Hazret-i Ubeydullah bin Cerrah'ın Antakya'yı fethettiği dönemde, Hazret-i İsa'nın (aleyhisselam) havarilerine Antakya’da ilk inanan bir inanç abidesi ve Kur'an-ı Kerim'de Yasin suresinde övülen bir şehit olan Habib-i Neccar ile Hazret-i İsa’nın (aleyhisselam) havarilerinin bulunduğu yere fethin sembolü olarak bu cami inşa edilmiştir. Habib-Neccar’ın kabri ile Hazret-i İsa Peygamber tarafından gönderilen ve Roma halkını Allah'a inanmaları için Antakya’da tebliğde bulunan havariler Yuhanna, Pavlos ve Şemun Safa'nın mezarları caminin içinde yer almaktadır.