SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOKİMYA ANABİLİM DALI

SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ
BİYOKİMYA ANABİLİM DALI
ÖĞRETİM ÜYELERİ
PROGRAMLAR VE DERS İÇERİKLERİ
Biyokimya Yüksek Lisans
Biyokimya Doktora
BİYOKİMYA ANABİLİM DALI
ÖĞRETİM ÜYELERİ
Prof. Dr. Canan ÇOKER
canan.coker@deu.edu.tr
Prof. Dr. Gül GÜNER AKDOĞAN
gul.guner@deu.edu.tr
Prof. Dr. Banu ÖNVURAL
banu.onvural@deu.edu.tr
Prof. Dr. Gülgün OKTAY
gulgun.oktay@deu.edu.tr
Prof. Dr. A.Semra KOÇTÜRK
semra.kocturk@deu.edu.tr
Prof. Dr. Hüray İŞLEKEL
huray.islekel@deu.edu.tr
Prof. Dr. Kemal BAYSAL
kemal.baysal@deu.edu.tr
Prof. Dr. E.Pınar TUNCEL
pinar.tuncel@deu.edu.tr
Prof. Dr. Sezer UYSAL
sezer.uysal@deu.edu.tr
Prof. Dr. Halil RESMİ
halil.resmi@deu.edu.tr
Prof. Dr. Emel ALTEKİN
emel.altekin@deu.edu.tr
Doç. Dr.Pınar AKAN
pinar.akan@deu.edu.tr
Doç. Dr.Ali Rıza ŞİŞMAN
aliriza.sisman@deu.edu.tr
Doç. Dr. Zübeyde ERBAYRAKTAR
zubeyde.erbayraktar@deu.edu.tr
Doç. Dr. Murat ÖRMEN
murat.ormen@deu.edu.tr
Yard. Doç. Dr. Nilgün YENER
nilgun.yener@deu.edu.tr
Yard. Doç. Dr. Tuncay KÜME
tuncay.kume@deu.edu.tr
BİYOKİMYA ANABİLİM DALI
BİYOKİMYA YÜKSEK LİSANS PROGRAMI (BİO-YL)
2014-2015 GÜZ YARIYILI ÖĞRETİM PLANI
I. YARIYIL ZORUNLU DERSLER
BİO 5007 Temel Biyokimya
BİO 5019 Temel Laboratuvar İlkeleri ve Yöntemleri I
TBG 5033 Hücreye Giriş
TBG 5035 Hücre Kültürü
BİO 5098 Uzmanlık Alanı
I. YARIYIL SEÇMELİ DERSLER
BİO 5011 Eser Element Biyokimyası
BİO 5021 Temel Kimya
SBE 5005 Deney Hayvanları ve Uygulama Yöntemleri
SBE 5035 Sağlık Bilimlerinde Etik I
SBE 5037 İnsan Vücudu ve Yapı Fonksiyonu
SBE 5039 Tıp Bilimlerinde ve Tıp Terminolojisine Giriş
HİS 5023 Genel Histoloji Giriş
HİS 5024 Elektron Mikroskobu için Laboratuvar Teknikleri
TBG 5039 Temel Moleküler Biyolojik Yöntemler I
ERS 5004 Basic Laboratory Principles and Methods I
ERS 5015 Enzymology
II. YARIYIL ZORUNLU DERSLER
BİO 5024 Temel Laboratuvar İlkeleri Ve Yöntemleri II
SBE 5006 Sağlık Araştırma Teknikleri ve Analiz Yöntem.
BİO 5096 Seminer
BİO 5098 Uzmanlık Alanı
II. YARIYIL SEÇMELİ DERSLER
BİO 5026 Enzimoloji
BİO 5030 Hücresel Moleküler Mekanizmalar Araştırma Yöntemleri
TBG 5030 Moleküler Genetik
TBG 5036 Temel Moleküler Biyolojik Yönt. II
MİK 5010 Temel İmmünoloji
SBE 5044 Deneysel Araştır.Plan.,Yürüt.ve Değerlen.
