ANTİKANSOREJEN İLAÇLARIN DNA

advertisement
Projenin Adı: ANTøKANSOREJEN øLAÇLARIN DNA BøYOSENSÖRLERøYLE
KARùILAùTIRILMASI
Projenin Amacı:
Kemoterapi, kanser hücrelerini yok etmek için anti-kanser (sitotoksik) ilaçların kullanılmasıdır.
Kemoterapi, kanser tedavisinde, tek baúına veya cerrahi iúlemle ve/veya radyoterapi ile
birlikte uygulanabilir. Kemoterapi, kimyasal madde (ilaç) ve tedavi kelimelerinin birleúiminden
oluúmuútur. Bu tedavide mevcut bulunan yaklaúık kırk de÷iúik ilaçtan seçilen bir veya birkaç
ilaç uygulanır. Kemoterapide kullanılan ilaçlar insanlarda denenerek karar verilmektedir.
Bizim geliútirdi÷imiz bu sistemle hastadan alınan küçük bir kan örne÷i içerisindeki DNA’dan
ve bu DNA’nın ilaç ile etkileúimden yararlanılarak ilaç hastaya verilmeden önce ona ne tür bir
etki yaptı÷ı kolayca belirlenebilecektir. Böylelikle canlı denekler veya hücre kültürleri
kullanılmadan
elektrokimyasal
DNA
biyosensörleri
ile
kısa
sürede
tayini
gerçekleútirilebilecektir. Ayrıca sistemimizde elektrot yüzeyi olarak kalem ucu kullanılması
di÷er yöntemlere göre yüksek hassasiyetli, küçültülebilir, taúınabilir ve tek kullanımlık
modellerinin tasarlanabilmesi, ucuz ve düúük miktarda güç ve ürün gereksinimine sahip
olması gibi üstünlükleri bulunmaktadır. Sistemimizin bu üstünlüklerini göstermek amacıyla
günümüzde antikanserojen olarak kullanılan Kamptotesin ve Etoposid ilaçlarının DNA
üzerinde ne kadar etkili olduklarını canlı denekler kullanmadan elektrokimyasal yolla DNA
biyosensörleri yardımıyla tayinlerini gerçekleútirmeyi amaçlıyoruz.
1
1. GøRøù
Biyosensörler, biyolojik kaynaklı bir tanıma yüzeyi ile bir fizikokimyasal çevirici sistemden
oluúan analitik cihazlar olarak tanımlanmaktadır. Biyosensör sistemleri, seçici tanıma
mekanizmasına sahip biyomolekül (algılama kısmı), bu biyomolekülün incelenecek maddeyle
etkileúmesi sonucu oluúan fizikokimyasal sinyalleri elektronik sinyallere dönüútürebilen
çevirici kısım ve elektronik kısım olmak üzere üç temel bileúenden oluúmaktadır [17].
ùekil 1: Biyosensörlerin yapısı
Biyosensör sistemini oluúturan bileúenlerden en önemlisi, tayin edilecek maddeye karúı son
derece seçimli fakat tersinir bir úekilde etkileúime giren, biyomolekül kısmıdır. Bu kısım
sayesinde biyosensör, kendi spesifik oldu÷u hedef analiti (analiz edilecek maddeyi) tanıyarak
etkileúime girer. Enzimler, mikroorganizmalar, organeller, doku kesitleri, antikorlar ve nükleik
asitler sensörlerde biyomolekül olarak kullanılırlar. Bunların içinde en yaygın kullanılanlar
enzimler [7], antikorlar [21, 10] ve nükleik asitlerdir [2, 13, 22, 23, 26]. Çevirici kısım,
reseptörlerin biyolojik reaksiyonunu ölçülebilir fiziksel bir sinyale dönüútürürler ve
biyokimyasal reaksiyonun özelli÷ine göre kullanılırlar. Çevirici kısım, elektrokimyasal, optik,
elektriksel, kütle duyarlı, manyetik ve termal sisteme dayalı olabilir [20].
Biyosensörler tıp, tarım, gıda, eczacılık, çevre kirlili÷i, savunma ve birçok endüstriyel alanda
çok önemli rol oynarlar [17, 19]. Günümüzde, kandaki pek çok biyolojik bileúenin tayininde,
çevreyle ilgili olarak toprak, hava ve sudaki toksiklerin tayinlerinde, ilaç sanayinde, gıda
endüstrisinde ve kimyasal ve biyolojik silahların algılanmasında kullanılmak üzere
biyosensörler geliútirilmektedir. Biyosensörler en fazla biyomedikal sektörde uygulama
imkânı bulmuúlardır.
Tanıma yüzeyi olarak DNA’nın kullanıldı÷ı biyosensörlere DNA biyosensörleri adı verilir [9,
15, 18, 27]. DNA biyosensörleri, bir çevirim sistemi ile DNA’dan oluúur. DNA tanıma
yüzeyleri, dizisi belli hibridizasyon olaylarının izlenmesinde [14, 25] veya bu yüzeyle etkileúen
maddelerin (kanserojen maddeler, ilaçlar vb.) etkileúim durumunun aydınlatılması ile
2
maddenin tespiti ve miktar tayini amaçlı çalıúmalarda kullanılabilir [3, 4, 8, 11, 12, 16, 24, 28].
