2. BÖLÜM TOHUM GELĠġĠMĠ VE OLGUNLAġMASI 2. 1. EMBRĠYO VE DEPO DOKU OLUġUMU 2. 1. 1. MORFOLOJĠK DEĞĠġĠMLER Tohum gelişimiyle ilgili fizyolojik ve biyokimyasal olaylara geçmeden önce, embriyo ve depo doku oluşumu ile ilgili morfolojik ve anatomik kavramların anlaşılması gerekir. Bitkiler aleminde tohum gelişimi ile ilgili olaylar oldukça büyük varyasyonlar gösterirler. Bu nedenle bu bölümde sadece gimnosperm olan koniferlerle angiosperm olan mono ve dikotil bitkilerde tohum gelişimi ana hatlarıyla incelenecektir. Koniferlerde yumurta nukleusu dişi gametofit içinde bulunur ve polen tüpünden gelen bir gametle döllenir. Oluşan zigot birçok serbest nükleus oluşturmak üzere bölünür. Oluşan nükleusların etrafı hücre çeperi ile çevrilir ve proembriyo oluşur. Daha sonraki bölünmeler embriyo ve süspensor hücrelerini meydana getirir. Bunlar embriyoyu ve uzamış süspensoru oluşturmak üzere gelişirler. Ancak koniferlerde genelde hücreler 4 embriyoyu oluşturmak üzere birbirinden ayrılırlar. Daha sonra bunlardan sadece bir tanesi gelişirken diğerleri bozulur. Tohumun içinde megagametofitin orta kısmı (haploid dişi gametofit) parçalanarak embriyonun yerleşebileceği bir boşluk oluşturur. Yağ, nişasta ve protein gibi depo maddeleri ise çimlenmeden sonra kullanılmak üzere megagametofitin kalıcı kısımlarında depo edilir. Angiospermlerdeki döllenmenin temel özelliği iki erkek nukleusun kullanılmasıdır. Bunlardan birisi polen tüpünden çıkarak yumurta ile birleşir ve diploid zigotu oluşturur. Diğeri ise diploid olan embriyo kesesi sekonder nukleusu ile birleşir ve triploid bir yapıyı oluşturur. 32 Çift döllenme angiospermler için karakteristiktir. Ancak bu olayın bir gametofit olan Ephedra'da da meydana geldiği belirlenmiştir. Bu bitkide ikisi de haploid olan iki nukleus birleşir ve triploid bir yapı oluşmaz. Angiospermlerde, ginmospermlerdeki gibi serbest nukleus evresi yoktur. İlk bölünme sonunda apikal ve bazal hücreler meydana gelir. Dikotil bitkilerde süspensor bazal hücreden oluşur. Embriyonun kökeni ise apikal hücredir. Monokotillerde ise bazal hücre bölünmez ve süspensorun terminal veya haustoryal hücresini oluşturur. Embriyo ve süspensorun birkaç hücresini apikal hücre oluşturur. Dikotillerdeki olgun tohumdaki embriyo iki tane, monokotillerde ise bir tane kotiledona sahiptir. Poaceae familyası üyesi olan bitkilerdeki tek kotiledon skutellum olarak bilinir. Poaceae üyelerinin embriyolarında ayrıca radikulayı saran koleorhiza ve plumulanın etrafındaki koleoptil olmak üzere özelleşmiş yapılar bulunur. Dikotil bir tür olan kolzada (şekil 2. 1 ve şekil 2. 2) ve monokotil olan tahıllarda embriyo gelişimi şekil 2. 3 'de gösterilmiştir. ġekil 2. 1. Arabidopsis'de embriyo gelişiminin evreleri (kt: kotiledon; hk: hipokotil; gm: gövde meristemi; km: kök meristemi; k: kök). 33 ġekil 2. 2. Arabidopsis'de embriyo gelişiminin evrelerinin elektron mikroskobundaki görüntüleri. ġekil 2. 3. Mısırda embriyo gelişiminin evreleri (e: embriyo; s: süspensör; i: integüment; sk: skutellum; kol: koleoptil; gam: gövde apikal meristemi; hip: hipokotil; kam: kök apikal meristemi; kole: koleorhiza; P: primordiyum; L1: birinci gerçek yaprak; L2: ikinci gerçek yaprak; L5: beşinci gerçek yaprak). 34 Hücreleri triploid olan gerçek endosperme sadece angiospermlerde rastlanır ve üç nukleusun birleşmesiyle oluşmuştur. İki farklı tipte endosperm gelişimi mevcuttur. Nüklear endosperm gelişiminde, endospermde çeper oluşumu öncesinde birçok serbest nukleus bölünmesi gözlenir (Şekil 2. 4 ve 2. 5). Hücresel endosperm gelişiminde ise serbest nüklear evre bulunmaz (Şekil 2. 6A). Her iki tip endosperm gelişimine hem gimnospermlerde hem de angiospermlerde rastlanır. ġekil 2. 4. Tahıllarda nüklear endosperm gelişimi (mv: merkezi vakuol; sit: sitoplazma; en: endosperm nükleusu; M: mitoz; RMS: radyal mikrotübül sistemi; mhç: merkezi hücre çeperi; alv: alveol; ahç: apikal hücre çeperi; phç: periklinal hücre çeperi) (Olsen 2004'den değiştirilerek alınmıştır). Bazı monokotillerde nadiren görülen diğer bir endosperm gelişim tipi ise helobiyal gelişimdir. Helobiyal endosperm gelişiminde nukleus bölünmesini hücreselleşme izler (Şekil 2. 6B). Gelişimi boyunca hem komşu hücrelerden endosperme bazı besin maddeleri iletilir hem de bazı besinler endospermde oluşur. Böylece embriyo hem olgunlaşma hem de çimlenme ve büyüme döneminde besin alabileceği bir doku ile sarılmış veya bağlantı kurmuş olur. Tahıl embriyoları olgunlaşma boyunca endospermden çok az besin kullanırlar. Ancak olgun embriyonun skutellumu ile nişasta içeren endosperm arasında bulunan tabaka bu süreçte kaybolur. Tahıllarda endosperm gelişimine verilebilecek en iyi örnek arpadır. Endospermi 35 ġekil 2. 5. Arabidopsis'de nüklear endosperm gelişimi (mv: merkezi vakuol; sit: sitoplazma; en: endosperm nükleusu; mb: mikropil bölgesi; klz: kalaza; MEN: mikropilar endosperm; e: embriyo; KLZEN: kalazal endosperm; PER: periferal endosperm; RMS: radyal mikrotübül sistemi; alv: alveol; nod: nodül; hen: hücresel endosperm; alvr: alevron; oe: olgun embriyo (Olsen 2004'den değiştirilerek alınmıştır). olmayan dikotil tohumlarında, endospermdeki depo maddeleri gelişen embriyo tarafından kullanılarak tüketilir. Daha sonra çimlenme evresinde embriyoya gereken besinleri sağlamak üzere besi doku yeniden organize olur. Endosperme sahip olan dikotillerde ise endosperm sürekli besi doku olarak kalır. Bu doku alevron tabakası ile çevrilebilir. Endosperme sahip olmayan bazı türlerde nusellus perispermin iç kısmına doğru gelişebilir. Ancak bu nadir görülen bir olaydır. Gelişimle ilgili bu olaylar konusunda türe veya familyaya özgü birçok varyasyon vardır. Örneğin embriyonik dokuların kökeni, süspensörün hücre sayısı (1-100), endospermdeki ploidi (2n-15n), endosperm morfolojisi (alevron tabakasının bulunup bulunmaması, hücre tabakası sayısı), gövde ucunun özellikleri bakımından farklılıklar bulunur. Bazı türlerde plumula çok sayıda yaprak içerebilir. Bazılarında ise oldukça ilkel bir plumula vardır. Tohum taslağının dışındaki yapılardan olan integümentler, tohum olgunlaşması sırasında önemli 36 değişimler geçirerek testayı meydana getirirler. Testanın yapısı ve kalınlığı da türe veya bitkinin yaşadığı ortamın koşullarına göre değişebilir. ġekil 2. 6. (A) Hücresel ve (B) helobiyal endosperm gelişimi (PEN: periferal endosperm). 2. 1. 2. GELĠġMENĠN DÜZENLENMESĠ Embriyo ve endospermde döllenmeden sonra, embriyonun temel bölgelerini, süspensörü, embriyo dışındaki depo dokularını ve bunları çevreleyen yapıları belirleyen morfogenetik olaylar meydana gelir. Bu dönemde hem embriyonik eksen oluşumu gerçekleşir hem de daha sonraki dönemde vejetatif bitki yapısını oluşturmak üzere morfogenetik programlar aktif hale gelir. Embriyo ve tohum gelişiminin 3/4'ü gelişmenin erken evrelerindeki bu düzenlemenin eseridir. Gelişen embriyonun farklı bölgeleri ile bunu çevreleyen dokular arasındaki etkileşim de morfogenetik programlamada önemli rol oynar. Embriyo oluşumu boyunca yaklaşık 37 20,000 genin ekspreslendiği ve bunların en azından % 20' sinin bazı gelişim olaylarını spesifik olarak etkileyen bilgileri içerdiği bilinmektedir. Tohum oluşumu ve erken gelişim dönemindeki olayların düzenlenmesi konusunda hangi genlerin özellikle önemli olduğu ve bunların tohum taslağı içindeki morfolojik değişimleri nasıl sağladığı tam olarak bilinmemektedir. Ancak bu genlerdeki mutasyonlar depo maddelerinin içeriğinde ve tohumun morfolojisinde değişimlere yol açmaktadır. Örneğin bezelye genomundaki R bölgesinde bulunan genlerin modifikasyonunun buruşuk testa oluşumuna neden olduğu ortaya çıkarılmıştır. Günümüzde tohumlardaki morfolojik değişimleri kontrol eden genlerin belirlenmesi daha büyük önem taşımaktadır. Bu amaçla normal tohum gelişimi konusunda bozukluklara sahip olan mutantlar üzerinde çalışmalar yapılmaktadır. Böylece gelişme ile ilgili önemli roller oynayan genlerdeki anormalliklerin izlenmesi amaçlanmaktadır. Mısırda yapılan mutasyon oluşturucu çalışmalarla, embriyo ve endosperminde kusurlar bulunan birçok mutant (dek) belirlenmiştir. Bu şekilde embriyo oluşumunu yönlendiren genetik programlama mekanizması konusunda fikir elde edilmeye çalışılmaktadır. Mısırın bazı mutantlarında (emb) ise endospermde herhangi bir sorun olmamasına rağmen, embriyo gelişiminde anormallikler belirlenmiştir. Bu tip mutasyonların 51 tanesinin embriyo gelişiminin farklı evrelerini etkilediği bilinmektedir. Normal genlerin izolasyonu, klonlanması ve bunların ürünleri hakkında bilgilerin elde edilmesiyle, embriyo oluşumunun düzenlenmesi hakkında moleküler ve biyokimyasal bilgiler ortaya çıkarılmıştır. Bu yolla, örneğin Arabidopsis' de gelişimi proembriyo evresinden, olgunlaşmanın geç dönemlerine kadar farklı evrelerde bloke eden letal genler belirlenmiştir. Son dönemlerde ise mutantların kullanımıyla, embriyo ve tohum gelişimi ile ilgili ayrıntılar daha başarılı bir şekilde aydınlatılmaktadır. 2. 2. TANE VE TOHUM DOLUMU ĠÇĠN GEREKLĠ ASĠMĠLATLARIN KAYNAĞI Hasat edilmiş ürünlerde tane dolumunun hangi ölçüde meydana geldiği önemli bir tarımsal parametredir. Bu konuda üstün özelliklere sahip olan yeni çeşitlerin ıslahı için çalışmalar yapılmaktadır. Ayrıca hastalıklara dirençli, stres faktörlerine toleranslı, suyu daha etkili bir şekilde kullanabilen, karbon ve azot içeren bileşiklerin translokasyonu konusunda daha yeterli olan çeşitlerin geliştirilmesi de ıslah çalışmalarının hedefleri arasındadır. Bu amaçla tohumlarda bulunan fotosentez kaynaklı depo maddeleri, bunların vejetatif dokulardan 38 tohuma translokasyonu ve tohum verimi üzerinde etkili olan çevresel faktörler üzerinde kısaca durulacaktır. 2. 2. 1. TAHILLAR Tahıl tanelerinin gelişiminde iki farklı evre ayırt edilebilir. Bunlar tane büyümesi ve tane dolumudur. Tane büyümesi hücre bölünmesinin bir sonucudur. Bunun için suyun taneye girmesi ve hücrelerin büyümesi gerekir. Tane dolumu protein ve nişasta gibi depo maddelerinin endosperm içinde birikimi ile sağlanır. Serbest şekerler, nişasta ve diğer polisakkaritler gibi karbohidratların miktarı ana bitkinin vejetatif kısımlarında anterlerin açılma döneminde maksimum seviyeye ulaşır. Daha sonra karbohidrat miktarı azalmaya başlar. Tanelerin son kuru ağırlığının yaklaşık % 15-20 kadarının bu karbohidratların büyümekte olan tanelere translokasyonu ile sağlandığı tahmin edilmektedir. Bu dönemde bitkinin farklı kısımlarındaki fotosentez etkinliğinin tane dolumuna etkisi, fotosentetik kapasiteye, ortamdaki ışık miktarına ve tanelerin bu dönemde bitki üzerinde kalma süresine bağlıdır. Tahıllar nihai azot içeriklerinin yaklaşık % 90'ını antesisten önceki dönemde biriktirirler. Daha sonra azot, bitkinin vejetatif kısımları yaşlandıkça, gelişmekte olan tanelere taşınır. Tanelerin azot içeriği bu dönemde gerçekleşen taşınımın etkinliğine bağlıdır. Genelde yüksek oranda azot içeriğine sahip olan çeşitlerde, vejetatif kısımlardan reprodüktif kısımlara doğru azot taşınımı daha yoğun olarak gerçekleşir. Bu dönemde gözlenen fotosentetik etkinlik türe özgü değişimler gösterir. Buğday ve arpada net fotosentez hızı bayrak yapraklarda ve başakta nispeten daha yüksektir. Bu yapraklar taneler için ana besin maddelerini sağlarlar. Bayrak ve başak yaprakların bu konudaki payları türe göre değişir. Yulaf ve pirinçte bu yaprakların tane dolumu üzerinde eşit öneme sahip olduğu sanılmaktadır. Mısırda koçanın üzerindeki yaprakların ürettiği şekerler, tanelere daha etkili bir şekilde taşınır. Ancak koçanın altındaki yapraklarla sağlanan şeker taşınımı daha zayıftır. Genelde yukarıda bulunan yapraklar asimilatları tanelere ve gövdeye; aşağıdaki yapraklar ise köklere verirler. Ayrıca bir başak içinde bile asimilatların dağılımı farklıdır. Olgunlaşma boyunca, bitkinin yeşil kısımlarının varlığını sürdürmesi tane verimi için önemli bir faktördür. Örneğin pirinç yaprakları taneler olgunlaşıncaya kadar yeşil renklidir. Ancak buğdayda yapraklar taneler olgunlaşmadan önce sararır. Bu durumda fotosentetik ürünlerin olgunlaşmanın geç dönemlerinde tanelere ulaştırılması önem kazanır. Fakat bu dönemde 39 tanelerin solunum hızı şeker ve diğer moleküllerin tanelere taşınım hızını aşabilir ve sonuçta tane ağırlığında azda olsa azalma görülür. Ortamdaki ışık miktarı da bitkinin belli kısımlarındaki fotosentez hızını etkiler. Arpa ve buğdayda gelişmekte olan başak yapraklar ışığa maruz kalınca fotosentetik potansiyel tam olarak kullanılır. Ancak geliştirilen bazı pirinç çeşitlerinde başak yapraklar kıvrılarak, bayrak yaprakların seviyesinin altına iner. Bu şekilde engellenen gölgeleme, tane dolumunda kullanılan asimilatlar konusunda az da olsa katkı sağlanmış olur. Tarla koşullarında farklı bitki kısımlarının fotosentetik etkinliğe olan katkısını belirlemek zordur. Ancak bu konuda yaprak alanı, yaprak yaşı, yaprağın ışığı alma açısı, gölgeleme, başak yaprakların yapısı, sıcaklık, besin ve su miktarı da bu konuda etkilidir. 