ODTU Biyoteknoloji 25. Yıl Etkinlik Posterleri Listesi

ODTÜ Biyoteknoloji
25. Yıl Etkinliği
Etkinlik Programı
Kayıt
Açılıș Konușmaları
14 Kasım 2014
Kültür Kongre Merkezi
09:00-16:30
Panel 1 – ODTÜ Biyoteknoloji
EABD’de 25 Yıl
Horizon 2020 Biyoteknoloji 2015 Çağrıları
Panel 2 – Türkiye’de Biyoteknolojinin
Gelișmesine Doktora Mezunlarımızın Katkısı
Panel 3 – Türkiye’de Biyoteknolojinin
Gelișmesine ÖYP Mezunlarımızın Katkısı
Kapanıș Kokteyli
www.btec.metu.edu.tr
POSTER LİSTESİ
1. Polietilen Glikol Kaplı Manyetik Nanoparçacıkların Sentezi, Karakterizasyonu ve AntiKanser İlaç Taşınmasında Kullanımı
Murat Erdem, Serap Yalçın, Ufuk Gündüz
2. Anti-kanser
İlacı
Gemsitabin’in
Taşınmasında
Kitosan
Kaplı
Manyetik
Nanoparçacıkların Kullanılması
Maryam Parsian, Gözde Ünsoy, Pelin Mutlu , Serap Yalçın, Negar Taghavi Pourianazar,
Ufuk Gündüz
3. İlaç Hedeflemesinde Gemsitabin Yüklü PAMAM Dendrimer Kaplı Manyetik
Nanoparçacıkların Kullanılması
Maryam Parsian, Negar Taghavi Pourianazar, Serap Yalçın, Pelin Mutlu, Ufuk Gündüz
4. ODTÜ Merkez Laboratuvar
Moleküler Biyoloji-Biyoteknoloji Ar-Ge Merkezi
Kromatografi ve Fermentasyon Laboratuvari (KFL)
Tamay Şeker, Ceren Biler, Erdem Boy, Tuğba Doğan, Meral Yücel
5. ODTÜ Merkez Laboratuvar
Moleküler Biyoloji-Biyoteknoloji Ar-Ge Merkezi
Kütle Spektroskopi Laboratuvari (KSL)
Tamay Şeker, Ceren Biler , Tuğba Doğan, Ürün Duru, Meral Yücel
6. Bortezomib Yüklü Kitosan Manyetik Nanoparçacıkların pH’a Duyarlı İlaç Salımı
Gözde Ünsoy, Serap Yalçın, Rouhollah Khodadust, Pelin Mutlu, Ufuk Gündüz
7. Doksorubisin Yüklü Kitosan Manyetik Nanoparçacıkların Hücre İçerisine Girmesi ve
Hücre Çoğalmasını Önlemesi
Gözde Ünsoy, Rouhollah Khodadust, Serap Yalçın, Pelin Mutlu, Ufuk Gündüz
8. Doksorubisin dirençli ve duyarlı MCF-7 hücre hatlarında Serbest Doksorubisin ve
Doksorubisin yülü PHB-Magnetik nanoparçacıkların sitotoksik analizleri
Serap Yalçın, Gözde Ünsoy, Pelin Mutlu, Rouhollah Khodadust, Negar Taghavi
Pourianazar, Maryam Parsian, Ufuk Gündüz
9. Yüzey Sularının Vankomisin Dirençli Bakterilerin ve Vankomisin Direnç Genlerinin
Yayılımındaki Rolü
Mustafa Nakipoğlu, Fadime Yılmaz, Bulent İçgen
10. TLR9 Aktivasyonu için CpG-ODN Taşıyıcısı Olarak PAMAM-Kaplı Manyetik
Manoparçacığın Sentezlenmesi
Negar Taghavi Pourianazar, Ufuk Gündüz
11. CpG-ODN taşıyıcıları olarak kitosan- ve poli(amidoamin) dendrimer-kaplı manyetik
nanoparçacıkların karşılaştırılması
Negar Taghavi Pourianazar, Maryam Parsian, Gozde Ünsoy, Serap Yalçın, Ufuk
Gündüz
12. Lignoselülozik Yan Ürünlerden Biyoetanol Üretimi
Abduvali Valiev, Zümrüt B.Ögel, Deniz Çekmecelioğlu
13. Plazmit Referans Malzeme Kullanarak Roundup Ready® Soya ve Lektin Genleri İçin
Miktar Tayini Analizlerinde Ölçüm Belirsizliği Hesaplama
Ceren Tuğrul, Remziye Yılmaz, MeralYücel, HüseyinAvniÖktem
Polietilen Glikol Kaplı Manyetik Nanoparçacıkların Sentezi, Karakterizasyonu ve AntiKanser İlaç Taşınmasında Kullanımı
Murat Erdem1, Serap Yalçın2, Ufuk Gündüz1,3
1
Biyoloji Bölümü, ODTÜ, Ankara
Gıda Mühendisliği,Ahi Evran Üniversitesi, Kırşehir
3
Biyoteknoloji Bölümü, ODTÜ, Ankara
2
Geleneksel kemoterapi kanserle baş etmede en geçerli metot olmasına rağmen kemoterapinin
kan hücresi üretiminde azalma, sindirim sistemi zarının inflamasyonu gibi bir çok yan etkisi
bulunmaktadır. Bu yan etkilerin nedeni kemoterapide kullanılan ilaçların hastanın bedeninde eşit
şeklide dağılmasıdır. Bu nedenle, şimdiye kadar birçok ilaç taşıma sistemi geliştirilmiştir.
