Lamiaceae - Ulusal Tez Merkezi

17
T.C.
ERCİYES ÜNİVERSİTESİ
FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ
BİYOLOJİ ANABİLİM DALI
PHLOMIS L. (Lamiaceae) CİNSİNE AİT TÜRLER
ARASINDAKİ DOĞAL MELEZLERİN ISSR
YÖNTEMİYLE İNCELENMESİ
Hazırlayan
Özge FIRAT
Danışman
Doç. Dr. Ertuğrul YÜZBAŞIOĞLU
Prof. Dr. Mehmet Yaşar DADANDI
Yüksek Lisans Tezi
Ocak 2016
KAYSERİ
18
T.C.
ERCİYES ÜNİVERSİTESİ
FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ
BİYOLOJİ ANABİLİM DALI
PHLOMIS L. (Lamiaceae) CİNSİNE AİT TÜRLER
ARASINDAKİ DOĞAL MELEZLERİN ISSR
YÖNTEMİYLE İNCELENMESİ
(Yüksek Lisans Tezi)
Hazırlayan
Özge FIRAT
Danışman
Doç. Dr. Ertuğrul YÜZBAŞIOĞLU
Prof. Dr. Mehmet Yaşar DADANDI
Bu çalışma; Erciyes Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi
Tarafından FBY-11-3423 kodlu proje ile desteklenmiştir.
Ocak 2016
KAYSERİ
iv
TEŞEKKÜR
Çalışmalarım boyunca farklı bakış açıları ve bilimsel katkılarıyla beni aydınlatan, yakın
ilgi ve yardımlarını esirgemeyen ve bu günlere gelmemde en büyük katkı sahibi sayın
hocam Doç. Dr Ertuğrul YÜZBAŞIOĞLU’na, kullanılan bitki materyallerini temin
eden sayın hocam Prof. Dr. Mehmet Yaşar DADANDI’ya teşekkürü bir borç bilirim.
Deneysel çalışmalarım sırasında karşılaştığım zorlukları aşmamda yardımlarından
dolayı Doç. Dr. Fatma ÖZTÜRK KÜP’e ve aynı laboratuvarı paylaştığımız çalışma
arkadaşım Fadime ÖZTOPRAK’a teşekkür ederim.
Bu tez çalışmasına maddi destek veren Erciyes Üniversitesi Bilimsel Araştırma
Projeleri Birimi’ne (Proje No: FBY-11-3423) teşekkür ederim.
Ayrıca; çalışmalarım süresince sabır göstererek beni daima destekleyen eşime ve aileme
en içten teşekkürlerimi sunarım.
Özge FIRAT
Kayseri, Ocak 2016
v
PHLOMIS L. (Lamiaceae) CİNSİNE AİT TÜRLER ARASINDAKİ DOĞAL
MELEZLERİN ISSR YÖNTEMİYLE İNCELENMESİ
Özge FIRAT
Erciyes Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü
Yüksek Lisans Tezi, Ocak 2016
Tez Danışmanları: Doç. Dr. Ertuğrul YÜZBAŞIOĞLU
Prof. Dr. Mehmet Yaşar DADANDI
ÖZET
Bu araştırmada 41 Phlomis taksonu, 1 Phlomoides taksonu ve Phlomis taksonları
arasında oluşan 36 adet doğal Phlomis melezine ait 193 örnek kullanılarak, doğal
melezleşme ve türler arası ilişki ISSR yöntemi ve 24 farklı morfolojik karakter
bakımından incelenmiştir. İzole edilen genomik DNA’dan ISSR bölgesine yönelik 17
farklı primer ile amplifikasyon gerçekleştirilmiştir. Morfolojik ve moleküler verilere
dayalı filogram ağaçları NTYS programı kullanılarak; filogenetik network grafikleri
Splittree programı kullanılarak oluşturulmuştur. ISSR ve morfolojik verilerden elde
edilen filogram ağaçları incelendiğinde her ikisinde de 193 Phlomis örneği iki ana gruba
ayrılmaktadır. Fakat bu gruplanma Phlomis cinsinin Phlomis ve Phlomoides seksiyon
ayırımını ve Phlomis seksiyonunun Dendrophlomis, Oxyphlomis ve Gymnophlomis
olmak üzere 3 alt seksiyona ayırımını da desteklememektedir. Morfolojik verilerden
elde edilen filogram ağacında 46 melez örneğinden 37’si atalarının dışındaki türler ve
melezlerle bir arada gruplanmışken ISSR ağacında ise 46 melez örneğinden 21’i
atalarının dışındaki türler ve melezlerle bir arada gruplanmıştır.
Morfolojik verilerden elde edilen network grafiği 193 Phlomis örneğini iki ana gruba
ayırmakta iken ISSR yöntemi 10 gruba ayırmaktadır. Morfolojik veriden elde edilen
network grafiğinde 46 melez örneğinin 37’si ya atalarının birinin hemen yanında ya da
atalarının bulunduğu grup içerisinde yer almıştır. ISSR verisinden elde edilen network
grafiğinde ise 46 melez örneğinin 40 tanesi ya atalarının birinin hemen yanında ya da
atalarının en azından birinin bulunduğu grup içerisinde yer almıştır.
Anahtar Kelimeler: Phlomis, Lamiacea, ISSR, melezleşme
vi
ISSR ANALYSIS OF NATURAL HYBRIDIS BETWEEN THE SPECIES OF
THE GENUS PHLOMIS L. (Lamiaceae)
Özge FIRAT
Erciyes Universty, Institute of Science
MSc. Thesis, january 2016
Supervisors: Assoc. Prof. Dr. Ertuğrul YÜZBAŞIOĞLU,
Prof. Dr. Mehmet Yaşar DADANDI
ABSTRACT
In this study, 193 samples from 41 Phlomis taxa, one Phlomoides taxon and 36 natural
Phlomis hybrids were used to assess natural hybridization and phylogenetic
relationships in the genus Phylomis by using ISSR method and 24 different
morphological characters. ISSR regions has been amplified from the genomic DNAs
using 17 different ISSR primers. NTYS and Splittree package programmes were used to
build phylogenetic trees and phylogenetic network graphics. When the phylogram trees
obtained from ISSR method and morphological data were exaimed, 193 samples of the
genus Phlomis were divided into two groups. However, this grouping does not support
both the sectional division of the genus Phlomis as Phlomoides and Phlomis and also
the subsectional division of the section Phlomis as Dendrophlomis, Oxyphlomis and
Gymnophlomis. Of 46 Phlomis hybrids, 37 were groupped with non-parental
species/other hybrids in the phylogram tree obtained from the morphological data.
Similarly, of 46 Phlomis hybrids, 21 were groupped with non-parental species/other
hybrids in the phylogram tree obtained from the ISSR data.
While the network tree obtained from the morphological data divided the 193 Phlomis
samples into two main groups, the network tree obtained from the ISSR data divided the
193 Phlomis samples into 10 groups. In the network tree obtained from the
morphological data, , 37 of the 46 Phlomis hybrids were placed either next to the one of
their parents or within the groups including at least one of their parents. Similarly, in the
network tree obtained from the ISSR data, 40 of the 46 Phlomis hybrids were placed
either next to the one of their parents or within the groups including at least one of their
parents.
Key Words: Phlomis, Lamiaceae, ISSR, hybridisation
vii
İÇİNDEKİLER
PHLOMIS L. (Lamiaceae) CİNSİNE AİT TÜRLER ARASINDAKİ DOĞAL
MELEZLERİN ISSR YÖNTEMİYLE İNCELENMESİ
BİLİMSEL ETİĞE UYGUNLUK.................................................................................. i
YÖNERGEYE UYGUNLUK ....................................................................................... ii
ONAY ......................................................................................................................... iii
TEŞEKKÜR ................................................................................................................ iv
ÖZET ........................................................................................................................... v
ABSTRACT ................................................................................................................ vi
İÇİNDEKİLER ........................................................................................................... vii
KISALTMALAR .......................................................................................................... x
TABLOLAR LİSTESİ ................................................................................................. xi
ŞEKİLLER LİSTESİ .................................................................................................. xii
GİRİŞ .......................................................................................................................... 1
1. BÖLÜM
GENEL BİLGİLER ve LİTERATÜR TARAMASI
1.1. Lamiaceae Familyasının Morfolojik Özellikleri .................................................. 6
1.2. Phlomis L. Cinsinin Morfolojik Özellikleri ......................................................... 6
1.2.1. Phlomis L. Cinsinin Sistematikteki Yeri ...................................................... 7
1.2.2. Phlomis L. Cinsi ve Dünya Üzerindeki Yayılışı ........................................... 7
1.2.3. Phlomis L. Cinsi Üzerine Yapılan Çalışmalar ............................................. 8
1.3. Bitkiler Aleminde Melezleşme ........................................................................... 10
1.4. Moleküler Sistematik ......................................................................................... 13
1.4.1. Morfolojik Markırlar ................................................................................. 13
1.4.2. Biyokimyasal Markırlar ............................................................................. 14
1.4.3. Moleküler Markırlar .................................................................................. 14
1.4.3.1. Restriksiyon Parça Uzunluk Polimorfizmi - Restriction Fragment
Lenght Polymorphism (RFLP) .......................................................... 15
viii
1.4.3.2. Çoğaltılmış Parça Uzunluk Polimorfizmi - Amplified Fragment
Lenght Polymorphism (AFLP) .......................................................... 15
1.4.3.3. Rastgele Çoğaltılmış Polimorfik DNA - Randomly Amplified
Polymorphic DNA(s) (RAPD) ............................................................ 16
1.4.3.4. DNA Dizisi Belirlenerek Çoğaltılmış Polimorfik Bölgeler - Sequence
Characterized Amplified Regions (SCAR)........................................ 16
1.4.3.5. İçsel Transkribe Edilen Bölge - Internal Transcribed Spacer (ITS) 17
1.4.3.6. Kloroplast DNA (cpDNA)................................................................... 17
1.4.3.7. Basit Dizi Tekrarları (Mikrosatallitler) - Simple Sequence Repeats
(SSR) ................................................................................................... 17
1.4.3.8. Basit Dizi Tekrarları Arası - Inter Simple Sequence Repeats
(ISSR) ................................................................................................. 18
2. BÖLÜM
MATERYAL VE METOD
2.1. Materyal ............................................................................................................. 21
2.1.1. Bitki Materyali ........................................................................................... 21
2.1.2. Kullanılan Kimyasal Maddeler ve Çözeltiler ............................................ 31
2.1.2.1. DNA İzolasyonunda Kullanılan Kimyasal Maddeler ve Çözeltiler .. 31
2.1.2.2. PCR Reaksiyonlarında Kullanılan Kimyasal Maddeler ve
Çözeltiler............................................................................................. 32
2.1.2.3. Agaroz Jel Elektroforezinde Kullanılan Kimyasal Maddeler ve
Çözeltiler............................................................................................. 32
2.1.3. Primerler..................................................................................................... 33
2.2. Metot................................................................................................................... 33
2.2.1. Morfolojik İncelemeler ............................................................................... 33
2.2.2. Moleküler İncelemeler................................................................................ 35
2.2.2.1. DNA İzolasyonu .................................................................................. 35
2.2.2.2. DNA konsantrasyonlarının belirlenmesi ve muhafaza edilmesi ....... 36
2.2.2.3. Primer seçimi ...................................................................................... 36
2.2.2.4. ISSR reaksiyonları .............................................................................. 36
2.2.2.5. Agaroz jel elektroforezi ve bantların boyanması............................... 37
ix
2.2.2.6. ISSR bantlarının büyüklüğü .............................................................. 37
2.2.2.7. ISSR verilerinin değerlendirilmesi ..................................................... 37
3. BÖLÜM
BULGULAR
3.1. Morfolojik Bulgular ........................................................................................... 39
3.2 Moleküler Bulgular ............................................................................................. 48
3.2.1 ISSR verilerine ait Phylogram ağacı........................................................... 50
3.2.2 ISSR verilerine göre hazırlanan Network analizi ...................................... 55
4. BÖLÜM
TARTIŞMA VE SONUÇ
4.1. TARTIŞMA ........................................................................................................ 59
4.2 SONUÇ ................................................................................................................ 63
KAYNAKLAR .......................................................................................................... 64
EKLER ...................................................................................................................... 71
ÖZGEÇMİŞ ............................................................................................................ 110
x
KISALTMALAR
A
: Adenin
bç
: Baz çifti
C
: Sitozin
CTAB
: Setil 3-Metil Amonyum Bromid
dH₂O
: Distile Su
DNA
: Deoksiribonükleik asit
dNTP
: Deoksiribonükleik asit trifosfat
EDTA
: Etilen diamin tetra asetik asit
G
: Guanin
gDNA
: Genomik DNA
ISSR
: Inter-simple Sequence Repeats
kb
: Kilobaz
M
: Molar
mM
: Milimolar
MYD
:Mehmet Yaşar DADANDI’nın herbaryum koleksiyonu toplayıcı kodu
NTSYS
: Numerical Taxonomy System
ng
: Nanogram
PVP
: Polivinilpirolidon
PCR
: Polimeraz Zincir Reaksiyonu (Polymerase Chain Reaction)
rDNA
: Ribozomal DNA
TBE
: Tris Borat-EDTA
u
: Ünite
V
: Volt
µl
: Mikrolitre
UBC
: University of British Columbia
xi
TABLOLAR LİSTESİ
Tablo 2.1.
Bitki materyallerinin tür adı, toplandığı lokalite ve örnek sayısı ................ 22
Tablo 2.2.
DNA izolasyonunda kullanılan kimyasal maddeler ve çözeltiler ............... 31
Tablo 2.3.
Polimeraz Zincir Reaksiyonlarında kullanılan kimyasal maddeler ve
çözeltiler ................................................................................................... 32
Tablo 2.4.
Agaroz jel elektroforezinde kullanılan kimyasal maddeler ve çözeltiler .... 32
Tablo 2.5.
ISSR bölgesini amplifiye etmede kullanılan primerler ............................. 33
Tablo 2.6.
Morfolojik karakterler ve kodlamaları ...................................................... 34
Tablo 2.7.
ISSR-PCR döngüsü .................................................................................. 37
Tablo 3.1.
ISSR primerleri ile elde edilen polimorfik bant sayıları ve büyüklükleri .. 49
xii
ŞEKİLLER LİSTESİ
Şekil 1.1.
Kladistik analizinde Aphelandra melezlerinin ebeveyinlerine göre
göreceli yerleşimleri. ................................................................................ 12
Şekil 1.2.
ISSR-PCR: (TC)n tekrarını hedef alarak zıt yönlerde konumlanmış
(TC)n dizileri arasında bulunan inter-SSR bölgesinin (AG)8 primeri ile
amplifikasyonunun şematik gösterimi. ...................................................... 20
Şekil 3.1.
Phlomis örneklerinde morfolojik verilere ait phylogram ağacı
(parça 1) ................................................................................................... 44
Şekil 3.2.
Phlomis örneklerinde morfolojik verilere ait phylogram ağacı
(parça 2) ................................................................................................... 45
Şekil 3.3
Phlomis örneklerinde morfolojik verilere ait phylogram ağacı
(parça 3) ................................................................................................... 46
Şekil 3.4.
Phlomis örneklerinin morfolojik verilerinin Manhattan mesafe
değerlerine göre oluşturulmuş network analizi 1. Parça ............................. 47
Şekil 3.5
Phlomis örneklerinin morfolojik verilerinin Manhattan mesafe
değerlerine göre oluşturulmuş network analizi 2. Parça ............................. 48
Şekil 3.6.
ISSR primeri ile ampilifikasyonu yapılan bazı DNA örneklerinin jel
görüntüleri ................................................................................................ 49
Şekil 3.7.
Phlomis örneklerinde ISSR verileri ile oluşturulan phylogram ağacı
parça 1 ...................................................................................................... 52
Şekil 3.8.
Phlomis örneklerinde ISSR verileri ile oluşturulan phylogram ağacı
parça 2 ...................................................................................................... 53
Şekil 3.9.
Phlomis örneklerinde ISSR verileri ile oluşturulan phylogram ağacı
parça 3 ...................................................................................................... 54
Şekil 3.10.
Phlomis örneklerinde ISSR verilerine ait neighbour- network analizi
(1. parça) .................................................................................................. 57
Şekil 3.11.
Phlomis örneklerinde ISSR verilerine ait neighbour- network analizi
(2. parça) .................................................................................................. 58
1
GİRİŞ
Bu çalışmada Phlomis L. cinsine ait türler arasında oluşan doğal melezler ve onların
ataları arasındaki filogenetik ilişkiler araştırılmıştır. Melezlerin atalarıyla olan ilişkileri
ve türler arası genetik ilişki ISSR markır tekniği ile incelenmiştir. Moleküler verilerin
karşılaştırılabilmesi açısından 24 kantitatif karakterde morfolojik ölçümler ve ölçüm
sonuçlarına dayalı analizler yapılmıştır. Ayrıca atalarından biri morfolojik verilerle
tayin edilemeyen iki farklı P. leucophracta P. H. Davis melezi (MYD 1542 ve 1675) de
çalışmaya dahil edilmiştir.
Phlomis cinsi Lamiaceae Martinov familyasından otlar, çalılar ve yarı-çalılar içeren
yaklaşık 100 türü kapsamaktadır [1]. Türkiye Florası’nda 34 tür, 6 varyete ve 10 doğal
melez ile temsil edilmektedir [2]. Dadandı’nın “Türkiye’nin Phlomis L. (Lamiaceae)
Cinsi Revizyonu” isimli doktora tezinde bu cins 28 tür, 17 varyete ve 19 doğal melez
olarak revize edilmiştir. Bu çalışma ile tür ve varyeteler yeniden düzenlenmiş, 9 yeni
doğal melez eklenmiştir [3]. Phlomis cinsi içerisinde yer alan türlerin endemizm oranı
%56.41 ve melezlerin endemizm oranı ise %100’dür [4]. Endemizm oranının ve tür
sayısının yüksek olması bize cins içerisindeki türleşmenin henüz tamamlanmadığı ve
halen devam ettiği kanısını oluşturmaktadır [3].
Phlomis cinsi, Phlomis ve Phlomoides Moench olmak üzere iki ana seksiyona
ayrılmıştır [5]. Phlomis seksiyonu 1834 yılında Bentham tarafından yapılan çalışma ile
3 alt seksiyona ayrılmıştır. Bu alt seksiyonlar Oxyphlomis Benth., Dendrophlomis
Benth. ve Gymnophlomis Benth. şeklindedir [6]. Oxyphlomis alt seksiyonuna ait türler
pembe-mor renkli korollaya sahip, sert ve kalın brakteollüdür. Dendrophlomis alt
seksiyonunda türler genellikle sarı nadiren de kahverengi korollalı çok yıllık çalılardır
(P. russeliana (Sims.) Lag. ex Benth. hariç). Gymnophlomis alt seksiyonu türleri çok
yıllık otsular olup korolla renkleri sarı, brakteolleri incedir [2].
2
Türkiye'de, Phlomis türleri halk arasında ballık otu, çalba, şalba ve calba olarak
isimlendirilmektedir [7]. Kudüs adaçayı, lamba fitili bitkisi ortak isimleri arasındadır
[8]. Phlomis ve diğer Lamiaceae familyası türlerinin bal üretiminde önemli bir yeri
vardır. Ayrıca Phlomis bitkisinin yaprakları Orta Anadolu, Antalya, Muğla ve Aydın’da
çay olarak kullanılmaktadır [9]. Phlomis cinsi türlerinden halk hekimliğinde tonik, gaz
giderici, iştah açıcı ve uyarıcı olarak faydalanılmaktadır [10-11]. Familya üyeleri uçucu
ve aromatik yağ içermelerinden dolayı farmakoloji ve parfümeri sanayinde önemlidir.
Eterik yağ elde edilir, baharat olarak kullanılır ve süs bitkisi olarak yetiştirilir [12].
Phlomis türleri arasında doğal melezleşme oldukça yaygındır. Öyle ki Lamiacea
familyası içerisinde en fazla meleze sahip olan cinstir. Tür-türaltı takson endemizmi
%58,8’dir ve melez endemizmi %100’dür. Bu durumda, tür-türaltı-melez endemizm
oranı %65,3’e varmaktadır [4]. Endemizm oranının yüksek olması Phlomis cinsinin gen
merkezlerinden birinin ülkemiz olduğunun göstergesidir [13].
Doğal melezleşme, bitkilerde yaygın olarak oluşur ve bitkilerin türleşmesinde büyük bir
role sahiptir
[14-15]. Doğada melezleşmeyi kısıtlayıp tür sınırlarının korunmasına
yardımcı mekanizmalar mevcuttur. Bu üreme bariyerleri fertilizasyondan önce ya da
fertilizayondan sonra etkili olabilir [16]. Bu üreme bariyerlerine rağmen doğal
melezleşme bitkilerde türleşmede önemli bir rol oynamaktadır [14-15]. Melezleşme ile
bitkiler aleminde kendi içlerinde üreyebilen melezler de ortaya çıkmaktadır. Yeni bir
türün doğuşunda türler arası gen akışının büyük rol oynadığı durumlar melez türleşmesi
olarak isimlendirilir [17]. Melez ve melez kökenli türlerin bitki türlerinin yaklaşık
%25’ini oluşturduğu varsayılmaktadır [18]. Son yıllarda, bitkiler ve onların oluşturduğu
toplulukların, ekolojik ve evrimsel süreçlerinin dinamik merkezleri olduklarının
kavranmasıyla bitkilerin melezleşme zonları çalışılmıştır [19].
Phlomis L. cinsi türleri arasındaki genetik ilişkiyi ve doğal melezleşmeyi DNA
düzeyinde moleküler yöntemlerce inceleyen hem ulusal hem de uluslararası az sayıda
çalışma vardır. Phlomis cinsinde türler arası genetik ilişkiyi araştıran, Türkiye dışında
yapılan sadece iki uluslarası çalışma mevcuttur. Albaladejo ve arkadaşları 2005 yılında
İspanya'da beş farklı Phlomis taksonunda ITS (Internal Transcribed Spacer) markırları
ve üç kodlayıcı olmayan plastit DNA bölgesine dayalı olan moleküler çalışmalarında
ITS sonuçları ile plastit bölgesine dayalı bulguların çeliştiği belirtilmiş, ayrıca ITS
3
sonuçlarının P. crinita Cav. ve P. lychnitis L.’in ayrılmasında morfolojik ölçüm
sonuçlarıyla benzer olduğu belirtilmiştir [20]. Daha kapsamlı olan diğer çalışma ise
2009’da Pan ve ark. tarafından yapılmıştır. Bu çalışmada Çin'de Phlomis'in 16 türü,
Lamiophlomis Kudo ‘in 1 türü ve Paraphlomis Prain’in 2 türü üzerinde ITS ve
kloroplast DNA (trnL-F ve rpL16) bölgeleri analiz edilmiş ve Lamiophlomis’in
Phlomoides seksiyonunda yer aldığı, Phlomis cinsinin Phlomis ve Phlomoides
seksiyonlarının monofiletik olduğu ve Paraphlomis’in bağımsız ayrı bir cins olduğu
belirtilmiştir [21].
Türkiye'de ise Phlomis türleri arasındaki genetik ilişkiyi ve melezleşmeyi sorgulayan az
sayıda çalışma mevcuttur. Yüzbaşıoğlu ve Dadandı 2008 yılında Phlomis’in
Dendrophlomis altseksiyonu üyeleri arasında RAPD markır tekniğini kullanarak
yaptıkları çalışmada, taksonların çoğunlukla morfolojik sınıflandırmaya benzer bir
sıralanma içinde oldukları gözlemlenmiştir [22].
Yüzbaşıoğlu ve ark.
P. x termessi P. H. Davis melezinde RAPD primerlerini
kullanarak, ataları ile moleküler yönden karşılaştırmış, atalarından aktarılan türlere
özgün bantlar ile hem melezliğini hem de ataları ile olan genetik ilişkisini
araştırmışlardır. Bu çalışma sonucunda melezin her iki atadan türlere özgün bantlar
aldığı ve atalarından birine daha yakın olduğu belirlenmiştir. Ayrıca bu çalışmada,
melez bireylerde atalarda olmayan yeni bant oluşumlarının gözlendiği de belirtilmiştir
[23-24].
Yüzbaşıoğlu ve ark. bir başka çalışmalarında Phlomis türleri arasındaki genetik ilişkiyi
tohumlarında depolanmış olan proteinlerin polimorfizminine dayalı olarak SDS page
yöntemi araştırmışlardır. Bu çalışma sonucunda 19’u polimorfik olmak üzere toplamda
21 polipeptit bandı belirlemişlerdir. Bu veriler Phlomis seksiyonunun morfolojik
verilere dayalı olarak 3 alt seksiyona (Dendrophlomis, Gymnophlomis, Oxyphlomis)
ayrılmış olması durumunu desteklenmektedir. Araştırmada taksonlar arasındaki genetik
mesafeler Dendrophlomis seksiyonu için 0.00 ile 0.50 aralığında; Gymnophlomis
seksiyonu için 0.00 ile 0.625 aralığında ve Oxyphlomis seksiyonu için 0.00 ile 0.769
aralığında belirlenmiştir [25].
4
Evren, P. kurdica Rech. f. ve P. oppositiflora Boissieu & Hausskn. türlerinde tür içi
genetik çeşitliliği ve bu iki türün melezi olan P. x melitenensis Hub.-Mor.’in melezliğini
rastgele çoğaltılmış polimorfik DNA (RAPD) ve basit dizi tekrarları arası bölgelerin
çoğaltılması (ISSR) yöntemlerini kullanarak araştırmıştır. Bu çalışma kapsamında P.
kurdica ve P. capitata Boiss. türlerinin oluşturduğu P. capitata x kurdica melez
örnekleri de moleküler yönden incelenmiştir. Bu çalışma sonucunda elde edilen
elektroforez görüntüleri incelendiğinde her iki melezin melezliğini gösteren atalarından
melezlere aktarılan türlere özgü bantlar belirlenmiştir. Moleküler verilerde 707’si
RAPD’den, 651’i ISSR’dan olmak üzere 1358 bant elde edilmiş, bu bantlardan ikisi
hariç geri kalanının polimorfik olduğunu belirtmiştir. RAPD yönteminde en fazla
genetik çeşitliliği P. kurdica türünde (H=0.1572; I=0.2646) gözlemişken, ISSR
yönteminde ise en fazla genetik çeşitliliği P. capitata (H=0.1403; I=0.2329) türünde
gözlemiştir [26].
Sezer, RAPD ve ISSR yöntemlerini kullanarak P. physocalyx Hub.-Mor. ve P.
oppositiflora türlerinde tür içi genetik varyasyon düzeyini ve bu iki tür arasındaki
melezleşmeyi incelemiştir. Bu çalışmada Nei’nin genetik çeşitlilik indeksi RAPD için
0.14-0.32 aralığında, ISSR için 0.06-0.37 aralığında; Shannon indeksi RAPD için 0.170.49 aralığında, ISSR için 0.06-0.54 aralığında gözlenmiştir [27].