Bu maddeler, DNA ile; elektrostatik olarak, DNA çift sarmal yapısının küçük ve büyük
oluklarına ba÷lanarak ya da do÷al yapılı DNA’nın baz çiftleri arasına birikerek etkileúebilir [1,
6]. Bunun sonucunda da DNA’da bulunan elektroaktif bazların sinyallerinde düúüúe veya
yükseliúe neden olabilirler. Bu sonuca göre de maddenin DNA ile etkileúimi hakkında yorum
yapılabilir.
Kullanılan klasik yöntemlere alternatif bir yöntem olarak, DNA biyosensörlerinin yüksek
hassasiyetli,
küçültülebilir
olmaları,
taúınabilir
ve
tek
kullanımlık
modellerinin
tasarlanabilmesi, ucuz olmaları, düúük miktarda güç ve ürün gereksinimleri olması gibi
avantajlarının olması nedeniyle günümüzde DNA biyosensörlerinin kullanımı oldukça
artmıútır.
DNA biyosensörleri kullanılarak DNA–ilaç etkileúimleri baúarılı bir úekilde algılanabilmektedir.
Bu algılama DNA’ya ait elektroaktif bazlar olan guanin/adenin sinyali üzerinden ya da analizi
yapılacak ilacın elektrokimyasal sinyali üzerinden sa÷lanabilir. Bu sinyallerdeki de÷iúimlere
göre DNA–ilaç etkileúimleri hakkında yorumlar yapılabilir [5].
Çalıúmamızda, DNA tutturma yüzeyi olarak kalem ucundan yararlanılmıútır ve her bir
deneme için bu kalem ucunu de÷iútirmemiz yeterli olmuútur. Kanser üzerinde etkili olan
ilaçlardan, Kamptotesin ve Etoposid üzerinde araútırmalar yapılmıútır. Bu çalıúmalarda
biyosensör sistemimizde gerekli olacak uygun DNA ve ilaç konsantrasyonları, uygun
çözeltiler ve uygun etkileúim süreleri elde edilmiútir. øki ilaç için, oluúturdu÷umuz DNA
biyosensörleriyle,
DNA
üzerine
etkilerini,
konsantrasyon
ve
süre
bakımından
karúılaútırabilmemiz mümkün olmuútur. Tüm bu optimizasyon çalıúmaları yapıldıktan sonra
ilaç-DNA etkileúimi yaklaúık 15dk gibi kısa bir süre içerisinde tespit edilebilmiútir.
3
2. YÖNTEM:
2.1. Kullanılan Çözeltiler ve Hazırlanıúları
Stok DNA Çözeltisinin Hazırlanması:
Kullanılacak olan balık sperm DNA stok çözeltisi ultra saf su ile 1000 μg/mL (ppm)
konsantrasyonunda hazırlandı ve -20 0C’de saklandı.
Tampon çözeltisi olarak 0,05 M fosfat tampon çözeltisi (PBS), 0,50 M asetat tampon çözeltisi
(ACB), 0,02 M Tris-HCl tampon çözeltisi (TBS) kullanıldı. Tampon çözeltilerinin
hazırlanmasında 18 Mega-ohm’luk ultra saf su kullanılmıútır. Tamponlar hazırlık sonrasında
plastik úiúelerde, buzdolabında +40C’de saklanmıútır. Hazırlanan tampon çözeltilerinin
pH’larını istenilen de÷erine getirilebilmesi, hazırlanan 0,1N’lik NaOH veya 0,1N’lik HCl
çözeltilerinin ve pH metre cihazını kullanımıyla gerçekleútirilmiútir.
2.2. Deney Düzene÷inin ve Elektrotların Hazırlanıúı
Diferansiyel puls voltametrisi tekni÷inden yararlanılarak yapılan bu çalıúmada, potansiyostat
cihazı olarak μ-AUTOLAB tip II (Eco Chemie, Hollanda) ve yazılım programı olarak GPES
4.9 kullanılmıútır. Üçlü elektrot sistemi olarak ise, kalem grafit elektrot çalıúma elektrotu,
Ag/AgCl referans elektrot ve platin de karúıt elektrot olarak kullanılmıútır. Her bir elektrot
sisteme metal ba÷lantılarla ba÷lanmıú ve bu üçlü elektrot sistemin daldırıldı÷ı ölçüm
çözeltisinin hacmi 3 mL, ilaç ve DNA çözeltilerinin hacmi 1,5 mL olacak úekilde ayarlanmıútır.
Çevirici kısım
Elektronik kısım
Biyomolekül
Kısım
ùekil 2: Biyosensörün kısımları
4
Çalıúmamızda çalıúma elektrotu olarak kullanılan, kalem grafit elektrotun (Rotring T 0,5
kalem, Tombo HB model 0.5mm uç) 6cm olan grafit uçları deneysel koúullara uygun olması
açısından 3cm boyunda kesildi. Bu 3cm’nin 1,5cm’lik kısmı iúaretlenerek, 1cm’lik kısmı
çözelti içine daldırılacak úekilde sisteme yerleútirildi. Her bir deneme için en az 3 kalem ucu
grafit yüzeyleri oluúturularak tek kullanımlık elektrot sistemleri ile tekrarlanabilirlikler
sa÷lanmıú oldu.
ùekil 3: Uç kesme iúlemi
2.3. Deneysel Basamaklar
ùekil 4: Deney basamakları
5
1. Elektrot yüzeyinin aktivasyonu: Hem kullanılan çözeltinin hem de kullanılacak elektrotun
