Hafta III Genombilimde Mikrodizin Uygulamaları ve Biyoinformatik Analiz DNA Dizilimi ve Gen Đfadesi Düzeyinde Varyasyon Doç. Dr. Hilâl Özdağ Genom-Transkriptom DNA Genom mRNA Protein Transkriptom Proteom Mikrosatellitler • Basit ve kısa dizi tekrarları (short tandem repeats-STR) • 2, 3, 4, 5 nt’lik tekrarlar • Allel sayısı çeşitli • Đnsan genomunda her 100kb’de bir. Mikrosatellitler TNP’ler • Tekli Nükleotid Polimorfizmleri • 2 alleli bulunur. • Đnsan genomunda yaklaşık her 600 bç’de bir tekrarlanır. TNP’ler Nature. 409: 929 TNP’lerin tanımlanması ASA TNP’lerin tanımlanması RFLP Yabanıl Tip Allel AGATCT TCTAGA RE kesim bölgesi Mutant allel AGAGCT TCTCGA RE bölgesi kaybolmuş TNP’lerin tanımlanması RFLP Yabanıl Tip Allel AGATCT TCTAGA RE kesim bölgesi Mutant allel AGAGCT TCTCGA RE bölgesi kaybolmuş TNP’lerin tanımlanması http://bio.huji.ac.il/images/genpic4.gif TRANSKRĐPSĐYON http://www.wellesley.edu/Chemistry/ Gen ifadesinin bağıl olarak ölçümü Gen ifadesinin bağıl olarak ölçümü Gen ifadesinin bağıl olarak ölçümü Gen ifadesinin bağıl olarak ölçümü E= 10-1/slope