2. 2. 2. BAKLAGĠLLER Baklagil türleri arasında tohum dolumunda kullanılan karbon ve azot kaynakları bakımından önemli farklılıklar vardır. Bu bitkilerde çiçeklenmeden önce fotosentezin ürünleri kök ve nodüllerde gerçekleşen solunum olayında kullanılır ve aynı dönemde yeni yaprak ve köklerdeki kuru maddenin yapısına gerekli karbon ilavesi de yapılır. Lupinus alba gibi bazı baklagillerde çiçeklenmeden sonraki dönemde de fotosentez ürünlerinin kök ve nodüllere dağıtımı devam eder. Tohum oluşumu için gereken karbon ve azotlu bileşikler, gövdenin vejetatif kısımlarından taşınarak temin edilir. Vigna ungiuculata 'da ise tohum oluşmaya başlayınca, fotosentez ürünlerinin bitkinin toprak altı kısımlarına taşınması engellenir. Yapraklar hızla dökülür ve fotosentez ürünleri gelişen meyvelere taşınır. Acı bakla tohumlarındaki azotun % 75'i çiçeklenmeden sonraki dönemde simbiyotik azot fiksasyonu ile sağlanır. Vigna ungiuculata 'da ise azot ihtiyacının % 69'u antesisten önceki dönemde sağlanır. Bu evrede bileşik yapraklardaki protein deposu meyvelere taşınır. Bezelyede karbon ve azotun büyük kısmı çiçeklenme boyunca ve meyve oluşumunun erken döneminde sağlanır. 2. 2. 3. ASĠMĠLATLARIN GELĠġEN TOHUMLARA TRANSLOKASYONU Sukroz fotosentezin gerçekleştiği bölgelerden gelişen tohumlara taşınan şeker formudur. Sukrozun bitkinin vejetatif kısımlarından tohumlara uzun mesafeli taşınımı floemle sağlanır. Gelişen tahıl tohumlarının ana bitkiyle doğrudan vasküler bağlantısı bulunmaz. Kısa mesafeli taşınım mekanizması ile asimilatlar vasküler dokulardan endospermin depo bölgesine taşınır. 40 Buğday ve arpa gibi tahıllarda asimilatlar belli bölgelerde bulunan vasküler doku ile sırayla funikulus-kalaza bölgesi, nusellus çıkıntısı, alevron tabakası ve nişastalı endosperme geçerler. Pirinç tanelerinde ise besinler, perikarp içindeki vasküler demetle tanelere taşınır. Mısır ve sorgum gibi tropikal tahıllarda ise asimilatlar, floem yoluyla tanelerin taban kısmındaki pedisele taşınır. Bazı özelleşmiş transfer hücreleri, asimilatların maternal dokudan gelişen endospermin taban kısmına taşınımını kolaylaştırır. Transfer hücrelerinde çeperin içeriye doğru büyümesi ile oluşan yapılar bulunur. Böylece asimilatların absorbsiyonu ve endosperme verilmesini kolaylaştıran plazmalemmanın yüzey alanının artması sağlanır. Arpa ve buğdayda floemden boşalan asimilatlar, maternal dokulardan nusellar çıkıntıya simplastik olarak geçerler. Buradan transfer hücreleri yardımıyla apoplasta gönderilirler. Bu aşamada aktif taşınımı sağlayan ve hücre zarında bulunan pompalarla, turgorun etkili olduğu pasif taşınım etkili olur. Asimilatlar buradan difüzyonla endosperme geçerler. Endospermin dış kısmında bulunan alevron tabakasındaki bazı hücreler transfer hücrelerine modifiye olurlar. Nişastalı endosperm bölgesine taşınım simplastik olarak sağlanır ve asimilatlar bu bölgede diğer depo maddelerinin sentezi için kullanılır. Mısır tanelerinin taban kısmında bulunan pedisel invertaz adı verilen enzimi içerir. Bu enzim sukrozu fruktoz ve glukoza kadar parçalar. Oluşan ürünler aktif olarak endosperm hücrelerine taşınır ve tekrar sukroza dönüştürülür. Sukrozun maternal dokudaki hidrolizi mısırdaki taşınım olayının integral kısmını oluşturur. miniature-1 gibi invertaz içermeyen mutantlarda floem boşalmasında, endosperm gelişiminde ve pedisel gelişiminde anormallikler gözlenir. Pedisel hasarına neden olan önemli faktörlerden birisi, invertaz eksikliğinden dolayı sukrozun birikim göstermesi ve hücrelerdeki ozmotik bozukluktur. Arpa ve buğdayda sukroz, maternal dokulardan gelişmekte olan endosperme alınır. Bu konuda yapılan araştırmalarda aminoasitlerin gelişen tahıl tanelerine alınımına daha az önem verilmiştir. Fakat özellikle asparagin ve glutamin adlı aminoasitlerin ana bitkiden taşınımı önemlidir. Diğer aminoasitlerin oluşumu ise gelişen tanelerde gerçekleşir. Glutamin ve asparagin gibi bazik aminoasitlerin amino grupları, yeni sentezlenecek olan aminoasitlerin amino grupları için bir kaynak oluştururken; karbon iskeleti ise taşınan karbohidratlardan sağlanır. Depo proteinlerinin sentez hızı asparagin ve glutaminin hem taşınım hızı hem de diğer aminoasitlere dönüşüm hızı ile kontrol edilir. Asimilatların gelişen tahıl tanelerine taşınımı, bu tanelerin depo maddeleriyle dolması ve şişmesi ve floemin bulunduğu kısımların parçalanarak fonksiyonunu kaybetmesi sonucu durur. 41 Endospermik olmayan baklagil tohumları gelişmenin erken evrelerinde gereken besinleri embriyo kesesinde bulunan endosperm veya nusellar sekresyon denilen embriyoyu saran sıvı ortamdan temin eder. Fakat sonraki dönemlerde kotiledonlarda depo edilecek olan besinler ana bitkiden alınır. Bu olay vasküler dokudan gelerek dallanan tohum muhafazası (zarfı) içinde ilerleyerek funikulus yoluyla ileride testayı oluşturacak olan integümentlere ulaşan vasküler demetlerle kolaylaştırılır. Asimilatların funikulus yoluyla testadan kotiledonlara difüzyonla iletimi transfer hücreleri ile sağlanır. Testada bulunan ve asimilatların dağıtımını sağlayan floem, bezelyede olduğu gibi bir veya iki demetten veya soyadaki gibi ağ şeklinde bir yapıdan oluşabilir. Testa ile embriyo arasında simplastik bir bağlantı bulunmaz. Bu nedenle testa floemindeki asimilatlar, embriyoya apoplastik boşlukla iletilir. Embriyo asimilatları aldıktan sonra, bu asimilatlar simplastik olarak dağıtılır ve depo maddelerinin sentezinde kullanılır. Baklagillerde türe bağlı olarak değişmesine rağmen, testa veya embriyonun dış tabakalarında transfer hücreleri bulunur ve sukroz testadan tohuma geçerken hidroliz edilmez. Testa floeminde taşınan karbonun yaklaşık % 85'i sukroz formundadır. Floemdeki azotun temel formu ise asparagin ve glutamindir. Ancak soyadaki azot kaynağının % 10-15 kadarı üreidlerden oluşur. Bu tip bitkilerin tohumlarının testalarında üreidleri asparagin ve glutamine çeviren enzimler bulunur. Çiçeklenmeden sonraki dönemde bezelye tohumlarındaki floem öz suyunda asparagin miktarı artış gösterir. Testa floemindeki aminoasit miktarı bitkinin ihtiyaç duyduğu azotu hangi formda aldığına bağlıdır. Örneğin azotu simbiyotik fiksasyonla alanlarda asparagin miktarı daha fazladır. Gelişmekte olan tohumlara verilen aminoaist kompozisyonu ile testadaki aminoasit kompozisyonu farklıdır. Örneğin testadan apoplasta geçen sıvının yapısında alanin ve treonin miktarı, asparagine göre fazladır. Testada, buradaki aminoaistlerin değişime uğramasını sağlayan enzimler mevcuttur. Örneğin asparaginaz enzimi, bezelye testalarında oldukça aktiftir ve asparaginin yapısında bulunan amino gruplarını uzaklaştırır. Bu veriler baklagillerdeki azot metabolizmasının türe, azot beslenmesine ve çevresel faktörlere bağlı olarak değişimler sergileyebileceğinin gösterir. Soya ve bezelyenin bazı çeşitlerinde yaprak ve tohum muhafazalarında fotosentezle üretilen sukroz, tohuma taşınmadan önce nişasta halinde geçici olarak tohum muhafazasında depo edilir. Tohum muhafazası denilen yapı, P. vulgaris gibi türlerde, hem solunum sonucu oluşan CO2' nin kullanılması için fotosentez yapar hem de şekerlerin sürekli depolandığı bir bölge 42 olarak rol oynar. Tohum muhafazasında geçici olarak depolanan azot ise asetilhomoserin ve homoserin yapısındadır. Son yıllarda özellikle absisik asidin bazı asimilatların gelişen tohumlara taşınımını, floem boşalmasını ve havuz kapasitesini kontrol ederek düzenlediği belirlenmiştir. Boş testa tekniği yöntemi olarak bilinen çalışmalarda tohum muhafazası içinde bulunan ve gelişmekte olan tohum çıkarılır ve testanın içi ozmotik etkinliğe sahip bir çözelti ile doldurulur. Sukroz ve aminoasitlerin testadan iç kısımlara taşınması, testa içinde yüksek ozmotik konsantrasyona sahip bir ortam gerektirir. Böylece testa simplastındaki düşük turgorun yapraklardan, yani kaynaktan asimilat alınımını sağladığı düşünülür. 2. 2. 4. ÇEVRESEL FAKTÖRLERĠN TOHUM GELĠġĠMĠ ÜZERĠNE ETKĠSĠ Tohum gelişimi sırasında çevresel stres faktörlerine verilen cevaplar oldukça karmaşıktır. Ancak stresin neden olduğu genel etki, tohum sayısı ve kalitesinin azalmasıdır. Tohum gelişiminin farklı evrelerinde düşük veya yüksek sıcaklık, kuraklık ve besin eksikliği gibi stres faktörleri etkili olabilir. Hatta birçok zaman aynı anda birden fazla stres faktörü ortaya çıkabilir. Genelde yüksek sıcaklık ve kuraklık stresi aynı anda ortaya çıkan stres tipleridir. Bu durumda stresin tohum gelişimi üzerindeki olumsuz etkisi daha fazladır. Stresin etkili olduğu süre ve tohum gelişiminin hangi evresinde ortaya çıktığı da önemlidir. Örneğin tohum gelişimi sırasında ortaya çıkan kuraklık stresi, oluşacak tane sayısının azalmasına neden olur. Eğer kuraklık antesis ve döllenme döneminde ortaya çıkarsa, polen oluşumu etkilenir. Mısırda ise stigma oluşumunda anormallikler gözlenir. Döllenmeyi izleyen dönemde hücre bölünmesi ve büyümesi, tanelerin boyutunu ve besin depolama kapasitesini etkileyeceğinden, bu dönemdeki kuraklık ve yüksek sıcaklık koşulları önemlidir. Buğdayda yüksek sıcaklık tane dolum evresini kısaltır. Bu durum muhtemelen gelişmenin hızlanmasının bir sonucudur. Bu koşullarda tane dolum hızı ile oluşan hücre sayısı arasında bir orantı olmadığından, olgunlaşma tamamlandığında tene ağırlığı azalmıştır. Sıcaklığın 15 °C' den 30 °C' ye yükselmesi, tohumdaki protein miktarının daha fazla artmasına neden olur. Benzer bir duyarlılık kuraklık koşullarında da ortaya çıkar. Baklagil tohumlarının gelişmesi sırasında da stres faktörleri etkilidir. Soyada tohum gelişiminin erken dönemlerinde görülen kuraklık, tohum muhafazalarının absisyona uğraması 43 yüzünden, oluşan tohum sayısını azaltır. Gelişmenin ilerleyen dönemlerinde ortaya çıkan kuraklık ise fotosentez hızının, dolayısıyla gelişen tohumların ihtiyaç duyduğu asimilat miktarının ve verimin azalmasına yol açar. Tohumların canlılığı da stres koşullarından olumsuz etkilenir. Gelişim boyunca ortaya çıkan düşük sıcaklık, bazı yağ bitkilerinin lipid içeriğinde kalitatif ve kantitatif değişimlere yol açar. Örneğin gelişmenin daha sonraki aşamalarında ortaya çıkan düşük fakat öldürücü olmayan sıcaklıklar, kolzada testanın yeşil renkli kalmasına neden olur. Yağların klorofil ile kontaminasyonu ise yağın ticari değerini azaltan bir faktördür. 2. 3. BESĠNLERĠN DEPO DOKULARDA BĠRĠKĠMĠ Birçok olgun tohumda önemli miktarlarda en az iki üç farklı tipte depo maddesi bulunur. Birçok besin maddesi de tohum gelişimi boyunca sentezlenir. Depo edilen maddelerin tipi ve miktarının nasıl belirlendiği merak edilen bir konudur. Tohum yapısında bulunan aynı dokuda bazen iki hatta üç farklı madde sentezlendiğine göre, tohumlarda bununla ilgili birbirinden bağımsız biyokimyasal sentez mekanizmaları bulunmalıdır. Tohuma ulaşan asimilatların tohum içindeki farklı bölgelere uygun miktar ve tipte dağıtılması gerekir. Bu konuda etkili olan mekanizmalardan birisi sentez olaylarının farklı hücresel yapılarda gerçekleşmesidir. Örneğin nişasta ve yağ asitleri plastidlerde, proteinler ise sitoplazma ve endoplazmik retikulumda sentezlenir. Bu nedenle sukrozdan gelecek olan karbon atomlarının nerede ve nasıl kullanılacağı daha önceden belirlenmiştir. Ancak bu programlamanın nasıl yapıldığı tam olarak bilinmemektedir. Aynı plastid içinde yağ asidi ve nişasta sentezi için kullanılacak moleküllerin paylaşımının nasıl yapıldığı da henüz anlaşılamamıştır. Örneğin mısır embriyosunda bulunan plastidler büyük ölçüde yağ asidi sentezi ile ilgilidir. Ancak endospermdeki plastidlerde nişasta sentezlenir. Yağ depolayan embriyoların kotiledonlarında gelişimin erken evrelerinde nişasta daha sonra ise yağ asidi sentezi yapılır. Bu olaylarda farklı enzimlerin oransal aktiviteleri etkilidir. Dolayısıyla bu enzimlerin sentezinden sorumlu olan genlerin ekspresyonu da farklıdır. Günümüzde bu tip düzenleyici mekanizmalar hakkında yeterince bilgi yoktur. Ancak bazı endojen (içsel) faktörlerle çevresel faktörler önemlidir. Tohumun depo içeriği arttıkça meydana gelen değişimler, tohum gelişimi sırasında oluşan değişimlerle ilişkilidir. Birinci bölümde tohumun, zigotun hücre bölünmeleri ve farklılaşma olayları ile çok hücreli yapının kazanılması şeklinde büyüdüğü belirtilmişti. Bu olaylar dizisi histolojik farklılaşma olarak bilinmektedir. Aynı zamanda hücre genişlemesi, tohumun taze 44 ağırlığı ve su miktarında da artış görülür. Depo maddelerinin sentez ve depolanması sonucu, kuru ağırlıkta hızlı bir artış meydana gelir ve hücreler depo maddelerine yer sağlamak için genişlerler. Daha sonra tohumun taze ağırlığı nispeten sabitlenir. Ancak bu arada tohum, depo hücrelerinin çözünmeyen maddelerle doldurulması sonucu su kaybeder. Tohum maksimum kuru ağırlığa yaklaştıkça su kaybetme hızı da azalır. Son aşamada tohumda olgunlaşma ve kuruma meydana geldikçe, tohumun su miktarı iyice azalır, ana bitkiden ayrılır ve dormansi periyoduna girer (Şekil 2. 