Manyetik nanoparçacıklar kanser tedavisi için önemli bir potansiyele sahiptir. Manyetik
nanoparçacıkların en önemli özelliği, harici bir manyetik alanın uygulanmasıyla tümör bölgesine
hedeflenebilmesidir. Ayrıca, manyetik nanoparçacıkların küçük boyutlu olmaları ve yüzey
modifikasyonu ile ilaç taşıma kapasitesi kazanabilmeleri, ilaç taşımacalığı için gerekli diğer
önemli özellikleridir. Bu çalışmada, manyetik nanoparçacıklar (MNP’ler), PEG kaplanmış
MNP’ler (PEG-MNP’ler) ve hücrelerine folik asit bağlı, polietilen glikol kaplı manyetik
nanoparçacıklar (FA-MNP’ler) başarılı bir şekilde sentezlenmiş ve TEM, FTIR ve TGA
analizlerinden biri ya da birkaçı ile karakterize edilmiştir. FA-MNP’lerin doksorubisin (Dox)
yükleme kapasitesi spektrometre ile incelenmiştir. FA-MNP’lerin biyouyumluluğu ve Dox-FAMNP’lerin hücre çoğalmasına karşı etkileri HeLa hücreleri üzerinde, XTT-hücre proliferasyon
deneyi ile analiz edilmiştir. Sonuçlar bütün parçacıkların başarılı bir şekilde sentezlendiğini
göstermektedir. Hücre çoğalma analizi sonuçları, FA-MNP’ler ile karşılaştırıldığında Dox-FAMNP’lerin HeLa hücrelerinin çoğalmasını önemli ölçüde azalttığını göstermiştir. Sonuç olarak,
FA-MNP’lerin Dox taşıması için önemli olduğu bulunmuştur.
Anahtar kelimeler: HeLa, delivery system, magnetic nanoparticles
Anti-kanser İlacı Gemsitabin’in Taşınmasında Kitosan Kaplı Manyetik Nanoparçacıkların
Kullanılması
Maryam Parsian1, Gözde Ünsoy1, Pelin Mutlu2, Serap Yalçın3, Negar Taghavi Pourianazar1, Ufuk
Gündüz1
Biyoteknoloji, Orat Doğu Teknik Üniversitesi, Ankara
Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji Ar-Ge Merkezi, Merkez Laboratuvarı, Orta Doğu Teknik
Üniversitesi, Ankara
3
Gıda Mühendisliği, Ahi Evran Üniversitesi, Ankara
1
2
Bir nükleosit analoğu olan Gemsitabin’in meme kanserindeki anti-tümör aktivitesi deneysel ve
klinik çalışmalarda gösterilmiştir. Gemsitabin’in biyolojik yarılanma ömrü kısa olduğu için bu
ilacın plazma seviyesi kısa sürede etkin eşik seviyesinin altına düşebilmektedir. Anti-kanser
ilaçlarının tümöre hedeflenerek taşınması ilaç etkisini oldukça arttırdığı gibi yan etkilerini ve
sistemik toksisiteyi azaltmaktadır. Bu çalışmanın amacı, dışarıdan uygulanan manyetik alanla
tümör bölgesine hedeflenebilen Gemsitabin yüklü kitosan kaplı manyetik nanoparçacıkların (CsMNP) sentezlenmesidir. Gemsitabin yüklü CsMNP’lerin ve serbest ilacın sitotoksisiteleri meme
kanseri hücre hatları üzerinde XTT yöntemi ile test edilmiştir. Bu çalışmada, meme kanseri
hücre hatları üzerinde etkili olduğu gösterilen yeni bir Gemsitabin nanotaşıma sistemi
oluşturulmuştur. Kitosan nanoparçacıklara Gemsitabin’in bağlanması, ilacın kanser hücreleri
içindeki birikimini ve etkinliğini arttırarak apoptoza neden olmaktadır.
