Genetik cesitliligin modeli

advertisement
Gene$kCesitliginModeli
Dr.MahmutÇerkezErgören,PhD
YakinDoguUniversitesi
TipFakultesi
TibbiBiyolojiA.D.
InsanGenomlariArasindakiVaryasyonCesitleri
•  Insan genomlarindaki genom degisiklikleri kisilere
goredegismelerineragmenetkileriyoktur.
•  DigerdegisikliklerfenoGpi,vucudyapisinibelirleyen
normaldegerleri,metabolizmayi,pigmentasyonuvb
etkileyebilirveherkisiyiozelyaparlar.
•  Bazivaryantlarpatojenik$r:
Ya hastaliklara sebep olurlar ya da hastaliklarin
gelisip gelismemelerine diger genlerle, yasam
sekliylevecevreylebirlikteetkilesimegirereksebep
olurlar.
•  Insangenomvaryasyonlari:
Tek nukleoGd degisiklikleri butun
kromozomunkazanci/kaybi.
kucuk alan varyantlari eger bit etkileri varsatek gende
etkigosterirler
Buyukalanvaryantlarigeneldebirkacgenietkiler..
Tandem(ardisik)Tekrarlar:
•  BirveyabirdenfazlanükleoGdtekrarlandığızamanoluşur.
•  TekrarlarbirbirlerinetamamenyapışıkQrlar.
örn:
ATTCGATTCGATTCG
ATTCG3keretekrarlandı
•  Armadillotekrarlarıadıverilen,birçokproteindomainleri
de primer amino asit yapılarında tandem tekrarlanma
gösterirler.
•  Ancak, proteinlerin, mükemmel tekrarları in vivo
koşullardaolasıdeğildir.
VariableNumberTandemRepeats(VNTRs)
(DeğişkenSayılıTandemTekrarlar)
•  KısanükleoGdsekanslarınıngenomüzerindetandemtekrarolarak
organizeolmasıdır.
•  Birçok kromozom üzerinde bulunabilir ve genellikle kişiden kişiye
uzunluklarıvaryasyongösterir.
•  VNTRs:1)Minisatellitler(VNTRs(?))
2)Mikrosatellitler(ShortTandemRepeats(STR)(Kısatandem
tekrarları))
•  Her varyant kalıtsal alel olarak davranır, bu da onlara kişisel
kimliklendirmede veya babalık testlerinde kullanılmalarına izin
verir.
•  Analizleri geneGkde, biyolojik araşQrmalarda, adli bilimlerde ve
DNAparmakiziyöntemindekullanışlıkılar.
VNTR’leringene$kanalizlerdekullanılmaları:
•  VNTR’lerdiploidgenomlarınbağlanQanalizlerinde(haritalama)kullanılan
RFLPmarkerlariiçinönemlikaynakdırlar.
•  Birçokgenomsekanslandı,VNTR’leradlikriminalaraşQrmalarıiçingerekli
olmuştur,DNAparmakiziveCODISveritabanıyoluyla
•  Büyüklükleri jel elektrofoırezi ya da southern blo_ng yöntemi ile
determineedilirler.
•  Kişiyeözelbantlaroluştururlar.
•  Bağımsız VNTR marker grupları test edildiği zaman, akraba olmayan iki
kişininaynıalelikpaternleritaşımalarıolasılığımümkündeğildir.
•  VNTRanalizleriaynızamandageneGkçeşitlilikvevahşiveyaevcilhayvan
populasyonlarıiçindekiüremepaternleriçalışmalarındadakullanılırlar.
•  Ayrıca, VNTR’ler bakteriyal patojenlerin suşlarının ayrılmasında da
kullanılırlar.
CODISpanelindeki13VNTRlokusbölgelerinkromozomlarüzerindeki
yerleri.
Combined DNA Index System (CODIS) (BirleşGrilmiş DNA indeks sistemi) FBI ceza
adaleG DNA veritabanı için destek programının yanı sira bu veritabanlarının
çalışQrılmasıiçinkullanılanyazılımiçinkullanılanterimdir.
VNTRKalıQmı
VNTRverilerininanaliziiçinikitemelgeneGkprensipkullanılabilir:
•  Kimlik eşleş$rilmesi - spesifik lokasyona ait VNTR alelleri eşleşmek
zorundadırlar.
Eğer iki örnekde aynı kişiye aitse, aynı alel paterni göstermek
zorundadırlar.