7). Bu olayların gerçekleşmesi bitki türü ve çevresel faktörlere bağlı olarak birkaç günle birkaç ay gibi bir zaman alabilir. ġekil 2. 7. Gelişim boyunca tohumların taze ağırlık (TA), kuru ağırlık (KA) ve su miktarı (SM) gibi parametrelerde meydana gelen değişimler. 2. 3. 1. NĠġASTA SENTEZĠ Nişasta tohumlarda amiloz ve amilopektin formunda bulunur. İlk olarak amiloz sentezi gerçekleşir. Daha sonra bazı modifikasyonlarla amilopektin oluşur. Tohumlara karbohidratların taşınım formu olan sukroz, nişasta sentezinin substratıdır. Sukroz ilk olarak fruktoz ve UDP-glukoza (uridin difosfoglukoz) dönüştürülür. Bu reaksiyon sukroz sentaz 45 enzimi ile katalizlenir. Daha sonra fruktoz, hekzokinaz enzimi yardımıyla fruktoz-6-fosfata fosforile edilir. Fruktoz-6-fosfat, heksoz fosfat izomeraz enziminin katalizlediği bir reaksiyonla glukoz-6-fosfata dönüştürülür. Bu arada UDP-glukozdan, UDP-glukoz pirofosforilaz enziminin yardımıyla, glukoz-1-fosfat oluşturulur. Bu molekül de mutaz enzimi ile glukoz-6-fosfata dönüştürülür. Nişasta biyosentezinin bu basamakları sitoplazmada gerçekleşir. Glukoz-6-fosfat amiloplast olarak bilinen nişasta sentezleyen plastidlere girer. Bu olay amiloplast membranındaki bir taşıyıcı ile sağlanır. Glukoz-6-fosfatın önce glukoz-1fosfata izomerizasyonu sağlanır. Daha sonra ADP-glukoz pirofosforilaz enzimi ile yine bir şeker nükleotid olan ADP-glukoza dönüşür. ADP-glukoz molekülü yapısındaki glukozu α-1,4 bağı kurarak başka bir glukoza verir ve bu olay amiloz molekülü oluşuncaya kadar devam eder. Nişasta düz zincirli amiloz ve dallanmış durumdaki amilopektin yapısında bulunur. Bu nedenle α-1,6 bağlarının oluşumunu, yani molekülde dallanmayı sağlayan bir enzim de gereklidir. Bu enzim α-1,4 bağlarına sahip kısa glukoz zincirlerini amiloza verir (Şekil 2. 8). ġekil 2. 8. Gelişmekte olan bezelye tohumu kotiledonlarında nişasta sentezinin basamakları (1: Sukroz-UDPglukosiltransferaz; 2: Hekzokinaz; 3: UDP-glukoz pirofosforilaz; 4: Fosfoglukomutaz; 5: Heksoz fosfat izomeraz; 6: ADP-glukoz pirofosforilaz; 7: Nişasta sentetaz; 8: Nişasta dallandırıcı enzim) (Smith ve Denyer, 1992). 46 Nişasta biyosentezinde rol oynayan enzimlerle ilgili bilgiler, özellikle tahıllarda bulunan ve nişasta sentez mekanizmasında önemli eksiklikler sergileyen mutantlar sayesinde elde edilmiştir. Bu mutasyonlardan bazıları tablo 2. 1'de görülmektedir. Nişasta sentezindeki önemli mutantlardan birisi de buruşuk testalı bezelyedir. Buruşuk ve düz testalı bezelye tohumlarında nişasta içeriği çok farklıdır (Tablo 2. 2). Buruşuk testalı tiplerde amilopektin miktarı çok azdır. Buruşuk bezelye tohumlarında dallanmış nişasta miktarındaki azalma, nişasta sentezinde rol oynayan ve dallanmaya yol açan enzimin eksikliğinden kaynaklanır. Diğer enzimlerin aktivitesinde çok büyük bir fark yoktur. Yapılan araştırmalar bu enzimin düz testalı bezelye tohumlarında bulunduğunu göstermiştir. Buruşuk tiplerde bu enzimin mRNA' sı transkripsiyona uğrayamaz. Ancak buruşuk tiplerde de az miktarda amilopektin sentezlenir. Yani dallanmaya yol açan ikinci bir enzim daha vardır. Tablo 2. 1. Bazı mısır mutantlarında, mutasyonun sebepleri ile şeker ve nişasta moleküllerinin karakteristik özellikleria. Mutant (gen) Cevap Amiloz extender (ae) Amilopektinde birkaç dallanma noktası Daha küçük, oldukça dallanmış ve çözünür amilopektin (fitoglikojen) Az miktarda nişasta depolama Sugary (su) Shrunken 2 (sh2) Waxy (waxy) a Az miktarda amiloz, daha fazla amilopektin üretimi Sebep Dallanma enzimlerinden birinin eksikliği Dallanma enzimlerinden birinde aktivite değişimi Küçük alt ünite eksikliği yüzünden ADP-glukoz pirofosforilaz aktivitesinin azalması Granüle bağlı nişasta sentetaz enziminin yokluğu, amilozun dallanma sağlayan enzimlerden korunmaması Suda çözünür karbohidratlar (%) NiĢasta (%) - - 36 30 2 25 - - Normal mısır % 1.3 suda çözünen polisakkarit ve % 65 oranında nişasta içerir. Bu enzimin düşük aktivite göstermesinin tohum morfolojisinde nasıl bu kadar önemli bir değişime sebep olduğu önemlidir. Dallanmaya yol açan bu enzim, büyüyen nişasta polimerinin uç kısmında indirgen olmayan birçok bölge oluşturur. Bu bölgelerin sayısının azalması, nişasta sentetaz enziminin bağlanacağı bölge sayısının ve dolayısıyla nişasta 47 sentezinin azalmasına yol açar. Bunun sonucunda da kotiledonlarda sukroz birikimi meydana gelir. Nitekim buruşuk bezelye tohumlarındaki sukroz miktarı, düz testalıların yaklaşık iki katıdır. Bu durumda buruşuk testalı tohumlarda, kotiledon hücrelerinde daha az nişasta ve daha çok sukroz bulunur. Ozmotik etkinliğe sahip olan sukroz, suyun hücrelere girmesini ve buruşuk testalı tohumlardaki su miktarının daha yüksek olmasını sağlar. Tohum olgunlaşmasının son evresi, su kaybı sonucu meydana gelen kurumadır. Bu evre başlamadan önce her iki tohumun morfolojisi benzerdir. Ancak daha sonraki evrede su kaybı devam ettikçe, hacminin daha büyük kısmını kaybettiği için buruşuk testa yapısı oluşur. Tablo 2. 2. Düz (RR) ve buruşuk (rr) testalı bezelye tohumları arasındaki içerik farklarıa. Düz testalı BuruĢuk testalı Nişasta miktarı (% kuru ağırlık) 51 29 Amiloz (% kuru ağırlık) 15 21 Amilopektin (% kuru ağırlık) 35 8 Sukroz (% kuru ağırlık) 4.1 7.4 Tohumda olgunlaşma öncesindeki su miktarı (%) 60 74 a Wang ve Hedley, (1991). Fotosentetik olmayan ve nişasta depolayan dokularda nişasta sentezi bir veya iki tane küçük nişasta granülü ile proplastidlerde başlar. Bu granüller başlangıçta proplastidin küçük bir kısmını işgal eder. Ancak daha sonra amiloplastın tamamen doldurulmasına kadar granül boyutları dereceli olarak artar. Olgun bir nişasta granülü konsentrik halkalardan meydana gelir (Şekil 2. 9A). Bu halkaların herbiri, granüldeki bir günlük nişasta birikimi sonucu meydana gelir. Arpa gibi bazı tahılların olgun endospermlerinde büyük ve küçük amiloplastlar bulunur. Büyük olanlar (A tipi) antesisten hemen sonra, küçük olanlar (B tipi) ise daha sonraki dönemde mevcut amiloplastların büzülmesiyle oluşur. Sayısal olarak A tiplerinden 10 kat fazla olmasına rağmen, mevcut nişastanın % 30'unu içerir. Bezelye gibi birçok baklagil bitkisinin kotiledonlarındaki amiloplastlar kloroplast benzeri plastidlerden meydana gelir. Nişasta taneleri, plastidlerdeki tilakoid yığınları arasından depolama işleminin başlamasıyla birlikte birikmeye başlar ve nişasta depolandıkça boyutları artar. İnternal zarlar dış zarlara doğru sıkıştırılır ve olgunlaşma boyunca bütünlüğünü kaybeder. Kotiledonların iç kısmındaki hücrelerde daha büyük nişasta taneleri bulunurken, dış kısımdaki hücrelerde daha az sayıda ve daha küçük nişasta taneleri bulunur (Şekil 2. 9B). 48 Ancak bu hücrelerde nişasta depolanmayan küçük kloroplastlar da vardır. Olgun bezelye tohumlarının yeşil rengini de oluşturan bunlardır. ġekil 2. 9. (A) Arpa ve (B) bezleye tohumlarında nişasta taneleri. Bazı baklagillerde, soya ve kolza tohumlarında gelişme boyunca nişasta birikimi daha farklı şekilde meydana gelir. Bu tohumlarda kotiledonların nişasta miktarı gelişme periyodunun başında artar, daha sonra azalır ve olgun tohumların nişasta içeriği bu nedenle düşüktür. Çünkü nişasta, gelişimin ilerleyen evrelerinde yağ ve protein sentezi için gereksinim duyulan karbon iskeletini oluşturmak için harcanır. 2. 3. 2. DĠĞER POLĠMERĠK KARBOHĠDRATLAR Nişasta, tahıl ve baklagil tohumlarındaki tek depo karbohidratı değildir. Hatta depolanan polimerik şekerlerin ana formu da olmayabilir. Tahıl tanelerindeki olgun endospermin nişasta içeren ölü hücrelerinin çeperlerinde önemli miktarda hemiselüloz ve hem α-1,3 hem de α-1,4 bağlarına sahip olan glukanlar bulunur. Bahçe bezelyesi tohumlarının kuru ağırlığının % 3545' i nişasta iken, tarla bezelyesinde tohum kuru ağırlığının % 40' ı hemiselüloz, % 25' i ise nişastadır. Hemiselüloz sentezi, nişasta sentezinin bitmesinden sonra da devam eder. Bazı endospermik baklagiller de dahil, bazı tohumlarda hücre çeperinde depolanan ana depo maddesi hemiselülozdur. Trigonella foenum-graecum, afrika hurması, kahve ve Phoenix 49 dactylifora' da depo organlarının hücrelerinde galaktomannanlar bulunur. Galaktomannan hemiselülozlar, sentezi büyük ölçüde de Trigonella foenum-graecum' un endosperminde, gelişimin erken everlerinde embriyoya yakın hücrelerde başlar. Uzaktaki hücrelerde ise daha sonra başlar. Galaktomannan oluşumu, granüler endoplazmik retikulum üzerindeki vesiküllerde meydana gelir ve oluşan polimer daha sonra plazmalemmaya verilir. Galaktomannan sentezi için kullanılan karbohidrat kaynağı, maternal dokulardan endosperme alınan sukrozdur. Heksoz şekerler hidroliz olup fosforilasyona uğradıktan sonra, mannoz-1fosfat ve daha sonra da GDP-mannoza dönüştürülür (Şekil 2. 10). ġekil 2. 10. Gelişmekte olan endospermik baklagillerin endosperminde galaktomannan sentez basamakları (1: İnvertaz; 2: Hekzokinaz; 3: Heksoz fosfat izomeraz; 4: Fosfomannoizomeraz; 5: Fosfomannomutaz; 6: GTPMan-1-P guanililtransferaz; 7: GDPMannoza bağımlı mannosiltransferaz; 8: Sukroz sentaz; 9: Epimeraz; 10: UDPGalaktoza bağımlı galaktosiltransferaz). Membrana bağlı bir enzim olan GDP-mannoza bağımlı mannozil transferaz, mannaz molekülünü lineer ve β-1,4 bağına sahip olan mannoz primerine verir. Böylece 50 galaktomannan polimerinin omurgası oluşturulur. Aynı anda, membrana bağlı diğer bir enzim olan UDP-galaktoza bağımlı galaktosiltransferaz enzimi, galaktozu α-1,6 bağı ile yan zincire taşır. Daha sonra tohum gelişimi boyunca galaktomannan molekülündeki mannoz/galaktoz oranı sabit kalır. Ancak gelişimin geç dönemlerinde bu oran α-galaktosidaz enziminin aktivitesindeki artış nedeniyle değişebilir. Bu enzim bazı galaktoz moleküllerini zincirden uzaklaştırır. 2. 3. 3. TRĠAÇĠLGLĠSEROL SENTEZĠ Tohumlarda depo edilen triaçilgliserollerin yağ asidi içeriğinde önemli derecede farklılıklar bulunur. Bununla ilgili bazı örnekler tablo 1. 4' de verilmişti. Ancak bu konudaki çeşitlilik çok daha fazladır. Burada yağ asidi çeşitliliğinden çok gelişmekte olan tohumlardaki triaçilgliserol sentezinden bahsedilecektir. Gelişmekte olan tohuma giren sukroz genelde depo edilecek olan triaçilgliserol ve proteinlerin sentezinde kullanılır. Ancak nişasta sentezi için kullanılmamasının nedeni bilinmemektedir. Halbuki oleogenik tohumların gelişimlerinin yarısından itibaren nişasta biriktirdiğini gösteren kanıtlar mevcuttur. Şu anda ispatlanmamış olmasına rağmen, nişastanın triaçilgliserol sentezinde kullanılmak üzere mobilize olduğu ve triaçilgliserol sentezinin ağırlıklı olarak dışarıdan alınan sukrozla sağlandığı düşünülür. Tohumlarda triaçilgliderol sentezi üç basamakta gerçekleşir: 1- Gliserol omurgasının oluşumu 2- Yağ asitlerinin oluşumu 3- Gliserolün triaçilgliserolü oluşturmak üzere yağ asitleri ile esterifikasyonu Ancak bu reaksiyonlarda serbest gliserol ve serbest yağ asitleri kullanılmaz. Gliserol, gliserol3-fosfat; yağ asitleri ise koenzim A (CoA)' ya veya açil taşıyıcı proteinlere bağlı durumdadır. Triaçilgliserol biyosentezi ve farklı adımlarının lokalizasyonu ile ilgili genel bir şema şekil 2. 