Anahtar kelimeler: Anti-tümör terapi, Kitosan, Gemsitabin
İlaç Hedeflemesinde Gemsitabin Yüklü PAMAM Dendrimer Kaplı Manyetik
Nanoparçacıkların Kullanılması
Maryam Parsian1, Negar Taghavi Pourianazar1, Serap Yalçın2, Pelin Mutlu3, Ufuk Gündüz1
Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Biyoteknoloji Bölümü, Ankara
Ahi Evran Üniversitesi, Gıda Mühendisliği Bölümü, Kırşehir
3
Orta doğu Teknik üniversitesi, Merkez Laboratuvarı, Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji Ar-Ge, Ankara
1
2
Bir deoksisistidin analoğu olarak Gemsitabin (2’,2’-diflorodeoksisistidin), meme kanseri
tedavisinde kullanılan etkili bir kemoterapötikdir. Poliamidoamin (PAMAM) dendrimer kaplı
manyetik nanoparçacıklar kemoterapinin yan etkilerini ortadan kaldırabilir. Ancak, terminal NH2
grupları ve katyonik yüklerinden meydana gelen toksisite nedeni ile dendrimerlerin biyomedikal
uygulamaları sınırlıdır. Değişik fonksiyonel gruplar eklenerek yapılan yüzey mpdifikasyonları ile
toksisitesi daha az olan PAMAM dendrimerlerin üretilmesi mümkündür. Bu çalışmanın amacı,
Gemsitabin için etkili bir hedefleme sistemi oluşturmaktır. Gemsitabin farklı DcMNP
jenerasyonlarına bağlanmış ve en iyi yüklenme kapasitesinin jenerasyon 5.5’de olduğu
bulunmuştur. FTIR ve XPS analizleri Gemsitabin’in DcMNP’lerin yüzeyine bağlandığını
göstermiştir. TEM görüntüleri, nanoparçacıkların ilaç bağlanmadan önce ve bağlandıktan sonra
boyutlarının nanoskalada olduğunu göstermiştir. Yapılan in vitro çalışmalar ise, ilaç bağlı
nanoparçacıkların meme kanseri hücre hatlarında serbest ilaca göre daha sitotoksik olduğunu
göstermiştir.
Anahtar kelimeler: Gemsitabin, manyetik nanoparçacıklar, PAMAM dendrimer
ODTÜ Merkez Laboratuvar Moleküler Biyoloji-Biyoteknoloji Ar-Ge Merkezi
Kromatografi ve Fermentasyon Laboratuvari (KFL)
Dr. Tamay Şeker1, Ceren Biler1 Ms, Erdem Boy1 Ms, Tuğba Doğan1 Ms, Prof. Dr. Meral Yücel1,2
1
ODTÜ Merkez Laboratuvar, Moleküler Biyoloji-Biyoteknoloji Ar-Ge Merkezi, 06800, ODTÜ, Ankara
ODTÜ, Fen-Edebiyat Fakültesi, Biyoloji Bölümü, 06800, ODTÜ, Ankara
2
ODTÜ Merkez Laboratuvar, Moleküler Biyoloji-Biyoteknoloji Ar-Ge Merkezi bünyesindeki
Kromatografi ve Fermentasyon Laboratuvarı (KFL), Yüksek Performanslı Sıvı Kromatografisi
Cihazı (HPLC), Hızlı Performanslı Sıvı Kromatografisi Cihazı (FPLC) ve farklı kapasitelerde
fermentör cihazları ile kromatografik ayırım, miktarlama, saflaştırma ve farklı kapasitelerde
biyokütle üretimi üzerine faaliyet göstermektedir. Yüksek Basınçlı Sıvı Kromatografisi cihazı
(HPLC) ile laboratuvarımızda gıda- içecek endüstrisi, çevre mühendisliği, tıp, endüstriyel kimya,
ziraat, farmakoloji vb. f farklı alanlardan gelebilen örneklerde kimyasal ayırım, saflaştırma,
tespit ve miktar belirleme amacıyla sakkarit/polisakkaritler, organik asitler, ilaç hammaddeleri,
vitaminler, höcre içi-dışı metabolitler ve peptitler vb. çok geniş aralıkta analiz veya metot
optimizasyonu yapılabilmektedir. Hızlı Performanslı Sıvı Kromatografisi Cihazı (FPLC) mikro
düzeyde veya düşük basınçta saflaştırma, FLCP, preparative HPLC analizleri ile protein, peptid
ve nükleik asit ayırımları için kullanılabilmektedir. Fermentasyon ünitesi 2 adet 1L’lik, 1 adet 5
L’lik ve 1 adet 20 L’lik fermentörleri içerir ve kontrol üniteleri, gaz karıştırıcı, termal gaz akış
kontrol üniteleri, pompa, güç ve seviye kontrol üniteleri, ısıtıcı üniteler, pH ve dO2 problarından
oluşan, bağımsız da çalışılabilen, entegre sistemler olup hücre içi-dışı metabolit takibi vb. farklı
amaçlar için büyük ve küçük ölçekte biyokütle üretimi sağlamaktadır. ODTÜ MBB KFL “TS
EN ISO/IEC 17025 kapsamında TS EN 12630 Meyve ve Sebze Suları Glikoz, Fruktoz, Sorbitol
ve Sakaroz Muhtevası Tayini – Yüksek Performans Sıvı Kromatografisi Metodu” standartından
31 Aralık 2013 tarihi itibariyle TÜRKAK’tan akreditedir. Laboratuvarımız ODTÜ ve diğer
üniversitelerle beraber kamu ve endüstriye analiz desteği sağlamakta, cihaz kapasitesi ve yetkin
personeli ile ODTÜ ve Türkiye için referans laboratuvar olma yolunda çalışmalarını
sürdürmektedir.