SBE 5040 Laboratuvar Uygulamalarında Güvenlik İlkeleri
III. YARIYIL ZORUNLU DERSLER
BİO 5099 Tez Çalışması
IV. YARIYIL ZORUNLU DERSLER
BİO 5099 Tez Çalışması
NOT1
NOT2
NOT 3
KUR
4
3
3
2
2
KUR
1
2
1
2
2
2
2
1
3
3
2
KUR
2
3
0
2
KUR
2
2
3
2
3
3
1
KUR
KUR
UYG
0
2
0
2
0
UYG
2
0
4
2
0
0
2
4
2
2
2
UYG
2
2
2
0
UYG
2
4
0
4
0
0
0
UYG
UYG
KREDİ
4
4
3
3
KREDİ
2
2
3
3
2
2
3
3
4
4
3
KREDİ
3
4
KREDİ
3
4
3
4
3
3
1
KREDİ
KREDİ
AKTS
4
10
6
6
2
AKTS
2
5
6
6
2
2
8
9
8
10
9
AKTS
9
8
2
2
AKTS
9
10
6
10
3
6
2
AKTS
30
AKTS
-
-
-
30
Öğrenciler her yarıyıl 30 AKTS almalıdır. Tezin Toplam AKTS’si 60, Toplam AKTS 120’dir.
Sağlık ve Fen Bilimleri Enstitüleri’nin programları arasından danışmanların ve ilgili ders koordinatörlerinin onayı
ile dersler alınabilir. Öğrenciler, seçmeli derslere ek olarak danışman onayı ile Enstitünün ya da başka akademik
kurumların programlarından ders seçebilirler.
Uzmanlık Alanı dersi yarıyıl ve yaz tatillerinde de verilecektir.
BİYOKİMYA ANABİLİM DALI
BİYOKİMYA DOKTORA PROGRAMI (BİO-DR)
2014-2015 GÜZ YARIYILI DERS İZLEME FORMU
1. GRUP DERSLERİ
TKS TUS HKS HUS TK HAFTA AKTS
SBE 6027 Bilim Tarihi ve Felsefe
15
0
1
0
1
1
3
SBE 6047 Deneysel Araştırma Verilerinin Kaydı ve Sunumu
15
0
1
0
1
1
2
SBE 6048 Bir Araştırmayı Yayına Dönüştürme Süreci
15
0
1
0
1
1
1
SBE 6051 Deneysel Araşt. Projelerinin Hazırlan. Değer.
30
0
2
0
2
2
5
SBE 6052 Biyomedikal İşletmeciliği
30
0
2
0
2
2
3
SBE 6053 Toplumsal Cinsiyet Eşitsizliği ve Kadına Yön. Aile 15
30
1
2
2
2
3
İçi Şiddet
SBE 6054 Sağlık Alanında Bilgiye Ulaşma ve Kanıta Dayalı
15
0
1
0
1
1
3
Tıp
SBE 6056 Sağlık Bilimlerinde Etik II
15
0
1
0
1
1
4
SBE 6057 Bilgisayar Uygulamalı İstatistik
15
30
1
2
2 1Yarıyıl
5
SBE 6058 Bilimde Yaratıcılık, Buluşçuluk ve Girişimcilik
15
0
1
0
1
1
3
SBE 6060 Sağlık Araştırma Tek. ve İleri Analiz Yöntemleri
45
0
3
0
3 1Yarıyıl
4
2. ve 3. GRUP DERSLERİ
TKS TUS HKS HUS TK HAFTA AKTS
BİO 6047 Temel Kimya
BİO 6048 Enzimoloji
BİO 6049 Biyokimyasal Endokrinoloji
BİO 6050 Metabolizma I
BİO 6051 Metabolizma II
BİO 6052 Temel Laboratuar İlkeleri ve Yöntemleri II
BİO 6053 Temel Laboratuar İlkeleri ve Yöntemleri I
TBG 6091 Moleküler Hücre Biyolojisi
BİO 6098 Uzmanlık Alanı
BİO 6199 Tez Çalışması
4. GRUP DERSLERİ
BİO 6054 Elektroforez Teknikleri
BİO 6058 Nörokimya
BİO 6056 Hastalıkların Moleküler Mekanizmaları
BİO 6057 Hücredışı Matriks Yapısı ve Dinamikleri
TBG 6091 Moleküler Hücre Biyolojisi
MOT 6018 Moleküler Patoloji
MOT 6019 Oksidatif Stres, Serbest Radikal ve Antioksidan
Savunma
ERS 6007 Basic Laboratory Principles and Methods I
ERS 6008 Enzymology
ERS 6009 Extracellular Matrix and Dynamics
15
0
1
0
1
1
5
30
0
2
0
2
2
10
15
0
1
0
1
1
5
30
0
2
0
2
2
10
45
0
3
0
3
3
15
15
30
1
2
2
2
10
15
30
1
2
2
2
10
60
0
4
0
4 1Yarıyıl 12
45
0
3
0
12
150
TKS TUS HKS HUS TK HAFTA AKTS
15
60
30
15
60
30
30
30
30
30
0
0
30
30
1
4
2
1
4
2
2
2
2
2
0
0
2
2
2
3
3
1
4
3
3
2
1Yarıyıl
3
1
1Yarıyıl
3
3
10
15
15