11'de görülmektedir. Sukroz gelişmekte olan tohumlara alındıktan sonra, glikoliz reaksiyonları ile heksoz fosfatlara ve trioz fosfatlara dönüştürülür. Bir trioz fosfat olan dehidroksiaseton fosfatın sitoplazmada indirgenmesi ile gliserol-3-fosfat oluşturulur. Bu da daha sonra açillenir. Yağ asidi sentezi plastidlerde başlar. Plastidlerdeki glikoliz reaksiyonları sonucu oluşan asetil CoA, bu reaksiyonlarda kullanılır. Enolaz ve pürivat kinaz gibi yağ 51 depolayan tohumların plastidlerinde bulunan glikolitik enzimlerin aktivitelerinin triaçilgliserol birikimi sırasında arttığı belirlenmiştir. ġekil 2. 11. Tohumlarda gerçekleşen yağ asidi sentezinin basamakları (PEP: fosfoenol pürivat; OAA: okzalaasetik asit; GAL: gliseraldehit; PA: pürivik asit; ACoAC: asetil CoA karboksilaz; TA: transaçilaz; YASC: yağ asidisentaz kompleksi; 1: desaturaz; 2: hidroksilaz; 3: elongaz; PC: fosfatidilkolin). Glikolizin başlangıç molekülü heksoz fosfatlardır. Bunlar plastidlere dış membranda bulunan özel taşıyıcılarla alınırlar. Gelişmekte olan kolza embriyolarındaki plastidlerde heksoz fosfatların glikolitik dönüşümüyle ilgili tüm enzimler bulunur. Bu enzimlerin aktiviteleri de hem asetil CoA hem de yağ asidi oluşum hızıyla uyumludur. Fasülye endıspermlerinde de sitoplazmada oluşam malik asidin plastidlere alınarak pürivik aside dekarboksile olduğu, daha sonra da asetil CoA'yı oluşturduğu belirlenmiştir. Malik enzim aracılığı ile sağlanan malik asit-pürivik asit dönüşümü de yağ asidi sentezinde indirgeyici bileşik olarak kullanılan NADPH'nin oluşumunu sağlar. Plastidlerdeki asetil CoA'nın diğer muhtemel kaynağı serbest asetattır. Bu molekül mitokondrilerdeki asetil CoA'dan oluşur. Ayrıca bazı türlerin kloroplastlarında bulunan asetil karnitin/karnitin mekiği ile sağlanır. 52 Asetil CoA karboksile olarak malonil CoA' yı oluşturur. Molekülün malonil kısmı açil taşıyıcı proteine aktarılarak malonil-ACP oluşur (Şekil 2. 11). Daha sonra asetil CoA'nın asetil kısmı ile malonil arasında kondensasyon meydana gelir ve bir mol CO2 çıkışı ile asetoasetil-ACP oluşur. NADPH ve NADH'nin kullanıldığı iki redüksiyon ve bir dehidrasyon reaksiyonu sonucu asetoasetil-ACP tamamen indirgenmiş olan 4 karbonlu açil yapısına dönüştürülür. Bu molekül ACP' ye bağlı başka bir malonil ile kondense olur ve bir molekül CO2 çıkışı ile indirgenir. Daha sonra bir mol su çıkışı ile yağ açil kısmı meydana gelir. İki tane karbon atomunun sıra ile yapıya eklenmesi ile 16 karbonlu pamitoil-ACP (16:0) ve stearoil-ACP (18:0) meydana gelir. Bu sırada bu bileşiklerden palmitik asit veya stearik asit ayrılarak serbest kalabilr. Ayrıca stearoil-ACP anaerobik olarak denaturasyona uğrar ve serbest oleik asidi (18:1) oluşturacak olan oleoil-ACP meydana gelebilir. Açil-ACP'nin dönüşüm reaksiyonları, ACP molekülü çevresinde bulunan ve 6 enzimden ibaret olan yağ asidi sentaz adı verilen bir enzim kompleksi tarafından katalizlenir. Palmitik, stearik ve oleik asit plastidlerden çıkarak endoplazmik retikuluma çok yakın konumdaki CoA' ya bağlanır. Doymamış yağ asitleri olan linoleik (18:2) ve linolenik asit (18:3), açil grubunun bir fosfolipid olan fosfatidilkoline transfer edilmesinden sonra geriye kalan oleoil-CoA' nın oleoil kısmından meydana gelir. Doymamış açil grupları fosfolipidden bunun CoA türevleri olarak ayrılır ve açil-CoA havuzuna katılır. Fosfatidilkolin yapısında da risinoleat oluşumu için hidroksilasyon meydana gelebilir. Açil-CoA grubu ise gliserol-3fosfatın kondensasyonu ve triaçilgliserol oluşumu için gerekli açil gruplarını sağlar. Belli türler için triaçilgliserol yapısında bulunan yağ asidi kompozisyonu oldukça karakteristiktir. Bu yüzden, bu düzenlemeyi sağlayan bir mekanizma olmalıdır. Yani farklı açil-CoA tiplerinin triaçilgliserol yapısına hangi oranda gireceği belirlenmektedir. Bu konudaki önemli sorulardan birisi de açil zincirinin niçin sürekli oleoil yardımıyla uzadığı, bu konuda niçin palmitoil ve stearoil yapılarının kullanılmadığıdır. Bu durum açil-ACP'den serbest yağ asitlerinin oluşması için açil-ACP'yi hidrolize uğratan ve uzamayı durduran tioesterazlar adlı enzimlerle ilgilidir. Bu enzim grubu belli açil-ACP'ler için spesifiktir. Örneğin gelişmekte olan kolza tohumlarında bulunan tioesterazlar, palmitoil ve stearoilACP'lere göre, oleoil-ACP'lere karşı daha aktiftir. Palmiye tohumlarında ise tioesterazlar palmitoil-ACP'ye daha spesifiktir. Bu durum kolza tohumlarında neden daha uzun zincirli yağ asitlerinin bulunduğunu ve palmiye yağındaki yüksek palmitat miktarını açıklayabilir. Tioesterazların bu özelliğinin ortaya çıkarılması, triaçilgliserollerin yağ asidi içeriğinin 53 değiştirilebileceği fikrini de oluşturmuştur. Örneğin Umbellularia californica adlı bitkiden izole edilip saflaştırılan lauroil-ACP tioesteraz enziminin cDNA'sı hazırlanıp kolza bitkisine verildiğinde bu bitkinin tohumlarındaki laurik asit (12:0) miktarı artmıştır. Erusik asit yönünden zengin bir yapıya sahip olan ve Brassicaceae familyası üyesi olan krambe adlı bitkinin yağında farklı yağ asitleri bulunur. Bu bitki yağ asidi birikiminin açıklanması bakımından önemlidir. Tohum gelişiminin başlangıç döneminde, gerekli enzimler bulunmadığı için tohumdaki triaçilgliserol miktarı ya çok düşüktür ya da hiç triaçilgliserol bulunmaz. Bu evrede linolenik asit (18:3) bakımından zengin olan galaktosilaçilgliseroller ve fosfoaçilgliseroller bulunur. Bunlar da kotiledon kloroplastlarının zarlarının bileşenidir. Çiçeklenmeden 8-30 gün sonraki ikinci dönemde triaçilgliserol birikimi dereceli olarak artmaya başlar. Bu evrenin başlangıcında linoleik (18:2) ve oleik (18:1) asidin miktarı geçici olarak artar ve daha sonra yoğun bir erusik asit (22:1) birikimi görülür. Tohum gelişiminin son evresinde triaçilgliserol sentezi muhtemelen ilgili enzimlerin parçalanması ve sentezinin durması nedeniyle azalır. Triaçilgliserol sentezi ve bunun birikim şekli bitki türüne göre farklılık gösterebilir. Örneğin aspir bitkisinde triaçilgliserol sentezinin başladığı dönemde geçici bir oleik asit (18:1) birikimi gözlenir. Bu evrede muhtemelen linoleik asit oluşumunu sağlayacak olan desaturaz enziminin kapasitesi yeterli olmamaktadır. Daha sonra asıl depo edilecek olan triaçilgliserol formu oluştukça oleik asit miktarı azalır. Simmondsia chinensis (jojoba) tohumlarında ise depo edilen yağlar sıvıdır. Bu nedenle yüksek basınç altındaki makine parçalarının yağlanması için kullanılır. Ancak jojoba, diğer birçok yağ bitkisinin aksine çalı formundadır. Dolayısıyla bu bitkiden olgunluğa ulaşıncaya kadar yağ elde edilemez. Jojoba tohumlarındaki sıvı yağ miktarının, tohumun olgun ağırlığının yaklaşık yarısı kadar ağırlığa ulaştığı dönemde maksimum olduğu belirlenmiştir. Ancak sıvı yağın istenen uygun kimyasal bileşime sahaip olması, gelişimin tamamlanmasından 20 gün önce olmaktadır. Bitkilerdeki triaçilgliserollerin karakteristik yağ asidi kompozisyonu, yağ asidi ve triaçilgliserol sentezinde rol oynayan enzimler yardımıyla genetik olarak belirlenmiştir. Ancak tohum gelişimi boyunca hakim olan çevresel koşullar da bu kompozisyonu etkileyebilir. Düşük sıcaklıkta yetiştirilen yağ bitkilerinin, yağ asitleri daha fazla miktarda doymamış yağ asidi içerir. Ancak tüm yağ bitkilerinde büyüme sıcaklığı bu etkiye yol açmaz. Yağ asidi kompoazisyonu üzerine iklimsel faktörlerin etkisi konusunda bir genelleme 54 yapılamaz. Gelişmekte olan ayçiçeği tohumlarında düşük sıcaklık oleat desaturaz gibi enzimlerin sentez ve aktivitesini artırır. Bu şekilde fosfatidilkolin ve triaçilgliserollerin yapısındaki linoleik asit/oleik asit oranı da artar. Yağ asidi ve triaçilgliserol sentezi ile ilgili biyokimyasal ve moleküler çalışmalarla, bazı konuların açıklanması ve tohumlardaki triaçilgliserol üretiminin modifiye edilmesi amaçlanmaktadır. Yağ asidi sentetaz enzim kompleksini oluşturan enzimler bu şekilde belirlenmiştir. Diğer çalışmalar da yağ bitkilerinin tohumlarındaki yağların yağ asidi kompozisyonunu değiştirmeye yöneliktir. Triaçilgliserol sentezinin regülasyonu konusunda da aydınlatılması gereken birçok konu vardır. Örneğin triaçilgliserollerin neden sadece tohumlardaki kotiledonlar gibi belli bölgelerde bulunduğu ve neden sadece tohum gelişiminin bazı dönemlerinde triaçilgliserollere rastlandığı bilinmemektedir. Yapılan bazı çalışmalar absisik asit ve embriyodaki bazı ozmotik değişimlerin triaçilgliserol sentezinin regülasyonu ve yağ asidi kompozisyonunun belirlenmesinde rol oynadığını göstermiştir. Depo organlarındaki hücreler içindeki depo triaçilgliserolleri yağ cisimcikleri olarak bilinen organellerde bulunur (Şekil 2. 12). Bu organellerin endoplazmik retikulumdan köken aldığı belirlenmiştir. Yeni oluşan triaçilgliserol endoplazmik retikulumun iki zar tabakası arasında birikim gösterir ve bu bölgenin şişmesine yol açar. Yağla dolan vesikül kritik büyüklüğe ulaşınca endoplazmik retikulumdan tamamen ayrılıp bağımsız bir mikrozom haline gelebileceği gibi, belli oranda endoplazmik retikuluma bağlı da kalabilir. Depo triaçilgliserolleri fosfolipid tabakalar arasındaki zarlarda birikim gösterdiği için olgun lipid cisimciğini saran dış zar, yarı birim zar yapısındadır. ġekil 2. 12. Olgunlaşmakta olan (A) ve olgunlaşmasını tamamlamış (B) susam tohumlarında yağ cisimcikleri (Yağ cisimcikleri O, protein cisimcikleri P ile gösterilmiştir) (Tai ve ark., 2001). 55 Yağ cisimciklerinin membranlarının fosfolipid kısmı ile bağlantılı olan oleosinler olarak adlandırılan bir protein sınıfı vardır (Şekil 2. 13). Bunlar düşük moleküler ağırlıklı (15-26 kDa) proteinlerdir ve oluşumları boyunca yağ cisimciklerinin zarına bağlanırlar. Bu proteinler, triaçilgliserollerin cisimcikler içinde depolanması sırasında endoplazmik retikuluma bağlı polizomlarda sentezlenirler. Mısır skutellumunda oleosin genlerinin ekspresyonu absisik asit ile artırılabilir. Oleosinlerde üç farklı yapısal kısım bulunur. Bunlardan birincisi, 40-60 aminoasitten oluşan, amino ucuna yakın olan ve yağ cisimciğinin yüzeyi ile bağlantılı olan amfipatik kısımdır. İkincisi 68-74 aminoasitten oluşan, yağ cisimciğinin içindeki triaçilgliserol matriksinde yer alan hidrofobik kısımdır. Üçüncüsü ise 33-40 aminoasitten oluşan, karboksil ucuna yakın konumda bulunan, cisimcik yüzeynden dışarıya doğru çıkıntı yapabilen amfipatik α-heliks yapısındaki kısımdır. ġekil 2. 13. (A) Bir yağ cisimciğinin genel şematik gösterimi, (B) oleozinlerin yağ cisimciği üzerindeki yerleşimi ve (C) oleozinlerin sekonder yapıları (Lin ve Tzen, 2004). 56 Oleosinlerin farklı izozimleri vardır (Şekil 2. 13B). Bu farklılık amino ve karboksil uçlarındaki aminoasit bölgelerinin uzunluk farkından kaynaklanır. Bu nedenle izozimlerin molekül ağırlıkları türe ve hatta bireye bağlı olarak değişiklik gösterebilir. Oleosinler, yağ cisimciğini çevreleyen yarı birim fosfolipid zarın stabilizasyonunda yapısal bir rol oynarlar ve negatif yükse sahip bir yüzey oluştururlar. Böylece bu organellerin bir araya gelip yığınlar oluşturması ve çökmesi engellenmiş olur. Oleosinler aynı zamanda fosfolipidlerin sitoplazmik fosfolipazlar tarafından hidrolize uğramasını önler ve çimlenme sonrası evrede triaçilgliserol mobilizasyonu ile ilgili olan lipazlar için bağlanma bölgesi sağlarlar. 2. 3. 4. DEPO PROTEĠNLERĠNĠN SENTEZĠ Genelde farklı depo proteinlerinin tohumdaki sentezi, gelişme periyodunda benzer dönemlerde başlar ve protein birikimi yaklaşık aynı oranda gerçekleşir. Ancak bu konuda bazı istisnalar olabilir. Bazı türlerde yeni depo proteinleri gelişmenin daha geç dönemlerinde meydana gelir. Ayrıca gelişme boyunca sentezlenen bazı proteinlerin alt birim kompozisyonu gelişmenin daha sonraki dönemlerinde değişebilir. Örneğin soya fasülyesinde konglisinin adlı proteinin α ve α' alt üniteleri, çiçeklenmeden 15-17 gün sonra ortaya çıkarken; β alt ünitesi çiçeklenmeden 5-7 gün sonra görülür. Depo proteinlerinin nihai miktarı büyük ölçüde değişim gösterir ve genelde her türe ait karakteristik bir temel depo proteini tipi vardır. Tahıllar ve dikotil bitkilerde protein sentez mekanizması temelde aynı olmasına rağmen, proteinlerin protein cisimcikleri içindeki depo şekli farklıdır. 2. 3. 4. 