tc ankara ün vers tes bl msel araştırma projes kes n raporu

EK-8
T.C.
ANKARA ÜNİVERSİTESİ
BİLİMSEL ARAŞTIRMA PROJESİ
KESİN RAPORU
Proje Başlığı
FGF3 Genindeki Değişikliklerin İnsanlardaki Fenotipinin Netleştirilmesi
Proje Yürütücüsünün İsmi
Doç.Dr.Mustafa Tekin
Proje Numarası
20070809045HPD
Başlama Tarihi
25/06/2007
Bitiş Tarihi
25/12/2007
Rapor Tarihi
Ankara Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri
Ankara - " 2008 "
RAPOR FORMATI
I.
Projenin Türkçe ve İngilizce Adı ve Özetleri
FGF3 Genindeki Değişikliklerin İnsanlardaki Fenotipinin Netleştirilmesi
ÖZET
Daha önceki çalışmamızda iç kulak yokluğu nedeniyle doğuştan işitme kaybı, küçük kulak
sayvanı ve küçük diş bulgularıyla karakterize olan yeni bir otozomal resesif sendrom
tanımlamıştık (OMIM 610706- LAMM). Aynı çalışmada bu yeni sendroma FGF3 genindeki
mutasyonların sebep olduğunu 3 farklı ailede 3 farklı mutasyon tanımlayarak gösterdik (Tekin ve
ark. 2007). Bu bulgularla FGF3 mutasyonlarının bir insan malformasyonuna neden olduğu ilk kez
gösterilmiş ve iç kulağın gelişimi sırasında bu genin rolünün anlaşılması sağlanmıştır. Mutasyon
gösterilen hastaların hiç birinin iç kulaklarının gelişmemiş olması ve tanımlanan 3 mutasyonun da
proteinin fonksiyon kaybetmesine sebep olması, FGF3 sinyalinin insanda iç kulağın embriyonik
gelişmesinin erken evrelerinde gerekliliğini göstermiştir. Bu çalışmada iç kulak anomalisi
nedeniyle doğuştan işitme kaybı olan, farklı ailelerden gelen 10 probandın FGF3 genini dizi
analizi yöntemiyle taradık. İzole iç kulak anomalisi veya kohlear malformasyonu ve diş anomalisi
olan 8 probandın FGF3 geninde bir değişiklik bulmadık. 2 farklı aileden gelen LAMM bulgulu 4
hastada FGF3 geninde p.Leu6Pro (c.17T>C) ve Ile85MetfsX15 (c. 254delT) olmak üzere 2 yeni
mutasyon tanımladık. p.Leu6Pro mutasyonu FGF3’ün sinyal bölgesinde yer aldığından proteinin
salgısını bozduğunu tahmin etmekteyiz. c.254delT mutasyonu ise FGF3’ün güdük kalmasına
neden olur. Her iki mutasyon da fenotiple tam birliktelik gösterdi ve heterozigotlarda hiç LAMM
fenotipik bulgusu gözlenmedi. Bu sendroma özgü bir klinik özellik olan, kulak sayvanının üst
kısmında büyük deri kalıntı bulgusu bazı etkilenmiş çocuklarda gözlendi.
Further Characterization of Phenotype in Humans with FGF3 Gene Alterations
Homozygous mutations in the fibroblast growth factor 3 (FGF3) gene have recently been
discovered in an autosomal recessive form of syndromic deafness characterized by complete
labyrinthine aplasia (Michel aplasia), microtia, and microdontia (OMIM 610706 – LAMM). In
order to better characterize the phenotypic spectrum associated with FGF3 mutations, we
sequenced the FGF3 gene in 10 unrelated families in which probands had congenital deafness
associated with various inner ear anomalies, including Michel aplasia, with or without tooth or
external ear anomalies. FGF3 sequence changes were not found in eight unrelated probands with
isolated inner ear anomalies or with a cochlear malformation along with auricle and tooth
anomalies. We identified two new homozygous FGF3 mutations p.Leu6Pro (c.17T>C) and
Ile85MetfsX15 (c. 254delT), in four subjects from two unrelated families with LAMM. The
p.Leu6Pro mutation occured within the signal side of FGF3 and is predicted to impair its
secretion. The c. 254delT mutation results in truncation of FGF3. both mutation completely cosegregated with the phenotype, and heterozygotes did not have any of the phenotypic findings of
LAMM. Some affected children had large skin tags on the upper side of the auricles, which is a
distinctive clinical component of the syndrome.
II.
Amaç ve Kapsam
Bu çalışmanın amacı FGF3 genindeki DNA değişikliklerinin insanlardaki fenotipini ortaya
koymaktır. Bu çalışma kapsamında incelenen hasta grubunda dış kulak yapısında anomalilerle
birlikte iç kulak anomalileri veya iç kulağı hiç olmayan hastalar bulunmaktadır. Bu hastalarda
FGF3 geni taranarak mutasyon olup olmadığına bakıldı.
III.
Materyal ve Yöntem
20060809242 nolu ‘Otozomal resesif işitme kayıplı ailelerde genom boyunca bağlantı analizi ile
sorumlu gen bölgelerinin saptanması’ (BAP), 20050809017 nolu ‘ GJB2 geninde heterozigot
mutasyon olan işitme engelli Türk olgularda aynı genin kodlamayan bölgelerinin taranması’ (BAP)
ve 105S464(SBAG-3271)
nolu ‘Otozomal resesif senserinöral işitme kaybı yapan gen
değişimlerinin ortaya çıkarılması’ (Tubitak) isimli projeler kapsamında aydınlatılmış onamları
alınarak değişik iç kulak anomalileri olan toplam 8 hastadan DNA örnekleri alındı. Hastaların
fenotipleri Tablo 1’de görülmektedir.
