Örneğinizin DNA’sı saf değildir veya az miktarda inhibitör içeriyor olabilir.
•
Yeterli miktarda DNA elde edememiş olabilirsiniz.
Böyle durumlarda çalışma tekrar edilmeli eğer aynı problem devam ediyorsa
yeniden DNA izolasyonu yapılmalıdır.
Daha fazla soru ve problem için, lütfen Ar - Ge bölümü ile temasa geçiniz.
tech@snp.com.tr.
UYARILAR
•
Saklama koşullarına uygun olarak saklanmalıdır.
•
Oda sıcaklığında unutulmuş PCR master miksleri kullanılmamalıdır.
•
PCR master miksi oda sıcaklığında tamamen eritilip, baş aşağı edilerek
hafifçe karıştırıldıktan sonra tüplere bölünmelidir.
•
Master miksler tüplere bölündükten sonra Hot Start Taq DNA Polimeraz ve
DNA eklenerek hemen PCR işlemine geçilmelidir.
Türe ait pikler için de FAM boyasında analiz yapmanız gerekmektedir. Bu boyada
görmeniz gereken CT değer aralığı ise 12 ≤ X ≤ 28 dir.
sözkonusu tür için “negatif” yorumunu yapabilirsiniz.
Eğer pik yoksa
•
Belirtilenden fazla Hot Start Taq DNA Polimeraz koyulmamalıdır.
•
Yukarıda belirtilen PCR programı uygulanmalıdır.
•
PCR master miksleri vücut içinde kullanıma uygun değildir. Sadece belirtilen
türlerin tespitinde vücut dışı test kiti olarak kullanılır.
•
PCR master mikslerin raf ömrü 6 aydır. Kullanmadan önce üretim tarihine
dikkat edilmelidir.
Düzenlenme Tarihi: 12.03.2012