10
12
9
10
15
30
15
30
0
0
1
2
1
2
0
0
2
2
1
2
2
1
10
10
10
NOT 1
Öğrenci her dönem 30 AKTS almalıdır. Doktora eğitimi süresince toplam 90 AKTS (üç yarıyıl ) ağırlıklı olarak ders
ve 150 AKTS tez çalışması olmak üzere toplam 240 AKTS kredisini tamamlamalıdır .
NOT 2
Ders alma süresi içinde 1.grup derslerden en az 4 kredi alınması gerekmektedir.
Öğrenci “Yoğunlaştırılmış Ortak Seçimlik Dersler” den kredili veya seçmeli olarak alabilir.
Öğrenci, derslerine ek olarak danışmanının onayı ile Enstitünün ya da başka akademik kurumların
programlarından ders seçebilir.
Uzmanlık Alanı dersi yarıyıl ve yaz tatillerinde de verilecektir.
Öğrencinin, doktora eğitim süresince bilimsel etkinliklerden aldığı 15 puan, 1 kredi olarak seçmeli ders
kredisine sayılır.
NOT 3
NOT 4
NOT 5
NOT 6
TKS: Toplam Kuramsal Saat, TUS: Toplam Uygulama Saati, HKS: Haftalık Kuramsal Saat, HUS:
Haftalık Uygulama Saati, TK: Toplam Kredi
BİYOKİMYA ANABİLİM DALI
BİYOKİMYA YÜKSEK LİSANS PROGRAMI DERS İÇERİKLERİ
BİO 5007 TEMEL BİYOKİMYA (4-0-4) 4 AKTS
Amino asidler: yapısal özellikleri ve sınıflandırma, amino asitlerin biyosentezi peptidler ve proteinler: yapı
düzeyleri, denatürasyon, enzimler, enzim kinetikleri ve koenzimler, nükleotidler, nükleik asitler, replikasyon,
transkripsiyon ve rna nın işlemlenmesi, translasyon, posttranslasyonel modifikasyonlar ve katlanma ile
proteinlerin hedeflenmesi, gen ekspresyonunun düzenlenmesi, nükleotidlerin biyosentezi ve yıkımı,
biyoenerjetik ve termodinamiğin temel kuralları, yüksek enerjili bileşikler, biyolojik oksidasyon redüksiyon
reaksiyonları, mono- , di- ve polisakkaritler, glikoliz ve glikolizi besleyen reaksiyonlar, pentoz fosfat yolu,
glukoneojenez, glikoliz ve glukoneojenezin karşılıklı regülasyonu, glikojen metabolizması, glikojen sentez ve
yıkımının karşılıklı regülasyonu, lipidlerin sınıflandırılması, trigliserit, fosfolipidler ve sinyal molekülleri,
triaçilgliserol ve fosfolipidlerin biyosentezi, kolesterol, steroid ve izoprenoidlerin sentezi, yağ asidlerinin
biyosentezi ve eikosanoidler, yağ asidlerinin oksidasyonu ve ketogenez, asetil koenzim A oluşumu ve TCA
çevrimi, TCA nın regülasyonu, membran yapısı ve dinamikleri, membranlardan transport, amino asid amino
gruplarının metabolizması, üre çevrimi, amino asidi karbon iskeletinin yıkım yolları, elektron transport zinciri ve
reaksiyonları, ATP sentezi ve oksidatif fosforolasyonun regülasyonu, yakıt metabolizmasının entegrasyon ve
düzenlenmesi (açlık, tokluk ve stres durumları), proteoglikan, glikoprotein, glikolipidler, glikozaminoglikanlar
ve biyolojik işlevleri, hormon yapı ve sınıflandırma, hücre içi sinyal iletimi
BİO 5011 ESER ELEMENT BİYOKİMYASI (1-2-2) 2 AKTS
İz elementlerin sınıflandırılması, demir metabolizması, olgu tartışması (demir eksikliği anemisi; hemokromatoz),
çinko metabolizması, olgu tartışması (büyüme geriliği; total parenteral beslenme), makale tartışması, bakır