ODTÜ Merkez Laboratuvar Moleküler Biyoloji-Biyoteknoloji Ar-Ge Merkezi
Kütle Spektroskopi Laboratuvari (KSL)
Dr. Tamay Şeker1, Ceren Biler1 Ms, Tuğba Doğan1 Ms, Ürün Duru2, Prof. Dr. Meral Yücel1,2
1
ODTÜ Merkez Laboratuvar, Moleküler Biyoloji-Biyoteknoloji Ar-Ge Merkezi, 06800, ODTÜ, Ankara
ODTÜ, Fen-Edebiyat Fakültesi, Biyoloji Bölümü, 06800, ODTÜ, Ankara
2
Kütle spektroskopi son yıllarda yoğun olarak çalışılan metabolomik, genomik, proteomik,
transkriptomik gibi disiplinlerde etkin olarak kullanılmaktadır. ODTÜ Merkez Laboratuvar,
Moleküler Biyoloji-Biyoteknoloji Ar-Ge Merkezi bünyesindeki Kütle Spektroskopi Laboratuvarı
(KSL), yüksek hassasiyet ve seçicilikte analiz edilmesi gereken, gıda endüstrisi, çevre
araştırmaları, farmakoloji, moleküler biyoloji vb. farklı alanlardan gelen analiz taleplerini
karşılamakta, proje ortaklığı ve metot geliştirme hizmeti vermektedir. Laboratuvarımızdaki Sıvı
Kromatografi-Kütle Spektrometre (LCMSMS) cihazında yüksek hassasiyette metabolit analizi
yanında pestisit,
forensik-farmakalojik bilgi bankalarından tarama yapılabilmektedir. Yüksek
duyarlıklı nanosprey LCMS sistemleri olan NanoLC-ÇipMS cihazı biyomarkör analizi, protein
fosforilasyonu tespiti, glikomiks-glikozaminglikanlar, proteoliz, lipidomik vb.
düşük örnek
hacimli nano sistemlere ihtiyaç duyan analizleriçin kullanılabilmekte, elektroforezin yüksek
ayırım gücünü, HPLC’nin hızı ve otomasyonu ile birleştiren güncel bir ayırma tekniği olan
Kapiler Elektroforez (CE) cihazı ile peptid haritalama, amino asit, karbonhidrat, kiral madde,
flavonoid ve oligonükleotitler için tespit ve miktarlama yapılabilmektedir. ODTÜ MBB KSL,
ODTÜ ve diğer üniversitelerle beraber kamu ve endüstriye farklı alanlarda analiz desteği
sağlamakta, cihaz kapasitesi ve yetkin personeli ile ODTÜ ve Türkiye için nitelikli bir
laboratuvar olma yolunda çalışmalarını sürdürmektedir.
Bortezomib Yüklü Kitosan Manyetik Nanoparçacıkların pH’a Duyarlı İlaç Salımı
Gozde Unsoy1, Serap Yalcin2, Rouhollah Khodadust1, Pelin Mutlu3, Ufuk Gündüz1
Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı, Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Ankara, Türkiye
Gıda Mühendisliği Bölümü, Ahi Evran Üniversitesi, Kırşehir, Türkiye
3
Merkezi Laboratuvar Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji Ar-Ge, Orta Doğu Teknik Üniversitesi,
Ankara, Türkiye
1
2
Kitosan kaplı manyetik nanoparçacıklar kanser tedavisinde kullanılmak üzere, hedeflenen
bölgede pH’a duyarlı ilaç salımı yapılması için sentezlendi (Unsoy et al., 2012).
Nanoparçacıklara bir proteozom inhibitörü olan Bortezomib yüklenerek, ilacın çeşitli pH’lardaki
salım özellikleri ve stabilitesi belirlendi.