•  KalıRmsal Eşleşme - VNTR aleleri kalıRm kurallarını takip etmek
zorundadırlar.
BirbireyiebeveynleriyleyadaçocuklarıylaeşleşGrildiğinde,bukişi her
birebeveyniçineşleşenbiralelesahipolmasıgerekir.
Eğer akrabalık daha uzaksa (buyukanne/baba ya da kardeşler),
akrabalıkderecelerinegöredeğerlendirmeyapılır.
Minisatellitler:
•  A.R. Wyman ve R. White tarabndan 1980 yılında ilk insan minğisateliG
keşfedildi.
•  Yüksek seviyede bulunan çeşitliliklerinin keşfi ile, Prof Sir Alec
JeffreysminisatellitleribazalarakDNAparmakiziyönteminigeliş$rdi.
•  Tekrarlı DNA’nın kisimlarindan belirli DNA moGfleri (10-100 baz çiii
arasındakiuzunluktabulunurlar)Gpikhaliyle5-50keztekrarlanır.
•  İnsangenomunda1.000denfazlalokasyondaoluşur.
•  Populasyonda yüksek mutasyon oranı ve yüksek çeşitlilikleriyle dikkaG
çekerler.
•  Minisatellitler kromozomların sentromer ve telomerleri içinde
belirgindirlervekromozomlarızararlardankorurlar.
Birbireyeaitminisatelitler
Benzerminisatelitler,fakattekrarlarinfarkliuzunluklari
Farkliminisatelitler:farkliDNAsekanslari
•  Minisatelitlerbenzeramaboyutlarıfarklıdır
–  DNAdizileri
–  Tekrarlarınboyları
Farklıkişilereaitminisatellitler
MinisatelitlerinYapısı
•  10 ile 100 baz çiii uzunluğa sahip olan tekrar eden, genelde GC açısından
zenginmoGflerindenoluşur.
•  Buvaryanttekrarlarardişıkolarakiçiçedir.
•  Bazı minisatelitler nükleobazlardan oluşan merkez dizisi (veya “çekirdek
birimi")
“GGGCAGGANG”(buradaNherhangibirbazolabilir)
•  Ya da genellikle A ve G (pürin) ve C ve T (pirimidin) sekans moGfleri
oluşturulur.
•  Yüksekdeğişkenlikminisatellitler9-64bpuzunluğundaçekirdekbirimlerivardır.
Vegenelliklesentromerikbölgelerdeyeralır.
•  İnsanlarda, minisatelitlerin %90’nı kromozomların sub-telomerik bölgelerinde
bulunur.
•  İnsantelomerdizileritandemtekrarlardır:TTAGGGTTAGGGTTAGGG…
Minisatellitlereörnek
GTATACACACATATACATATATAT
tekrari
Minisatellitlereörnek
AGGATTTTardisiktekrari
İşlevi:
•  Genekspresyonregülatörüolarakgörevalırlar..
•  Genellikle kodlanmayan DNA’dırlar ama bazen
bazıgenlerinkısımlarınıoluştururlar(ORF).
•  Kromozomal telomerleri oluştururlar, bunlar
kromozomların uçlarını korurlar ya da diğer
komşukromozomlarlafüzyonunuengellerler.
Mutabilite(değişebilirlik):
•  MinisatellitlerkromozomlarınkırılganbölgeleriylebağlanQlıdırlarvetekrarlayan
translokasyonkırılmanoktalarınayakındır.
•  Bazıinsanminisatellitleri(%1)yüksekmutasyonbölgeleridirvemutasyonoranı
%20-%0.5 arasında değişir. Bu bu dizileri insan genomunun stabil olmayan
blgesiolarakgösterir.
•  Diğergenomlar(fare,sıçan,domuz)minisatellitbenzeridizileriçerirken,hiçbiri
yüksendeğişkenolarakbulunmadılar(hypermutable)
•  İnterval varyantlar yüksek değişkenlik içerdiklerinden, kompleks başlangıc
süreçlerininanaliziiçinyüksekderecedeinformaGfsistemlersağlarlar.
•  Minisatellitler büyük bir olasılıkla insan genomunda meydana gelen mayoGk
rekombinasyonhotspotlarındanevolveoldular..
•  BudizilerDNA’nınparçadeğişikliğiyapmasınısağlar.