1. TAHILLAR Arpa, buğday ve mısırda çözünmeyen prolamin endoplazmik retikuluma oldukça yakın olan polizomlar tarafından sentezlenir (Şekil 2. 14). Sentezlenen yeni protein hidrofobik özelliğinden dolayı endoplazmik retikulum zarını geçerek lümene girer. Bu proteinler lümende sitoplazmik akıntı ile bir araya gelerek kümeler oluştururlar. Bunlar da daha sonra protein cisimciklerini meydana getirirler. Buğdayda iki farklı protein cisimciği, gelişmekte olan endosperm hücrelerinde bağımsız olarak birikim gösterir. Bunlar düşük ve yüksek yoğunluklu cisimciklerdir. Gliadinler her iki tipte de bulunurlar. Hafif olan protein cisimcikleri gelişmenin erken dönemlerinde baklagil tohumlarında olduğu gibi oluşurken, daha yoğun olanlar daha sonraki dönemlerde endoplazmik retikulumdan türevlenir. Proteinlerin endoplazmik retikulum lümeninin iç kısmında birikmesi sonucu zarda oluşan 57 basınç zarın parçalanmasına neden olur. Bu durumda zar, protein kümeleri içermeyecek şekilde yeniden oluşabilir ve protein cisimciği dış zara bağlı olmaz. Pirinç ve mısır gibi tahıllarda protein cisimcikleri olgun evrede bile etrafı zarla çevrili bağımsız yapılar halinde olduğundan, endoplazmik retikulum zarı üzerindeki basınç daha azdır ve zarda meydana gelen gerilmeye rağmen zar parçalanmaz. Ayrıca endoplazmik retikulumun kendisi daha elastik bir yapıya sahip olabilir. ġekil 2. 14. Mısır tohumu endospermlerinde protein cisimciklerinin gelişimi (GER: granüler endoplazmik retikulum; PC: protein cisimciği) (Wu ve ark, 2010). Tahıl tanelerinde aynı zamanda prolaminlere ek olarak glutelinler ve globulinler gibi diğer depo proteinleri de nişastalı endosperm içinde birbirinden izole edilmiş olarak bulunur. Kristallin adı verilen bu protein cisimcikleri, alevron tabakasında da bulunabilir ve genelde baklagil kotiledonlarındakine benzer şekilde oluşmuştur. Ancak buğdayın yüksek moleküler ağırlığa sahip olan gluteninleri, endoplazmik retikulumdan türevlenmiş protein cisimcikleri içinde bulunur. Endoplazmik retikuluma bağlı polizomlarda bulunan depo proteinlerinin mRNA'larının izolasyonu ve bunların in vitro ortamda translasyonu, gelişmekte olan tahıl tanelerinde gerçekleştirilmiştir. In vitro ortamda sentezlenen ürünler, bu tür için tipik olan prolaminlere büyük ölçüde benzerlik göstermekle beraber, moleküler ağırlıklarının doğal proteine göre daha fazla olduğu görülmüştür. Çünkü in vivo ortamda sentezlenen proteinin endoplazmik retikulum zarından lümene geçmesi için bazı modifikasyonlar uğraması ve kısalması gereklidir. Proteinin zardan geçişi, yeni sentezlenen proteinin amino ucundaki hidrofobik bir sinyal peptidi ile kolaylaştırılır. Bu sinyal peptidi, proteinin zardan geçişini sağlar fakat aynı 58 zamanda proteolitik aktivite ile uzaklaştırılır (Şekil 2. 15). Depo proteinindeki bu yapısal modifikasyon in vitro ortamda gerçekleşmez. ġekil 2. 15. Tohumlardaki depo proteinlerinin granüler endoplazmik zarından translokasyonu (Blobel ve ark, 1979 ve Johnson ve Chrispeels, 1987'den değiştirilerek alınmıştır). Mısır endosperminde gelişim sırasında protein cisimcikleri içinde farklı zein sınıfları depolanır. Yeni oluşan cisimciklerde sadece β ve γ-zein bulunur. Ancak daha sonra protein cisimciğinin iç kısmı α-zein ile dolar. β ve γ-zein ise protein cisimciğinin çevresinde ince bir tabaka oluşturur. Yine de olgun protein cisimciğinde α-zein matriksi içinde az miktarda β ve γ-zein de bulunur. 2. 3. 4. 2. DĠKOTĠL BĠTKĠLER Dikotillerin kalıcı endospermlerinde ve kotiledonlarındaki protein cisimciklerinin oluşum tarzı, tahıl endospermlerindeki prolamin içeren protein cisimciklerinden çok farklıdır. Bu durum gelişmekte olan Pisum sativum kotiledonlarında açıkça belirlenmiştir. Gelişimin erken döneminde çiçeklenmeden yaklaşık 12 gün sonra kotiledon hücrelerinde, hücre hacminin çoğunu oluşturan bir veya iki büyük vakuol vardır. Bu dönemde bazı proteinler vakuol içinde depolanmaya başlar. On beşinci güne doğru, vakuollerin çoğunun boyutları azalmış ve 59 küresel bir şekil kazanmıştır. Yirminci günde ise bu vakuoller depo proteinleri ile dolar ve sınırları kesin olarak belli olan protein cisimcikleri oluşur (Tablo 2. 3). Daha sonraki birkaç gün boyunca gelişim olayı, oldukça kıvrımlı bir yapı kazanmış olan vakuolün parçalanması ile devam eder ve sonuçta küçük protein cisimcikleri meydana gelir. Bu olaylar dizisi baklagil ve baklagil olmayan bitkilerin kotiledonlarında da görülür. Yağ depolayan tohumların endosperminde de bu olaylar gerçekleşir. Ancak bu bitki grubunda vakuollerin parçalanması, protein birikiminden önce gerçekleşir. Bazı dikotil bitkilerde ise gelişmenin daha sonraki dönemlerinde, temel depo maddelerinin birikiminden sonra, protein cisimcikleri granüler endoplazmik retikulum sisternalarının genişlemesiyle doğrudan oluşurlar. Tablo 2. 3. Çiçeklenme sonrası dönemde bezelye kotiledonlarında meydana gelen hücresel büyüklük değişimleri (Craig ve ark, 1979, 1980). Çiçeklenmeden sonraki gün Hücre boyutları (µm) Vakuol/protein cisimciği 10 42 39 12 81 11 15 84 3 20 99 1 Proteinlerin depolanması vakuol ve/veya protein cisimcikleri içinde gerçekleşmesine rağmen, bunlar granüler endoplazmik retikulumda sentezlenir ve depo organellerine taşınır. Bu durum soya fasülyesi tohumlarında gösterilmiştir. Bir 12S legümin tipi proteini olan glisininin alt üniteleri birer tane asidik ve bazik polipeptid içerir. Bunlar sıralı bir şekilde aynı mRNA kalıbı ile sentezlenir (Şekil 2. 16). Translasyonunu primer ürünü preprolegümindir ve amino ucunda bir sinyal peptidi taşır. Ayrıca asidik ve bazik polipeptidler de yine daha kısa peptid zincirleriyle birbirine bağlanmış durumdadır. Diğer baklagillerde bağlayıcı peptidler ve karboksi ucundaki peptidler bulunmayabilir. Glisinin daha sonra granüler endoplazmik retikulumun lümeninde bazı işlemlerden geçirilerek amino ve karboksi ucundaki peptidler uzaklaştırılır. Protein daha sonra kıvrılmaya başlar ve granüler endoplazmik retikulum içinde üç boyutlu yapısına dönüşür. Bu olaylar proteinin fonksiyon göstereceği bölgeye taşınmasından önce gerçekleşir. Endoplazmik retikulum zarı içinde bulunan bazı proteinler bu olayları kolaylaştırırlar. Bunlardan birisi depo proteininin doğru bir şekilde kıvrılmasını sağlayan bağlanma proteini (BiP), diğeri ise disülfit bağlarının oluşumu sırasında rol oynayan 60 protein disülfit izomeraz (PDI)'dır. Be şekilde sentezlenen prolegümin golgi aygıtı yardımıyla protein cisimciğine taşınır ve burada olgunlaşmasını tamamlayarak hekzamer yapıya dönüşür. ġekil 2. 16. Soya fasülyesi kotiledonlarında legümin tipi bir depo proteini olan glisininin sentezlenmesi (Dickinson ve ark., 1989). 2. 3. 4. 3. DEPO PROTEĠNLERĠNĠN MODĠFĠKASYONU VE PROTEĠN CĠSĠMCĠKLERĠNE YÖNLENDĠRĠLMESĠ Olgun tohumlarda bulunan depo proteinlerinin çoğu glikoproteinlerdir. Bunların yapısındaki bir veya daha fazla sayıdaki oligosakkarit yan zincirleri polipeptiddeki asparagin birimlerine kovalent olarak bağlanmıştır. Baklagil tohumlarındaki visilinler ve lektinler buna örnek olarak verilebilir. Oligosakkarit yan zincirleri iki farklı yapıya sahip olabilir. Bunların basit yapıdaki yan zincirlerinde 5:2 veya 9:2 oranında mannoz ve N-asetilglukozamin bulunabilir. Bunun dışında kompleks veya modifikasyona uğramış oligosakkaritlerde yine mannoz miktarı fazladır. Ancal N-asetilglukozamin dışında fukoz, glukoz ve galaktoz da bulunabilir. 61 Depo proteinlerinin glukosilasyonu kotranslasyonal bir olaydır. Mannoz bakımından zengin olan zincirler endoplazmik retikuluma bağlı glukosiltransferazlar yardımıyla sentezlendik.e, endoplazmik retikulum lümenine alınırlar ve oluşmakta olan yeni polipeptide eklenirler. Glukoz kısmı ile mannoz yapılarından birinin uzaklaştırılması ile olgun zincir polipeptide bağlı halde kalır. Glukoproteinler üzerindeki kompleks oligosakkarit yan zincirler, polipeptide kovalent olarak bağlanan mannoz yönünden zengin zincirlerden türevlenir. Daha sonra çeşitli mannoz kısımlarının çıkarılması ve yeni şeker kısımlarının ilavesi ile polipeptid modifikasyona uğrar. Basit yan zincirin, kompleks yan zincire modifikasyonu şeklindeki değişim tüm glukoproteinlerde görülmez. Dolayısıyla bazı glukoproteinlerde sadece basit yan zincirler, bazılarında ise basit ve kompleks yan zincirler vardır. Yüksek oranda mannoz içeren yan zincirlerin herhangi bir işleme tabi tutulmamasının nedeni, bunların depo proteinlerinin kuaterner yapıları içinde bulunması ve modifikasyondan sorumlu olan α-mannosidaz ve glukosiltransferaz gibi enzimlerin bu proteinler ulaşamaması olabilir. Yan zincirlerde meydana gelen glukosilasyon ve modifikasyon olaylarının sırası ile ilgili yeterli bilgi olmamasına rağmen, glukosilasyonun gerekliliği konusunda daha fazla bilgiye gerek vardır. Tunikamisin uygulaması ile protein glukosilasyonunun engellenmesi sonunda, depo proteinlerinin alt birimlerinin birleşmesi, lektinlerin bağlanma yetenekleri veya depo proteinlerinin protein cisimciklerine taşınımı ve yönlendirilmesi gibi olaylarda herhangi bir aksama görülmemiştir. Ancak şu anda glikan yan zincirlerinin proteinlerin uygun şekilde kıvrılmasını ve endoplazmik retikulumda oligomer oluşumunun uygun şekilde gerçekleşmesini sağladığı düşünülmektedir. Depo proteinlerinin öncü maddelerinin sentezi ve bunların işlenme şekilleri, türler arasında önemli varyasyon gösterir. Örneğin pamukta temel depo proteini 60-69 kDa' lık öncü maddeler olarak sentezlenir. Büyük olan öncü madde sınırlı bir modifikasyona uğrar. Bu sırada sinyal peptidinin ana molekülden ayrılması sağlanır ve böylece endoplazmik retikulum zarından geçişi kolaylaşır. Küçük öncü maddenin moleküler ağırlığı glukosilasyon nedeniyle 70 kDA civarındadır ve bu öncü maddede de sinyal peptidi uzaklaştırılır. Daha sonra her iki öncü madde bağlanarak 52 ve 48 kDa' lık depo proteinini oluşturur. Öncü maddelerinden ayrılarak proteinleri oluşturacak lan peptidler, herhangi bir sinyal peptidine göre çok büyüktür (15-20 kDa) ve protein cisimcikleri içinde birikim gösterebilirler. 62 Fasülyenin gelişmekte olan endospermindeki temel depo proteini 11S büyüklüğündeki kristalloid bir komplekstir. Bu protein 50 kDa' lık bir öncü maddenin posttranslasyonel olarak 30 ve 20 kDa' lık parçalara ayrılması ile oluşur. Yine fasülyedeki matriks proteini olan aglutinin daha karmaşık bir yapıya sahiptir. Aglutinin tip I, olgun durumda 37 ve 31 kDa' lık iki polipeptidden oluşur. Ancak bunlar 59 ve 35 kDa' lık öncü maddeler tarafından kodlanır. Kotranslasyonel olaylar sonucunda 1.5-2 kDa' lık sinyal peptidleri yapıdan ayrılır ve daha sonra zaten büyük bir moleküler ağırlığa sahip olan öncü maddenin moleküler ağırlığı daha da artar. Posttraslasyonel parçalanma sonucu glukosillenmiş 37 ve 34 kDa' lık asıl protein oluşur. Küçük aglutinin zincirinin öncü maddesi, sinyal peptidinin kotranslasyonel olarak uzaklaştırılması ile yaklaşık 32 kDa' lık proteine dönüştürülür. Daha sonra küçük peptid parçalarının uzaklaştırılması ile 31 kDa' lık protein oluşur. Granüler endoplazmik retikulumda sentezlenen depo proteinleri golgi aygıtına taşınır. Daha sonra bu proteinler golgi aygıtından türevlenen vesiküller içinde paketlenir ve vakuol/protein cisimciği içine taşınır. Vasiküllerle tonoplastın birleşmesi sonucunda depo proteini vakuol lümenine boşaltılır. Depo proteinlerinin çevresindeki tonoplast tarafından sarılması ile bağımsız protein cisimcikleri meydana gelir. Depo proteinlerinin vakuole yönlendirilmesi için proteinin kendi yapısında bulunan aminoasit yapıları veya farklı bölgelerde bulunan belli sayıda aminoasit içeren yapılar rol oynar. Proteinin yapısında bulunan ve bu taşınımı belirleyen bölgeler de protein tipine göre farklı olabilir. Örneğin arpadaki lektinde, depo proteininin taşınımında rol oynayan kısım, proteinin karboksi ucundaki glukosillenmiş bir propeptiddir. Depo proteininin vakuolde depolanması ile bu propeptid yapıdan uzaklaştırılır ve olgun lektin meydana gelir. Diğer bazı proteinlerde yönlendirmeyi sağlayan yapı amino ucunda bulunur. Ancak bu özellik tohum depo proteinleri için geçerli değildir. Fitohemaglutinin ve legümin gibi bazı proteinlerde de olgun evrede vakuolar düzenleme mekanizması bulunur. Bu mekanizma muhtemelen polipeptid zinciri üzerindeki iki veya daha fazla bölgede bulunan lineer bir aminoasit sırasından ibarettir. Ancak depo proteinlerinde böyle bir aminoasit bölgesi tanımlanmamıştır. Tahıl endospermlerindeki prolaminler gibi bazı depo proteinleri ise vakuole gönderilmek yerine endoplazmik retikulumda tutulurlar. Bu tip proteinlerde genelde karboksi ucunda histidin (lizin)-aspartik asit-glutamik asit-lösin şeklinde bir tetrapeptid yapısı bulunur. Bu yapı 63 proteinin endoplazmik retikulumda kalmasını sağlar. Buğdaydaki gliadinde ise iki farklı sinyal bölgesi vardır. Bunlardan birisi proteinin karboksi ucuna yalın bulunur ve proteinin endoplazmik retikulumdan golgi aygıtına gönderilmesini teşvik eder, diğeri ise amino ucuna yakın bulunur ve proteinin endoplazmik retikulumda kalmasını ve protein cisimciğinin oluşmaya başlamasını sağlar. Dolayısıyla bir depo proteininin endoplazmik retikulumda tutulması veya vakuole gönderilmesi bu sinyal peptidleri arasındaki etkileşime göre sağlanır. 