temiz olup olmadı÷ına karar vermek ve buna ek olarak kalem ucunda yer alabilecek her türlü
bileúi÷i yükseltgenebilecekleri en son form olan karboksilik asite kadar yükseltgemek için
kalem ucuna asetat tamponu içerisinde 60s +1.4V uygulanır.
2. DNA’nın yüzeye tutturulması: Bu iúlem sırasında belirli konsantrasyonda stok DNA
çözeltisinden seyreltilerek hazırlanan DNA, 200s +0.5V uygulanarak daha önce aktive
edilmiú olan kalem ucu elektrot yüzeyine elektrostatik olarak tutturulur. Yüzeyden
tutunmayan DNA’ların uzaklaútırılması için DNA’yı hazırladı÷ımız boú tampon içerisinde
yıkanır.
3. DNA-ilaç etkileúimi: Yüzeyine DNA tutturulmuú olan elektrot, belirli konsantrasyonda
hazırlanmıú olan ilaç çözeltisiyle herhangi bir volt uygulamadan belirli bir süre etkileútirilir ve
etkileúimden sonra ilacın hazırlandı÷ı tamponda yıkanır.
4. Ölçüm: Tüm bu etkileúim basamaklarından sonra asetat tamponu içerisinde ölçüm
gerçekleútirilir. Ölçüm aralı÷ı olarak ilaçların ve DNA’nın yükseltgenme sinyalleri dikkate
alınarak 0-1.2V aralı÷ında ölçüm yapılmıútır.
2.4. Uygun DNA Konsantrasyonunun Bulunması
Bu çalıúmada her iki ilaç için de kullanılacak olan uygun DNA konsantrasyonunu tespit etmek
amacıyla, aktivasyon basama÷ı gerçekleútirildikten sonra, DNA tutturma basama÷ında
uygulanmak üzere 1000ppm (μg/ml) olan stok DNA çözeltimizden 1ppm, 5ppm, 10ppm,
15ppm ve 20ppm olacak úekilde fosfat tamponu içerisinde DNA çözeltileri hazırlanarak
+0.5V’da 200s karıúan ortamda DNA elektrostatik olarak tutturuldu. Fosfat tamponu
içerisinde bir kez yıkama iúlemi yapıldı ve asetat tamponu içerisinde ölçüm yapıldı.
2.5. Uygun Tampon Çözeltisinin Bulunması
Aktivasyon iúlem basama÷ından sonra, +0.5V’da 200s karıútırmalı olarak, 10ppm olacak
úekilde asetat – fosfat – tris tamponları içerisinde ayrı ayrı hazırladı÷ımız DNA elektrot
yüzeyine elektrostatik olarak tutturuldu. Daha sonra DNA tutturulan elektrot, DNA’nın
hazırlandı÷ı tampon içerisinde bir kez yıkandı. Kamptotesin için 5ppm, Etoposid için 10ppm
olacak úekilde asetat – fosfat – tris tamponları içerisinde ayrı ayrı ilaç çözeltileri hazırlandı.
Karıúan ortamda herhangi bir volt uygulamaksızın Kamptotesin için 5dk, Etoposid için 12dk
yüzeyinde DNA bulunan kalem ucu elektrotun ilaç ile etkileúimi gerçekleútirildi. ølacın
hazırlandı÷ı tampon içerisinde bir kez yıkandı ve asetat tamponu içerisinde ölçüm yapıldı.
6
2.6. Uygun DNA-ølaç Etkileúim Süresinin Bulunması
Bu deneyde sırasıyla aktivasyon iúlemi yapıldıktan sonra, 10ppm olacak úekilde fosfat
tamponu içerisinde DNA çözeltisinin hazırlandı. +0.5V’da 200s, karıúan ortamda DNA
elektrostatik olarak tutturuldu. Fosfat tampon içerisinde bir kez yıkama iúlemi gerçekleútirildi.
Kamptotesin için 5ppm, Etoposid için 10ppm olacak úekilde fosfat tamponu içerisinde ilaç
çözeltileri hazırlandı. Yüzeyine DNA tutturmuú oldu÷umuz kalem ucu elektrotlar, karıúan
ortamda herhangi bir volt uygulamaksızın Kamptotesin için 3dk, 5dk ve 7dk, Etoposid için ise
3dk, 5dk, 7dk, 10dk, 12dk ve 15dk olacak úekilde ayrı ayrı ilaç ile etkileútirildi. Fosfat tampon
içerisinde bir kez yıkandı ve asetat tamponu içerisinde ölçüm yapıldı.
2.7. Uygun ølaç Konsantrasyonunun Bulunması
Aktivasyon iúlemi gerçekleútirildikten sonra, 10ppm olacak úekilde DNA çözeltileri
hazırlanarak karıúan ortamda +0.5V’da 200s elektrostatik olarak DNA tutturuldu. Daha sonra
DNA tutturulan elektrot fosfat tamponu içerisinde bir kez yıkandı. Kamptotesin için 1ppm,
5ppm, 10ppm ve 20ppm, Etoposid için 1ppm, 5ppm, 10ppm,15ppm ve 20ppm olacak úekilde
fosfat tamponu içerisinde ilaç çözeltileri hazırlandı. Karıúan ortamda herhangi bir volt
uygulamaksızın Kamptotesin için 5dk, Etoposid için 12dk olacak úekilde ayrı ayrı ilaç ile
etkileútirildi. Fosfat tampon içerisinde bir kez yıkandı ve asetat tampon içerisinde ölçüm
yapıldı.
2.8. DNA-ølaç Etkileúimi Çalıúması
Kamptotesin için;