metabolizması, olgu tartışması (Wilson sirozu; Menkes Hst), oksidan-antioksidan denge ve iz elementler, makale
tartışması,olgu tartışması, enzimler/proteinler/DNA ve iz elementler, toksik etkili iz elementler, atomik
spektroskopinin ve iz element analizinin temel ilkeleri
BİO 5021 TEMEL KİMYA (2-0-2) 5 AKTS
Giriş-dersin tanıtımı elektomagnetik ışıma ve atomun yapısı kuantum sayıları ve atomik orbitaller eser
elementler, periyodik tablo ve özellikleri, kimyasal bağlar temel kavramlar (iyonik ve kovalent bağlanma),
kimyasal bağ kuramları, nonkovalent bağlar ve moleküller arası etkileşimler, hidrojen bağları, İyonik(polar)
etkileşimler, Van der Waals etkileşimleri, hidrofobik etkileşimler, organik yapı ve adlandırma fonksiyonel
guruplar ve genel reaksiyonları, aromatik hidrokarbonlar tüm konular dersin koordinatörü tarafından
anlatılacaktır, küçük grup çalışması : molekül modelleri ile biyomoleküllerin fonksiyonel guruplarının
oluşturulması, stereokimya ve kiral moleküller, izomeri ve optikçe aktiflik enantiomerler, kiral moleküller,
kiralitenin biyolojik önemi, küçük grup çalışması: molekül modelleri ile bazı biyomoleküller ve izomerlerinin
oluşturulması, karışımlar homojen karışımlar (çözeltiler), heterojen karışımlar (kolloid ve süspansiyonlar), küçük
gurup çalışması : molar, molal, normal ve % derişimli çözelti hesaplamaları, asit-baz ve pH kavramı hidroliz ve
tamponlar, küçük gurup çalışması : asit baz ve tampon çözeltilerinde pH hesaplamaları, proje ödevlerinin ara
sunumları, kimyasal kinetik kimyasal hız ve etkileyen faktörler, tepkime mertebeleri, kataliz, kimyasal
termodinamik, entalpi ve iç enerji kavramları, kendiliğinden olan olaylar ve entropi kavramı, serbest enerji
kavramı, ödevlerin final sunumları
BİO 5026 ENZİMOLOJİ (2-2-3) 9 AKTS
Giriş-dersin tanıtımı, enzimlerin genel özellikleri, enzimlerin sınıflandırılması, küçük grup çalışması, enzimatik
mekanizmalara genel bakış, katalizör olarak enzimler, koenzimlere genel bakış, termodinamik kataliz
mekanizmaları, küçük grup çalışması, proje ödevleri konusunda bilgilendirme, enzimatik reaksiyonlar, enzimatik
aktivite, Michaelis Menten kinetiği, küçük grup çalışması, enzim inhibisyonu, enzim inhibisyonunun değişik
uygulamalarda kullanımı, laboratuvar uygulaması: enzimatik reaksiyonların spektrofotometrik olarak izlenmesi,
laboratuvar uygulaması: biyolojik örnekte enzim aktivitesinin saptanması- son nokta yöntemi ve kinetik yöntem
örnekleri, enzimlerin hücredeki lokalizasyonları fizyolojik görevleri, uygulama: eritrosit katalaz enzim
aktivitesinin UV de spektrofotometrik olarak ölçümü, enzim aktivitesinin düzenlenmesi, enzimlerde allosteri
allosterinin metabolizmadaki rolü, enzimlerin diğer düzenlenme yolları, proje ödevleri ile ilgili ara sunumlar,
kan enzim düzeylerini etkileyen faktörler, seçilmiş bazı enzimlerin fizyolojik etkileri ve doku dağılımları,