Mikrosatellitler:
•  Tekrarlı DNA’nın kisimlarindan belirli DNA moGfleri (2-5 baz çiii
arasındakiuzunluktabulunurlar)Gpikhaliyle5-50keztekrarlanır.
•  Mikrosatelitlerinsangenomuuzerindebinlercebolgedebulunurlar.
•  Populasyonda yuksek mutasyon orani ve yuksek cesitlilik ozellikleri
gosterirler.
•  Mikrosatelitler adli geneGkciler tarafindan siklikla kisa ardisik tekrarlar
(short tandem repeats (STRs)) by forensic geneGcists, ya da bitki
geneGkcileri tarafindan basit sekans tekrarlari (simple sequence
repeats(SSRs))olarakisimlendirler.
•  DNA profillendirilmesindeki kinship
kimliklendirilmelerdekullanilirlar.
analizlerinde
ve
adli
•  Ayrica, geneGk baglanG analizlerinde/ genlerin lokasyonunda veya
hastalik ya da geneGk ozelliklerden sorumlu genlerin marker
secimlerindekullanislidirlar.
YapılarıveLokasyonları
•  TATATATATAdizisidinukleoGdmicrosatellit
GTCGTCGTCGTCGTCtrinukleoGdmicrosatellit
•  4 ya da 5’li tekrarlar tetra- ve pentanukleoGd
moGflerolarakisimlendirilir.
•  Telomerler senesens’de görevlidirler, tekrarlı
dizilerdenoluşurlar,hekzanukleoGdtekrarlımoGfleri
oluştururlaromurgalılarda.(TTAGGG)
•  Minisatelitler gibi klasifiye olurlar ama daha kısa
tekrarlımoGfleriçerdikleriiçinmikrosatelitlerolarak
isimlendirilirler.
• 
Mikrosatellitler genom boyu
dağılırlar.
• 
Birçoğu gen kodlanmayan
bölgelerde yer alırlar böylece
biyolojikolaraksessizdirler.
• 
Bu
nesiller
boyunca
mutasyonları
depolamalarını
sağlar ve DNA parmakizi ve
kimliklendirme
süreçlerinde
çeşitliliksağlamasınısağlar.
• 
Diğer mikrosatellitler regulator
bölgelerdeyadagenlerinintron
yerlerinde ya da direkt olarak
gen bölgelerinde lokalize
olmuşlardır. Gen bölgeleri
içindeki
mikrosatellitlerdeki
değişiklikler
fenoGpik
değişiklikler
ve
böylece
hastalıklarasebepverirler.(frajil
X sendromu ve HungGngton
Hastalığı.
FragileXsyndrome
Hung$ngton’sDisease
minivs.microsatelitler
•  Kişilerdekitekrarlıbölgeleraşağıdakigibiçeşitlilikgösterir
–  VNTR(VariableNumberofTandemRepeats)
•  Minisatelitler
•  Mikrosatelitler
•  Minisatellitler
–  Tekrarunitesiuzunluğu–6-100baz
–  Herminisateliue2-birkaçyüztekrar
–  BinlercefarklıminisatelitgenomdadağılmışQramageneldekromozom
biGşnotlarındayeralırlar(telomer)
•  Mkcrosatelitler
–  Tekrarunitesiuzunluğu:1-7baz
–  Hermikrosatelitler5-100uzunluğuarasındadır
–  Binlercefarklımikrosatelit,rastgelegenomboyuncadağılmışQr.
Mikrosatelitlereörnek
•  CACACACACACACACACACACACACACACACACA
CACACACACACACA
–  (CA)24
•  AATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAAT
GAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGA
ATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATG
AATGAATG
–  (AATG)28
MutasyonMekanizması
•  Bir nükleoGdi etkileyen nokta mutasyonların aksine,
mikrosatelit mutasyonlar bütün tekrarın kazancı veya
kaybıilesonuclananolaylardır.
•  Bu olay replikasyon süresince bazı kaymalara sebep olur.
Mayoz süresince DNA ipliklçikleri arasında mismatch
(yanlışeşleşmelere)sebelolur.
•  Her 1000 nesilde bir mikrosatelit yanlış eşleşmesi
meydanagelir.
•  Böylece mikrosatelit değişiklikler nokta mutasyonlardan
dahafazlagözlenir.