Bortezomib yüklü kitosan manyetik nanoparçacıkların ihtiva ettikleri ilacın fizyolojik koşullarda
(pH 7.4, 37C, PBS) % 85’ini muhafaza ettikleri tespit edildi. Nanoparçacıkların neutral pH’da
oldukça dayanıklı oldukları anlaşıldı. İlaç yüklü nanoparçacıkların stabilitesi, hem ilacın raf
ömrü boyunca aktif durumda saklanabilmesi, hem de kanda (pH 7.4) salınmayarak, sağlıklı
dokuların ilacın yan etkilerinden korunması açısından kritik önem taşımaktadır. Aksi takdirde,
stabil olmayan nanoparçacıklar, ihtiva ettikleri ilaç yükünü daha hedefe ulaşmadan, kan
dolaşımına salabilirler ki bu da yan etkiler ve hedeflenen bölgede gerekli ilaç yoğunluğunun
sağlanamaması açısından istenilmeyen bir durumdur.
Sentezlenen nanoparçacıkların ilaç salım özellikleri endosomal pH değerlerinde (pH 4.2 ve 6.0)
çalışıldığında, yüklenen Bortezomib’in yaklaşık % 28’inin pH 6’da, % 51’inin ise pH 4.2 de ilk
15 saat içerisinde salındığı ölçüldü. Salınan Bortezomib miktarının pH 4.2’de pH 6’ya göre
oldukça fazla olduğu bulundu. Kitosan nanoparçacıkların ilaç salımında pH’ın önemli bir etkisi
olduğu tespit edildi.
Sonuç olarak sentezlenen nanoparçacıkların, hücre endosomlarında ve sağlıklı dokulara göre
daha asidik olan tümör dokusunda, pH’a duyarlı Bortezomib salımı yapabileceği öngörüldü.
Doksorubisin Yüklü Kitosan Manyetik Nanoparçacıkların Hücre İçerisine Girmesi ve
Hücre Çoğalmasını Önlemesi
Gozde Unsoy1, Rouhollah Khodadust1, Serap Yalcin2, Pelin Mutlu3, Ufuk Gündüz1
Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı, Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Ankara, Türkiye
Gıda Mühendisliği Bölümü, Ahi Evran Üniversitesi, Kırşehir, Türkiye
3
Merkezi Laboratuvar Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji Ar-Ge, Orta Doğu Teknik Üniversitesi,
Ankara, Türkiye
1
2
Meme kanseri tedavisinde kullanılmak üzere hedefe ilaç salımı için kitosan kaplı manyetik
nanoparçacıklar sentezlendi (Unsoy et al., 2012). Sentezlenen nanoparçacıklara bir kanser ilacı
olan Doksorubisin yüklenerek, hücre içine alımları MCF-7 ve Doksorubisin dirençli MCF-7
meme kanseri hücre hatlarında florasan mikroskobu ile gözlemlendi. Doksorubisin yüklü
nanoparçacıkların sitotoksisite analizleri XTT reaktifi hücre çoğalma testi ile incelendi.
Meme kanserinin tedavisinde kullanılan bir ilaç olan Doksorubisin, kitosan kaplı manyetik
nanoparçacıklara yüklenerek hücrelere verildiği zaman, ilacın tesirinin önemli ölçüde arttığı ve
IC50 değerlerinin kayda değer ölçüde düştüğü in vitro sitotoksisite analizleri ile tespit edildi.
İlaçlar kitosan kaplı manyetik nanoparçacıklara yüklendiğinde, ilaç dirençliliğinin üstesinden
gelindiği ve ilacın hücre çoğalmasını önleme etkinliğinin arttığı belirlendi. Aynı XTT analizi ile
incelendiğinde, ilaç yüklenmeyen kitosan kaplı manyetik nanoparçacıkların sitotoksik bir etki
göstermedikleri saptandı.
Sonuçlar, sentezlenen Doksorubisin yüklü, kitosan kaplı manyetik nanoparçacıkların kanser
tedavisinde ilacın hedefli salımı uygulamalarında kullanılabilecek ve ilaç dirençliliğinin
üstesinden gelebilecek özellikte olduklarını gösterdi.