izoenzimlerin tanımları, klinik enzimolojideki önemleri, izoenzimlerin laboratuarda saptanmaları: uygulama
örnekleri,değişik uygulamalarda enzimlerin kullanımı, klinik parametre ölçümleri, enzim-linked immunosrbent
assayler, restriksiyon enzimleri,PCR, DNA fingerprinting, terapötik ajan olarak enzimler, ödevlerin final
sunumları
BİO 5030 HÜCRESEL MOLEKÜLER MEKANİZMALAR ARAŞTIRMA YÖNTEMLERİ (2-4-4) 10
AKTS
Ders tanıtımı uygulama: deney hayvanından kc ve aort doku eldesi, hücrenin yapı ve organizasyonu, hücre
organelleri ve ayrımlanması, kas ve kc dokusundan mitokondri izolasyonu, hücre kültürü çalışmalarında temel
bilgiler, temel ekipmanlar, lab. tasarımı, sterilizasyon ve temel prensipler, sterilizasyon teknikleri, hücre kültürü
tekniğinin araştırma modellerinde yeri, deneysel modeller, hücre canlılık ve dondurma teknikleri, hücre canlılık
testleri, primer hücre kültürü, rat aort dokusundan eksplant ve mekanik yöntemle primer kültür eldesi, protein
ekspresyon analizi; ELISA,IHK, EIA, Western Blot Elektroforez; gen ekspresyon analizi; PCR, RNA
izolasyonu, RT-PCR, hücre ölüm mekanizmaları; kaspaz enzim aktivite analizi, apoptotik/nekrotik hücre ölüm
analizi
ERS 5004 BASİC LAB.PRİNCİPLES AND TECHNIQUES (3-2-4) 10 ECTS
Introduction, Course Introduction, Laboratory Safety , Principles of the laboratory working , General Laboratory
Equipment. Laboratory Preparation, Principles of Weighing, SI Units, Solution Preparation (Concentration
Calculations), Solution Preparation (Concentration Calculations), Measurement of pH and buffer preparation,
Project Preparatory Work, Homogenization techniques, Centrifugation, the basic principles and type, Video
display, Spectrophotometry; Basic Principles and Applications, Glutathione-S-transferase measurement with
spectrophotometer, Protein content measurement using a spectrophotometer, Protein determination by Biüret
method, Protein determination by Lowry Method, Protein Determination content by Bradford Method, Protein
determinationn by the BCA Method, Group presentations; Protein determination methods practice,
Spectrofluorimeter; Basic Principles and Applications, Spectrofluorimeter with the measurement of MDA, Basic
Principles of Chromatography, Types and Applications of Chromatography, Liquid Chromatography (HPLC)
method with the MDA measurement. Basic Principles of electrophoresis, Types and Applications of
Electrophoresis, Preparation of Electrophoresis Buffer. Gel cast , Gel Execution, Gel Paint, Quantification of
protein bands.
BİYOKİMYA ANABİLİM DALI
BİYOKİMYA DOKTORA PROGRAMI DERS İÇERİKLERİ
BİO 6047 TEMEL KİMYA (1–0–1) 5 AKTS
Atom yapısı, kimyasal bağlar (Kovalent), kimyasal bağlar (non-kovalent), mol kavramı ve çözeltileri, kimyasal
kinetik, kimyasal denge, kimyasal termodinamik ve yasaları, katalist kavramı ve katalizörler, oksidasyon ve
redüksiyon reaksiyonları, serbest radikal kavramı, asit, baz ve tampon kavramları, radyoizotoplar.
