Primer Design

Hafta IX
PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları
Direkt Mutasyon Analiz
Teknikleri
Prof. Dr. Hilâl Özdağ
Bir sonraki aşama….
1. SSCP, HA, DHPLC, TGCE benzeri bir teknikle saptadığınız ve
incelediğiniz DNA fragmentinde konformasyonel değişime neden
olan dizi değişiminin ne olduğunu ortaya çıkarmak,
2. İncelediğiniz DNA fragmentini bir indirekt yöntemle analiz
etmeden
doğrudan dizi bazında değerlendirmek,
3. Klonlamak üzere hazırladığınız DNA fragmentine klonlama
öncesi
aşamalarda (PCR) hatalı bir baz girip girmediğinden emin olmak
için
Bir sonraki aşama DNA dizi analizidir.
DNA DİZİ ANALİZİ
DİZİ HİZALAMA
• Elde edilen dizilerin analizini yapmak sonuçları
referans dizi ile kıyaslayarak hizalamak
demektir.
• Beckman; Sequence investigator
• ABI; eski versiyon Sequence Navigator, yeni
versiyon Seqscape
• Bütün platformlara uygun Sequencher
• www.genecodes.com
PCR TEMELLİ MUTASYON
ANALİZ YÖNTEMLERİ
MUTASYONU ÖNCEDEN BİLİYOR VE
YENİ BİR ÖRNEK GRUBUNDA
VARLIĞINI SORGULAMAK
İSTİYORSANIZ
RFLP ( Restriction Fragment Length Polymorphism)
ASA (Allele Specific Amplification)
Primer Extension
PCR TEMELLİ MUTASYON
ANALİZ YÖNTEMLERİ
RFLP
Yabanıl Tip Allel
AGATCT
TCTAGA
RE kesim bölgesi
Mutant allel
AGAGCT
TCTCGA
RE bölgesi kaybolmuş
PCR TEMELLİ MUTASYON
ANALİZ YÖNTEMLERİ
ASA
Primer Extension:
Bağlanma:
Primere bir nt
eklenmesi
Uzama:
Saptama:
Floresans
Primer Extension: