ModBiyoloji_arasınav 1(2009

MODERN BİYOLOJİ ARA SINAV (2009-2010)
Ad Soyad:
SORULAR (her biri 5 puan-Toplam 100 puan).
Öğrenci Nosu:
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
Bir DNA dizisinden kaç farklı amino asit dizisi kodlanabilir?
a.
1
c.
5
b.
3
d. 6
Basit işlemler için veri tabanında kullanılan genel format hangisidir?
a.
Genbank formatı
c. Matris formatları
b.
Fasta
d. eşleştirme formatı
Gen nedir?
a.
Türler arasında benzerlikler gösteren DNA bölgeleridir.
b.
Hücre çekirdeğinde bulunan moleküllerdir.
c.
Kromozomlar üzerindeki DNA parçalarıdır.
d.
DNA üzerindeki mRNA kodlayan yapısal ünitelerdir.
Identity (farksız olan) nedir?
a.
Bir protein dizisindeki benzerliklerdir.
b.
Bir DNA dizisindeki benzerliklerdir.
c.
Bir mRNA dizisindeki aynılıklardır.
d.
Karşılaştırmalı eşleştirmede en yüksek skorla tanımlanan birimlerdir.
Homoloji …………?
a.
benzerlik oranıdır.
b.
İki dizinin eşleştiği yerlerdir.
c.
Birden çok dizinin benzer olduğu yerlerdir.
d.
İki dizinin eşleştiği yerlerdeki boşluklardır.
Aşağıdakilerden hangisi bir veri tabanı değildir?
a.
Protein veri tabanı (PDB)
c. PAM70
b.
OMIM
d. GENBANK
Aşağıdakilerden hangisi bir programdır?
a.
ENTREZ
c. PDB
b.
PAM70
d. BLASTN
Karşılaştırmalı eşleştirmede (pairwise allignment) …………… elde edilmez?
a.
İki dizinin benzerlik oranları
c. İki dizinin eşleştiği yerler
b.
İkiden çok dizinin benzerlik oranları
d. Aynı dizide tekrarlayan yerler
Karşılaştırmalı eşleştirmede (aynılık matrisi) skor ………..elde edilir.
a.
Aynılıkların toplamından farklılıkların çıkarılması ile
b.
Aynılıkların toplamından boşlukların toplam puanlarının çıkarılması ile
c.
Benzerliklerden boşlukların negatif toplamlarının çıkarılması ile
d.
Aynılıkların skorlarının toplamının boşlukların sayısından çıkarılması ile
10. 2 BLAST……..…için kullanılmaz.
a.
İki diziyi en fazla eşleşeceği biçimde çakıştırmak ve benzerlik (homoloji seviyesi) derecesini
belirlemek
b.
Benzer olan dizileri tanımlamak, ve skorlamak
c.
Veri tabanında uygun karşıtlarını bulmak
d.
Bir dizi içerisinde bulunan tekrar motifleri, domainler ve kontrol bölgelerini anlamak
11. Hangileri protein analiz matrisleridir?
a.
PAM ve BLOSUM
c. BLOSUM - ENTREZ
b.
PAM ve Ortolog
d. BLOSUM – Paralog
12. PAM0 matrisinde 0 ne anlama gelmektedir.
a.
Her eşleşme en az 1
c. Her benzerlik % 100
b.
Her aynılık(identity) % 100
d. Her skor en fazla 1
RBP:
1
glycodelin: 1
RVKENFDKARFSGTWYAMAKKDPEGLFLQDNIVA 34
+ K++ + ++ GTW++MA
+
L +
A
QTKQDLELPKLAGTWHSMAMA-TNNISLMATLKA 34
13. Yukarıdaki dizide RBP ve glycodelin dizileri arasında karşılaştırmalı eşleştirme yapılmıştır. Bu analizi
oluşturan kriterler (varsayılan matris ile) aşağıdaki gibi olsaydı,
aynılık = 2; benzerlik= 1; boşluk -5; ek boşluk -2; Skor ne olurdu?
a.
13
c. 31
b.
18
d. 21
14. PAM0 matrisine göre skor ne olurdu.
a.
11
b. 18
c. 18-(boşluk)
d. 31
15. PAM1000 matrisine göre skor ne olurdu.
a.
11
b. 18
c. 18-(boşluk)
d. 31
16. BLASTP bize neyi verir?
a.
Veri tabanıyla elde edilen karşılaştırmayı
b.
Bir BLOSSUM matrisinde elde edilen karşılaştırmayı
c.
İki dizinin karşılaştırmalı eşleştirme sonucunda elde edilen benzerliğini
d.
Hepsi
17. BLASTN bize neyi vermez?
a.
Bir DNAnın veri tabanıyla elde edilen karşılaştırmasının sonucunu
b.
Bir BLOSSUM matrisinde elde edilen karşılaştırmayı
c.
karşılaştırmalı eşleştirme sonucunda elde edilen benzerliği
d.
karşılaştırmalı eşleştirme sonucunda elde edilen anlamlılık skorunu
18. Aşağıdakilerden hangisi DNA ile ilgili veri bankalarındaki verilere erişim için kullanılan kodlardandır?
a.
Entrez
b. NM_######
c. NP_######
d. 1KT7
19. Est veri tabanlarında ne tür bilgiler bulunur?
a.
proteinlere ait bilgiler
c. mRNAlara ait bilgiler
b.
BLAST veri tabanına ait bilgiler
d. Matrislere ait bilgiler
20. Aşağıdakilerden hangisi proteinlerle ilgili verilere erişim için kullanılan kodlardandır?
a.
Entrez
b. NM_######
c. NT_######
d. NP_######