Asetat tamponu içerisinde +1.4V 60 s aktivasyon iúlemi yapıldı.

10ppm olacak úekilde fosfat tamponu içerisinde DNA çözeltisi hazırlandı.

+0.5V’da 200s karıúan ortamda DNA elektrostatik olarak tutturuldu.

DNA tutturulan kalem ucu elektrotu fosfat tamponu içerisinde bir kez yıkandı.

5ppm olacak úekilde fosfat tamponu içerisinde ilaç çözeltisi hazırlandı.
7

5dk olacak úekilde DNA tutturulan kalem ucu elektrotunun ilaç ile etkileúimi
gerçekleútirildi.

Bir kez fosfat tampon içerisinde yıkandı.

Asetat tamponu içerisinde ölçüm yapıldı.
Etoposid için;

Asetat tamponu içerisinde +1.4V 60 s aktivasyon iúlemi yapıldı.

10ppm olacak úekilde fosfat tamponu içerisinde DNA çözeltisi hazırlandı.

+0.5V’da 200s karıúan ortamda DNA elektrostatik olarak tutturuldu.

DNA tutturulan kalem ucu elektrotu fosfat tamponu içerisinde bir kez yıkandı.

10ppm olacak úekilde fosfat tamponu içerisinde ilaç çözelti hazırlandı.

12dk olacak úekilde DNA tutturulan kalem ucu elektrotunun ilaç ile etkileúimi
gerçekleútirildi.

Bir kez fosfat tampon içerisinde yıkandı.