•  Tekrarüitelerindemeydanagelenkaymalar,tekrarunitesi
büyüklüğüçeşitliliğigösterir(farklıorganizmalarda)
STRlokusundareplikasyonsırasındaDNAipliğiüzerindeki
kaymalar:
DNAreplikasyonusırasındaüçşekildekaymaolabilir.
(a) STRlokusundareplikasyonsonucundamutasyonolmaz
(b)  Replikasyon sırasında STR lokusunda bir tekrar unitesikazancı
olabilir.
(c)  Replikasyon sırasında STR lokusunda bir tekrar unitesi kaybı
olabilir.
MikrosatelikMutasyonlarınBiyolojikEtkileri
•  Birçok mikrosatelit gen kodlanmayan bölgelerde
olduklarıiçinbiyolojikolaraksessizdirler.
•  Diğerlerikodlayanbölgelerdedirler
- Buradaki değişiklikler fenotpii değiş$rerek
hastalıklarayokaçarlar.
1)Proteinlerüzerindekietkisi
•  In mammals, 20% to 40% of proteins contain repeaGng
sequences of amino acids encoded by short sequence
repeats.
•  Mostoftheshortsequencerepeatswithinprotein-coding
porGons of the genome have a repeaGng unit of three
nucleoGdes, since that length will not cause frame-shiis
whenmutaGng.
•  EachtrinucleoGderepeaGngsequenceistranscribedintoa
repeaGngseriesofthesameaminoacid.
-Inyeasts,themostcommonrepeatedaminoacidsare
glutamine, glutamic acid, asparagine, asparGc acid and
serine.
MutaGons in these repeaGng segments can affect the physical and chemical
properGesofproteins.
Forexample,a)lengthchangesintandemlyrepeaGngregionsintheRunx2gene
leadtodifferencesinfaciallengthindomesGcateddogs(Canisfamiliaris),with
anassociaGonbetweenlongersequencelengthsandlongerfaces.
b)LengthchangesinpolyalaninetractswithintheHoxA13geneinCarnivora
speciesarelinkedtoHand-Foot-GenitalSyndrome,adevelopmentaldisorderin
humans.
c) Length changes in other triplet repeats are linked to more than 40
neurologicaldiseasesinhumans.
EvoluGonary changes from replicaGon slippage also occur in simpler
organisms.
For example, a) microsatellite length changes are common within
surface membrane proteins in yeast, providing rapid evoluGon in cell
properGes.
b) Short sequence repeats also provide rapid evoluGonary change to
surfaceproteinsinpathenogenicbacteria;thismayallowthemtokeep
upwithimmunologicalchangesintheirhosts.
c) Length changes in short sequence repeats in a fungus (Neurospora
crassa)controltheduraGonofitscircadianclockcycles.
2)Genregülasyonuüzerindekietkisi
•  Length changes of microsatellites within promoters and other cis-regulatory
regionscanalsochangegeneexpressionquickly,betweengeneraGons.
•  The human genome contains many (>16,000) short sequence repeats in
regulatory regions, which provide ‘tuning knobs’ on the expression of many
genes.
•  Length changes in bacterial SSRs can affect fimbrae formaGon in Haemophilus
influenza,byalteringpromoterspacing.
•  Minisatellites are also linked to abundant variaGons in cis-regulatory control
regionsinthehumangenome.
•  Microsatellites in control regions of the Vasopressin 1a receptor gene in voles
influencetheirsocialbehavior,andlevelofmonogamy.
3)İntonlariçindekietkisi
•  Microsatellites within introns also influence phenotype,
throughmeansthatarenotcurrentlyunderstood.
Forexample,a)aGAAtripletexpansioninthefirstintron
of the X25 gene appears to interfere with transcripGon,
andcausesFriedreichAtaxia.
b)TandemrepeatsinthefirstintronoftheAsparaginesynthetase
genearelinkedtoacutelymphoblasGcleukaemia.
c)ArepeatpolymorphisminthefourthintronoftheNOS3geneis
linkedtohypertensioninaTunisianpopulaGon.
d) Reduced repeat lengths in the EGFR gene are linked with
osteosarcomas
4)Transposonlarüzerindekietkisi
•  Almost50%ofthehumangenomeiscontained
in various types of transposable elements
(transposons,or‘jumpinggenes’).
• ManyofthemcontainrepeGGveDNA.
•  It is probable that short sequence repeats in
thoselocaGonsarealsoinvolvedintheregulaGon
ofgeneexpression
Download