2. 3. 4. 4. TOHUM mRNA MĠKTARI VE DEPO PROTEĠNĠ SENTEZĠ Bezelye kotiledonlarındaki depo proteinlerinin sentezi büyük ölçüde hücre bölünmesini izleyen hücre genişlemesi evresinde gerçekleşir ve tohum olgunlaşmasının tamamlanması ile birlikte durur. Hücrelerin genişleme evresinde kotiledonlardaki DNA ve RNA miktarı artar. Büyük kısmı ribozomal RNA olan RNA sentezininbu evrenin ilk yarısında gerçekleşmesi beklenir. Çünkü genişleyen hücrelerde fazla miktarda depo proteini sentezlenir. Ancak artık bölünmeyen hücrelerde devam eden DNA sentezini açıklamak kolay değildir. Bu konuda poliploidi oluşumunun depo proteinleri için ekstra gen kopyaları oluşturduğu şeklinde tahminler ileri sürülmektedir. Ancak bu konuda yapılan çalışmalardan elde edilen bilgiler bu fikri desteklememektedir.araştırma yapılan dikotil bitkiler ve tahıllarda tohum gelişimi boyunca depo proteinleri için seçici bir gen artışı olmadığı belirlenmiştir. Birçok depo proteini geni ya tek kopyası olan genlerdir ya da haploid genom başına dört veya beşten fazla kopyası olmayan genlerdir. Bu nedenle ekstra DNA üretimi, deoksinükleotidlerin kaynağı olarak nadiren depo fonksiyonu yapar. Bu kaynak, çimlenmey izleyen dönemde büyüyem embriyodaki hücre bölünmesi için kullanılır. Depo proteini mRNA'larının miktarı gelişme boyunca artarak protein miktarının maksimum seviyeye çıktığı anda maksimum değere ulaşır. Daha sonra tohum olgunlaştıkça ve kurudukça mRNA miktarı ve depo proteinlerinin sentez hızı da azalır. Bu değişim profili, protein sentezinin transkripsiyonel olarak düzenlendiğini gösterir. Yani sentezlenen depo proteinlerinin miktarı kendi mRNA'sının miktar ve stabilitesi ile ilgilidir. Bu durum birçok protein için geçerlidir. Ancak bazı istisnalar da vardır. Soya ve diğer baklagillerde 7S depo proteininin (konglisin) alt birim kompozisyonu gelişim boyunca değişebilir. Aynı zamanda soyadaki 7S proteininin β alt birimi, iki tane α alt biriminin sentezinden birkaç hafta sonra sentezlenir. Ancak gelişmenin çok erken evrelerinden itibaren α ve β alt birimlerinin mRNA'ları dokuda bulunur. Bu durum translasyonel kontrol mekanizmasında farklılık 64 olduğunu göstermektedir. Yani gelişmenin erken döneminde β alt birimini mRNA'larının kullanılması önlenmektedir. Bazı durumlarda da posttranskripsiyonel olayların mRNA stabilitesini etkilediği görülür. Örneğin bezelyede farklı baklagil mRNA'larının transkripsiyon hızı benzerdir. Ancak bir tanesinin mRNA miktarı daha yüksektir. Arpadaki hordein grubu proteinler için de aynı durum geçerlidir. Bu örnekler gelişmekte olan tohumlardaki bazı depo proteinn genlerinin transkriptlerinin kararsız olduğunu göstermektedir. Ancak bu durumda soyada olduğu gibi organlar arası farklılığın stabilite üzerindeki etkisi de düşünülmektedir. Soyada embriyodaki genlerin transkripsiyon hızı ana bitkinin köklerine göre 10 kat daha fazla olmasına rağmen, embriyodaki protein miktarı köke göre yaklaşık 200 kat fazladır. Bazı durumlarda da tohum bileşenlerinin mRNA stabilitesini etkilediği görülür. Örneğin buruşuk testalı bezelye tohumlarında amilopektin üretimi azalmıştır. Fakat sukroz miktarı daha fazladır. Sukroz legümin proteininin mRNA' sının stabiltesini etkiler ve legümin miktarı azalır. mRNA stabilitesi çevresel koşullardan da etkilenebilir. Bezelyede legümin mRNA' sının ana bitkinin yaşadığı ortamdaki kükürtten etkilendiği belirlenmiştir. 2. 3. 5. DEPO PROTEĠNĠ SENTEZĠNĠN REGÜLASYONU Gelişen tohumlarda her depo proteininin depolanması farklı zamanlarda ve gelişimin belirli bir döneminde gerçekleşir. Bu aynı zamanda aynı togumdaki farklı depo maddelerinin ve farklı polipeptid alt birimlerinin varlığını da açıklar. Dolayısıyla proteinlerin mRNA' ları ve uygun genlerin ekspresyonunu da açıklar. İkincisi depo proteinleri sadece tohumlarda ve tohumların da kotiledonlar, skutellum veya endsperm gibi belirli kısımlarında sentezlenir. Dolayısıyla hem protein sentezi hem de bunların genlerinin ekspresyonunun temporal ve spatial olarak düzenlendiği söylenebilir. Regülasyon mekanizmasının anlaşılabilmesi için ilk olarak genlerin izolasyonu, klonlanması ve hem kodlayan hem de buna komşu olan bölgelerin baz sırasının belirlenmesi gerekir. Birçok depo proteini birçok genden oluşan ve farklı kromozomlar üzerinde bulunan gen aileleri tarafından kodlanır. Bu karmaşıklığa rağmen farklı bitki türlerindeki birçok depo proteini geninin cDNA ve genomik DNA' ları izole edilip klonlanmış ve baz sırası belirlenmiştir. Buna rağmen çok kısıtlı miktarda bilgi elde edilmiştir. 65 2. 3. 5. 1. TOHUMLARDAKĠ GEN EKSPRESYONUNUN ARAġTIRILMASI Bitkisel materyallerden hem cDNA hem de genomik DNA' lar hazırlanabilir. cDNA teknılojisi özellikle proteinlerin aminoasit sıralarının ve bunu kodlayan genlerin baz kompozisyonlarının belirlenmesi için kullanılır. Bu yöntem aynı zamanda uygun mRNA ile spesifik olarak hibridizasyona uğradığı için radyoaktif işaretlemeden veya farklı uygulamalardan sonra bir genin taşıdığı mesajın, bu mesajın etkinliğinin ve o genin transkripsiyonel ekspresyonunun boyutunun incelenmesini sağlar. Genomik DNA ise genlerin kodlayan bölgelerini ve buna komşu olan 3' ve 5' bölgelerini içerir. 5' bölgesi transkripsiyonun başladığı bölgedir ve hem promotorları hem de diğer düzenleyici bölgeleri içerir. 5' bölgesi gen üzerinde kodlama yapan kısımların transkripsiyonunun düzenlenmesinden sorumlu olduğu için, gen ekspresyonunun düzenlenmesiyle ilgili çalışmalarda bu bölge önemlidir. Restriksiyon enzimleri de genomik DNA' nın belli bölgelerden kesilmesini ve 5' ucu ile komşu olan bölgelerin kodlayan bölgelerinin ayrı ayrı incelenmesini sağlar. Kodlayan bölge, diğer bir genin 5' düzenleyici bölgesine veya promotorlara bağlanmış olabilir. Ayrıca genomik DNA' nın 5' bölgesi başka bir depo proteininin kodlayan bölgesine de bağlanabilir. Ancak bu tip yapılarda genelde reporter genler kullanılır. Reporter genler normalde bitkilerde bulunmayan GUS ve CAT gibi bazı enzimlere uygundur ve analizleri bazı histokimyasal analizlerle, renk değişimi esasına dayanır. Bu yöntemle 5' düzenleyici bölgenin dokuya veya zamana bağlı spesifikliğe sahip olup olmadığı anlaşılır. Bu düzenlemeyi 5' bölgesinde tam olarak belirlemek için bu bölge küçük parçalara ayrılır ve bu parçaların herbiri reporter gene kaynaşmıştır. Bu tip yapılar delesyon mutantları olarak bilinir. Çünkü düzenleyici bölge parçalara ayrılmıştır. Düzenleyici bölgenin kompozisyonunun analizi için 5' bölgesinin baz sırası da belirlenebilir. Bu yapıların gen ekspresyonunu destekleme kapasitesini belirlemek için bunları transgenik bitkiler protoplastlar gibi uygun ekspresyon sistemlerine vermek gerekir. Örneğin transgenik bitkiler tohum veya diğer bitki dokularında gelişim boyunca gen ekspresyonunu izlemek için kullanılır. Protoplastlar ise geçici ekspresyon sistemleridir ve ekspresyonun birkaç saat içinde görülebileceği durumlarda kullanılır. Bu sistem bitki hormonlarının etkilerinin incelenmesi için de uygundur. Çünkü bu hormonlar protoplast kültürlerinde kolayca aktif hale getirilebilir. 66 5' bölgesinin düzenleyici kısımları birçok durumda kendilerine kolayca bağlanan nüklear proteinlerle etkileşime girerek transkripsiyonuın kontrolünde de rol oynayabilir. Düzenleyici kısımlar bir kez tanımlanınca bunlara bağlanan proteinler de farklı biyokimyasal yöntemlerle izole edilebilir. 2. 3. 5. 2. DEPO PROTEĠNĠ GENLERĠNĠN EKSPRESYONU Yukarıda belirtilen prosedürlerin uygulanmasıyla ortaya çıkan sonuçlar şu şekilde özetlenebilir: 1- Depo proteini genleri bir türden başka bir türe aktarılabilir. Bu tip transgenik bitkilerde genler normal şekilde ekspreslenir. Bu olay gelişmekte olan tohumlarda belli zamanlarda meydana gelir. 2- Legüminler, prolaminler ve visilinler gibi benzer proteinlerin 5' bölgelerinde bulunan benzer baz sıralarına sahip olan korunmuş bölgeler bulunabilir. Bu bölgeler dokuya ve zamana bağlı spesifiklik veya hormonal duyarlılık gibi yollarla düzenleme sağlayabilir. 3- 5' bölgeleri kodlayan bölgenin transkripsiyonunu artıran baz sıraları bulundurabilir. 4- 5' bölgesinde bulunan spesifik baz sıralarına bağlanan nüklear proteinler izole edilmiştir. Bu proteinsi yapıdaki trans-acting faktörler, cis-acting elementlerle etkileşime girebilir ve örneğin depo proteinlerini kodlayan bölgenin transkripsiyonunu düzenleyebilir. Bu tip etkileşimler doku ve zamana spesifik olan regülasyon mekanizmasının bir parçasıdır. 5- bazı depo proteini genlerinin ekspresyonu absisik asit gibi bitkisel hormonlarla ve başka bazı faktörlerle regüle edilebilir. Bazı durumlarda bu konuda etkili olan elementlerin 5' promotor bölgesinde bulunduğu belirlenmiştir. Başka bitkilere aktarılan bazı depo proteinlerinin genleri tablo 2. 3' de verilmiştir. Genlerin aktarılması Agrobacterium tumafaciens adlı bakterinin vektör olarak kullanılmasıyla yapılır ve genelde Arabidopsis, petunya ve tütün gibi türlere gen aktarılır.çünkü bu türlerde transformantların rejenerasyonu nispeten kolaydır. Protein immünolojik olarak belirlenir. mRNA ise uygun cDNA probu ile veya 67 nadiren in vitro translasyon ile tanımlanabilir.aktarılan depo proteini geni çoğunlukla ana bitkinin hangi kısmında ekspresleniyorsa transgenik bitkide de aynı bölgede ekspreslenir. Bu bölge genelde tohumun endospermi veya kotiledonlarıdır. Örneğin gelişmekte olan fasülye tohumlarının kotiledonlarında sentezlenen faseolin adlı depo proteininin geni tütün bitkisine verildiğinde bu protein yine büyük ölçüde kotiledonlarda sentezlenir. Aynı zamanda bu genlerin ana bitkideki ekspresyonu da hem gelişimsel hem de zamana bağlı regülasyon bakımından transgenik bitkiye benzerlik gösterir. Farklı türlerin benzer genlerinin 5' bölgelerinde benzer bilgiler bulunur. Örneğin birçok legümin geninde kodlayan bölgenin doku ve zamana bağlı ekspresyonu benzerlik gösterir. Bunun nedeni bu bölgenin baz sırasının aynı veya benzer olmasıdır. Bu tip bölgelere korunmuş bölgeler denir. Farklı türlerde bulunan legümin, visilin ve prolamin genleri 5' bölgelerinde korunmuş bölgelere sahiptir. Bu bölgelere prolamin, visilin veya legümin kutusu adı verilir. Ayrıca sıkça tekrarlanan baz sıraları da mevcuttur. Prpmotor-delesyon çalışmalarında 5' bölgesinin bir kısmı veya kısımları reporter genlere ilave edilerek transgenik bitkiler oluşturulur. Bu tip çalışmalar 5' bölgesinin hangi kısmının dokuya ve zaman bağlı ekspresyonu düzenlediğinin tam olarak anlaşılmasını sağlar. Bu metodla 5' bölgesinde bulunan bağımsız kısımların bu tip etkilere yol açtığı belirlenmiştir. Bazı zis-elementlerin DNA' ya bağlanan trans-acting elementlerle etkileşime girmesi de mümkündür. Farklı türlerin gelişmekte olan tohumlarından bazı proteinler izole edilmiştir. Ayrıca bu proteinlerin bağlandığı DNA sıralaraı da belirlenmiştir. Bu tip yapıların da tohuma veya zamana spesifik ekspresyonla ilgili rolleri olduğu sanılmaktadır. Birçok türde DNA' ya bağlanan proteinlerin sadece tohumlarda bulunduğu ve depo proteini genlerinin ekspresyonunun başlamasıyla birlikte ortaya çıktığı anlaşılmıştır. Bu nedenle depo proteini genlerinin ekspresyonunun uygun bağlanma proteinlerinin gereken zamanda ve gereken yerde sentezi ile sağlandığı düşünülebilir. Ayrıca trans-acting proteinlerin farklı türlerde çok benzer veya birebir aynı olduğu da bilinir. Tans-acting proteinlerini kodlayan genlerin bazıları izole edilip klonlanmıştır. Bu genler mutasyona uğrayabilirler ve depo protein sentezinin regülasyonunda rol oynadıkları için bu sentez reaksiyonları da etkilenir. Mısırdaki opaque-2 gibi mutantlarda aşırı miktarda tohum 68 depo popteini bulunur ve mutasyon aslında DNA' ya bağlanan proteinlerin genlerinde meydana gelmiştir. 