Asetat tamponu içerisinde ölçüm yapıldı.
8
3. SONUÇLAR:
3.1. Uygun DNA Konsantrasyonunun Bulunması
Yapılan çalıúmalarda guanin sinyaline bakılarak hem Kamptotesin hem de Etoposid için
uygun DNA konsantrasyonu,
10ppm’den sonra alınan guanin sinyalleri sabitlendi÷i için
10ppm olarak bulunmuútur.
Grafik 1: Uygun bulunan DNA konsantrasyonu
3.2. Uygun Tampon Çözeltisinin Bulunması
Her iki ilaç için de uygun tampon çözeltilerinin bulunması, DNA’nın ilaçla etkileúimden önce
ve ilaçla etkileúimden sonraki sinyalleri dikkate alınarak karar verilmiútir. Buna göre ilaçla
etkileúimden sonra en fazla guanin sinyalindeki düúüú her iki ilaç için de fosfat tamponunda
(PBS) görülmüútür.
Grafik 2: Uygun tampon çözeltisinin bulunması
9
3.3. Uygun DNA-ølaç Etkileúim Süresinin Bulunması
Her iki ilaç için yapılan uygun DNA-ilaç etkileúim süre çalıúmasında ilaçla etkileúimden sonra
en fazla guanin sinyalindeki düúüú dikkate alınarak Kamptotesin için 5dk, Etoposid için ise
12dk oldu÷u bulunmuútur. Buna göre Kamptotesin Etoposid’e göre daha kısa sürede DNA’ya
etki etmektedir sonucunu çıkarabiliriz.
Grafik 3: Kamptotesin için uygun etkileúim süresi
Grafik 4: Etoposid için uygun etkileúim süresi
10
3.4. Uygun ølaç Konsantrasyonunun Bulunması
Her iki ilaç için yapılan uygun ilaç konsantrasyonu çalıúmasında ilaçla etkileúimden sonra en
fazla guanin sinyalindeki düúüú dikkate alınarak Kamptotesin için 5ppm, Etoposid için ise
10ppm oldu÷u bulunmuútur. Buna göre Kamptotesin Etoposid’e göre daha düúük
konsantrasyonda DNA’ya etki etmektedir sonucunu çıkarabiliriz.
Grafik 5: Uygun ilaç konsantrasyonunun bulunması
3.5. DNA-ølaç Etkileúimi Çalıúması
Her iki ilaç için de uygun koúullar belirlendikten sonra oluúturdu÷umuz biyosensörün
amacımız için uygun olup olmadı÷ını bu çalıúmayla göstermiú olduk. Buna göre her iki ilaç
için de uygun konsantrasyonları ve uygun etkileúim sürelerini deneyerek DNA’daki guanin
bazlarındaki düúüúleri gözlemledik. Bunun sonucunda her ne kadar farklı konsantrasyonlarda
ve sürelerde etki etseler de her iki ilacında DNA’ya etki ederek guanin sinyallerini
düúürdü÷ünü ve her iki ilacında antikanserojen nitelikte oldu÷unu göstermiú olduk. Bizim
burada gösterdi÷imiz gibi herhangi iki veya daha fazla antikanserojen özellikte oldu÷u
düúünülen di÷er ilaçların da karúılaútırılmasının canlı üzerinde denemeden mümkün
olaca÷ını düúünmekteyiz. Aúa÷ıda bununla ilgili sonuçlar gösterilmiútir.
11
Grafik 6: Kamptotesin için yapılan DNA-ilaç çalıúmalarındaki ilaç ve guanin sinyallerinin
karúılaútırılması
Grafik 7: Etoposid için yapılan DNA-ilaç çalıúmalarındaki ilaç ve guanin sinyallerinin
karúılaútırılması
12
TARTIùMA VE ÖNERøLER:
Bu proje kapsamında DNA-ilaç etkileúimine dayalı bir elektrokimyasal biyosensör yardımıyla
antikanserojen özelli÷i bilinen iki ilaç olan Kamptotesin ve Etoposid, konsantrasyon ve etki
süreleri bakımından karúılaútırıldı.
Elektrot olarak kullanılan kalem grafit elektrotunun tek kullanımlık olması ve hazırlanmasının
kolay olması çalıúmaya ayrı bir fayda sa÷lamıútır.