Öztoprak, 15 farklı Phlomis türü arasındaki genetik ilişkiyi ve 12 farklı Phlomis
melezinin moleküler yönden atalarına olan yakınlığını kloroplast DNA dizi analizi
yöntemiyle incelemiştir. Bu çalışmada kullanılan 43 Phlomis örneğinde nükleotid
yüzdeleri %36,84 (A), %35,17 (T/U), %13,28 (C) ve %14,71 (G) olarak belirlenmiştir.
Nükleotidlerdeki transisyon/transversiyon dönüşüm hız oranı k1=1.581 (pürinler) ve
k2=3.289 (pirimidinler); nükleotidlerdeki toplam transisyon/transversiyon eğilimi ise
R=0,958 olarak bulunmuştur [28].
Basit dizi tekrarları arası (ISSR) tekniği PCR’a dayalı bir metottur. Zıt doğrultularda
konumlanmış iki özdeş mikrosatellit tekrar bölgesinin arasında amplifiye edilebilir
uzaklıkta var olan DNA paçasının amplifikasyonunu kapsar. Bu teknikte primer olarak
genellikle 16-25 bç uzunluğundaki mikrosatelitler kullanılır. Tek bir primerli PCR
reaksiyonunda, farklı boyutlardaki ISSR dizilerini amplifiye etmek için çoklu genomik
lokusları hedef alır [29].
5
Teknik, AFLP ve mikrosatellit analizlerinin yararlarını, RAPD’in evrenselliğiyle
kombine eder. ISSR tekniğinin tekrarlanabilirliği, muhtemelen daha uzun bir primer
dizisine (16-25 mer) sahip olması nedeniyle RAPD primerlerine (10-mer) göre daha
yüksektir [29]. ISSR basit Mendel kalıtımını izleyen dominant markırlardır. Ancak bazı
durumlarda kodominant ayrıldığı gösterilmiştir ve böylece heterozigot ve homozigotu
ayırabilir [30]. Mikrosatelitlerdeki evrimsel değişim oranı diğer DNA tiplerine göre
oldukça yüksektir, yani bu dizilerde polimorfizmin olabilirliği daha büyüktür.
ISSR’lardaki bu değişkenliğin kaynağı kalıp DNA, kullanılan primerlerin doğası ya da
tespit yöntemi şıklarından biri ya da birkaçının kombinasyonu olabilir [29]. ISSR
tekniği pek çok bitki türündeki filogenetik çalışmalarda; tür içi-türler arası, populasyon
içi-populasyonlar arası genetik varyasyon çalışmalarında filogenetik analizlerde yaygın
olarak kullanılmaktadır [31-32].
Bu çalışma 36 adet Phlomis melezinin moleküler yönden atalarına olan yakınlığı ve 46
Phlomis taksonu arasındaki genetik ilişkiyi ISSR yöntemiyle incelemek amacıyla
yapılmıştır.
6
1. BÖLÜM
GENEL BİLGİLER ve LİTERATÜR TARAMASI
1.1. Lamiaceae Familyasının Morfolojik Özellikleri
Lamiaceae familyasının üyeleri otlar veya çalılar şeklinde olup, genellikle glandular ve
aromatiktirler ve gövdeleri 4 köşeli veya değildir. Yaprakları stipulasız, basit, bazen
pinnat, daima opposit, ovat, eliptik ve rotundattır. Temel çiçek durumu brakte veya
floral yaprakların koltuğunda taşınan vertisillatlar şeklindedir. Ayrıca vertisillatlar
spikamsı baş, rasemus veya kimoz durumlar şeklinde düzenlenmiş olabilir. Çiçekler
hermafrodit veya erkek sterildir. Brakteler yapraklara benzer veya belirgin şekilde
farklılaşmıştır. Brakteoller mevcut veya eksiktir. Kaliks genellikle 5 loplu, üst lop 3, alt
lop 2 dişlidir. Nadiren loplar veya dişler 1-1 veya 1-4 şeklindedir ya da kaliks
aktinomoftur. Damarlar 5-20 dir. Korolla gamopetal, zigomorfik ve bilabiat, tüpsü,
genellikle üst dudak belirsiz 2 loplu, dik ya da çok az konkav, alt dudak 3 loplu, nadiren
üst dudak indirgenmiş ve alt dudak 5 loplu, ya da üstte 1 ve altta 4 loplu, ya da korolla
aktinomorfiktir. Stamenler korollaya yapışık, 4 ve didinam ya da 2, üstteki çift
genellikle alttaki çiftten daha kısa, anter tekaları 2 ya da 1 gözlü, paralel ya da
divergent, nadiren (SalviaL.’de) konnektiflerin uzamasıyla birbirinden ayrılmıştır.
Ovaryum üst durumlu, 2 karpelli ve 4 ovüllü, 4 lopludur. Stilus ginobazik, nadiren
değil, tepede bifiddir. Meyve 4 (nadiren az) ve kurudur (nadiren etli) [4;33].
1.2. Phlomis L. Cinsinin Morfolojik Özellikleri
Phlomis cinsi türleri çok yıllık otsu veya çalılardır. Yaprakları bölünmemiş, kenarları
düz, krenat ya da dentattır. Gövde ve yaprakları yumuşak, dik ve uzunca tüyler (piloz)
veya az çok karışmış keçemsi (tomentoz) tüylerle kaplıdır. Salgı tüyleri bulunabilir.
Tüyler basit, yıldız şeklinde (stellat) veya ağaçsı (dendroit) olabilir. Vertisillatlar, az
veya çok çiçekli, birbirine yakın veya uzaktır. Brakteoller yoktur, varsa az veya çok
7
sayıdadır,
subulat-ovat
şekilldir.
Kaliks
tüpsü
(tubular)
veya
darca
çan
şeklindedir(kampanulat), 5-10 damarlıdır, 5 dişli ve dişler eşit veya değildir. Korolla iki
dudaklıdır. Mor, pembe veya sarı renklidir (bazen üst dudak kahverengimsi), korolla
tüpü kaliksi aşmaz ve halkalı veya halkasız olabilir. Üst dudak, emerginat; alt dudak
patent ve üç lopludur. Stamenler 4 tane, korollanın boyunu aşar veya aşmaz. Anterler
çiftler halinde, tekalar divergent ve stilus lopları eşit değildir. Nutletler üç köşelidir,
tüylü veya tüysüz olabilir [2].
1.2.1. Phlomis L. Cinsinin Sistematikteki Yeri
Regnum : Plantae
Divisio : Spermatophyta
Subdivisio : Angiospermae
Classis : Magnalopsida
Subclass : Asteridae
Ordo : Lamiales
Familia : Lamiaceae
Genus : Phlomis L. [12]
1.2.2. Phlomis L. Cinsi ve Dünya Üzerindeki Yayılışı
Phlomis cinsi Lamiaceae familyasından otlar, çalılar ve yarı-çalılar içeren yaklaşık 100
türü kapsamaktadır. Phlomis cinsi, Phlomis ve Phlomoides olmak üzere iki seksiyona
ayrılır. Phlomis seksiyonunda korolla iki loptan oluşan kıvrık üst dudağı, ortada büyük
bir lop ve yanlarda küçük iki loptan oluşan üç loblu bir alt dudağa sahipken, Phlomoides
seksiyonuna ait türlerin korolla yapıları düz üst dudak, eşit loplu trifid alt dudaklıdır.
Phlomoides seksiyonu ülkemizde sadece P. tuberosa L. ile temsil edilmektedir. Phlomis
seksiyonu ise Gymnophlomis, Dendrophlomis ve Oxyphlomis olmak üzere 3
altseksiyona ayrılır. Dendrophlomis altseksiyonunda brakteoller linear-subulattan
8
lanseolat ve ovata kadar olan şekillerde ve çok sayıdadır. Oxyphlomis seksiyonunda
çoğu tür sert, kaliksle eşit (bazen daha uzun) linear-subulat, çok sayıda brakteollüdür.
Gymnophlomis alt seksiyonunda brakteoller zayıf, az ya da çok sayıda nadiren yok,
linear-subulat, küçük (2-10 mm) tabanda bağımsızdır [1].
Phlomis cinsine ait türler Akdeniz bölgesinden orta Asya ve Çin'e kadar yayılır.
Phlomoides seksiyonu türleri daha çok orta Asya ve Çin’de yayılış gösterirken, Phlomis
seksiyonu türleri ağırlıklı olarak Akdeniz bölgesinde yayılış gösterir. Ülkemizde
Phlomis seksiyonundan yaklaşık 34 tür ve bu türlerde %57 endemizm oranı
görülmektedir. Bu da Türkiye’yi Phlomis seksiyonun Akdeniz bölgesindeki çeşitlenme
merkezlerinden biri olarak göz önüne getirmiştir. Özellikle Türkiye’nin güney ve doğu
bölümleri ile İran’ın kuzeybatı bölümünün bu seksiyonun orjin merkezleri olduğu ileri
sürülmüştür. İran için Phlomis seksiyonuna ait tür sayısı 18 ve bu türlerde görülen
endemizm oranı %33’tür [13].
Türkiye Florasında Phlomis cinsi 33 tür, 6 varyete ve 12 doğal melez ile temsil
edilmektedir. Bu türlerin 4 tanesi Oxyphlomis, 13 tanesi Gymnophlomis ve 15 tanesi
Dendrophlomis altseksiyonlarına yerleştirilmiştir [34]. Dendrophlomis altseksiyonuna
ait türler arasından P. amanica Vierh., P. bourgaei Boiss., P. chimerae Boissieu, P.
grandiflora var. fimbrilligera (Hub.-Mor.) Hub.-Mor., P. leucophracta, P. longifolia
var. bailanica (Vierh.) Hub.-Mor., P. lycia D. Don., P. monocephala P. H. Davis ve P.
russeliana’yı kapsayan 9 tür Türkiye Florası’na göre endemiktir [2]. P. amanica nesli
tehlike altında, P. grandiflora var. fimbrilligera zarar görebilir olarak kabul edilmiş,
diğerleri düşük risk altında bulunmuştur [35]. P. chimerae ve P. amanica sırasıyla
sadece Çıralı (Antalya) ve Arsuz (Hatay) civarında yetişen yerel endemikler olarak
bilinir [3].
1.2.3. Phlomis L. Cinsi Üzerine Yapılan Çalışmalar
Phlomis taksonları arasındaki ilişkileri aydınlatmak için morfolojik, anatomik,
palinolojik ve sitolojik özellikleri kullanan çok sayıda çalışma mevcuttur [1-3;20-28;3638]. Ancak türler arasındaki genetik ilişkiyi ve doğal melezleşmeyi moleküler
yöntemlerce inceleyen hem ulusal hem de uluslararası az sayıda çalışma vardır.
9
Phlomis cinsinde türler arası genetik ilişkiyi araştıran, Türkiye dışında yapılan sadece
iki uluslarası çalışma mevcuttur. Albaladejo ve arkadaşları 2005 yılında İspanya'da beş
farklı Phlomis taksonunda ITS (Internal Transcribed Spacer) markırları ve üç kodlayıcı
olmayan plastit DNA bölgesine dayalı olan moleküler çalışmalarında ITS sonuçları ile
plastit bölgesine dayalı bulguların çeliştiği belirtilmiş, ayrıca ITS sonuçlarının P. crinita
ve P. lychnitis’in ayrılmasında morfolojik ölçüm sonuçlarıyla benzer olduğu
belirtilmiştir [20]. Daha kapsamlı olan diğer çalışma ise 2009’da Pan ve arkadaşları
tarafından yapılmıştır. Bu çalışmada Çin'de Phlomis'in 16 türü, Lamiophlomis'in 1 türü
ve Paraphlomis’in 2 türü üzerinde ITS ve kloroplast DNA (trnL-F ve rpL16) bölgeleri
analiz edilmiş ve Lamiophlomis’in Phlomoides seksiyonunda yer aldığı, Phlomis
cinsinin Phlomis ve Phlomoides seksiyonlarının monofiletik olduğu ve Paraphlomis’in
bağımsız ayrı bir cins olduğu belirtilmiştir [21].
Türkiye'de ise Phlomis türleri arasındaki genetik ilişkiyi ve melezleşmeyi sorgulayan az
sayıda çalışma mevcuttur. Yüzbaşıoğlu ve Dadandı 2008 yılında Phlomis’in
Dendrophlomis altseksiyonu üyeleri arasında RAPD markır tekniğini kullanarak
yaptıkları çalışmada, taksonların çoğunlukla morfolojik sınıflandırmaya benzer bir
sıralanma içinde oldukları gözlemlenmiştir [22].
Yüzbaşıoğlu ve ark. P. x termessi melezinde RAPD primerlerini kullanarak, ataları ile
moleküler yönden karşılaştırmış, atalarından aktarılan türlere özgün bantlar ile hem
melezliğini hem de ataları ile olan genetik ilişkisini araştırmışlardır. Bu çalışma
sonucunda melezin her iki atasından türlere özgün bantlar aldığını ve atalarından birine
daha yakın olduğu olduğu belirlenmiştir. Ayrıca bu çalışmada, melez bireylerde atalarda
olmayan yeni bant oluşumlarının gözlendiği de belirtilmiştir [23-24].
Yüzbaşıoğlu ve ark. bir başka çalışmalarında Phlomis türleri arasındaki genetik ilişkiyi
tohumlarında depolanmış olan proteinlerin polimorfizminine dayalı olarak SDS page
yöntemi araştırmışlardır. Bu çalışma sonucunda 19’u polimorfik olmak üzere toplamda
21 polipeptit bandı belirlemişlerdir. Bu veriler Phlomis seksiyonunun morfolojik
verilere dayalı olarak 3 alt seksiyona (Dendrophlomis, Gymnophlomis, Oxyphlomis)
ayrılmış olması durumunu desteklenmektedir. Araştırmada taksonlar arasındaki genetik
mesafeler Dendrophlomis seksiyonu için 0.00 ile 0.50 aralığında; Gymnophlomis
10
seksiyonu için 0.00 ile 0.625 aralığında ve Oxyphlomis seksiyonu için 0.00 ile 0.769
aralığında belirlenmiştir [25].
Evren, P. kurdica ve P. oppositiflora türlerinde tür içi genetik çeşitliliği ve bu iki türün
melezi olan P. x melitenensis’in melezliğini rastgele çoğaltılmış polimorfik DNA
(RAPD) ve basit dizi tekrarları arası bölgelerin çoğaltılması (ISSR) yöntemlerini
kullanarak araştırmıştır. Bu çalışma kapsamında P. kurdica ve P. capitata türlerinin
oluşturduğu P. capitata x kurdica melez örnekleri de moleküler yönden incelenmiştir.
Bu çalışma sonucunda elde edilen elektroforez görüntüleri incelendiğinde her iki
melezin melezliğini gösteren atalarından melezlere aktarılan türlere özgü bantlar
belirlenmiştir. Moleküler verilerde 707’si RAPD’den, 651’i ISSR’dan olmak üzere
1358 bant elde edilmiş, bu bantlardan ikisi hariç geri kalanının polimorfik olduğunu
belirtmiştir. RAPD yönteminde en fazla genetik çeşitliliği P. kurdica türünde
(H=0.1572; I=0.2646) gözlemişken, ISSR yönteminde ise en fazla genetik çeşitliliği P.
capitata (H=0.1403; I=0.2329) türünde gözlemiştir [26].
Sezer, RAPD ve ISSR yöntemlerini kullanarak P. physocalyx ve P. oppositiflora
türlerinde tür içi genetik varyasyon düzeyini ve bu iki tür arasındaki melezleşmeyi ile
incelemiştir. Bu çalışmada Nei’nin genetik çeşitlilik indeksi RAPD için 0.14-0.32
aralığında, ISSR için 0.06-0.37 ralığında; Shannon indeksi RAPD için 0.17-0.49
aralığında, ISSR için 0.06-0.54 aralığında gözlenmiştir [27].
Öztoprak, 15 farklı Phlomis türü arasındaki genetik ilişkiyi ve 12 farklı Phlomis
melezinin moleküler yönden atalarına olan yakınlığını kloroplast DNA dizi analizi
yöntemiyle incelemiştir. Bu çalışmada kullanılan 43 Phlomis örneğinde nükleotid
yüzdeleri %36,84 (A), %35,17 (T/U), %13,28 (C) ve %14,71 (G) olarak belirlenmiştir.
Nükleotidlerdeki transisyon/transversiyon dönüşüm hız oranı k1=1.581 (pürinler) ve
k2=3.289 (pirimidinler); nükleotidlerdeki toplam transisyon/transversiyon eğilimi ise
R=0,958 olarak bulunmuştur [28].
1.3. Bitkiler Aleminde Melezleşme
Melez kavramı farklı türlerlerden bireylerin arasındaki çarpraz döllenme sonucu
oluşmuş organizmalar olarak açıklanabilir. Evrimsel biyologlara göre melezleşmenin
11
birçok tanımı vardır ancak melezleşme genel anlamda, bir ya da daha fazla kalıtsal
karakter bazında birbirinden ayrılabilen iki populasyon ya da populasyon gruplarından
bireylerin birleşmesi olarak tanımlanır [15]. Bitkiler aleminde türler arası birleşme
sonucu oluşan melezler kısır olabilirler. Nadiren üretilebilen verimli polenler olsa da
tohum oluşturulamaz ve bu nedenle üreyemezler [37].
Melezleşme kontrollü koşullar altında yapay olarak oluşturulabilir. Ayrıca doğal şartlar
altında kendiliğinden meydana gelebilir. Doğada melezleşmeyi kısıtlayıp tür sınırlarının
korunmasına yardımcı mekanizmalar mevcuttur. Bu üreme bariyerleri fertilizasyondan
önce ya da fertilizayondan sonra etkili olabilir [16]. Bu üreme bariyerlerine rağmen
doğal melezleşme bitkilerde türleşmede önemli bir rol oynamaktadır [14-15].
Melezleşme ile bitkiler aleminde kendi içlerinde üreyebilen melezler de ortaya
çıkmaktadır. Yeni bir türün doğuşunda türler arası gen akışının büyük rol oynadığı
durumlar melez türleşmesi olarak isimlendirilir [17]. Melez ve melez kökenli türlerin
bitki türlerinin yaklaşık %25’ini oluşturduğu varsayılmaktadır [18]. Son yıllarda,
bitkiler ve onların oluşturduğu toplulukların, ekolojik ve evrimsel süreçlerinin dinamik
merkezleri olduklarının kavranmasıyla bitkilerin melezleşme zonları çalışılmıştır [19].
McDade Aphelandra L. cinsinin 12 türünde ve bu türler arasında kontrollü
melezlemelerle oluşturduğu 17 melezinde 50 morfolojik karaktere dayalı olarak
oluşturduğu kladistik analizde melez bireylerin ebeveyinlerine göre kladistikteki
yerleşimlerini 4 kategoride toplamıştır: (1) Melez ebeveyinleri arasında yerleşmiştir. Bu
yerleşme ebeveyinlerden biriyle kardeş (sister) takson olacak şekilde (Şekil 1a, 1b) veya
yine ebeveyinlerden biriyle fakat kardeş taksondan farklı bir şekilde yerleşmiştir (Şekil
1c, 1d). (2) Melez en son türevlenen ataya tabandan bağlanmıştır (Şekil 1e). (3) Melez
en son türevlenen ataya kladistik olarak yakın bir şekilde yerleşmiştir (Şekil 1f, 1g). (4)
Melez diğer melezler/taksonlarla bir arada gruplanmıştır (Şekil 1h, 1I, 1j) [39].
PCR’a dayalı moleküler markırlarla genetik varyasyon çalışmalarının elektroforez
görüntüleri incelendiğinde atalarında gözlenebilen türe özgü bantların melezlerde de
varlığı saptanmıştır. Bu bant atalardan yalnız birinde var olabilirken her ikisinde de
mevcut olabilir. Bunun yanı sıra melez bireylerde krossing-overdan kaynaklı genetik
rekombinasyonlar dolayısıyla açığa çıkan meleze özgü yeni bantların varlığı da
gözlenmiştir. [23].
12
Şekil 1.1. a-j. Kladistik analizinde Aphelandra melezlerinin ebeveyinlerine göre
göreceli yerleşimleri. (CA) Aphelandra campanensis; (DA) A.
darienensis.; (GO) A. golfodulcensis; (GR) A. gracilis; (HA) A.
hartwegiana; (LE)A. leonardii; (LI) A. lingua-bovis; (PA) A.
panamensis; (SC) A. scabra; (SI) A. sinclairiana; (ST) A. storkii; (TE) A.
terryae.
Melezler: GO X LE, GO X SC, GO X SI, LE X CA, LE X GO, LE X SI, PA X GO, PA
X LE, PA X SC, PA X SI, SC X GO, SC X PA, SC X SI, SC X ST, SI X GR, SI X SC,
SI X TE [40]
13
1.4. Moleküler Sistematik
17. yüzyılda Linnaeus tarafından yapılan hiyerarşik tabanlı sistem, dünyadaki biyolojik
çeşitliliği
anlamak
ve
değerlendirmek
için
yapılan
sınıflandırmalara
temel
oluşturmuştur. Linnaeus’tan sonraki çalışmalarda ise filogenetik akrabalıkların
öneminin ön plana çıkmasıyla filogenetik sistematik yöntemi sistematikte yer almaya
başlamıştır [40]. 1960’larda DNA’nın keşfiyle bu alandaki çalışmalar hız kazanmıştır
[41]. 1980’lerin ortalarından itibaren PCR teknolojisinin yardımıyla genomun
tanımlanması ve seçilmesi hızla ilerlemiştir. Sadece küçük miktarlarda DNA’ya ihtiyaç
duyan hızlı ve tekrarlanabilir birçok markır protokolü geliştirilmiştir [42]. Kalıtımları
morfolojik, biyokimyasal, protein ve DNA düzeyinde izleyebilen karakterlere “markır”
denir [43]. Her markır tekniğinin kendine özgü avantajları ve dezavantajları vardır.
Moleküler sistematik alanındaki ilerlemeler morfoloji temelli sistematik yaklaşımını
tamamen devre dışı bırakmasa da filogenetik çalışmalarda moleküler düzeyde bir
yaklaşımın daha güçlü sonuçlar elde edeceğini ortaya koymuştur [41].
Markırlar; morfolojik markırlar, biyokimyasal markırlar ve moleküler markırlar olmak
üzere üç grupta toplanır.
1.4.1. Morfolojik Markırlar
Populasyonların genetik yapısının belirlenmesi için yapılan ilk çalışmalar morfolojik
özelliklere dayanmaktadır. Tek lokus ile idare edilen morfolojik özellikler, değişik çevre
koşullarında ifade edilebildiği sürece genetik markır olarak kullanılabilir. Ancak genetik
çeşitliliğin tamamı morfolojiye yansımaz [44]. Bu markırların avantajlı yanları
analizlerinin kolay olması, ucuz olmaları ve haritalamanın kolayca yapılabiliyor
olmasıdır.
Sayılarının
az
olması,
çevresel
faktörlerden
etkilenmeleri
ise
dezavatajlarından bazılarıdır. Morfolojik markırlar genellikle dominant özelliktedir ve
bu nedenle dominant (AA veya Aa) ve resesif (aa) fenotipleri belirleyebilirken,
heterozigot (Aa) fenotipleri dominant fenotiplerden ayırt edemezler [43;45]. Ayrıca
morfolojik karakterlerdeki her varyasyon genetik tabanlı değildir [20].
14
1.4.2. Biyokimyasal Markırlar
Protein markırları, DNA teknolojisinin henüz gelişmediği dönemlerde önemli
ilerlemeler sağlamıştır [44]. Bu yöntem, proteinlerin elektroforetik olarak ayrılmasına
ve bu proteinlerin substratları ile enzimatik olarak boyanmasını temel alır [46].
Kodominant özellikte olduklarından saptanan farklılıklar farklı genotiplerdeki çeşitliliğe
işaret eder [43;47]. Biyokimyasal markırlar depo ve enzim proteinleri olmak üzere iki
ana gruba ayrılırlar. Depo proteinleri bir jelde hareket ettirilip belirli boyalarla
boyandıklarında farklı genotiplerde ortaya çıkan farklı bantlar genetik markır olarak
kullanılabilir. Bu markırların avantajı analizlerinin çabuk, tekrarlanılabilir ve güvenilir
olmasıdır [43].
Enzim markırları izoenzimler ve alloenzimler olmak üzere iki gruba ayrılır. Belli bir
enzimin katalitik aktivitesi aynı, fakat elektriksel alanda göçü, doku dağılımı, inhibitör
ve aktivatörlere yanıtları farklı olan formlarına o enzimin “izoenzimleri” denir.
İzoenzimler, amino asit dizinleri farklı olduğu halde aynı tepkimeyi katalize eden
enzimlerdir; farklı dokularda veya farklı hücre içi kompartımanlarda farklı rollere
sahiptirler. Eğer bir reaksiyon hücrenin hem sitzolünde hem mitokondrisinde
gerçekleşiyorsa, genellikle farklı izoenzimler tarafından katalize edilir [43].
Alloenzimler ise aynı lokustaki farklı alleler tarafından kodlanan bir enzimin farklı
moleküler formlarıdır [48].
İzoenezimlerin
metobolizmada
üstlendikleri
rollerin
iyi
bilinmesi,
kullanılan
yöntemlerin ucuz ve hızlı olması, izoenzim markırlarını avantajlı hale getirmektedir.
Ancak az sayıda lokus olması, bazı izoenzimlerin belirli dokulara spesifik olması veya
belli dönemlerde ifade edilebiliyor olması ve translasyon sonrası modifikasyonlara
uğraması bu markırların temel dezavantajlarıdır [47;49].
1.4.3. Moleküler Markırlar
Moleküler markırlar, genom içinde bir DNA parçasının eklenmeler, silinmeler, yer
değiştirmeler, duplikasyonlar gibi olaylar sonucu meydana gelen farklılıklarını ortaya
koyarlar. DNA temelli moleküler markırlar taksonomi, fizyoloji, embriyoloji, genetik
mühendisliği vb. alanlarda kullanılan çok yönlü araçlardır [55]. Kloroplast DNA’sı
15
(cpDNA), mitokondriyel DNA (mtDNA) ve çekirdek DNA’sı (nDNA) genomları DNA
markır sisteminde kullanılabilir [50]. Bu markırlar; (1) Fonksiyonu bilinen genlere veya
genomun herhangi bir bölgesine özgü proplarla Southern Blot hibridizasyonuna ve
kesim enzimlerine dayalı olan RFLP markırları, (2) RAPD metodu gibi PCR temelli
metotlar, (3) AFLP gibi hem kesim enzimlerine hem de PCR metoduna dayalı olan
metotlar, (4) DNA dizi analizli gerektirmekte olan ISSR, SSR ve SCAR gibi metotlar
olmak üzere dört grupta sınıflandırılmaktadır [51].
