278 PM 100 TK4 DNA Polimeraz I Enzimin Zincir
advertisement
19. Ulusal Biyoloji Kongresi Karadeniz Teknik Üniversitesi, Biyoloji Bölümü, TRABZON PM 100 PM 101 TK4 DNA Polimeraz I Enzimin Zincir Uzaklaştırma Aktivitesi ve ddNTP’ye İlgisinin Mutasyonel Analizi Cemal SANDALLI1, Kamalendra SİNG2, Mukund J. MODAK2, Sabriye ÇANAKÇI3, İsmail DEMİR3, Ali Osman BELDÜZ3, 1 Rize Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Biyoloji Bölümü, 53100, Rize 2 Department of Biochemistry and Molecular Biology, UMD-New Jersey Medical School, Newark, NJ-USA 3 Karadeniz Teknik Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Biyoloji Bölümü, 61080, Trabzon csandalli@yahoo.com Kalıp zincir üzerinde primer sentezi ilerlerken, sentezin ilerisinde bulunan ve kalıba hibridize olmuş DNA, bloklayıcı DNA olarak isimlendirilir ve DNA polimeraz enzimleri sentezin ilerlemesini engelleyen bu tür bir DNA ile karşılaştıklarında farklı karakteristik gösterirler. Bununla beraber DNA polimeraz I enzimleri dNTP ve ddNTP’leri birbirinden ayırmada da farklılık gösterirler. Gca TK4 DNA polimeraz I enziminin ddNTP’ye ilgisi ve zincir değiştirme aktivitesi hem yaban tip enzim ile hem de bu aktivitelerden sorumlu olabilecek iki adet amino asitin mutasyonlar ile değiştirilmesi sonucu saflaştırılan mutant enzimler (Y721F ve F712Y) kullanılarak incelendi. 721 nolu Tirozin aminoasiti zincir değiştirme aktivitesini incelemek için Fenilalanine, 712 nolu Fenilalanin aminoasiti ddNTP ilgisini incelemek için Tirozin aminoasitine dönüştürüldü. Yaban tip enzim ile ddNTP’ye ilgi incelendiğinde 1:140 oranında (dNTP:ddNTP) dNTP ve ddNTP arasında fark olmasına rağmen Gca TK4 DNA polimeraz I enzimin eğer ilgili ddNTP’nin ortamada dNTP formu varsa, enzimin ilgisinin dNTP formuna yönelik olduğu belirlendi. Y712F mutantı enzim ile ddNTP’ye ilgi deneyleri yapıldığında enzimin dNTP’ye olan ilgisinin ddNTP’ye dönüştüğü ve 20:1 oranında (dNTP:ddNTP) dahi enzimin ddNTP’yi tanıyıp senteze uygun olarak sıraya eklediği ve sentez reaksiyonunun sonlandığı belirlendi. Yaban tip Gca TK4 DNA polimeraz I enzimin zincir uzaklaştırma aktivitesi, bu aktiviteden sorumlu olabilecek Y721F mutantı enzim ile birlikte, E.coli DNA polimeraz I ve Mtb DNA polimeraz I kontrol olarak kullanılarak araştırıldı. Yaban tip enzimin zincir değiştirme aktivitesine sahip olduğu ve mutasyon ile bu özelliğinin daha da arttığı belirlendi. Anahtar Kelimeler: DNA polimeraz I, Zincir Uzaklaştırma, Mutasyon ve ddNTP Hava Örneklemesi ile İzole Edilen Bir Fungal İzolatın Ligninolitik Enzim Aktivitelerinin Araştırılması Barış PAZARBAŞI, Ali KOÇYİĞİT, İhsan YAŞA, Güven ÖZDEMİR, İsmail KARABOZ Ege Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyoloji Bölümü, Temel ve Endüstriyel Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, 35100, Bornova, İzmir bpazarbasi@hotmail.com Bu çalışmada hava örneklemesi ile izole edilen bir fungus izolatının (H1) ligninolitik enzim aktiviteleri araştırılmıştır. İzolat H1, ABTS ve guaiacolun kullanıldığı nitel lakkaz taramalarında 10. günde sırasıyla 90 mm ve 26 mm substrat oksidasyon zon çapları oluşturduğu görülmüş ve koloni dışına taşan oksidasyon zonlarının, izolatın ligninolitik enzimlerinin hücre dışı olduğunun bir indikatörü olarak kabul edilmiştir. En iyi lakkaz üretim koşullarının belirlenmesi için 3 farklı üretim ortamı (G.A.E., Nişasta-yeast ekstrakt, Tien ve Kirk) kullanılmıştır. Nişasta-yeast ekstrakt besiyerinde ortam pH değiştirilerek optimum ligninolitik enzim üretiminin gerçekleştiği pH değeri belirlenmiştir. Nişasta-yeast ekstrakt besiyerinde 27oC’de, pH 3.0’de ve 150 rpm’de yapılan fermentasyonlarda izolat H1’in 6. günde 668 U/L lakkaz (E.C 1.10.3.2) aktivitesi ve 209 U/L mangan peroksidaz (E.C 1.11.1.13) aktivitesi saptanmıştır. Lignin peroksidaz (E.C. 1.11.1.14) aktivitesi saptanmamıştır. Bir birim enzim aktivitesi reaksiyon koşullarında dakikada 1µmol substratı oksitleyen enzim miktarı olarak ifade edilmiştir. Anahtar Kelimeler: Lakkaz, mangan peroksidaz, lignin peroksidaz, fungus, hava örneklemesi PM 102 Bacillus megaterium RSKK 5117 Suşunun Melas BesiortamındaBiyopolimer Üretiminin Belirlenmesi Nihal EDİZ, Yavuz BEYATLI Gazi Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Biyoloji Bölümü, 06500, Teknikokullar, Ankara nediz@gazi.edu.tr Mikrobiyal ekzopolisakkaritler (EPS), gıda, farmasötik, petrol ve diğer endüstrilerde geniş bir uygulama alanına sahiptir. Ekzopolisakkaritler (EPS) bakteri tarafından enerji kaynağı olarak kullanılmamasına rağmen mikroorganizmaları veya ortamı kurumaya karşı koruduğu, ortamdaki metal iyonlarının tutulmasını sağladığı ve bakteri-faj 278