Bizim geliútirdi÷imiz bu sistemle hastadan alınan küçük bir kan örne÷i içerisindeki DNA’dan
ve bu DNA’nın ilaç ile etkileúimden yararlanılarak ilaç hastaya verilmeden önce ona ne tür bir
etki yaptı÷ı kolayca belirlenebilecektir. Böylelikle canlı denekler veya hücre kültürleri
kullanılmadan etkinli÷ini elektrokimyasal DNA biyosensörleri ile kısa sürede tayini
gerçekleútirilebilecektir. Bizim çalıúmamızda da yaklaúık 15dk gibi kısa bir süre içerisinde
tayin gerçekleútirilebilmiútir.
Kamptotesin için uygun konsantrasyon 5 ȝg/mL, etkileúim süresi 5 dakika olarak tespit
edilirken, Etoposid için uygun konsantrasyon ise 10 ȝg/mL, etkileúim süresi ise 12 dakika
olarak saptanmıútır. Kamptotesin 0,88 V civarında sinyal verirken, Etoposid 0,5 V civarında
yükseltgenme sinyali vermiútir. Her ne kadar farklı konsantrasyonlarda ve sürelerde etki
etseler de her iki ilacında DNA’ya etki ederek guanin sinyallerini düúürdü÷ünü ve her iki
ilacında antikanserojen nitelikte oldu÷unu göstermiú olduk. Bizim burada gösterdi÷imiz gibi
herhangi iki veya daha fazla antikanserojen özellikte oldu÷u düúünülen di÷er ilaçların da
karúılaútırılmasının canlı üzerinde denemeden mümkün olaca÷ını düúünmekteyiz. Bundan
sonraki aúama DNA’daki guanin bazının sinyalindeki düúmeyle hücre kültüründeki hücre
ölümüyle orantılı olup olmadı÷ının hücre kültürleriyle birlikte götürülmesi olabilir.
Her iki ilacın da DNA ile etkileúimlerinden elde edilen guanin yükseltgenme sinyallerindeki
de÷iúiklikler ve ilaçların yükseltgenme sinyalindeki de÷iúiklikler incelendi. Bu de÷iúikliklere
göre her bir ilacın DNA’ya etkisi hakkında yorum yapıldı. Kullanılan maddelerin elektrot
yüzeyindeki DNA ile etkileúmesi sonrasında, DNA’nın çift sarmal yapısını bozabilece÷i veya
DNA’nın guanin bazına spesifik bir ba÷lanmanın mümkün olabilece÷i ve bunun sonucunda
sinyalde bir azalma gözlendi÷i úeklinde bir açıklama yapılabilir. ølaçların kendi sinyallerindeki
azalma ise, yapılarında yer alan yükseltegenebilecek gruplara ait bir de÷iúikli÷e
dayandırılabilir.
Geliútirilen yöntemin hızlı, güvenilir ve ucuz maliyetli olması bu alanda daha çok çalıúma
yapılmasına dolayısıyla DNA – ilaç etkileúimi hakkında edinilen bilgilerin daha çok
geliúmesine olanak sa÷lamaktadır. DNA ile etkileúime giren maddelerin tayini, DNA hedefli
ilaçların geliútirilmesinde büyük önem taúımaktadır.
Çalıúmamızın baúka bir özelli÷i de antikanserojen madde tayini olmak üzere ilaç tasarımında
kullanılabilecek maddelerin aydınlatılmasında önemli bir örnek teúkil etmesidir. DNA ile
13
etkileúen çeúitli maddelerin voltametrik davranıúlarının tayini, kemoterapide kullanılan
DNA’ya özgül olarak ba÷lanan moleküllerin dizayn edilmesi ve DNA’ya ba÷lı hasta baúı
teúhislerde kullanılan biyoteknolojik araçların geliútirilmesinde büyük bir önem taúımaktadır.
Gerçekleútirilen bu çalıúma ve gelecekte planlanan çalıúmaların amacı; DNA hedefli ilaçların
ya da yeni bileúiklerin DNA ile etkileúim türlerinin, elektrokimyasal olarak belirlenmesini
sa÷lamak ve böylece, antikanser ilaç-DNA etkileúim mekanizmalarının hızlı ve güvenli bir