2. 3. 5. 3. DEPO PROTEĠN SENTEZĠNDE BESĠN ETKĠSĠ Depo proteinlerinin sentezinde bitkinin yaşadığı topraktaki azot ve kükürt gibi protein yapısına giren elementlerin de etkili olduğu bilinmektedir. Azot eksikliği tohumlardaki protein eksikliğine neden olur. Ancak kükürt eksikliğinin sadece spesifik proteinler üzerinde etkileri vardır. Bu konuda bezelyedeki legümin ve albumin proteinleri örnek olarak verilebilir. Orta veya şiddetli derecede kükürt eksikliği sonucu legümin birikimi % 80-100 oranında azalırken, az miktarda kükürt içeren bir depo proteini olan visilin miktarı değişmez veya artar. Kükürt eksikliği durumunda gelişmekte olan tohumlardaki legümin mRNA' sının miktarı azalır. Çünkü bu koşullar mRNA' nın stabilitesini azaltır. Transgenik bitkilerde de benzer bir durum söz konusudur. 2. 3. 5. 4. ABSĠSĠK ASĠT VE DĠĞER OZMOTĠK FAKTÖRLER Birçok türde gelişmekte olan tohumların absisik asit miktarındaki artışla depo maddelerinin sentez hızının artmasının aynı dönemlerde görülmesi, tohumlardaki protein ve diğer organik bileşiklerin birikiminde absisik asidin rol oynadığını gösterir. Ancak absisik asit ve depo proteini birikimi arasındaki ilişki, bazı mutantlar ve izole edilmiş embriyolarla yapılan çalışmalarla daha net bir şekilde ortaya konmuştur. Gelişmekte olan tohumlardan izole edilen embriyolar, sıvı bir ortama veya besin ortamına konulduğu zaman daha erken çimlenirler. Birçok durumda normal embriyonik gelişim ve depo proteini sentezi aynı anda meydana gelir. Ancak ortama absisik asit eklenirse, hem gelişme hem de depo proteini sentezi devam eder. Kolzada yapılan çalışmalar napin ve krusiferin adlı proteinlerin ve bunların mRNA' larının sentezinin, izole edilen embriyoların absisik asit içermeyen ortama konulmaları sonucunda azaldığını göstermiştir. Bu sonuç büyüme düzenleyicilerinin gen seviyesinde etkili olduğunu gösterir. Gelişmekte olan buğday embriyolarındaki aglutinin, depo globulini ve erken dönemde metionin kısmı işaretlenen Em proteini miktarı, absisik asit uygulaması ile artmıştır. Absisik asidin gelişmekte olan embriyolardaki etkinlik derecesi, genelde bitkinin yaşına göre değişir. Genelde embriyo olgun evreye yaklaştıkça absisik aside duyarlılık da azalır. 69 Absisik asidin hem depo proteinleri hem de diğer tip proteinler üzerindeki etkisi aslında dolaylı bir etkidir. Absisik asit sadece çimlenme aşamasında embriyonun büyümesini nihibe ederken, depo proteini sentezi devam eder. Bu fikri destekleyen ve karşı çıkan görüşler daha sonra incelenecektir. Ancak şu anda absisik asidin çimlenme aşamasında büyümeyi engellediği ve izole edilmiş kotiledonlarda depo proteini birikimini etkilediği bilinmektedir. İzole edilip kültüre alınan soya kotiledonlarında β-konglisinin adlı proteinin β alt birimi ve mRNA' sının sentezi azalır. Ancak absisik asit uygulaması ile bu etki ortadan kaldırılır. Bu proteinin β alt birimi ve mRNA' sının sentezi bir karotenoid ve aynı zamanda absisik asit sentez inhibitörü olan fluridon uygulaması ile azalırken, absisik asit ilavesi ile yeniden hızlanır. Kültür ortamındaki hücre süspansiyonlarından, anterlerdeki mikrosporlardan ve diğer bitkisel materyallerden elde edilen somatik embriyolarda da, zigotik embiyolardakine benzer sonuçlar elde edilmiştir. Absisik asidin gelişmekte olan tohumlardaki depo proteini birikiminin regülasyonu üzerindeki etkilerini gösteren önemli bazı kanıtlar da mısır ve Arabidopsis mutantlarıyla yapılan çalışmalardan elde edilmiştir. Yabani mısırın gelişmekte olan embriyolarında globulin bulunur. Fakat bu protein ve bunun mRNA' sı vp1 (absisik aside duyarsız) ve vp5 (absisik asit içermeyen) adlı mutantlarda bulunmaz. vp5 embriyoları absisik asit uygulaması ile yeniden globulin sentezlemeye başlar. Fakat vp1 mutantları absisik asit uygulamasına bu şekilde cevap vermez. Bu sonuçlar, gelişmekte olan mısır embriyolarının normal miktarda globulin sentezlemeleri için hem ABA'nın hem de ABA'ya duyarlı olmalarının gerekli olduğunu gösterir. Diğer yandan Arabidopsis ve domatesin aba ve sit adlı absisik asit içermeyen mutantları, embriyo gelişimi boyunca depo proteini sentezi açısından normal bir seyir gösterir. Absisik aside duyarlılığı daha az olan Arabidopsis mutantlarında da (abi1, abi2 ve abi3) durum benzerdir. Fakat bu mutantlar çok fazla miktarda absisik asit içerirler. Arabidopsis' in bu mutantları aynı zamanda absisik asit eksikliğine duyarsız olan rekombinantların oluşturulmasında kullanılmıştır. Bu rekombinantların gelişmekte olan tohumları 12S ve 2S depo proteinlerini sentezleyemezler. Arabidopsis' in bir mutantında absisik aside tamamen duyarsızlık sağlayan abi3 geninin birkaç aleli bulunur. Bu mutantların gelişmekte olan tohumlarında 12S ve 2S depo proteinlerinin sentezi büyük ölçüde indirgenmiştir. Bu bulgular Arabidopsis' deki depo proteini birikiminin içsel absisik asit etkisine bağlı olduğunu göstermektedir. Aynı zamanda düşük absisik asit içeriğine sahip olan gelişen tohumlardaki, absisik asidin regüle ettiği depo proteini sentezinin devam ettiği de bu şekilde belirlenmiştir. Ancak absisik asit miktarının bir cevabın oluşmasını sağlayabilecek 70 miktarı dokularda varsa, absisik aside duyarlılığı az olan Arabidopsis tohumlarında depo proteini sentezi devam edebilir. Bütün bu verilere rağmen, absisik asidin depo proteini sentezinde rol oynamadığını gösteren kanıtlar da vardır. Örneğin bezelye, arpa ve pamuk embriyoları depo proteini sentezi bakımından absisik aside cevap vermez. Floridon uygulanmış bezelye tohumlarında absisik asit miktarı büyük ölçüde azalır ancak depo proteini birikimi çok fazla etkilenmez. Bu konuda türe bağlı büyük farklılıklar vardır. Absisik asidin gelişmekte olan embriyolarda meydana getirdiği fiyolojik ve biyokimyasal etkilerin çoğu, düşük ozmotik potansiyel nedeniyle de indüklenebilir. Buna benzer koşullar altında, izole edilmiş embriyoların çimlenmesi engellenirken, birçok türde depo proteini birikimi artmıştır. Bunun dışında absisik asit ve düşük ozmotik potansiyelin farklı şekilde etki gösterdiğine dair bulgular da vardır. Örneğin yoncada sadece düşük ozmotik potansiyele sahip kültür ortamında protein sentezi benzer şekilde meydana gelir. Ortama basisik asit ilave edilirse çimlenme inhibe edilir. Ancak diğer etkilere yol açmaz. Düşük ozmotik potansiyel aynı zamanda izole edilmiş mısır embriyolarında erken çimlenmeyi önler fakat embriyodaki globulin sentezi sadece absisik asit varsa gerçekleşir. Bu gözlemler de ozmotik stresin absisik asit sentezini artırdığı şeklindeki iddiaları ortadan kaldırır. Eğer bu doğru ise iki faktörün aynı etkiye sahip olduğunu düşünmek gerekir. Aslında yüksek ozmotik potansiyelin gelişmekte olan embriyolarda absisik asit miktarının artmasına neden olmadığını gösteren biyokimyasal kanıtlar vardır. Ayrıca ozmotik potansiyel ve absisik aside olan duyarlılık gelişmekte olan embriyonun yaşına göre de değişir. Örneğin yoncada daha yaşlı embriyoların çimlenmesi yüksek ozmotik potansiyel ile engellenir. Ancak absisik asidin etkisi daha azdır. Buradan absisik asit ve ozmotik faktörlerin tohum gelişimi boyunca etkileşim halinde oldukları sonucu çıkarılabilir. Muhtemelen ozmotik stres absisik aside olan duyarlılığı artırmaktadır. Ozmotik faktörlerle absisik asidin etki mekanizması aynı değildir. Dış ortamın düşük ozmotik potansiyeli, su alınımını önler ve çimlenme meydana gelmez. Ancak absisik asidin burada ozmotik bir etkisi yoktur. Absisik asidin etkisi daha çok çeper üzerindedir. Absisik asit hücre büyümesi için gerekli olan çeper gevşemesini önler. Ozmotik faktörlerin, depo prteinlerinin 71 sentezi konusunda, absisik asit gibi moleküler bir düzenleme mekanizmasına sahip olup olmadığı da kesin değildir. 2. 3. 3. 5. ABSĠSĠK ASĠDĠN MOLEKÜLER ETKĠLERĠ Absisik asidin transkripsiyon üzerindeki düzenleyici etkisi ile depo ve diğer proteinlerin sentezini etkilediği bilinmektedir. Bunun yanında az da olsa absisik asidin translasyonal ve posttranslasyonal etkisi dışında mRNA stabilizasyonunu etkilediği de ortaya çıkarılmıştır. Ayçiçeğindeki heliantinin (globulin), soyadaki β-konglisinin (visilin) ve buğdaydaki Em proteinlerinin (LEA proteinleri) genleri ile ilgili ayrıntılı çalışmalar yapılmıştır. Bu konuda günümüzde özellikle geçici ekspresyon sistemleri (arpa alevron protoplastları ve pirinç hücre süspansiyonları) önemlidir. Bu yaklaşımlar transgenik bitkilere göre daha olumlu sonuçlar vermektedir. Absisik asidin gen ekspresyonu üzerindeki etkileri hakkında bilinenler şunlardır: 1- Promotor bölgesinde 3 tip cis sekuensi bulunur. Bunlar artırıcı sekuensler, tohuma özgü sekuensler ve absisik aside cevap veren elementlerdir (ABRE). 2- Tohumlarda trans faktörleri (DNA' ya bağlı müklear proteinler) üretilir ve bunlar da ABRE' ye bağlanarak kodlayan bölgelerin transkripsiyonunu artırırlar. 2. 3. 5. 6. MUTANTLAR, PROTEĠN MĠKTARI VE TOHUMLARIN BESĠN KALĠTESĠ Son yıllarda gelişmekte olan tohumlardaki depo proteinlerinin sentezi ve özelliklerine olan ilgi artmıştır. İnsan gıdasının büyük kısmı doğrudan ve dolaylı olarak tahumlara bağımlıdır. Ancak tahıl tohumları lizin, treonin ve triptofan; baklagil tohumları da metionin ve sistein gibi aminoasitleri içermezler. İnsan da dahil tüm monogastrik canlılar karbon ve azot kaynaklarından, esansiyel aminoasitleri sentezlemelerini sağlayan anabolik bir mekanizmaya sahip değillerdir. Tohum proteinlerindeki bu aminoasitlerin eksikliğini gidermek için çalışmalar yapılmaktadır. 72 Tahıllarda yüksek oranda prolin ve düşük oranda lizin içeren ve prolaminler olarak bilinen ana depo proteinleri bulunur. Ancak mısırın daha az miktarda prolamin ve zein içeren, ancak yüksek miktarda lizin içeren depo proteinleri sentezleyen mutantları belirlenmiştir. Bu mutantlarda farklı proteinler etkilenmiştir. Örneğin opaque-2, 22 kDa' lık bir zeini; opaque-7, 19 kDa' lık bir zeini; floury-2 ise her ikisini de içermez. opaque-2 mutasyonu 22 kDa' lık zein geninin ekspresyonunun regülasyonunda rol oynayan bir transkripsiyon faktörünü kodalayan gendeki mutasyon sonucu oluşmuştur. Lizin içeriği yüksek olan bu tip mutantlar insan ve hayvanların beslenmesi açısından önemlidir. Ancak mutant olan bu tohumların bazı olumsuz yönleri de vardır. Düşük prolamin içeriği yüzünden daha kırılgan ve depolama boyunca parçalanmaya daha yatkındır. Ayrıca mutant mısır ununun pişme özelliği daha zayıftır. Ancak bu mutasyonun en önemli etkisi karbohidrat metabolizmasını önemli derecede bozması ve nişasta verimini % 10-60 azaltmasıdır. Şu ana kadar düşük miktarda prolamin içeren mısır çeşitleri üretilememiştir. Ancak diğer tahıllarda bu konuda az da olsa başarı elde edilmiştir. Örneğin arpanın doğal ve radyasyon uygulanarak elde edilen mutantları mevcuttur. Ancak bunların ticari üretimi yoktur. Diğer çalışmalarda biyosentez reaksiyonlarına müdahale edilerek serbest aminoasit sentez yeteneğinin artırılması amaçlanmıştır. Tohumların lizin ve metionin içeriği artırıldığında, bu aminoasitlerin protein yapısına girme oranının da arttığı ortaya çıkarılmıştır. Örneğin geliştirilen bir soya mutantında tohumdaki metionin içeren protein miktarının % 20 oranında arttığı belirlenmiştir. Bu amaçla tohum gelişimi boyunca ana bitkiye sülfat uygulaması yapılarak, tohum proteinlerinin yapısına daha fazla miktarda kükürt içeren aminoasit girmesi amaçlanmıştır. 2. 3. 6. FĠTĠNĠN TOHUMLARDA DEPOLANMASI Fitin tohumlarda fosfat ve mineral iyonlar için önemli bir depo bileşiğidir. Ancak fitik asit biyosentez mekanizması ve yeri hakkında yeterli bilgi yoktur. Daha önceleri fitik asidin protein cisimcikleri içinde sentezlendiği iddia edilmiştir. Ancak Ricinus communis' in gelişmekte olan endospermlerinde yapılan elektron mikroskopisi çalışmaları fitinin endoplazmik retikulumun sisternalarında sentezlendiğini, transport vesiküllerine alındığını, vakuolar membrana hareket ettiğini ve membrana kaynaştığını göstermiştir. Daha sonra fitin partikülleri vakuol lümenine geçer ve yoğunlaşarak globoidi oluşturur. Bu olayda paketleme ve transport vesiküllerinin oluşumunda golgi aygıtı rol oynayabilir. Ancak bu kanıtlanmamıştır. Tohum gelişimi boyunca vakuollerdeki fitin ve depo proteini birikimi aynı anda meydana gelir. Fitik asit biyosentez mekanizması tam olarak bilinmemektedir. Ancak 73 glukoz-6-fosfattan sentezlenen myo-inositol-1-fosfata, ATP' den gelen beş tabe fosfat grubunun eklenmesiyel myo-inositol hegzafosforik asidin oluştuğu sanılmaktadır. Bu basamaklarda herhangi bir ara ürüne rastlanmamıştır. 