Genetik kaynaklar ve koruma

Genetik kaynaklar ve koruma
3. Ders
Seleksiyon, moleküler markır
Doç. Dr. Aslıhan TEMEL
İ.Ü. Fen Fak. Moleküler Biyoloji ve Genetik
03.10.2017
1
03.10.2017
2
03.10.2017
3
•
•
•
•
•
•
•
•
•
Bireylerin (genotip) ayırt edilmesi
Morfoloji
Yaşam koşulları (amino asit, ışık, sıcaklık vb.)
Sekonder metabolit, enzim
DNA dizi
PCR ve dizileme
Çevre koşullarından ve gelişim aşamasından bağımsız
Polimorfizm yüksek
Kalıtılabilir
03.10.2017
4
PROTEİN
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
Enzim polimorfizmi
Enzim; protein katalizör
Spesifik bir reaksiyon
Aynı genin farklı allelleri; allozim
Farklı genler; izozim, hexokinase I-IV
Missense mutation, a.a. değişikliği
Proteinin dizisi, yapısı, elektrik yükü, işlev
Farklı organ, organel
Jel elektroforezindeki hareket
Sıvı kromatografisi
03.10.2017
5
03.10.2017
6
PROTEİN
•
•
•
•
•
Co-dominant
Düşük polimorfizm
Aynı boyutta farklı protein
Hangi doku, koşul
Bitki tohum proteinleri, yüksek polimorfizm
03.10.2017
7
•
•
•
•
•
Polyacrylamide Gel Electrophoresis
Boyut
SDS, ½ a.a. negatif yük
Denatüre
Coomassie boyama
03.10.2017
8
• Isoelectric Focusing
• Proteinin, nötr olduğu pH=İzoelektrik nokta (pI)
Nelson DL, Cox MM (2017) Lehninger Biochemistry
03.10.2017
9
Two-Dimensional (2D)
03.10.2017
10
Restriction Fragment Length Polymorphism
•
•
•
•
gDNA, restriksiyon enzimi
Naylon membrana transfer
İşaretli prob
DNA miktarı yüksek
Botstein et al. (1980)
03.10.2017
11
Random Amplified Polymorphic DNA
•
•
•
•
•
10-mer rasgele primer
60% GC içeriği
PCR
Hızlı, kolay
Düşük Ta
Williams et al. (1990)
03.10.2017
12
Amplified Fragment Length Polymorphism
•
•
•
•
•
2 restriksiyon enzimi
Adaptör ligasyonu
2 kademe PCR
PAGE
High-quality DNA, çok miktarda
Vos et al. (1995)
03.10.2017
13
Cleaved Amplified Polymorphic Sequence
• 10-25-mer rasgele primer
• PCR’dan sonra restriksiyon kesimi
Sequence Characterized Amplified Region
•
•
•
•
Daha önce bulunmuş polimorfik markır
Dizileme
Primer tasarımı
PCR
03.10.2017
14
Simple Sequence Repeats
•
•
•
•
•
•
•
Microsatellites (1 to 10 nucleotides)
Minisatellites (> 10 nucleotides)
DNA replikasyonu sırasında
Tekrarlı dizileri çevreleyen «flanking»
Co-dominant
Polimorfik
Düzenleyici işlev
03.10.2017
15
Single Nucleotide Polymorphism
•
•
•
•
•
Variant, point mutation, interchangeably
Populasyonda >1%, polimorfizm, SNP
Populasyonda <1%, mutasyon
Dizi bilgisi
Haplotype
03.10.2017
16
Single Nucleotide Polymorphism
•
•
•
•
•
Variant, point mutation, interchangeably
Populasyonda >1%, polimorfizm, SNP
Populasyonda <1%, mutasyon
Dizi bilgisi
Haplotype
03.10.2017
17
03.10.2017
18