Doksorubisin dirençli ve duyarlı MCF-7 hücre hatlarında Serbest Doksorubisin ve
Doksorubisin yülü PHB-Magnetik nanoparçacıkların sitotoksik analizleri
Serap Yalcin1, Gozde Unsoy2, Pelin Mutlu3, Rouhollah Khodadust2, Negar Taghavi Pourianazar2,
Maryam Parsian2, Ufuk Gunduz2
Gıda Mühendisliği, Ahi Evran Üniversitesi, Kırşehir,
Biyoteknoloji, ODTÜ, Ankara, Türkiye
3
Merkezi Laboratuvar Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji Ar-Ge, Orta Doğu Teknik Üniversitesi,
Ankara, Türkiye
1
2
Doksorubisin antrasiklin bir antibiyotiktir. Birçok kanser tiplerinde antikanser ajan olarak
kullanılmakla birlikte kalp üzerinde çok ciddi yan etkileri mevcuttur. Bu yan etkilerin azaltılması
veya yok edilmesi için bu kemoterapötik ajanların uygun nanotaşıyıcılar ile hedeflenmesi
önemlidir. Bu çalışmadaki amacımız Doksorubisin dirençli ve duyarlı MCF-7 hücre hatlarında
derbest Doksorubisin ve Doksorubisin yüklü poli-hidroksibütirat (PHB) kaplı manyetik
nanoparçacıkların sitotoksik etkisinin belirlenmesidir. Çalışmada PHB kaplı manyetik
nanoparçacıklar in situ kaplama metodu ile sentezlenmiş ve bu nanoparçacıklara Doksorubisin
ilacı yüklenmiştir. Serbest Doksorubisin ve Doksorubisin yüklü nanoparçacıkların sitotoksik
analizleri MCF-7 hücreleri üzerinde çalışılmıştır. Doksorubisin ve Doksorubisin yüklü PHB
kaplı nanoparçacıkların sitotoksisite düzeyi XTT hücre çoğalma kiti ile test edilmiştir. Dirençli
MCF-7 hücreleri (1μM Doksorubisin) üzerinde, Doksorubisin yüklü PHB kaplı manyetik
nanoparçacıkların sitotoksik etkisi serbest ilaca göre 2.5 kat daha fazla bulunmuştur. Sonuçlara
göre Doksorubisin yüklü manyetik nanoparçacıklar ilaç dirençliliğini üstesinden gelmek için
kullanılabilir.
Anahtar kelimeler: Doksorubisin, ilaç dirençliliği, sitotoksisite, meme kanseri
Yüzey Sularının Vankomisin Dirençli Bakterilerin ve Vankomisin Direnç Genlerinin
Yayılımındaki Rolü
Mustafa Nakipoğlu1, Fadime Yılmaz2, Bulent İçgen1,2
1
Biyoteknoloji ABD, ODTÜ, Ankara, Türkiye
Çevre Mühendisliği Bölümü, ODTÜ, Ankara, Türkiye
2
Vankomisin gram-pozitif bakterilere karşı diğer antibiyotiklerin yetersiz kaldığı veya alerji
oluşturduğu durumlarda kullanılan glikopeptit yapılı antibiyotiklerden biridir. Özellikle
Enterococcus cinsi bakterilerde vankomisin ve teikoplanin direncinin ortaya çıkmaya başlaması
dünya çapında ciddi bir antimikrobiyal direnç tehlikesi olarak görülmektedir. Geçtiğimiz on yıl
boyunca vankomisin dirençli enterococci (VRE) ciddi bir hastane patojeni olarak kendini
göstermiştir. Bu duruma arıtımı yeterince yapılmamış atık suların tekrar kullanılmasının,
antibiyotiklere karşı direnç gösteren bakterilerin ve antibiyotik direnç genlerinin içme sularına
karışmasının neden olduğu düşünülmektedir. Toplum sağlığı açısından önemli olan direnç
genlerinden vanA, vanB ve vanC genleri bakterilerde farklı derecelerde vankomisin ve
teikoplanin dirençliliğine neden olmaktadırlar. Bu nedenle bu çalışmada, önemli su
kaynaklarımızdan olan Kızılırmak nehir suyundan alınan su örneklerinde VRE ve VRE olmayan
ve van genlerini içeren bakteriler araştırılmıştır. Yapılan ön çalışmalar sonucu 18 vankomisindirençli bakteri belirlenmiş olup 16S rRNA analizi ile tanımlanmıştır: Vankomisin dirençlilik
dereceleri belirlenen bakterilerin van genleri analizleri PZR ile yapılmıştır. SDS-PAGE ile de
vanA geni tarafından kodlanan D-alanin-D-laktat ligaz enzimi varlığı gösterilmiştir. Çalışmanın
bundan sonraki aşamasında ise VRE ve VRE olamayan bakteriler arasında varlığı gösterilen van
genlerinin tranfer edilme durumları belirlenecektir.
TLR9 Aktivasyonu için CpG-ODN Taşıyıcısı Olarak PAMAM-Kaplı Manyetik
Manoparçacığın Sentezlenmesi
Negar Taghavi Pourianazar1, Ufuk Gündüz1
1
Biyoteknoloji ABD, ODTÜ, Ankara, Türkiye
Gen taşınımı alanı, son on yılda, kanser gibi ölümcül hastalıkların tedavisi ve işlevsiz genlerin
değiştirilmesi konusundaki olası uygulamaları nedeniyle hızlı büyüyen bir alan olmuştur. Ancak,
etkili gen-bazlı terapötik ajanlar geliştirebilmek için hücresel bariyerler, enzimatik degradasyon
ve uygulamadan sonra hızlıca ortamdan uzaklaştırılma gibi çeşitli problemler aşılmalıdır.