İdeal bir moleküler markır tekniğinin; polimorfik olması ve genom boyunca dağılması,
genetik farklılıkların ortaya çıkarılmasında yeterli olması, çok sayıda, bağımsız ve güvenilir
markırlar üretmesi, basit, hızlı ve ucuz olması, az miktar DNA veya doku ihtiyacı gerektirmesi,
farklı fenotiplerle bağlantı oluşturması gibi özelliklere sahip olması avantajdır ama hiçbir
markır tekniği bu avantajların tümüne birden sahip değildir [52-53].
1.4.3.1. Restriksiyon Parça Uzunluk Polimorfizmi - Restriction Fragment Lenght
Polymorphism (RFLP)
Hibridizasyon temelli bir markır tekniğidir. 1983 yılında geliştirilmiştir ve geliştirilen
ilk DNA markırıdır. DNA’nın restriksiyon endonükleaz enzimi ile kesimiyle
oluşturulan parçalarının uzunluk farkının belirlenmesi prensibini esas alır. Kesim
bölgesi ortadan kaldıran tek baz değişiklikleri en yaygın olarak gözlenen mutasyondur.
Bu yöntemde populasyonlar arasında veya içindeki kesim bölgesinde meydana
gelebilecek mutasyonlar ya da DNA eşleşmesi sonunda ortaya çıkan hatalar RFLP
analizi ile tanımlanabilir [54].
RFLP tekniğinin avantajları yüksek oranda tekrarlanabilir olması, kodominant katılması
ve heterozigot bireylerin tanınmasının sağlamasıdır. Ancak, DNA amplifikasyonuna
dayalı moleküler tekniklere göre pahalı olması, radyoaktif madde kullanılması, zaman
alıcı ve fazla miktarda DNA gerektirmesi ve uygulanmasının zor olması gibi
dezavantajları vardır [55].
1.4.3.2. Çoğaltılmış Parça Uzunluk Polimofizmi - Amplified Fragment Lenght
Polymorphism (AFLP)
AFLP markır tekniği, kesim enzimleri ile oluşturulmuş DNA parçalarının seçici
amplifikasyonuna dayanmaktadır ve PCR ile RFLP tekniğinin birleştirilmesiyle ortaya
16
çıkmıştır. Kullanılan primerler hem diziye özgü hem de rastgele olabilir [56]. Bu
yöntem genomun bütününde DNA polimorfizmini tespit etmek için kullanılır [57].
AFLP tekniğinin avantajları; polimorfizm oranının yüksek olması, genomik DNA’nın
bilinmesine gerek olmaması, RFLP’ye göre hızlı olması, minimum primer testi ile çok
sayıda markır üretmesi, parmak izi analizleri için uygun olması, sayıları RAPD ve
RFLP’den fazla olması ve QTL analizleri için uygun olmasıdır. Tekniğin dezavantajları
ise; saf ve yüksek moleküler ağırlıkta DNA’ya gereksininim duyulması, pahalı bir
teknik olması, genellikle dominant markırlar vermesi ve farklı genetik haritalar arasında
transferinin güç olmasıdır [58].
1.4.3.3. Rastgele Çoğaltılmış Polimorfik DNA - Randomly Amplified Polymorphic
DNA(s) (RAPD)
RAPD tekniği PCR’a dayalı bir yöntemdir. Bu yöntemde her tür organizmanın DNA’sı
kullanılabilir. Teknik 6-10 bazlık tek bir primer ile genomik DNA’da ilgili bölgeler
çoğaltılmasını esas alır. Bu primerler nükleotid dizisi rastgele belirlenen kısa zincirli
oligonükleotidlerden
oluşur
ve
genom
üzerinde
rastgele
bölgelerin
DNA
amplifikasyonu yapılır. Belirli bir DNA sırasına ait bilgi gerektirmemektedir. RAPD
ürünleri genellikle agaroz jelde yürütülür. Jelin boyanmasında ethidyum bromür veya
gümüş nitrat kullanılır. Amplifiye edilmiş bölgelerdeki uzunluk farkı bantları
birbirinden ayırt eder.
RAPD tekniği; hızlı sonuç vermesi, polimorfizm oranının yüksek olması, maliyetinin
düşük olması, az işgücü gerektirmesi, az miktarda DNA’ya gereksinim duyulması,
amplifikasyon için ön dizi bilgisine ve bantların görüntülenmesinde radyoaktif
izotoplara gereksinim duyulmaması açısından avantajlıdır. Tekniğin dezavantajları ise
tekrarlanabilirliğinin düşük olması ve dominant kalıtım göstermesidir [59].
1.4.3.4. DNA Dizisi Belirlenerek Çoğaltılmış Polimorfik Bölgeler - Sequence
Characterized Amplified Regions (SCAR)
SCAR yöntemi dizi analizi ile sekansı belirlenmiş RAPD ürünlerinin ilk 10 bazının
arkasına, dizi bilgisi dikkate alınarak iç dizilerden oluşturulmuş 14 bazın eklenmesiyle
tasarlanan 24 bazlık bir primerle DNA’nın amplifikasyonuna dayanır. Genetik açıdan
tek bir lokus olarak tanımlanan genomik DNA fragmentlerini karakterize eder.
17
Genellikle dominant özellik gösterir ancak SCAR markırları kesim enzimleri ile
kesilerek kodominant markırlara dönüştürülebilmektedir. Tekrarlanılabilirliği, RAPD ve
ISSR markırlarına göre çok daha yüksektir. Çok düşük miktarda da olsa dizi bilgisi
gerektirir [60].
1.4.3.5. İçsel Transkribe Edilen Bölge - Internal Transcribed Spacer (ITS)
Bu teknik ribozomal DNA üzerindeki ITS bölgelerinin çoğaltılması esasına dayanır.
rDNA lokusu 5’ den 3’ ne doğru okunduğunda 5’ETS, 18s rRNA, ITS1, 5.8S rRNA,
ITS2, 26S rRNA ve son olarak da 3’ ETS kısımlarından oluşmaktadır. Amplifikasyon
için iki farklı primer kullanılır. Monomorfik bant verir ve dizi analizi gerektirir. Bu
bölgenin uzunluğu kapalı tohumlu bitkilerde 500–700 bç arasında değişiklik gösterirken
açık tohumlu bitkilerde bu bölgenin uzunluğu 1500 ile 3500 baz çiftine kadar çıkabilir.
[61-62]. ITS dizileri canlılar arasındaki filogenetik ilişkilerin belirlenmesi, genetik
varyasyon çalışmaları ve melezlerin atalarıyla moleküler açıdan karşılaştırılmasında
yaygın olarak kullanılır. Güvenilirliği oldukça yüksektir [63].
1.4.3.6. Kloroplast DNA (cpDNA)
Kloroplast DNA’sı çoğunlukla tek bir ebeveynden kalıtılır. Kloroplast DNA’sı üzerinde
bulunan trnT-trnF, atpB, psbA, trnH gibi bölgeler ve rpL16 intronu filogenetik
çalışmalarda yaygın olarak kullanılmaktadır. Çoğaltılan bölgelerde dizi analizi yapılır
ve dizilerdeki farklılıklar filogenetik ilişkilerin belirlenmesinde kullanılır [32]. Bu
teknik kloroplast DNA’sındaki hedef bölgenin bir çift primerle amplifikasyonuna
dayanır. PCR ürünleri agaroz jelde yürütülür ve ethidyum bromür ile boyanarak
görüntülenir. Monomorfik bant verir. Dizi bilgisi gerektirmesi nedeniyle maliyeti ve
güvenilirliği yüksektir [20].
1.4.3.7. Basit Dizi Tekrarları (Mikrosatallitler) - Simple Sequence Repeats (SSR)
Bu yöntem STR (short tandem repeats) olarak da adlandırılır. Mikrosatellitler yüksek
organizmalarda bulunan, 2-6 uzunluğundaki (AT), (GT), (ATT), (CTT) veya (GATA)
gibi
nükleotidlerin
n sayıda
tekrarlarından oluşurlar.
Mikrosatelitler
yüksek
organzmalara ait kromozomlarda daha bol ve gelişigüzel dağılım gösterirler. Görevleri
tam olarak bilinmemekle birlikte düzenleyici rollere sahip olduğu düşünülmektedir [64].
18
Mikrosatelitleri çevreleyen DNA dizileri genellikle aynı türün bireyleri arasında
korunmuş olmaları nedeniyle farklı genotipte çakışan mikrosetelitlerin PCR ile
çoğaltılarak seçimine izin vermektedir. Ardışık tekrarların sayısındaki farklılık PCR
sonucu farklı uzunlukta parçaların amplifikasyonu ile sonuçlanır. Bu tekrarlar çok yakın
tür ve çeşitler arasında dahi tekrarlanan ünitelerin sayısında değişikliğe neden olan
mutasyonlar sebiyle oldukça polimorfiktir [65]. Bu sayede ökaryotik genomda
polimorfizmin mükemmel kaynakları olup genetik çalışmalarında oldukça etkili
olmuştur [47].
Mikrosatallit DNA markırları, popülasyon düzeyindeki, araştırmalarda son derece
kullanışlıdır.
Bu
yöntemin
avantajları;
polimorfizm
oranının
ve
sonuçların
tekrarlanabilirliğinin çok yüksek olması ve heterozigot ve homozigotu ayırt
edebilmesidir (kodominant markır). Bu yöntemin dezavantajı ise çoğaltılmak istenen
mikrosatelit lokusunun etrafındaki dizilerin bilinmesi gerektirmesidir [66].
1.4.3.8. Basit Dizi Tekrarları Arası - Inter Simple Sequence Repeats (ISSR)
Basit dizi tekrarları arası (ISSR) tekniği PCR’a dayalı bir metottur. Zıt doğrultularda
konumlanmış iki özdeş mikrosatellit tekrar bölgesinin arasında amplifiye edilebilir
uzaklıkta var olan DNA paçasının amplifikasyonunu kapsar. Bu teknikte primer olarak
genellikle 16-25 bç uzunluğundaki mikrosatelitler kullanılır. Tek bir primerli PCR
reaksiyonunda, farklı boyutlardaki ISSR dizilerini amplifiye etmek için çoklu genomik
lokusları hedef alır. Primer olarak kullanılan mikrosatelitler di-nükleotid, tri-nükleotid,
tetra-nükleotid ya da penta-nükleotid olabilir [29]. Kullanılan primerler uçlarından 2-4
baz uzatılabilir. Bu uzatılan uçlar 3’ uçlarıdır [67]. Bu uzantılar içindeki kısımlarda
seçici bazlar bulunması sayesinde çok sayıda lokus aynı anda izlenebilir [68]. Bu seçici
bazlar içerisinde “R” ve “Y” ile gösterilen gruplar bulunur. Burada “R” DNA’da
bulunan pürinlerden adenin veya guaninden herhangi birinin; “Y” ise DNA’da bulunan
pirimidinlerden sitozin veya timinden herhangi birinin geçebileceğini gösterir [67].
Teknik, AFLP ve mikrosatellit analizlerinin yararlarını, RAPD’in evrenselliğiyle
kombine eder. ISSR tekniğinin tekrarlanabilirliği, muhtemelen daha uzun bir primer
dizisine (16-25 mer) sahip olması nedeniyle RAPD primerlerine (10-mer) göre daha
yüksektir. Bu da daha yüksek yapışma sıcaklığını (45-60 C) müteakiben daha yüksek
19
seçicilikte yapışmaya izin verir. Yapışma sıcaklığı kullanılan primerin GC içeriğine
bağlıdır ve genellikle 45 - 60 C arasında değişir [29].
ISSR basit Mendel kalıtımını izleyen dominant markırlardır. Ancak bazı durumlarda
kodominant ayrıldığı gösterilmiştir ve böylece heterozigot ve homozigotu ayırabilir
[30].
Mikrosatelitlerdeki evrimsel değişim oranı diğer DNA tiplerine göre oldukça yüksektir,
yani bu dizilerde polimorfizmin olabilirliği daha fazladır.
ISSR’lardaki bu
değişkenliğin kaynağı kalıp DNA, kullanılan primerlerin doğası ya da tespit yöntemi
şıklarından biri ya da birkaçının kombinasyonu olabilir [29].
ISSR ürünlerinin görüntülenmesinde radyoaktiviteyle (PCR reaksiyonunda etiketlenmiş
nükleotid kullanılarak) kombine edilen poliakrilamid jel elektroforezi (PAGE) en
yüksek hassasiyeti göstermiştir. Bu yöntemi mütakiben gümüş ile boyanmış
poliakrilamid jel elektroforezi ve bundan sonra agaroz-etidyum bromid sistemiyle tespit
metodu gelmiştir. Agarozla karşılaştırıldığında poliakrilamid jelde primer başına
çözülen bant sayısı belirgin derecede yüksektir [69].
ISSR-PCR basit, hızlı ve etkili bir tekniktir. Tekrarlanabilirliği yüksektir. Radyoaktivite
kullanımı
esansiyel
değildir.
Primerlerin
ön
dizi
bilgisi
gerektirmemesi,
optimizasyonunun kolay olması ve uzun olması (16-25 bç) nedeniyle de primerin doğru
bölgeye yapışma ihtimalinin yüksek olması avantajdır. Amplifiye edilmiş ürünler
genelde 200-2000 bç uzunlukta olur ve hem poliakrilamid hem de agaroz jel
elektroforezi ile tespit edilebilir [29].
ISSR tekniği pek çok bitki türündeki filogenetik çalışmalarda; tür içi-türler arası,
populasyon içi-populasyonlar arası genetik varyasyon çalışmalarında filogenetik
analizlerde yaygın olarak kullanılmaktadır [31-32].
20
Şekil 1.2. ISSR-PCR: (TC)n tekrarını hedef alarak zıt yönlerde konumlanmış (TC)n
dizileri arasında bulunan inter-SSR bölgesinin (AG)₈ primeri ile
amplifikasyonunun şematik gösterimi. Uzatılmamış primer (a) kalıp DNA
üzerinde tekrar dizisindeki herhangi bir yere bağlanabilir bu da kaymaya ve
smear oluşumuna neden olur. 3’ ucundan iki nükleotit (NN) uzatılan primer
(b) kalıp DNA üzerinde spesifik bölgelere yapışır ve temiz bantlar üretir. 5’
ucundan 2 nükleotid uzatılmış primer (c) spesifik bölgelere yapışır ve daha
büyük bantlar üretmesini sağlayan bölgeyi çoğaltır [29].
21
2. BÖLÜM
MATERYAL VE METOD
2.1. Materyal
2.1.1. Bitki Materyali
Bu çalışmada, Erciyes Üniversitesi Biyoloji Bölümü herbaryumunda korunan bitki
örnekleri kullanılmıştır. Bu bitki materyalleri başta Mehmet Yaşar Dadandı olmak üzere
farklı araştırmacılar tarafından çeşitli lokalitelerden toplanmış ve morfolojik
özelliklerine göre teşhis edilmiş ve ait oldukları taksonlar belirlenerek etiketlenmiştir.
Araştırmada kullanılan Phlomis melezleri aşağıda verilmiştir. Bu çalışmada kullanılan
bitki materyalleri, örnek numaraları ve toplanma tarihleri ile Tablo 2.1 de verilmiştir.
Phlomis x alanyensis Hub.-Mor. (P. leucophrachta x lunariifolia Sm.), P. x
bornmuelleri Rech. f. (P. armeniaca Wild. x nissolii L.), P. x cilicica Hub.-Mor. (P.
lunariifolia x monocephala), P. x ekimii Dadandı & H. Duman ( P. brugueiri Desf. x P.
capitata), P. x kalanensis Hub.-Mor. (P. linearis Boissieu & Balansa x oppositiflora), P.
x ketenoglui Dadandi & H. Duman (P. capitata x nissolii), P. x melitenensis (P. kurdica
x oppositiflora), P. x mobullensis Hub.-Mor. (P. bourgaei x grandiflora H. S. Thomps),
P x muglensis Hub.-Mor. (P. grandiflora x P. lycia), P. x ozhatayii Dadandi & H.
Duman. (P. kurdica x capitata), P. x rechingeri Hub.-Mor. (P. armeniaca x carica
Rech. f.), P. x semiorbata Rech. f. (P. capitata x linearis), P. x termessi P. H. Davis (P.
lycia x bourgaei), P. x tunceliensis Hub.-Mor. (P. kurdica x linearis), P. x turcica
Dadandi & H. Duman (P. armeniaca x linearis),P. x vuralii Dadandi (P. bourgaei x
chimera), P. physocalyx x oppositiflora, P. capitata x brunneogaleata Hub.-Mor., P.
brugueiri x brunneogaleata, P. pungens Willd. x nissolii.
22
Tablo 2.1. Bitki materyallerinin tür adı, toplandığı lokalite ve örnek sayısı
Herbaryum
Numarası
Tarih
Tür/melez adı
Lokalite
1
P. bourgaei
21.06.1997
2
P. lycia
3
P. leucophrocta
Antalya: Termessos Milli Parkı 1002 MYD
500 m
Antalya: Termessos Milli Parkı 1006 MYD
500 m
Antalya: Manavgat-Alanya arası 1017-2 MYD
Kestel’in 12 km kuzeyi yol kenarı
700 m
4
P. tuberosa
Sivas: İmranlı-Zara 10.
çeşmenin üzeri 1350 m
km 1019-4 MYD
14.07.1997
5
P. tuberosa
Sivas: İmranlı-Zara 10.
çeşmenin üzeri 1350 m
km 1019-12 MYD
14.07.1997
6
P. integrifolia Hub.Mor.
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
Malatya: Malatya-Arapkir 30. km
kuru çayı, derenin sağ yamaçları
770 m
P. rigida LaBill.
Malatya: Elbistan-Malatya 53 km
Darende yol ayrımına 3 km kala
1600 m
P. linearis
Kayseri: Kayseri-K.Maraş Yedi
Oluk mezarlık üzeri 1600 m
P. rigida
K.Maraş: Ahır dağı Yalnız Ardıç
sırtları 1350 m
P. linearis
Kayseri: Aladağ maden yolu
demir madeni Yahyalı 1700 m
P. tuberosa
Sivas: İmranlı-Zara 10. km
çeşmenin üzeri 1350 m
P. longifolia Boiss. & Hatay: Güzel Yayla (soğuk oluk)
Blanche
üzeri Çamlık tepe 1050 m
P. samia L.
Adana: Gülek Boğazı Gülek köyü
– Adana 1. km 1100 m
P. samia
Adana: Gülek Boğazı Gülek köyü
– Adana 1.km 1100 m
P. longifolia
Antalya: Hatay: Belen Kırcı köyü
yakınları 650-750. m
P. kotschyana Hub.- Antalya: Belen geçidi Top boğaz
Mor.
arası 550. m
P. longifolia var.
Hatay: St. Siman manastırı
longifolia
çevresi 550 m
P. longifolia var.
Hatay: Samandağ Yayladağı sahil
longifolia
yolu Çöğüntü-Gözene köyleri
arası 270. m
21.06.1997
31.05.1997
1025 MYD
7.08.1997
1038 MYD
7.08.1997
1043 MYD
5.8.1997
1047-1 MYD
6.8.1997
1053 MYD
13.8.1997
1055-1MYD
16.8.1997
1058 MYD
14.9.1997
1060-1 MYD
13.9.1997
1060-3 MYD
13.9.1997
1061 MYD
15.9.1997
1066 MYD
13.06.1998
1069 MYD
14.06.1998
1070-3 MYD
14.06.1998
23
Tablo 2.1. (Devamı)
19 P. syriaca Boiss.
20 P. syriaca
21 P. armeniaca
22 P. pungens var.
pungens
23 P. sieheana Rech. f.
24 P. samia
25 P. armeniaca
26 P. armeniaca
27 P. grandiflora var.
grandiflora
28 P. carica
29 P. carica
30 P. grandiflora var.
fimbrigera
31 P. pungens var
pungens
32 P. rigida
33 P. sintenissii Rech. f.
34 P. oppositiflora
35 P. pungens var. hirta
36 P. sintenissii
Gaziantep-Yeşilyurt altın üzüm
arası 500 m
Hatay, Hassa-Kırıkhan yolunun
33. km Fettahoğlu Taş ocağı
sapağı karşısı 150-200 m
Konya: Konya-Ereğli Karaman
arası 70. km 1050 m
Karaman: Ayrancı-Karaman arası
Karaman’a 17 km kala 1050 m
Karaman: Karaman-Ereğli çıkışı
Karsa bisküvi çikolata fabrikası
karşısı 1050 m
Antalya: Antalya Korkuteli yolu
Thermesos Milli Parkı yanı
Hodrian çevresi 950 m
Antalya:
Korkuteli
yolu
Tahtalıbelini Korkuteli tarafına
geçince sol yamaç 1000 m
Antalya: Korkuteli-Antalya 20.
Km 1000 m
Antalya: Kale-Kaş arası Yavu
Köyü çevresi 400-500 m.
Denizli: Korkuteli-Denizli Yolu
Fethiye yol ayrımını 2 km
geçince Çavdır’a gelmeden 380
m
Denizli: Korkuteli-Denizli Yolu
Burdur-Teffeni yol ayrımını
geçince
Büyükalan-Küçükalan
köyleri arası 1050 m
Denizli: Afyon-Denizli Afyon
yolu Çardak bozkırı 8.km
Acıgöl’ün kuzeyi 850-950 m
Burdur: Uluborlu Senirkent yolu
Senirkent’e 8 km kala 950-1000
Malatya: Darende-Malatya 35.
Km Elbistan yol ayrımına 3 km
kala vericinin altı 1840 m
Elazığ: Harput Buzluk mağarası
Yolu Harput kalesi üzeri 1390 m
Tunceli: Hozat-Pertek 13. Km
askerin bulunduğu tepenin güne
etekleri 1390 m
Tunceli: Hozat-Pertek 11. Km
Yenidoğdu Köyü sapağında 200
m içeride 1400 m
Elazığ: Pekenik (Oymaağaç)
Köyü Kırklar tepesi üzeri 1250 m
1079 MYD
15.06.1998
1078 MYD
15.06.1998
1088 MYD
24.06.1998
1089 MYD
24.06.1998
1090 MYD
24.06.1998
1105 MYD
26.06.1998
1107 MYD
26.06.1998
1109 MYD
26.06.1998
1115 MYD
27.06.1998
1123 MYD
28.06.1998
1124 MYD
28.06.1998
1127 MYD
29.06.1998
1129 MYD
29.06.1998
1138 F-2 MYD
16.07.1998
1141-B MYD
18.07.1998
1144 MYD
18.07.1998
1145 MYD
18.07.1998
1147-2 MYD
18.07.1998
24
Tablo 2.1. (Devamı)
37 P. capitata x kurdica
1150-A MYD
18.07.1998
1156 MYD
19.06.1995
1157 MYD
13.06.1998
1158 MYD
13.06.1998
1160 MYD
27.06.1998
1163-5 MYD
1163-7 MYD
1165 MYD
05.07.1998
44 P. fruticosa L.
1166 MYD
28.06.1998
45
1170 MYD
04.07.1998
1173 MYD
27.06.1998
38 P. armeniaca
39 P. amanica Vierh.
40 P. amanica
41 P. chimerae
42 P. samia (2 örnek)
43 P. pungens var. hirta
46
47
48
49
50
51
52
53
Malatya: Malatya-Venk köyü
üzeri dağın yamaçları 1300 m
Niğde: Çamardı Maden Mahallesi
1300 m
Hatay:
Arsus(Uluçınar)
Haymaseki köyü sınırındaki eski
krom maden ocakları Aktepe
arkası 250-300 m
Hatay:
Arsus(Uluçınar)
Haymaseki köyü sınırındaki eski
krom maden ocakları Aktepe
arkası 250-300 m
Antalya: Kemer Kesmeboğazı
150 m
Adana: Gülek boğazı Gülek
Köyü-Adana 1. Km 1100 m
Kayseri, Bünyan merkez
Antalya: Kale Kaş arasındaki
Elmalı
yolundan
Elmalı’ya
giderken Gömüce Köyü-Kuruova
arasındaki Oluk Yaylası 1700 m
P. viscosa Poir.
Adana: Saimbeyli-Feke 2. km
Feke-Adana 930 m
P. bourgaei
Antalya: Antalya-Kemer Kesme
boğazı 150 m
P. amanica (2 örnek) Hatay:
Arsus
(Uluçınar)
Haymaseki Köyü sınırındaki eski
krom maden ocağı çevresi 250300 m
P. viscosa
Osmaniye: Düldül Dağı Kuşçu
Köyünden Keklik Yaylasına
çıkışta Düziçi (Haruniye) ilçesi
1100 m
P. viscosa
Osmaniye: Düldül dağı Kuşçu
köyünden Keklik Yaylasına
çıkışta Düziçi (Haruniye) ilçesi
1090 m
P. viscosa
Osmaniye: Yarpuz Yaylası Yolu
650 m
P. viscosa
Osmaniye: Yarpuz Yaylası Yolu
550 m
P. kurdica x linearis
Tunceli: Hozat Pertek 13. Km
(2 örnek)
askerin bulunduğu tepenin güney
etekleri 1390 m
P. linearis x
Tunceli: Hozat Pertek 13. Km
oppositiflora
askerin bulunduğu tepenin güney
etekleri 1390 m
06.07.1995
1179-3
MYD 19.05.1999
1179-8 MYD
1184 MYD
07.08.1998
1186 MYD
07.08.1998
1188 MYD
06.08.1998
1190 MYD
06.08.1998
1197 MYD 1199 18.07.1998
MYD
1201 MYD
18.07.1998
25
Tablo 2.1. (Devamı)
54 P. grandiflora var.
fimbrilligera
55 P: lunariifolia x
monocephala
56 P. leucophrocta
57 P. monocephala
58 P. pungens var.
hispida K. Koch
59 P. bourgaei x
chimerae
Antalya: Anamur-Gazipaşa arası
Kargıdan Çayı kıyısı mezarlık içi
20 m
İçel: Aydıncık-Gülnar 13. Km
500 m
İçel: Aydıncık-Gülnar 13. Km
500 m
İçel: Gülnar Silifke 47. km 680 m
1225 MYD
07.06.1999
1226 MYD
07.06.1999
1228 MYD
07.06.1999
1231 MYD
07.06.1999
İçel: Gülnar Silifke 47. km 960 m 1236 MYD
07.06.1999
Antalya: Antalya-Kemer Ağva
çayı kıyısı Batı kıyısındaki doğu
yamaçlar 60 m
60 P. carica
Denizli: Acıpayam-Denizli yolu
Serinhisar’dan sonra 30. Km
1160 m
61 P. armeniaca x nisolii Burdur: Gülhisar Çavdar 15. Km
Çavdar sapağından Gülhisar
tarafına 1 km kala çeşmebaşı
1050 m
62 P. armeniaca
Denizli:
Sarayköy
sapağı
Babadağ 8. Km (Bekirler köyüne
gelmeden)
Boludüzü-Müze
mıntıkası 450 m
63 P. armeniaca x carica Denizli:
Sarayköy
sapağı
Babadağ 8. Km (Bekirler köyüne
gelmeden)
Boludüzü-Müze
mıntıkası 450 m
64 P. carica
Denizli:
Sarayköy
sapağı
Babadağ 8. Km (Bekirler köyüne
gelmeden)
Boludüzü-Müze
mıntıkası 450 m
65 P. bourgaei
Muğla: Kale 31. Km 970 m
66 P. bourgaei x
grandiflora (3 örnek)
67 P. lycia
68 P. grandiflora x lycia
69 P. pungens var.
hispida
70 P. bruguieri
Muğla: Kale 31. Km 970 m
1240 MYD
07.06.1999
1252 MYD
09.06.1999
1257 MYD
09.06.1999
1263 MYD
10.06.1999
1264 MYD
10.06.1999
1266 MYD
10.06.1999
1272 MYD
10.06.1999
1274 MYD 1275 10.06.1999
MYD 1276 MYD
Muğla:Muğla-Kale
52.