2. 4. GELĠġEN TOHUMLAR VE HORMONLAR Büyüyen tohumlar bir yandan temel depo maddelerini biriktirirken, diğer yandan oksinler, giberellinler, sitokininler ve absisik asit gibi hormon miktarlarında da değişimler meydana gelir. Bu hormonlar tohum büyümesi ve gelişmesi boyunca birçok olay üzerinde önemli rollere sahiptir. Aynı zamanda meyve büyümesi ve belirli fizyolojik olaylar üzerinde de etkilidirler. Olgunlaşmamış tohumlar bitkilerde birçok hormon için en büyük kaynaktır. Hormonların sentezi ve metabolizması ile ilgili çalışmalar büyük ölçüde tohumlar kullanılarak yapılmaktadır. 2. 4. 1. HORMONLARIN TOHUMLARDAKĠ KOMPOZĠSYON VE LOKASYONU 2. 4. 1. 1. OKSĠNLER Tohumlarda bulunan temel oksin tipi indol-3-asetik asittir (IAA). Tohumlardaki oksin normal biyosentez reaksiyonlarıyla triptofandan sentezlenir, ana bitkiden tohuma oksin taşınımı meydana gelmez. Tohumlarda bulunan oksinler çoğunlukla serbest formdadır. Ancak olgunlaşmamış mısır tohumlarında IAA-arabinozid, IAA-myo-inositol ve IAA-myo-inositolarabinozid gibi bağlı oksinlerin varlığı da belirlenmiştir. Bağlı oksinlerin IAA oluşumu için kullanıldığı, çimlenmeyi izleyen dönemde enzimatik olarak serbest IAA oluşturularak büyüyen koleoptilin uç kısmına taşındığı belirlenmiştir. Gelişmekte olan tohumlardaki serbest ve bağlı oksin miktarlarında çok farklı değişimlerin meydana geldiği belirlenmiştir. 2. 4. 1. 2. GĠBERELLĠNLER Bitkiler aleminde 1992 yılına kadar 80 farklı giberellin tipi belirnmiştir. Ancak bu sayı günümüze kadar sürekli artış göstermiştir. Bunun dışında bitki dokularında polar, suda çözünebilen glukopiranosid ve glukopiranosil esterleri gibi farklı formlarda bağlı giberellinlerin de bulunduğu anlaşılmıştır. Gelişmekte olan tohumların giberellin bakımından çok zengin olması nedeniyle, bitki dokularında giberellinlerin sentezi ve metabolizması ile 74 ilgili birçok çalışmada tohumlar kullanılmaktadır. Örneğin giberellin biyosentezinin asetil CoA ile başladığı, ilk oluşan giberellinin, giberellin 12 olduğu ve diğer giberellin tiplerinin bundan köken aldığı Cucurbita maxima, Marah macrocarpus ve Pisum sativum gibi türlerin tohumlarında yapılan araştırmalar sonunda ortaya çıkarılmıştır. Gelişmekte olan tohumlarda ve diğer bitkisel dokularda giberellinler çok hızlı bir şekilde birbirine dönüştürüldüğü için, bir türün tohumlarında aynı anda birden fazla tipte giberellin bulunmaktadır. Giberellin tipleri içinde sadece giberellin 29 ve giberellin 51 biyolojik olarak inaktiftir. Bu nedenle farklı giberellin tipleri arasındaki dönüşüm, giberelln molekülünün inaktivasyonu ile sonuçlanabilir. Gelişmekte olan tohumlarda aktif giberellin miktarı maksimum seviyede iken, tohum olgunlaşmasının sonuna doğru inaktif formların oluşumu hızlanır. Bu dönemde ayrıca tohumun yapısında bulunan aktif giberellin miktarı, bunların bir kısmı glukozil ester ve glukozidlerle rekasiyona girerek bağlı forma geçtikleri ve ayrıca katabolize edildikleri için azalır. Farklı giberellin tiplerinin aynı tohumun farklı kısımlarındaki miktarı büyük değişim gösterebilir. Bunun nedeni taşınarak tohumun farklı bölgelerine ulaşan giberellinlerin farklı metabolik olaylara maruz kalmasıdır. 2. 4. 1. 3. SĠTOKĠNĠNLER Gelişmiş bitkilerde ilk tanımlanan sitokinin, gelişmekte olan mısır tohumlarında saptanan zeatindir. Olgunlaşmamış tohumlarda kimyasal olarak varlığı belirlenen sitokininler (zeatin, izopentil adenin ve bunların türevleri) yapılarında adenin taşırlar. Sitokinin türevleri glukoz, riboz veya her ikisiyle birlikte kompleks bileşiklerden oluşmuş formlardır. Sitokininler ayrıca yapılarında belirli tipte tRNA molekülleri de bulundurabilirler ve bu tRNA' lar gerektiğinde hidroliz yoluyla yapıdan uzaklaştırılır. Sitokininlerin bitkinin hangi bölgesinde sentezlendiği henüz anlaşılamamıştır. Ancak bugüne kadar elde edilen sonuçlar iki ihtimalin olduğunu göstermektedir. Bunlardan birincisi kökler diğeri ise meyve veya tohumdur. Tohum gelişimi sırasında, özellikle de tohum dokularının büyüdüğü dönemde sitokinin miktarı önemli derecede artarken, olgunlaşma döneminde ise azalmaktadır. 2. 4. 1. 4. ABSĠSĠK ASĠT Absisik asit birçok bitki türünün olgunlaşmamış tohumlarından elde edilmiştir. Bu hormonun serbest formu özellikle baklagil tohumlarında oldukça yüksek miktarlarda bulunur (0,2-1 mg g-1 taze ağırlık). Ayrıca tohum yapısında glukozil esterlere ve glukozidlere bağlanmış formda 75 absisik aside de yüksek oranda rastlanır. Serbest ve bağlı absisik asidin tohumların embriyo, endosperm ve bunları saran kısımlarda bulunduğu belirlenmiştir. Bunun dışında, özellikle baklagil tohumlarında, absisik asidin katabolitleri olan faseik asit ve dehidro faseik asit vardır. Diğer hormonlarda olduğu gibi absisik asidin miktarı da tohum olgunlaşmasından itibaren artar ve olgunlaşmanın sonuna doğru azalır. 2. 4. 2. HORMONLARIN TOHUMLARDAKĠ GENEL ROLLERĠ Hormonlar, gelişmekte olan tohumlarda büyüme ve gelişmenin devamını sağlarken, olgunlaşma evresinde ise büyümenin durmasına yol açarlar. Büyüme ve gelişme üzerindeki bu etkileri tohumun embriyo dışındaki kısımları için de geçerlidir. Tohumlarda hem embriyo gelişimi için hem de çimlenme aşamasında kullanılmak üzere depo maddelerinin birikiminin sağlanması ve gelişmekte olan tohumlara yakın konumdaki doku ve organlardaki fizyolojik değişimlerden de hormonlar sorumludur. 2. 4. 2. 1. HORMONLARIN TOHUM BÜYÜMESĠ VE GELĠġMESĠ ÜZERĠNDEKĠ ETKĠLERĠ Tohum gelişmesi ile hormonlar arasındaki etkileşimlerin büyük kısmı, hormon miktarı ile embriyo büyümesi arasındaki korelasyondan kaynaklanmaktadır. Örneğin cüce bezelye tohumlarında biyolojik olarak aktif olan giberellinlerin (giberellin 9 ve 20) miktarının, maksimum embriyo büyümesinin gözlendiği dönemde artış gösterdiği belirlenmiştir. Benzer bir korelasyona Phaseolus coccineus embriyolarının büyüme hızı ile giberellin 20 miktarı arasında da rastlanmıştır. Bu bitkide büyümekte olan embriyoya gerekli giberellinlerin süspensör tarafında sağlanabileceği de belirlenmiştir. Genç embriyo tohum dışına alınıp kültür ortamına bırakıldığında, süspensöründe uzaklaştırıldığı durumlarda gelişememiş, ancak dışarıdan giberellin uygulandığında gelişmesini sürdürmüştür. Giberellinlerin tohum gelişimi üzerindeki etkileri bazı mutant bitkilerde de araştırılmıştır. Örneğin giberellin içermeyen bir Arabidopsis ve domates mutantında tohum gelişimi normal şekilde devam etmektedir. Bu sonuç giberrelinlerin bu iki türde tohum gelişimi üzerinde spesifik bir etkisinin olmadığını göstermektedir. Ancak tohumdaki giberellin miktarı aşırı derecede azalmış olan bir bezelye mutantında (lhi) tohumların gelişmelerini tamamlamadan önce ana bitkiden ayrıldığı görülmüştür. 76 Tohumlardaki hücre bölünmesi ve genişlemesini içeren evrede sitokinin miktarı da maksimum seviyededir. Sitokininlerin bazı bitki dokularında hücre bölünmesini uyardığı ve bu özelliğinden dolayı tohum gelişiminde de rol oynadıkları sanılmaktadır. Phaseolus coccineus ve Lupinus alba'da, yüksek sitokinin içeriği nedeniyel süspensörün gelişmekte olan embriyoya sitokinin sağladığı düşünülmektedir. İnhibe edici özelliğinden dolayı, absisik asidin (ABA) embriyo büyümesini inhibe ettiği bilinmektedir. Arpa ve kolza tohumlarında ABA bulunmasına rağmen normal embriyo büyümesinin gerçekleştiği ancak çimlenme ve eksen büyümesinin inhibe olduğu görülmüştür. Ancak ABA'nın bu etkisi, tohum daha ana bitki üzerinde iken embriyonun bir dinlenme evresi geçirmeden hemen çimlenmeye başlamasını önleyici niteliktedir. ABA miktarı ile gelişmekte olan embriyonun çimlenebilme özelliği arasında bir ilişki olduğu birçok türde gösterilmiştir. Örneğin birçok bitkide olgunlaşmasını tamamlamamış olan tohumlar gelişim periyodunun erken evrelerinde çimlenme özelliğine sahip değildir ve çimlenme özelliğini tam olgunlaşma noktasına yaklaştıkça kazanmaya başlar. Birçok tahıl ve baklagil türünde yapılan çalışmalar genç ve daha olgunlaşmasını tamamlamamış olan tohumlarda ABA miktarının çok yüksek olduğunu göstermiştir. Ancak bazı bitki türlerinde de tohum gelişimi boyunca ABA miktarı değişmez, ancak embriyonun ABA' ya duyarlılığında azalma gözlenir. Gelişmekte olan tohumların bu evredeki en önemli özelliği bazı depo maddelerinin birikmesidir ve hormonların bu konuda da önemli rol oynadığı bilinmektedir. Örneğin sitokininlerin sıvı endospermlerde asimilatların dokulara mobilizasyonunu sağladığı ortaya çıkarılmıştır. ABA ise depo proteinlerinin sentezinin regülasyonunda önemli bir hormondur. Fasülye ve soya kotiledonlarına ABA uygulaması yapılırsa depo proteinlerinin sentezinin başladığı gözlenmiştir. ABA' nın ayrıca üzümde karbohidrat birikimini artırdığı, bezelye ve tahıllarda tohum ve tane dolumunu düzenlediği bilinmektedir. ABA'ya duyarlı olmayan Arabidopsis'in gelişmekte olan tohumlarında depo proteini ve triaçilgliserol miktarının çok düşük olduğu görülmüştür. 2. 4. 2. 2. MEYVE BÜYÜMESĠ VE GELĠġMESĠ Birçok durumda meyvenin etli kısımlarının büyümesi gelişmekte olan tohumların aktivitesi ile ilişkilidir. Örneğin kavunda meyve büyüklüğünün tohum sayısı ile korelasyon gösterdiği belirlenmiştir. Yalancı bir meyve olan çilekte ise gelişmekte olan tohumlar uzaklaştırıldığında 77 meyve büyümesinin büyük oranda indirgendiği görülür. Tohumlar oksin bakımından oldukça zengindir ve tohumları uzaklaştırılan çilek meyvelerine dışarıdan oksin uygulandığında meyve büyümesinin normal şekilde devam ettiği görülür. Bu sonuç çilek meyvelerinin gelişiminin, tohumlardan sağlanan oksinle gerçekleştirildiğini ispatlamaktadır. Bezelyede ise bir iğne yardımıyla tohum zarfının içindeki tohumların mekanik olarak zedelenmesi sonucu tohum zarfının büyümesinin durduğu, ancak dışarıdan yapılan giberellik asit (GA) veya sentetik bir oksin olan naftalen asetik asit uygulaması ile büyümeye devam ettiği görülmüştür. 2. 4. 2. 3. HORMONLARIN ÇĠMLENME VE BÜYÜME ÜZERĠNDEKĠ ETKĠLERĠ Birçok bitki türünde tohumların bağlı formda bir oksin türü olan indol-3-asetik asit (IAA) içerdiği ve hidrolitik parçalanmayla bunların serbest IAA' ya dönüştüğü bilinmektedir. IAA' nın çimlenme ve radikula büyümesi üzerinde bir etkisi yoktur. Ancal çimlenmeden sonraki dönemde gerçekleşen fide büyümesi büyük ölçüde IAA' ya bağlıdır. Bu durumda serbest forma geçen IAA' nın çimlenmekte olan mısır endospermlerinden koleoptil ucuna taşındığı ve buradaki uzama bölgesinde bulunan hücrelerin büyümesini regüle ettiği söylenebilir. Gelişmekte olan bezelye tohumlarına radyoaktif olarak işaretlenmiş GA1 ve GA20 verildiğinde, bunların tohumda bağlı formda muhafaza edildiği ve tohum çimlenmesiyle birlikte serbest forma dönüştüğü belirlenmiştir. 2. 4. 2. 4. HORMONLARIN TOHUMLARDAKĠ DĠĞER ETKĠLERĠ Tohum muhafazası içinde bulunan bezelye tohumları parçalandığı zaman bu yapının absisyona uğradığı görülmüştür. Tohumları öldürülmüş olan tohum muhafazasına naftalen asetik asit ve bazı giberellinler (GA9, GA20, GA29) uygulanırsa absisyon zonunun oluşumu engellenmiştir. Dolayısıyla bu hormonların etkilerinden birisi de absisyon zonunun oluşumunu engellemektir. Giberellinlerin diğer ilginç bir özelliği de elmalarda görülür. Bazı elma çeşitleri iki yılda bir meyve verirler. Bazı meyveler gelişirken meydana gelen bazı çiçek tomurcukları bir sonraki yıla kadar dormant kalırlar. Dolayısıyla o yıl açam çiçekler aslında bir önceki yıl meydana gelmiştir. Bu bitkilerde meyve gelişimi sürerken çiçek tomurcuğu oluşmaz ve çiçeklenme dönemi yoktur. Gelişmekte olan meyveler koparıldığı taktirde çiçek tomurcukları oluşmaya başlar. Ancak bu bitkiye giberellin uygulanırsa çiçek tomurcuğu oluşmaz. Gelişmekte olan elma tohumları giberellin bakımından zengin olduğu için giberellinlerin çiçek tomurcuğu oluşumunu inhibe ettiği düşünülmektedir. 78