Metillenmemiş sitozin-fosfat-guanozin desen (CpG-ODN) barındıran, sentetik 24mer tek dizili
Toll benzeri reseptörler 9 (TLR9) agonisti olan CpG-oligodeoksinükleotitler potansiyel
antitümör etkiye sahiptir. Bu çalışmada, biyolojik ortamda gen düzenlemesini kontrol
edebilecek, maksimum terapötik yarar sağlayacak ve toksisiteyi en aza indirecek, verimli bir
nanotaşıyıcı kullanılarak, CpG-ODN moleküllerinin başarıyla meme kanseri hücrelerine
gönderilmesine çalışılacaktır. Kullanılacak taşıyıcı system manyetik çekirdek, aminosilan ara
katmanı ve farklı jenerasyonlarda PAMAM dendrimer ile hazırlanacaktır.
CpG-ODN’llerin PAMAM kaplı manyetik nanoparçacıklara yüklenmesi agaroz jel elektroforezi
ile
görüntülenmiştir.
CpG-ODN
yüklü
nanoparçackların
karakterizasyonu
nanoDrop
spektrofotometresi, X-ışını fotoelektron spektroskopisi, and ZETA potansiyel analizi ile
yapılmıştır. CpG-ODN yüklü nanoparçacıkların hücre içine alınımı farklı meme kanseri hücre
hatları kullanılarak incelenmiştir ve bu parçacıkların sitotoksisitesi takip edilmiştir.
Sonuçlar nanoparçacıkların başarıyla sentezlendiğini, CpG-ODN bağlandığını ve tümör
hücrelerini inhibe edilmesini göstermiştir.
Bütün bunlar göz önüne alındığında, geliştirilen bu system kanser immunoterapisi ve antitümör
uygulamalar için basit ve invaziv olmayan bir yöntem sunarak, meme kanseri hücre hatlarında
CpG-ODN moleküllerinin yüksek verimle hücrelere gönderilmesi ve TLR9’un verimli bir
şekilde hedeflenmesi için kullanılabilir.
Anahtar kelimeler:PAMAM dendrimer, ilaç taşınımı, CpG-ODN
CpG-ODN taşıyıcıları olarak kitosan- ve poli(amidoamin) dendrimer-kaplı manyetik
nanoparçacıkların karşılaştırılması
Negar Taghavi Pourianazar1, Maryam Parsian1, Gozde Ünsoy1, Serap Yalçın2, Ufuk Gündüz1,3
1
Biyoteknoloji ABD, ODTÜ, Ankara, Türkiye
Gıda Mühendisliği Bölümü, Ahi Evran Üniversitesi, Kırșehir, Türkiye
3
Biyolojik Bilimler Bölümü, ODTÜ, Ankara, Türkiye
2
Kanser kontrolsüz hücre çoğalması ve bu esnada hücrelerin özdeşlerinden farklılaşması ve
giderek vücudun çeşitli bölgelerine yayılması şeklinde tarif edilir.
Metilenmemiş sitozin-fosfat-guanin oligodeoksinükleotitler (CpG-ODN), toll benzeri reseptörler
9 ile etkileşim aracılığı ile anti-tümör aktivitesine sahiptir. CpG-ODN 'lerin başarılı bir şekilde
tümör bölgesine transfer edilmesi için ve serum nükleazlardan korumak için uygun bir
nanotaşıyıcı kullanmak gerekmektedir.
Poli (amidoamin) (PAMAM) dendrimerler ve kitosan polimeri, CpG-ODN taşıyıcıları olarak
önerilmiştir.
Nanparçacıkları
özellikle
kanserli
dokuya
yönlendirebilmek
için,
süperparamanyetik demir oksit molekülleri nanoparçacıkların çekirdeğine yerleştirilmiştir.
Bu araştırmada, amaç, kanser terapisinde kullanılmak üzere kitosan- ve PAMAM dendrimerkaplı manyetik nanoparçacıklar (CsMNP ve DcMNP) sentezlemektir. Nanoparçacıklar
sentezlendikten sonra, CpG-ODN’lerin hücrelere gönderimini artırmak için CpG-ODN’ler
nanoparçacıklara bağlanıp ve bu nanoparçacıkların karakterizasyonu yapılmıştır. Daha sonra
bağlanma verimliliği, hücre içi salımı, nanoparçacıkların stabilitesi ve kanser hücrelerindeki
sitotoksisiteleri incelenmiştir. Son olarak, bu nanoparçacıkların özellikleri, boyutları ve
sitotoksisiteleri karşılaştırılmıştır.