Km 1280 MYD
10.06.1999
virajda Kaleye giderken bayır
çıkılıyor yüksek kayaların başı
950-1000 m
Muğla: Muğla-Kale 52. Km 1282 MYD
10.06.1999
virajda Kaleye giderken bayır
çıkılıyor yüksek kayaların başı
950-1000 m
K.Maraş-Göksun geçince tünele 1284 MYD
16.06.1999
73. Km 1340 m
Gaziantep: Soft Dağı tv vericisi 1287-3 MYD
16.06.1999
altı 1350-1450 m
26
Tablo 2.1. (Devamı)
1278 MYD
16.06.1999
1331 MYD
26.6.1999
1334 MYD
02.07.1999
1335 MYD
02.07.1999
1336 MYD
02.07.1999
1302 MYD
02.07.1999
1349 MYD
03.07.1999
1363 MYD
03.07.1999
1367 MYD
03.07.1999
1371 MYD
03.07.1999
1382 MYD
03.07.1999
1414 MYD
03.07.1999
1415 MYD
03.07.1999
1420 MYD
03.07.1999
1434 MYD
20.7.1999
1437 MYD
20.7.1999
87 P. lanceolata
Muğla: Muğla-Kale 52. Km
virajda kaleye giderken bayır
çıkılıyor 950-1000 m
Konya: Konya-Antalya il sınırı
Beyşehir-Akseki yolunu 50. km
Şakiroğlu çeşmesi 1200 m
Sivas: Gürün-Sivas 24. Km Otlu
kilise Demir Madeni İşletmesi
sapağının karşısı 1850 m
Sivas: Gürün-Sivas 24. Km Otlu
kilise Demir Madeni İşletmesi
sapağının karşısı 1850 m
Sivas: Gürün-Sivas 24. Km Otlu
kilise Demir Madeni İşletmesi
sapağının karşısı 1850 m
K.Maraş, Ilıca-Zorkun Yaylası
arası ziyaret mevkiindeki soğuk
suyun doğusu 1200 m
Tokat: Turhal Hastane Tepesi
(Devlet
Hastanesi
Doğu
Yamaçları) 650 m
Kayseri: Develi-Kayseri 8-9 Km
1720 m
Kayseri: Develi-Kayseri 8-9 Km
1720 m
Kayseri: Develi-Kayseri 8-9 Km
1720 m
Kayseri: Develi-Kayseri birkaç
km Kayseriye doğru 1550-1600
m
Kayseri: Develi-Kayseri birkaç
km Kayseriye doğru 1550-1600
m
Kayseri: Develi-Kayseri birkaç
km Kayseriye doğru 1550-1600
m
Kayseri: Develi-Kayseri birkaç
km Kayseriye doğru 1550-1600
m
Van:
Van
Kalesi
kuzey
sınırlarının dış kenarları 1730 m
Van: Çatak-Van 3. Km Kunispik
suyu – Çatak arası 1670 m
Van: Gürpınar 8 km. 2100 m
1438 MYD
20.7.1999
88 P. tuberosa
Van: Çatak 20. Km 2210 m
1441-2 MYD
20.7.1999
89 P. armeniaca x
nissollii
Kayseri: Develi-Kayseri 5. Km 1446 MYD
Dağ yolu 1680 m
71 P. grandiflora
72 P. grandiflora var.
grandiflora
73 P. capitata
74 P. linearis
75 P. capitata x linearis
76 P. brunneogaleata
77 P. armeniaca
78 P. linearis
79 P. armeniaca x
linearis
80 P. armeniaca
81 P. capitata x nissoli
82 P. kurdica x linearis
83 P. linearis x
oppositiflora
84 P. capitata x kurdica
85 P. lanceolata Boiss.
& Hohen.
86 P. lanceolata
08.08.1999
27
Tablo 2.1. (Devamı)
90 P. fruticosa
İzmir: Çeşme Çiftlik Köyü
60-70 m
27.04.2000
107 P. lunariifolia x
monocephala
108 P. leucophracta
melezi
109 P. lunariifolia
1451-2 MYD
1451-3 MYD
1451-4 MYD
K.Maraş: gişeler-Narlı 4. Km 1465 MYD
Balkayası Çiçek Köyü civarı 600
m
Van: Erciş Ulupamir Köyü köyün 1487 MYD
batısı tepenin yamaçları Altındere
arasının ilerisi 1730+ m
İzmit: Maşukiye Köyü Kirazlı 1497-7 MYD
yayla
Muğla: Marmaris Karacaköy 1503 MYD
Ovacık mah. 234 m
Muğla: Marmaris Karacaköy 1504 MYD
Ovacık mah. 234 m
Muğla: Marmaris Karacaköy 1505 MYD
Ovacık mah. 211 m
Muğla: Marmaris Bozburun 1507 MYD
Marmaris 10. Km tepe üstü 221
m
Mugla: Marmaris Bozburun 1508 MYD
Sercelimanı’nı çevreleyen tepeler
71 m
Antalya: Kemer Ağvaderesi’nin 1522 MYD
batı kıyıları 32 m
Antalya: Kemer Ağvaderesi’nin 1524 MYD
batı kıyıları 32 m
Antalya:
Alanya
Kalesi’nin 1526 MYD
doğusu dış ile iç sur arası 145 m
Antalya:
Alanya
Kalesi’nin 1527 MYD
doğusu dış ile iç sur arası 145 m
Antalya:
Alanya
Kalesi’nin 1529 MYD
doğusu dış ile iç sur arası 145 m 1530 MYD
Antalya: Gazipaşa Kaledıran 1537 MYD
Çayı (Kaledıran) 28 m
İçel: Aydıncık-Gülnar 13. Km 1538 MYD
537 m
İçel: Aydıncık-Gülnar 13. Km 1539 MYD
537 m
İçel: Aydıncık-Gülnar 13. Km 1541 MYD
537 m
İçel: Aydıncık-Gülnar 13. Km 1542 MYD
537 m
Antalya: Gazipaşa Kaledran 28 m 1535- 3 MYD
110 P. kurdica
K.Maraş: Narlı gişeler 650 m
15.06.2001
91 P. syriaca
92 P. lanceolata
93 P. russeliana
94 P. bourgaei
95 P. lycia x bourgaei
96 P. grandiflora x lycia
97 P. bourgaei
98 P. lycia
99 P. chimerae
100 P. bourgaei x
chimerea
101 P. lunariifolia
102 P. leucophracta
103 P. leucophracta x
lunariifolia
104 P. lunariifolia
105 P. monocephala
106 P. lunariifolia
1564 MYD
01.07.2000
19.07.1999
19.07.1999
05.05.2001
05.05.2001
05.05.2001
05.05.2001
06.05.2001
08.05.2001
05.05.2001
09.05.2001
09.05.2001
09.05.2001
09.05.2001
09.05.2001
09.05.2001
09.05.2001
09.05.2001
09.05.2001
28
Tablo 2.1. (Devamı)
111 P. brunneogaleata
K.Maraş: Narlı gişeler 650 m
1568-2 MYD EY
15.06.2001
112 P. capitata x P.
brunneogaleata var.
brunneogaleata
113 P. capitata x
brunneogaleata
114 P. bruguieri x
brunneogaleata
115 P. bruguieri x
capitata
116 P. capitata x kurdica
Gaziantep: Soft Dağı 1456 m
1585 MYD
15.06.2001
Gaziantep: Soft Dağı 1456 m
1581 MYD
15.06.2001
Gaziantep: Soft Dağı 1456 m
1589 MYD
15.06.2001
Gaziantep: Soft Dağı 1456 m
1595 MYD
15.06.2001
Malatya: Venk Köyü 1230 m
1600 MYD
16.06.2001
117 P. kurdica
Malatya: Venk Köyü 1230 m
1602 MYD
16.06.2001
118 P. pungens var.
pungens
119 P. linearis
Kayseri: Bünyan yolu Kaykop 1616-2 MYD
doğusu eski askeri alan
Sivas: Sızır Çat Ormanları
1617-2 MYD
14.06.1995
120 P. sieheana Rech. f.
Kayseri: Gesi İldem Koop. karşısı
1150 m
Mersin: Mut-Silifke yolu Gülnar
sapağı kenarı 166 m
İçel: Aydıncık Aydıncık – Gülnar
13. Km 520 m
İçel: Aydıncık Aydıncık – Gülnar
13. Km 520 m
İçel: Aydıncık Aydıncık – Gülnar
13. Km 520 m
Antalya: Kemer-Ağva Çayı ~5
km 60m
İçel: Aydıncık, Aydıncık– Gülnar
13. Km 520 m
Konya: Doğanhisar sapağı –
Konya 1. Km Şarkikaraağaç
Konya arası 1148 m
Antalya: Kemer-Ağva Çayı ~5
km 60m
Kayseri: Yahyalı Maden yolu
1643 MYD
19.06.2003
1668 MYD
03.07.2003
1670 MYD
03.07.2003
1671-1 MYD
03.07.2003
1675 MYD
03.07.2003
1676 MYD
03.07.2003
1678 MYD
03.07.2003
1685 MYD
06.07.2003
1677 MYD
06.07.2003
1689 MYD
08.07.2003
Kayseri: Yahyalı Maden yolu 1690 MYD
1538 m
Kayseri: Yahyalı Maden yolu 1694 MYD
1428 m
Kayseri: Kayak evi Develi yolu 1698 MYD
13. Km den sağ taraf 2. km
Adaca tepesi etekleri 1700 m
08.07.2003
121 P. nissolii
122 P. leucophracta
123 P. lunariifolia
124 P. leucophracta
melezi
125 P. bourgaei x
chimerae
126 P. bourgaei
127 P. pungens var.
pungens
128 P. chimerea
129 P. capitata
130 P. pungens
131 P. capitata x nissolii
132 P. armeniaca
22.07.2001
08.07.2003
10.07.2003
29
Tablo 2.1. (Devamı)
133 P. kurdica
134 P. rigida
135 P. integrifolia
136 P. sintenisii
137 P. russeliana
138 P. amanica
139 P. longifolia var.
bailanica
140 P. syriaca
141 P. viscosa
142 P. bruguieri
143 P. brunneogaleata
var. brunneogaleata
144 P. brunneogaleata
145 P. nissolii
146 P. bruguieri x
capitata
147 P. capitata x
brunneogaleata var.
brunneogaleata
148 P. capitata
Malatya: Darende 35. Km
K.Maraş Elbistan yol ayrımının 3
km vericinin altı batısı 1816 m
Malatya: Darende 35. Km
K.Maraş Elbistan yol ayrımı 3.
km vericinin altı batısı 1816 m
Malatya: Arapgir Sapağı 36. Km
Kurucaydan 6 km ilerde 752 m
Elazığ: Harput Mezarlık çevresi
1484 m
Bolu: Abant Gölü çevresi 1220 m
1703 MYD
11.07.2003
1705
MYD 11.07.2003
(albino)
1706 MYD
1707 MYD
11.07.2003
1708 MYD
12.07.2003
1718-1 MYD
12.08.2003
Hatay: Arsuz, Haymaseki Köyü
eski Maden ocağı çevresi 250300 m
Hatay: Samandağ–Yeditepe 10.
Km Karaköse Köyü 300 m
Osmaniye, Ceyhan Yılankale
yolun kenarı
Osmaniye: Düziçi Çotlu köyü
çevresi Berke barajı yolu Kuşçu
Köyünden 3 km geride 520 m
Gaziantep: Soft dağı Tv alıcısı
çevresi 1450 m
Gaziantep: Organize sanayi eski
Adana yolu 25. Km Kızılyazı
mevkii 955 m
K.Maraş: Otoyol çıkışı Narlı 4.
Km 600 m
K.Maraş: Otoyol çıkışı Narlı 4.
Km 600 m
Gaziantep: Soft Dağı 1450 m
1723-1 MYD
22.05.2004
1724 MYD
22.05.2004
1727 MYD
23.05.2004
1728-1 MYD
23.05.2004
1732 MYD
07.06.2004
1733 MYD
07.06.2004
1735-1 MYD
07.06.2004
1739 MYD
07.06.2004
1744-1 MYD
24.06.2004
Gaziantep: Soft Dağı 1450 m
1749 MYD
24.06.2004
Gaziantep: Soft Dağı 1450 m
1750 MYD
24.06.2004
1751-2 MYD
24.06.2004
1817 MYD
07.07.2005
1818 MYD
07.07.2005
149 P. brunneogaleata var Gaziantep: Soft Dağı 1450 m
brunneogaleata
150 P. capitata
K.Maraş: Ahir Dağı tv verici altı
ağaçlandırma sahası 1522 m
151 P. capitata x nissolii K.Maraş: Ahir Dağı tv verici altı
ağaçlandırma sahası 1522 m
152 P. rigida
Ermenek: Başyayla- Taşkent
Karayolu 1880 m
1837
(albino)
MYD 10.07.2005
30
Tablo 2.1. (Devamı)
153 P. pungens var hirta
154 P. pungens var.
hispida
155 P. nissolii
156 P. russeliana
157 P. linearis
158 P. tuberosa
159 P. pungens x nissolii
160 P. nissolii
161 P. pungens var.
hispida
162 P. nissolii
163 P. oppositiflora
164 P. physocalyx
165 P. capitata
166 P. oppositiflora x
kurdica
167 P. physocalyx x
oppositiflora
168 P. oppositiflora
169 P. kurdica x
oppositiflora
170 P. kurdica
171 P. longifolia
Çankırı: Kurşunlu Çerkez 4. Km
1195 m
Kayseri: Yahyalı Maden yolu
Dikme-Sazak Köyleri arası 1276
m
Kayseri: Yahyalı Maden yolu
Maden yıkama bölgesi 1553 m
Amasya: Akdağ Taşlı Yayla
Ladik yolu 5. Km Güneybati
yamacı Karaçam altı 1633 m
Bayburt: Aşkale yolu Kop geçidi
Abide dibi 2370 m
Van: Gedikbaşı Köyü çevresi
2390 m
Kayseri: Yahyalı Maden yolu
Zamantı üzerinde ilk köprü
çevresi 1198 m
Kayseri: Yahyalı Maden yolu
Zamantı üzerinde ilk köprü
çevresi 1198 m
Kayseri: Yahyalı Maden yolu
Zamantı üzerinde ilk köprü
çevresi 1198 m
Kayseri:
Zamantı
KöprüsüKayseri 11. Km çeşmenin karşısı
1517 m
Sivas: Gürün-Pınarbaşı 24. Km
Osmandede Köyü çeşme başı
1844 m
Sivas: Gürün-Pınarbaşı 24. Km
osmandede köyü çeşme başı 1844
m
Malatya: Venk Köyü İlkOkulun
altı 2. Km 1131 m
Malatya: Venk Köyü İlkOkulun
altı 2. Km 1131 m
Sivas: Gürün-Pınarbaşı 24. Km
Osmandede Köyü çeşme başı
1844 m
Malatya: Venk Köyü, ilkokulun
altı 1206 m
Malatya: Venk Köyü, İlkOkulun
altı 1206 m
Malatya, Venk Köyü, İlkOkulun
altı 1206 m
Hatay: Belen Radar yolu tv
vericisi yol ayrımı 1450 m
1853 MYD
15.07.2005
1858 MYD
23.07.2005
1861 MYD
23.07.2005
1863 MYD
1863-2 MYD
1863-3 MYD
1875-2 MYD
25.07.2005
1890-1 MYD
31.07.2005
1925-1 MYD
14.06.2008
1926-6 MYD
14.06.2008
1927-7 MYD
14.06.2008
1932-7 MYD
14.06.2008
1961 MYD
06.07.2008
1962 MYD
06.07.2008
1984-16 MYD
07.07.2008
1985.10-b MYD
1985.10-a MYD
1958-18 MYD
1958-24 MYD
07.07.2008
1988 MYD
07.07.2008
1985-25 MYD
07.07.2008
1989 MYD
07.07.2008
2008
08.07.2008
28.07.2005
06.07.2008
31
Tablo 2.1. (Devamı)
172 P. angustissima Hub.-Mor. Burdur: Salda Gölü çevresi 1200 m
173 P. monocephala
174 P. leucophracta
175 P. grandiflora var.
grandiflora
176 P. armeniaca x nissolii
177 P. chimerae
178 P. lycia x bourgaei
179 P. pungens var. hirta
180 P. angustissima
2009
24.07.1996
Burdur: Gündoğmuş -Eğrigöl 10. Km
1350 m
Isparta: Gündoğmuş egrigöl 10. Km
1350 m
Antalya: Antalya’nın 10 km batısı 100500 m
Kayseri: Erciyes Dağı, Develi üzeri
Erciyes Hatıra Ormanı 1695 – 1800 m
6250
21.07.1996
6251
21.07.1996
2649-4
21.07.1996
2736
23.07.1996
Antalya: Antalya’nın 10 km batısı 100500 m
Antalya: Antalya’nın 10 km batısı 100500 m
Kayseri: Develi Bakırdağ– Saimbeyli 8.
Km 1350 m
Burdur: Dirmil Geçidi Serpantin
yamaçları 1650 m
4904
25.07.2000
4905
25.07.2000
6327
30.07.2000
6261
22.07.2000
2.1.2. Kullanılan Kimyasal Maddeler ve Çözeltiler
2.1.2.1. DNA İzolasyonunda Kullanılan Kimyasal Maddeler ve Çözeltiler
Bitki materyallerinden DNA izolasyonu aşamasında kullanılan kimyasal maddeler ve
çözeltiler Tablo 2.2‘de verilmiştir.
Tablo 2.2. DNA izolasyonunda kullanılan kimyasal maddeler ve çözeltiler
KULLANILAN KİMYASAL
MİKTAR -İÇERİK
CTAB
%2
100 mMTris
20 mM EDTA
1.4 M NaCl ve pH : 8
CTAB; %2’ lik 650 μl,
Askorbik asit; %20’ lik, 30 μl
Sodyum Bisülfit; %20’ lik, 60 μl
ß-merkaptoetanol; %100’ lük, 6 μl
ProteinazK 1mg/ml, 60 μl
PVP; %20’ lik, 30 μl
%20
2 g/10 ml
CTAB tamponu
Askorbik asit
Sodyum Bisülfit
ProteinazK çözeltisi
ß-merkaptoetanol
Kloroform – izoamil alkol
Rnaz A çözeltisi
İzopropanol
% 70’ lik alkol
% 95’ lik alkol
Tris-EDTA Tamponu
%20
2 g/ 10 ml
1 mg/ml
Saf
24:1
10 mg/ml
2:3 oranında, DNA nın çöktürülmesinde
DNA’nın yıkanmasında
DNA’nın yıkanmasında
1x 10 mMTris
1 mM EDTA (pH: 8)
32
2.1.2.2. PCR Reaksiyonlarında Kullanılan Kimyasal Maddeler ve Çözeltiler
Örneklerin ISSR bölgesine özgü polimeraz zincir reaksiyonunda kulanılan kimyasal
maddeler ve çözeltiler Tablo 2.3‘te verilmiştir.
Tablo 2.3. Polimeraz Zincir Reaksiyonlarında kullanılan kimyasal maddeler ve
çözeltiler
PCR su (Sigma)
12,75 µl
10x Tampon (Fermentas)
2,5 µl
1000 dNTP (Fermentas)
3,75 µl
100 µm Primer (Operon)
0,5 µl
25 mM MgCl2 (Fermentas)
2 µl
Genomik DNA
2 µl
TaqPolimeraz – 5 u/ml
0,2 µl (1 ü. ISSR)
Reaksiyon Hacmi
23,7 µl (ISSR)
2.1.2.3. Agaroz Jel Elektroforezinde Kullanılan Kimyasal Maddeler ve Çözeltiler
PCR ürünlerinin görüntülendiği agaroz jel elektroforezinde kullanılan kimyasal
maddeler ve çözeltiler Tablo 2.4’te verilmiştir.
Tablo 2.4. Agaroz jel elektroforezinde kullanılan kimyasal maddeler ve çözeltiler
Kullanılan Kimyasallar
Agaroz Jel
TBE (Tris, Borat, EDTA)
DNA ladder
Etidyum Bromür çözeltisi
Yükleme Boyası
Miktar ve İçerik
%1,5
1,5 g Agaroz
100 ml TBE
1X pH: 8
21.8 g Tris
1.17 g EDTA
21-21.5 g Borik Asit
500 ng/µl
5 mg/ml
6X
33
2.1.3. Primerler
Bu çalışmada kullanılan primerlerin baz dizileri, % G+C içerikleri, Tm sıcaklıkları
Tablo 2.5’te verilmiştir.
Tablo 2.5. ISSR bölgesini amplifiye etmede kullanılan primerler
810
UBC Primer Baz
Dizisi (5’-3’)
(GA)8T
Primerin %G+C
içerikleri
47,06
PrimerinTm
Sıcaklığı (0C)
48
811
(GA)8C
52,94
50
814
(CT)8A
47,06
48
815
(CT)8G
52,94
50
818
(CA)8G
52,94
50
822
823
(TC)8A
(TC)8C
47,05
52,94
48
50
824
(TC)8G
52,94
50
826
(AC)8C
52,94
50
827
(AC)8G
52,94
50
835
(AG)8YC
50 – 55,56
52
836
840
(AG)8YC
(GA)8YT
50 – 55,56
44,4 - 50
52
52
841
(GA)8YT
44,4 - 50
52
842
(GA)8YG
50 – 55,56
54
844
(CT)8RA
(CA)8RG
44,4 - 50
50
50-55,56
54
Primer Adı
848
2.2. Metot
2.2.1. Morfolojik İncelemeler
Farklı lokalitelerden toplanmış 36 adet Phlomis taksonu ve 46 adet Phlomis melezi
vertisillat sayısı, vertisillatlar arası uzunluk taban, gövde ve çiçek yapraklarının eni,
boyu ve petiyol uzunlukları gibi toplamda 24 karakter esas alınarak morfolojik
ölçümleri yapılmıştır. Herhangi bir nedenle bir veya daha fazla yapısı eksik olan
34
örneklerin o özelliği değerlendirmeye alınmamıştır. Çalışmadaki örneklerin ve
morfolojik karakterlerin sayıca çokluğu göz önüne alınarak bu verilerin daha iyi
gözlenebilmesi için morfolojik karakterler harflerle kodlanmıştır (Tablo. 2.6).
Örneklerin morfolojik ölçüm sonuçları Ek 1’de verilmiştir.
Tablo 2.6. Morfolojik karakterler ve kodlamaları
Kod
Karakter
A
Vertisillat sayısı
B
Vertisillatlar arası uzunluk(cm)
C
Çiçek sayısı(1.Vertisillat )
D
Çiçek sayısı(2.Vertisillat)
G
Çiçek sayısı(3.Vertisillat)
H
Taban Yaprağı boyu max.(cm)
I
Taban Yaprağı eni max.(cm)
J
Taban Yaprağı petiyol uzunluğu max.(cm)
K
Gövde Yaprağı boyu max.(cm)
L
Gövde Yaprağı eni max.(cm)
M
Gövde Yaprağı petiyol uzunluğu max.(cm)
N
Çiçek Yaprağı boyu max.(cm)
O
Çiçek Yaprağı eni max.(cm)
P
Çiçek Yaprağı petiyol uzunluğu max.(cm)
Q
Kaliks uzunluğu (cm)
R
Kaliks eni (cm)
S
Kaliks dişlerinin uzunluğu min.(cm)
T
Brakteol uzunluğu (cm)
U
Korolla uzunluğu(cm)
V
W
X
Y
Z
Korrolla üst dudak düz (1)
eğik (2)
Koralla alt dudak birbirine yakın büyüklükte (1) ortadaki büyük
yanlardaki küçük (2)
Bitki otsu (1)
Brakteol sert bükülmez (1)
çalı (2)
yumuşak bükülebilir veya yok (2)
Korolla rengi pembe mor (1) sarı (2)
Alt dudak sarı üst dudak kahverengi(3)
Alt dudak pembe mor üst dudak sarı (4) beyaz (5)
35
Morfolojik ölçüm verileri NTYS v 2.11 [70] ve Splittree4 v 4.13.1 [71] programlarına
aktarılarak değerlendirme yapılmıştır. Morfolojik verilere dayalı phylogram ağacı ve
network grafikleri oluşturulurken Manhattan mesafe değerleri (Manhat) yöntemi
kullanılmıştır.
2.2.2. Moleküler İncelemeler
Erciyes
Üniversitesi
Biyoloji
Bölümü
herbaryumunda
korunan
örneklerin
yapraklarından DNA izolasyonu yapılmış, örneklerin ISSR bölgeleri 17 farklı primer ile
amplifiye edilmiştir. Amplifikasyon ürünleri agaroz jel elektroforezi ile yürütülmüş,
ethidyum bromür ile boyanarak UV altında görüntülenmiştir. Elde edilen bant profilleri
varlık/yokluk ve polimorfizm açısından değerlendirilmiştir. Moleküler veriler NTYS ve
Splittree4
programlarına
aktarılarak
phylogram
ağacı
ve
network
grafiği
oluşturulmuştur.
2.2.2.1. DNA İzolasyonu
Herbaryumdan temin edilien, her bir türe ve meleze ait bitki yaprakları porselen
havanda sıvı azot ile ezilerek toz haline getirilmiştir. Ezilen bitki örneklerinin yaprakları
etiketlenmiş tüpler içerisinde -20˚C’de muhafaza edilmiştir. DNA izolasyonu toz hale
getirilmiş bu materyallerden Yüzbaşıoğlu ve Dadandı’da belirtildiği şekilde yapılmıştır
[35].
