Hz. Osman' ın öldürülmesiyle, karışıklıklar başladı. Hz. Ali, kendi taraflarının ısrarı üzerine halifeliği kabul etti. Ancak Emevi soyundan gelenler, Hz. Osman ' ın öldürülmesinde , onun da rolü olduğu gerekçesiyle, Hz. Ali'nin halifeliğini tanımadılar. Hz. Ali, karışıklık ve isyanlara neden olan, Hz. Osman döneminde atanmış valileri görevden aldı. 1. Cemel Vak'ası ( Deve Olayı ) ( 656 ) Hz. Ali ' nin halifeliğini tanımayan, Hz. Muhammed'in eşi Hz. Ayşe ve onun yanında yer alan Talha ve Zübeyr, mücadele etmek ve kuvvet toplamak için Irak'a gittiler. Hz. Ali barışçı girişimlerinden sonuç alamadı. İki taraf , Kufe yakınlarında savaştılar. Savaş'ın en şiddetli bölgesi Hz.Ayşe'nin bindiği " Asker " adlı devenin etrafıydı. Bunun için bu olaya " Deve Olayı " denilmiştir Savaşta Talha ve Zübeyr öldü. Hz. Ayşe'nin Medine'ye dönmesi sağlandı. Esir alınan Basra' lılar serbest bırakıldılar. Bu olay, Müslümanlar arasındaki ilk büyük savaştır. Hz. Ali bu olaydan sonra Medine'ye dönmemiş, Irak'ın merkezi olan Kufe'ye yerleşmiştir. 2. Sıffin Savaşı ve Hakem Olayı ( 657 ) Emevi soyundan olan Şam valisi Muaviye, Hz. Ali'nin halifeliğini tanımamaktaydı. Mısır valisi Amr-ibn-ül As 'ın da desteğini alarak , Hz. Ali ile Sıffin ovasında karşı karşıya geldi. Savaş Hz. Ali'nin lehinde gelişirken, Muaviye askerleri mızraklarının ucuna Kur'an ayetlerini taktılar .Bu durumda Hz.Ali taraftarları savaşa devam etmediler .Halifelik anlaşmazlığının, Kur'an hükümleri esas alınarak, iki tarafın seçeceği hakem kurulu tarafından çözülmesi kararlaştırıldı. Ancak, Muaviye'nin hakemi Amr İbn-Ül-As , Ali'nin hakemi Ebu Musa El-Eş'ari' yi kandırdı. Hile ile halifelik Muaviye'ye geçti. Bu Olay İslam dünyasının bölünmesine yol açtı. Hz. Ali taraftarlarına Şii , Muaviye'den yana olanlara Emevi, her iki tarafı da tanımayanlara Hariciler denildi. 3. Nehrevan Savaşı ( 658 ) Hz. Ali kuvvetleriyle , hariciler arasında yapılan savaşta Hariciler yenildiler ise de varlıklarına son verilememiştir. Hz. Ali 'nin Şehit Edilmesi ( 661 ) Hariciler, İslam dünyasındaki karışıklıklara neden olduklarını düşündükleri, Hz. Ali, Muaviye ve Amr İbn Ül As ' ı öldürmeye karar verdiler. Hz. Ali , zehirli bir kılıçla yaralanarak öldürüldü. Hz. Ali iç olaylarla uğraşmak zorunda kaldığından, birliği sağlayıp dış fetihlere girişememiştir. Bu nedenle dönemi fetihsiz geçmiştir. Emevi soyu, iktidarı kaybetmemek için Hz. Ali'nin halifeliğini tanımamıştır Bu dönemde İslam dünyasında, ayrılıklar baş göstermiştir.