BİO 6048 ENZİMOLOJİ (2–0–2) 10 AKTS
Enzimlere giriş. Genel kavramlar. Adlandırma ve enzim aktivite birimleri, enzimlerin sınıflandırılması, IUB / EC
sistemi, enzimlerin metabolizmadaki fonksiyonları, hidrojen transferi yapan koenzimler, NAD, NADP, FMN,
FAD, grup transferi yapan koenzimler, KoA, TPP, PLP, ATP, THF, KoB12 ve biyotin, koenzimlerin
metabolizmadaki fonksiyonları, enzimlerin genel reaksiyon mekanizması, enzim katalizi, Michael-Menten
kuramı ve Lineweaver Burke çizimleri, enzim hızına ısı ve pH’nın etkisi, enzimatik reaksiyonun inhibisyonu,
kompetitif, non-kompetitif, unkompetitif, enzimlerin hücrede lokalizasyonları, enzim aktivitesinin düzenlenmesi
I (allosterik regülasyon), kovalent modifikasyon ile regülasyon ve diğer düzenleme II, izoenzimler ve indikatör
enzimler.
BİO 6049 BİYOKİMYASAL ENDOKRİNOLOJİ (1–0–1) 5 AKTS
Hormonların yapı ve genel özellikleri, hormonların etki mekanizmaları, hipotalamus ve pineal bez hormonları,
hipofiz hormonları, tiroid hormonları, adrenal korteks hormonları, adrenal medulla hormonları, kadın seks
hormonları, erkek seks hormonları, pankreas hormonları, kalsiyum, fosfor metabolizması ile ilgili hormonlar,
gastrointestinal sistem hormonları, prostaglandinler ve ilgili bileşikler, hormon benzeri bileşikler.
BİO 6050 METABOLİZMA I (2-0-2) 10 AKTS
Beslenme biyokimyası, metabolizmaya genel bakış, biyoenerjetik, oksidatif fosforilasyon, karbohidratların
sindirimi, emilimi, glikolizi besleyen yollar, glikoliz ve TCA döngüsü, glikojenez ve glikojenoliz, kan şeker
düzeyinin düzenlenmesi, pentoz fosfat ve glukuronat yolları, lipidlerin sindirim, emilim ve transportu, yağ
asitlerinin oksidasyonu, yağ asitlerinin sentezi, fosfogliseridler ve sfingolipidlerin sentezi ve yıkımı, kolesterol,
safra asitleri ve diğer izopren bileşiklerinin biyosentezi ve kullanıldıkları yerler, keton cisimleri biyosentezi ve
lipoproteinlerin oluşumu, metabolizmanın entegrasyonu ve hormonal regülasyonu.
BİO 6051 METABOLİZMA II (3–0–3) 15 AKTS
Nükleotid biyosentezi, amino asit sentezi, amino asitlerden köken alan bileşikler, proteinlerin sindirim ve
emilimi, peptid ve protein biyosentezi, proteinlerin degradasyonu, amino asitlerin katabolizması, üre oluşumu,
amonyak oluşumu, dokulara taşınması, amino asitlerin katabolizması I, II, III, amino asitlerin metabolizmasında
dokular arası ilişkiler, glikoproteinler, proteoglikanlar ve glikozaminoglikanlar, porfirinler, hem bileşiklerinin
biyosentezleri ve yıkılımları.
BİO 6054 ELEKTROFOREZ TEKNİKLERİ (1–2–2) 10 AKTS
Elektroforez temel ilkeleri, değişik elektroforez yöntemlerine genel bakış, sellüloz asetat elektroforezi, agaroz jel
elektroforezi, poliakrilamid jel elektroforez (PAGE) sistemleri temel tanıtım, PAGE—II, PAGE- III, iki boyutlu
elektroforez, agar jel elektroforezi, immunelektroforez, izoelektrik odaklama, izotakoforez, disk elektroforezi.