Genomik DNA izolasyonu protokolü:
1.5 µl'lik eppendorf tüplerde Tablo 2.2’de belirtilen CTAB tampon hazırlanmış, üzerine
40 µg ezilmiş bitki örneği eklenmiştir. Karışımın homojen olarak dağılması için tüpler
sallanmış ve önceden 60˚C'de hazırlanmış su banyosuna konulmuştur. Tüpler 15
dakikada bir ters düz edilerek 45 dk su banyosunda tutulmuştur. Üzerlerine 24/1
Kloroform izoamil alkol karışımın 2/3'ü oranında eklenmiş ve tüpler 50 defa ters düz
edilmiştir. Kırılmış buz üzerinde 10–30 dk bekletilen tüpler ardından 14000 devirde
+4˚C'de 6 dk santrifüj edilmiştir. Santrifüjden alınan tüplerdeki süpernatant kısmı
alınmış, üzerlerine tekrar 2/3 oranında 24:1 kloroform-izoamil alkol eklendikten sonra
tekrardan buz üzerinde 10–30 dk bekletilmiştir. Tüpler tekrar santrifüj edilmiş,
süpernatant kısmı alınmıştır. Üzerlerine 5-6 µl RNAaz eklenmiş ve tüpler enzimin tüp
36
içerisinde dağılması için bir kaç kez nazikçe sallandıktan sonra 37.5˚C su banyosunda 1
saat bekletilmiştir. Sıcak su banyosundan alınan tüplerin üzerine 2/3 oranında
izoprapanol eklenmiş, tüpler 4–5 defa sallanıp +4˚C’de gece boyu bekletilmiştir.
Bekleme süresinin ardından tüpler 14000 devirde 2 dk +4˚C’de tutulmuştur. Tüplerin
diplerinde kümelenmiş DNA yığınlarına dikkat edilerek süpernatant dökülmüş, tüplerin
üzerine %70’lik alkol konulup tüpler ters çevirilerek iyice temizlenerek yıkanmıştır.
Tüplerin üzerine yine aynı şekilde %70'lik alkol eklenmiş ve yarım saat bekletilmiştir.
Yarım saat sonunda bu işlem %95'lik alkolle tekrarlanmıştır. Son yıkaması tamamlanan
tüpler oda sıcaklığında bir gece kurumaya bırakılmıştır. Kuruyan DNA'ların üzerine
160µl (tüplerin dibinde birikmiş DNA miktarına göre bu miktar artırılmış ya da
azaltılmıştır) 1X TrisEDTA solüsyonu eklenmiş ve çözünmeye bırakılmıştır.
Çözünme işlemi tamamlandığında örnekler bir sonraki işlem için +4˚C’de muhafaza
edilmiştir.
2.2.2.2. DNA konsantrasyonlarının belirlenmesi ve muhafaza edilmesi
DNA’nın konsantrasyonu ve kalitesi bir sonraki işlemlerde sağlıklı sonuçlar elde
edebilmek için oldukça önemlidir. Genomik DNA izolasyonu aşamasının başarısını test
etmek ve elde edilmiş olan DNA’ların konsantrasyonlarını kontrol etmek amacıyla
%1’lik agaroz jel hazırlanmıştır. Örneklerden elde edilen DNA’lar 1X TBE tamponu
kullanılarak yürütülmüştür. Herhangi bir sorun tespit edilen örneklerde izolasyon
aşaması tekrarlanmıştır.
2.2.2.3. Primer seçimi
ISSR bölgesine yönelik UBC serisi 17-18 bazlık 28 primer denenmiştir. Bu
primerlerden 11 tanesi amplifikasyon başarısı bakımından, 5 tanesi bant profili kalitesi
bakımından yeterli bulunmamıştır. Çalışma 17 ISSR primeriyle tamamlanmıştır.
2.2.2.4. ISSR reaksiyonları
ISSR reaksiyonlarının başarılı bir şekilde gerçekleştirilebilmesi için PCR karışım
konsantrasyonları, reaksiyonların gerçekleşecek olduğu sıcaklık ve süre değerleri
optimize edilmiştir. ISSR reaksiyonlarında 2 ml’lik ince cidarlı tüpler kullanılmış ve
37
son hacim 23,7 µl olacak şekilde hazırlanmıştır. ISSR reaksiyonlarının gerçekleştiği
sıcaklık ve süre değerleri Tablo 2.7’de verilmiştir.
Tablo 2.7. ISSR-PCR döngüsü
ADI
SICAKLIĞI
SÜRESİ
Ön - Denatürasyon
940C
2dk/1 döngü
Denatürasyon
940C
1dk/45 döngü
48-540C
1dk/45 döngü
Uzama
720C
2dk/45 döngü
Son – uzama
720C
5dk/1 döngü
Bekleme
40 C
-
Bağlanma
2.2.2.5. Agaroz jel elektroforezi ve bantların boyanması
ISSR bölgesinin amplifikasyonu tamamlanmış örneklerinin PCR ürünlerini ayrıştırmak
için %1,5 agaroz jeli hazırlanmıştır. Brom-fenol-blue katılan amplifikasyon ürünleri
hazırlanan agaroz jele yüklenmiş ve 85 V / 135 dk. yürütülmüştür. Ayrıştırılan ISSR
bantları etidyum bromür ile boyanarak görüntüleme sisteminde fotoğrafları çekilmiştir.
2.2.2.6. ISSR bantlarının büyüklüğü
ISSR bantlarının uzunluğunu tespit etmek için her bir agaroz jeline DNA ladder
yüklenmiştir. Bu çalışmada Vivantis firmasına ait 100- 3000 bç arasında 15 fragmente
ayrışan DNA ladder kullanılmıştır.
2.2.2.7. ISSR verilerinin değerlendirilmesi
PCR da çoğaltılan ISSR ürünleri agoroz jellerde ayrıştırılmış ve jellerdeki bant profilleri
İmage Analiz sisteminde fotoğraflanmıştır. Fotoğraflar bantların varlığı ve büyüklüğü
açısından incelenmiştir. ISSR bantlarının varlığı “1” yokluğu ise “0” olarak
kaydedilmiştir. Elde edilen skorlama verileri NTYS programında değerlendirilerek
benzerlik indeksleri bulunmuştur. Bu aşamadan sonra SAHN programı kullanılarak
kümelenme oluşturularak filogram ağacı (UPGMA) görüntülenmiştir. Filogram ağacı
38
Dice benzerlik indeksine göre oluşturulmuştur. Buna ek olarak veriler Splittree4
programına yüklenerek network grafiği oluşturulmuştur. Network grafiği ise 1’den Dice
benzerlik indeksinin çıkarılmasıyla elde edilen genetik mesafe değerleri üzerine
kurulmuştur.
39
3. BÖLÜM
BULGULAR
3.1. Morfolojik Bulgular
Türkiye’nin farklı bölgelerinden toplanan 46 adet Phlomis melezi ve 36
Phlomis
taksonuna ait 193 örnek, 24 kantitatif karakter göz önüne alınarak incelenmiştir. Bu
morfolojik ölçümler Ek 1’de verilmiştir. Bu ölçümler sonucu elde edilen morfolojik
veriler NTSYS versiyon 2.11 programında kullanılarak Manhattan mesafeleri
bulunmuştur. Kümeleme aynı programın bir alt uygulaması olan SAHN (upgma)
yöntemi kullanılarak yapılmıştır. Morfolojik verilerin phylogram ağacı Manhattan
mesafeleri üzerine kurulmuştur (Şekil 3.1). Splitstree 4 versiyon 4.13.1 programında
morfolojik veriler kullanılarak neighbour network oluşturulmuştur (Şekil 3.2). Network
oluşturulurken Manhattan genetik
mesafe
formülünden elde edilen değerler
kullanılmıştır.
Morfolojik ölçüm verilerine bağlı olarak hesaplanan Manhattan mesafeleri üzerine
kurulan phylogram ağacı yaklaşık 3.80 Manhattan mesafesinden kesilirse Phlomis
taksonları iki ana grupta toplanabilir. Birinci ana grupta çoğunlukla Phlomis
seksiyonunun Dendrophlomis alt seksiyonuna giren taksonların (18 örnek) örnekleri yer
alırken Oxyphlomis alt seksiyonuna ait taksonların 3 örneği, Gymnophlomis alt
seksiyonunun bir taksonu ve Phlomoides seksiyonuna ait Phlomis tuberosa türünün 5
örneği de bu grupta yer almıştır. İkinci ana grup 2.5 Manhattan mesafesinden kesilirse
iki alt gruba ayrılabilir. Birinci alt grupta çoğunlukla Dendrophlomis alt seksiyonuna
giren taksonların örnekleri (37 örnek) yer alırken, Oxyphlomis alt seksiyonuna ait
taksonların 8 örneği ve Gymnophlomis alt seksiyonuna ait taksonların 7 örneği de bu
grupta yer almıştır. İkinci alt grupta ise çoğunlukla Gymnophlomis alt seksiyonuna giren
taksonların örnekleri (49 örnek) yer alırken, Oxyphlomis alt seksiyonuna ait taksonların
40
13 örneği ve Dendrophlomis alt seksiyonuna ait taksonların 3 örneği de bu alt grupta
yer almıştır. Morfolojik ölçüm verilerine bağlı olarak hesaplanan Manhattan mesafeleri
üzerine kurulan phylogram ağacı incelendiğinde Bentham’ın yaptığı [6] Phlomis
seksiyonu Oxyphlomis (pembe–mor çiçekli ve otsu bitkiler; P. pungens P. samia P.
integrifolia P. rigida), Gymnophlomis ( sarı çiçekli ve otsu; P. oppositiflora, P.
armeniaca, P. nissolii, P. linearis, P. physocalyx, P. capitata, P. kurdica, P. bruguieri,
P. angusstisima, P. kotshyana, P. sieheana, P. sintenisii, P. lanceolata, P. syriaca, P.
carica, P. brunneogaleata) ve Dendrophlomis (odunsu; P. lycia, P. grandiflora, P.
bourgaei, P. chimerae, P. lunariifolia, P. grandiflora, P. monocephala, P. leucophracta
P. furuticosa P. russeliana P. viscosa P. amanica) olmak üzere 3 alt seksiyona ayıran
gruplamaya uyum göstermediği görülmektedir. Çalışmada bulunan 36 farklı Phlomis
taksonu bu gruplamaya uygun bir ayrım göstermemiştir (Şekil 3.1 ). Pholomoides
seksiyonunun tek üyesi olan P. tuberosa (5 örnek ) taksonunun örnekleri filogenetik
ağaçta birinci ana grupta Oxyphlomis ve Dendrophlomis alt seksiyonunun üyeleri ile
birlikte gruplanmıştır.
Çalışmada morfolojik karakterlerden elde edilen Manhattan mesafeleri kullanılarak
oluşturulan filogenetik ağaç incelendiğinde Phlomis melezlerinin ebeveynlerine göre
yerleşimi aşağıdaki kategorilere toplanabilir: (1) Melez ebeveynleri arasında
yerleşmiştir. Bu yerleşme ebeveynlerden biriyle fakat kardeş takson olmayacak
şekildedir (sister) (MYD 1275-1 kodlu P. bourgaei x grandiflora; MYD 1276 kodlu P.
bourgaei x grandiflora; MYD 1415 kodlu P.linearis x oppositiflora; MYD 1818 kodlu
P.capitata x nissolii). (2) Melez atalarından birine tabandan bağlanmıştır (1529 kodlu P.
leucophracta x lunariifolia). (3)
Melez atalardan birine kladistik olarak yakın bir
şekilde yerleşmiştir (MYD 1201 kodlu P. linearis x oppositiflora; MYD 1504 kodlu P.
bourgaei x lycia; MYD 1530 kodlu P. leucophracta x lunariifolia; MYD 2736 kodlu P.
armeniaca x nissolii, MYD 1589 kodlu P. bruguieri x brunneogaleata; MYD 1985-25
kodlu P. kurdica x oppositiflora). (4) Melez diğer melezler/taksonlarla bir arada
gruplanmıştır (MYD 1199 kodlu P.kurdica x linearis; MYD 1367 kodlu P. armeniaca x
linearis; MYD 1420 kodlu P. kurdica x capitata; MYD 1150-A-1 kodlu P. kurdica x
capitata; MYD 1226 kodlu P. lunarifolia x monocephala; MYD 1264 kodlu P.
armeniaca x carica; MYD 1446 kodlu P. armeniaca x nissolii; MYD 1524 kodlu P.
bourgaei x chimerae; MYD 1541 kodlu P. lunariifolia x monocephala; MYD 1568-2
41
kodlu P. kurdica x nissolii; MYD 1585 kodlu P. capitata x brunneogaleata; MYD 1581
kodlu P. capitata x brunneogaleata; MYD 1676 kodlu P.bourgaei x chimarea; MYD
1694 kodlu P. capitata x nissolii; MYD 1925-1 kodlu P. nissolii x pungens; MYD 1197
kodlu P. kurdica x linearis; MYD 1240 kodlu P. bourgaei x chimerae; MYD 1257
kodlu P. armeniaca x nissolii; MYD 1274 kodlu P. bourgaei x grandiflora; MYD 1282
kodlu P. grandiflora x lycia; MYD 1336 kodlu P.capitata x linearis; MYD 1382 kodlu
P.capitata x nissolii; MYD 1414 kodlu P.kurdica x linearis; MYD 1505 kodlu
P.grandiflora x lycia; MYD 1595 kodlu P.brugueri x capitata; MYD 1600 kodlu
P.kurdica x capitata; MYD 1744-1 kodlu P.brugueri x capitata; MYD 1749 kodlu
P.capitata x brunneogaleata; MYD 1985-10-B kodlu P.kurdica x oppositiflora; MYD
1958-18 kodlu P.physocalyx x oppositiflora; MYD 1985-10-A kodlu P.kurdica x
oppositiflora; MYD 1958-24 kodlu P.physocalyx x oppositiflora; HD 4905 kodlu
P.bourgaei x lycia; MYD 1542 kodlu P.leucophracta melezi; MYD 1589 kodlu
P.brugueri x brunneogaleata; MYD 1585 kodlu P.capitata x brunneogaleata; MYD
1675 kodlu P. leucophracta melezi) (Şekil 3.1).
Morfolojik veriler kullanılarak elde edilen neighbour network modelinin verilere uyumu
oldukça yüksek olup, %98.56’dır (fit=90.2, LSfit= 98.56). Network grafiğinin topolojisi
incelendiğinde network’ün merkezinde ve oluşan grupların içerisinde bir nedeni
retikülat olaylar’da olan verideki uyumsuzlukları gösteren çok sayıdaki paralel
kenarlardan oluşan kutucuklar yer almaktadır. Bu bulgular araştırmada kullanılan
Phlomis örneklerinin uzak ve yakın tarihsel geçmişinde melezleşme gibi retikülat
olayların yer aldığını göstermektedir. Morfolojik verilerden elde edilen network
grafiğinin topolojisi incelendiğinde Phlomis türlerinin 2 ana grupta toplandığı
görülmektedir. Birinci ana grupta çoğunlukla Gymnophlomis alt seksiyonunun örnekleri
yer alırken, Dendrophlomis alt seksiyonunun üç örneği (MYD 1503 kodlu P. bourgaei,
HD 6251 kodlu P. leucophracta, HD 6250 kodlu P.monocephala) ve Oxyphlomis alt
seksiyonun yedi örneği (MYD 1060-4 ve 1105 kodlu P. samia, HD 6327, MYD 1690,
MYD 1853 ve 1858 kodlu P.pungens, MYD 1707 kodlu P. integrifolia) de bu grupta
yer almaktadır. Birinci grupta Gymnophlomis alt seksiyonunun P. armeniaca türünün
MYD 1088, 1107, 1109, 1156, 1263, 1349, 1698 kodlu, P.carica türünün MYD 1123,
1124, 1252, 1266 kodlu örnekleri, P.linearis türüne ait MYD 1053, 1335, 1363, 1617-2,
1875-2 kodlu örnekleri, P. capitata türüne ait MYD 1750, 1817, 1984-16 kodlu
42
örnekleri, P. angusstisima türüne ait MYD 2009 kodlu, P.oppositiflora türüne ait MYD
1961, 1988, 1144 kodlu, P.physocalyx türüne ait MYD 1962 kodlu, P.kotshyana türüne
ait MYD 1066 kodlu, P. sieheana türüne ait MYD 1090, 1643 kodlu, P. sintenisii
türüne ait MYD 1141-B, 1708 kodlu, P. lanceolata türüne ait MYD 1434, 1437, 1438
kodlu, P. brunneogaleata türüne ait MYD 1302, 1733, 1735-1, 1751-2 kodlu, P. nissolii
türüne ait MYD 1739, 1865, 1926-6, 1932-7 kodlu, P. syriaca türüne ait MYD 1078-1,
1079, 1465 kodlu, P. kurdica türüne ait MYD 1602, 1989 kodlu örnekleri yer
almaktadır (Şekil 3.4). İkinci ana grupta çoğunlukla Dendrophlomis alt seksiyonunun
örnekleri yer alırken (55 örnek), Oxyphlomis alt seksiyonunun 17 örneği (MYD 1706,
1038, 1047-1, 1837, 1138-F-2, 1705-1 kodlu P. rigida, MYD 1163-5, 1163-7 ve 1068
kodlu P.samia, MYD 1025 kodlu P.integrifolia, MYD 1616-2, 1089 kodlu P. pungens
var pungens, MYD 1236, 19277 kodlu P. pungens var hispida, MYD 1284, 1165 ve
1145 kodlu P. pungens var hirta), Gymnophlomis alt seksiyonunun 12 örneği (MYD
1371 kodlu P.armeniaca, MYD 1732 kodlu P. bruguieri, MYD 1727 kodlu P. syriaca,
MYD 1564 ve 1703 kodlu P. kurdica, MYD 1278 kodlu P. bruguieri, HD 6261 kodlu
P. angustissima, MYD 1334 ve 1689 kodlu P. capitata, MYD 1043 kodlu P. linearis,
MYD 1147-2 kodlu P. sintenisi, MYD 1668 kodlu P. nissolii) ve Phlomoides
seksiyonunun tek türü olan P. tuberosa’nın 5 örneği (MYD 1441-2, 1019-4, 1890-1,
1055-1 ve 10199 kodlu) de bu grupta yer almaktadır. İkinci grupta Dendrophlomis alt
seksiyonunun P. russeliana türüne ait; MYD 1497-7, 1718-1, 1863(3 örnek) kodlu, P.
furuticosa türüne ait; MYD 1166, 1451(3 örnek) kodlu, P. lunariifolia türüne ait; MYD
1526, 1537, 1539, 1535-3, 1671-1kodlu, P. grandiflora türüne ait MYD 1115, 1127-B,
1225, 1278-1, 1331, 2649-4 kodlu, P. viscosa türüne ait MYD 1170, 1184-1, 1186,
1188-2, 1190-2, 1728-1 kodlu, P. bourgaei türüne ait MYD 1002, 1173, 1272, 1507,
1678 kodlu, P. leucophracta türüne ait MYD 1017-2, 1228-2, 1670 kodlu, P. longifolia
türüne ait MYD 1058, 1061, 1069, 1070-3, 1724, 2008 kodlu, P. amanica türüne ait
1157-2, 1158-1, 1179(2 örnek), MYD 1723-1 kodlu, P. lycia türüne ait MYD 1006,
1280, 1508 kodlu, P. monocephala türüne ait MYD 1231, 1538 kodlu, P. chimerae
türüne ait MYD 1160, 1522, 1677, 4904 kodlu örnekler yer almaktadır. Ayrıca, ikinci
ana grupta Phlomoides seksiyonuna ait tek tür olan P. tuberosa’nın MYD 1441-2, 10194 ve 9, 1890-1, 1055-1 kodlu örnekleri de yer almaktadır (Şekil 3.5).
43
Morfolojik veriler kullanılarak Manhattan mesafesi formülünden elde edilen mesafe
matriksi üzerine kurulan filogenetik network incelendiğinde melezlerin atalarına göre
konumları şu gruplarda toplanabilir: (1) Melez atalarından birinin hemen yanında yer
almaktadır (MYD 1985-25 kodlu P. kurdica x oppositiflora, MYD 1985-10-B kodlu P.
kurdica x oppositiflora, MYD 1199 P. kurdica x linearis, MYD 1818 kodlu P. capitata
x nissolii, 1367 kodlu P. armeniaca x linearis, MYD 1529 kodlu P. leucophracta x
lunariifolia, MYD 1275-4 kodlu P. bourgaei x grandiflora, MYD 1541 kodlu P.
lunariifolia x monocephala, MYD 1276 kodlu P. bourgaei x grandiflora). (2) Melez
atalarının birisinin veya her ikisinin bulunduğu grupta yer almaktadır (MYD 1414 kodlu
P. kurdica x oppositiflora, MYD 1985-10-A kodlu P. kurdica x oppositiflora, MYD
1150-A-1 kodlu P. kurdica x capitata, MYD 1420 kodlu P. kurdica x capitata, MYD
1568-2 kodlu P. kurdica x nissolii, MYD 1415 kodlu P. linearis x oppositiflora, MYD
1925-4 kodlu P. nissolii x pungens, MYD 1201 kodlu P. linearis x oppositiflora, MYD
1606 kodlu P. kurdica x capitata, MYD 1958-24 kodlu P. physocalyx x oppositiflora,
MYD 1958-8 kodlu P. physocalyx x oppositiflora, MYD 1257 kodlu P. armeniaca x
nissolii, MYD 1264 kodlu P. armeniaca x carica, MYD 1749 kodlu P. capitata x
brunneogalata, MYD 1382 kodlu P. capitata x nissolii, MYD 1446 kodlu P. armeniaca
x nissolii, MYD 1589 kodlu P. bruguieri x brunneogalata, MYD 1585 kodlu P.
capitata x brunneogalata, MYD 1336 kodlu P. capitata x linearis, MYD 1675 kodlu P.
bourgaei x chimerae, MYD 1676 kodlu P. bourgaei x chimerae, MYD 1524 kodlu P.
bourgaei x chimerae, MYD 1530 kodlu P. leucophracta x lunariifolia, MYD 1505
kodlu P. grandiflora x lycia, MYD 1274 kodlu P. bourgaei x grandiflora, MYD 1504
kodlu P. bourgaei x lycia, MYD 1226 kodlu P. lunariifolia x monocephala, MYD 1282
kodlu P. grandiflora x lycia) (3) Melez atalardan birinin veya ikisininde yer almadığı
grupta bulunmaktadır (MYD 2736 kodlu P. armeniaca x nissolii, MYD 1595 kodlu P.
bruguieri x capitata, 1581 kodlu P. capitata x brunneogalata, MYD 1744 kodlu P.
bruguieri x capitata, MYD 1694 kodlu P. capitata x nissolii, MYD 1197 kodlu P.
kurdica x linearis, MYD 1542 kodlu P. leucophracta melezi, HD 4905 kodlu P.
bourgaei x lycia, MYD 1240 kodlu P. bourgaei x chimerae).
44
Şekil 3.1. Phlomis örneklerinde morfolojik verilere ait phylogram ağacı (parça 1)
45
Şekil 3.2. Phlomis örneklerinde morfolojik verilere ait phylogram ağacı (parça 2)
46
Şekil 3.3 Phlomis örneklerinde morfolojik verilere ait phylogram ağacı (parça 3)
47
Şekil 3.4. Phlomis örneklerinin morfolojik verilerinin Manhattan mesafe değerlerine göre
oluşturulmuş network analizi 1. Parça
48
Şekil 3.5 Phlomis örneklerinin morfolojik verilerinin Manhattan mesafe değerlerine göre
oluşturulmuş network analizi 2. Parça
3.2 Moleküler Bulgular
Morfolojik ölçümlerden sonra 193 örneğin DNA’ ları izole edilmiş ve seçilen 17 farklı
ISSR primeri ile ampilifikasyonları yapılmıştır. Bazı Phlomis tür/melezlerine ait
bantların agaroz jel görüntüsü Şekil 3.6 da verilmiştir. PCR da çoğaltıldıktan sonra
49
agaroz jelde yürütülen PCR ürünlerinin jel görüntüleri bantın varlık- yokluk durumuna
göre sırasıyla 1 ya da 0 olarak skorlanmıştır.
Şekil 3.6. 840 ISSR primeri ile ampilifikasyonu yapılan bazı DNA örneklerinin jel
görüntüleri, Marker görüntüsü
17 farklı ISSR primerinden toplam olarak 415 bant profili elde edilmiştir. Elde edilen
415 bantın tamamı polimorfik bantlardır. Çalışma sonucunda hiç monomorfik bant elde
edilmemiştir. Elde edilen 415 polimorfik bantın büyüklükleri 100-3000 baz çifti
arasında değişmektedir. ISSR primerlerinin polimorfik bant büyüklükleri ve sayıları
Tablo 3.1 de verilmiştir.
Tablo 3.1 ISSR primerleri ile elde edilen polimorfik bant sayıları ve büyüklükleri
Polimorfik
bant sayısı
17
24
26
22
Bant büyüklüğü (baz çifti)
810
814
811
815
Toplam bant
sayısı
17
24
26
22
818
822
823
824
24
21
23
26
24
21
23
26
100-900
200-1000
200-900
200-1200
826
827
835
836
840
841
27
28
24
27
24
28
27
28
24
27
24
28
150-1000
125-1500
100-1000
125-1200
125-2000
125-3000
842
844
848
23
23
28
23
23
28
125-900
125-1200
150-1300
ISSR primer
100-1500
200-1200
200-1500
200-1200
50
3.2.1 ISSR verilerine ait Phylogram ağacı
Çalışmada kullanılan 193 örneğin ISSR verilerinin phylogram ağacı Dice benzerlik
indeksine göre oluşturulmuştur. Phylogenetik ağaç oluşturulurken NTSYS versiyon
2.11 paket programı kullanılmıştır. NTSYS paket programı ile benzerlik indeksleri
bulunduktan sonra kümelemede aynı programın bir alt uygulaması olan SAHN
(UPGMA) programı kullanılmıştır. Phylogram ağacı Şekil 3.7, Şekil 3.8 ve Şekil 3.9’
da 3 parça halinde verilmiştir.
ISSR verileri kullanılarak dice benzerlik indeksinden elde edilen benzerlik matriksi
üzerine kurulan phylogram ağacı incelendiğinde 193 Phlomis örneği 2 ana grup altında
toplanmıştır. Her bir ana grup kendi içerisinde iki alt gruba ayrılmıştır. Phylogram ağacı
incelendiğinde Phlomis seksiyonunun altseksiyonu olan Dendrophlomis, Gymnophlomis
ve Oxyphlomis taksonlarının örnekleri ve Phlomoides seksiyonunun tek türü olan
Phlomis tuberosa’ nın örnekleri her iki ana grup içerisinde karışık olarak gruplanmıştır.