Tablo 1 . Çalışma grubunun özellikleri
Hasta Numarası
Cins.
İç kulak anomalisi
Diğer anomaliler
Aile öyküsü
166-101
E
Kohlear aplazi
Yok
Var
455-101
K
Michel aplazisi
Yok
Yok
586-101
E
Kohlear displazi
Mikroşi
Yok
646-101
K
Michel aplazisi
Yok
Yok
687-101
K
Tek taraflı Michel aplazisi
Yok
Yok
711-101
E
Kohlear displazi
Mikroşi ve mikrodonti
Yok
730-101
E
Kohlear displazi
Mikroşi
Yok
742-101
E
Michel aplazisi
Mikroşi ve mikrodonti
Var
742-102
E
Michel aplazisi
Mikroşi ve mikrodonti
Var
742-103
K
Michel aplazisi
Mikroşi ve mikrodonti
Var
744-101
K
Michel aplazisi
Mikroşi
Yok
757-101
E
Kohlear aplazi
Yok
Yok
Bu hastalarda, FGF3 geninin kodlayan 3 ekzonu ve 5’ ve 3’ kodlamayan bölgeleri uygun primer
çiftleriyle çoğaltılarak DNA dizi analizi yöntemiyle tarandı.
IV. Analiz ve Bulgular
İzole iç kulak anomalisi veya kohlear malformasyonu ve diş anomalisi olan 8 probandın (166101, 455-101, 586-101, 646-101, 687-101, 711-101, 730-101, 757-101) FGF3 geninde bir
değişiklik bulmadık. 742 numaralı ailenin LAMM bulgulu 3 hasta bireyinde homozigot
p.Leu6Pro (c.17T>C) mutasyonu ve 744 numaralı ailenin LAMM bulgulu 1 hasta bireyinde
homozigot Ile85MetfsX15 (c. 254delT) mutasyonunu tanımladık. Her iki ailede de anne babalar
heterozigot bulundu. Sağlıklı 200 kişide SSCP yöntemiyle yapılan mutasyon taramasında
mutasyona rastlanmadı. 744 numaralı aileden gelen probandda ve 742 numaralı aileden gelen
probandlardan birinde kulak sayvanının üst kısmından çıkan deri ekleri gözlendi ve sendromun
bir parçası olarak kabul edildi.
p.Leu6Pro mutasyonu FGF3’ün sinyal peptid bölgesinde yer almaktadır. Bu nedenle proteinin
endoplazmik retikulum aracılığıyla hücre dışına salınımını bozduğu düşünüldü.
V. Sonuç ve Öneriler
Bu çalışma ile FGF3 proteininin iç kulağın erken gelişimde çok önemli bir rol oynadığını
gösterdik. Sendromik olmayan Michel aplazisi, kohlear malformasyonlar ve diş anomalisi olan
hastalarda FGF3 geninin kodlayan bölgesinde herhangi bir mutasyon saptamadık. İç kulağın
embriyonik gelişimi birçok proteinin görev yaptığı oldukça karmaşık bir olay olduğundan,
sendromik olmayan iç kulak anomalilerinden diğer genlerdeki mutasyonlar, belki de FGF3 ile
ilişkili olarak sorumlu olabilirler. Ayrıca sendromik olmayan vakalarda FGF3’ ün kodlamayan
bölgelerinde bizim genomik PCR sekans tekniğiyle kaçırdığımız mutasyonlar olabilir.
Sendromik olmayan Michel aplazisinde de anatomik olarak aynı değişiklikler görülmesine
rağmen böyle hastalarda FGF3 geninde herhangi bir mutasyon saptamadık. FGF3 genindeki
değişimlerin LAMM sendromuna sebep olduğunu gösterdik.
VI. Kaynaklar
Tekin M, Hişmi BÖ , Fitöz S, Özdağ H, Cengiz FB, Sırmacı A, Aslan I, İnceoğlu B, YükselKonuk EB, Yılmaz ST, Yasun Ö, Akar N. Homozygous mutations in fibroblast growth factor 3
are associated with a new form of syndromic deafness characterized by inner ear agenesis,
microtia, and microdontia. Am. J. Hum. Genet 2007;338-344.
VII. Ekler
a) Mali Bilanço ve Açıklamaları
b) Makine ve Teçhizatın Konumu ve İlerideki Kullanımına Dair Açıklamalar (BAP
Demirbaş numaraları dahil )
c) Teknik ve Bilimsel Ayrıntılar (varsa Kesim III'de yer almayan analiz ayrıntıları)
d) Sunumlar (bildiriler ve teknik raporlar)
e) Yayınlar (hakemli bilimsel dergiler) ve tezler
Bulgular Clinical Genetics dergisinde yayına kabul edilmiştir.
NOT
:Verilen kesin rapor 2 nüsha olarak ciltsiz şekilde verilecek, kesin rapor
Komisyon onayından sonra ciltlenerek bir kopyasının yer aldığı CD veya disket ile
verilecektir.