úekilde tanımlanmasına alternatif olabilecek, bu sebeplerden dolayı DNA çip teknolojisine
uyarlanabilecek yeni bir yöntem tasarlamaktır. Kullanılan yöntem, basit ve düúük maliyetli
olup, hızlı ve seçimli úekilde yanıt verebilmektedir.
Ayrıca kullanılan bu sistem yeni sentezlenecek olan antibiyotik, antiviral, antikanser ilaca
dayalı ilaç çalıúmalarına katkıda bulunmak ve/veya bir ilaç hammadesinin daha duyarlı bir
úekilde tayinini yapmak amacıyla, gelecekte piyasaya sürülecek DNA biyoçiplerinin
teknolojisini oluúturaca÷ı ümit edilmektedir.
TEùEKKÜR:
Proje çalıúmalarında bizi destekleyen okul müdürümüz Yavuz KAHRAMAN’a, danıúman
ö÷retmenimiz Mesut ESEN’e, laboratuvar, malzeme ve alan bilgisi bakımından her zaman
yardımcı olmaya çalıúan Ege Üniversitesi Eczacılık Fakültesi ö÷retim üyelerinden Prof. Dr.
Mehmet E. ùengün ÖZSÖZ’e araútırmalarımıza yapmıú oldukları katkılarından dolayı
teúekkür ederiz.
14
KAYNAKÇA:
1. Blackburn, G.M., Gait,M.J. (1990). Nucleic Acids in Chemistry and Biology IRL Press,
New York, Ch. 8, sayfa 297 - 332.
2. Collings, A.F., Caruso, F., (1997). Biosensors: recent advances, Reports in Progress in
Physics, 60, sayfa 1397-1445.
3. Erdem, A., Kerman, K., Meriç, B., Akarca, U.S., Ozsoz, M. (1999). DNA electrochemical
biosensor for the detection of short DNA sequences related to the hepatitis B virus,
Electroanalysis, 11, sayfa 586-588.
4. Erdem, A., Kerman, K., Meriç, B., Akarca, U.S., Ozsoz, M. (2000). Novel hybridization
indicator methylene blue for the electrochemical detection of short DNA sequences related to
the hepatitis B virus, Anal. Chim. Acta, 422, sayfa 139-149.
5. Erdem, A., Ozsoz, M. (2002). Electrochemical DNA biosensors based on DNA- Drug
interactions, Electroanalysis, 14, sayfa 965-974.
6. Graves, D. E., and Velea., L.M. (2000). Intercalative Binding of Small Molecules to
Nucleic Acids. Curr. Org. Chem. 4, sayfa 915–929.
7. Gorton, L., Csöregi, E., Dominguez, E., Emneus, J., Jonsson-Petterson, G., MakroVarga, G., Persson, B., (1991). Selective detection in flow analysis based on the combination
of immobilized enzymes and chemically modified electrodes, Anal. Chim. Acta, 250, sayfa
203-248.
8. Kelley, S. O., Barton, J.K. (1997). Electrochemistry of methlene blue bound to a DNAmodified electrode, Bioconjugate Chem., 8, sayfa 1997.
9. Kerman, K., Meric, B., Ozkan, D., Kara., P., Erdem, A., Ozsoz M., (2001).
Electrochemical DNA biosensor for the determination of Benzo[a]pyrene – DNA adducts,
Anal. Chim. Acta.,450, sayfa 45-52.
10. Killard, A.J., Smyth, M.R., Grennan, K., Micheli, L., Palleschi, G., (2000). Rapid antibody
biosensor assays for environmental analysis, Biochemical Society Transactions, 28-2, sayfa
81-84.
11. Labuda, J., Buckova, M., Heilerova, L., Caniova-Ziakova, A., Brandsteterova, E.,
Mattusch, J., Wennrich, R. (2002). Voltammetric detection of antioxidative properties of
flavanoids using electrically heated DNA modified Carbon Paste Electrode, Sensors, 2: 1-10.
12. Lukasova, E., Jelen, F. and Palecek, E. (1982). Electrochemistry of Osmium-Nucleic acid