Phylogram ağacında oluşan ana gruplar ve alt gruplar Phlomis cinsinin Phlomis ve
Phlomoides olmak üzere iki alt seksiyona ayırımını desteklememektedir. Ayrıca, oluşan
ana gruplar ve alt gruplar Bentham’ın yaptığı [6] Phlomis seksiyonun Oxyphlomis
(pembe–mor çiçekli ve otsu bitkiler; P. Pungens P.samia P.integrifolia P.rigida),
Gymnophlomis (sarı çiçekli ve otsu; P. oppositiflora, P. armeniaca, P. nissolii, P.
linearis, P. physocalyx, P. capitata, P.kurdica, P.bruguieri, P.angusstusima,
P.kotshyana
P.sieheana,
P.sintenisii,
P.lanceolata,
P.syriaca,
P.carica,
P.brunneogaleata) ve Dendrophlomis (çalı; P. lycia, P. grandiflora, P. bourgaei, P.
chimerae, P. lunariifolia, P. grandiflora, P.
monocephala, P. leucophracta P.
furuticosa P. russeliana P. viscosa P. amanica) olmak üzere 3 alt seksiyona ayıran
gruplamasıyla uyumlu değildir. Birden fazla örneği olan Phlomis türlerinin örneklerinin
phylogram ağacında genel olarak türlerine özgün bir şekilde gruplanmadıkları
gözlenmiştir (Şekil 3.7).
ISSR verilerinin Dice benzerlik indekslerine göre hazırlanan phylogram ağacının
topolojisi incelendiğinde Phlomis melezlerinin ebeveynlerine göre yerleşimi şu
kategorilerde toplanabilir: (1) Melez ebeveynleri arasında yerleşmiştir. Bu yerleşme
ebeveynlerden biriyle fakat kardeş (sister) takson olmayacak şekildedir (MYD 1264
kodlu P.armeniaca x carica, MYD 1282 kodlu P.grandiflora x lycia, MYD 1336 kodlu
P.capitata x linearis, MYD 1504 kodlu P.bourgaei x lycia, MYD 1524 kodlu P.
51
bourgaei x chimerae, MYD 1600 kodlu P.kurdica x capitata, MYD 1676 kodlu
P.bourgaei x chimerae, MYD 1985 10-B kodlu P.kurdica x oppositiflora, MYD 195818 kodlu P.physocalyx x oppositiflora, MYD 1985 10-A kodlu kurdica x oppositiflora,
MYD 1958-24 kodlu P.physocalyx x oppositiflora, MYD 1367 kodlu P.armeniaca x
linearis).(2) Melez atalarından birine tabandan bağlanmıştır (MYD 1818 kodlu
P.capitata x nissolii, MYD 1749 kodlu P.capitata x brunneogaleata, MYD 1744-1
kodlu P.brugueri x capitata, MYD 1529 kodlu P.leucophracta x lunariifolia, MYD
1530 kodlu P.leucophracta x lunarifolia, MYD 1541 kodlu P.lunariifolia x
monocephala). (3) Melez atalarından birine kladistik olarak yakın bir şekilde
yerleşmiştir (MYD 1276 kodlu P.bourgaei x grandiflora,MYD 1275-1 kodlu
P.bourgaei x grandiflora, MYD 1274 kodlu P.bourgaei x grandiflora, MYD 1257
kodlu P.armeniaca x nissolii, MYD 1226 kodlu P.lunariifolia x monocephala). (4)
Melez diğer melezler/taksonlarla bir arada gruplanmıştır (HD 4905 kodlu P.bourgaei x
lycia, MYD 1581 kodlu P.capitata x brunneogaleata, MYD 1585 kodlu P.capitata x
brunneogaleata, MYD 1568-2 kodlu P.kurdica x nissolii, MYD 1420 kodlu P.kurdica x
capitata, MYD 1240 kodlu P.bourgaei x chimerae, MYD 1925-1 kodlu P.nissolii x
pungens, MYD 1505 kodlu P.grandiflora x lycia, MYD 1415 kodlu P.linearis x
oppositiflora, MYD 1414 kodlu P.kurdica x linearis, MYD 1382 kodlu P.capitata x
nissolii, MYD 1150-1 kodlu P.kurdica x capitata, MYD 1197 kodlu P.kurdica x
linearis, MYD 1199 kodlu P.kurdica x linearis, MYD 1201 kodlu P.linearis x
oppositiflora, MYD 1446 kodlu P.armeniaca x nissolii, MYD 1589 kodlu P.bruguieri x
brunneogaleata, MYD 1595 kodlu P.bruguieri x capitata, MYD 1694 kodlu P.capitata
x nissolii, MYD 1985-25 kodlu P.kurdica x oppositiflora, MYD 2736 kodlu
P.armeniaca x nissolii) (Şekil 3.8). Kodu MYD 1542 olan ve bir atası bilinmeyen
P.leucophracta melezi phylogram ağacında MYD 1535-3 kodlu P.lunariifolia ile kardeş
takson olarak yan yana yer alırken MYD 1541 kodlu P.lunariifloia x monocephala
melezi de bunlara tabandan bağlanmıştır. Kodu 1675 olan ve bir atası bilinmeyen
P.leucophracta melezi çalışmada MYD 1617-2 kodlu P.linearis ve MYD 1670 kodlu
P.leucophracta nın birbiriyle kardeş takson olarak yer aldıkları ve bunlara tabandan
bağlanan MYD 1671-1 kodlu P.lunariifolia ile birlikte oluşturdukları gruba tabandan
bağlanmıştır (Şekil 3.9).
52
1
3
6
2
7
9
8
12
15
17
18
16
21
23
22
13
14
19
20
4
5
11
10
24
26
25
28
29
27
30
31
35
32
33
34
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
53
52
54
55
56
60
58
59
62
63
64
66
67
65
100MW
0.30
0.46
0.62
0.78
Coefficient
Şekil 3.7. Phlomis örneklerinde ISSR verileri ile oluşturulan phylogram ağacı parça 1
0.94
53
68
57
61
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
90
91
89
115
116
117
119
120
121
118
126
122
123
124
125
127
131
130
132
133
134
137
135
136
128
129
138
144
148
139
140
141
145
146
147
149
154
150
151
152
153
155
100MW
0.30
0.46
0.62
0.78
Coefficient
Şekil 3.8. Phlomis örneklerinde ISSR verileri ile oluşturulan phylogram ağacı parça 2
0.94
54
156
157
158
159
142
143
92
93
94
95
96
97
99
100
101
102
104
103
105
106
107
108
109
112
113
110
111
114
183
184
185
189
186
187
188
190
191
192
193
98
174
175
176
177
178
179
180
181
182
160
171
172
173
161
162
163
169
170
164
165
166
167
168
100MW
0.30
0.46
0.62
0.78
Coefficient
Şekil 3.9. Phlomis örneklerinde ISSR verileri ile oluşturulan phylogram ağacı parça 3
0.94
55
3.2.2 ISSR verilerine göre hazırlanan Network analizi
ISSR verilerinin network analizi yapılırken; Dice benzerlik indeksleri 1’den çıkarılarak
genetik mesafeler hesaplanmıştır. Network analizleri de genetik mesafeler üzerine
kurulmuştur. Network oluşturulurken Splits Tree 4 (versiyon 4,13,1) programı
kullanılmıştır. ISSR verilerinin neigbour – network modeline uyumu yüksek olup
%99,69 ‘dur (fit=95.58, LSfit= 99.69). Network grafiğinin topolojisi incelendiğinde
network ün merkezinde bir nedeni retikülat olaylar da olan verideki uyumsuzlukları
gösteren çok sayıdaki paralel kenarlardan oluşan kutucuklar yer almaktadır. Benzer
şekilde, network grafiğinde oluşan grupların içerisinde de çok sayıdaki paralel
kenarlardan oluşan kutucuklar yer almaktadır. Bu bulgular araştırmada kullanılan
Phlomis örneklerinin uzak ve yakın tarihsel geçmişinde melezleşme gibi retikülat
olayların yer aldığını göstermektedir.
Network grafiği incelendiğinde 46 adet melez ve 36 farklı taksondan oluşan, 193 farklı
Phlomis örneğinin 10 farklı grup oluşturarak dağıldığı fakat bu grupların Phlomis alt
seksiyonlarına uyumlu olarak dağılmadığı görülmektedir. Gruplar incelendiğinde birden
fazla örneği olan Phlomis türlerinin örneklerinin genel olarak türlerine özgün bir şekilde
bir arada toplanmadığı görülmektedir. Gruplara genel olarak melezlerin yerleşimi
açısından bakıldığında melezlerin ya atalarından biriyle yan yana yer aldığı veya
atalarından birinin veya her ikisinin de bulunduğu grupta yer aldığı görülmektedir (Şekil
3.10 ve 3.11). Fakat az sayıda melezin atalarından birisinin veya her ikisinin de
bulunmadığı bir grupta yer aldığı da görülmektedir.
ISSR verileri kullanılarak Dice benzerlik indeksine göre elde edilmiş benzerlik
değerlerinin birden çıkartılmasıyla elde edilen genetik mesafe matriksi üzerine kurulan
Neighbour-net ağ (network) analizinde Phlomis melezlerinin ebeveyinlerine göre
yerleşimleri şu kategorilerde toplanabilir: (1) Melez atalarından birinin hemen yanında
yer almaktadır (MYD 1264 kodlu P. armeniaca x carica, MYD 1367 kodlu P.
armeniaca x linearis, MYD 1420 kodlu P. capitata x kurdica, MYD 1676 kodlu P.
bourgaei x chimerae, MYD 1568-2 kodlu P. kurdica x nissolii, MYD 1600 kodlu P.
kurdica x capitata, MYD 1541 kodlu P. lunariifolia x monocephala, MYD 1749 kodlu
P. capitata x brunneogalata, MYD 1818 kodlu P. capitata x nissolii, MYD 1958-24
kodlu P. physocalyx x oppositiflora, MYD 1985-10-A P. kurdica x oppositiflora,
56
MYD 1958-18 kodlu P. physocalyx x oppositiflora, MYD 1985-10B kodlu P. kurdica x
oppositiflora, MYD 1524 kodlu P. bourgaei x chimerae, MYD 1530 kodlu P.
leucophracta x lunariifolia, MYD 1529 kodlu P. leucophracta x lunariifolia, MYD
1504 kodlu P. bourgaei x lycia, MYD 1694 kodlu P. capitata x nissolii, MYD 1744-1
kodlu P. bruguieri x capitata) (2) Melez atalarının birisinin veya her ikisinin bulunduğu
grupta yer almaktadır (MYD 1226 kodlu P. lunariifolia x monocephala, MYD 1257
kodlu P. armeniaca x nissolii, MYD 1240 kodlu P. bourgaei x chimarea, MYD 1274
kodlu P. bourgaei x grandiflora, MYD 1275-1 kodlu P. bourgaei x grandiflora, MYD
1276 kodlu P. bourgaei x grandiflora, MYD 1282 kodlu P. grandiflora x lycia, MYD
1336 kodlu P. capitata x linearis, MYD 1415 kodlu P. linearis x oppositiflora, MYD
1414 kodlu P. kurdica x linearis, MYD 1382 kodlu P. capitata x nissolii, MYD 1585
kodlu P. capitata x brunneogalata, MYD 1581 kodlu P. capitata x brunneogalata,
1595 kodlu P. bruguieri x capitata, MYD 1985-25 kodlu P. kurdica x oppositiflora,
MYD 1446 kodlu P. armeniaca x nissolii, MYD 1505 kodlu P. grandiflora x lycia,
MYD 1925-1 kodlu P. nissolii x pungens). (3) Melez atalardan birinin veya ikisinin de
yer almadığı grupta bulunmaktadır (MYD 1197 kodlu P. kurdica x linearis, MYD 1199
kodlu P. kurdica x linearis, MYD 1201 kodlu P. linearis x oppositiflora, MYD 1589
kodlu P. bruguieri x brunneogalata, HD 4905 kodlu P. bourgaei x lycia, MYD 2736
kodlu P. armeniaca x nissolii) (Şekil 3.10 ve 3.11 ).
Bir atası belirlenmemiş olan ve diğer atasının P.leucophracta olduğu bilinen MYD
1675 ve 1542 kodlu P.leucophracta melezleri network grafiğinde incelendiğinde MYD
1542 P.leucophracta melezi, MYD 1541 kodlu P.leucophracta x monocephala ile
1535-3 kodlu P.lunariifolia arasında yer almıştır. MYD 1675 kodlu P.leucophracta
melezi ise MYD 1670 P.leucophracta’ nın hemen bir yanında yer almış ve MYD 1670
P.leucophracta’ nın diğer yanında ise MYD 1671-1 kodlu P.lunariifolia yer almıştır.
Bu bulgular MYD 1675 ve 1542 kodlu P.leucophracta melezlerinin ikinci atasının
P.lunariifolia olduğu yönünde güçlü destek sunmaktadır (Şekil 3.10 ve 3.11 ).
57
Şekil 3.10.
Phlomis örneklerinde ISSR verilerine ait neighbour- network
analizi (1. parça)
58
Şekil 3.11.
Phlomis örneklerinde ISSR verilerine ait neighbour- network analizi (2.
parça)
59
4. BÖLÜM
TARTIŞMA VE SONUÇ
4.1. TARTIŞMA
Ülkemizde Lamiaceae familyası 45 cins, 565 tür ve toplam 765 taksonla temsil
edilmektedir. Endemizm oranı % 45 olarak tespit edilmiştir [4]. Lamiaceae familyasının
içerisinde yer alan Phlomis cinsi Dadandı (2002)’nın “Türkiye’nin Phlomis L.
(Lamiaceae) Cinsi Revizyonu” adlı doktora tezinde 39 tür ve tür altı, ve 19 melezle
toplamda ise 58 takson ile sınıflandırılmıştır. Phlomis cinsinin endemizm oranı % 58,8
gibi yüksek bir orana sahiptir [3]. Bu durum Anadolu’nun gen merkezlerinden biri
olmasından kaynaklanmaktadır. Phlomis cinsinin 19 meleze sahip olması bu cinste
melezleşmenin oldukça yüksek olduğunun göstergesidir.
Yüzbaşıoğlu ve arkadaşlarının yapmış olduğu çalışma sonucunda P. x termessi’nin
morfolojik ve moleküler olarak atalarının arasında yer aldığı gözlenmiştir [22].
Çalışmada görülmüştür ki gerek morfolojik gerekse moleküler olarak melezler ata türler
arasında bir mozaik oluşturmuştur.
Bu çalışmada Phlomis cinsine ait 46 adet melezin ataları ile ilişkisi 24 farklı karakterde
morfolojik olarak ve ISSR metodu ile moleküler olarak incelenmiş ve görülmüştür ki
bazı melezler atalarının ikisi arasında yer almış ya da en az birine bağlanmıştır. Bazı
melez bireyler de atalarından farklı olarak diğer tür ya da melezler ile bağlanmıştır.
Phlomis seksiyonu, sarı çiçekli ve otsu Gymnophlomis alt seksiyonu, odunsu
Dendrophlomis alt seksiyonu, pembe–mor çiçekli ve otsu bitkilerden oluşan
Oxyphlomis alt seksiyonu olmak üzere 3 alt seksiyona ayrılmaktadır [6]. Yapılan bu
araştırmada gerek morfolojik gerekse moleküler verilerden elde edilen phylogenetik
ağaçlarda bu ayrıma göre bir dağılma olmadığı görülmektedir. Hem morfolojik veriler
60
hem de ISSR verileri kullanılarak hazırlanan Phylogram ağaçlarının her birinde Phlomis
taksonları ve melezlerinin 2 ana gurupta toplandığı fakat bu dağılımın Phlomis alt
seksiyonlarına göre olmadığı görülmüştür (Şekil 3.1,3.2,3.3).
Morfolojik verilere göre oluşturulan ağaçta melezlerin bazılarının bir atasına kladistik
olarak yakın yer aldığı bazılarının ise atalarından birisiyle kardeş takson olduğu ama
melezlerin çoğınluğunun ise atalarından uzakta yer aldığı ve diğer türler ve melezlerle
gruplandığı görülmüştür. MYD 1199 kodlu P.kurdica x linearis; MYD 1367 kodlu P.
armeniaca x linearis; MYD 1420 kodlu P. kurdica x capitata; MYD 1150-A-1 kodlu P.
kurdica x capitata; MYD 1226 kodlu P. lunariifolia x monocephala; MYD 1264 kodlu
P. armeniaca x carica; MYD 1446 kodlu P. armeniaca x nissolii; MYD 1524 kodlu P.
bourgaei x chimerae; MYD 1541 kodlu P. lunariifolia x monocephala; MYD 1568-2
kodlu P. kurdica x nissolii; MYD 1585 kodlu P. capitata x brunneogaleata; MYD 1581
kodlu P. capitata x brunneogaleata; MYD 1676 kodlu P.bourgaei x chimerae; MYD
1694 kodlu P. capitata x nissolii; MYD 1925-1 kodlu P. nissloii x pungens; MYD 1197
kodlu P. kurdica x linearis; MYD 1240 kodlu P. bourgaei x chimerae; MYD 1257
kodlu P. armeniaca x nissolii; MYD 1274 kodlu P. bourgaei x grandiflora; MYD 1282
kodlu P. grandiflora x lycia; MYD 1336 kodlu P.capitata x linearis; MYD 1382 kodlu
P.capitata x nissolii; MYD 1414 kodlu P.kurdica x linearis; MYD 1505 kodlu
P.grandiflora x lycia; MYD 1595 kodlu P.bruguieri x capitata; MYD 1600 kodlu
P.kurdica x capitata; MYD 1744-1 kodlu P.bruguieri x capitata; MYD 1749 kodlu
P.capitata x brunneogaleata; MYD 1985-10-B kodlu P.kurdica x oppositiflora; MYD
1958-18 kodlu P.physocalyx x oppositiflora; MYD 1985-10-A kodlu P.kurdica x
oppositiflora; MYD 1958-24 kodlu P.physocalyx x oppositiflora; HD 4905 kodlu
P.bourgaei x lycia; MYD 1542 kodlu P.leucophracta melezi; MYD 1589 kodlu
P.bruguieri x brunneogaleata; MYD 1585 kodlu P.capitata x brunneogaleata; MYD
1675 kodlu P. leucophracta melezi melezleri atalarından farklı gruplanmıştır (Şekil 3.1,
3.2, 3.3 ).
Morfolojik verilere ait neighbour- network analizinde Phlomis tür ve melezlerinin genel
olarak 2 ana grupta toplandığı görülmüş ve birinci grupta genellikle Gymnophlomis alt
seksiyonuna ait örneklerin yer aldığı ikinci grupta ise genellikle Dendrophlomis alt
seksiyonuna ait türlerin yer aldığı görülmüştür. Oxyphlomis alt seksiyonu örnekleri ise 2
grupta da bulunmuştur (Şekil 3.4 ve 3.5).
61
P.kurdica x linearis MYD 1197 ve P.bruguieri x capitata MYD 1595 melezleri hem
morfolojik hem de moleküler phylogram ağaçlarında atalarından bağımsız dallanmıştır (
Şekil 3.1, 3.2, 3.3 ve 3.7, 3.8, 3.9).
ISSR verilerine ait neighbour- network analizi incelendiğinde melezlerin ataları ile
aralarında ilişki oldukça açık görülmektedir. Melezler ataları ile genellikle bir veya
birkaç kutucuk, paralel ile bağlandığı bazılarının atalarının arasında yer aldığı
görülmüştür. Araştırmada kullanılan melezlerin 9 tanesinin atalarından birinin hemen
yanında yer almış olduğu, 28 tanesinin atalarının birisinin veya her ikisinin bulunduğu
grupta yer almış olduğu ve 9 tanesinin ise atalarından ikisininde bulunmadığı grupta
yer almış olduğu gözlenmiştir.
MYD 1529 ve 1530 kodlu P.leucophracta x lunarifolia melezlerinin ataları aynı
olmakla birlikte MYD 1526 P.lunairifolia ve MYD 1527 P.leucophracta atalar birbiri
ile aynı kutucuğun farklı kenarlarına bağlanmıştır. Melez de ataların kutucuğuna bir
kutucuk ile bağlanarak yanlarında yer almıştır (Şekil 3.10 ve 3.11 ).
Bir atası bilinmeyen MYD 1542 kodlu P.leucophracta melezi ISSR verileri ile
oluşturulan filogenetik ağaçta MYD 1535-3 kodlu P.lunariifolia ile kardeş takson
olarak yan yana yer alırken MYD 1541 kodlu P.lunariifloia x monocephala melezi de
bunlara tabandan bağlanmıştır. Morfolojik verilere ait phylogenetik ağaçta ise MYD
1585 P.capitata x brunneogaleata ve MYD 1589 P.bruguieri x brunneogaleata ile aynı
dal üzerinde bir grup oluşturmuştur (Şekil 3.1, 3.2 ve 3.3 ). Morfolojik veriler ile
düzenlenen network analizinde ise Gymnophlomis alt seksiyonuna ait türler arasında yer
almıştır (Şekil 3.4 ve 3.5 ). ISSR verilerine göre düzenlenmiş neighbour- network
analizinde
ise
phylogram
ağacına
paralellik
göstererek
MYD
1541
kodlu
P.leucophracta x monocephala ile MYD 1535-3 kodlu P.lunariifolia arasında yer
almıştır. (Şekil 3.10 ve 3.11 ).
Bir atası bilinmeyen diğer melez örneği MYD 1675 P.leucophracta melezi ISSR
sonuçları ile yapılmış phylogenetik ağaçta MYD 1617-2 P.linearis, MYD 1670
P.leucophracta ve MYD 1671-1 P.lunariifolia ile bir gurup oluşturarak yan yana yer
almıştır (Şekil 3.7, 3.8 ve 3.9). Morfolojik verilere ait ağaçta ise MYD 1179-8
P.amanica ile aynı dala bağlanarak, MYD 1186 P.viscosa ile aynı grupta yer alarak
62
tabandan bağlanmıştır (Şekil 3.1, 3.2 ve 3.3 ). ISSR verilerine ait neighbour-network
analizinde moleküler ağaca paralel olarak MYD 1670 P.leucophracta’ nın hemen bir
yanında yer almıştır (Şekil 3.10 ve 3.11). Morfolojik veriler ile oluşturulan network
analizinde ise Dendrophlomis alt seksiyonu üyeleri arasında yer almıştır. ISSR verileri
üzerine kurulu olan filogenetik ağaçtan ve network grafiğinden elde edilen bu bulgular
MYD 1675 ve 1542 kodlu P. leucophracta melezlerinin ikinci atasının P.lunarifolia
olabileceği yönünde güçlü destek sunmaktadır
Filogenetik
ağaçlar,
genellikle
melezleşme
gibi
evrimsel
olayları
açıklığa
kavuşturmakta yetersiz kalırlar ve tutarsız sonuçlar gösterebilirler. Bu sebeple çalışmada
network analizi de yapılmıştır. Network analizleri morfolojik verilere göre hazırlanan
filogenetik ağaçtan kısmen farklılık gösterse de genel olarak benzer sonuçlar ortaya
çıkarmıştır.
Bu çalışmada 46 adet melez 36 farklı taksondan oluşan toplam 193 Phlomis örneğinin
morfolojik açıdan bakıldığında Manhattan mesafeleri kullanılarak oluşturulan
filogenetik ağaçta tüm tür ve melezlerde bir gruplaşma görülmediği ve değişkenlik
gösterdiği açıkça görülürken morfolojik network analizinde bunun tam tersine alt
seksiyonlarına göre ayrılan aynı türlerin bir arada yer aldığı görülmüştür. Melezlerin
ataları ile olan ilişkisi incelendiğinde hem filogenetik ağaçta hem de network grafiğinde
bazı melezler, atalardan en az birine bağlanırken bazıları atası olmayan bir tür ya da
başka bir melezle bir arada yer almıştır. Örneğin MYD 1415 kodlu P. linearis x
oppositiflora melezi atası 1961 P.oppositflora ile bağlanırken, 1985-25 P.kurdica x
oppositiflora melezi atası olmayan 1932-7 P.nissolii ile bağlanmıştır (Şekil 3.2).
Evren Ö.H. (2012) yüksek lisans tezinde Phlomis kurdıca ve Phlomis opposıtıflora
türlerinde tür içi genetik varyasyonu araştırmış ve Phlomis x melitenense’ nin
(Lamiaceae) melezliğini moleküler yönden incelemiş ve çalışmasında hem ISSR hem
de RAPD markerlarını kullanmıştır. Araştırmada kullanılan ISSR primerlerinden elde
edilen bant sayısı 651 olup, bu bantlardan yalnız 1 tanesi monomorfiktir [26]. Benzer
bir şekilde Wright (2007) Hawai’de üç ISSR primeri ile 287 Metrosideros polymorpha
Gaudich. türünü genetik olarak incelemiş, 111 bant profili elde etmiş ve elde ettiği 111
bantın da polimorfik olduğunu belirtmiştir [72].
63
Bu çalışmada ISSR marker’ları ile oluşturulan bant profiline bakıldığında toplam bant
sayısının 451 ve bantların %100 polimorfik olduğu görülmüştür. Hiç monomorfik banda
rastlanmamıştır ve bu açıdan elde edilen bulgular önceki iki aratırmanın sonuçlarıyla
paralellik göstermektedir.
Öztoprak F. (2015) yüksek lisans tezinde kloroplast DNA analizi ile Phlomis L.
(Lamiaceae) cinsine ait türler arasındaki doğal hibridizasyonu incelemiş ve
çalışmasında benzer olarak filogram ağacı ve neighbour- network analizine yer
vermiştir. Çalışma sonuçları büyük ölçüde paralellik gösterirken filogenetik ağaçlar ve
network analizleri büyük ölçüde birbirini desteklemiştir [28].
4.2 SONUÇ
Sonuç olarak Phlomis cinsine ait 46 adet melez ve 36 farklı taksonda melezleşme ve
genetik ilşki ISSR yöntemi ve morfolojik özellikler bakımından incelenmiş olup, elde
edilen morfolojik ve moleküler filogenetik ağaçlarda ve yine morfolojik ve moleküler
filogenetik networklerde örneklerin alt seksiyonlara uygun bir gruplanma göstermediği
görülmüştür. Network analizlerinde melez örneklerin büyük bir kısmının atası kabul
edilen türlerin hemen yanında veya onların bulunduğu grupta yer aldıkları gözlenirken
bir kısmının ise başka türler ve melezler ile bir arada gruplandıkları gözlenmiştir.