BİO 6058 NÖROKİMYA (4-2-5) 15 AKTS
Sinir sistemine genel bakış, nörosellüler anatomi, sinir sistemi hücreleri, membranları ve fonksiyonları, ak ve
boz madde, nöron ve gliaların sitoskeletonları, membran transportu, iyon kanalları, adezyon molekülleri, kanbeyin bariyeri, beyin omurilik sıvısı biyokimyası, içeriği, rengi, görünümü, kimyasal bileşimi, hastalıklardaki
durumu, tanısal testleri, beyinin biyokimyasal içeriği, genel biyokimyasal içerik, lipid, karbonhidrat, protein,
nükleik asitler ve su içeriği, iz elementler, ak ve boz madde biyokimyasal içerikleri ve genel metabolizmaları,
myelin moleküler yapısı, gelişmesi, biyokimyasal bileşimi ve metabolizması, myelin moleküler yapısı,
oligodendroglia-Schwann hücreleri myelin ilişkisi, SSS ve PSS myelin farkları. Ranvier nodülleri, Saltatory
teorisi, myelin gelişmesi ve süresi, bileşimi. Lipidleri, proteinleri, karbonhidratları ve netabolizmaları ve
bozuzlukları, beyin dolaşımı ve enerji metabolizması, ATP üretimi, enerji depoları, beyinde glikoliz, Krebs
döngüsü, pentoz fosfat yolu ve oksijen tüketimi, substratları, serebral metabolik hız regülasyonu, farklı fizyolojik
koşullardaki durumu, yaş ve gelişmenin etkisi, patolojik durumlarda serebral enerji metabolizması, santral sinir
sisteminde amino asit metabolizması ve bozuklukları, amino asitlerin santral sinir sistemine girişleri,
metabolizmaları, üre döngüsü, amonyağın metabolize edilmesi. GABA şantı ve patolojik durumlarda enzim
eksiklerinde ortaya çıkan hastalıklar, beslenme ve beyin fonksiyonları, beslenme ve fonksiyonel nörokimya,
beslenme-beyin strüktürel ilişkisi, beslenme-beyin gelişmesi, beslenme SSS’nin yaşlanması ve nörodejeneratif
hastalıkların tedavisi, beslenme ve genetik, yiyeceklerin alınmasının nöronal denetimi, hipoksik iskemik beyin
zedelenmesi ve oksidatif stress, hipoksi –iskemi ve beyin infarktı, Zn+2 ve hipoksi - iskemi, iskemik apoptosis,
hipoksi-iskemide serbest radikaller, beyin antioksidan savunma sistemleri, lipidler, eikosanoidler, platelet
activating faktör ve inflamasyon, biyoaktif lipid kaynakları, fosfolipazlar, eikosanoidler, platelet activating
faktör, siklooksijenazlar, lipid haberleşme yolları, nöroinflamasyon ve metabolik yollar, nörotransmitterler ve
bazal Ganglion Hastalıkları, bazal ganglionlardaki katekolamin, serotonin ve GABA gibi nörotransmitter
sistemleri, eksitatör amino asitler, GABA, asetil kolin, dopamin, purinerjik sistem, peptidler, büyüme faktörler,
bazal ganglionlardaki katekolamin, serotonin ve GABA gibi nörotransmitter sistemleri, Parkinson hastalığı LDOPA tedavisi, nöropatiler, santral ve periferik sinir sistemi rejenerasyonu, periferik sinir sistemi spesifik
hastalıklarından bazıları, SSS ve PSS’nin birlikte tutan hastalıklar, metabolik ansefalopatiler, beyin enerji
metabolizması, hipoglisemik ansefalopati, hipoksik ansefalopati, hepatik ansefalopati, hiperkapnik ansefalopati,
üremi ve diyaliz ansefalopatisi, hücreler arası haberleşme, G proteinler, fosfoinositidler, siklik nükleotidler,
kalsiyum, serin ve treonin fosforilasyonu, tirozin fosforilasyonu, SSS’nin transkripsiyon faktörleri, yaşlanma
biyokimyası, yaşlanmaya genel bakış, hücre sayıları, nörotransmitterler ve reseptörleri, yaşlanma pigmentleri ve
membranlar, enerji metabolizması, nükleer ve mitokondrial nöronlarda instabilite, Alzheimer ve Prion
hastalıkları, Alzheimer hastalığı, amiloid plaklar, nörofibriler tangl’ler, nöronal distrofi ve kayıp,
nörotransmitterler, beta amiloid prekürsör proteini, presenilin 1 ve 2 genlerinde mutasyon, kas hastalıkları, kas
yapısı, kasılması, aktin, miyozin, enzimleri (özellikle CK) metabolizması, kas hastalıkları.