complexes: A probe for single-stranded and distorted double-stranded regions in DNA, Gen.
Physiol., Biophys., 1, sayfa 53-70.
13. McGown, L.B., Joseph, M.J., Pitner,J.B.,Vonk, G.P. ve Linn, C.P., (1995). The Nucleic
acid ligand: A new tool for molecular recognition, Anal. Chem., 67, sayfa 663 A- 668 A.
15
14. Meric, B., Kerman, K., Ozkan, D., Kara, P., Ozsoz, M., (2002). Indicator-free DNA
biosensor based on adenine and guanine signals, Electroanalysis, 14(18), sayfa 1245-1250.
15. Mikkelsen S.R., (1996). Electrochemical Biosensor for DNA sequence Detection A
Review, Electroanalysis, 8(1), sayfa 15-19.
16. Millan, K.M., Mikkelsen, S.R. (1993). Sequence-selective biosensor for DNA Based on
electroactive hybridization indicators, Anal. Chem., 65, sayfa 2317- 2323.
17. Mutlu, M., (2002). Biyosensörler, Bilim ve Teknik Dergisi, Yeni Ufuklara, Temmuz 2002,
sayfa 17
18. Palecek, E., (1988). New trends in electrochemical analysis of nucleic acids,
Bioelectrochem. Bioenerg., 20, sayfa 179-194.
19. Rodriguez-Mozaz, S., et al., (2004). Biosensors for environmental applications:Future
development trends, Pure Appl. Chem., 76 (4), sayfa 723–752.
20. Shin, J. H., Yoon, S. Y., Yoon, I.J., Choi, S.H., Lee, S.D., Nam, H., and Cha, G.S.,
(1998). Potantiometric Biosensors Using Immobilized Enzyme Layers Mixed With Hydrophilic
Polyurethane, Sensors and Actuators B, 50, sayfa 19-26.
21. Vlatakis, G., Andersson, L.I., Müler, R. ve Mosbach, K. (1993). Drug assay using
antibody mimics made by molecular imprinting, Nature, 361, sayfa 645–647.
22. Wang, J., Cai, X., Rivas, G., Shiraishi, H., Farias, P.A.M., Dontha, N., (1996). DNA
electrochemical biosensor for the detection of short DNA sequences related to the human
immunodeficiency virus, Anal. Chem., 68, sayfa 2629-2634.
23. Wang, J., Grant, D.H., Ozsoz, M., Cai, X., Tian, B., Fernandes, J.R., (1997). Adsorptive
potentiometric stripping analysis of nucleic acids at mercury electrodes, Anal. Chim. Acta,
349, sayfa 77- 79.
24. Wang, J., Kawde, A.N., Erdem, A., Salazar, M. (2001). Magnetic beadbased label-free
electrochemical detection of DNA hybridization, Analyst, 126, sayfa 2020-2024.
25. Wang, J., Nielsen, P., Jiang, M., Cai, X., Fernandes, J.R., Grant, D.H., Ozsoz, M.,
Beglieter, A., Mowat, M., (1997). Mismatch sensitive hybridization detection by peptide
nucleic acids immobilized on a quartz crystal microbalance, Anal. Chem., 69, sayfa 52005202.
26. Wang, J., Rivas, G., Cai, X., Dontha, N., Shiraishi, H., Luo, D., Valera, F. S., (1997).
Sequence-spesific electrochemical biosensing of M. tuberculosis DNA, Anal. Chim. Acta,
337, sayfa 41-48.
27. Wang, J., Rivas, G., Fernandes, J.R., Jiang, M., Paz, J.L.L.,Waymire, R., Nielsen, T.W.,
Getts, R.C., (1998). Adsorption and detection of DNA dendrimers at carbon electrodes,
Electroanalysis, 10(8), sayfa 553-556.
28. Wang, J., Rivas, G., Fernandes, J.R., Paz, J.L.L., Jiang, M., Waymire, R. (1998).
Indicator-free electrochemical DNA hybridization biosensor, Anal. Chim. Acta, 375: 197–203.
16
Download