Network analizleri araştırmada kullanılan Phlomis örneklerinin evrimsel tarihinde
retikülat olayların olduğuna işaret etmektedir. Phlomis taksonlarının gruplanması
bakımından filogenetik ağaç ve filogenetik network analizleri benzerlik göstermekte ve
morfolojik ve moleküler sonuçlar da büyük oranda paralellik göstermektedir.
Melezleşmenin açıklanmasında filogenetik network filogenetik ağaca göre daha başarılı
sonuçlar vermiştir. Sonuçlar bir atası bilinmeyen 1675 ve 1542 kodlu P. leucophracta
melezinin hem filogenetik hem de network analizinde 1535-3 P. lunarifolia türü ile yan
yana yer aldığı, ISSR verilerinin network analizinde bu tür ile aynı kutucuk üzerinde yer
alarak diğer atası olabileceğini düşündürmektedir.
64
KAYNAKLAR
1. Azizian, D., Moore, D. M., 1982. Morphological and palynologial studies in Phlomis
L.,Erumostachys Bunge and Paraphlomis Prain (Labiateae). Botanical Journal
of Linnean Society, Vol. 185: 225-248.
2. Huber-Morath, A.,1982. Phlomis L. In Flora of Turkey and East Aegean Islands,
Davis, P. H. (Ed), Edingburg Univ. Press., Vol.7, Edinburg. 1982, Pp. 102-126.
3.Dadandı, M. Y., 2002. Türkiye’nin Phlomis L. (Lamiaceae) Cinsi Revizyonu,
Doktora Tezi, Gazi Üniversitesi, Ankara.
4. Davis, P.H., Mill, R.R., Tan, K., 1988. Flora of Turkey and East Aegean Islands
Supplement I, Davis P. H.(Ed) Edinburg Univ. Press., Vol. 10, Edinburg, Pp;
474-505.
5 .Moench, C., 1794. Methods Plantas Horti Botanici et Agri Marburgensis a Stramium
Situ Describendi. Marburgi Cattorum, Marburg, Germany.
6. Bentham, G., 1834. Labiatarum Genera et species, London, p:323-644.
7. Baytop. T., 1994. Türkçe Bitki Adları Sözlüğü, Türk Dil Kurumu Yayınevi 578,
Ankara.
8. Coombes, A. J., 2002. Plant Names The A to the Z, Timber Press, USA,Pp. 312.
9. Baytop. T., 1984. Türkiye’de Bitkilerle Tedavi, İst. Üniv. Yay., No. 3255, İstanbul.
10. Baytop, T., 1999. Therapy with Medicinal Plants in Turkey, Past and Present, 2nd
ed, Nobel Tıp Basımevi, İstanbul, Turkey, ISBN: 9754200211, 193 p.
11. Gürbüz, I., Üstün O., Yeşilada, E., Sezik, E., Kutsal, O., 2003. Anti-ulcerogenic
activity of some plants used as folk remedy in Turkey, Journal of
Ethnopharmacolgy, Vol 88, no: 1: 93-97.
12. Seçmen, Ö., Gemici, Y., Görk, G., Behçet, L., Leblebici, E., 2004. Tohumlu Bitkiler
Sistematiği, Ege Üniversitesi Basımevi, İzmir, 582.1, s : 276.
13. Hedge, I.C., 1986. Labiatae of south-west Asia: diversity, distribution and
endemism. Proceedings of the Royal Society of Edinburg, Vol. 89B, 23-35.
14. Arnold, M. L., 1997. Natural Hybridisation and Evolution. Oxford Universty Press,
New York, New York, USA.
65
15.Rieseberg, L. H., Carney, S. E., 1998.Tansley Review No. 102 Plant Hybridization,
New Phytologist. 140, 599-624.
16.Burke, J.M., 2000. Hybrids and Hybridization, Plant Sciences for Students,
Macmillan, USA, New York. Pp: 32-35.
17. Paun, O., Forest, F., Fay, M. T., Chase, M. W., 2009. Hybrid speciation in
angiosperms: Parental divergence drives ploidy, New Phytologist, 182: 507518.
18. Seehausen, O., 2004. Hybridization and adaptive radiation. Trends in Ecology and
Evolution, 19(4): 197-207.
19. Whitham, T. G., Martinsen, G. D., Floate, K. D., Dungey, H. S., Potts, B. M., Keim,
P., 1999. Plant hybrid zones affect biodiversty; tools for a genetic-based
understanding of community structure. Ecology 80: 416-428.
20. Albaladejo, R.G., A guilar, J.F., Aparicio, A., Feliner, N.G., 2005. Contrasting
nuclear-plastidial phylogenetic patterns in the recently diverged Iberian Phlomis
crinita and P. lychnitis lineaces (Lamiaceae), Taxon, 54(4):987-998.
21. Pan, Y.Z., Fang, L.Q., Hao, G., Cai, J., Gong, X., 2009. Systematic positions of
Lamiophlomis and Paraphlomis (Lamiaceae) based on nuclear and chloroplast
sequences, Journal of Systematics and Evolution, 47, 535-542
22. Yüzbaşıoğlu, E., Dadandı, M. Y., 2008. Phylogenetic relationship among species of
the subsection Dendrophlomis Bentham, Electronic Journal of Biotechnology,
Vol.11, No:4, 1-9.
23. Yüzbaşıoğlu, E., Dadandı, M.Y., Özcan, S., 2008. Natural hybridization between P.
lycia D. Don x P. bourgaei Boiss., (Lamiaceae) revealed RAPD markers,
Genetica, 133, 13-20.
24. Dadandı, M.Y., Yüzbaşıoğlu, E., Duman, H., Özcan, S., P. x termesi P.H. Davis (P.
bourgaei Boiss. x lycia D. Don) Taksonunun Morfolojik ve Moleküler
Yöntemlerle İncelenmesi, XVII. Ulusal Biyoloji Kongresi, 21-24 Haziran 2004,
Adana, 5. Seksiyon, pp.94
66
25. Yüzbaşıoğlu, E., Dadandı, M. Y., Özcan, S., 2009. Estimation of phylogenetic
relationship of Phlomis species based on seed protein polymorphism. Electronic
Journal of Biotechnology, ISSN: 0717-3458, Vol. 12 No. 2. Pp. 1-9.
26. Evren, Ö. H., 2012. Phlomis kurdica ve P. oppositiflora Türlerinde Tür İçi Genetik
Varyasyonun Belirlenmesi ve P. x melitenense’nin Melezliğinin Moleküler
Yönden İncelenmesi. Akdeniz Üniversitesi, Yüksek Lisans Tezi, Antalya, 191 s.
27. Sezer, G., 2012. Phlomis physocalyx ve P. oppositiflora Türlerinde Tür İçi Genetik
Varyasyonun Moleküler Düzeyde Belirlenmesi. Erciyes Üniversitesi, Yüksek
Lisans Tezi, Kayseri, 243 s.
28. Öztoprak, F., 2015. Kloroplast DNA Analizi ile Phlomis L. (Lamiaceae) Cinsine Ait
Türler Arasındaki Doğal Hibridizasyonun İncelenmesi. Erciyes Üniversitesi,
Yüksek Lisans Tezi, Kayseri, 110 s.
29. Reddy, M. P., Sarla, N., Siddiq, E. A., 2002. Inter simple sequence repeat (ISSR)
polymorphism and its application in plant breeding. Euphytica 128: 9-17.
30. Wang, G., Mahalingan, R., Knap, H. T., 1998. (C-A) and (G-A) anchored simple
sequence repeats (ASSRs) generated polymorphism in soybean, Glycine max
(L.) Merr. Theoretical and Applied Genetics, 96: 1086-1096
31. Wang, H. Z., Wu, Z. X., Lu, J. J., Shi, N. N., Zhao, Y., Zhang, Z. T., Liu, J. J., 2008.
Molecular diversity and relationships among Cymbidium goeringii cultivars
based on inter-simple sequence repeat (ISSR) markers. Genetica 136(3): 391399.
32. Carrodus, S. K., 2009. Identification and the Role of Hybridisation in New Zealand
Pittosporum, Yüksek Lisans Tezi, The Universty of Waikato, Yeni Zelanda, 150
p.
33. Metcalfe, C.R., Chalk., L., 1950. Anatomy of the Dicotyledones. Oxford Univesrty
Press, Londra, 2, 1041 pp.
34. Güner, A., Aslan, S., Ekim, T., Vural, M., Babaç, M. T. (edlr), 2012. Türkiye
Bitkileri Listesi (Damarlı Bitkiler), Nezehat Gökyiğit Botanik Bahçesi ve Flora
Araştırmaları Derneği Yayını, İstanbul.
67
35. Ekim, T., Koyuncu, M., Vural, M., Duman, H., Aytaç, Z., Adıgüzel, N., 2000. Red
Data Book of Turkish Plants (Pteridophyta and Spermatophyta). TTKD and Van
Centennian Universty Press, Ankara, Turkey, ISBN: 975-93611-0-8: 100-171.
36. Taylor, J. M., 1998. Phlomis, the Neglected Genus, a Guide for Gardeners and
Horticulturists.National Council for the Conservation of Plants and Gardens,
Colouster, England. ISBN: 0953241300, Pp. 387.
37. Aparicio, A., Albaladejo, R. G., Porras, M., Ceballos, G., 2000. Isozyme evidence
for natural hybridisation in Phlomis (Lamiaceae): Hybrid origin of the Rare P. x
margaritae, Annals of Botany, 85: 7-12.
38. Demirci, B., Başer, K. H., Dadandı, M. Y., 2004. Composition of the Essential Oils
Phlomis rigida Labill. And P. samia L. 35th International Symposium on
Essential Oils (USEO2004), Pp.133, September29-October2, Messina, Italy.
39. McDade, L. A., 1992. Hybrids and phylogenetic systematics II: The impact of
hybrids on cladistic analyses, Evolution, (46)5: 1329-1346.
40. Karcıcıo, M., 2006. Analysis of Genetic Diversity in Landraces of Macoroni Wheat
(Triticum durum Desf.) by RAPD Technique, Doktora Tezi, Hacettepe
Üniversitesi, Ankara.
41. Moritz, C., Hillis, D.M., 1990. Molecular Systematics: Context and Controversies,
Sinauer Associates, Inc. Sunderland, Massachusetts, USA, Pp. 1-16.
42. Williams, J. G. K., Kubelik, A. R., Livak, K. J., Rafalski, J. A., Tingey S. V., 1990.
DNA polymorphism amplified by arbitrary primers are useful as genetic
markers, Nucleic Acids Research 18: 6231-6235.
43. Özcan, S., Gürel, E., Bababoğlu, M., 2004. Bitki Biyoteknolojisi II Genetik
Mühendisliği ve Uygulamaları, Selçuk Üniversitesi, Konya.
44. Khan, S., Spoor, W., 2001. Use of molecular and morphologic markers as a quality
control in plant tissue culture. Pakistan Journal of Biological Sciences 4/4:
479-482.
45. Bretting, P. K., Widrlechner, M. P., 1995. Genetic markers and horticultural
germplasm management, Hortscience, 30(7), 1329 – 1356.
68
46. Weising, K., Nybom, H., et al., Wolffe, K., Meyer, W., 1995. DNA fingerprinting in
plants and fungi, CRC Press, Pp. 12 – 13, Boca Raton, FL.
47. Staub, J. E., Serquen, F. C., Gupta, M., 1996. Genetic markers map construction and
their application in plant breeding. Hortiscience 31: 729-741.
48.Kephart, S. R., 1990. Starch electrophoresis of plant isozymes, a comparative
analysis of thecniques, American Journal of Botany, 77, 693-712.
49. Tanksley, S. D., 1983. Molecular markers in plant breeding. Plant Molecular
Biology Reporter, 11, 3-8.
50. Joshi, S. P., Gupta, V. S., Aggarwal R. K., Ranjekar, P. K., Brar, D. S., 2000.
Genetic diversity and phylogenetic relationship as revealed by inter simple
sequence repeat (ISSR) polymorphism in the genus Oryza,Theoretical and
Applied Genetics, 100: 1311-1320.
51. Wolf, A. N. D., Liston, A., 1998. Contributions of PCR Based Methods to Plant
Systematics, Molecular Systematics of Plants II. Chopman and Hall, New York,
33-86
52. Kesawat, M. S., Das, B., K., 2009. Molecular Markers: It’s application in crop
improvement, Journal of Crop Science and Biotechnology 12(4):169-181.
53. Filiz. E., Koç. İ., 2011. Bitki biyoteknolojisinde moleküler markörler, GOÜ, Ziraat
Fakültesi Dergisi, 28(2), 207-214.
54. XU, D. H.., Kanazawa, J. A.A., Gai, J.Y., and Shimamoto, Y., 2001. Identification
sequence variations by PCR-RFLP, and its application to the evolution of
cpDNA diversty in wild and cultivated soybeans,Theoretical and Applied
Genetics, 102(5): 683-688.
55. Gupta, P. K., Chyi, Y.-S.,Romero-Severson, J., Owen, J. L., 1994. Amplification of
DNA markers from evolutionary diverse genomes using simple primers of
simple sequence repeats, Theoretical and Applied Genetics, 89, 998-106.
56. Ergül, A., 2000. Asmalarda (Vitis vinifera L. Cvs) Genomik DNA Parmakizi
Analizleri ile Moleküler Karakterizasyon, Doktora Tezi. Fen Bilimleri Enstitüsü,
Bahçe Bitkileri Anabilim Dalı, Ankara Üniversitesi, Ankara.
69
57. Vos, P., Hogers, R., Bleeker M., 1995. AFLP a new technique for DNA fingerprint,
Nucleic Acids Research, 23: 4407-4419.
58. Walton M., 1993. Molecular markers: Which ones to use?,Seed World, July, 23 –
29
59. Backeljau, T., Bruyn, L. D., Wolf, H. D., Jordaens, K., Dongen, S. V., Verhagen, R.,
Winnepenninckx, B., 1995. Random amplified polymorphic DNA (RAPD) and
parsimony methods, Cladistic, 11, 119-130.
60. Paran, I., Michelmere, R.W., 1993. Development of reliable PCR-based markers
linked to downy mildew resistance genes in lettuce, Theorotical and Applied
Genetics, 85, 985-993.
61. Alvarez, I., Wendel, J. F., 2003. Nuclear ribosomal spacer regions in plant
phylogenetic inference, Molecular Phylogenetics and Evolution, 29, 417-434.
62. Poczai, P., Hyvönen, J., 2010. Nuclear ribosomal spacer regions in plant
phylogenetics: Problems and prospects, Molecular Biology Reporter, 37, 18971912.
63. Baldwin, B. G., Sanderson, M. J., Porter, J . M., 1995. The ITS region of nuclear
ribosomal DNA: a valuable source of evidence on angiosperm phylogeny,
Annals of the Missouri Botanical Garden 82: 247-277.
64. Poczai, P., Hyvönen, J., 2010. Nuclear ribosomal spacer regions in plant
phylogenetics: Problems and prospects, Molecular Biology Reporter, 37, 18971912.
65. Gupta, P. K., Chyi, Y.-S.,Romero-Severson, J., Owen, J. L., 1994. Amplification of
DNA markers from evolutionary diverse genomes using simple primers of
simple sequence repeats, Theoretical Applied Genetics, 89, 998-106.
66. Karslı, T., Karabağ, K., vd. DNA Marker Yöntemleri ve Hayvancılıkta Kullanımı,
100. Yıl Üniversitesi, Van, II. Ulusal Zootekni Öğrenci Kongresi, Mayıs 2006.
67. Godwin ID, Aitken AB, Smith L. W., 1997. Application of inter simple sequnece
repeat (ISSR) markers to plant genetics, Electrophoresis, 18, 1524-1528.
70
68. Parker, L., Bordolla, P., Colova, V., 2005. Tracing the pedigree of cynthiana grape
by DNA microsatellite markers. Proceedings of the Florida State
Horticultural Society 118: 200-204.
69. Moreno, S., Martian J. P., Ortiz, J. M., 1998. Inter-simple sequence repeats PCR for
characterization of closely related grapevine germplasm, Euphytica 101: 117125.
70. F. James Rohlf, NTSYSpc Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis
System Version 2.2 2009 by Applied Biostatistics Inc., 10 Inwood Road, Port
Jefferson, New York 11777.
71. Huson, D. H., Bryant, D., 2006. Application of phylogenetic networks in
evolutionary studies, Molecular Biology and Evolution, 23(2):254-267.
72. Wright, M. E., 2007, B.S. Brigham Young University, Thesis of Master, USA
71
EKLER
EK 1. Phlomis örneklerinde incelenen morfolojik karakterlere ait ölçüm değerleri
Örnek
no.
A
B
C
D
G
H
I
J
1
2
6,2
16 16
16
6
2,1
2,5
2
2
4
14 15
16
4
1,5
2
3
3
7
24 24
24
6,5
4
2,5
4
4
7,5
30 30
30
5
5
6
26 26
26
6
3
4
10 10
10
7
3
5,5
24 24
24
8
3
6,5
10 10
10
9
3
5
10
4
4,5
8
11
3
2,5
24 24
24
12
2
8
24 24
24
13
2
2,5
8
8
14
3
5,5
12 12
12
15
2
8,7
24 24
24
16
2
3,5
6
6
17
2
5
18 18
18
7
2
2,5
18
1
18 18
18
6
2,2
19
5
2,3
6
6
6
12
3,9
20
3
3
6
6
6
21
3
3
8
8
8
22
8
5,5
15 15
15
23
4
3
8
8
8
4
1
2
5
24
3
8,5
6
6
6
21
15
20
13
25
3
3
6
7
8
11
2,5
8
26
3
5
6
7
8
27
1
28
4
29
6
30
1
31
2
32
8
8
6
8
K
Q
R
S
T
U
V W X
Y
Z
1
0,5
0,5
1,5
2,6
2
2
2
1
2
1
0,5
0,2
1,2
0,5
2
2
2
1
2
3
1,7
0,6
1,2
2,2
3,2
2
2
2
1
3
4
1,2
1,1
0,3
0,4
0,8
1,5
1
1
1
1
1
5
3
1
0,3
0,2
1
1,8
1
1
1
1
1
10
1,3
1,3
0,5
0,2
0,6
2
2
2
1
1
1
14
7
1,6
1,5
0,6
0,5
2,5
4
2
2
1
1
1
5,5
7
0,4
1
0,7
0,4
1
2,5
2
2
1
2
2
1,5
0,6
2,4
3,5
2
2
1
1
1
2,2
2
2
1
2
2
5
L
2
14
14
7
7,7
7,5
0,7
1,5
13
8
4,5
13
2,4
10
N
O
2
5,2
2,6
0,5
3
1,5
7
2,5
4
3
1
1
0,5
9
3
9
8
7,5
1
99
4,5
1,1
0,7
0,4
0,4
1
3
3
1,3
0,9
0,4
0,3
1
1
1
1
1
1
3,7
0,9
1
0,4
0,3
1,5
2
2
2
2
1
2
10
6
18
0,7
2
0,4
1,5
3,2
P
1,5
17
2
M
5
3
0,5
1,8
0,5
0,5
2,2
2
2
2
1
1
1
6
2,8
0,5
2
0,6
0,8
1,6
2
2
2
1
1
1
1,3
0,5
0,5
1,6
2,1
2
2
2
1
2
1
0,4
0,3
0,1
2,5
2
2
1
2
2
2,5
1
3
1,5
0,6
0,7
1
0,5
0,3
1,5
2
2
2
2
1
2
2
3,5
1,2
1,5
0,5
1,5
0,4
0,3
1,5
2
2
2
2
1
2
8
4,2
1,7
1
3
0,8
0,7
0,6
0,3
0,6
2,5
2
2
1
2
2
5
1,6
1,2
2,5
0,9
0,9
0,9
0,4
0,2
0,4
2,2
2
2
1
2
2
4
1
1
4
1
1
1,2
0,4
0,4
0,2
1,7
2
2
1
2
2
1
6,3
2,6
0,5
1,2
0,3
0,5
1,5
1,8
2
2
1
1
1
1,4
0,7
3,5
0,9
0,5
1
0,3
0,3
0,4
2
2
2
1
2
2
6,5
3,5
8
5
1,5
0,4
0,5
2,2
2
2
1
1
1
5,5
1
1
4
0,5
1
0,3
0,4
0,5
2,7
2
2
1
2
2
6,5
2
1
6
2
1
0,4
0,4
0,5
2,7
2
2
1
2
2
1,5
0,6
0,2
2
2
2
2
1
2
6
0,7
3
1
20 20
20
9
4,5
9
10
4,5
9
5,5
3
4
8
8
8
4,5
1,2
7,5
3,8
1
0,7
1,8
1
0,3
1
0,4
0,2
0,2
2,1
2
2
1
2
2
4,5
6
6
6
9
2
11
7
1
2,5
5
1,4
1
1
0,5
0,6
0,5
2,7
2
2
1
2
2
16 16
16
3,5
2
3
4,5
2
3
4
1,2
1,5
0,5
0,2
1,5
1,5
2
2
2
1
2
4,7
6
6
5
7
1,7
0,5
1
0,4
0,4
0,8
2
2
2
1
1
1
4
10
24 24
24
99
5,5
11
3,2
2
1,5
0,4
1
2,5
3,6
2
2
1
1
1
33
3
3
8
8
8
6,5
3
4,7
4,5
1,7
0,4
4
1,5
1,5
0,4
0,4
1,7
2,1
2
2
1
2
2
34
5
3
2
2
2
4
1
5
6
0,5
4,5
0,5
2
0,6
0,2
0,5
1,8
2
2
1
2
2
35
3
6
8
8
8
15
4
2,5
14
3
10
2,2
1
0,2
0,5
1,5
1,7
2
2
1
1
1
36
2
3,2
8
8
8
7,2
1,6
4,7
4
1
3,5
1,1
1,1
0,5
0,4
1,2
2,5
2
2
1
2
2
37
4
4,5
6
6
6
7
4
8
3,5
2
3
4
1,6
1,5
0,4
0,4
0,5
2,6
2
2
1
2
2
38
3
3
6
7
8
4
1
5
5
0,8
2
4
0,6
1
1
0,3
0,3
0,3
2,5
2
2
1
2
2
39
1
12 12
12
1
4,5
1,2
2
0,6
1
0,5
0,2
1
2,5
2
2
2
1
2
40
1
12 12
12
3,5
1,5
1,5
1
0,5
0,2
1
2
2
2
1