DcMNP yeterli yüzey amin grupları nedeniyle, CpG-ODN ile bir kompleks meydana getirmek
üzere daha iyi bir özellik göstermiştir. Bu yüzeydeki amin grupları nedeniyle, CsMNP’e göre
daha toksiktir ki bu toksisite, yüzey modifikasyonu ile azaltılabilir. Bu sonuçlar, DcMNP’nin,
CpG-ODN aktarımı için daha iyi bir aday olduğunu göstermektedir.
Anahtar kelimeler: CpG- oligodeoksinükleotitler, manyetik nanoparçacıklar, kitosan
Lignoselülozik Yan Ürünlerden Biyoetanol Üretimi
Abduvali Valiev1, Zümrüt B.Ögel1,2, Deniz Çekmecelioğlu1,2
1
2
Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı, Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Ankara, Türkiye
Gıda Mühendisliği Bölümü, Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Ankara, Türkiye
Lignoselüloz dünyada en çok bulunan yenilenebilir biyokütledir. Lignoselülozik yapıdakı bitki
ve ziraat yan ürünlerinin biyolojik olarak etanol’a dönüştürülmesi birçok fayda sağlayacaktır.
Lignoselüloz’ik hammaddenin yapısı ve bileşimi çok karmaşık olduğu için fermente edilebilir
monosakkaritlere hidroliz olması zor bir işlemdir. Bunun için ön işlem uygulanır. Ön işlemin
asıl amacı lignin’i parçalamak ve kristal haldeki selüloz’ün yapısını bozarak enzimin kolayca
ulaşabilmesini sağlamak. Bu çalışmada fındık kabuğ’u karbon kaynağı olarak kullanılmış ve iki
farklı maya (Saccharomyces cerevisiae ve Kluyveromyces marxianus) ile fermente edilerek
etanol üretilmiştir.
Plazmit Referans Malzeme Kullanarak Roundup Ready® Soya ve Lektin Genleri İçin
Miktar Tayini Analizlerinde Ölçüm Belirsizliği Hesaplama
Ceren Tuğrul1,Remziye Yılmaz2, MeralYücel1,2,3, HüseyinAvniÖktem1,2,3
Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Biyoteknoloji Bölümü
Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Merkez Laboratuvar, Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji Ar-Ge
Merkezi
3
Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Biyoloji Bölümü,06800, Ankara, TURKEY
1
2
Genetiği değiştirilmiş (GD) gıda, yem ve tohumların miktar tayini analizleri DNA’ya dayalı
Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PCR) ile yapılmaktadır. Miktar tayini
analizlerinde kullanılan kuru toz halde bulunan Sertifikalı Referans Malzemeler (SRM), Joint
research Center Institute for Reference Materials and Measurements (JRM-IRMM) tarafından
geliştirilmekte ve üretilmektedirler. Son olarak yapılan yasal düzenlemelerle genetiği
değiştirilmiş organizmalar (GDO) için etiketleme eşik değerleri belirlenmiştir. Bu yasal
düzenlemelerle birlikte gıda kontrol laboratuvarlarında rutin hale gelen miktar tayini analizleri
için SRM’ler önemli hale gelmiştir. Miktar tayini analizleri için yasal olarak belirlenen hassas
eşik değerleri moleküler biyoloji metotlarında kullanılan ölçüm belirsizliğinin hesaplanmasını
gerekli hale getirmiştir. Ölçüm belirsizliği analiz edilen miktar ile bağıntılı olarak
karşılaşılabilecek değer aralığı olup yapılan analizin kalitesini, güvenirliğini ve analizin
değerinin sınırlarını
gösteren önemli parametredir.
Bu çalışmada SRM’ler yerine plazmit
referans malzeme kullanılmıştır. Soyada yapılan genetik değişiklik için Roundup Ready®’e ve
bu genetik değişiklik için referans alınan -endojen gen- Lektin’e özgü tasarlanmış plazmit
referans malzemelere ait ölçüm belirsizlikleri hesaplanmıştır. Bu iki gen bölgesine ait plazmit
kopya sayısı üzerinden kalibrasyon eğrileri çizilmiş ve bu eğriler ile içeriği bilinmeyen
örneklerde Roundup Ready® gen bölgesine ait kopya sayısı üzerinden miktar tayini yapılmıştır.
Sonuçlar plazmit referans malzemenin SRM’lere alternatif olarak kullanılabileceği yöndedir.
Anahtar kelimeler: Genetiği değiştirilmiş organizma, miktar tayini, plaszmit referans malzeme,
Sertifikalı Referans Malzeme (SRM), Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PCR)