BİO 6056 HASTALIKLARIN MOLEKÜLER MEKANİZMALARI (2–2–3) 15 AKTS
Hastalık Kavramı. Hastalıkların genetik, çevresel, biyokimyasal, immün ve diğer nedenlerine genel
bakış.Hastalıkların sınıflandırılması. Epidemiyolojiye Giriş. Hastalıkların klinik ve laboratuar araştırılması.
Homeostaz ve bozuklukları (su, elektrolit ve asid-baz dengesi, böbrek fonksiyon bozuklukları ve laboratuar
analizleri). Dolaşım Sistemi Bozukluklarında hastalık oluşum mekanizmaları (ateroskleroz, iskemireperfüzyon hasarı, tromboemboli, vb). Kardiyak hastalıklar ve kardiyak biyomarkerler. Kardiyak enzimler,
kardiyak marker proteinler.Gastrointestinal sistem, pankreas, karaciğer ve safra kesesi hastalıklarının moleküler
temelleri. Karaciğer işlevleri ve bozuklukları. Karaciğer fonksiyonunun laboratuarda incelenmesi. Enfeksiyöz
etkenlerin hastalık oluşturma mekanizmaları. Laboratuvar inceleme ilkeleri. Neoplastik hastalıkların oluşum
mekanizmaları, moleküler düzeyde incelenmesi, Dejeneratif hastalıkların ve yaşlanmanın oluşum
mekanizmaları. Zehirlenmelerin moleküler mekanizmaları. İlaç etkisi, metabolizması, dağılımı ve atılımı.
İlaçların laboratuarda analizi. Genetik hastalıkların moleküler temeli. Genetik hastalıkların laboratuarda
taranması ve belirlenmesi. İmmün sistem ve hastalık. Otoimmün hastalıkların gelişim mekanizmaları.
Metabolik hastalıklar I. Lipid bozuklukları ve laboratuar analizleri. Metabolik hastalıklar II.Karbohidrat
metabolizması bozukluklarının moleküler mekanizmaları ve laboratuar
analizleri. Endokrin temelli
bozukluklar. Membran, Organel ve Sitoiskelet Bozukluklarına genel bakış.
BİO 6057 HÜCREDIŞI MATRİKS YAPISI VE DİNAMİKLERİ (1–0–1) 10 AKTS
Hücre dışı Matriks Yapısına Genel Bakış, Elastin ve Kollajen Yapı ve İşlevleri, Kollajen ile ilgili bir patoloji
(olgu aracılığıyla), Adhesif Glikoproteinler ve ilgili olgu, Matriks proteoglikanları ve ilgili bir olgu, Hücre dışı
Matriks Yapılanması, Turnover ve Yıkılımı, Membran Reseptör Aktivasyonu ile Hücre içi Sinyal İletimi,
Matriks Metalloproteinazlar, İnhibitörleri ve , Sinyal İletimindeki rolleri, Mtor sinyal iletimi: Büyüme ve
metabolimadaki önemi, Hücredışı matriks ve reaktif oksijen üretimi ilişkisi, Ateroskleroz ve oksidan stres
varlığında, LOX-1 ekspresyonu, Yara iyileşmesinde hücre dışı matriks ve apoptotik kontrol, Mekanizlarının
rolü,
Tümör invazyonu ve metastazda, Hücredışı matriksin rolü, İntervertebral disk ve hücredışı matriks, Kemik ve
hücredışı matriks, Hücredışı matriks ve fibrozis, (Pulmoner, Hepatik,Kadiyak ve Renal Fibrozis)