2
41
1
14 16
18
1,1
0,5
0,5
1,2
2
2
2
1
2
42
4
6
12 12
12
13,6
10
43
4
7
14 14
14
99
44
5
3
8
8
8
45
1
46
3
47
2
48
1
6
8
24 24
24
10
12 12
12
11,5
26 26
26
10 10
10
2,3
7
1,6
3
1
3,5
3
1,2
10,3
8,5
4,8
1,6
2
0,6
0,8
1,6
3
2
2
1
1
1
99
3
11
6,5
0,5
2,5
0,7
0,8
2,3
3
2
2
1
1
1
2
2,3
8
2
0,8
0,2
0,5
1,3
1,5
2
2
1
1
1
1,6
0,6
0,2
1,2
3,5
2
2
2
1
2
2,3
2
2
2
1
2
2
2
2
1
2
2
2
2
1
2
3
8
3,2
5
1
6,9
1
5,2
2
0,8
7
3
99
1,5
0,3
0,5
2
8,5
7,6
1,5
1,5
0,5
0,6
2
4,5
1,6
0,8
1
0,5
0,2
1
2,5
72
49
2
4
10 10
10
5
2
3
5
3
1,5
4
1,2
1
1,2
0,4
0,3
1
2,5
2
2
2
1
2
50
2
13
16 16
16
4,5
1,5
2
10
6
7
4
2
2
1
0,7
0,5
1,4
2,5
2
2
2
1
2
51
1
12 12
12
0,8
2,4
2,5
0,5
1,3
0,5
0,6
1,5
2
2
2
1
2
52
3
11
18 18
18
2
1,5
0,6
1
2,3
2
2
2
1
2
53
2
6
24 24
24
7
3
3
2
2
0,8
0,7
2
2
2
2
1
2
54
3
1,7
4
4
4
10
3
7,3
6
1,8
0,7
3,2
1,1
0,3
1
0,5
0,4
1,2
2,3
2
2
1
2
2
55
3
4,2
6
6
6
12
3,3
3
5,5
1,4
0,3
4,5
1,7
0,4
1,5
0,5
0,5
1
2,5
2
2
1
2
2
56
5
5,5
4
4
4
6,5
1,2
5,5
1
1,5
0,6
0,4
0,5
3,2
2
2
1
2
2
57
1
11
2,1
1,4
0,3
0,3
1,3
2
2
2
2
1
2
58
1
59
2
60
1
61
4
62
9
4,2
36 36
36
16 16
16
3,4
1,1
1,8
2,5
1
1
4,8
1,2
0,8
1,3
0,4
0,5
1,2
2
2
2
1
2
14 14
14
4
2
3
3
2
3
4
3
1
1,8
0,8
1
2,5
2
2
2
1
3
14 14
14
4
0,5
2,5
4
1,4
0,9
3,3
1,2
0,5
1
0,3
0,1
0,8
2
2
2
2
1
2
5
14 14
14
3,5
8
2,5
1
1,3
0,4
0,4
1,3
1,7
2
2
1
1
1
2
4
8
9
10
4
2
2
3
2
1
3
1,5
1,1
0,4
0,6
1,5
2,5
2
2
2
1
2
63
5
4
6
6
6
6
2,1
5
6,2
1,6
2
4,5
1,3
0,9
0,4
0,4
0,5
2,3
2
2
1
2
2
64
11
6
6
6
6
7
2,5
5,5
6
2
1
0,3
0,4
0,5
2,8
2
2
1
2
2
65
4
4
8
8
8
6,5
2,5
7
7
2,3
1,5
4,5
1,7
1,5
0,3
0,2
0,3
1,8
2
2
1
2
2
66
7
4
4
4
4
7
2,5
7
6
2,5
3
5
2
1,2
0,3
0,2
0,3
2,6
2
2
1
2
2
67
6
4
6
6
6
7
3,3
5,5
6
2
1,5
4,5
2,1
0,8
0,5
0,3
0,4
2,3
2
2
1
2
2
68
2
5,5
16 16
16
5
1,8
2
4
2
2
5
1,5
1,5
0,5
0,4
1,5
2,5
2
2
2
1
2
69
2
5
18 19
20
8
3
3,5
1,5
0,5
0,4
1,5
2,5
2
2
2
1
2
70
3
5
12 14
16
5,5
1,8
2,5
6
4
6
2,5
1,5
0,5
0,3
1,2
3,2
2
2
2
1
2
71
2
5
12 14
16
5,5
1,8
2,5
6
4
6
2,5
1,5
0,5
0,3
1,2
3,2
2
2
2
1
2
72
2
9
18 18
18
3
1,8
0,5
2,5
1,4
1,1
0,3
0,1
1
2
2
2
2
1
2
73
1
16 16
16
2,5
6,5
4
99
6
2
1,5
0,7
0,3
1
3
2
2
2
1
2
74
4
5
12 12
12
7
14
6
4
9
2,6
0,8
0,4
0,4
1,5
2,2
2
2
1
1
1
75
5
3,5
10 10
10
2,5
10
1,7
99
7,5
2
1,5
0,7
1,2
1,8
3,1
2
2
1
2
2
76
2
8
26 26
26
9
5
1,5
7
3
1,6
0,7
0,4
1,4
2,6
2
2
2
1
2
77
1
12 12
12
5
3,5
4
7
2,8
1,2
6
3
1,5
0,6
0,2
1,6
2
2
2
2
1
2
78
5
2,8
23 23
23
2,6
0,8
3
3,2
1,1
1
2,2
1
0,5
0,8
0,3
0,3
0,2
2
2
1
2
2
79
3
3
6
6
6
7,2
1
6
6
1,1
2,5
6,5
0,9
1
1
1,2
0,4
0,5
2
2
2
1
2
2
80
4
5,5
6
6
6
5
1,5
5
4
1,5
1
4
2
1
0,6
0,3
1
2,5
2
2
1
2
2
81
2
2,5
6
6
6
9,5
1,6
6
7,2
1,4
1,5
3,5
0,6
0,4
1
0,3
0,3
0,2
2,3
2
2
1
2
3
82
5
5
6
6
6
5
2
4,5
4,8
2
1
5
1,8
0,6
1,5
0,5
0,5
0,7
1,6
2
2
1
2
2
83
3
7,5
8
8
8
9,5
2
3
0,5
1,4
1
8
1,1
0,5
1,2
0,5
1,5
1,7
2
2
1
2
2
84
4
4,2
6
6
6
7,3
1,9
5
5
1,1
0,7
3,8
1,1
0,2
2
2
1
2
2
85
5
4,5
16 16
16
7,3
1,7
7
6
2
1
4
1,5
0,5
86
3
3,5
6
6
6
8
3
6
5,5
2
2
87
4
5
4
5
6
7
3,5
7,5
6,5
3
88
5
2
3
3
3
4,5
0,5
5
5,5
1,2
89
5
3,5
6
6
6
7,5
3
7
5
2
90
5
5
6
6
6
7
91
4
2,5
6
6
6
5
2,5
4
92
4
4,5
6
6
6
5,8
2,1
5
93
4
4,3
36 36
36
94
5
6
6
8
95
1
24 24
96
1
97
1
98
4
99
2
100
101
4
7
9
5,5
5
2,4
1,5
0,5
0,5
0,4
0,5
2,5
2
2
1
2
2
1,2
1,1
0,3
0,4
0,2
2,6
2
2
1
2
2
5
2,5
1,5
0,5
0,5
1,2
3
2
2
1
2
2
4
1
1,2
0,6
0,4
0,5
3
2
2
1
2
2
2
3
1,5
1,3
0,4
0,3
0,7
2,7
2
2
1
2
2
1,4
1,3
6
1
0,5
1
0,4
0,5
0,7
2,3
2
2
1
2
2
7
3
1,5
4,5
2
0,7
1,2
0,6
0,3
0,7
1,5
2
2
1
2
2
4
1
1
3,5
0,9
1
0,3
0,4
0,6
2,3
2
2
1
2
2
3,2
5,5
1
1,1
0,3
0,3
1
1,1
1
1
1
1
1
2
99
4
1,5
1,2
0,3
0,4
0,5
3
2
2
1
2
2
24
5
2
1,5
3
1,7
2
0,6
0,2
1,7
3
2
2
2
1
2
16 16
16
5
2
1,5
4
1,6
2
0,8
0,2
1,7
2,8
2
2
2
1
2
18 18
18
5
2,3
1,5
3,5
2,2
1,7
0,8
0,2
1,8
2,5
2
2
2
1
2
3
8
8
6,2
2,4
2
2,5
0,7
0,5
0,9
0,4
0,2
0,4
2,1
2
2
1
2
2
3
12 12
12
4,7
1,1
1
4,2
1,4
0,6
1,2
0,5
0,7
1,3
2,5
2
2
1
2
2
2
4,5
14 14
14
4
6,5
4
1
0,5
0,5
1,5
3
2
2
1
1
2
2
5
8
8
2
4,5
1,5
1,5
0,5
0,2
1
2
2
2
2
1
2
8
5
0,5
6,5
8
3
1
1
8,5
9
1
9
8
3
3
5,5
3
73
102
2
103
1
104
2
105
106
7
16 18
20
3
1,2
2
5
2,5
4,5
2,2
1,3
0,4
0,2
1,2
2,6
2
2
2
1
2
12 14
16
9
2,5
8
8
3,5
8
3
1,8
0,7
0,3
1,5
4
2
2
2
1
2
4,5
14 14
14
4,5
1,5
2
1
4
2,4
1
0,3
0,3
1
2,5
2
2
2
1
2
2
4
18 18
18
4,5
1,4
1,5
4,7
2
1,5
2
1
1
0,5
0,3
1,4
2
2
2
2
1
2
2
2,5
10 10
10
3,5
2
2
3
2
4
3
1,5
1,5
0,4
0,5
1,6
3
2
2
2
1
2
107
2
4,5
8
10
4
2
1,5
3,5
2
2
4
2
1,5
0,5
0,9
1,8
3
2
2
2
1
2
108
1
24 24
24
8
2
7
6
2
2
1,2
0,4
0,6
1,5
2,3
2
2
2
1
2
109
1
10 10
10
7
2,5
3
3,5
3,5
4
6
3,5
2
1,2
0,4
0,5
1,6
99
2
2
2
1
3
110
2
5,5
10 11
12
7,5
2
3
3,5
3,5
2
5
1,3
1
1,5
0,5
0,6
1,8
3
2
2
2
1
3
111
2
3,5
12 12
12
6
2,5
1,5
2,5
2,5
1
3,5
1,2
1,6
0,6
0,8
1,5
2,6
2
2
2
1
3
112
2
7,5
12 12
12
1
6,2
1
1
0,5
0,5
1
2
2
2
2
1
2
113
2
13
16 16
16
5
1,5
2
4,5
2,1
1,5
5,5
1,1
1
0,3
0,1
0,8
2
2
2
2
1
2
114
2
9
24 24
24
6,5
1,4
3,2
7
2,8
1
8
1,7
1,3
0,6
0,3
1
2,5
2
2
2
1
2
115
2
4,5
16 16
16
5,5
2
4,5
4
2,5
2
4
2
1,5
0,6
0,3
1
3
2
2
2
1
2
116
2
4,5
6
6
6
3
2,5
4
2,4
1,8
4
1,6
1,6
0,5
0,7
1,6
1,5
2
2
2
1
3
117
1
14 14
14
5
2,3
2
1,3
0,5
0,5
1,7
2,5
2
2
2
1
2
118
6
4
23 18
16
8
4
7
9
4
8
5
2,5
2
0,5
0,5
1,5
2
2
2
1
2
2
119
3
3,5
6
6
6
10
5
15
6
2
2
4
1,5
1,5
0,6
0,4
0,3
2,8
2
2
1
2
2
120
4
4
6
6
6
5,5
2,2
6
5
1,5
4
1,3
1,5
0,4
0,3
0,4
2,5
2
2
1
2
3
121
4
4
6
6
6
4,5
1,6
5,5
4
2
2,5
3,5
1,2
1,2
0,3
0,4
0,5
2,5
2
2
1
2
2
122
3
5,5
6
6
6
11
1
6
3,2
1,5
1
5
0,9
1,3
0,5
0,7
1
2,5
2
2
1
2
3
123
4
4,5
6
6
6
5
1
6
6
2
5
2
1,4
0,5
0,8
1,2
2,8
2
2
1
2
2
124
7
3,5
6
6
6
6,5
3
5
6
2,5
1,5
3,5
1,8
1,5
0,5
0,5
0,4
2,8
2
2
1
2
2
125
5
4,5
6
6
6
8
5
7
8
3
2
4,5
3
1,3
0,4
0,5
99
2,6
2
2
1
2
2
126
3
4
10 10
10
3,5
6
2
2
6
2
1
0,4
0,5
1
2
2
2
1
1
1
127
4
4,5
8
8
8
7,7
1,5
8
7,5
1
4,5
1,1
0,7
0,4
0,4
1
2,2
2
2
1
2
2
128
3
1,5
6
6
6
3,5
1,5
2
3,5
0,8
1,5
2,5
1
1
0,4
0,2
0,2
1
2
2
1
2
2
129
4
3,5
8
8
8
12
4
11,5
8
6
1
3,5
1,2
0,3
1
0,5
0,3
0,3
2
2
2
1
2
2
130
2
4,5
14 14
14
5,5
3,5
3
2
4
2
2
1,8
0,8
0,8
1,7
2
2
2
1
3
131
1
22 22
22
3,5
1,6
1
1
0,5
0,4
1,3
1,9
2
2
2
1
2
132
3
4
10 10
10
5
1,5
2
2
1,5
2,5
4
2
1,6
0,6
0,6
1,5
99
2
2
2
1
133
2
4
8
10
6
3,2
2,5
4
2,5
3
4,5
2
1,3
0,4
0,6
2
2,5
2
2
2
1
2
134
1
24 24
24
8
3,4
5
0,5
1
0,4
0,5
1
2
2
2
1
2
135
5
5,5
8
8
12
4
2,5
9
3
1,5
7
1
1
0,8
0,3
0,3
1
2
2
1
1
1
136
2
2,5
10 10
10
2,5
1,5
1,5
2
1
1
3
1,5
0,5
1
0,4
0,5
1,2
2
2
2
1
2
137
5
2
8
8
8
1,7
1
3
3,2
1,6
0,5
2,5
1,4
0,5
0,8
0,3
0,2
0,3
2
2
2
1
2
2
138
6
3,5
6
6
6
12
6
2,5
8,5
3
2
8
3
0,8
0,2
0,5
1,6
1,5
2
2
1
1
1
139
4
4,5
6
6
6
5
2
5
5
3
3
1
1,2
0,4
0,4
0,4
2,4
2
2
1
2
2
140
4
3,5
6
6
6
6
2
5
5
1,8
1
5
1,2
1
0,3
0,2
0,5
2,6
2
2
1
2
2
141
5
4
10 10
10
7
3,5
7
3
1,5
0,4
5
3
0,6
1,3
0,4
0,3
99
1,8
2
2
1
2
2
142
3
8
16 16
16
12
3
5
9
2,4
1,5
1,8
0,5
0,8
2,4
4
2
2
1
1
5
143
4
6
28 28
28
12
3
4
10
3
2
1,8
0,4
0,5
2,5
4
2
2
1
1
1
144
5
4,5
6
6
6
10
2,5
99
7
1,4
1,3
0,4
0,2
0,7
2,4
2
2
1
1
1
145
3
2,5
8
8
8
3,5
0,9
0,5
2,4
1,1
0,3
1
0,3
0,4
0,6
3,3
2
2
1
2
2
146
3
4,5
18 18
18
0,3
1,5
0,3
0,5
1,5
1,5
2
2
1
1
2
147
2
7
10 10
10
4,5
1
1,5
3,5
2,2
2
22
1,2
1,3
1
0,5
0,2
1
2
2
2
1
2
148
1
12 12
12
3,6
1,4
1
3,7
2,2
1,3
3,9
1,4
0,8
1
0,5
0,2
1
2
2
2
1
2
149
5
2
12 12
12
13
4,5
9
8
3
2
5,5
1,5
1
0,6
0,4
99
0,5
2
2
1
2
2
150
2
6
16 16
16
5
2
3
10
6,5
4
7
5
1,5
2
0,4
0,5
1,7
3,5
2
2
2
1
2
151
5
6,5
14 14
14
7
1,2
1,5
8
1,4
0,4
5,5
1,5
99
1,5
0,6
1,5
2,5
0,9
2
2
1
2
2
152
3
4
4
4
4
8,5
2,2
6,5
6
1
0,5
3,5
0,6
0,6
1
0,4
0,2
0,4
2
2
2
1
2
3
153
5
3,5
6
6
6
8,5
3,3
7
4,5
1,2
1
3,4
1
0,6
1
0,4
0,3
0,2
2,5
2
2
1
2
2
154
4
3
10 6
6
16
5
8
10
3,2
2,2
2,4
0,8
0,6
1
0,4
0,3
0,8
2
2
1
2
2
9
6
9
8
2
99
4,5
8
1
3,5
0,7
0,8
1,4
1,2
2
4
1
0,5
1,5
1,3
2,2
74
155
5
2,5
6
6
6
6,5
1,5
4
6,5
3
4
1,8
1,1
0,5
0,9
1,2
2,7
2
2
1
2
2
156
5
5,5
6
6
6
8
2,5
6
5,5
1,5
1
5
1,5
1,5
0,3
0,2
0,3
2,5
2
2
1
2
2
157
4
3
8
8
8
4
2,2
2,2
4
1,5
0,5
2,4
1,2
0,7
1
0,3
0,2
0,1
2,5
2
2
1
2
2
158
2
4
6
6
6
2,5
1
0,5
5
1,5
0,3
3,5
1,2
0,5
1,5
0,4
0,3
0,2
1,8
2
2
1
2
2
159
6
1,5
8
8
8
4,2
2,2
4,5
4
1,6
1
3,5
1,2
0,5
1
0,7
0,3
0,5
1,6
2
2
1
2
2
160
5
2
6
6
6
11
4
9
8
3
2,5
3,5
1,2
0,5
1
0,5
0,3
0,3
1,5
2
2
1
2
2
161
4
6
14 14
14
14
4
12
9
4,5
5
8
3
2
1,5
0,5
0,6
2
2,5
2
2
1
1
5
162
5
3,5
6
6
6
8
3
4
6,5
2
0,8
0,3
0,4
1
1,5
2
2
1
1
1
163
4
4,5
5
5
5
12
6
10
5
4,5
7
2
0,8
0,3
0,6
1,4
1
2
2
1
1
1
164
5
2
8
8
8
7
8
5,5
2,5
1
2,5
1
1,2
0,5
0,3
0,5
1,5
2
2
1
2
2
165
3
14,5
32 32
32
2,5
12
7
1,5
0,5
0,5
2
2,5
2
2
1
1
2
166
6
20
24 24
24
13
15
9
3,5
1,7
0,7
0,3
2
3
2
2
1
1
2
167
6
19
24 24
24
18
15
8
3,5
1,3
0,6
0,3
2
2
2
2
1
1
2
168
4
3
8
8
169
4
3,8
30 30
30
170
3
2
4
4
171
4
2
172
5
5
173
3
174
6
7,5
2
2
175
5
9,7
6
176
4
4
177
5
3
178
7
179
8
8
4
8
10
2,6
2
0,4
7
8,5
1
2
5,5
0,7
1,5
0,6
0,2
1
1,8
2
2
1
2
2
9
5,5
2,8
0,8
3,2
1,2
1
0,3
0,3
0,9
1,7
1
1
1
1
1
0,6
0,2
0,1
1
2
2
1
1
4
0,2
2
2
1
2
2
2
2
1
1
1
2
2
1
2
2
2
2
1
2
2
25
5
15
12
2,5
2
4,5
1
8,5
4
9
10
2,5
4,5
5
2
0,8
7
3
1,2
7,2
2,2
1,2
2,5
1,7
0,8
0,4
8
1
0,3
0,3
1,6
2
7
2,5
9
7,8
3
2
9,1
1,1
6
11,3
0,7
7,1
0,5
1,5
0,5
0,4
6
5
8,3
1,1
3
10,5
0,7
8,3
0,6
1,5
0,4
0,3
0,3
2,8
2
2
1
2
2
4
6
5
4,6
2,2
8
2,5
1,2
3
1,3
1,2
1
0,5
0,3
0,5
2,4
2
2
1
2
2
6
6
6
4
1,5
3
2
0,6
0,5
2
0,6
0,4
0,3
2
2
2
1
2
2
5
6
6
5
11
1,9
11
8,4
1
2,2
8,7
1,1
99
1,3
1,7
0,5
0,5
3
2
2
1
2
2
6
5,5
5
5
5
9,9
3,5
9
9,8
2,8
3
5
2
1,5
1,7
0,6
0,7
0,5
2,8
2
2
1
2
2
180
7
5
6
6
5
11
1,9
11
8,4
1
2,2
8,7
1,1
1,3
1,7
0,5
0,5
3
2
2
1
2
2
181
7
3,5
2
2
2
11
1,8
7
4,5
0,9
3
0,5
2
0,8
0,3
2,7
2
2
1
2
2
182
4
3
5
6
7
7,3
3,1
6,5
4,3
2,9
1
3,3
2,3
0,6
1,7
0,5
0,5
0,8
2,5
2
2
1
2
2
183
4
6
2
2
2
11
2,7
8
6,7
2,4
1,2
3,3
1,4
0,8
1,6
0,5
0,5
0,3
2,7
2
2
1
2
2
184
1
12 12
12
4
1,4
1
3,7
2,2
1,3
3,9
1,4
0,8
1
0,5
0,2
1
2,2
2
2
2
1
2
185
2
2,5
6
6
6
8,5
0,8
6
7,5
0,6
2
3
0,4
0,5
1
0,5
0,4
0,6
1,5
2
2
1
2
2
186
2
7
7
7
7
3,5
1
2
3,6
1,2
0,8
3
1
1
0,4
0,1
0,9
2
2
2
1
2
187
4
4,5
7
7
5
2
3
6
2,5
2
0,3
0,5
1,8
2
2
2
1
3
188
1
5
2
1,5
0,7
0,5
1,5
2
2
2
1
2
189
6
1,2
0,4
0,4
0,5
2
2
1
2
2
190
2
2
2
1
2
0,8
7
4
3,3
4
30 30
30
6
3
4
6
6
6
3,5
3,5
9
6
3
1
4,5
2
2
5
16 16
16
3,5
1,5
2,5
2,5
2
2
4
1,6
0,6
1,2
0,4
0,7
1,5
191
2
4,5
10 10
10
5
1
3
4
2
1
4
1,5
1
1,2
0,4
0,4
1,2
1,5
2
2
2
1
2
192
2
3,5
8
8
9,5
2,2
1
6,5
1
5
1,2
0,3
0,4
1
1,5
2
2
1
1
1
193
2
9
12 12
6,5
0,4
1
3,5
0,3
1
0,4
0,3
0,5
2,4
2
2
1
2
2
6
8
12
6
0,4
4
2
0,3
3
75
Ek 2.Tüm Örneklerin ISSR Ürünlerinin Agaroz Jeldeki Görüntüleri
•UBC 810 kodlu ISSR primeri ile 193 Phlomis örneğinin PCR amplifikasyonunun
agaroz jelindeki görüntüsü (M: Marker ; Vivantis 3000 bç)
76
•UBC 810 kodlu ISSR primeri ile 193 Phlomis örneğinin PCR amplifikasyonunun agaroz
jelindeki görüntüsü (Devamı) (M: Marker ; Vivantis 3000 bç)
77
•UBC 811 kodlu ISSR primeri ile 193 Phlomis örneğinin PCR amplifikasyonunun
agaroz jelindeki görüntüsü (M:Marker ; Vivantis 3000 bç)
78
•UBC 811 kodlu ISSR primeri ile 193 Phlomis örneğinin PCR amplifikasyonunun
agaroz jelindeki görüntüsü (Devamı) (M:Marker ; Vivantis 3000 bç)
79
•UBC 814 kodlu ISSR primeri ile 193 Phlomis örneğinin PCR amplifikasyonunun
agaroz jelindeki görüntüsü (M:Marker ; Vivantis 3000 bç)
80
UBC 814 kodlu ISSR primeri ile 193 Phlomis örneğinin PCR amplifikasyonunun
agaroz jelindeki görüntüsü (Devamı) (M:Marker ; Vivantis 3000 bç)
81
•UBC 815 kodlu ISSR primeri ile 193 Phlomis örneğinin PCR amplifikasyonunun
agaroz jelindeki görüntüsü (M:Marker ; Vivantis 3000 bç)
82
•UBC 815 kodlu ISSR primeri ile 193 Phlomis örneğinin PCR amplifikasyonunun
agaroz jelindeki görüntüsü (Devamı) (M:Marker ; Vivantis 3000 bç)
83
•UBC 815 kodlu ISSR primeri ile 193 Phlomis örneğinin PCR amplifikasyonunun
agaroz jelindeki görüntüsü (Devamı) (M:Marker ; Vivantis 3000 bç)
84
•UBC 818 kodlu ISSR primeri ile 193 Phlomis örneğinin PCR amplifikasyonunun
agaroz jelindeki görüntüsü (M:Marker ; Vivantis 3000 bç)
85
UBC 818 kodlu ISSR primeri ile 193 Phlomis örneğinin PCR amplifikasyonunun
agaroz jelindeki görüntüsü (Devamı) (M:Marker ; Vivantis 3000 bç)
86
UBC 822 kodlu ISSR primeri ile 193 Phlomis örneğinin PCR amplifikasyonunun
agaroz jelindeki görüntüsü (M:Marker ; Vivantis 3000 bç)
87
UBC 822 kodlu ISSR primeri ile 193 Phlomis örneğinin PCR amplifikasyonunun
agaroz jelindeki görüntüsü (Devamı) (M:Marker ; Vivantis 3000 bç)
88
•UBC 823 kodlu ISSR primeri ile 193 Phlomis örneğinin PCR amplifikasyonunun
agaroz jelindeki görüntüsü (M:Marker ; Vivantis 3000 bç)
89
UBC 823 kodlu ISSR primeri ile 193 Phlomis örneğinin PCR amplifikasyonunun
agaroz jelindeki görüntüsü (Devamı) (M:Marker ; Vivantis 3000 bç)
90
•UBC 824 kodlu ISSR primeri ile 193 Phlomis örneğinin PCR amplifikasyonunun
agaroz jelindeki görüntüsü (M:Marker ; Vivantis 3000 bç)
91
•UBC 824 kodlu ISSR primeri ile 193 Phlomis örneğinin PCR amplifikasyonunun
agaroz jelindeki görüntüsü (Devamı) (M:Marker ; Vivantis 3000 bç)
92
•UBC 826 kodlu ISSR primeri ile 193 Phlomis örneğinin PCR amplifikasyonunun
agaroz jelindeki görüntüsü (M:Marker; Vivantis 3000 bç)
93
•UBC 826 kodlu ISSR primeri ile 193 Phlomis örneğinin PCR amplifikasyonunun
agaroz jelindeki görüntüsü (Devamı) (M:Marker; Vivantis 3000 bç)
94
•UBC 827 kodlu ISSR primeri ile 193 Phlomis örneğinin PCR amplifikasyonunun
agaroz jelindeki görüntüsü (M:Marker ; Vivantis 3000 bç)
95
•UBC 827 kodlu ISSR primeri ile 193 Phlomis örneğinin PCR amplifikasyonunun
agaroz jelindeki görüntüsü (Devamı) (M:Marker ; Vivantis 3000 bç)
96
•UBC 835 kodlu ISSR primeri ile 193 Phlomis örneğinin PCR amplifikasyonunun
agaroz jelindeki görüntüsü (M:Marker ; Vivantis 3000 bç)
97
•UBC 835 kodlu ISSR primeri ile 193 Phlomis örneğinin PCR amplifikasyonunun
agaroz jelindeki görüntüsü (Devamı) (M:Marker ; Vivantis 3000 bç)
98
•UBC 836 kodlu ISSR primeri ile 193 Phlomis örneğinin PCR amplifikasyonunun
agaroz jelindeki görüntüsü (M:Marker ; Vivantis 3000 bç)
99
•UBC 836 kodlu ISSR primeri ile 193 Phlomis örneğinin PCR amplifikasyonunun
agaroz jelindeki görüntüsü (Devamı) (M:Marker ; Vivantis 3000 bç)
100
•UBC 840 kodlu ISSR primeri ile 193 Phlomis örneğinin PCR amplifikasyonunun
agaroz jelindeki görüntüsü (M:Marker ; Vivantis 3000 bç)
101
•UBC 840 kodlu ISSR primeri ile 193 Phlomis örneğinin PCR amplifikasyonunun
agaroz jelindeki görüntüsü (Devamı) (M:Marker ; Vivantis 3000 bç)
102
•UBC 841 kodlu ISSR primeri ile 193 Phlomis örneğinin PCR amplifikasyonunun
agaroz jelindeki görüntüsü (M:Marker ; Vivantis 3000 bç)
103
•UBC 841 kodlu ISSR primeri ile 193 Phlomis örneğinin PCR amplifikasyonunun
agaroz jelindeki görüntüsü (Devamı) (M:Marker ; Vivantis 3000 bç)
104
•UBC 842 kodlu ISSR primeri ile 193 Phlomis örneğinin PCR amplifikasyonunun
agaroz jelindeki görüntüsü (M:Marker ; Vivantis 3000 bç)
105
•UBC 842 kodlu ISSR primeri ile 193 Phlomis örneğinin PCR amplifikasyonunun
agaroz jelindeki görüntüsü (Devamı) (M:Marker ; Vivantis 3000 bç)
106
•UBC 844 kodlu ISSR primeri ile 193 Phlomis örneğinin PCR amplifikasyonunun
agaroz jelindeki görüntüsü (M:Marker ; Vivantis 3000 bç)
107
•UBC 844 kodlu ISSR primeri ile 193 Phlomis örneğinin PCR amplifikasyonunun
agaroz jelindeki görüntüsü (Devamı) (M:Marker ; Vivantis 3000 bç)
108
•UBC 848 kodlu ISSR primeri ile 193 Phlomis örneğinin PCR amplifikasyonunun
agaroz jelindeki görüntüsü (M:Marker ; Vivantis 3000 bç)
109
•UBC 848 kodlu ISSR primeri ile 193 Phlomis örneğinin PCR amplifikasyonunun
agaroz jelindeki görüntüsü (Devamı) (M:Marker ; Vivantis 3000 bç)
110
ÖZGEÇMİŞ
Kişisel Bilgiler
Adı, Soyadı: Özge FIRAT
Uyruğu: Türkiye (TC)
Doğum Tarihi ve Yeri: 14 Temmuz 1985,Ankara
Medeni Durumu: Evli
Tel: +905317766047
email: biyoozge@hotmail.com
Yazışma Adresi: Yıldırım Beyazıt mah. Sırasöğütler caddesi beyazıt apt no:7
KAYSERİ
Eğitim
Derece
Kurum
Mezuniyet Tarihi
Lisans
EÜ FEF Biyoloji
2009
Lise
Kocatepe Mimar Kemal Lisesi
2003
İş Deneyimleri
Yıl
Kurum
Görev
2012
Gelişim dershanesi
Biyoloji öğretmeni
2014
MEB
Sözleşmeli Biyoloji öğretmeni
Yabancı Dil
İngilizce